单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-08-08	The role of microglial/macrophagic salt-inducible kinase 3 on normal and excessive phagocytosis after transient focal cerebral ischemia 2022-Jul-21, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-022-04465-1 PMID:35864266	研究论文	本研究通过创建转基因的tamoxifen诱导的Mi/MΦ特异性SIK3条件性敲除（SIK3-cKO）小鼠，探讨了SIK3在短暂性脑缺血（tFCI）诱导的吞噬功能中的作用。	首次揭示了SIK3在中枢神经系统疾病中对Mi/MΦ吞噬作用的影响，并发现促进Mi/MΦ的抗炎异质化可以抑制活细胞的“过度吞噬”并促进凋亡细胞的“正常吞噬”。	NA	探讨SIK3在中枢神经系统疾病中对Mi/MΦ吞噬功能的影响及其潜在机制。	Mi/MΦ特异性SIK3条件性敲除（SIK3-cKO）小鼠及其在短暂性脑缺血（tFCI）后的吞噬功能。	神经科学	脑血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
82	2024-08-08	SnapShot: Spatial transcriptomics 2022-07-21, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2022.06.002 PMID:35868280	research paper	本文介绍了利用RNA测序原理的空间转录组学方法，这些方法有助于解析组织的分子景观，并通过与组织形态学的结合，实现对细胞形态和转录过程在时间和空间上的健康与疾病状态的分析。	NA	NA	解析组织的分子景观，并结合组织形态学进行细胞形态和转录过程的分析。	空间转录组学方法及其在健康与疾病状态下的应用。	digital pathology	NA	RNA sequencing	NA	sequencing data	NA
83	2024-08-08	Identification and Characterization of Cancer-Associated Fibroblast Subpopulations in Lung Adenocarcinoma 2022-Jul-18, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers14143486 PMID:35884546	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，鉴定并描述了人肺腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的亚群及其转录组和功能特征	本研究首次通过单细胞RNA测序技术鉴定了肺腺癌中CAFs的多个亚群，并描述了它们的功能特征	NA	鉴定并描述肺腺癌中癌症相关成纤维细胞的亚群及其转录组和功能特征	人肺腺癌中的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
84	2024-08-08	Differential Expression Analysis of Single-Cell RNA-Seq Data: Current Statistical Approaches and Outstanding Challenges 2022-Jul-18, Entropy (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/e24070995 PMID:35885218	综述	本文综述了单细胞RNA测序数据差异表达分析的当前统计方法及其面临的挑战	将现有的差异表达分析方法分为六大类，并讨论了每类方法的局限性及后续方法如何解决这些局限	指出了当前方法的局限性，并强调了开发下一代创新方法需要解决的挑战	旨在为基因组研究人员和实验生物学家提供选择分析方法的客观指南	单细胞RNA测序数据的差异表达分析方法及其统计原理	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	数千个基因在数百万个细胞中的表达数据
85	2024-08-08	The Analysis of the Human Megakaryocyte and Platelet Coding Transcriptome in Healthy and Diseased Subjects 2022-Jul-11, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23147647 PMID:35886993	综述	本文综述了利用批量和单细胞RNA测序技术研究健康和疾病状态下人类巨核细胞和血小板编码转录组的研究进展	介绍了单细胞RNA测序技术在血小板研究中的潜在应用，以及如何结合多组学方法解开未解释的遗传性血小板疾病	批量RNA测序在研究体外培养的高度异质性巨核细胞时存在局限性，而单细胞RNA测序由于血小板RNA含量极少尚未应用于血小板	探讨如何利用RNA测序技术在遗传性血小板疾病领域进行基因发现和揭示新的疾病机制	人类巨核细胞和血小板的编码转录组	数字病理学	遗传性血小板疾病	RNA测序（RNA-seq）	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
86	2024-08-08	Spatial Profiling of Protein and RNA Expression in Tissue: An Approach to Fine-tune Virtual Microdissection 2022-07-06, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/62651 PMID:35876560	研究论文	本文研究了空间蛋白质和RNA表达的组织分析方法，通过自动化定制抗体可视化协议与空间蛋白质组学检测相结合，优化虚拟显微切割技术	开发了一种3重免疫荧光（IF）检测方法，利用酪胺信号放大（TSA）增强荧光信号，并评估了DAPI替换为SYTO染料的效果，以适应空间分析平台	该自动化可视化协议不适用于空间转录组学检测	探讨空间蛋白质组学技术在自动化标准化协议指导下选择感兴趣区域（ROI）的效益	组织中的蛋白质和RNA表达	数字病理学	NA	免疫荧光（IF）检测，酪胺信号放大（TSA）	NA	图像	收集了直径为50 µm和300 µm的感兴趣区域（ROI），分别对应约15个细胞和100个细胞
87	2024-08-08	Drug-Target Network Study Reveals the Core Target-Protein Interactions of Various COVID-19 Treatments 2022-07-06, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes13071210 PMID:35885993	研究论文	本研究通过文献挖掘和蛋白质相互作用网络分析，揭示了多种COVID-19治疗药物的核心靶蛋白相互作用	利用Steiner树分析提取核心子网络，并结合单细胞RNA测序数据，构建了与COVID-19严重程度相关的人类靶蛋白模块	NA	揭示COVID-19治疗药物的核心靶蛋白相互作用，为药物发现或药物再利用提供知识基础	COVID-19治疗药物及其靶蛋白相互作用	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序	Steiner树分析	蛋白质相互作用网络数据	174种广泛使用的COVID-19药物，34个相互关联的基因，1355种人类组织细胞类型
88	2024-08-08	Haisu: Hierarchically supervised nonlinear dimensionality reduction 2022-07, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1010351 PMID:35862429	研究论文	提出了一种将层次监督标签信息融入非线性降维技术的新策略，名为Haisu	Haisu方法通过变量扰动高维空间，保留了可视化方法的核心特征，并在提供已知或假设类别标签时改变流形，以尊重这些标签	NA	旨在帮助发现和理解受父子关系强烈影响的复杂数据集中的潜在模式	单细胞RNA测序数据集	机器学习	NA	非线性降维技术（如t-SNE, UMAP, PHATE）	NA	数据集	多个单细胞RNA测序数据集
89	2024-08-08	Multimodule characterization of immune subgroups in intrahepatic cholangiocarcinoma reveals distinct therapeutic vulnerabilities 2022-07, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2022-004892 PMID:35863823	研究论文	本研究通过多模块分析，揭示了肝内胆管癌（iCCA）中三种不同的免疫亚群及其治疗脆弱性	本研究首次通过综合基因组、转录组和蛋白质组数据，识别出肝内胆管癌的三种免疫亚群，并探讨了它们与治疗反应的关系	研究样本量相对较小，且未涵盖所有可能的免疫亚群	深入了解肝内胆管癌的免疫基因组特征，为个性化免疫治疗提供依据	肝内胆管癌及其邻近肝组织	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组、转录组和蛋白质组数据	255对肝内胆管癌和邻近肝组织样本
90	2024-08-08	Distinct Inflammatory Macrophage Populations Sequentially Infiltrate Bone-to-Tendon Interface Tissue After Anterior Cruciate Ligament (ACL) Reconstruction Surgery in Mice 2022-Jul, JBMR plus IF:3.4Q2 DOI:10.1002/jbm4.10635 PMID:35866148	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序、流式细胞术和转录组学方法，分析了小鼠前交叉韧带重建手术后骨-腱界面组织中巨噬细胞的功能表型	发现了新的“手术诱导”高度炎症性CD9+ IL1+巨噬细胞群体，该群体表达与中性粒细胞相关的基因，并在手术后1天达到峰值，随后逐渐转变为更趋向于稳态的表型	NA	探讨巨噬细胞在肌肉骨骼组织手术修复后的愈合过程中的作用	小鼠前交叉韧带重建手术后的骨-腱界面组织中的巨噬细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠前交叉韧带重建模型
91	2024-08-08	Integrative analysis of omics summary data reveals putative mechanisms linked to different cell populations in systemic lupus erythematosus 2022-07, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2022.110435 PMID:35878812	研究论文	本文通过综合分析系统性红斑狼疮（SLE）的组学总结数据，揭示了与不同细胞群体相关的潜在机制。	本文提出了一种基于GWAS位点的单细胞水平基因和调控元件优先级分析范式，并识别了SLE的两种中介模式：转录中介模型和表观遗传中介模型。	NA	揭示系统性红斑狼疮在不同细胞群体中的发病机制。	系统性红斑狼疮的基因和表观遗传调控机制。	数字病理学	系统性红斑狼疮	GWAS, eQTL, LD, mQTL	NA	单细胞RNA测序数据	NA
92	2024-08-08	Panoramic comparison between NK cells in healthy and cancerous liver through single-cell RNA sequencing 2022-Jul-21, Cancer biology & medicine IF:5.6Q1 DOI:10.20892/j.issn.2095-3941.2022.0050 PMID:35856557	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术比较了健康和癌症肝脏中的NK细胞，揭示了NK细胞在肝细胞癌环境中的生物学特征和潜在的预后标志物	首次详细描述了健康人肝脏中NK细胞的5个特定亚群，并发现肝细胞癌和癌旁组织中缺失某些具有强抗癌活性的NK细胞亚群	样本量较小，仅包括1个血液样本和3个健康肝脏组织样本，4个肝细胞癌肿瘤组织样本及1个癌旁肝脏组织样本	确定NK细胞在肝细胞癌发生和预后中的作用	NK细胞在健康和肝细胞癌环境中的发育进程、转录组景观和功能亚型	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	1个血液样本，3个健康肝脏组织样本，4个肝细胞癌肿瘤组织样本，1个癌旁肝脏组织样本
93	2024-08-08	Single-cell transcriptome of the mouse retinal pigment epithelium in response to a low-dose of doxorubicin 2022-07-20, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-03676-3 PMID:35859009	研究论文	研究分析了正常小鼠和低剂量多柔比星诱导的视网膜色素上皮细胞衰老小鼠的单细胞转录组	首次详细描述了正常视网膜色素上皮细胞和衰老视网膜色素上皮细胞的单细胞RNA图谱，并发现了与衰老相关的新的基因表达变化	NA	探讨视网膜色素上皮细胞在衰老过程中的单细胞转录组变化	小鼠视网膜色素上皮细胞	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	正常小鼠和低剂量多柔比星处理的小鼠
94	2024-08-08	Single-cell multiomics analysis reveals regulatory programs in clear cell renal cell carcinoma 2022-Jul-19, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-022-00415-0 PMID:35853872	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）技术，分析了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的转录和表观基因组图谱，揭示了肿瘤细胞特异性的调控程序及其潜在的治疗靶点。	本文首次综合应用单细胞多组学技术，揭示了ccRCC细胞异质性和细胞间通讯的详细机制，并识别了具有预后意义的转录因子。	NA	旨在深入理解透明细胞肾细胞癌的细胞结构和基因调控特征，并探索潜在的治疗策略。	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的微环境及其细胞和基因调控特征。	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）	NA	转录组，表观基因组	未具体说明样本数量
95	2024-08-08	FAM69C, a kinase critical for synaptic function and memory, is defective in neurodegenerative dementia 2022-07-19, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111101 PMID:35858575	研究论文	本文报道了FAM69C激酶在神经退行性痴呆中的关键作用，并通过多种实验方法验证了其在记忆和突触功能中的保护作用。	首次揭示FAM69C激酶在神经退行性痴呆中的作用，并提出其作为治疗记忆丧失的潜在靶点。	NA	探讨FAM69C激酶在神经退行性痴呆中的分子机制及其作为治疗靶点的可能性。	FAM69C激酶及其在神经退行性痴呆中的作用。	NA	神经退行性痴呆	单细胞RNA测序、电生理学、形态学和行为学实验、磷酸蛋白质组学	NA	RNA、蛋白质	Fam69c敲除小鼠及阿尔茨海默病患者的死后脑组织样本
96	2024-08-08	Monocytic myeloid-derived suppressive cells mitigate over-adipogenesis of bone marrow microenvironment in aplastic anemia by inhibiting CD8+ T cells 2022-07-18, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-022-05080-5 PMID:35851002	研究论文	本研究探讨了单核细胞来源的抑制细胞（mMDSCs）在再生障碍性贫血（AA）中通过抑制CD8+ T细胞减轻骨髓微环境过度脂肪生成的作用	首次揭示了mMDSCs通过抑制T细胞增殖和IFN-γ产生，减少骨髓中未成熟的Adipo-Cxcl12-丰富的网状细胞，从而重建骨髓造血前体细胞，恢复骨髓免疫平衡	NA	研究mMDSCs在AA中对骨髓微环境的影响及其免疫调节机制	骨髓间充质基质细胞（BM-MSCs）和单核细胞来源的抑制细胞（mMDSCs）	NA	再生障碍性贫血	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	AA小鼠模型中的骨髓细胞
97	2024-08-08	Heparanase is a prognostic biomarker independent of tumor purity and hypoxia based on bioinformatics and immunohistochemistry analysis of esophageal squamous cell carcinoma 2022-Jul-16, World journal of surgical oncology IF:2.5Q1 DOI:10.1186/s12957-022-02698-9 PMID:35840985	研究论文	本研究通过生物信息学和免疫组化分析，探讨了肝素酶（HPSE）作为食管鳞状细胞癌（ESCC）独立于肿瘤纯度和缺氧状态的预后生物标志物的潜力	发现肝素酶（HPSE）是食管鳞状细胞癌中独立于肿瘤纯度和缺氧状态的新型预后生物标志物	NA	研究肝素酶（HPSE）在食管鳞状细胞癌中的预后价值及其与肿瘤微环境的关系	食管鳞状细胞癌（ESCC）及其肿瘤微环境	数字病理学	食管癌	生物信息学分析、免疫组化、单细胞测序	蛋白质-蛋白质相互作用网络（PPI）	组织微阵列	使用公共ESCC队列数据进行分析，具体样本数量未详述
98	2024-08-08	ZnT8 loss-of-function accelerates functional maturation of hESC-derived β cells and resists metabolic stress in diabetes 2022-07-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-31829-9 PMID:35842441	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，发现ZnT8功能丧失（LOF）能加速人胚胎干细胞衍生的β细胞（SC-β细胞）的功能成熟，并增强其对代谢应激的抵抗力。	首次揭示了ZnT8 LOF通过解除锌对胰岛素分泌的负反馈抑制，促进SC-β细胞的葡萄糖刺激胰岛素分泌（GSIS），并通过调节锌水平减轻内质网（ER）压力，赋予SC-β细胞对脂毒性和糖毒性引起的细胞死亡的抵抗力。	NA	探索ZnT8 LOF对SC-β细胞功能成熟和代谢应激抵抗的影响，以期为糖尿病治疗提供新的细胞替代疗法。	人胚胎干细胞衍生的β细胞（SC-β细胞）及其在糖尿病治疗中的应用。	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
99	2024-08-08	Integrated single-cell analyses decode the developmental landscape of the human fetal spine 2022-Jul-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.104679 PMID:35832888	研究论文	本研究利用综合单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序分析，揭示了发育中的人类脊柱的细胞异质性、谱系和转录调控网络	发现具有干细胞特性的成纤维细胞可以通过高表达软骨生成标记物分化为软骨细胞；神经元可能起源于神经内分泌细胞，MEIS2可能是促进脊髓神经前体细胞在早期妊娠中选择性分化为神经元的关键转录因子；NRP2_SEMA3C和CD74_APP在巨噬细胞和神经元之间的相互作用可能对脊髓发育至关重要	NA	揭示人类胎儿脊柱发育的细胞层面特征	人类胎儿脊柱的细胞异质性、谱系和转录调控网络	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、单细胞转座酶可及染色质测序	NA	RNA序列数据	NA
100	2024-08-08	Clinical assessment and molecular mechanism of the upregulation of Toll-like receptor 2 (TLR2) in myocardial infarction 2022-07-15, BMC cardiovascular disorders IF:2.0Q3 DOI:10.1186/s12872-022-02754-y PMID:35840880	研究论文	本文研究了 Toll 样受体 2 (TLR2) 在心肌梗死 (MI) 中的临床评估和分子机制	首次阐明了 TLR2 在 MI 中的临床价值和分子机制	TLR2 的机制仍不完全清楚，需要进一步研究	阐明 TLR2 在 MI 中的临床价值和分子机制	TLR2 在 MI 中的表达和作用机制	心血管疾病	心血管疾病	单细胞 RNA 测序	NA	基因表达数据	包括 325 例 MI 和 306 例对照