单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 246 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2024-08-08 |
Patient-derived renal cell carcinoma organoids for personalized cancer therapy
2022-07, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.970
PMID:35802820
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研究论文 | 本文建立了一种有效的三维培养系统，用于从临床肾细胞癌样本中生成肾癌类器官，并评估其在个性化癌症治疗中的应用 | 开发了一种新的三维培养系统，用于生成肾癌类器官，这些类器官保留了原始肿瘤组织的组织学结构、突变景观和转录组特征 | NA | 推进人类肾癌研究和治疗 | 肾细胞癌类器官 | 数字病理学 | 肾癌 | 全外显子测序、RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 组织 | 33种不同亚型的肾癌类器官 |
| 122 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals localized tumour ablation and intratumoural immunostimulant delivery potentiate T cell mediated tumour killing
2022-07, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.937
PMID:35808806
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了局部肿瘤消融和肿瘤内免疫刺激剂递送对T细胞介导的肿瘤杀伤的影响。 | 首次揭示了局部消融免疫疗法（LAIT）通过诱导广泛的促炎反应和抑制抑制性信号来促进T细胞的免疫重塑，从而驱动抗肿瘤免疫。 | NA | 探讨局部消融免疫疗法（LAIT）对T细胞介导的肿瘤杀伤的影响。 | CD8+和CD4+ T细胞在局部消融免疫疗法（LAIT）治疗后的反应。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | RNA | 肿瘤浸润T细胞 |
| 123 | 2024-08-08 |
The accuracy of absolute differential abundance analysis from relative count data
2022-07, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1010284
PMID:35816553
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研究论文 | 本文探讨了从相对计数数据进行绝对差异丰度分析的准确性 | 使用模拟数据和真实数据集验证了重规范化相对丰度与绝对丰度在差异丰度检测中的一致性，并评估了相对丰度数据特征的预测效用 | 在特征丰度广泛变化的条件下，一致性可能显著降低 | 研究相对丰度数据在差异丰度分析中的准确性和适用性 | 相对丰度数据的重规范化策略及其在差异丰度分析中的表现 | 生物信息学 | NA | 下一代测序 | NA | 序列数据 | 涉及大量真实数据集，包括16S metabarcoding、表达阵列、bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq实验 |
| 124 | 2024-08-08 |
TCF7 is highly expressed in immune cells on the atherosclerotic plaques, and regulating inflammatory signaling via NFκB/AKT/STAT1 signaling
2022-07-29, Bioscience reports
IF:3.8Q2
DOI:10.1042/BSR20212064
PMID:35792753
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术，探讨了动脉粥样硬化斑块中T细胞和巨噬细胞的活化状态及其相关基因表达 | 发现了TCF7和XCL1在动脉粥样硬化中的调控机制，并通过蛋白-蛋白网络分析揭示了潜在的基因和新的机制 | NA | 旨在阐明和发现与动脉粥样硬化相关的潜在基因和新机制，为药物开发提供依据 | 动脉粥样硬化斑块中的T细胞、巨噬细胞及其他免疫细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 动脉粥样硬化小鼠及患者斑块样本 |
| 125 | 2024-08-08 |
Hedgehog signaling reprograms hair follicle niche fibroblasts to a hyper-activated state
2022-07-25, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2022.06.005
PMID:35777353
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研究论文 | 本文研究了Hedgehog信号通路在毛囊微环境中对成纤维细胞的调控作用，以及这种调控如何影响毛发生长和毛囊增殖。 | 首次揭示了Hedgehog信号通路通过调节SCUBE3/TGF-β机制，影响毛囊微环境中成纤维细胞的状态，从而促进毛发生长和毛囊增殖。 | NA | 探讨Hedgehog信号通路在毛囊微环境中对成纤维细胞的调控作用及其对毛发生长和毛囊增殖的影响。 | 毛囊干细胞、真皮乳头成纤维细胞、Hedgehog信号通路、SCUBE3/TGF-β机制。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和人类头皮毛囊样本 |
| 126 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptional regulation and genetic evolution of neuroendocrine prostate cancer
2022-Jul-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.104576
PMID:35789834
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了7名前列腺肿瘤患者的ADPC和NEPC，揭示了NEPC的基因表达特征、分化路径及转录因子网络 | 首次识别出两种NEPC基因表达特征，并揭示了NEPC从ADPC分化的不同路径及转录因子网络 | 研究样本数量有限，可能影响结果的普遍性 | 探究神经内分泌前列腺癌（NEPC）的起源及其发生机制 | 前列腺肿瘤中的ADPC和NEPC | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 7名患者的前列腺肿瘤样本 |
| 127 | 2024-08-08 |
Impaired interferon-γ signaling promotes the development of silicosis
2022-Jul-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.104647
PMID:35800765
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析矿工和未发展为矽肺的同事的支气管肺泡灌洗液细胞，发现髓系细胞中干扰素（IFN）-γ信号受损与矽肺的发生密切相关 | 首次揭示了髓系细胞中IFN-γ信号受损与矽肺发生之间的关联，并阐明了IFN-γ预处理巨噬细胞通过形成空间较大的吞噬体来抑制晶体二氧化硅诱导的NLRP3炎症小体激活的机制 | NA | 探究矽肺发生过程中内在因素的作用机制 | 矿工和未发展为矽肺的同事的支气管肺泡灌洗液细胞 | NA | 职业病 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 矿工和未发展为矽肺的同事的支气管肺泡灌洗液细胞 |
| 128 | 2024-08-08 |
Genetic association and single-cell transcriptome analyses reveal distinct features connecting autoimmunity with cancers
2022-Jul-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.104631
PMID:35800769
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研究论文 | 本研究通过分析GWAS目录数据库和Medline，收集了五种常见自身免疫疾病的易感基因，并与癌症驱动基因进行重叠分析。同时，通过单细胞转录组分析比较了系统性红斑狼疮（SLE）及相关癌症的特征。 | 本研究首次识别了45个致癌性自身免疫疾病风险（CAD）基因，并发现这些基因主要富集在T细胞和B细胞信号通路中。此外，通过综合单细胞分析揭示了肾癌与SLE在免疫细胞信号和干细胞特征上的显著差异。 | NA | 探讨自身免疫疾病与癌症之间的关联机制，并寻找新的治疗靶点。 | 五种常见自身免疫疾病（系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、干燥综合征、系统性硬化症和特发性炎症性肌病）及其相关癌症。 | 生物信息学 | 自身免疫疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 基因数据 | 涉及五种自身免疫疾病的易感基因和癌症驱动基因 |
| 129 | 2024-08-08 |
Using the Kriging Correlation for unsupervised feature selection problems
2022-07-07, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-15529-4
PMID:35798813
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研究论文 | 本文提出了一种KC Score来衡量高维数据聚类分析中的特征重要性 | 基于原始特征与低维潜在空间中重建特征之间的相关性，开发了一种基于KC Score的特征选择策略 | NA | 研究高维数据聚类分析中的特征选择问题 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 数据 | 四个单细胞RNA测序数据集 |
| 130 | 2024-08-08 |
Gasdermin-D activation by SARS-CoV-2 triggers NET and mediate COVID-19 immunopathology
2022-07-07, Critical care (London, England)
DOI:10.1186/s13054-022-04062-5
PMID:35799268
|
研究论文 | 本文研究了Gasdermin-D（GSDMD）途径在COVID-19中中性粒细胞外陷阱（NETs）释放和器官损伤发展中的作用 | 发现SARS-CoV-2病毒直接激活孔形成蛋白GSDMD，触发NET产生和COVID-19中的器官损伤 | NA | 探究GSDMD途径在COVID-19中NETs释放和器官损伤发展中的作用 | COVID-19患者的血液和肺组织样本，以及SARS-CoV-2感染的小鼠模型 | NA | COVID-19 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 63名中度和重度COVID-19住院患者，以及SARS-CoV-2感染的小鼠模型 |
| 131 | 2024-08-08 |
Reshaping the systemic tumor immune environment (STIE) and tumor immune microenvironment (TIME) to enhance immunotherapy efficacy in solid tumors
2022-07-07, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-022-01307-2
PMID:35799264
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学和空间转录组学在研究系统性肿瘤免疫环境（STIE）和肿瘤免疫微环境（TIME）及其相互作用中的最新进展，旨在提高免疫治疗在实体瘤中的疗效。 | 本文深入探讨了系统性肿瘤免疫环境（STIE）的重要性，这是以往研究中较少涉及的领域。 | NA | 旨在通过综述相关研究，揭示STIE和TIME的异质性及其对免疫治疗反应的影响，从而提高免疫治疗的疗效。 | 研究对象包括系统性肿瘤免疫环境（STIE）、肿瘤免疫微环境（TIME）及其相互作用，以及这些因素在肺癌、肝细胞癌和鼻咽癌中的作用。 | 免疫学 | 肺癌, 肝细胞癌, 鼻咽癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 132 | 2024-08-08 |
scSTEM: clustering pseudotime ordered single-cell data
2022-07-07, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02716-9
PMID:35799304
|
研究论文 | 开发了scSTEM方法，用于对从单细胞RNA测序数据中推断出的轨迹进行基因动态表达模式的聚类分析 | scSTEM通过使用多种度量方法总结基因表达并分配p值给聚类，从而识别显著的表达模式并比较不同路径上的模式 | NA | 开发一种新的方法来聚类分析单细胞RNA测序数据中的基因动态表达模式 | 单细胞RNA测序数据中的基因动态表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 |
| 133 | 2024-08-08 |
Spatial transcriptomics atlas reveals the crosstalk between cancer-associated fibroblasts and tumor microenvironment components in colorectal cancer
2022-07-06, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-022-03510-8
PMID:35794563
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学和批量RNA测序数据，探讨了结直肠癌中癌症相关成纤维细胞与肿瘤微环境之间的相互作用 | 本研究首次鉴定了两种不同类型的癌症相关成纤维细胞，并揭示了它们在肿瘤微环境中的功能意义 | NA | 探索结直肠癌中癌症相关成纤维细胞与肿瘤微环境之间的相互作用，为精准治疗提供依据 | 结直肠癌中的癌症相关成纤维细胞及其与肿瘤微环境的相互作用 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学（ST） | NA | RNA测序数据 | NA |
| 134 | 2024-08-08 |
Multi-omics molecular biomarkers and database of osteoarthritis
2022-07-05, Database : the journal of biological databases and curation
DOI:10.1093/database/baac052
PMID:35788653
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research paper | 本文构建了一个名为OAomics和分子生物标志物（OAOB）的在线数据库，整合了来自159篇出版物的多组学实验结果和2405个分类的OA相关基因标记，以及基于最近单细胞RNA测序数据的5459个关节细胞类型基因标记。 | 这是首个针对骨关节炎的分子生物标志物数据库。 | NA | 构建一个综合的在线数据库，用于存储和提供骨关节炎相关的分子生物标志物信息。 | 骨关节炎（OA）相关的基因标记和多组学特征。 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因数据 | 2405个分类的OA相关基因标记和5459个关节细胞类型基因标记 |
| 135 | 2024-08-08 |
Integrated analysis reveals the dysfunction of signaling pathways in uveal melanoma
2022-Jul-05, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-022-09822-8
PMID:35790930
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研究论文 | 本研究通过综合分析揭示了葡萄膜黑色素瘤中信号通路的失调 | 本研究通过单细胞测序数据和细胞间通信分析，揭示了葡萄膜黑色素瘤中主要和转移阶段之间信号通路的异常状态 | NA | 探索葡萄膜黑色素瘤中信号通路的失调，并为潜在的临床应用提供理论基础 | 葡萄膜黑色素瘤中的信号通路 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 健康数据集和三个葡萄膜黑色素瘤数据集 |
| 136 | 2024-08-08 |
Renal organoid modeling of tuberous sclerosis complex reveals lesion features arise from diverse developmental processes
2022-07-05, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111048
PMID:35793620
|
研究论文 | 研究通过遗传工程构建的人类肾脏类器官模型，模拟了TSC肾脏疾病的多种特征，并通过单细胞RNA测序揭示了TSC1或TSC2缺失对肾脏上皮、基质和胶质细胞发育过程的影响 | 首次报道了TSC肾脏疾病的遗传工程人类肾脏类器官模型，并通过单细胞RNA测序详细分析了TSC1或TSC2缺失对肾脏不同细胞类型的发育影响 | NA | 探究TSC肾脏疾病的发病机制 | TSC1或TSC2缺失对肾脏上皮、基质和胶质细胞发育的影响 | 数字病理学 | TSC综合症 | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 基因表达数据 | NA |
| 137 | 2024-08-08 |
The effects of sequencing depth on the assembly of coding and noncoding transcripts in the human genome
2022-Jul-04, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-022-08717-z
PMID:35787153
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研究论文 | 研究了测序深度对人类基因组中编码和非编码转录本组装准确性的影响 | 首次系统地探讨了测序深度对转录本组装的影响，并发现非编码转录本在不同测序深度下未出现饱和现象 | 研究结果受限于细胞或组织类型、读取类型以及转录本的性质和表达水平 | 探讨测序深度对转录本组装准确性的影响 | 人类基因组中的编码和非编码转录本 | 基因组学 | NA | RNA测序 | NA | 序列数据 | 671个人类短读数据集和4个长读数据集 |
| 138 | 2024-08-08 |
Peyer's patch TH17 cells are dispensable for gut IgA responses to oral immunization
2022-07, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abc5500
PMID:35776804
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研究论文 | 本研究探讨了Peyer's patch中的TH17细胞在口服免疫后肠道IgA反应中的作用 | 使用IL-17A命运报告鼠和MHC-II四聚体分析抗原特异性CD4 T细胞亚群，并通过单细胞RNA测序分离这些细胞，发现PP中抗原特异性T17细胞比例极低，且T17细胞的克隆型与T细胞不共享，表明T17细胞的可塑性不是T细胞分化的主要贡献者 | NA | 验证TH17细胞在口服免疫后肠道IgA反应中的必要性 | Peyer's patch中的TH17细胞及肠道免疫系统 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用两种T17缺陷小鼠模型进行研究 |
| 139 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing data analysis suggests the cell-cell interaction patterns of the pituitary-kidney axis
2022-07-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-14680-2
PMID:35778423
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序数据分析了垂体-肾脏轴的细胞间相互作用模式 | 首次详细描述了垂体和肾脏细胞类型间的配体-受体对相互作用模式 | NA | 深入了解垂体-肾脏轴的连接机制 | 垂体和肾脏的细胞类型及其相互作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用了来自GEO数据库的小鼠垂体和肾脏的单细胞转录组数据 |
| 140 | 2024-08-08 |
[Heterogeneity and function of uterine NK cells: A review]
2022-Jul, Xi bao yu fen zi mian yi xue za zhi = Chinese journal of cellular and molecular immunology
PMID:35786459
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综述 | 本文综述了子宫自然杀伤（NK）细胞的异质性和功能 | 通过单细胞测序技术，研究人员在人类子宫中发现了三种具有不同表型和功能的子宫NK细胞 | NA | 探讨子宫NK细胞在妊娠早期的异质性和功能 | 子宫NK细胞及其在妊娠中的作用 | 免疫学 | NA | 单细胞测序 | NA | 细胞 | NA |