单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 246 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2024-08-08 |
WebCSEA: web-based cell-type-specific enrichment analysis of genes
2022-07-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac392
PMID:35610053
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研究论文 | 介绍了一个名为WebCSEA的基于网络的应用程序，用于快速评估基因的细胞类型特异性 | 首次开发了一个基于网络的应用程序WebCSEA，用于评估基因在人类组织细胞类型中的特异性，并采用了改进的deTS算法和基于排列的方法来准确估计细胞类型特异性 | NA | 旨在利用单细胞RNA测序技术揭示人类组织中的细胞异质性，并理解复杂性状相关基因在人类组织细胞类型中的特定表达 | 人类组织细胞类型中的基因特异性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | deTS算法 | 基因列表 | 111个scRNA-seq面板，涵盖11个人体器官系统的61种不同组织中的1,355个组织细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 202 | 2024-08-08 |
Distinguishing cell-cell complexes from dual lineage cells using single-cell transcriptomics is not trivial
2022-07, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology
DOI:10.1002/cyto.a.24656
PMID:35594038
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研究论文 | 本文回应了Jie等人的观点，通过单细胞转录组数据分析，探讨了DE细胞群是否为双系共表达细胞或B细胞与T细胞的复合体 | 本文通过分析DE细胞的基因特征和转录组特征，提出了DE细胞可能是三系共表达细胞或三组分细胞聚集体的可能性 | 仅基于单细胞转录组数据，无法完全确定DE细胞的性质 | 探讨单细胞转录组数据中DE细胞群的性质 | DE细胞群的性质及其与B细胞和T细胞复合体的关系 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 203 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis Demonstrates the Regulation of Peach Polysaccharides on Circadian Rhythm Disturbance
2022-07, Molecular nutrition & food research
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/mnfr.202101170
PMID:35598297
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型评估了桃多糖（PPS）对由持续黑暗引起的昼夜节律紊乱的调节作用 | 首次通过单细胞转录组学分析了PPS对昼夜节律紊乱小鼠肠道微生物群结构和下丘脑细胞类型及时钟基因表达的影响 | NA | 评估桃多糖对昼夜节律紊乱的调节作用 | 桃多糖、昼夜节律紊乱的小鼠 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 204 | 2024-08-08 |
Bisphenol analogues induced metabolic effects through eliciting intestinal cell heterogeneous response
2022-07, Environment international
IF:10.3Q1
DOI:10.1016/j.envint.2022.107287
PMID:35598417
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研究论文 | 研究双酚类似物如何通过引发肠道细胞异质性反应诱导代谢效应 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了双酚类似物在肠道细胞中诱导的细胞异质性变化，并阐明了其对脂质和碳水化合物代谢的分子和细胞机制 | NA | 探讨双酚类似物如何诱导代谢效应 | 双酚A、双酚F和双酚AF对斑马鱼的代谢影响 | NA | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 斑马鱼从胚胎阶段开始持续暴露于环境水平的双酚A、双酚F和双酚AF，60天后进行分析 | NA | NA | NA | NA |
| 205 | 2024-08-08 |
Molecular Subgroups of Intrahepatic Cholangiocarcinoma Discovered by Single-Cell RNA Sequencing-Assisted Multiomics Analysis
2022-07-01, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-21-1101
PMID:35604302
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序辅助的多组学分析，揭示了肝内胆管癌（ICC）的新分子亚型 | 首次通过单细胞RNA测序辅助的多组学分析，识别出ICC的三种分子亚型，并验证了APOE+C1QB+肿瘤相关巨噬细胞作为潜在的免疫治疗靶点 | NA | 旨在通过多组学分析揭示肝内胆管癌的新分子亚型，以开发新的治疗方法 | 肝内胆管癌（ICC）及其分子亚型 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 随机森林算法 | 蛋白质组学、全外显子测序（WES）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据 | 训练组110例，验证组41例 | NA | NA | NA | NA |
| 206 | 2024-08-08 |
Muscle-Derived Beige Adipose Precursors Secrete Promyogenic Exosomes That Treat Rotator Cuff Muscle Degeneration in Mice and Are Identified in Humans by Single-Cell RNA Sequencing
2022-07, The American journal of sports medicine
DOI:10.1177/03635465221095568
PMID:35604307
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研究论文 | 研究肌肉来源的米色脂肪前体细胞分泌的促肌生成外泌体，这些外泌体能够治疗小鼠肩袖肌肉退化，并在人类中通过单细胞RNA测序被识别 | 首次发现肌肉来源的米色脂肪前体细胞（FAP-BAT）通过分泌外泌体促进肌生成，并在人类中通过单细胞RNA测序识别出类似的前体细胞亚群 | NA | 研究小鼠FAP-BAT亚群的特征，确定其促肌生成效果是否通过外泌体介导，并分析人类FAPs中是否存在类似的促肌生成外泌体丰富的亚群 | 小鼠和人类的肌肉来源的米色脂肪前体细胞（FAP-BAT）及其分泌的外泌体 | 数字病理学 | 运动相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和人类的肌肉样本 | NA | NA | NA | NA |
| 207 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing and binary hierarchical clustering define lung interstitial macrophage heterogeneity in response to hypoxia
2022-07-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00104.2022
PMID:35608266
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和二元层次聚类分析了低氧条件下肺间质巨噬细胞的异质性 | 首次在单细胞水平上研究了低氧暴露后肺间质巨噬细胞的分子表型，并发现了一种潜在的驻留训练先天性巨噬细胞 | 研究仅限于小鼠模型，且样本量相对较小 | 确定肺间质巨噬细胞的多样性及其与低氧诱导的肺动脉高压的关联 | 肺间质巨噬细胞在低氧条件下的分子表型和异质性 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序 | 二元层次聚类 | RNA | 共分析了374个常氧条件下的巨噬细胞，2526个低氧1天后的巨噬细胞和1211个低氧7天后的巨噬细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 208 | 2024-08-08 |
Insights gained in the pathology of lung disease through single-cell transcriptomics
2022-07, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.5971
PMID:35608561
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研究论文 | 本文总结了通过单细胞转录组学研究获得的关于人类肺上皮细胞分子表型在疾病相关变化方面的最新进展 | 利用单细胞转录组学技术，首次详细描述了慢性肺疾病中肺上皮细胞的过渡状态 | 研究结果需要进一步的验证研究来加深对疾病机制的理解 | 深入理解肺疾病中的病理重塑过程 | 人类肺上皮细胞在慢性肺疾病中的分子表型变化 | 数字病理学 | 肺疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 209 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq of UVB-radiated skin reveals landscape of photoaging-related inflammation and protection by vitamin D
2022-Jul-15, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2022.146563
PMID:35577040
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探究了紫外线辐射对小鼠皮肤的影响，并发现维生素D对皮肤炎症的保护作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了紫外线辐射引起的皮肤炎症反应及其相关基因表达变化 | NA | 探究紫外线辐射对皮肤的影响及维生素D的保护作用 | 紫外线辐射的小鼠皮肤 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 210 | 2024-08-08 |
The MAP3K1/c-JUN signaling axis regulates glioblastoma stem cell invasion and tumor progression
2022-07-05, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2022.04.057
PMID:35567901
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研究论文 | 本研究通过公共单细胞RNA测序数据，发现MAP3K1通过调控c-JUN信号通路在胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）的侵袭和肿瘤进展中起主要作用 | 首次揭示了MAP3K1通过磷酸化下游c-JUN在丝氨酸63和73位点调控GSC侵袭的机制，并证实了MAP3K1/c-JUN信号轴作为侵袭性GBM治疗靶点的潜力 | NA | 研究MAP3K1在胶质母细胞瘤干细胞侵袭和肿瘤进展中的作用机制 | 胶质母细胞瘤干细胞（GSCs） | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-Seq数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 211 | 2024-08-08 |
Transcriptional Repression by FoxM1 Suppresses Tumor Differentiation and Promotes Metastasis of Breast Cancer
2022-07-05, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-0410
PMID:35583996
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研究论文 | 研究通过CRISPR-Cas9技术生成携带FoxM1点突变的鼠模型，探讨FoxM1与Rb结合对乳腺癌转移的影响 | 首次揭示了FoxM1与Rb结合在乳腺癌转移中的促进作用，并阐明了其通过调控转录组影响癌细胞可塑性的机制 | 研究主要集中在鼠模型上，需要进一步在人类乳腺癌样本中验证结果 | 探讨FoxM1的转录抑制功能在乳腺癌分化和转移中的作用 | FoxM1转录因子及其与Rb的相互作用 | 数字病理学 | 乳腺癌 | CRISPR-Cas9 | NA | 单细胞RNA测序 | 携带FoxM1点突变的鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 212 | 2024-08-08 |
DAE-TPGM: A deep autoencoder network based on a two-part-gamma model for analyzing single-cell RNA-seq data
2022-07, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.105578
PMID:35569337
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研究论文 | 本文介绍了一种基于两部分伽马模型的深度自编码器网络(DAE-TPGM)，用于单细胞RNA测序数据的联合降维和插补 | DAE-TPGM利用两部分伽马模型捕捉半连续标准化数据的统计特性，并通过深度自编码器自适应地探索基因间的潜在关系，以促进数据插补 | NA | 开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据中细胞表型的识别 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度自编码器网络 | 基因表达数据 | 涉及两个真实数据集和合成数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 213 | 2024-08-08 |
Improvements Achieved by Multiple Imputation for Single-Cell RNA-Seq Data in Clustering Analysis and Differential Expression Analysis
2022-07, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2021.0597
PMID:35575729
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研究论文 | 本文研究了如何有效地将多重填补（MI）方法应用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的聚类分析和差异表达分析 | 提出了针对聚类分析和差异表达分析的MI程序，并展示了MI在scRNA-seq数据分析中的改进效果 | NA | 探讨多重填补方法在单细胞RNA测序数据分析中的应用 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | GAN | 文本 | 分析了三个知名的scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 214 | 2024-08-08 |
Translator: A Transfer Learning Approach to Facilitate Single-Cell ATAC-Seq Data Analysis from Reference Dataset
2022-07, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2021.0596
PMID:35584295
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研究论文 | 本研究提出了一种名为Translator的迁移学习方法，用于从高质量的参考scATAC-seq数据中捕获可泛化的染色质相互作用，以在低至中等质量的目标scATAC-seq数据中获得稳健的细胞表征 | Translator通过结合参考数据中的信息，能够学习到比其他方法更具生物学意义的细胞表征，并采用块状深度学习框架处理非线性关系，提高计算效率 | NA | 旨在解决scATAC-seq数据分析中的计算挑战，提高数据处理的准确性和效率 | 单细胞ATAC-seq数据 | 生物信息学 | NA | scATAC-seq | 深度学习 | 序列数据 | 涉及多种模拟和真实的scATAC-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 215 | 2024-08-08 |
Controversial molecular functions of CBS versus non-CBS domain variants of PRKAG2 in arrhythmia and cardiomyopathy: A case report and literature review
2022-07, Molecular genetics & genomic medicine
IF:1.5Q4
DOI:10.1002/mgg3.1962
PMID:35588295
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病例报告和文献综述 | 本文报告了两例PRKAG2基因变异导致的不同心脏表型的病例，并通过外显子测序和变异分析探讨了CBS和非CBS域变异在心律失常和心肌病中的分子功能差异 | 首次描述了PRKAG2 c.425C > T (p.T142I)致病变异在患者中早期发病的DCM表型，并使用scRNA-seq展示了电传导细胞中PRKAG2表达水平高于心肌细胞 | CBS和非CBS域在分子功能上的差异尚未完全解决 | 探讨PRKAG2基因变异在心律失常和心肌病中的分子机制 | PRKAG2基因变异导致的心脏表型 | NA | 心肌病 | 外显子测序 | NA | 基因数据 | 两例病例 | NA | NA | NA | NA |
| 216 | 2024-08-08 |
Computational Identification of Preneoplastic Cells Displaying High Stemness and Risk of Cancer Progression
2022-07-18, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-0668
PMID:35536873
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CancerStemID的新型计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中估计细胞的干细胞指数，并验证了其在人食管鳞状细胞癌（ESCC）中的应用 | CancerStemID方法能够识别未分化的癌前细胞，这些细胞的转录组状态在侵袭性癌症中过度表达 | NA | 研究细胞分化状态作为癌症风险和进展的标志，并开发早期检测和风险预测的新策略 | 单细胞的分化状态及其与癌症发展的关系 | 生物信息学 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 两个食管鳞状细胞癌（ESCC）队列及一个ESCC发展的小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 217 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals the existence of pro-metastatic subpopulation within a parental B16 murine melanoma cell line
2022-07-12, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2022.05.003
PMID:35550198
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了B16小鼠黑色素瘤细胞系中存在促进转移的亚群 | 首次在单细胞水平上揭示了从原发性黑色素瘤到转移的演变过程，并识别了与转移相关的差异表达基因 | NA | 理解黑色素瘤从原发到转移的演变机制 | B16小鼠黑色素瘤细胞系及其高转移性亚克隆 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | B16F0和B16F10细胞的单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 218 | 2024-08-08 |
Follistatin-like 1 (FSTL1) interacts with Wnt ligands and Frizzled receptors to enhance Wnt/β-catenin signaling in obstructed kidneys in vivo
2022-07, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2022.102010
PMID:35525270
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研究论文 | 本文研究了Follistatin-like 1 (FSTL1)在肾脏阻塞中的作用及其与Wnt/β-catenin信号通路的相互作用 | 首次揭示了FSTL1作为Wnt/β-catenin信号通路的新型细胞外增强因子，通过与Wnt配体和Frizzled受体相互作用来促进肾脏纤维化 | 研究主要集中在小鼠模型和人类患者样本上，未来研究需要进一步验证这些发现是否适用于其他物种或其他病理条件 | 探讨FSTL1在肾脏纤维化中的作用及其对Wnt/β-catenin信号通路的调控机制 | FSTL1在阻塞性肾脏中的表达及其对肾脏纤维化的影响 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和人类患者的肾脏组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 219 | 2024-08-08 |
Well-Paired-Seq: A Size-Exclusion and Locally Quasi-Static Hydrodynamic Microwell Chip for Single-Cell RNA-Seq
2022-07, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202200341
PMID:35521945
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Well-paired-seq的新型单细胞RNA测序技术，该技术通过尺寸排除和局部准静态流体动力学原理，提高了细胞捕获和珠子配对的效率 | Well-paired-seq通过双阱设计，结合尺寸排除和局部准静态流体动力学原理，实现了高密度的单细胞/珠子配对，显著提高了细胞捕获和配对效率 | NA | 开发一种高效的单细胞RNA测序平台，以揭示细胞状态的异质性 | 单细胞RNA测序技术及其在基础和临床研究中的应用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 约200,000个细胞，来自21个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 220 | 2024-08-08 |
Current understanding in deciphering trophoblast cell differentiation during human placentation
2022-07-25, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioac083
PMID:35478014
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综述 | 本文总结了目前对人类胎盘滋养层细胞分化及其调控分子的理解，并介绍了用于胎盘研究的新工具 | 介绍了包括人类滋养层干细胞、三维滋养层类器官、基于工程的胎盘装置和单细胞RNA测序等新工具 | NA | 总结人类胎盘滋养层细胞分化的当前理解，并探讨调控分子机制 | 人类胎盘及其滋养层细胞分化 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |