单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-08-31	Magnitude and breadth of antibody cross-reactivity induced by recombinant influenza hemagglutinin trimer vaccine is enhanced by combination adjuvants 2022-06-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-12727-y PMID:35654904	研究论文	本研究系统评估了不同 Toll 样受体（TLR）激动剂与角鲨烯水乳剂组合对重组三聚体血凝素（HA）疫苗在小鼠中免疫原性的影响，并使用蛋白质微阵列方法评估了抗体交叉反应性。	研究发现，IVAX-1 组合佐剂能更快且更大幅度地诱导广泛的 IgG 反应，并优先刺激 CD4 T 细胞产生 Th1>Th2 型（IgG2c>IgG1）抗体和细胞因子反应。	研究主要在实验室小鼠模型中进行，其结果在人类中的适用性需要进一步验证。	探讨不同佐剂组合对流感疫苗免疫原性和抗体交叉反应性的影响。	重组三聚体血凝素（HA）疫苗及其佐剂在小鼠中的免疫反应。	疫苗学	NA	蛋白质微阵列	NA	基因表达数据	小鼠模型
42	2024-08-31	scAmpi-A versatile pipeline for single-cell RNA-seq analysis from basics to clinics 2022-06, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1010097 PMID:35658001	研究论文	本文介绍了一种名为scAmpi的单细胞RNA测序分析工作流程，该流程从原始读取处理到样本组成分析，再到临床相关基因和通路改变的提取和展示，以及个性化候选药物治疗的计算机识别	scAmpi工作流程旨在为临床环境中的scRNA-seq数据分析提供标准化和可重复的流程	NA	设计一个适用于临床环境的单细胞RNA测序数据分析工作流程	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	NA
43	2024-08-31	Multimodal Single-Cell Analyses Outline the Immune Microenvironment and Therapeutic Effectors of Interstitial Cystitis/Bladder Pain Syndrome 2022-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202106063 PMID:35470584	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和图像质谱细胞仪技术，系统地描述了间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征患者的膀胱微环境，并揭示了其治疗效应器	首次通过多模态单细胞分析技术，详细阐述了间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征患者的膀胱微环境特征，并识别了关键的炎症介质	NA	揭示间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征的病理发生机制及其治疗效应器	间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征患者的膀胱微环境	数字病理学	泌尿系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和图像质谱细胞仪（IMC）	NA	生物样本	来自间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征患者的膀胱活检样本，共识别出42个不同的细胞集群
44	2024-08-30	Gut mucosa dissociation protocols influence cell type proportions and single-cell gene expression levels 2022-06-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-13812-y PMID:35701452	研究论文	本文研究了不同肠道黏膜解离协议对细胞类型比例和单细胞基因表达水平的影响	开发了一种一步解离协议，并展示了其在冷冻保存的肠道黏膜活检中的应用	多步骤协议对跨多个组织的细胞类型影响不同，分析稀有细胞类型需要更大的细胞数量	克服单细胞RNA测序中的物流挑战和批次效应	肠道黏膜活检的细胞类型和基因表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	涉及不同解离协议的多种样本
45	2024-08-30	Comparison of methods and resources for cell-cell communication inference from single-cell RNA-Seq data 2022-06-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-30755-0 PMID:35680885	研究论文	本文系统比较了16种细胞间通信推断资源和7种方法，以及这些方法预测结果的一致性	首次全面评估了不同资源和方法对细胞间通信预测结果的影响，并开发了LIANA框架以整合这些资源和方法	未提及	探讨不同资源和方法对细胞间通信推断的影响	单细胞RNA-Seq数据中的细胞间通信	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未提及具体样本数量
46	2024-08-30	A single-cell transcriptomic atlas characterizes the silk-producing organ in the silkworm 2022-06-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-31003-1 PMID:35680954	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术构建了家蚕丝腺的细胞图谱	首次构建了家蚕丝腺的单细胞转录组图谱，揭示了丝腺细胞的异质性和基因表达动态	NA	揭示家蚕丝腺细胞的异质性和基因表达动态	家蚕丝腺及其细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	14,972个高质量细胞
47	2024-08-30	CONET: copy number event tree model of evolutionary tumor history for single-cell data 2022-06-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02693-z PMID:35681161	研究论文	本文提出了一种名为CONET的概率模型，用于联合推断拷贝数事件的进化树和拷贝数调用，适用于单细胞数据	CONET模型采用高效的正则化MCMC过程搜索可能的模型结构和参数空间，并引入了一系列模型先验和惩罚以实现有效正则化	NA	研究肿瘤进化中的拷贝数变化现象	拷贝数事件的进化树和拷贝数调用	数字病理学	乳腺癌	单细胞全基因组测序	概率模型	单细胞数据	两个乳腺癌样本
48	2024-08-30	Intrinsic entropy model for feature selection of scRNA-seq data 2022-06-08, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjac008 PMID:35102420	研究论文	本文提出了一种基于内在熵模型的特征选择方法，用于提高scRNA-seq数据聚类分析的准确性	通过推导熵分解公式，提出了一种新的特征选择方法——内在熵（IE）模型，用于识别信息丰富的基因	NA	提高单细胞RNA测序数据聚类分析的准确性	单细胞RNA测序数据中的特征基因选择	数字病理学	NA	scRNA-seq	内在熵（IE）模型	scRNA-seq数据	模拟数据集和真实单细胞数据集
49	2024-08-30	Alveolar Basal Cells Differentiate towards Secretory Epithelial- and Aberrant Basaloid-like Cells In Vitro 2022-06-02, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11111820 PMID:35681516	研究论文	研究通过单细胞RNA测序技术分析体外培养的肺泡基底细胞在不同培养条件下的转录组特征	首次使用单细胞RNA测序技术详细描述了肺泡基底细胞在不同培养条件下的转录组变化	NA	探究特发性肺纤维化中肺泡基底细胞的分化过程及其转录组特征	肺泡基底细胞及其在不同培养条件下的转录组	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自外周纤维化肺组织的肺泡基底细胞
50	2024-08-30	Bronchial epithelium epithelial-mesenchymal plasticity forms aberrant basaloid-like cells in vitro 2022-06-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00254.2021 PMID:35438006	研究论文	本研究探讨了上皮-间质转化（EMT）在支气管上皮细胞中形成异常基底样细胞的作用，并通过批量和单细胞RNA测序分析了EMT诱导的转录变化。	本研究首次揭示了支气管上皮细胞在体外通过EMT形成异常基底样细胞的转录变化，并提供了单细胞RNA-Seq数据的交互式浏览器。	研究未发现EMT诱导后细胞向成纤维细胞/肌成纤维细胞转化的证据，且仅显示部分EMT基因特征。	阐明EMT在支气管上皮细胞中形成异常基底样细胞的作用。	人支气管上皮细胞在不同培养条件下的转录变化。	数字病理学	肺纤维化	RNA测序	NA	RNA	8,247个蛋白质编码基因和1,621个长非编码RNA基因在不同培养条件下的差异表达，以及6,020个蛋白质编码基因和907个长非编码RNA基因在EMT诱导后的转录重编程。
51	2024-08-30	Astrocytes and oligodendrocytes undergo subtype-specific transcriptional changes in Alzheimer's disease 2022-06-01, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2022.03.008 PMID:35381189	研究论文	本研究使用单核RNA测序技术（snRNA-seq）分析了阿尔茨海默病（AD）患者和非症状对照组大脑中星形胶质细胞和少突胶质细胞的转录组变化	本研究首次利用snRNA-seq技术详细描述了AD患者中星形胶质细胞和少突胶质细胞的亚型特异性转录组变化，并结合空间转录组学资源，揭示了健康和炎症大脑中星形胶质细胞亚型的定位	研究主要集中在星形胶质细胞和少突胶质细胞的转录组分析，未涉及其他类型细胞的贡献	深入理解阿尔茨海默病中胶质细胞的转录组异质性	阿尔茨海默病患者的星形胶质细胞和少突胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	APOE Ɛ2/3人类AD患者和年龄及基因型匹配的非症状（NS）大脑样本
52	2024-08-30	Male-Specific Activation of Lysine Demethylases 5B and 5C Mediates Alcohol-Induced Liver Injury and Hepatocyte Dedifferentiation 2022-06, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1002/hep4.1895 PMID:35084807	研究论文	本研究探讨了酒精相关肝病（ALD）中性别特异性的生物学途径，特别是在雄性小鼠中酒精诱导的肝细胞去分化和肿瘤发展。	发现了酒精在雄性小鼠中通过激活KDM5B和KDM5C去甲基酶促进肝细胞去分化和肿瘤发展的新机制。	研究主要集中在雄性小鼠，对雌性小鼠的影响未深入探讨。	定义酒精暴露下肝脏的性别特异性途径。	雄性和雌性小鼠的肝脏细胞。	NA	酒精相关肝病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），染色质免疫沉淀测序（ChIP-Seq）	NA	RNA序列数据	雄性和雌性小鼠的肝脏细胞
53	2024-08-05	Hermansky-Pudlak syndrome type 1 causes impaired anti-microbial immunity and inflammation due to dysregulated immunometabolism 2022-06, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1038/s41385-022-00572-1 PMID:36302964	研究论文	本研究探讨了Hermansky-Pudlak综合症1型中免疫代谢失调对抗微生物免疫和炎症的影响	揭示了HPS1缺乏如何通过Rab32介导的mTOR信号通路改变代谢程序，并影响抗微生物反应	该研究的细胞机制和临床显著性仍需进一步验证	理解Hermansky-Pudlak综合症1型中炎症的细胞基础	研究HPS-1患者的外周血细胞和血清	数字病理学	炎症性肠病	大规模细胞测定、蛋白组学和转录组学分析	NA	血液样本、组织样本	HPS-1患者的外周血细胞和血清样本
54	2024-08-05	The tumour microenvironment shapes innate lymphoid cells in patients with hepatocellular carcinoma 2022-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2021-325288 PMID:34340996	研究论文	这篇文章研究了肝细胞癌患者的肿瘤微环境如何影响固有淋巴细胞（ILCs）。	文章揭示了肿瘤微环境中的细胞因子如何影响ILCs的组成和功能，并与患者的生存预后相关。	该研究主要基于肝细胞癌患者的样本，可能无法普遍适用于其他类型的肿瘤。	探讨肝细胞癌中局部细胞因子环境如何影响ILCs的变化。	研究的对象为来自48名肝细胞癌患者的ILCs，特别是肿瘤组织和非肿瘤组织中的ILCs。	数字病理学	肝细胞癌	RNA测序	NA	RNA	48名肝细胞癌患者
55	2024-08-05	Genetic loss of function of Ptbp1 does not induce glia-to-neuron conversion in retina 2022-06-14, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110849 PMID:35705053	研究论文	这篇文章探讨了Ptbp1的遗传功能缺失是否会导致视网膜胶质细胞转化为神经元	揭示了Ptbp1的缺失不能有效诱导视网膜Mϋller胶质细胞转化为功能性神经元	仅在特定的基因突变体中研究了Ptbp1的功能，可能无法推广到其他细胞类型	研究Ptbp1在视网膜胶质细胞转化为神经元中的角色	成年视网膜Mϋller胶质细胞	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	成年视网膜Mϋller胶质细胞的突变体
56	2024-08-05	Mapping the developing human immune system across organs 2022-06-03, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abo0510 PMID:35549310	研究论文	该文章映射了人类免疫系统在多个器官中的发育过程	本研究通过整合单细胞RNA测序、抗原受体测序和空间转录组学，重建了发育中的人类免疫系统，揭示了免疫细胞功能的晚期获得以及单核细胞和T细胞的成熟	限制在于对发育中的免疫系统的分布网络进行的描述仍然有限	研究人类胎儿免疫系统的发育及其在不同组织中的分布	九种胎儿组织	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、抗原受体测序、空间转录组学	NA	NA	九种胎儿组织
57	2024-08-05	Fibroblast Heterogeneity in Healthy and Wounded Skin 2022-Jun-06, Cold Spring Harbor perspectives in biology IF:6.9Q1 DOI:10.1101/cshperspect.a041238 PMID:35667795	研究论文	本文讨论了健康和受伤皮肤中的成纤维细胞异质性。	利用单细胞测序技术，揭示了小鼠和人类皮肤中成纤维细胞的不同亚群体，并比较了其转录组特征。	未提及具体的局限性	研究成纤维细胞异质性对生理愈合及其在病理状态下的影响。	小鼠和人类的成纤维细胞。	数字病理	NA	单细胞测序	NA	细胞	使用了多种细胞群体，具体样本数量未提及
58	2024-08-05	Single-cell RNA-sequencing of zebrafish hair cells reveals novel genes potentially involved in hearing loss 2022-Jun-26, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-022-04410-2 PMID:35753015	研究论文	本研究分析了斑马鱼毛细胞的单细胞RNA测序数据，揭示了与听力损失相关的潜在新基因	首次在斑马鱼中系统分析不同类型毛细胞的分子特征，发现与听力损失相关的新基因	对毛细胞的分子特征的系统分析仍然不足，可能未涵盖所有相关基因	研究斑马鱼毛细胞的基因特征及其与听力损失的关系	斑马鱼的不同类型毛细胞，包括毛细胞亚型	数字病理学	听力损失	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	使用来自Tg(Brn3c:mGFP)幼鱼的GFP+细胞进行分析
59	2024-08-05	Immune landscape of a genetically engineered murine model of glioma compared with human glioma 2022-06-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.148990 PMID:35653194	研究论文	本研究比较了基因工程小鼠模型与人类胶质瘤的免疫微环境	本研究利用Qk/Trp53/Pten三重敲除小鼠模型，探讨了胶质瘤的免疫微环境与人类胶质瘤的比较	该研究主要集中在小鼠模型中，可能不能完全代表人类疾病的复杂性	阐明胶质瘤的肿瘤生理病理及对治疗药物的前临床评估	研究对象包括QPP小鼠和患者来源的胶质瘤肿瘤	数字病理学	胶质瘤	单细胞测序	QPP三重敲除模型	免疫谱分析	包括QPP小鼠以及人类胶质瘤样本
60	2024-08-05	Localization of T cell clonotypes using the Visium spatial transcriptomics platform 2022-06-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2022.101391 PMID:35707680	研究论文	本文介绍了一种使用Visium空间转录组平台定位T细胞克隆的新协议	该方法允许在组织切片中同时定位基因表达和T细胞克隆类型	NA	研究人类T细胞库的空间组织	T细胞受体克隆和其在肿瘤微环境中的定位	数字病理	NA	空间转录组	NA	NA	NA