单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 246 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2024-08-08 |
Spectral clustering of single-cell multi-omics data on multilayer graphs
2022-07-11, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac378
PMID:35652725
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研究论文 | 本文介绍了两种基于多层图的谱聚类算法，用于对多组学单细胞测序数据进行细胞聚类 | 本文通过统一的数学框架，将多层图的每一层用哈密顿算子和其本征态的混合表示，展示了加权局部线性（WLL）方法是流行的Seurat加权最近邻（WNN）算法的多层谱图理论重构 | NA | 探索如何整合多模态信息以获得共同的细胞类型识别 | 多组学单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序技术 | 多层图谱聚类算法 | 多组学数据 | 脐带血单个核细胞的CITE-seq数据集 |
| 182 | 2024-08-08 |
WAT3R: recovery of T-cell receptor variable regions from 3' single-cell RNA-sequencing
2022-07-11, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac382
PMID:35674381
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研究论文 | 本文介绍了一种分析管道WAT3R，用于处理从3'单细胞RNA测序（scRNA-seq）中富集的T细胞受体（TCR）可变区域数据 | WAT3R工具能够将TRA和TRB的核苷酸和氨基酸序列与细胞条形码关联，从而重建具有相关转录组的T细胞克隆型 | NA | 开发一种全面的计算管道，用于处理从3' scRNA-seq中富集的TCR可变区域数据 | T细胞受体（TCR）的可变区域及其在单细胞转录组中的应用 | 生物信息学 | NA | 3'单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 使用健康供者的外周血单个核细胞进行软件验证 |
| 183 | 2024-08-08 |
Multimodal analyses of vitiligo skin identify tissue characteristics of stable disease
2022-07-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.154585
PMID:35653192
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研究论文 | 本文通过结合非侵入性多光子显微镜（MPM）成像和单细胞RNA测序（scRNA-Seq），研究了稳定期白癜风患者的皮肤特征，揭示了角质形成细胞的亚群及其在疾病持续中的作用。 | 首次结合MPM成像和scRNA-Seq技术，揭示了稳定期白癜风皮肤中角质形成细胞的新亚群及其在疾病持续中的作用。 | 研究主要集中在稳定期白癜风患者，对活动期白癜风的研究较少。 | 探索稳定期白癜风皮肤中角质形成细胞的亚群及其在疾病持续中的作用。 | 稳定期白癜风患者的皮肤组织。 | 数字病理学 | 白癜风 | 多光子显微镜（MPM）成像，单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 图像，基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 184 | 2024-08-08 |
hapln1 Defines an Epicardial Cell Subpopulation Required for Cardiomyocyte Expansion During Heart Morphogenesis and Regeneration
2022-07-05, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了成年斑马鱼心脏中的7个心外膜细胞集群，并发现其中表达hapln1a和hapln1b的集群与心脏再生有最强关联。研究揭示了这些细胞在心脏生长和再生过程中促进透明质酸沉积，支持心室致密肌层形成，并在心脏损伤部位促进心肌细胞增殖和肌肉再生。 | 首次鉴定出在心脏再生过程中表达hapln1a和hapln1b的心外膜细胞集群，并阐明了其在心脏生长和再生中的关键作用。 | 研究主要集中在斑马鱼模型上，未来需要进一步在哺乳动物模型中验证这些发现。 | 探讨心外膜细胞在心脏再生中的作用及其分子机制。 | 心外膜细胞及其在心脏再生中的作用。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 成年斑马鱼的心外膜细胞 |
| 185 | 2024-08-08 |
Automatic Microfluidic Cell Wash Platform for Purifying Cells in Suspension: Puriogen
2022-07-05, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.2c01616
PMID:35658406
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Puriogen的自动化微流控细胞清洗平台，用于悬浮细胞的纯化 | Puriogen采用独特的惯性微流控装置，无需离心，能高效自动完成细胞清洗过程，处理速度高达500 μL/min以上 | NA | 开发一种无需离心且自动化的细胞清洗平台，以提高细胞分析前的样本准备效率 | 悬浮细胞的纯化 | 生物技术 | NA | 微流控技术 | NA | 细胞样本 | 处理速度高达500 μL/min |
| 186 | 2024-08-08 |
Cellular and immunometabolic mechanisms of inflammation in depression: Preliminary findings from single cell RNA sequencing and a tribute to Bruce McEwen
2022-Jul, Neurobiology of stress
IF:4.3Q1
DOI:10.1016/j.ynstr.2022.100462
PMID:35655933
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探索了重度抑郁症（MD）患者中炎症与免疫代谢重编程之间的关系，特别是在高C反应蛋白（CRP）水平下的单核细胞和CD4 T细胞的变化。 | 首次在单细胞水平上揭示了MD患者中炎症与免疫代谢重编程的关联，特别是在高CRP水平下的单核细胞和CD4 T细胞的变化。 | 研究样本量较小，仅包括6名MD患者，且仅限于未接受药物治疗且病情稳定的门诊患者。 | 探究重度抑郁症患者中炎症与免疫代谢重编程的细胞和分子机制。 | 重度抑郁症患者的外周血单核细胞和CD4 T细胞。 | NA | 抑郁症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 6名重度抑郁症患者 |
| 187 | 2024-08-08 |
Development and characterization of a mass cytometry panel for detecting the effect of acute doxorubicin exposure on murine cardiac nonmyocytes
2022-07-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
DOI:10.1152/ajpheart.00514.2021
PMID:35657614
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研究论文 | 本文研究了多柔比星（DOX）对小鼠心脏非肌细胞的急性影响，并开发了一种质谱流式细胞术（CyTOF）面板来检测这种影响。 | 首次使用质谱流式细胞术研究心脏非肌细胞，并结合单细胞RNA测序数据进行分析。 | NA | 探讨儿童癌症幸存者接受化疗后慢性心脏疾病的病理机制。 | 小鼠心脏非肌细胞对多柔比星的急性反应。 | 数字病理学 | NA | 质谱流式细胞术（CyTOF），单细胞RNA测序（scRNAseq） | 稀疏自编码器（SAUCIE） | 细胞 | 小鼠模型，每天给予4 mg/kg/天的多柔比星，持续5天，分别在24小时和72小时后进行检测。 |
| 188 | 2024-08-08 |
Multiomics analysis of male infertility†
2022-07-25, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioac109
PMID:35639635
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综述 | 本文综述了利用多组学方法研究男性不育症的最新进展 | 采用全基因组亚硫酸氢盐测序、单细胞RNA测序、全外显子测序和转座酶可及染色质测序等先进技术，对正常与阻塞性和非阻塞性无精症男性进行比较 | 男性不育症的病因和发病机制仍大部分未知 | 总结并批判性地评估基于先进技术对男性不育症的研究成果 | 男性不育症的生物学机制 | NA | 男性不育症 | 全基因组亚硫酸氢盐测序、单细胞RNA测序、全外显子测序、转座酶可及染色质测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 涉及正常、阻塞性和非阻塞性无精症男性样本 |
| 189 | 2024-08-08 |
Mouse oocytes develop in cysts with the help of nurse cells
2022-07-07, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2022.05.001
PMID:35623357
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研究论文 | 本文研究了小鼠卵母细胞在护理细胞的帮助下在囊泡中发育的过程 | 首次展示了护理细胞在小鼠卵母细胞发育过程中的周期性激活及其对细胞质和细胞器的转移作用 | NA | 探讨小鼠卵母细胞发育过程中护理细胞的作用机制 | 小鼠卵母细胞及其护理细胞 | NA | NA | scRNA-seq | NA | RNA | 涉及24个护理细胞和6个卵母细胞 |
| 190 | 2024-08-08 |
PCGA: a comprehensive web server for phenotype-cell-gene association analysis
2022-07-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac425
PMID:35639771
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研究论文 | 本文介绍了PCGA，一个综合性的网络服务器，用于通过GWAS汇总统计数据联合估计复杂表型的相关组织/细胞类型和易感基因 | PCGA整合了GWAS汇总统计数据和转录组数据，通过收集和处理大量bulk和单细胞RNA测序数据，提供了54个人体组织、2,214个人类细胞类型和4,384个鼠类细胞类型的表达谱，为估计相关组织/细胞类型和基因提供了基础 | NA | 开发一个框架来顺序估计复杂表型的相关组织和细胞类型，并构建一个表型-细胞-基因关联图谱 | 复杂表型的相关组织/细胞类型和易感基因 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 54个人体组织，2,214个人类细胞类型，4,384个鼠类细胞类型 |
| 191 | 2024-08-08 |
Up-regulation of cell division cycle 20 expression alters the morphology of neuronal dendritic spines in the nucleus accumbens by promoting FMRP ubiquitination
2022-07, Journal of neurochemistry
IF:4.2Q2
DOI:10.1111/jnc.15649
PMID:35621027
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了成年大鼠伏隔核中由细胞分裂周期20（Cdc20）mRNA表达特征的GABA能神经元亚群，并探讨了Cdc20表达对神经元树突棘形态及大鼠行为的影响。 | 首次揭示了Cdc20在伏隔核GABA能神经元中的表达及其通过促进FMRP泛素化影响树突棘密度和行为表现的机制。 | 研究主要集中在体外和体内实验，未来需进一步验证Cdc20调控FMRP泛素化的具体分子机制及其在神经精神疾病中的潜在作用。 | 探讨Cdc20在伏隔核神经元中的表达及其对神经元形态和行为的影响。 | 成年大鼠伏隔核中的GABA能神经元及Cdc20的表达。 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | mRNA | 成年大鼠的伏隔核神经元及发育中的大鼠样本 |
| 192 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics profiling the compatibility mechanism of As2O3-indigo naturalis formula based on bone marrow stroma cells
2022-Jul, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2022.113182
PMID:35643069
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了雄黄-青黛复方在骨髓基质细胞中的兼容机制及其对急性早幼粒细胞白血病（APL）的治疗效果 | 首次在骨髓基质细胞中研究了雄黄-青黛复方的兼容机制，并通过单细胞RNA测序技术揭示了ATI组合在调节骨髓基质细胞和维持造血微环境稳定中的潜在机制 | NA | 探讨雄黄-青黛复方在骨髓基质细胞中的兼容机制及其对急性早幼粒细胞白血病的治疗效果 | 骨髓基质细胞（BMSCs）和急性早幼粒细胞白血病（APL）模型 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 193 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Association Between a Novel GJA5 Variant and Trifascicular Block
2022-07, JACC. Clinical electrophysiology
DOI:10.1016/j.jacep.2022.04.002
PMID:35643807
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 194 | 2024-08-08 |
Endothelium-targeted delivery of PPARδ by adeno-associated virus serotype 1 ameliorates vascular injury induced by hindlimb ischemia in obese mice
2022-Jul, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2022.113172
PMID:35644115
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研究论文 | 研究通过腺相关病毒1型（AAV1）靶向内皮细胞递送PPARδ，改善肥胖小鼠后肢缺血引起的血管损伤 | 首次通过AAV1靶向内皮细胞递送PPARδ，有效改善了肥胖小鼠的血管修复和肌肉再生 | 研究仅限于动物模型，需要进一步的人体试验验证其疗效 | 探索PPARδ在血管内皮稳态中的作用，并评估其在治疗外周动脉疾病（PAD）和严重肢体缺血（CLI）中的潜力 | 肥胖小鼠的后肢缺血模型 | NA | 糖尿病血管病变 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 肥胖小鼠和正常饮食小鼠的后肢缺血肌肉内皮细胞 |
| 195 | 2024-08-08 |
Transcriptional landscapes of de novo root regeneration from detached Arabidopsis leaves revealed by time-lapse and single-cell RNA sequencing analyses
2022-07-11, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2022.100306
PMID:35605192
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研究论文 | 研究通过时间序列和单细胞RNA测序分析，揭示了从离体拟南芥叶片再生新根的转录组重编程过程 | 首次提供了从伤口反应到根器官发生的高分辨率转录组重编程图谱，并揭示了参与新根再生的关键因子 | NA | 研究离体拟南芥叶片新根再生的转录调控框架 | 拟南芥离体叶片的新根再生过程 | 分子生物学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 整个叶片在叶片脱离后12小时和5天内的样本 |
| 196 | 2024-08-08 |
scCloudMine: A cloud-based app for visualization, comparison, and exploration of single-cell transcriptomic data
2022-07-11, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2022.100302
PMID:35605202
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研究论文 | scCloudMine是一款基于云的应用程序，用于单细胞转录组数据的可视化、比较和探索 | scCloudMine不需要现场的高性能计算服务器、安装或相关专业知识和费用，用户可以通过网页浏览器上传预处理后的scRNA-seq数据进行可视化 | NA | 开发一个云基础的应用程序，用于单细胞转录组数据的可视化、比较和探索 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | NA |
| 197 | 2024-08-08 |
WebCSEA: web-based cell-type-specific enrichment analysis of genes
2022-07-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac392
PMID:35610053
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研究论文 | 介绍了一个名为WebCSEA的基于网络的应用程序，用于快速评估基因的细胞类型特异性 | 首次开发了一个基于网络的应用程序WebCSEA，用于评估基因在人类组织细胞类型中的特异性，并采用了改进的deTS算法和基于排列的方法来准确估计细胞类型特异性 | NA | 旨在利用单细胞RNA测序技术揭示人类组织中的细胞异质性，并理解复杂性状相关基因在人类组织细胞类型中的特定表达 | 人类组织细胞类型中的基因特异性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | deTS算法 | 基因列表 | 111个scRNA-seq面板，涵盖11个人体器官系统的61种不同组织中的1,355个组织细胞类型 |
| 198 | 2024-08-08 |
Distinguishing cell-cell complexes from dual lineage cells using single-cell transcriptomics is not trivial
2022-07, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology
DOI:10.1002/cyto.a.24656
PMID:35594038
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研究论文 | 本文回应了Jie等人的观点，通过单细胞转录组数据分析，探讨了DE细胞群是否为双系共表达细胞或B细胞与T细胞的复合体 | 本文通过分析DE细胞的基因特征和转录组特征，提出了DE细胞可能是三系共表达细胞或三组分细胞聚集体的可能性 | 仅基于单细胞转录组数据，无法完全确定DE细胞的性质 | 探讨单细胞转录组数据中DE细胞群的性质 | DE细胞群的性质及其与B细胞和T细胞复合体的关系 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 199 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis Demonstrates the Regulation of Peach Polysaccharides on Circadian Rhythm Disturbance
2022-07, Molecular nutrition & food research
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/mnfr.202101170
PMID:35598297
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型评估了桃多糖（PPS）对由持续黑暗引起的昼夜节律紊乱的调节作用 | 首次通过单细胞转录组学分析了PPS对昼夜节律紊乱小鼠肠道微生物群结构和下丘脑细胞类型及时钟基因表达的影响 | NA | 评估桃多糖对昼夜节律紊乱的调节作用 | 桃多糖、昼夜节律紊乱的小鼠 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型 |
| 200 | 2024-08-08 |
Bisphenol analogues induced metabolic effects through eliciting intestinal cell heterogeneous response
2022-07, Environment international
IF:10.3Q1
DOI:10.1016/j.envint.2022.107287
PMID:35598417
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研究论文 | 研究双酚类似物如何通过引发肠道细胞异质性反应诱导代谢效应 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了双酚类似物在肠道细胞中诱导的细胞异质性变化，并阐明了其对脂质和碳水化合物代谢的分子和细胞机制 | NA | 探讨双酚类似物如何诱导代谢效应 | 双酚A、双酚F和双酚AF对斑马鱼的代谢影响 | NA | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 斑马鱼从胚胎阶段开始持续暴露于环境水平的双酚A、双酚F和双酚AF，60天后进行分析 |