单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2024-08-08	Cell type matching in single-cell RNA-sequencing data using FR-Match 2022-06-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-14192-z PMID:35705694	研究论文	本文介绍了FR-Match（v2.0）的显著增强，这是一种用于匹配查询数据集中细胞类型与参考图谱的多变量非参数统计测试方法	FR-Match v2.0包括一个标准化程序，以促进跨平台集群级别的比较，并扩展了管道以允许细胞级别的匹配	NA	开发和验证用于细胞类型匹配的计算算法	单细胞RNA测序数据中的细胞类型匹配	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	非参数统计测试	单细胞RNA测序数据	NA
142	2024-08-08	Identification, discrimination and heterogeneity of fibroblasts 2022-06-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-30633-9 PMID:35701396	综述	本文综述了近年来在成纤维细胞识别和异质性方面的最新进展，并讨论了它们与其他细胞类型的区别	利用单细胞转录组学技术，提供了详细的分子图谱，丰富了传统的组织学和免疫学描述，改进了细胞分类定义	NA	总结和讨论成纤维细胞识别和异质性的最新进展	成纤维细胞的识别、区分及其异质性	NA	NA	单细胞转录组学	NA	分子图谱	NA
143	2024-08-08	Genetic encoding of an esophageal motor circuit 2022-06-14, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110962 PMID:35705034	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，揭示了核模糊（nAmb）神经元的三种分子特异性亚型，并探讨了它们在食道肌肉控制中的作用	首次通过基因表达谱和轴突投射图揭示了nAmb神经元的分子特异性亚型，并证实了Crhr2神经元在食道肌肉功能控制中的作用	NA	阐明食道运动控制的遗传编码电路	核模糊（nAmb）神经元的分子特异性亚型及其在食道肌肉控制中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
144	2024-08-08	Deciphering the origins and fates of steroidogenic lineages in the mouse testis 2022-06-14, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110935 PMID:35705036	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术揭示了小鼠睾丸中类固醇生成细胞系（包括Leydig细胞和其前体细胞）的起源和分化动态	首次详细描述了小鼠睾丸中类固醇生成细胞系的双重起源及其在胚胎发育早期的分化过程	NA	探究小鼠睾丸中类固醇生成细胞系的起源和分化机制	小鼠睾丸中的Leydig细胞及其前体细胞	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	涉及多个胚胎发育阶段的样本
145	2024-08-08	Unravelling the sex-specific diversity and functions of adrenal gland macrophages 2022-06-14, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110949 PMID:35705045	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和遗传模型研究了肾上腺巨噬细胞的异质性及其发育机制	首次定义了肾上腺巨噬细胞的异质性，并发现了一种具有低主要组织相容性复合体II类表达的女性特异性亚群	NA	揭示肾上腺巨噬细胞的性别特异性多样性和功能	肾上腺巨噬细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
146	2024-08-08	Fbxw11 impairs the repopulation capacity of hematopoietic stem/progenitor cells 2022-06-11, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-022-02926-9 PMID:35690796	研究论文	研究探讨了Fbxw11蛋白在造血干细胞/祖细胞（HSPCs）中的作用及其对细胞增殖和分化的影响	首次揭示了Fbxw11在HSPCs中的功能，并展示了其对细胞周期分布和转录组变化的影响	研究主要集中在体外和体内实验，可能需要更多临床数据来验证这些发现	探究Fbxw11在HSPCs中的作用及其对细胞自我更新和分化的影响	造血干细胞/祖细胞（HSPCs）	NA	NA	实时PCR，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	多个造血亚群细胞，具体数量未详细说明
147	2024-08-08	Single_cell_GRN: gene regulatory network identification based on supervised learning method and Single-cell RNA-seq data 2022-Jun-11, BioData mining IF:4.0Q1 DOI:10.1186/s13040-022-00297-8 PMID:35690842	研究论文	本文研究了七种分类器在单细胞RNA测序数据上推断基因调控网络（GRN）的性能	本文首次比较了监督学习方法在单细胞RNA测序数据上推断基因调控网络的性能，并发现支持向量机（SVM）、随机森林（RF）和K-最近邻（KNN）表现最佳	研究仅使用了三种真实的单细胞RNA测序数据集，可能需要更多数据集来验证结果的普遍性	评估不同分类器在单细胞RNA测序数据上推断基因调控网络的性能	七种分类器在单细胞RNA测序数据上的性能	机器学习	NA	单细胞RNA测序	支持向量机（SVM）、随机森林（RF）、朴素贝叶斯（NB）、GBDT、逻辑回归（LR）、决策树（DT）和K-最近邻（KNN）	单细胞RNA测序数据	三种真实的单细胞RNA测序数据集
148	2024-08-08	Exploring the cellular landscape of circular RNAs using full-length single-cell RNA sequencing 2022-06-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-30963-8 PMID:35688820	研究论文	本研究利用全长单细胞RNA测序技术探索了环状RNA在人和小鼠组织中的细胞景观	首次在单细胞水平上全面表征了环状RNA的细胞架构，并揭示了其在不同细胞类型中的特异性表达模式	NA	探索环状RNA在单细胞水平上的表达模式及其在不同细胞类型中的特异性	环状RNA在人和小鼠组织中的细胞景观	数字病理学	NA	全长单细胞RNA测序	NA	RNA序列	171个全长单细胞RNA-seq数据集，包含139,643个人和214,747个小鼠环状RNA
149	2024-08-08	LSH-GAN enables in-silico generation of cells for small sample high dimensional scRNA-seq data 2022-06-10, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-03473-y PMID:35688990	research paper	本文提出了一种改进的生成对抗网络LSH-GAN，用于生成高质量的细胞样本，以解决scRNA-seq数据下游分析中细胞样本不足的问题	LSH-GAN通过使用局部敏感哈希更新生成器的训练过程，加快了样本生成速度，并提高了生成细胞样本的质量	NA	解决scRNA-seq数据下游分析中细胞样本不足的问题	scRNA-seq数据中的细胞样本	machine learning	NA	scRNA-seq	GAN	scRNA-seq数据	小样本
150	2024-08-08	Identification of the central intermediate in the extra-embryonic to embryonic endoderm transition through single-cell transcriptomics 2022-06, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-022-00923-x PMID:35681011	研究论文	本文利用大规模单细胞RNA测序技术，解析了从胚外到胚胎内胚层过渡过程中的中间细胞类型	开发了一种单参数计算方法来关联数据集中的细胞类型，并首次在空间上定位了从胚外身份到胚胎内胚层的中间细胞类型	在胚胎干细胞分化过程中，这种细胞类型的证据较少	研究胚胎发育过程中细胞身份的获取及其分化路径	FOXA2报告基因小鼠胚胎和向内胚层分化的胚胎干细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用FOXA2报告基因小鼠胚胎和胚胎干细胞分化样本
151	2024-08-08	Synaptic Cell Adhesion Molecule 3 (SynCAM3) Deletion Promotes Recovery from Spinal Cord Injury by Limiting Glial Scar Formation 2022-Jun-01, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23116218 PMID:35682897	研究论文	研究探讨了SynCAM3缺失对脊髓损伤后胶质瘢痕形成的影响及其对功能恢复的作用	首次揭示了SynCAM3在脊髓损伤后胶质瘢痕形成中的作用，并提出其作为治疗脊髓损伤的新靶点	研究仅在SynCAM3敲除小鼠模型中进行，结果的普遍性和临床应用需进一步验证	探究SynCAM3在脊髓损伤后胶质瘢痕形成中的作用及其对功能恢复的影响	SynCAM3敲除小鼠与野生型小鼠在脊髓损伤后的表现	NA	脊髓损伤	单细胞RNA测序分析、定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR）分析、免疫组织化学（IHC）	NA	NA	SynCAM3敲除小鼠与野生型小鼠作为对照
152	2024-08-08	Optocoder: computational decoding of spatially indexed bead arrays 2022-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqac042 PMID:35685220	研究论文	本文介绍了一种名为Optocoder的计算框架，用于处理显微镜图像以在空间中解码珠子条形码	Optocoder通过使用监督机器学习显著增加了光学解码和测序条形码之间的匹配数量	NA	开发一种高效的计算管道，用于处理显微镜图像并准确地基调用珠子条形码	空间转录组学方法中使用的条形码珠子阵列	计算机视觉	NA	显微镜	监督机器学习	图像	使用自家的空间转录组学平台和Slide-Seq(V2)数据进行了基准测试
153	2024-08-08	Cytokine storm promoting T cell exhaustion in severe COVID-19 revealed by single cell sequencing data analysis 2022-Jun, Precision clinical medicine IF:5.1Q1 DOI:10.1093/pcmedi/pbac014 PMID:35694714	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了细胞因子风暴在严重COVID-19中促进T细胞耗竭的分子机制	发现了严重耗竭的CD8 T细胞新亚群，并揭示了细胞因子与抑制受体之间的相互作用轴	NA	解析细胞因子风暴与T细胞耗竭之间的分子关系	COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液中的细胞类型	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	从COVID-19患者和健康人的支气管肺泡灌洗液中鉴定出14种细胞类型
154	2024-08-08	Flow goes forward and cells step backward: endothelial migration 2022-06, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-022-00785-1 PMID:35701563	综述	本文综述了近期关于血管生成机制的研究进展，特别是静脉内皮细胞在发育和病理条件下血管生成中的作用	利用先进的细胞命运图谱、时间流逝成像、基因组编辑和单细胞RNA测序技术，揭示了静脉内皮细胞在血管生成中的独特作用	NA	旨在更新对血管生成过程的理解	内皮细胞及其在血管生成中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
155	2024-08-08	EPIC: Inferring relevant cell types for complex traits by integrating genome-wide association studies and single-cell RNA sequencing 2022-06, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1010251 PMID:35709291	研究论文	本文介绍了一种名为EPIC的统计框架，该框架通过整合全基因组关联研究（GWAS）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，推断与复杂性状相关的细胞类型	EPIC框架能够有效地关联GWAS总结统计数据与细胞类型特异性基因表达测量，通过广义最小二乘法优先考虑与性状相关的细胞类型，同时考虑基因内和基因间的相关结构	NA	旨在通过整合GWAS和scRNA-seq数据，推断与复杂性状相关的细胞类型，以阐明疾病病因	复杂性状相关的细胞类型	基因组学	糖尿病，精神分裂症	全基因组关联研究（GWAS），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	广义最小二乘法	基因表达数据	多个scRNA-seq数据集，涉及不同平台
156	2024-08-08	Novel bi-allelic variants in KASH5 are associated with meiotic arrest and non-obstructive azoospermia 2022-Jun-30, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaac021 PMID:35674372	研究论文	本研究通过全外显子测序和CNV阵列，在非阻塞性无精症患者及其不育姐妹中发现了KASH5基因的新型杂合拷贝数变异和功能丧失变异，并首次评估了KASH5蛋白在人类精母细胞中的表达。	首次在人类中评估KASH5蛋白表达，并通过单细胞RNA测序揭示了人和小鼠中LINC复合体及相关基因的相似表达模式，表明染色体运动和核膜重塑的保守调控机制。	NA	探索KASH5基因变异与非阻塞性无精症及减数分裂停滞的关联，并研究其在人类减数分裂前期的调控作用。	KASH5基因、非阻塞性无精症患者及其不育姐妹、KASH5蛋白在人类精母细胞中的表达。	NA	男性不育症	全外显子测序、CNV阵列、单细胞RNA测序	NA	基因序列、蛋白质表达	非阻塞性无精症患者及其不育姐妹
157	2024-08-08	Protocols for SARS-CoV-2 infection in primary ocular cells and eye organoids 2022-06-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2022.101383 PMID:35664254	研究论文	本文描述了一系列评估SARS-CoV-2在人眼模型中感染的协议	提供了完整的眼器官分化、SARS-CoV-2感染及单细胞RNA测序处理的详细步骤	NA	评估SARS-CoV-2在人眼模型中的感染情况	人眼器官和成人眼部细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	从尸体捐赠者眼中获取的成人眼部细胞
158	2024-08-08	popsicleR: A R Package for Pre-processing and Quality Control Analysis of Single Cell RNA-seq Data 2022-06-15, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2022.167560 PMID:35662457	研究论文	介绍了一个名为popsicleR的R包，用于单细胞RNA测序数据的预处理和质量控制分析	popsicleR包整合了多种广泛使用的管道方法，为有经验和无经验的用户提供了一个交互式的指导工具，用于单细胞RNA测序数据的预处理和质量控制	NA	开发一个工具，简化单细胞RNA测序数据的预处理和质量控制过程	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
159	2024-08-08	Characterization of gene cluster heterogeneity in single-cell transcriptomic data within and across cancer types 2022-06-15, Biology open IF:1.8Q3 DOI:10.1242/bio.059256 PMID:35665803	研究论文	本文提供了一系列定量方法来分析癌症单细胞RNA测序数据，包括评估肿瘤内异质性/同质性的两种定量措施，从单细胞RNA测序数据中建立基因簇层次结构并进行功能富集和异质性分析，以及开发算法将多个数据集的基因簇层次结构对齐到少数几个元基因簇	本文首次提出了定量评估肿瘤内异质性/同质性的方法，并开发了算法将多个数据集的基因簇层次结构对齐到少数几个元基因簇，从而揭示了癌症细胞转录组的异质性和功能富集特征	本文未能在单细胞数据中保留乳腺癌亚型在批量级数据中的组合表达模式	旨在通过定量方法和算法分析癌症单细胞RNA测序数据，揭示癌症细胞转录组的异质性和功能富集特征	癌症单细胞RNA测序数据中的基因簇异质性和功能富集	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (sc-RNAseq)	NA	基因表达数据	九个癌症单细胞RNA测序数据集
160	2024-08-08	Signatures of glial activity can be detected in the CSF proteome 2022-06-14, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2119804119 PMID:35666874	研究论文	研究利用单细胞转录组学揭示的特定胶质细胞激活状态，探索其在脑脊液（CSF）蛋白质组中的变化，特别是在阿尔茨海默病和帕金森病中的应用。	首次发现胶质细胞相关的蛋白质在CSF中的变化，这些变化与单细胞转录组学中描述的疾病相关胶质基因有重叠。	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证。	探索胶质细胞活动在脑脊液蛋白质组中的表现，以及其在疾病监测和治疗反应中的应用。	胶质细胞在脑脊液中的蛋白质变化，特别是在阿尔茨海默病和帕金森病中的表现。	数字病理学	神经退行性疾病	非靶向液相色谱-质谱法	NA	蛋白质组数据	超过20种胶质细胞来源的蛋白质在老年β-淀粉样蛋白前体蛋白和α-突触核蛋白转基因小鼠的CSF中增加