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当前共找到 261 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2024-08-08 |
Optocoder: computational decoding of spatially indexed bead arrays
2022-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqac042
PMID:35685220
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Optocoder的计算框架，用于处理显微镜图像以在空间中解码珠子条形码 | Optocoder通过使用监督机器学习显著增加了光学解码和测序条形码之间的匹配数量 | NA | 开发一种高效的计算管道，用于处理显微镜图像并准确地基调用珠子条形码 | 空间转录组学方法中使用的条形码珠子阵列 | 计算机视觉 | NA | 显微镜 | 监督机器学习 | 图像 | 使用自家的空间转录组学平台和Slide-Seq(V2)数据进行了基准测试 | NA | NA | NA | NA |
| 162 | 2024-08-08 |
Cytokine storm promoting T cell exhaustion in severe COVID-19 revealed by single cell sequencing data analysis
2022-Jun, Precision clinical medicine
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/pcmedi/pbac014
PMID:35694714
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了细胞因子风暴在严重COVID-19中促进T细胞耗竭的分子机制 | 发现了严重耗竭的CD8 T细胞新亚群，并揭示了细胞因子与抑制受体之间的相互作用轴 | NA | 解析细胞因子风暴与T细胞耗竭之间的分子关系 | COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液中的细胞类型 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 从COVID-19患者和健康人的支气管肺泡灌洗液中鉴定出14种细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 163 | 2024-08-08 |
Flow goes forward and cells step backward: endothelial migration
2022-06, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-022-00785-1
PMID:35701563
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综述 | 本文综述了近期关于血管生成机制的研究进展，特别是静脉内皮细胞在发育和病理条件下血管生成中的作用 | 利用先进的细胞命运图谱、时间流逝成像、基因组编辑和单细胞RNA测序技术，揭示了静脉内皮细胞在血管生成中的独特作用 | NA | 旨在更新对血管生成过程的理解 | 内皮细胞及其在血管生成中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 164 | 2024-08-08 |
EPIC: Inferring relevant cell types for complex traits by integrating genome-wide association studies and single-cell RNA sequencing
2022-06, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1010251
PMID:35709291
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研究论文 | 本文介绍了一种名为EPIC的统计框架，该框架通过整合全基因组关联研究（GWAS）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，推断与复杂性状相关的细胞类型 | EPIC框架能够有效地关联GWAS总结统计数据与细胞类型特异性基因表达测量，通过广义最小二乘法优先考虑与性状相关的细胞类型，同时考虑基因内和基因间的相关结构 | NA | 旨在通过整合GWAS和scRNA-seq数据，推断与复杂性状相关的细胞类型，以阐明疾病病因 | 复杂性状相关的细胞类型 | 基因组学 | 糖尿病，精神分裂症 | 全基因组关联研究（GWAS），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 广义最小二乘法 | 基因表达数据 | 多个scRNA-seq数据集，涉及不同平台 | NA | NA | NA | NA |
| 165 | 2024-08-08 |
Novel bi-allelic variants in KASH5 are associated with meiotic arrest and non-obstructive azoospermia
2022-Jun-30, Molecular human reproduction
IF:3.6Q1
DOI:10.1093/molehr/gaac021
PMID:35674372
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研究论文 | 本研究通过全外显子测序和CNV阵列，在非阻塞性无精症患者及其不育姐妹中发现了KASH5基因的新型杂合拷贝数变异和功能丧失变异，并首次评估了KASH5蛋白在人类精母细胞中的表达。 | 首次在人类中评估KASH5蛋白表达，并通过单细胞RNA测序揭示了人和小鼠中LINC复合体及相关基因的相似表达模式，表明染色体运动和核膜重塑的保守调控机制。 | NA | 探索KASH5基因变异与非阻塞性无精症及减数分裂停滞的关联，并研究其在人类减数分裂前期的调控作用。 | KASH5基因、非阻塞性无精症患者及其不育姐妹、KASH5蛋白在人类精母细胞中的表达。 | NA | 男性不育症 | 全外显子测序、CNV阵列、单细胞RNA测序 | NA | 基因序列、蛋白质表达 | 非阻塞性无精症患者及其不育姐妹 | NA | NA | NA | NA |
| 166 | 2024-08-08 |
Protocols for SARS-CoV-2 infection in primary ocular cells and eye organoids
2022-06-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101383
PMID:35664254
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研究论文 | 本文描述了一系列评估SARS-CoV-2在人眼模型中感染的协议 | 提供了完整的眼器官分化、SARS-CoV-2感染及单细胞RNA测序处理的详细步骤 | NA | 评估SARS-CoV-2在人眼模型中的感染情况 | 人眼器官和成人眼部细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 从尸体捐赠者眼中获取的成人眼部细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 167 | 2024-08-08 |
popsicleR: A R Package for Pre-processing and Quality Control Analysis of Single Cell RNA-seq Data
2022-06-15, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2022.167560
PMID:35662457
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研究论文 | 介绍了一个名为popsicleR的R包，用于单细胞RNA测序数据的预处理和质量控制分析 | popsicleR包整合了多种广泛使用的管道方法，为有经验和无经验的用户提供了一个交互式的指导工具，用于单细胞RNA测序数据的预处理和质量控制 | NA | 开发一个工具，简化单细胞RNA测序数据的预处理和质量控制过程 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 168 | 2024-08-08 |
Characterization of gene cluster heterogeneity in single-cell transcriptomic data within and across cancer types
2022-06-15, Biology open
IF:1.8Q3
DOI:10.1242/bio.059256
PMID:35665803
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研究论文 | 本文提供了一系列定量方法来分析癌症单细胞RNA测序数据，包括评估肿瘤内异质性/同质性的两种定量措施，从单细胞RNA测序数据中建立基因簇层次结构并进行功能富集和异质性分析，以及开发算法将多个数据集的基因簇层次结构对齐到少数几个元基因簇 | 本文首次提出了定量评估肿瘤内异质性/同质性的方法，并开发了算法将多个数据集的基因簇层次结构对齐到少数几个元基因簇，从而揭示了癌症细胞转录组的异质性和功能富集特征 | 本文未能在单细胞数据中保留乳腺癌亚型在批量级数据中的组合表达模式 | 旨在通过定量方法和算法分析癌症单细胞RNA测序数据，揭示癌症细胞转录组的异质性和功能富集特征 | 癌症单细胞RNA测序数据中的基因簇异质性和功能富集 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (sc-RNAseq) | NA | 基因表达数据 | 九个癌症单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 169 | 2024-08-08 |
Signatures of glial activity can be detected in the CSF proteome
2022-06-14, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2119804119
PMID:35666874
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研究论文 | 研究利用单细胞转录组学揭示的特定胶质细胞激活状态，探索其在脑脊液（CSF）蛋白质组中的变化，特别是在阿尔茨海默病和帕金森病中的应用。 | 首次发现胶质细胞相关的蛋白质在CSF中的变化，这些变化与单细胞转录组学中描述的疾病相关胶质基因有重叠。 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证。 | 探索胶质细胞活动在脑脊液蛋白质组中的表现，以及其在疾病监测和治疗反应中的应用。 | 胶质细胞在脑脊液中的蛋白质变化，特别是在阿尔茨海默病和帕金森病中的表现。 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 非靶向液相色谱-质谱法 | NA | 蛋白质组数据 | 超过20种胶质细胞来源的蛋白质在老年β-淀粉样蛋白前体蛋白和α-突触核蛋白转基因小鼠的CSF中增加 | NA | NA | NA | NA |
| 170 | 2024-08-08 |
Author Correction: Single-cell transcriptomics captures features of human midbrain development and dopamine neuron diversity in brain organoids
2022-Jun-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-31024-w
PMID:35676291
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 171 | 2024-08-08 |
GRHL2 motif is associated with intratumor heterogeneity of cis-regulatory elements in luminal breast cancer
2022-Jun-08, NPJ breast cancer
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s41523-022-00438-6
PMID:35676392
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研究论文 | 本研究使用单细胞转座酶可及染色质测序技术（scATAC-seq）分析了16名乳腺癌患者的12,452个细胞的染色质可及性，揭示了肿瘤内异质性与雌激素受体（ER）信号通路的关系，并发现了GRHL2转录因子在内分泌抵抗中的作用。 | 首次在单细胞水平上揭示了乳腺癌肿瘤内异质性与ER信号通路的关联，并发现了GRHL2转录因子在内分泌抵抗中的新作用。 | 研究样本量相对较小，且未涵盖所有乳腺癌亚型。 | 探讨乳腺癌肿瘤内异质性与预后及治疗反应的关系，特别是雌激素受体信号通路的作用。 | 乳腺癌患者的肿瘤细胞及其微环境。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq） | NA | 染色质可及性数据 | 16名乳腺癌患者的12,452个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 172 | 2024-08-08 |
Supporting Cells of the Human Olfactory Epithelium Co-Express the Lipid Scramblase TMEM16F and ACE2 and May Cause Smell Loss by SARS-CoV-2 Spike-Induced Syncytia
2022-Jun-07, Cellular physiology and biochemistry : international journal of experimental cellular physiology, biochemistry, and pharmacology
IF:2.5Q2
DOI:10.33594/000000531
PMID:35670331
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研究论文 | 研究探讨了人类嗅上皮支持细胞中共表达的脂质翻转酶TMEM16F和ACE2在SARS-CoV-2感染引起的嗅觉丧失中的作用 | 首次证明了TMEM16F在人类嗅觉支持细胞中的表达，并指出由niclosamide阻断的合胞体形成可能是COVID-19嗅觉丧失的致病机制之一 | NA | 调查参与SARS-CoV-2 Spike诱导合胞体形成的蛋白质，即ACE2和TMEM16F，是否在人类嗅上皮中表达 | 人类嗅上皮的支持细胞 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学 | NA | RNA, 蛋白质 | 来自人类鼻上皮的公开单细胞RNA-seq数据集, 人类鼻组织活检样本 | NA | NA | NA | NA |
| 173 | 2024-08-08 |
Viral coinfection promotes tuberculosis immunopathogenesis by type I IFN signaling-dependent impediment of Th1 cell pulmonary influx
2022-06-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-30914-3
PMID:35672321
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研究论文 | 本研究使用Mtb和淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒共感染模型，探讨了病毒共感染如何通过I型IFN信号依赖性阻碍Th1细胞肺部浸润，从而促进结核病的免疫病理发生。 | 本研究首次揭示了病毒共感染通过诱导I型IFN信号，抑制CXCL9/10在髓系细胞中的产生，从而阻碍Mtb特异性CD4 T细胞的肺部迁移，加剧结核病的免疫病理过程。 | NA | 阐明病毒共感染如何通过免疫机制加剧结核病的病理过程。 | Mtb和淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒共感染模型。 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞测序，组织免疫荧光染色，过继转移实验 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 174 | 2024-08-08 |
Cardiac fibroblasts regulate the development of heart failure via Htra3-TGF-β-IGFBP7 axis
2022-06-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-30630-y
PMID:35672400
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、空间转录组学和遗传扰动，揭示了Htra3通过降解TGF-β维持静息态心脏成纤维细胞的身份，从而调控心脏纤维化和心力衰竭的发展 | 首次阐明Htra3通过Htra3-TGF-β-IGFBP7轴调控心脏成纤维细胞和心肌细胞稳态，为心力衰竭的治疗提供了新的靶点 | NA | 探究心脏成纤维细胞如何通过Htra3-TGF-β-IGFBP7轴调控心脏纤维化和心力衰竭的发展 | 心脏成纤维细胞、心肌细胞、心脏纤维化、心力衰竭 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 转录组、蛋白质组 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 175 | 2024-08-08 |
PGE2-EP2/EP4 signaling elicits immunosuppression by driving the mregDC-Treg axis in inflammatory tumor microenvironment
2022-06-07, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.110914
PMID:35675777
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研究论文 | 本研究使用免疫检查点抑制剂不敏感的小鼠癌症模型和单细胞RNA测序技术，揭示了PGE2-EP2/EP4信号通路在肿瘤微环境中通过促进mregDC-Treg轴的驱动，同时引发炎症和免疫抑制的双重作用 | 首次阐明PGE2-EP2/EP4信号通路在肿瘤微环境中连接活跃炎症和免疫抑制的关键调节作用，并提出EP2和EP4拮抗剂作为癌症治疗的新策略 | NA | 探究肿瘤微环境中炎症与免疫抑制的关系及其分子机制 | PGE2-EP2/EP4信号通路在肿瘤微环境中的作用及其对免疫细胞的影响 | NA | 各种人类癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠癌症模型 | NA | NA | NA | NA |
| 176 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq-based proteogenomics identifies glioblastoma-specific transposable elements encoding HLA-I-presented peptides
2022-06-07, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.110916
PMID:35675780
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研究论文 | 本文通过结合单细胞转录组学、肿瘤和健康组织样本的批量RNA测序以及免疫肽组学样本，分析了胶质母细胞瘤（GBM）患者中的转座元件（TEs），并识别出370个人类白细胞抗原（HLA）-I结合肽，这些肽由在GBM中差异表达的TEs编码 | 本文首次识别出由胶质母细胞瘤特异性TEs编码的HLA-I结合肽，这些肽可能作为肿瘤特异性靶点用于癌症免疫治疗 | NA | 识别胶质母细胞瘤特异性转座元件编码的HLA-I结合肽，为癌症免疫治疗提供潜在靶点 | 胶质母细胞瘤（GBM）患者中的转座元件（TEs） | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 肿瘤和健康组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 177 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing of mitotic-arrested prospermatogonia with DAZL::GFP chickens and revealing unique epigenetic reprogramming of chickens
2022-Jun-06, Journal of animal science and biotechnology
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s40104-022-00712-4
PMID:35659766
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了DAZL::GFP鸡中处于有丝分裂停滞期的雄性生殖细胞的转录动态，揭示了鸡生殖细胞独特的表观遗传重编程过程。 | 发现了鸡生殖细胞在有丝分裂停滞期间独特的表观遗传重编程时间表，包括组蛋白H3K9和H3K14的乙酰化以及DNA的去甲基化，这些发现与哺乳动物的基因组表观遗传重编程不同。 | NA | 研究鸡生殖细胞在有丝分裂停滞期间的表观遗传重编程过程。 | DAZL::GFP鸡中处于有丝分裂停滞期的雄性生殖细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及不同发育阶段（E12, E16, 孵化后）的细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 178 | 2024-08-08 |
A Multi-Omics Common Data Model for Primary Immunodeficiencies
2022-Jun-06, Studies in health technology and informatics
DOI:10.3233/SHTI220031
PMID:35672970
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研究论文 | 本文旨在开发一个整合临床和多组学数据的综合数据模型，用于原发性免疫缺陷病（PIDs）的特征描述和系统分析 | 提出了一种扩展的OMOP通用数据模型（OMOP-CDM），用于整合多组学数据，并可定制用于其他类型的罕见疾病 | NA | 开发一个综合数据模型，以标准化信息来描述PIDs患者并进行进一步的系统分析 | 原发性免疫缺陷病（PIDs）及其多组学数据 | NA | 原发性免疫缺陷病 | 单细胞转录组学、表观遗传学、蛋白质组学、代谢组学、宏基因组学和脂质组学 | OMOP通用数据模型（OMOP-CDM） | 多组学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 179 | 2024-08-08 |
Single-cell sequencing analysis reveals gastric cancer microenvironment cells respond vastly different to oxidative stress
2022-06-03, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-022-03411-w
PMID:35659682
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序数据分析胃癌微环境细胞对氧化应激的反应差异 | 首次揭示了胃癌微环境中不同细胞类型对氧化应激的反应差异，并鉴定了与胃癌患者预后相关的关键基因 | 研究结果需要进一步的临床研究验证 | 探究胃癌微环境细胞对氧化应激的反应及其与患者预后的关系 | 胃癌微环境中的细胞类型及其对氧化应激的反应 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 胃癌组织与正常胃组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 180 | 2024-08-08 |
Integrating spatial transcriptomics with single-cell transcriptomics reveals a spatiotemporal gene landscape of the human developing kidney
2022-Jun-03, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-022-00801-x
PMID:35659756
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研究论文 | 本文通过整合基于微阵列的空间转录组学和单细胞转录组学，研究了人类胚胎肾脏在9周和18周孕龄的时空基因程序 | 本文揭示了发育中细胞亚群的空间景观，并建立了以GDNF-ETV4为中心的调控网络，强调了Wnt、FGF和JAG1-Notch2信号在维持肾脏分支形态发生中的关键作用 | NA | 研究人类肾脏发育的时空基因景观，促进肾脏类器官培养 | 人类胚胎肾脏在9周和18周孕龄的时空基因程序 | 数字病理学 | NA | 微阵列空间转录组学，单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 9周和18周孕龄的人类胚胎肾脏样本 | NA | NA | NA | NA |