单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-08-08	scGENA: A Single-Cell Gene Coexpression Network Analysis Framework for Clustering Cell Types and Revealing Biological Mechanisms 2022-Jul-30, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering9080353 PMID:36004879	研究论文	本文介绍了一种名为scGENA的新框架，用于基于单细胞RNA测序数据的基因共表达网络分析，以聚类细胞类型并揭示生物学机制	scGENA提供了一个集成的流程，涵盖了数据探索、质量控制、归一化、插补和降维等预处理步骤，以及基因共表达网络分析的下游处理	NA	构建一个综合的分析流程，用于单细胞RNA测序数据的基因共表达网络分析	单细胞RNA测序数据中的细胞类型和生物学机制	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA测序	基因共表达网络	基因表达数据	1600个细胞和39,851个基因
62	2024-08-08	ACUTE AND SUSTAINED ALTERATIONS TO THE BONE MARROW IMMUNE MICROENVIRONMENT FOLLOWING POLYMICROBIAL INFECTION 2022-07-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000001951 PMID:35984760	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了多微生物感染后骨髓免疫微环境的急性及持续性改变	首次全面分析了脓毒症引起的免疫细胞景观内的转录变化	研究仅限于Friend白血病病毒B小鼠模型，可能限制了结果的普遍性	探讨多微生物感染后骨髓免疫微环境的急性及持续性改变	骨髓中的免疫细胞	NA	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	RNA	3402个单细胞样本
63	2024-08-08	Transcriptomes of Injured Lamprey Axon Tips: Single-Cell RNA-Seq Suggests Differential Involvement of MAPK Signaling Pathways in Axon Retraction and Regeneration after Spinal Cord Injury 2022-07-27, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11152320 PMID:35954164	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了脊椎损伤后七鳃鳗轴突尖端的转录组，探讨了MAPK信号通路在轴突回缩和再生中的差异性作用。	首次使用单细胞RNA测序技术分析脊椎损伤后七鳃鳗轴突尖端的转录组，揭示了MAPK信号通路在轴突再生和回缩中的差异性作用。	研究仅限于七鳃鳗的轴突尖端，且样本量相对较小，可能限制了结果的普遍性和广泛应用。	探讨脊椎损伤后轴突再生和回缩过程中MAPK信号通路的差异性作用。	七鳃鳗脊椎损伤后的轴突尖端。	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	共采集了24个轴突尖端样本，包括10个生长中的、9个静止的和5个回缩的轴突尖端。
64	2024-08-08	The impact of neoadjuvant chemotherapy on the tumor microenvironment in advanced high-grade serous carcinoma 2022-Jul-30, Oncogenesis IF:5.9Q1 DOI:10.1038/s41389-022-00419-1 PMID:35907904	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了新辅助化疗（NACT）前后高级浆液性输卵管癌的肿瘤微环境变化	首次展示了NACT前后肿瘤微环境中恶性上皮细胞的高度异质性，并揭示了主要耐药克隆的存在及其与不良临床预后的关联	仅基于单一病例的样本，可能限制了研究结果的普遍性	探讨新辅助化疗对高级浆液性癌肿瘤微环境的影响及耐药机制	高级浆液性卵巢、输卵管或腹膜癌	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	共分析了32,079个单细胞，其中17,249个来自NACT前的肿瘤组织样本，14,830个来自NACT后的肿瘤组织样本
65	2024-08-08	Single cell transcriptome sequencing of inspiratory neurons of the preBötzinger complex in neonatal mice 2022-07-30, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-022-01569-y PMID:35907922	研究论文	本研究对新生小鼠脑干preBötzinger复合体中的吸气神经元进行了单细胞转录组测序	首次对preBötzinger复合体中的吸气神经元进行单细胞RNA测序，提供了这些神经元转录组的详细信息	NA	研究脑干preBötzinger复合体中吸气神经元的转录组	新生小鼠脑干preBötzinger复合体中的吸气神经元	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	多个神经元的细胞内容物
66	2024-08-08	CXCR4high megakaryocytes regulate host-defense immunity against bacterial pathogens 2022-07-29, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.78662 PMID:35904250	研究论文	本文通过单细胞测序技术发现了一群高表达CXCR4的巨核细胞亚群，这些细胞在细菌感染中调节宿主防御免疫反应	首次揭示了高表达CXCR4的巨核细胞在细菌感染中的免疫调节作用及其机制	NA	研究巨核细胞在细菌感染中的免疫调节作用	巨核细胞及其在细菌感染中的免疫功能	NA	NA	单细胞测序	NA	细胞	使用造血干细胞系追踪的小鼠模型进行研究
67	2024-08-08	Single-cell transcriptomic analysis of vascular endothelial cells in zebrafish embryos 2022-07-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-17127-w PMID:35906287	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了斑马鱼胚胎中血管内皮细胞的转录组特征	首次揭示了斑马鱼胚胎发育早期血管内皮细胞的单细胞转录组图谱，并识别出六种不同的血管内皮细胞亚型	NA	探索斑马鱼胚胎中血管内皮细胞多样性的分子机制	斑马鱼胚胎中的血管内皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	从斑马鱼胚胎中分离的血管内皮细胞
68	2024-08-08	Polarization disorder of decidual NK cells in unexplained recurrent spontaneous abortion revealed by single-cell transcriptome analysis 2022-Jul-27, Reproductive biology and endocrinology : RB&E IF:4.2Q1 DOI:10.1186/s12958-022-00980-9 PMID:35897028	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和高通量转录组测序分析，探讨了不明原因反复自然流产患者中基质自然杀伤细胞的特征分布	首次通过单细胞RNA测序揭示了不明原因反复自然流产患者中基质自然杀伤细胞的分化过程和极化紊乱	样本量较小，仅包括正常孕妇和不明原因反复自然流产患者的各3例样本	探究不明原因反复自然流产患者中基质自然杀伤细胞的特征分布及其在免疫耐受微环境中的作用	不明原因反复自然流产患者的基质自然杀伤细胞	数字病理学	妊娠疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	正常孕妇3例，不明原因反复自然流产患者3例
69	2024-08-08	A Differentiation-Related Gene Prognostic Index Contributes to Prognosis and Immunotherapy Evaluation in Patients with Hepatocellular Carcinoma 2022-07-26, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11152302 PMID:35892599	研究论文	本研究构建了一个基于肝细胞癌（HCC）分化相关基因的DRGPI，用于评估免疫检查点抑制剂（ICI）治疗的预后和效益	首次探讨了细胞分化相关分子在预测ICI治疗效益和预后中的潜在价值	NA	研究HCC细胞的分化轨迹及其临床意义	肝细胞癌患者及其免疫治疗评估	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序	NA	RNA序列数据	四个HCC样本
70	2024-08-08	Single-Cell Transcriptome Analysis of Radiation Pneumonitis Mice 2022-Jul-26, Antioxidants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antiox11081457 PMID:35892659	研究论文	本研究通过无偏差的单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了辐射性肺炎（RP）小鼠模型的单细胞病理景观	首次揭示了RP小鼠肺组织中不同细胞亚型的具体贡献，并发现了特定亚群的巨噬细胞和线粒体基因表达的变化	NA	探讨辐射性肺炎小鼠模型中不同细胞亚型对肺损伤的具体贡献	辐射性肺炎（RP）小鼠的肺组织	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
71	2024-08-08	Immunomodulatory Responses of Subcapsular Sinus Floor Lymphatic Endothelial Cells in Tumor-Draining Lymph Nodes 2022-Jul-24, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers14153602 PMID:35892863	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了肿瘤引流淋巴结中的淋巴内皮细胞的免疫调节反应	发现了肿瘤衍生因子诱导的淋巴内皮细胞转录变化，并揭示了podoplanin在介导巨噬细胞粘附和正确定位中的新功能	NA	探讨肿瘤引流淋巴结中淋巴内皮细胞的免疫调节作用	肿瘤引流淋巴结中的淋巴内皮细胞	NA	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	B16F10黑色素瘤引流淋巴结与非肿瘤引流淋巴结中的淋巴内皮细胞
72	2024-08-08	scAPAmod: Profiling Alternative Polyadenylation Modalities in Single Cells from Single-Cell RNA-Seq Data 2022-Jul-23, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23158123 PMID:35897701	研究论文	提出了一种基于高斯混合模型的分析框架scAPAmod，用于从单细胞RNA-seq数据中识别单细胞水平的APA使用模式	首次在单细胞水平上系统地分析了APA使用模式的多样性和模式，揭示了单细胞基因表达的异质性	NA	研究单细胞中APA使用模式的多样性和动态变化	单细胞中的APA使用模式	自然语言处理	NA	单细胞RNA-seq	高斯混合模型	RNA-seq数据	NA
73	2024-08-08	Identification of Malignant Cell Populations Associated with Poor Prognosis in High-Grade Serous Ovarian Cancer Using Single-Cell RNA Sequencing 2022-Jul-22, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers14153580 PMID:35892844	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了高级别浆液性卵巢癌中的肿瘤异质性，并识别出与不良预后相关的两种恶性肿瘤细胞亚型	本研究首次通过单细胞RNA测序技术识别出与不良预后相关的两种恶性肿瘤细胞亚型，并发现SLC3A1和PEG10作为癌症起始细胞的标记基因，以及CA125表达的恶性细胞群与肿瘤浸润性细胞毒性T淋巴细胞减少有关	NA	揭示卵巢癌中的肿瘤异质性，并识别与不良预后相关的恶性肿瘤细胞亚型	高级别浆液性卵巢癌中的恶性肿瘤细胞亚型	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用The Cancer Genome Atlas (TCGA)的生存数据和基因表达数据进行分析
74	2024-08-08	Emerging pathogenic mechanisms in human brain arteriovenous malformations: a contemporary review in the multiomics era 2022-07, Neurosurgical focus IF:3.3Q1 DOI:10.3171/2022.4.FOCUS2291 PMID:35901735	综述	本文综述了在多组学时代下，人类脑动静脉畸形（bAVMs）的新兴发病机制	引入新的组学技术和单细胞测序技术，揭示了bAVMs中细胞特异性的分子异常	潜在的治疗益处或临床应用尚未明确	探讨bAVMs的病理细胞转化及其分子基础	人类脑动静脉畸形（bAVMs）	NA	脑血管疾病	单细胞测序	NA	基因组和转录组数据	NA
75	2024-08-08	Systematic study of single-cell isolation from musculoskeletal tissues for single-sell sequencing 2022-Jul-26, BMC molecular and cell biology IF:2.4Q4 DOI:10.1186/s12860-022-00429-2 PMID:35883033	研究论文	本研究设计了一种快速循环酶处理方法，使用组织特异性酶混合物处理不同的人病理肌肉骨骼组织，以快速高效地制备合格的单细胞悬液用于单细胞RNA测序	采用快速循环酶处理方法，显著提高了细胞活力，与传统的长时间连续消化组相比，细胞活力显著增加	未能从关节软骨中获得合格样本，由于细胞活力低和细胞聚集物及双胞胎过多	旨在为从人类肌肉骨骼组织制备单细胞悬液提供全面的协议，并保证细胞异质性，这对于单细胞RNA测序数据分析至关重要	人类病理肌肉骨骼组织，包括退化的髓核、骨化的后纵韧带和患有骨关节炎的膝关节关节软骨	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	单细胞悬液	包括退化的髓核、骨化的后纵韧带和患有骨关节炎的膝关节关节软骨
76	2024-08-08	Single-cell transcriptome atlas of the human corpus cavernosum 2022-07-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-31950-9 PMID:35879305	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，分析了正常勃起和有机勃起功能障碍患者的阴茎海绵体细胞异质性和信号网络	首次对人类阴茎海绵体的单细胞转录组进行了大规模分析，揭示了海绵体纤维母细胞在旁分泌信号网络中的中心作用	研究样本数量有限，且仅包括男性患者	探究阴茎海绵体的细胞异质性和分子层面的信号网络，为勃起功能障碍的治疗提供参考	阴茎海绵体的细胞类型和信号通路	数字病理学	勃起功能障碍	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	64,993个单细胞转录组，来自3名正常勃起和5名有机勃起功能障碍患者
77	2024-08-08	Cell landscape of larval and adult Xenopus laevis at single-cell resolution 2022-07-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-31949-2 PMID:35879314	研究论文	本研究构建了首个Xenopus laevis（非洲爪蟾）的细胞图谱，包括幼体和成体器官，并分析了其中的细胞异质性	首次构建了Xenopus laevis的细胞图谱，并发现了跨物种的细胞系特异性转录因子以及变态过程中的共同调控机制	NA	揭示Xenopus laevis的细胞异质性及其在变态过程中的调控机制	Xenopus laevis的幼体和成体器官细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	包括幼体和成体器官的大规模样本
78	2024-08-08	Single-cell RNA-seq of primary bone marrow neutrophils from female and male adult mice 2022-07-23, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-022-01544-7 PMID:35871169	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了成年雌性和雄性小鼠骨髓中性粒细胞的转录组差异	首次生成了成年雌性和雄性小鼠骨髓中性粒细胞的单细胞RNA测序数据集，揭示了中性粒细胞亚群的性别相关标记差异表达	由于中性粒细胞RNA含量极低，单细胞测序技术上存在挑战	研究中性粒细胞在单细胞分辨率下的生物学意义及其性别二态性	成年雌性和雄性小鼠骨髓中性粒细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	成年雌性和雄性小鼠骨髓中性粒细胞
79	2024-08-08	Construction of the axolotl cell landscape using combinatorial hybridization sequencing at single-cell resolution 2022-07-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-31879-z PMID:35869072	研究论文	本文开发了一种基于组合杂交的单细胞测序方法，构建了墨西哥蝾螈（Ambystoma mexicanum）的组织特异性转录组图谱，并比较了变态前后蝾螈组织的单细胞转录组，揭示了非免疫实质细胞在不同组织中的异质性及其调控网络。	首次构建了成年蝾螈的细胞图谱，并描述了变态过程中动态的基因表达模式。	NA	探索蝾螈的分子身份，并促进对变态过程的更好理解。	墨西哥蝾螈的变态前后的组织细胞。	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	超过100万个单细胞，涉及19种组织
80	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals the potential mechanism of heterogeneity of immunomodulatory properties of foreskin and umbilical cord mesenchymal stromal cells 2022-Jul-22, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-022-00848-w PMID:35869528	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了包皮和脐带间充质干细胞免疫调节特性异质性的潜在机制	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了免疫MSC在免疫调节异质性中的重要作用	研究仅限于体外实验，尚未在体内环境中验证结果	探究不同来源间充质干细胞免疫调节功能的异质性及其潜在机制	包皮间充质干细胞（FSMSCs）和人类脐带间充质干细胞（HuMSCs）	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	FSMSCs和HuMSCs的多个细胞亚群