单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-08-08	Decoding lymphomyeloid divergence and immune hyporesponsiveness in G-CSF-primed human bone marrow by single-cell RNA-seq 2022-Jun-22, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-022-00417-y PMID:35732626	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了G-CSF处理后人骨髓中造血细胞的转录组变化	首次全面、无偏和高分辨率地调查了G-CSF处理后人骨髓的细胞和分子生态系统，揭示了G-CSF诱导的髓系偏向分化和T细胞及自然杀伤细胞的低反应性的细胞和分子基础	研究样本仅来自两名健康捐赠者，可能影响结果的普遍性	探究G-CSF处理后人骨髓中淋巴髓系分化和免疫低反应性的机制	G-CSF处理后人骨髓中的造血细胞	数字病理学	血液恶性肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	两名健康捐赠者的骨髓样本
122	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing of subcutaneous adipose tissues identifies therapeutic targets for cancer-associated lymphedema 2022-Jun-21, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-022-00402-5 PMID:35725971	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了淋巴水肿患者皮下脂肪组织的细胞变化，并识别了潜在的治疗靶点	首次通过单细胞RNA测序技术深入解析了淋巴水肿患者皮下脂肪组织的细胞变化，并发现了PRG4/CLEC3B ASC亚群c3的显著扩张与脂肪组织纤维化的关联	研究主要集中在体外实验和小鼠模型上，尚未进行临床试验验证	旨在发现癌症相关淋巴水肿的有效治疗靶点	淋巴水肿患者的皮下脂肪组织	数字病理学	淋巴水肿	单细胞RNA测序	NA	RNA	70,209个细胞
123	2024-08-08	Mycobacterium tuberculosis infection drives a type I IFN signature in lung lymphocytes 2022-06-21, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110983 PMID:35732116	研究论文	研究通过单细胞RNA测序技术分析了健康和结核分枝杆菌（Mtb）感染小鼠的肺淋巴细胞，发现Mtb感染导致淋巴细胞中I型IFN信号特征的富集	首次在单细胞层面揭示了Mtb感染后肺淋巴细胞中I型IFN信号特征的富集，并验证了Ly6A作为淋巴细胞活化标记物的上调	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证	旨在深入理解结核分枝杆菌感染后免疫反应的细胞水平动态，以设计更好的结核病控制策略	健康和结核分枝杆菌感染小鼠的肺淋巴细胞	数字病理学	结核病	单细胞RNA测序	NA	RNA	健康和结核分枝杆菌感染小鼠的肺淋巴细胞样本
124	2024-08-08	Single-cell RNA-seq of a soft-tissue sarcoma model reveals the critical role of tumor-expressed MIF in shaping macrophage heterogeneity 2022-06-21, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110977 PMID:35732118	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究软组织肉瘤模型，揭示肿瘤表达的MIF在塑造巨噬细胞异质性中的关键作用	首次详细描述了软组织肉瘤模型中巨噬细胞的不同激活状态，并证明了MIF在调节巨噬细胞激活状态和促肿瘤潜能中的作用	研究主要基于小鼠模型，可能与人类软组织肉瘤存在差异	探讨软组织肉瘤微环境中的免疫成分，特别是巨噬细胞的异质性及其调控机制	软组织肉瘤模型中的巨噬细胞和肿瘤细胞	数字病理学	软组织肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型中的软组织肉瘤样本
125	2024-08-08	Joint profiling of gene expression and chromatin accessibility during amphioxus development at single-cell resolution 2022-06-21, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110979 PMID:35732129	research paper	本文通过单细胞核RNA测序（snRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）技术，对文昌鱼的不同发育阶段进行了基因表达和染色质可及性的联合分析	首次在文昌鱼中进行基因表达和染色质可及性的单细胞分辨率联合分析，构建了文昌鱼的发育树	NA	探索脊椎动物的起源和进化	文昌鱼的基因表达和染色质可及性	digital pathology	NA	单细胞核RNA测序（snRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）	NA	基因表达和染色质可及性数据	涵盖文昌鱼的胚胎发生和成体组织不同阶段
126	2024-08-08	Identification of prostate cancer subtypes based on immune signature scores in bulk and single-cell transcriptomes 2022-Jun-18, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-022-01719-7 PMID:35716212	研究论文	本研究基于肿瘤免疫微环境中的28种免疫细胞类型的富集分数，通过无监督聚类方法识别前列腺癌的免疫特异性亚型	首次在大量和单细胞转录组数据中识别出前列腺癌的免疫特异性亚型，并探讨了这些亚型与临床特征的关系	NA	探索前列腺癌的免疫微环境异质性及其与临床特征的相关性	前列腺癌的免疫特异性亚型	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	无监督聚类	转录组数据	十个不同的肿瘤转录组数据集和一个单细胞RNA测序数据集
127	2024-08-08	Comprehensive characterization of the prostate tumor microenvironment identifies CXCR4/CXCL12 crosstalk as a novel antiangiogenic therapeutic target in prostate cancer 2022-06-18, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-022-01597-7 PMID:35717322	研究论文	本文详细描述了前列腺癌肿瘤内皮细胞（TEC）的特征，并揭示了CXCR4/CXCL12相互作用作为前列腺癌抗血管生成治疗新靶点的潜力	通过单细胞RNA测序和多组学分析，首次在前列腺癌中详细描述了肿瘤内皮细胞的分子特征，并验证了CXCR4/CXCL12相互作用作为治疗靶点	研究样本仅来自67例根治性前列腺切除术标本，且主要在体外和小鼠模型中验证，需要进一步在临床试验中验证其疗效	揭示前列腺癌肿瘤微环境中细胞间相互作用，寻找新的治疗靶点	前列腺癌肿瘤内皮细胞及其与肿瘤微环境的相互作用	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	67例新鲜根治性前列腺切除术标本
128	2024-08-08	Comparative parallel multi-omics analysis during the induction of pluripotent and trophectoderm states 2022-06-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-31131-8 PMID:35715410	研究论文	本文通过比较并行多组学分析（包括bulk RNA-seq、scRNA-seq、ATAC-seq、ChIP-seq、RRBS和CNVs）研究了细胞在体外通过核重编程获得多能性和滋养层细胞状态的过程，揭示了两种状态获取的不同轨迹。	本研究首次展示了细胞重编程至多能性和滋养层细胞状态的特定轨迹，提出了‘V’形模型，并详细描述了两种状态获取的不同轨迹和阶段特异性标记物、阻断剂、促进剂及滋养层细胞亚群。	NA	探讨细胞在体外通过核重编程获得多能性和滋养层细胞状态的动态过程及其相似性。	细胞重编程至多能性和滋养层细胞状态的过程。	生物信息学	NA	bulk RNA-seq, scRNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq, RRBS, CNVs	NA	基因组数据	NA
129	2024-08-08	scCAN: single-cell clustering using autoencoder and network fusion 2022-06-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-14218-6 PMID:35715568	研究论文	介绍了一种名为scCAN的新方法，该方法利用自动编码器和网络融合技术对单细胞RNA测序数据进行无监督聚类	scCAN能够准确地分离大型和稀疏的单细胞RNA测序数据中的不同细胞类型，并且在准确性和可扩展性方面优于现有的先进方法	NA	开发一种新的方法来克服单细胞RNA测序数据分析中的挑战	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	自动编码器和网络融合	自动编码器	单细胞RNA测序数据	28个真实单细胞RNA测序数据集（超过三百万个细胞）和243个模拟数据集
130	2024-08-08	Benchmarking imputation methods for network inference using a novel method of synthetic scRNA-seq data generation 2022-Jun-17, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-022-04778-9 PMID:35715748	研究论文	本文介绍了一种名为Biomodelling.jl的工具，用于生成合成scRNA-seq数据，并评估不同插补方法对基因调控网络推断算法性能的影响。	开发了一种新的合成scRNA-seq数据生成方法，用于基准测试基因调控网络推断的不同方法。	NA	评估插补方法对单细胞RNA测序数据中基因调控网络推断的影响。	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络。	数字病理学	NA	scRNA-seq	多尺度模型	基因表达数据	合成数据
131	2024-08-08	The regenerating skeletal muscle niche drives satellite cell return to quiescence 2022-Jun-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.104444 PMID:35733848	研究论文	研究骨骼肌干细胞（卫星细胞）在肌肉再生过程中重新进入静止状态的机制	首次揭示了卫星细胞在肌肉损伤后5-10天内重新进入静止状态的时间窗口，并通过单细胞测序技术识别了影响卫星细胞命运决定的非细胞自主信号网络	NA	探讨卫星细胞在肌肉再生过程中重新进入静止状态的时间点和影响因素	骨骼肌干细胞（卫星细胞）及其在肌肉再生中的行为	NA	NA	单细胞测序	NA	细胞	NA
132	2024-08-08	Single-cell transcriptomic analysis of neuroepithelial cells and other cell types of the gills of zebrafish (Danio rerio) exposed to hypoxia 2022-06-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-13693-1 PMID:35710785	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了暴露于低氧环境下的斑马鱼鳃中的神经上皮细胞和其他细胞类型的转录组特征	首次全面揭示了斑马鱼鳃中多种细胞类型的转录组图谱，特别是神经上皮细胞在低氧条件下的基因表达变化	NA	研究斑马鱼鳃在低氧环境下的细胞转录组变化	斑马鱼鳃中的神经上皮细胞和其他细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	12,819个细胞
133	2024-08-08	Integrated analysis reveals the pivotal interactions between immune cells in the melanoma tumor microenvironment 2022-06-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-14319-2 PMID:35710862	研究论文	本研究通过综合分析微阵列数据和单细胞RNA测序数据，揭示了黑色素瘤微环境中免疫细胞间的关键相互作用	发现了CCL5-CCR1、SELPLG-SELL、CXCL10-CXCR3和CXCL9-CXCR3通路在肿瘤微环境中免疫细胞间通信的重要作用	NA	确定肿瘤与免疫系统相互作用的机制及其分子决定因素，以改善癌症免疫治疗	黑色素瘤微环境中免疫细胞间的相互作用	数字病理学	皮肤癌	微阵列数据分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了GEO2R获取的正常和恶性组织中的差异表达基因（DEGs），以及GSE123139中的单细胞分析数据
134	2024-08-08	Unbiased spatial proteomics with single-cell resolution in tissues 2022-06-16, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2022.05.022 PMID:35714588	综述	本文综述了基于液相色谱-质谱（LC-MS）的单细胞水平微量蛋白质分析的挑战与最新进展	介绍了单细胞蛋白质组学技术的发展，以及如何通过新兴技术如多重成像和空间转录组学与超灵敏蛋白质组学结合，实现组织中单细胞空间组织的研究	NA	探讨单细胞蛋白质组学技术在生物学基础问题和精准医学中的应用潜力	单细胞水平的蛋白质组学分析及其在组织空间结构研究中的应用	蛋白质组学	NA	质谱（MS）	NA	蛋白质数据	单细胞
135	2024-08-08	Prostate organogenesis 2022-06-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.200394 PMID:35726824	研究论文	本文讨论了前列腺器官发生的过程及其在胚胎发育和青春期中的重要性	近年来，随着遗传谱系追踪、单细胞RNA测序和类器官培养方法等新技术的出现，对前列腺器官发生的研究有了重要进展	NA	探讨前列腺器官发生的机制及其在理解前列腺疾病中的相关性	前列腺的器官发生过程及其调控机制	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
136	2024-08-08	Nuclear mechanoprotection: From tissue atlases as blueprints to distinctive regulation of nuclear lamins 2022-Jun, APL bioengineering IF:6.6Q1 DOI:10.1063/5.0080392 PMID:35719698	研究论文	本文探讨了核层粘连蛋白在保护DNA免受损伤中的作用，并分析了其在不同细胞和组织中的表达模式和调控机制	通过单细胞RNA测序分析了主要公共数据集中层粘连蛋白的表达蓝图，并揭示了层粘连蛋白A、C与机械敏感因子Vinculin、Yap1和Piezo1的表达模式相似性	不同细胞和组织中层粘连蛋白表达和调控的差异性仍然是一个挑战	理解核层粘连蛋白在机械保护中的作用及其在不同细胞和组织中的表达和调控机制	核层粘连蛋白及其在细胞和组织中的表达和调控	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及主要公共数据集中的多个样本
137	2024-08-08	BCG hydrogel promotes CTSS-mediated antigen processing and presentation, thereby suppressing metastasis and prolonging survival in melanoma 2022-06, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2021-004133 PMID:35732347	研究论文	本文研究了一种新型BCG裂解物及其制备的温敏性PLGA-PEG-PLGA水凝胶（BCG水凝胶）在黑色素瘤治疗中的抗肿瘤效果	BCG水凝胶通过促进组织蛋白酶S（CTSS）介导的抗原加工和呈递，增强抗肿瘤免疫反应，抑制黑色素瘤转移并延长生存期	目前BCG水凝胶的临床转化尚需进一步研究	探讨BCG水凝胶在黑色素瘤治疗中的作用机制及临床应用前景	BCG水凝胶对黑色素瘤的抗肿瘤效果及其对肿瘤微环境的影响	肿瘤学	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），T细胞受体测序（TCR-sequencing），RNA测序（RNA-seq）	NA	基因表达数据	使用了B16F10和MC38同基因肿瘤模型，以及来自黑色素瘤患者的活检样本
138	2024-08-08	Effects of helminths on the human immune response and the microbiome 2022-06, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1038/s41385-022-00532-9 PMID:35732819	review	本文综述了寄生虫对人类免疫反应和微生物组的影响	介绍了最近关于人类挑战感染、自我感染者、旅行者和流行地区人群的研究如何增进我们对人类2型免疫及其对微生物组影响的理解	个体间反应的异质性和组织样本（除外周血外）的有限获取限制了对寄生虫的人体研究	探讨寄生虫感染对人类免疫系统的影响，并探索其作为治疗炎症性疾病的潜在疗法	人类免疫系统对寄生虫的反应及其对微生物组的影响	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
139	2024-08-08	Ly6D+Siglec-H+ precursors contribute to conventional dendritic cells via a Zbtb46+Ly6D+ intermediary stage 2022-06-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-31054-4 PMID:35705536	研究论文	本文通过单细胞转录组学和高维流式细胞术研究了骨髓中CD11cMHCIISiglec-HCCR9 DC前体细胞的分化和异质性	发现了Ly6D+Siglec-H+前体细胞通过Zbtb46+Ly6D+中间阶段贡献于常规树突状细胞(cDC)，并揭示了I型干扰素刺激如何影响pDC和cDC的输出	NA	探讨骨髓中树突状细胞前体细胞的分化和异质性	骨髓中的CD11cMHCIISiglec-HCCR9 DC前体细胞	免疫学	NA	单细胞转录组学，高维流式细胞术	NA	细胞	小鼠骨髓中的DC前体细胞
140	2024-08-08	ID proteins promote the survival and primed-to-naive transition of human embryonic stem cells through TCF3-mediated transcription 2022-06-15, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-022-04958-8 PMID:35701409	研究论文	研究探讨了ID1和ID3蛋白在人类胚胎干细胞（hESCs）中的作用，特别是它们如何通过TCF3介导的转录促进细胞存活和从激活态到原始态的转变	首次揭示了ID1和ID3蛋白通过AKT信号通路调节人类胚胎干细胞的存活和多能性，并通过TCF3介导的转录抑制MCL1来促进AKT磷酸化	NA	研究ID1和ID3蛋白在人类胚胎干细胞中的具体作用及其对细胞存活和状态转变的影响	人类胚胎干细胞（hESCs）中的ID1和ID3蛋白	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	ID1和ID3敲除线（IDs KO）以及过表达ID1的激活态hESCs