单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-08-08	Comparison of cell state models derived from single-cell RNA sequencing data: graph versus multi-dimensional space 2022-06-10, Mathematical biosciences and engineering : MBE DOI:10.3934/mbe.2022395 PMID:35801475	研究论文	本文比较了两种基于单细胞RNA测序数据的细胞状态模型：图模型和多维空间模型	首次对比了图模型和多维空间模型在构建细胞状态转换数学模型中的应用	主要集中在图模型和多维空间模型的优缺点比较，未涉及其他可能的模型	探讨和比较两种不同的细胞状态几何模型在单细胞RNA测序数据分析中的应用	单细胞RNA测序数据和造血系统	生物信息学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	图模型和多维空间模型	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
102	2024-08-08	Telomerase positive CTCs with PSMA high expression associated with prostate cancer metastasis 2022-Jun, Translational andrology and urology IF:1.9Q3 DOI:10.21037/tau-21-1140 PMID:35812202	研究论文	本研究探讨了前列腺特异性膜抗原（PSMA）高表达的循环肿瘤细胞（CTCs）与前列腺癌转移进展的关系	采用基于端粒酶逆转录酶（TERT）的CTC检测方法，并通过基因本体（GO）功能分类和富集分析，证实了PSMA高表达组中增殖相关术语的富集	NA	旨在提供证据阐明PSMA高表达的CTCs与前列腺癌转移进展的关系	前列腺癌患者及其循环肿瘤细胞	数字病理学	前列腺癌	基于端粒酶逆转录酶（TERT）的CTC检测方法	NA	单细胞测序数据	共71名患者，分为局部前列腺癌组（44名）和转移性前列腺癌组（27名）
103	2024-08-08	Integration and Reanalysis of Four RNA-Seq Datasets Including BALF, Nasopharyngeal Swabs, Lung Biopsy, and Mouse Models Reveals Common Immune Features of COVID-19 2022-Jun, Immune network IF:4.3Q2 DOI:10.4110/in.2022.22.e22 PMID:35799708	研究论文	本研究重新分析了四个COVID-19的RNA测序数据集，包括人支气管肺泡灌洗液、鼻咽拭子、肺活检和hACE2转基因小鼠，揭示了COVID-19的共同免疫特征。	使用统一的标准化方法重新分析多个RNA测序数据集，揭示了COVID-19的共同免疫特征，与单细胞RNA测序研究结果一致。	NA	理解COVID-19的发病机制，并开发更好的治疗策略。	COVID-19患者的免疫反应。	数字病理学	COVID-19	RNA测序	NA	RNA测序数据	包括人支气管肺泡灌洗液、鼻咽拭子、肺活检和hACE2转基因小鼠的四个数据集
104	2024-08-08	Identification of a differentiation-related prognostic nomogram based on single-cell RNA sequencing in clear cell renal cell carcinoma 2022-06-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-15206-6 PMID:35768519	研究论文	本研究通过回顾性分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，结合TCGA数据库中的批量RNA-seq数据，构建了基于分化相关基因（DRG）的预后风险签名（PRS）和预测透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者预后的诺模图	本研究首次构建了基于DRG的PRS和诺模图，用于预测ccRCC患者的预后，并揭示了细胞分化轨迹和肿瘤微环境（TME）演变在预测临床结果和潜在免疫治疗反应中的重要性	NA	旨在通过分析scRNA-seq数据和TCGA数据库中的批量RNA-seq数据，构建预测ccRCC患者预后的诺模图	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
105	2024-08-08	Activated-memory T cells influence naïve T cell fate: a noncytotoxic function of human CD8 T cells 2022-06-29, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-03596-2 PMID:35768564	研究论文	研究探讨了记忆T细胞与幼稚T细胞之间的相互作用及其对幼稚T细胞命运的影响	首次报道了人类幼稚CD8 T细胞在自体激活记忆CD8 T细胞存在下发生表型和转录变化的现象	研究主要集中在体外共培养实验，可能需要进一步的体内实验验证	探究记忆T细胞与幼稚T细胞之间的交叉对话及其对幼稚T细胞的影响	人类幼稚CD8 T细胞和激活的记忆CD8 T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	约3%的幼稚T细胞获得了激活/记忆标志物，约84%的幼稚T细胞发展出独特的激活转录组特征
106	2024-08-08	Clinical significance and potential regulatory mechanism of overexpression of pituitary tumor-transforming gene transcription factor in bladder cancer 2022-Jun-29, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-022-09810-y PMID:35768832	研究论文	本研究分析了垂体瘤转化基因-1（PTTG1）转录因子在膀胱癌（BLCA）中的异常表达及其临床意义，探讨了PTTG1与肿瘤微环境特征之间的关系，并预测了其在BLCA组织中的潜在转录活性	本研究首次详细探讨了PTTG1在膀胱癌中的表达及其与肿瘤微环境的关系，并预测了其潜在的转录活性	NA	分析PTTG1在膀胱癌中的异常表达及其临床意义，探讨其与肿瘤微环境的关系，并预测其在BLCA组织中的潜在转录活性	PTTG1在膀胱癌中的表达及其与肿瘤微环境的关系	数字病理学	膀胱癌	免疫组织化学染色，CRISPR筛选，单细胞RNA测序	NA	转录组数据，单细胞RNA测序数据	1037例膀胱癌样本与127例非膀胱癌样本
107	2024-08-08	Cell fate determining molecular switches and signaling pathways in Pax7-expressing somitic mesoderm 2022-Jun-28, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-022-00407-0 PMID:35764624	研究论文	研究探讨了Pax7表达的体节中胚层在胚胎发育过程中细胞命运决定的分子开关和信号通路	通过单细胞转录组分析，揭示了肌肉、真皮和棕色脂肪细胞分化的时间特异性事件，并识别了潜在的标记基因和驱动谱系特异性分化的转录因子	NA	深入理解Pax7谱系在胚胎发育过程中的细胞命运决定机制	Pax7表达的体节中胚层细胞及其在胚胎发育中的分化过程	发育生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	小鼠胚胎中Pax7表达细胞在E9.5、E12.5、E14.5和E16.5时间点的样本
108	2024-08-08	A transcriptome atlas and interactive analysis platform for autoimmune disease 2022-06-27, Database : the journal of biological databases and curation DOI:10.1093/database/baac050 PMID:35758882	研究论文	本研究开发了一个用户友好的网络数据库工具IAAA，集成了大量自身免疫疾病转录组测序数据，并提供多种分析模块	IAAA数据库整合了大量自身免疫疾病的bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，并提供可定制的分析模块	NA	开发一个集成自身免疫疾病转录组测序数据的数据库，并提供有效的分析工具	自身免疫疾病的转录组数据	数字病理学	自身免疫疾病	RNA-seq	NA	转录组数据	929个样本的bulk RNA-seq数据和783,203个细胞的单细胞RNA-seq数据
109	2024-08-08	Phylovar: toward scalable phylogeny-aware inference of single-nucleotide variations from single-cell DNA sequencing data 2022-06-24, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac254 PMID:35758771	研究论文	本文介绍了一种名为Phylovar的新方法，该方法能够扩展基于系统发育的变异检测方法，以处理包含数百万个位点的单细胞DNA测序数据集	Phylovar方法在运行时间上优于SCIΦ，同时在单核苷酸变异检测的准确性上超过非系统发育感知的Monovar方法	NA	开发一种可扩展的、基于系统发育的单细胞DNA测序数据中单核苷酸变异检测方法	单细胞DNA测序数据中的单核苷酸变异	生物信息学	乳腺癌，神经退行性疾病	单细胞全基因组测序（scWGS），单细胞全外显子测序（scWES）	NA	DNA序列数据	乳腺癌数据包含32个细胞和3375个位点，神经细胞数据包含16个细胞和约250万个位点
110	2024-08-08	psupertime: supervised pseudotime analysis for time-series single-cell RNA-seq data 2022-06-24, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac227 PMID:35758781	研究论文	本文介绍了一种名为psupertime的监督式伪时间分析方法，用于时间序列单细胞RNA测序数据	psupertime方法基于回归模型，明确使用时间序列标签作为输入，能够识别沿时间序列一致变化的基因，并提供个体细胞的伪时间值及分类器，用于估计新数据中未知或不同的标签	NA	改进时间序列单细胞RNA测序数据的分析方法	时间序列单细胞RNA测序数据中的基因变化	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	回归模型	时间序列数据	NA
111	2024-08-08	MOJITOO: a fast and universal method for integration of multimodal single-cell data 2022-06-24, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac220 PMID:35758807	研究论文	本文介绍了一种名为MOJITOO的单细胞多模态数据整合方法，该方法使用典型相关分析快速且无需参数地检测多模态单细胞数据中的共享细胞表示	MOJITOO方法在计算需求、原始潜在空间的保留和聚类方面优于现有方法，并且可以用于解释模态特异性分子特征与潜在空间之间的关联	NA	开发一种快速且通用的方法来整合多模态单细胞数据	多模态单细胞数据	生物信息学	NA	典型相关分析	NA	单细胞数据	使用了双模态和三模态的单细胞数据集进行评估
112	2024-08-08	Visualizing hierarchies in scRNA-seq data using a density tree-biased autoencoder 2022-06-24, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac249 PMID:35758814	research paper	本文提出了一种从高维单细胞RNA测序数据中识别有意义树结构的方法，并开发了一种尊重树结构的视觉化技术	引入了密度树偏置自编码器（DTAE），这是一种强调数据在低维空间中树结构的自编码器	NA	研究单细胞RNA测序数据中的树结构，并开发相应的可视化方法	单细胞RNA测序数据中的树结构	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	自编码器	基因表达数据	NA
113	2024-08-08	Semi-deconvolution of bulk and single-cell RNA-seq data with application to metastatic progression in breast cancer 2022-06-24, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac262 PMID:35758822	研究论文	本文开发了一种新方法，利用参考scRNA-seq数据解释仅能获得bulk RNA-seq数据的样本集合，特别是在乳腺癌骨转移数据集上的应用证实了scRNA-seq数据在改善同患者bulk样本中细胞类型推断和定量方面的能力	提出了一种结合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据的新方法，通过二次规划框架恢复bulk样本中更准确的细胞类型及其丰度	该方法在处理大量队列研究或存档样本的纵向分析时可能不总是可行	旨在理解肿瘤进展过程中细胞类型及其丰度的变化，以及这些变化如何影响转移潜能，从而指导新诊断或治疗的发展	乳腺癌转移过程中的细胞类型及其丰度	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	二次规划	RNA序列数据	具体样本数量未在摘要中提及
114	2024-08-08	[The Expression of RTN1 in Lung Adenocarcinoma and  Its Effect on Immune Microenvironment] 2022-Jun-20, Zhongguo fei ai za zhi = Chinese journal of lung cancer DOI:10.3779/j.issn.1009-3419.2022.105.02 PMID:35747917	研究论文	本研究探讨了RTN1在肺腺癌中的表达及其对免疫微环境的影响	首次报道了RTN1在肺腺癌患者中的表达及其对免疫微环境的影响	相关机制需要进一步研究	研究RTN1在肺腺癌中的表达及其与免疫浸润和生存的相关性	肺腺癌患者中的RTN1表达及其对免疫微环境的影响	数字病理学	肺腺癌	Tumor Immune Estimation Resource 2.0 (TIMER 2.0), Gene Expression Profiling Interactive Analysis 2 (GEPIA 2), 基因集富集分析, 单细胞测序	NA	mRNA, 蛋白质	使用TCGA队列的数据
115	2024-08-08	Single-Cell Atlas of the Drosophila Leg Disc Identifies a Long Non-Coding RNA in Late Development 2022-Jun-18, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23126796 PMID:35743238	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序技术，探索了一种新型长非编码RNA在果蝇腿部发育中的作用	首次在果蝇腿部发育过程中鉴定出一种新型长非编码RNA，并通过单细胞技术验证了其在晚期发育中的高表达	NA	研究长非编码RNA在果蝇腿部发育中的作用	果蝇第三龄幼虫的腿部盘	基因调控	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）	NA	单细胞转录组数据	多个发育时间点的果蝇第三龄幼虫腿部盘细胞
116	2024-08-08	Integrated Analysis Reveals S100a8/a9 Regulates Autophagy and Apoptosis through the MAPK and PI3K-AKT Signaling Pathway in the Early Stage of Myocardial Infarction 2022-06-13, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11121911 PMID:35741040	研究论文	本研究通过分析心肌梗死早期小鼠的scRNA-seq和mRNA-seq数据，发现S100a8和S100a9的表达先增加后减少，并与中性粒细胞数量变化相关，进一步通过功能富集分析发现S100a8和S100a9通过MAPK或PI3K-AKT信号通路调控心肌细胞的自噬和凋亡	本研究首次揭示了S100a8/a9在心肌梗死早期通过MAPK和PI3K-AKT信号通路调控心肌细胞自噬和凋亡的机制	NA	阐明心肌梗死早期发病机制并改善其早期治疗	心肌梗死早期心肌细胞自噬和凋亡的调控机制	心血管疾病	心肌梗死	scRNA-seq, mRNA-seq	NA	基因表达数据	小鼠样本
117	2024-08-08	Region-Specific Characteristics of Astrocytes and Microglia: A Possible Involvement in Aging and Diseases 2022-06-12, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11121902 PMID:35741031	综述	本文综述了不同脑区星形胶质细胞和小胶质细胞的异质性及其在衰老和神经退行性疾病中的作用	利用单细胞RNA测序等技术发现具有独特分子特征和不同功能的星形胶质细胞和小胶质细胞	NA	探讨脑区特异性星形胶质细胞和小胶质细胞在理解大脑整体功能中的重要性	星形胶质细胞和小胶质细胞在不同脑区的异质性	NA	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
118	2024-08-08	Comprehensive Integrated Single-Cell Whole Transcriptome Analysis Revealed the p-EMT Tumor Cells-CAFs Communication in Oral Squamous Cell Carcinoma 2022-Jun-09, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23126470 PMID:35742914	研究论文	本研究通过综合分析口腔鳞状细胞癌（OSCC）的单细胞RNA测序数据，揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）与部分上皮-间质转化（p-EMT）肿瘤细胞之间的相互作用	研究发现了四种CAF亚型、一种p-EMT肿瘤细胞群体及肿瘤细胞周期，并揭示了CAFs与p-EMT肿瘤细胞在肿瘤转移过程中的TNFSF12-TNFRSF25/TNFRSF12A相互作用	NA	旨在深入分析并整合OSCC的单细胞RNA测序数据，定义OSCC中的CAFs和p-EMT亚群，并揭示其细胞间相互作用网络	口腔鳞状细胞癌（OSCC）中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和部分上皮-间质转化（p-EMT）肿瘤细胞	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	具体样本数量未在摘要中提及
119	2024-08-08	The Landscape of Noncoding RNA in Pulmonary Hypertension 2022-06-07, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom12060796 PMID:35740920	综述	本文综述了非编码RNA在肺动脉高压中的分类、生物发生、生物学功能及分子机制	强调了长非编码RNA和环状RNA在肺动脉高压中的重要作用及作为疾病生物标志物和治疗靶点的潜力	NA	总结非编码RNA在肺动脉高压中的研究进展，并探讨其作为生物标志物和治疗手段的应用与挑战	非编码RNA，特别是长非编码RNA和环状RNA	RNA研究	肺动脉高压	RNA测序，单细胞和空间转录组学，RNA-蛋白质/RNA相互作用	NA	转录组	NA
120	2024-08-08	Recommendations of scRNA-seq Differential Gene Expression Analysis Based on Comprehensive Benchmarking 2022-Jun-07, Life (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/life12060850 PMID:35743881	研究论文	本文开发了一种新型模拟器，用于指导分析人员在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中选择合适的差异基因表达分析工具和参数	开发了一种能够重现实验数据特征的模拟器，并展示了基于负二项混合模型的方法（如glmmTMB和NEBULA-HL）在差异基因表达分析中的优越性	NA	指导分析人员选择合适的工具和参数进行单细胞RNA测序数据的差异基因表达分析	单细胞RNA测序数据的差异基因表达分析方法	生物信息学	NA	scRNA-seq	负二项混合模型	scRNA-seq数据	多条件、多受试者的模拟数据