单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-08-08	Human umbilical cord blood-derived MSCs trans-differentiate into endometrial cells and regulate Th17/Treg balance through NF-κB signaling in rabbit intrauterine adhesions endometrium 2022-07-15, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-022-02990-1 PMID:35841027	研究论文	本研究探讨了人脐带血来源的间充质干细胞（hUCB-MSCs）在移植后对兔子宫内膜粘连（IUA）后子宫内膜重建的影响及其潜在机制	本研究首次展示了hUCB-MSCs能够通过跨分化、免疫调节能力和NF-κB信号传导修复受损的子宫内膜	NA	研究hUCB-MSCs对子宫内膜重建的影响及其潜在机制	人脐带血来源的间充质干细胞（hUCB-MSCs）和兔子宫内膜粘连模型	NA	子宫内膜粘连	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA测序、qRT-PCR和Western blot	NA	细胞	六个IUA样本
102	2024-08-08	Recombinant DTβ4-inspired porous 3D vascular graft enhanced antithrombogenicity and recruited circulating CD93+/CD34+ cells for endothelialization 2022-07-15, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abn1958 PMID:35857526	研究论文	本文研究了一种基于重组DTβ4启发的多孔3D血管移植物，该移植物具有调节聚合物成分、孔隙度、机械强度和降解速率的能力，并能通过高度多孔结构实现肝素结合肽和二聚体胸腺素β4（DTβ4）的三维图案化，从而增强抗血栓形成和招募循环中的CD93+/CD34+细胞以促进内皮化。	本文创新性地利用DTβ4启发的多孔3D血管移植物，通过单细胞RNA测序分析和细胞追踪研究，识别出髓源性CD93/CD34细胞作为主要贡献者，促进了小口径动脉的再生。	NA	研究匹配材料降解与宿主重塑（包括内皮化和肌肉重塑）的血管再生方法。	基于重组DTβ4启发的多孔3D血管移植物及其在血管再生中的应用。	生物医学工程	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	兔子模型
103	2024-08-08	Single-cell profiling of immune cells after neoadjuvant pembrolizumab and chemotherapy in IIIA non-small cell lung cancer (NSCLC) 2022-07-13, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-022-05057-4 PMID:35831283	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和TCR测序，分析了非小细胞肺癌患者在接受新辅助化疗联合免疫检查点抑制剂治疗前后的免疫细胞变化	发现了B细胞和CD4 T细胞的协同增加与新辅助化疗联合免疫治疗的积极治疗反应相关，并揭示了B细胞IgG亚类IgG1和IgG3在抗肿瘤免疫反应中的关键作用	NA	探究非小细胞肺癌患者在接受新辅助化疗联合免疫检查点抑制剂治疗后的免疫细胞变化及其机制	非小细胞肺癌患者的免疫细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，TCR测序	NA	单细胞RNA测序数据	186,477个免疫细胞来自48个样本，包括26个未治疗和30个接受新辅助化疗联合免疫治疗的IIIA/IIIB非小细胞肺癌患者
104	2024-08-08	Integrated single cell and spatial transcriptomics reveal autoreactive differentiated B cells in joints of early rheumatoid arthritis 2022-07-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-15293-5 PMID:35831338	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术，探讨了早期类风湿性关节炎关节组织中分化B细胞的存在及其特性	首次揭示了早期类风湿性关节炎关节组织中存在自身反应性分化B细胞，并展示了局部B细胞成熟和浆细胞生存的组织结构	样本量较小，仅包括8个滑膜活检样本	探究早期类风湿性关节炎关节组织中分化B细胞的存在及其在疾病发展中的作用	类风湿性关节炎患者的滑膜组织中的B细胞	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	RNA序列	8个滑膜活检样本，3414个B细胞
105	2024-08-08	Single-cell transcriptional pharmacodynamics of trifluridine in a tumor-immune model 2022-07-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-16077-7 PMID:35831404	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术评估三氟胸苷在肿瘤-免疫共培养模型中的转录药效学效应	首次在肿瘤和免疫细胞的共培养模型中使用单细胞RNA测序技术评估三氟胸苷的药效学效应，并提供了对T细胞介导的抗肿瘤反应的治疗诱导效应的新见解	NA	理解化疗的免疫学效应，特别是在化疗和免疫治疗结合的时代	人结直肠癌细胞和外周血单个核细胞的共培养模型	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	数千个单独的癌症和免疫细胞
106	2024-08-08	A functional reference map of the RNF8 interactome in cancer 2022-07-13, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-022-00331-z PMID:35831895	研究论文	本研究通过LC-MS技术构建了RNF8在癌症中的互作组参考图谱，并发现了新的互作蛋白和生物学功能	首次构建了RNF8的互作组参考图谱，并揭示了RNF8与神经退行性疾病及肿瘤浸润免疫细胞的关联	NA	探索RNF8在癌症中的生物学功能及其作为治疗靶点的潜力	RNF8互作蛋白及其在癌症中的作用	NA	癌症	LC-MS	NA	RNA-seq数据	NA
107	2024-08-08	SH3GLB1-related autophagy mediates mitochondrial metabolism to acquire resistance against temozolomide in glioblastoma 2022-Jul-13, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-022-02429-8 PMID:35831908	研究论文	研究SH3GLB1基因在胶质母细胞瘤中通过自噬调节线粒体代谢，从而获得对替莫唑胺（TMZ）的耐药性的机制	首次揭示了SH3GLB1通过调节自噬影响线粒体功能，从而在胶质母细胞瘤中产生对TMZ的耐药性	研究主要集中在体外和动物模型中，需要进一步的临床验证	探讨胶质母细胞瘤如何逃避替莫唑胺诱导的细胞毒性，特别是线粒体在此过程中的作用	胶质母细胞瘤细胞、SH3GLB1基因、线粒体代谢	NA	脑肿瘤	RNA干扰、基因扩增、单细胞转录组分析	NA	RNA转录组	临床样本和肿瘤细胞
108	2024-08-08	Targeted inducible delivery of immunoactivating cytokines reprograms glioblastoma microenvironment and inhibits growth in mouse models 2022-07-13, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abl4106 PMID:35857642	研究论文	本文利用基于慢病毒载体的平台，体外改造造血干细胞，使其肿瘤浸润的单核/巨噬细胞后代在空间和时间上选择性释放干扰素-α（IFN-α）或白细胞介素-12（IL-12），以重编程胶质母细胞瘤的微环境并抑制其在小鼠模型中的生长。	本文创新性地利用慢病毒载体改造造血干细胞，实现免疫激活细胞因子在肿瘤微环境中的选择性释放，从而克服了系统性给药的严重毒性问题。	NA	研究旨在开发一种新的治疗胶质母细胞瘤的方法，通过重编程肿瘤微环境来提高免疫疗法的疗效。	胶质母细胞瘤（GBM）及其免疫抑制性肿瘤微环境（TME）。	数字病理学	脑肿瘤	慢病毒载体	NA	单细胞RNA测序数据	使用同基因GBM小鼠模型进行实验
109	2024-08-08	Detection of cell markers from single cell RNA-seq with sc2marker 2022-Jul-12, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-022-04817-5 PMID:35831796	research paper	本文提出了一种基于最大边缘指数和抗体蛋白数据库的sc2marker方法，用于从单细胞RNA测序数据中选择流式细胞术或成像的标记物	sc2marker方法在准确性上优于竞争方法，同时具有竞争性的运行时间	NA	开发一种新的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中选择特定标记基因	单细胞RNA测序数据中的免疫细胞和基质细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	最大边缘指数	RNA测序数据	NA
110	2024-08-08	scDLC: a deep learning framework to classify large sample single-cell RNA-seq data 2022-Jul-12, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-022-08715-1 PMID:35831808	研究论文	本文提出了一种名为scDLC的深度学习框架，用于分类大型样本的单细胞RNA测序数据	scDLC基于长短期记忆循环神经网络（LSTMs），不需要对数据分布有先验知识，而是考虑了最显著特征基因的依赖性	NA	开发一种新的深度学习方法，用于处理大型样本的单细胞RNA测序数据分类问题	大型样本的单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	长短期记忆循环神经网络（LSTMs）	单细胞RNA测序数据	大型样本
111	2024-08-08	Propensity score matching enables batch-effect-corrected imputation in single-cell RNA-seq analysis 2022-07-18, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac275 PMID:35821114	研究论文	本文提出了一种新的倾向评分匹配方法（scPSM），用于单细胞RNA测序数据中同时去除批次效应、填补缺失值和降噪	scPSM方法结合了因果推断的思想，通过从深度测序批次中借用信息并进行加权平均，实现了在全基因表达空间内的批次效应校正、缺失值填补和数据降噪	NA	旨在解决单细胞RNA测序数据中的批次效应和缺失值问题	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	倾向评分匹配	基因表达数据	涉及多种真实的单细胞RNA测序数据集
112	2024-08-08	Single-cell atlas of keratoconus corneas revealed aberrant transcriptional signatures and implicated mechanical stretch as a trigger for keratoconus pathogenesis 2022-Jul-12, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-022-00397-z PMID:35821117	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了圆锥角膜患者和健康个体的中央角膜细胞，揭示了疾病进展中每种细胞类型的作用	发现了圆锥角膜基质细胞中的两个潜在新型标记物CTSD和CTSK，以及YAP1和TEAD1水平的升高，并揭示了机械拉伸在圆锥角膜进展中的作用	NA	深入理解圆锥角膜发病机制，为诊断和潜在干预提供见解	圆锥角膜患者和健康个体的中央角膜细胞	数字病理学	眼科疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	细胞	39,214个细胞
113	2024-08-08	Ductal keratin 15+ luminal progenitors in normal breast exhibit a basal-like breast cancer transcriptomic signature 2022-Jul-12, NPJ breast cancer IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s41523-022-00444-8 PMID:35821504	研究论文	本文通过结合显微镜下采集的乳房缩小手术中的类器官和单细胞mRNA测序（scRNA-seq），研究了正常乳腺管腔上皮祖细胞与基底样乳腺癌之间的转录组特征关系	首次通过空间映射和基因表达谱比较，揭示了正常乳腺管腔祖细胞与基底样乳腺癌之间的强相关性	NA	探讨正常乳腺管腔上皮祖细胞与基底样乳腺癌的细胞起源和转录组特征	正常乳腺管腔上皮祖细胞和基底样乳腺癌	数字病理学	乳腺癌	单细胞mRNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	来自乳房缩小手术的类器官和通过FACS排序的管腔上皮细胞
114	2024-08-08	Mesenchymal-epithelial interaction regulates gastrointestinal tract development in mouse embryos 2022-07-12, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111053 PMID:35830795	research paper	本研究利用单细胞RNA测序和空间RNA测序技术，构建了小鼠胚胎期E9.5至E15.5胃和肠的时空转录组图谱	识别了多个亚群，包括Lox胃间质、Aldh1a3小肠间质和Adamdec1大肠间质，并揭示了上皮和间质细胞的区域化和异质性	NA	探究胚胎期小鼠胃和肠发育的细胞和分子变化机制	小鼠胚胎期胃和肠的发育过程	NA	NA	单细胞RNA测序，空间RNA测序	NA	RNA	小鼠胚胎期E9.5至E15.5的胃和肠样本
115	2024-08-08	A guiding role of the Arabidopsis circadian clock in cell differentiation revealed by time-series single-cell RNA sequencing 2022-07-12, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111059 PMID:35830805	研究论文	本文通过时间序列单细胞RNA测序，揭示了拟南芥生物钟在细胞分化中的指导作用	利用高细胞命运可塑性的植物细胞进行单细胞RNA测序，开发了PeakMatch方法分析细胞分化过程，发现时钟基因表达变化先于细胞分化	NA	探究生物钟是否调控细胞分化	拟南芥的细胞分化过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
116	2024-08-08	A human adipose tissue cell-type transcriptome atlas 2022-07-12, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111046 PMID:35830816	研究论文	本研究通过未分选的人体脂肪组织RNA-seq数据，解析了细胞类型特异性转录组图谱	本研究提供了一种利用批量RNA-seq数据来分析细胞类型特异性转录组的可访问方法	NA	定义细胞类型特异性基因并解析其在人体脂肪组织中的表达	人体脂肪组织的细胞类型特异性转录组	NA	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA-seq数据	527个内脏脂肪组织样本和646个皮下脂肪组织样本
117	2024-08-08	Lymphocyte subsets in Atlantic cod (Gadus morhua) interrogated by single-cell sequencing 2022-07-11, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-03645-w PMID:35821077	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了大西洋鳕鱼（Gadus morhua）脾脏中的淋巴细胞异质性	首次描述了大西洋鳕鱼中的五种T细胞亚群和八种B细胞亚群，并提出了B细胞的分化轨迹	NA	进一步阐明因缺乏CD4阳性T淋巴细胞而引发的免疫适应性	大西洋鳕鱼（Gadus morhua）的淋巴细胞亚群	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
118	2024-08-08	Increased H3K27 trimethylation contributes to cone survival in a mouse model of cone dystrophy 2022-Jul-10, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-022-04436-6 PMID:35810394	研究论文	本研究使用Pde6c小鼠模型，探讨了组蛋白去甲基化酶抑制剂GSK-J4对锥细胞生存的潜在治疗益处	首次研究了GSK-J4对锥细胞生存的影响，并发现其通过调节甲基化和乙酰化之间的相互作用，对受遗传性视网膜疾病影响的锥细胞有积极响应	NA	探讨GSK-J4对锥细胞生存的影响及其在遗传性视网膜疾病治疗中的潜在应用	Pde6c小鼠模型中的锥细胞	遗传性视网膜疾病	遗传性视网膜疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
119	2024-08-08	Innate immune regulation in HIV latency models 2022-07-08, Retrovirology IF:2.7Q3 DOI:10.1186/s12977-022-00599-z PMID:35804422	研究论文	本文评估了在多种T细胞模型中，HIV潜伏期内的先天免疫和IFN反应	发现了潜伏感染的T细胞系在先天免疫激活或类型1 IFN治疗下未能诱导特定的干扰素刺激基因（ISGs）	NA	研究HIV潜伏期内的先天免疫调控机制	HIV潜伏模型中的T细胞	NA	HIV感染	RNA测序	NA	RNA	包括已建立的潜伏细胞系、Jurkat细胞以及ART抑制的初级CD4+ T细胞模型
120	2024-08-08	The Desmoplastic Stroma of Pancreatic Cancer: Multilayered Levels of Heterogeneity, Clinical Significance, and Therapeutic Opportunities 2022-Jul-05, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers14133293 PMID:35805064	综述	本文综述了胰腺癌中促结缔组织增生基质的多层次异质性及其临床意义和治疗机会	利用单细胞转录组学和多重组织成像技术，深入了解胰腺癌患者和遗传工程小鼠模型中CAF的异质性	NA	探讨胰腺癌促结缔组织增生基质的分子病理基础及其在临床治疗中的潜在应用	胰腺癌中的促结缔组织增生基质及其相关纤维母细胞（CAFs）	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组学、多重组织成像技术	NA	组织	NA