单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 246 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-11-27 |
A single-cell analysis of thymopoiesis and thymic iNKT cell development in pigs
2022-07-05, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111050
PMID:35793622
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术分析了猪胸腺中的胸腺生成和iNKT细胞发育 | 揭示了猪胸腺细胞与人类胸腺细胞的保守特征和物种特异性差异，并描述了几种具有先天效应功能的非传统T细胞类型 | NA | 研究猪免疫系统的特征，以改善猪的健康并利用猪作为临床前模型 | 猪胸腺中的胸腺生成和iNKT细胞发育 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 超过11,000个分化中的不变自然杀伤T (iNKT) 细胞 |
| 2 | 2024-09-28 |
A strategy to quantify myofibroblast activation on a continuous spectrum
2022-07-18, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-16158-7
PMID:35851602
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研究论文 | 本文开发了一种基于显微成像和机器学习方法的策略，用于在体外连续量化肌成纤维细胞的激活状态 | 本文首次提出了一种基于显微成像和机器学习的方法，用于在连续谱上量化肌成纤维细胞的激活状态 | 本文的研究仅限于体外实验，尚未在体内验证该方法的有效性 | 开发一种方法来量化肌成纤维细胞在连续谱上的激活状态 | 肌成纤维细胞的激活状态 | 数字病理学 | NA | 显微成像、机器学习、单细胞RNA测序 | 自监督机器学习 | 图像、转录组数据 | 超过1000个心肌成纤维细胞 |
| 3 | 2024-09-23 |
Single-cell transcriptomic signatures and gene regulatory networks modulated by Wls in mammalian midline facial formation and clefts
2022-07-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.200533
PMID:35781558
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研究论文 | 研究了Wls蛋白在哺乳动物中线面部形成和裂隙中的单细胞转录组特征和基因调控网络 | 结合小鼠遗传学和基因组学方法，揭示了Wls在正常和缺陷的中面部形态发生中的机制，并提供了单细胞分辨率的转录组图谱 | NA | 探讨Wls蛋白在哺乳动物中线面部形成和裂隙中的作用机制 | 小鼠的中面部形态发生和相关缺陷 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 4 | 2024-09-23 |
Dissecting the treatment-naive ecosystem of human melanoma brain metastasis
2022-07-07, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2022.06.007
PMID:35803246
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研究论文 | 本文通过单细胞/核RNA测序和空间单细胞转录组学分析，揭示了未经治疗的黑色素瘤脑转移的生态系统 | 首次在未经治疗的黑色素瘤脑转移中进行了全面的单细胞/核RNA测序和空间单细胞转录组学分析，揭示了其独特的生物学特征和免疫微环境 | 研究样本量较小，且仅限于未经治疗的黑色素瘤脑转移 | 深入理解黑色素瘤脑转移的生物学特征和免疫微环境 | 未经治疗的黑色素瘤脑转移和颅外黑色素瘤转移 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞/核RNA测序、空间单细胞转录组学、T细胞受体测序、RNA/ATAC测序、蛋白质组学、多重成像 | NA | RNA | 22例未经治疗的黑色素瘤脑转移和10例颅外黑色素瘤转移 |
| 5 | 2024-09-23 |
Ethanol Consumption Induces Nonspecific Inflammation and Functional Defects in Alveolar Macrophages
2022-07, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2021-0346OC
PMID:35380939
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研究论文 | 研究长期酒精摄入对肺泡巨噬细胞免疫功能的影响 | 首次使用恒河猴模型研究长期酒精摄入对肺泡巨噬细胞的免疫功能和基因表达的影响 | 研究仅限于恒河猴模型，结果可能不完全适用于人类 | 探讨长期酒精摄入对肺泡巨噬细胞免疫功能的影响及其机制 | 肺泡巨噬细胞 | NA | NA | RNA测序，染色质可及性测序 | NA | RNA数据，染色质可及性数据 | 恒河猴模型中的肺泡巨噬细胞样本 |
| 6 | 2024-09-23 |
Profiling of mature-stage human breast milk cells identifies six unique lactocyte subpopulations
2022-07, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abm6865
PMID:35767604
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研究论文 | 研究分析了成熟阶段人乳中的细胞，识别出六个独特的乳细胞亚群 | 首次通过全面分析流式细胞术、定量PCR和单细胞RNA测序数据，识别出人乳中六个独特的上皮乳细胞亚群，包括三个先前未被发现的亚群 | NA | 研究健康捐赠者成熟阶段人乳中的细胞特性，并识别其独特的亚群 | 成熟阶段人乳中的细胞 | NA | NA | 流式细胞术、定量PCR、单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质、基因、转录组 | 健康捐赠者的成熟阶段人乳样本 |
| 7 | 2024-09-10 |
Immune features of COVID-19 convalescent individuals revealed by a single-cell RNA sequencing
2022-Jul, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2022.108767
PMID:35453072
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示COVID-19康复者外周血样本中的免疫特征 | 首次系统地绘制了COVID-19康复者外周血样本中SARS-CoV-2特异性免疫反应的表型景观，揭示了T细胞和B细胞在康复过程中的复杂功能 | 研究仅限于外周血样本，未涉及其他组织或器官的免疫反应 | 探讨自然感染后免疫反应的持续性及其对长期免疫保护的重要性 | COVID-19康复者的外周血样本 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | COVID-19康复者的外周血样本 |
| 8 | 2024-09-06 |
Statistical analysis of spatially resolved transcriptomic data by incorporating multiomics auxiliary information
2022-07-30, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyac095
PMID:35731210
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研究论文 | 本文提出了一种结合多组学辅助信息的空间转录组数据统计分析方法 | 扩展了OrderShapeEM方法，使其能够整合多个外部组学研究的信息，从而提高空间表达模式检测的统计效能 | NA | 提高空间转录组数据分析中的统计效能，同时控制错误发现率 | 空间转录组数据和外部多组学数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学、RNA测序 | OrderShapeEM | 转录组数据 | NA |
| 9 | 2024-09-02 |
In Vivo Profiling of Individual Multiciliated Cells during Acute Influenza A Virus Infection
2022-07-27, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.00505-22
PMID:35867557
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研究论文 | 本研究利用H1N1流感病毒编码的荧光报告基因、细胞系标记转基因小鼠和单细胞RNA测序技术，探索了急性流感A病毒感染期间易感上皮细胞群体的反应范围，特别是多纤毛细胞的反应。 | 研究首次识别了在感染前基础表达干扰素刺激基因的多纤毛细胞亚群，并假设这可能对早期感染反应至关重要。 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未完全阐明这些发现如何转化为人类流感感染。 | 旨在理解流感A病毒感染期间上皮细胞的异质性反应及其对疾病建立的影响。 | 急性流感A病毒感染期间的多纤毛细胞和上皮细胞。 | 数字病理学 | 流感 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 数千个单个的小鼠肺上皮细胞 |
| 10 | 2024-09-02 |
Single-cell multimodal analysis identifies common regulatory programs in synovial fibroblasts of rheumatoid arthritis patients and modeled TNF-driven arthritis
2022-07-26, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01081-3
PMID:35879783
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和表观基因组分析，揭示了类风湿性关节炎患者和TNF驱动关节炎模型中滑膜成纤维细胞的常见调控程序。 | 本研究首次通过单细胞多模态分析，揭示了从健康到关节炎的滑膜成纤维细胞动态景观，并确定了跨物种保守的调控和转录网络。 | NA | 揭示从健康到关节炎的滑膜成纤维细胞动态景观，并为理解关节病理生理学和治疗慢性炎症性及破坏性关节炎提供功能基因组蓝图。 | 滑膜成纤维细胞的转录组和表观基因组特征，以及其在健康和关节炎状态下的差异。 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | Seurat和ArchR软件包 | 转录组和表观基因组数据 | 来自健康和hTNFtg小鼠的滑膜成纤维细胞样本 |
| 11 | 2024-09-02 |
ZetaSuite: computational analysis of two-dimensional high-throughput data from multi-target screens and single-cell transcriptomics
2022-07-25, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02729-4
PMID:35879727
|
研究论文 | 介绍了一种新的统计方法Zeta及其软件包ZetaSuite，用于分析二维高通量数据，并在功能基因组学研究中展示了其广泛应用 | 开发了一种新的统计方法Zeta和相应的软件包ZetaSuite，用于处理二维高通量数据，特别是在识别全局剪接调控因子方面 | NA | 开发新的统计方法和软件工具，以应对功能基因组学中二维高通量数据分析的新挑战 | 二维高通量数据，包括大规模癌症依赖性筛选和单细胞转录组学研究的数据 | 功能基因组学 | 癌症 | 二维高通量筛选 | Zeta统计方法 | 二维高通量数据 | NA |
| 12 | 2024-09-02 |
ccImpute: an accurate and scalable consensus clustering based algorithm to impute dropout events in the single-cell RNA-seq data
2022-Jul-22, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-022-04814-8
PMID:35869420
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研究论文 | 本文提出了一种基于共识聚类的算法ccImpute，用于在单细胞RNA测序数据中准确且可扩展地填补丢失事件 | ccImpute算法利用新的相似性度量来填补单细胞RNA测序数据中的最可能丢失事件，其性能超过现有填补方法，并引入了最少的新噪声 | NA | 解决单细胞RNA测序技术中低表达基因的检测和准确记录问题 | 单细胞RNA测序数据中的丢失事件 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 共识聚类 | 基因表达矩阵 | 包含M个基因和N个细胞样本的矩阵 |
| 13 | 2024-09-02 |
Choroidal endothelial and macrophage gene expression in atrophic and neovascular macular degeneration
2022-07-21, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddac043
PMID:35181781
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了21个人类脉络膜样本，其中11个来自早期萎缩性或新生血管性年龄相关性黄斑变性（AMD）患者，鉴定了新的基因表达特征并免疫组化表征了脉络膜中的特定免疫细胞群体。 | 本研究首次在单细胞水平上揭示了AMD中脉络膜内皮细胞和单核吞噬细胞的新分子特征，并发现了与AMD遗传风险因子相关的独特表达模式。 | 研究样本数量有限，且仅限于早期AMD患者，可能无法全面代表所有AMD阶段的分子特征。 | 旨在揭示年龄相关性黄斑变性（AMD）中脉络膜内皮细胞和单核吞噬细胞的分子特征。 | 人类脉络膜样本中的内皮细胞和单核吞噬细胞。 | 数字病理学 | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 21个人类脉络膜样本，其中11个来自早期AMD患者 |
| 14 | 2024-09-02 |
Spacemake: processing and analysis of large-scale spatial transcriptomics data
2022-07-19, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giac064
PMID:35852420
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研究论文 | 本文介绍了一种名为spacemake的模块化、稳健且可扩展的空间转录组学数据处理和分析管道，该管道基于Snakemake和Python构建 | spacemake能够处理和分析来自不同技术的多种空间转录组学数据集，并提供样本合并、饱和度分析和长读取分析等额外功能 | NA | 开发一种能够处理和分析大规模空间转录组学数据的新工具 | 空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 多种样本，包括来自不同实验方法的数据 |
| 15 | 2024-09-02 |
Exfoliated Kidney Cells from Urine for Early Diagnosis and Prognostication of CKD: The Way of the Future?
2022-Jul-09, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms23147610
PMID:35886957
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综述 | 本文综述了利用尿液中脱落的肾细胞进行慢性肾脏病（CKD）早期诊断和预后评估的现状与未来发展方向 | 介绍了多光谱自体荧光成像和单细胞RNA测序（scRNA-seq）等新技术在尿液脱落肾细胞临床应用中的潜力 | NA | 探讨尿液中脱落的近端小管细胞、足细胞、间质细胞、细胞外囊泡和干细胞/祖细胞作为CKD早期诊断和预后评估替代标记物的实用性 | 尿液中脱落的肾细胞及其在CKD诊断和预后中的应用 | 生物医学技术 | 慢性肾脏病 | 多光谱自体荧光成像、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、酶联免疫吸附试验（ELISA）、免疫荧光技术 | NA | 细胞、蛋白质特异性信使RNA/微小RNA | NA |
| 16 | 2024-09-02 |
Identification of Endoplasmic Reticulum Stress-Related Subtypes, Infiltration Analysis of Tumor Microenvironment, and Construction of a Prognostic Model in Colorectal Cancer
2022-Jul-08, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers14143326
PMID:35884393
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研究论文 | 本研究分析了内质网应激相关基因模式在结直肠癌中的作用，并构建了一个预测患者生存的预后模型 | 首次识别出两种与内质网应激相关的基因模式，并探讨了其在肿瘤微环境中的细胞浸润模式和临床特征 | 研究主要基于Gene Expression Omnibus数据库的数据，可能存在样本选择偏倚 | 探讨内质网应激相关基因模式在结直肠癌发展和免疫逃逸中的作用 | 结直肠癌患者及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | 风险评分和诺模图 | 基因表达数据 | 884名结直肠癌患者 |
| 17 | 2024-09-02 |
Evolution and developmental expression of the sodium-iodide symporter (NIS, slc5a5) gene family: Implications for perchlorate toxicology
2022-Jul, Evolutionary applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/eva.13424
PMID:35899258
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研究论文 | 本文研究了钠碘同向转运体（NIS或SLC5A5）基因家族的进化和发育表达模式，并探讨了高氯酸盐对性发育的影响机制。 | 发现了NIS基因家族在刺鱼和斑马鱼中的新表达域，并提出了高氯酸盐通过影响这些基因在生殖组织中的表达来影响性发育的假设。 | 文章未详细说明高氯酸盐影响性发育的具体分子机制。 | 探究NIS基因家族的进化历史及其在发育中的表达模式，以及高氯酸盐对性发育的影响。 | NIS基因家族及其在刺鱼和斑马鱼中的表达模式。 | NA | 甲状腺疾病 | 单细胞转录组学（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 刺鱼和斑马鱼的胚胎、幼体及成体样本 |
| 18 | 2024-08-08 |
Single-cell sequencing of mouse heart cellular heterogeneity in hypercholesterolemia reveals the mechanism of myocardial damage
2022-07, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.951
PMID:35859355
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 2024-09-02 |
Single-cell roadmap of human gonadal development
2022-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-04918-4
PMID:35794482
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研究论文 | 本文通过单细胞和空间转录组学、染色质可及性分析和荧光显微镜技术，生成了第一和第二孕期人类性腺的综合图谱，并提取了控制生殖细胞和体细胞谱系发育的人类特异性调控程序。 | 本文首次提供了人类和鼠类性腺分化的时间和空间综合图谱，有助于体外性腺发生研究。 | NA | 研究人类性腺发育的复杂过程及其调控机制。 | 人类和鼠类的性腺发育过程。 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学、空间转录组学、染色质可及性分析、荧光显微镜 | NA | 转录组数据 | 第一和第二孕期的人类性腺组织 |
| 20 | 2024-09-01 |
Single-cell transcriptome analysis of embryonic and adult endothelial cells allows to rank the hemogenic potential of post-natal endothelium
2022-07-16, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-16127-0
PMID:35842474
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析比较了胚胎和成年内皮细胞，探讨了成年血管内皮细胞转化为造血干细胞的潜力 | 发现了成年内皮细胞与胚胎内皮细胞在转录因子表达上的关键差异，并确定了胰腺、大脑、肾脏和肝脏内皮细胞作为细胞重编程为造血干细胞的最合适目标 | 缺乏合适的供体是造血干细胞移植的主要限制 | 探讨成年血管内皮细胞转化为造血干细胞的潜力，为造血干细胞的生成提供重编程策略 | 胚胎和成年内皮细胞的单细胞转录组 | 数字病理学 | 血液疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |