单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-03-28	Single-cell roadmap of human gonadal development 2022-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-04918-4 PMID:35794482	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学、染色质可及性分析及荧光显微镜技术，绘制了人类第一和第二孕期性腺发育的全面图谱	揭示了人类特异性调控程序，定义了性别决定时的体细胞状态，包括双潜能早期支持群体，以及在男性和女性性腺发育中的关键细胞和分子事件	研究依赖于有限的样本获取，且人类与小鼠之间的关键差异可能影响结果的普适性	探索人类性腺发育的细胞和分子机制，以指导体外性腺发生研究	人类和小鼠的性腺发育过程	发育生物学	生殖系统疾病	单细胞转录组学、空间转录组学、染色质可及性分析、荧光显微镜	NA	转录组数据、显微图像	人类第一和第二孕期的性腺样本及小鼠等效发育阶段样本
2	2025-02-27	Dynamic Changes in the Gene Expression Patterns and Lipid Profiles in the Developing and Maturing Meibomian Glands 2022-Jul-17, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23147884 PMID:35887230	研究论文	本研究通过分析小鼠从新生儿到成年期睑板腺的脂质组和转录组，揭示了睑板腺发育和成熟过程中的生理变化	首次使用单细胞RNA测序技术分析了年轻和成年小鼠的睑板腺转录组，揭示了多种独特的睑板腺细胞群体及其在脂质生成中的不同作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类睑板腺的类似研究	揭示睑板腺发育和成熟过程中的分子机制和脂质生成变化	小鼠的睑板腺	生物医学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据、脂质组数据	从新生儿到成年期的小鼠睑板腺样本
3	2025-02-26	Rare and Common Variants in KIF15 Contribute to Genetic Risk of Idiopathic Pulmonary Fibrosis 2022-07-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202110-2439OC PMID:35417304	研究论文	本研究通过全外显子组数据分析、单变异疾病关联测试、KIF15功能研究及人类肺单细胞RNA测序数据，探讨了KIF15基因在特发性肺纤维化（IPF）和家族性肺纤维化中的遗传风险	首次将KIF15基因的罕见有害变异和常见变异与IPF易感性联系起来，揭示了非端粒酶途径的细胞增殖与IPF的关联	研究主要依赖于基因负担分析和单细胞RNA测序数据，可能未涵盖所有潜在的遗传变异和机制	识别与IPF和家族性肺纤维化相关的基因，特别是富含罕见有害变异的基因	1,725例IPF患者和23,509例对照受试者的全外显子组数据	遗传学	特发性肺纤维化	全外显子组测序、单细胞RNA测序	NA	基因测序数据	1,725例IPF患者和23,509例对照受试者
4	2025-02-21	A single-cell analysis of thymopoiesis and thymic iNKT cell development in pigs 2022-07-05, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111050 PMID:35793622	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，构建了早期青春期猪胸腺的细胞图谱，揭示了猪胸腺细胞与人类胸腺细胞在细胞状态和类型上的保守特征及物种特异性差异	首次使用单细胞RNA测序技术对猪胸腺进行细胞图谱分析，揭示了猪iNKT细胞功能多样性与小鼠iNKT0/1/2/17亚群分化模式的不同	研究仅针对早期青春期猪胸腺，未涵盖其他发育阶段或不同生理状态下的胸腺细胞	改善猪的健康状况并利用猪作为临床前模型	早期青春期猪胸腺细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	超过11,000个分化中的不变自然杀伤T细胞（iNKT细胞）
5	2025-02-14	[Investigation on the growth factor regulatory network of dermal fibroblasts in mouse full-thickness skin defect wounds based on single-cell RNA sequencing] 2022-Jul-20, Zhonghua shao shang yu chuang mian xiu fu za zhi DOI:10.3760/cma.j.cn501225-20220215-00029 PMID:35899330	研究论文	本研究基于单细胞RNA测序技术，探索了小鼠全层皮肤缺损伤口中真皮成纤维细胞的异质性及其生长因子调控网络	首次利用单细胞RNA测序技术详细描绘了小鼠全层皮肤缺损伤口中真皮成纤维细胞的异质性及其在生长因子信号通路中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型，且样本量较小	探索小鼠全层皮肤缺损伤口中真皮成纤维细胞的异质性及其生长因子调控网络	小鼠全层皮肤缺损伤口中的真皮成纤维细胞	数字病理	皮肤损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	10只8周龄雄性C57BL/6小鼠（5只正常皮肤组织，5只伤口组织）
6	2024-09-28	A strategy to quantify myofibroblast activation on a continuous spectrum 2022-07-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-16158-7 PMID:35851602	研究论文	本文开发了一种基于显微成像和机器学习方法的策略，用于在体外连续量化肌成纤维细胞的激活状态	本文首次提出了一种基于显微成像和机器学习的方法，用于在连续谱上量化肌成纤维细胞的激活状态	本文的研究仅限于体外实验，尚未在体内验证该方法的有效性	开发一种方法来量化肌成纤维细胞在连续谱上的激活状态	肌成纤维细胞的激活状态	数字病理学	NA	显微成像、机器学习、单细胞RNA测序	自监督机器学习	图像、转录组数据	超过1000个心肌成纤维细胞
7	2024-09-23	Single-cell transcriptomic signatures and gene regulatory networks modulated by Wls in mammalian midline facial formation and clefts 2022-07-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.200533 PMID:35781558	研究论文	研究了Wls蛋白在哺乳动物中线面部形成和裂隙中的单细胞转录组特征和基因调控网络	结合小鼠遗传学和基因组学方法，揭示了Wls在正常和缺陷的中面部形态发生中的机制，并提供了单细胞分辨率的转录组图谱	NA	探讨Wls蛋白在哺乳动物中线面部形成和裂隙中的作用机制	小鼠的中面部形态发生和相关缺陷	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
8	2024-09-23	Dissecting the treatment-naive ecosystem of human melanoma brain metastasis 2022-07-07, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2022.06.007 PMID:35803246	研究论文	本文通过单细胞/核RNA测序和空间单细胞转录组学分析，揭示了未经治疗的黑色素瘤脑转移的生态系统	首次在未经治疗的黑色素瘤脑转移中进行了全面的单细胞/核RNA测序和空间单细胞转录组学分析，揭示了其独特的生物学特征和免疫微环境	研究样本量较小，且仅限于未经治疗的黑色素瘤脑转移	深入理解黑色素瘤脑转移的生物学特征和免疫微环境	未经治疗的黑色素瘤脑转移和颅外黑色素瘤转移	数字病理学	黑色素瘤	单细胞/核RNA测序、空间单细胞转录组学、T细胞受体测序、RNA/ATAC测序、蛋白质组学、多重成像	NA	RNA	22例未经治疗的黑色素瘤脑转移和10例颅外黑色素瘤转移
9	2024-09-23	Ethanol Consumption Induces Nonspecific Inflammation and Functional Defects in Alveolar Macrophages 2022-07, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2021-0346OC PMID:35380939	研究论文	研究长期酒精摄入对肺泡巨噬细胞免疫功能的影响	首次使用恒河猴模型研究长期酒精摄入对肺泡巨噬细胞的免疫功能和基因表达的影响	研究仅限于恒河猴模型，结果可能不完全适用于人类	探讨长期酒精摄入对肺泡巨噬细胞免疫功能的影响及其机制	肺泡巨噬细胞	NA	NA	RNA测序，染色质可及性测序	NA	RNA数据，染色质可及性数据	恒河猴模型中的肺泡巨噬细胞样本
10	2024-09-23	Profiling of mature-stage human breast milk cells identifies six unique lactocyte subpopulations 2022-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abm6865 PMID:35767604	研究论文	研究分析了成熟阶段人乳中的细胞，识别出六个独特的乳细胞亚群	首次通过全面分析流式细胞术、定量PCR和单细胞RNA测序数据，识别出人乳中六个独特的上皮乳细胞亚群，包括三个先前未被发现的亚群	NA	研究健康捐赠者成熟阶段人乳中的细胞特性，并识别其独特的亚群	成熟阶段人乳中的细胞	NA	NA	流式细胞术、定量PCR、单细胞RNA测序	NA	蛋白质、基因、转录组	健康捐赠者的成熟阶段人乳样本
11	2024-09-10	Immune features of COVID-19 convalescent individuals revealed by a single-cell RNA sequencing 2022-Jul, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2022.108767 PMID:35453072	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示COVID-19康复者外周血样本中的免疫特征	首次系统地绘制了COVID-19康复者外周血样本中SARS-CoV-2特异性免疫反应的表型景观，揭示了T细胞和B细胞在康复过程中的复杂功能	研究仅限于外周血样本，未涉及其他组织或器官的免疫反应	探讨自然感染后免疫反应的持续性及其对长期免疫保护的重要性	COVID-19康复者的外周血样本	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	COVID-19康复者的外周血样本
12	2024-09-06	Statistical analysis of spatially resolved transcriptomic data by incorporating multiomics auxiliary information 2022-07-30, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1093/genetics/iyac095 PMID:35731210	研究论文	本文提出了一种结合多组学辅助信息的空间转录组数据统计分析方法	扩展了OrderShapeEM方法，使其能够整合多个外部组学研究的信息，从而提高空间表达模式检测的统计效能	NA	提高空间转录组数据分析中的统计效能，同时控制错误发现率	空间转录组数据和外部多组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学、RNA测序	OrderShapeEM	转录组数据	NA
13	2024-09-02	In Vivo Profiling of Individual Multiciliated Cells during Acute Influenza A Virus Infection 2022-07-27, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00505-22 PMID:35867557	研究论文	本研究利用H1N1流感病毒编码的荧光报告基因、细胞系标记转基因小鼠和单细胞RNA测序技术，探索了急性流感A病毒感染期间易感上皮细胞群体的反应范围，特别是多纤毛细胞的反应。	研究首次识别了在感染前基础表达干扰素刺激基因的多纤毛细胞亚群，并假设这可能对早期感染反应至关重要。	研究主要集中在小鼠模型上，尚未完全阐明这些发现如何转化为人类流感感染。	旨在理解流感A病毒感染期间上皮细胞的异质性反应及其对疾病建立的影响。	急性流感A病毒感染期间的多纤毛细胞和上皮细胞。	数字病理学	流感	单细胞RNA测序	NA	RNA	数千个单个的小鼠肺上皮细胞
14	2024-09-02	Single-cell multimodal analysis identifies common regulatory programs in synovial fibroblasts of rheumatoid arthritis patients and modeled TNF-driven arthritis 2022-07-26, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01081-3 PMID:35879783	研究论文	本研究通过单细胞转录组和表观基因组分析，揭示了类风湿性关节炎患者和TNF驱动关节炎模型中滑膜成纤维细胞的常见调控程序。	本研究首次通过单细胞多模态分析，揭示了从健康到关节炎的滑膜成纤维细胞动态景观，并确定了跨物种保守的调控和转录网络。	NA	揭示从健康到关节炎的滑膜成纤维细胞动态景观，并为理解关节病理生理学和治疗慢性炎症性及破坏性关节炎提供功能基因组蓝图。	滑膜成纤维细胞的转录组和表观基因组特征，以及其在健康和关节炎状态下的差异。	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	Seurat和ArchR软件包	转录组和表观基因组数据	来自健康和hTNFtg小鼠的滑膜成纤维细胞样本
15	2024-09-02	ZetaSuite: computational analysis of two-dimensional high-throughput data from multi-target screens and single-cell transcriptomics 2022-07-25, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02729-4 PMID:35879727	研究论文	介绍了一种新的统计方法Zeta及其软件包ZetaSuite，用于分析二维高通量数据，并在功能基因组学研究中展示了其广泛应用	开发了一种新的统计方法Zeta和相应的软件包ZetaSuite，用于处理二维高通量数据，特别是在识别全局剪接调控因子方面	NA	开发新的统计方法和软件工具，以应对功能基因组学中二维高通量数据分析的新挑战	二维高通量数据，包括大规模癌症依赖性筛选和单细胞转录组学研究的数据	功能基因组学	癌症	二维高通量筛选	Zeta统计方法	二维高通量数据	NA
16	2024-09-02	ccImpute: an accurate and scalable consensus clustering based algorithm to impute dropout events in the single-cell RNA-seq data 2022-Jul-22, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-022-04814-8 PMID:35869420	研究论文	本文提出了一种基于共识聚类的算法ccImpute，用于在单细胞RNA测序数据中准确且可扩展地填补丢失事件	ccImpute算法利用新的相似性度量来填补单细胞RNA测序数据中的最可能丢失事件，其性能超过现有填补方法，并引入了最少的新噪声	NA	解决单细胞RNA测序技术中低表达基因的检测和准确记录问题	单细胞RNA测序数据中的丢失事件	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	共识聚类	基因表达矩阵	包含M个基因和N个细胞样本的矩阵
17	2024-09-02	Choroidal endothelial and macrophage gene expression in atrophic and neovascular macular degeneration 2022-07-21, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddac043 PMID:35181781	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了21个人类脉络膜样本，其中11个来自早期萎缩性或新生血管性年龄相关性黄斑变性（AMD）患者，鉴定了新的基因表达特征并免疫组化表征了脉络膜中的特定免疫细胞群体。	本研究首次在单细胞水平上揭示了AMD中脉络膜内皮细胞和单核吞噬细胞的新分子特征，并发现了与AMD遗传风险因子相关的独特表达模式。	研究样本数量有限，且仅限于早期AMD患者，可能无法全面代表所有AMD阶段的分子特征。	旨在揭示年龄相关性黄斑变性（AMD）中脉络膜内皮细胞和单核吞噬细胞的分子特征。	人类脉络膜样本中的内皮细胞和单核吞噬细胞。	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	21个人类脉络膜样本，其中11个来自早期AMD患者
18	2024-09-02	Spacemake: processing and analysis of large-scale spatial transcriptomics data 2022-07-19, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giac064 PMID:35852420	研究论文	本文介绍了一种名为spacemake的模块化、稳健且可扩展的空间转录组学数据处理和分析管道，该管道基于Snakemake和Python构建	spacemake能够处理和分析来自不同技术的多种空间转录组学数据集，并提供样本合并、饱和度分析和长读取分析等额外功能	NA	开发一种能够处理和分析大规模空间转录组学数据的新工具	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	多种样本，包括来自不同实验方法的数据
19	2024-09-02	Exfoliated Kidney Cells from Urine for Early Diagnosis and Prognostication of CKD: The Way of the Future? 2022-Jul-09, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23147610 PMID:35886957	综述	本文综述了利用尿液中脱落的肾细胞进行慢性肾脏病（CKD）早期诊断和预后评估的现状与未来发展方向	介绍了多光谱自体荧光成像和单细胞RNA测序（scRNA-seq）等新技术在尿液脱落肾细胞临床应用中的潜力	NA	探讨尿液中脱落的近端小管细胞、足细胞、间质细胞、细胞外囊泡和干细胞/祖细胞作为CKD早期诊断和预后评估替代标记物的实用性	尿液中脱落的肾细胞及其在CKD诊断和预后中的应用	生物医学技术	慢性肾脏病	多光谱自体荧光成像、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、酶联免疫吸附试验（ELISA）、免疫荧光技术	NA	细胞、蛋白质特异性信使RNA/微小RNA	NA
20	2024-09-02	Identification of Endoplasmic Reticulum Stress-Related Subtypes, Infiltration Analysis of Tumor Microenvironment, and Construction of a Prognostic Model in Colorectal Cancer 2022-Jul-08, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers14143326 PMID:35884393	研究论文	本研究分析了内质网应激相关基因模式在结直肠癌中的作用，并构建了一个预测患者生存的预后模型	首次识别出两种与内质网应激相关的基因模式，并探讨了其在肿瘤微环境中的细胞浸润模式和临床特征	研究主要基于Gene Expression Omnibus数据库的数据，可能存在样本选择偏倚	探讨内质网应激相关基因模式在结直肠癌发展和免疫逃逸中的作用	结直肠癌患者及其肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学	风险评分和诺模图	基因表达数据	884名结直肠癌患者