单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-09-01	R-SPONDIN2+ mesenchymal cells form the bud tip progenitor niche during human lung development 2022-07-11, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.05.010 PMID:35679862	研究论文	研究探讨了人类肺发育过程中R-SPONDIN2+间充质细胞在芽尖前体细胞微环境中的作用	首次鉴定出在人类肺发育期间表达WNT激动剂RSPO2的间充质细胞群，并发现其与芽尖前体细胞中的RSPO2受体LGR5的表达富集相关	NA	揭示人类肺发育过程中间充质细胞的异质性和功能	人类肺发育中的间充质细胞和芽尖前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	多个人类肺样本
22	2024-09-01	Cross-tissue, single-cell stromal atlas identifies shared pathological fibroblast phenotypes in four chronic inflammatory diseases 2022-07-08, Med (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.medj.2022.05.002 PMID:35649411	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，构建了一个跨组织的成纤维细胞图谱，识别了四种慢性炎症疾病中共有的病理成纤维细胞表型	首次构建了一个跨组织的成纤维细胞图谱，揭示了四种慢性炎症疾病中共有的病理激活状态	研究仅限于四种慢性炎症疾病，可能无法完全代表所有慢性炎症疾病的情况	识别和理解多种慢性炎症疾病中共有的成纤维细胞表型和病理途径	来自炎症和非炎症滑膜、肠道、肺和唾液腺的成纤维细胞	数字病理学	慢性炎症疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自受影响个体的炎症和非炎症组织的成纤维细胞
23	2024-09-01	Joint dimension reduction and clustering analysis of single-cell RNA-seq and spatial transcriptomics data 2022-07-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac219 PMID:35349708	研究论文	本文开发了一种名为DR-SC的计算方法，能够在统一框架内同时进行降维和（空间）聚类分析	DR-SC方法通过联合分析，产生准确的空间聚类结果并有效提取生物学上有意义的低维特征	NA	开发一种新的计算方法，以同时进行单细胞RNA-seq和空间转录组数据的空间聚类和降维分析	单细胞RNA-seq和空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	隐马尔可夫随机场模型	转录组数据	适用于大规模样本
24	2024-09-01	PU.1 and MYC transcriptional network defines synergistic drug responses to KIT and LSD1 inhibition in acute myeloid leukemia 2022-07, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-022-01594-1 PMID:35590033	研究论文	本文研究了急性髓系白血病（AML）中KIT和LSD1抑制剂联合治疗的协同效应	首次报道了KIT和LSD1联合抑制在KIT突变AML细胞系和患者样本中产生协同细胞死亡的效果	需要临床试验来评估KIT和LSD1抑制在患者中的实际疗效	探讨KIT和LSD1联合抑制在急性髓系白血病治疗中的协同作用	KIT突变的急性髓系白血病细胞系和患者样本	NA	急性髓系白血病	scRNA-seq, ATAC-seq, CUT&Tag	NA	细胞	KIT突变的AML细胞系和患者样本
25	2024-09-01	Lymph node fibroblastic reticular cells preserve a tolerogenic niche in allograft transplantation through laminin α4 2022-07-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI156994 PMID:35775481	研究论文	研究探讨了淋巴结（LN）成纤维网状细胞（FRCs）通过产生层粘连蛋白α4（Lama4）在同种异体移植中维持耐受性微环境的作用	首次揭示了FRC-Lama4在维持淋巴结耐受性微环境中的关键作用，并提出其作为免疫工程治疗的新靶点	研究主要基于小鼠模型，未来需要进一步在人类中验证其效果	探究FRC-Lama4在同种异体移植中维持耐受性微环境的作用	淋巴结成纤维网状细胞（FRCs）和层粘连蛋白α4（Lama4）	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA	使用FRC-Lama4条件性敲除Pdgfrb-Cre-/- × Lama4fl/fl小鼠进行研究
26	2024-09-01	How genetic risk contributes to autoimmune liver disease 2022-07, Seminars in immunopathology IF:7.9Q1 DOI:10.1007/s00281-022-00950-8 PMID:35650446	研究论文	本文通过全基因组关联研究（GWAS）和全基因组元分析（GWMA）探讨了自身免疫性肝病（AILDs）的遗传风险，并分析了遗传风险变异对肝脏细胞及其免疫微环境的影响	本文利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）实验和基因组范围内的比较分析，为理解遗传风险变异在肝脏驻留免疫细胞和肝脏细胞亚群中的作用提供了新的视角	基于当前全基因组数据的多元遗传风险评分（PRSs）在预测个体疾病风险方面的潜力有限	探讨遗传风险如何影响自身免疫性肝病的发病机制	自身免疫性肝炎（AIH）、原发性胆汁性胆管炎（PBC）和原发性硬化性胆管炎（PSC）	遗传学	自身免疫性疾病	全基因组关联研究（GWAS）、全基因组元分析（GWMA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据、转录组数据	约100个易感位点
27	2024-08-31	Single-cell transcriptomics reveals conserved cell identities and fibrogenic phenotypes in zebrafish and human liver 2022-07, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1002/hep4.1930 PMID:35315595	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术，比较了斑马鱼和人类肝脏中的细胞类型和纤维化表型，揭示了两者之间的高度保守性。	首次建立了成年斑马鱼肝脏的单细胞转录组图谱，并发现了斑马鱼肝星状细胞的新型保守标记物colec11。	NA	旨在通过单细胞转录组测序技术，评估成年斑马鱼肝脏作为研究肝纤维化模型的有效性。	成年斑马鱼和人类肝脏的单细胞转录组。	数字病理学	肝纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	NA
28	2024-08-29	The power of single-cell transcriptomics in cardiovascular disease 2022-Jul, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-022-00109-6 PMID:39196239	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
29	2024-08-05	Construction of Prediction Model for Atrial Fibrillation with Valvular Heart Disease Based on Machine Learning 2022-Jul, Reviews in cardiovascular medicine IF:1.9Q3 DOI:10.31083/j.rcm2307247 PMID:39076905	研究论文	本研究探讨了瓣膜性心脏病进展的分子机制并提供了房颤-瓣膜性心脏病的候选治疗靶点	使用机器学习方法筛选了与AF-VHD相关的核心基因，为房颤的生物标志物和治疗靶点提供了新的见解	未提及具体的样本特征和临床数据的多样性	探讨瓣膜性心脏病进展的分子机制	重点分析与房颤-瓣膜性心脏病相关的核心基因	机器学习	房颤	RNA微阵列分析、机器学习、单细胞测序	NA	基因表达数据	819个差异表达基因
30	2024-08-05	Identifying cell state-associated alternative splicing events and their coregulation 2022-Jul-27, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.276109.121 PMID:35858747	研究论文	本研究提出了一种新的方法Psix，以识别单细胞中的替代剪接事件及其共调控	Psix方法利用稳健的概率模型，能够在数据限制下自信地识别替代剪接，从而揭示细胞类型依赖的剪接模式和调控网络	该方法依赖于单细胞RNA测序的质量和数据，可能受到样本质量的限制	揭示替代剪接如何影响单细胞转录组和细胞身份	使用小鼠大脑发育过程中的数据来研究替代剪接模式	数字病理学	NA	scRNA-seq	概率模型	RNA序列数据	NA
31	2024-08-05	Zebrafish transposable elements show extensive diversification in age, genomic distribution, and developmental expression 2022-07, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.275655.121 PMID:34987056	研究论文	本文研究了斑马鱼转座元件（TEs）的群体学特征和基因组分布及其在胚胎发育中的表达	揭示了斑马鱼中近2000个不同TE家族的多样性，并显示出TE在发育过程中的动态表达模式	目前对斑马鱼TE的研究仍然不足，表征还不够详细	探讨转座元件对脊椎动物发育的影响	斑马鱼转座元件及其在胚胎发育中的表达	数字病理学	NA	RNA测序	NA	基因组数据	使用了大量和单细胞RNA测序数据
32	2024-08-05	Degradation-resistant implanted biomaterials establish an immunosuppressive microenvironment that induces T cell exhaustion by recruiting myeloid cells 2022-Jul, Fundamental research IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.fmre.2021.10.007 PMID:38933993	研究论文	研究表明，耐降解的钛基植入材料通过招募髓系细胞建立免疫抑制微环境，从而诱导T细胞耗竭	首次揭示了钛基植入物如何通过招募髓系细胞形成免疫抑制微环境	对植入物周围免疫环境的影响机制尚需进一步探索	探索植入生物材料对局部免疫环境的影响	耐降解的钛基植入材料及其对周围免疫环境的影响	数字病理	NA	单细胞RNA测序	NA	组织样本	NA
33	2024-08-05	Multi-tissue scRNA-seq reveals immune cell landscape of turbot (Scophthalmus maximus) 2022-Jul, Fundamental research IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.fmre.2021.12.015 PMID:38933994	研究论文	本文开发了一个鲽鱼的动态细菌感染模型，并创建了鱼类免疫细胞景观。	首次系统性解析了鲽鱼中的免疫细胞亚群及其在细菌感染中的双重功能	主要集中于鲽鱼，结果可能不适用于其他鱼类	阐明骨鱼类免疫细胞的细致分布和功能	鲽鱼（Scophthalmus maximus）	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	表达谱数据	NA
34	2024-08-05	Cell-by-Cell: Unlocking Lung Cancer Pathogenesis 2022-Jul-14, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers14143424 PMID:35884485	review	本综述文章总结了单细胞分析在非小细胞肺癌研究中的应用，尤其是肺腺癌亚型。	利用单细胞测序技术，文章揭示了肿瘤起源细胞和肿瘤免疫动态的新知识，重写了谱系可塑性和肿瘤内部异质性的机制细节。	该综述主要集中于肺腺癌亚型，可能未涵盖其他类型的肺癌及其相应的病理机制。	旨在总结肺腺癌发病机制及其肿瘤微环境的互动。	研究对象为不同阶段的肺腺癌肿瘤组织及相关动物模型。	数字病理	肺癌	单细胞测序	NA	肿瘤组织样本	包括不同阶段的肺腺癌样本及相关动物模型
35	2024-08-05	A CD4+ T cell reference map delineates subtype-specific adaptation during acute and chronic viral infections 2022-07-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.76339 PMID:35829695	研究论文	本研究构建了CD4 T细胞的参考图，以描述急性和慢性病毒感染期间亚型特异性的适应性变化	首次提供了针对病毒的CD4 T细胞转录状态适应性的深入理解，并建立了新的计算资源用于CD4 T细胞分析	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类病毒感染的情况	阐明CD4 T细胞在急性和慢性病毒感染中的转录状态适应	小鼠模型中的CD4 T细胞	免疫学	病毒感染	单细胞转录组学	NA	单细胞数据	多个个体的病毒特异性CD4 T细胞
36	2024-08-05	Deconstructing cold-induced brown adipocyte neogenesis in mice 2022-07-18, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.80167 PMID:35848799	研究论文	研究表明寒冷暴露会诱导小鼠经典肩胛间褐色脂肪组织中的新生现象	发现瘦素细胞不仅受β1-肾上腺素受体的调控，还受到成熟褐色脂肪细胞的信号的间接触发	目前尚不清楚招募免疫细胞的具体表型	探究寒冷诱导的褐色脂肪细胞新生机制	小鼠的褐色脂肪细胞及其前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	生物组织	小鼠，具体样本数量未提及
37	2024-08-05	Interleukin-17 governs hypoxic adaptation of injured epithelium 2022-07-08, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abg9302 PMID:35709248	研究论文	本文研究了IL-17A如何调控受损上皮的缺氧适应	揭示了IL-17A通过激活HIF1α来驱动受损上皮的缺氧适应，并且说明了其在上皮愈合过程中的重要性	未说明样本大小和具体实验条件	探讨IL-17A在受损上皮的缺氧适应中的作用	受损的上皮细胞及其周围的免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	NA	NA
38	2024-08-05	A comparative transcriptomic analysis of glucagon-like peptide-1 receptor- and glucose-dependent insulinotropic polypeptide receptor-expressing cells in the hypothalamus 2022-07-01, Appetite IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.appet.2022.106022 PMID:35430298	研究论文	本文通过单细胞RNA测序比较了下丘脑中表达GIPR和GLP-1R的细胞类型和表达谱	首次提供了对下丘脑中GLP-1R和GIPR细胞的详细比较，揭示了其在能量平衡和进食行为中的作用机制	本文未探讨GLP-1R和GIPR共同激动下的具体机制	旨在深入理解下丘脑中表达胰高血糖素样肽-1和葡萄糖依赖性胰岛素促分泌肽受体的细胞种群	下丘脑中表达GIPR和GLP-1R的细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	转基因小鼠	转录组数据	共分离和测序了14,091个Glp1rEYFP+和GiprEYFP+细胞
39	2024-08-05	Recurrent transcriptional responses in AML and MDS patients treated with decitabine 2022-07, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2022.04.002 PMID:35429619	研究论文	该文章系统性地识别了在急性髓性白血病和骨髓增生异常综合症患者接受地西他滨治疗后诱导的全球基因组和转录组改变。	本研究揭示了地西他滨诱导的全球可逆性低甲基化及其对干扰素诱导的通路的影响，为理解其在体内的作用提供了新的视角。	临床反应与表观遗传或转录特征之间没有关联，样本大小和患者间的变异限制了捕捉较小效应所需的统计能力。	研究地西他滨对急性髓性白血病和骨髓增生异常综合症患者的反应及其分子机制。	急性髓性白血病和骨髓增生异常综合症患者的主要骨髓样本。	数字病理学	急性髓性白血病	全基因组亚硫酸盐测序、RNA测序和单细胞RNA测序	NA	基因组数据	在患者治疗过程中收集的主要骨髓样本
40	2024-08-05	What are housekeeping genes? 2022-07, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1010295 PMID:35830477	研究论文	本文探讨了家务基因的定义及其生物学和进化特征	提出了一个定量和实验支持的家务基因定义，并比较了不同物种间的基因稳定性和必要性	目前的实验支持有限，需更多研究验证基因的稳定表达与必要性之间的关系	旨在优化家务基因的定义并探讨其在不同生物体中的功能	分析人类和其他10种动物物种的家务基因数据集	NA	NA	基因组规模功能基因组筛选、批量及单细胞测序技术	NA	基因数据	来自多个数据集的人类基因及10种动物的基因列表