单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-09-10	Single-Cell Transcriptome Identifies Drug-Resistance Signature and Immunosuppressive Microenvironment in Metastatic Small Cell Lung Cancer 2022-Jun, Advanced genetics (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/ggn2.202100060 PMID:36618022	研究论文	研究通过单细胞转录组分析揭示了转移性小细胞肺癌中的药物抗性特征和免疫抑制微环境	首次揭示了转移性小细胞肺癌在单细胞水平上的异质性，并发现了与药物抗性和免疫抑制相关的基因表达模式	研究样本仅来自七名患者，可能无法完全代表所有转移性小细胞肺癌的情况	探究转移性小细胞肺癌在单细胞水平上的异质性及其与药物抗性和免疫抑制微环境的关系	转移性小细胞肺癌患者的淋巴结样本中的单细胞转录组	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	24,081个细胞，来自七名转移性小细胞肺癌患者
22	2024-09-07	Endothelial cell heterogeneity and microglia regulons revealed by a pig cell landscape at single-cell level 2022-06-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-31388-z PMID:35750885	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，构建了包含超过20万头猪细胞的多器官单细胞转录组图谱，并深入分析了内皮细胞和微胶质细胞的异质性	首次在单细胞水平上揭示了猪细胞的多器官转录组图谱，并发现了内皮细胞的高度异质性和微胶质细胞的进化保守调控网络	NA	研究猪细胞在单细胞水平上的转录组异质性	猪的多器官细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	超过20万头猪细胞
23	2024-09-07	Embigin is a fibronectin receptor that affects sebaceous gland differentiation and metabolism 2022-06-20, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.05.011 PMID:35671757	研究论文	研究了embigin蛋白在皮脂腺分化和代谢中的作用	首次揭示了embigin作为纤维连接蛋白受体，通过调节细胞粘附和代谢影响皮脂腺分化	NA	探讨embigin在皮脂腺分化和代谢中的作用机制	embigin蛋白及其在皮脂腺中的表达和功能	NA	NA	单细胞RNA测序、免疫荧光、转基因小鼠模型	NA	RNA-seq数据	转基因小鼠模型
24	2024-09-06	Circadian Regulator CLOCK Drives Immunosuppression in Glioblastoma 2022-06-03, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-21-0559 PMID:35413115	研究论文	研究揭示了生物钟调节因子CLOCK及其异二聚体伙伴BMAL1在胶质母细胞瘤干细胞中驱动免疫抑制的分子机制	首次揭示了CLOCK-BMAL1复合物通过调控LGMN和OLFML3在胶质母细胞瘤干细胞中驱动免疫抑制的新机制	研究主要基于小鼠模型和人类数据集，需要进一步的临床验证	探讨胶质母细胞瘤中癌症干细胞与肿瘤微环境相互作用的分子机制	胶质母细胞瘤干细胞、CLOCK、BMAL1、LGMN、OLFML3等	NA	脑癌	转录组分析、单细胞RNA测序、TCGA数据集分析	NA	转录组数据、单细胞RNA数据	小鼠模型和人类胶质母细胞瘤样本
25	2024-09-02	The CSF in neurosarcoidosis contains consistent clonal expansion of CD8 T cells, but not CD4 T cells 2022-06-15, Journal of neuroimmunology IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.jneuroim.2022.577860 PMID:35405431	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和T及B细胞受体测序，分析了神经类肉瘤患者的脑脊液（CSF）和血液细胞，发现CSF中CD8 T细胞克隆扩增，而CD4 T细胞未见扩增	首次揭示了神经类肉瘤中CSF特异性的CD8 T细胞克隆扩增现象，并发现其与肺类肉瘤中CD4 T细胞驱动的机制不同	研究样本仅来自神经类肉瘤患者，可能限制了结果的普遍性	识别神经类肉瘤中脑脊液特异性的抗原驱动T和B细胞反应	神经类肉瘤患者的脑脊液和血液细胞	免疫学	神经类肉瘤	单细胞RNA测序，T和B细胞受体测序	NA	细胞	具体样本数量未在摘要中提及
26	2024-09-02	Update Breast Cancer 2022 Part 1 - Early Stage Breast Cancer 2022-Jun, Geburtshilfe und Frauenheilkunde IF:2.4Q2 DOI:10.1055/a-1811-6106 PMID:35903719	综述	本文综述了近年来关于早期乳腺癌治疗的最新证据，特别是关于新药物如Abemaciclib、olaparib和pembrolizumab的疗效，以及新的生物标志物分析方法如空间基因表达分析（spatial transcriptomics）在临床试验中的应用	介绍了新药物Abemaciclib、olaparib和pembrolizumab在早期乳腺癌患者中的良好疗效，以及新的生物标志物分析方法如空间基因表达分析在临床试验中的应用	对于哪些激素受体阳性乳腺癌的绝经前患者可以避免不必要的治疗，以及化疗对肿瘤的直接细胞毒性作用或通过化疗减少卵巢功能的程度等问题仍未明确	总结近期科学会议和出版物中关于早期乳腺癌治疗的科学创新	早期乳腺癌患者及其治疗	NA	乳腺癌	空间基因表达分析（spatial transcriptomics）	NA	基因表达数据	NA
27	2024-09-01	Microglia Phenotypes in Aging and Neurodegenerative Diseases 2022-06-30, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11132091 PMID:35805174	综述	本文综述了在健康、衰老和神经退行性疾病中微胶质细胞表型和炎症反应的当前研究	强调了微胶质细胞在急性和慢性疾病中的异质性表型反应，并探讨了潜在的治疗靶点	NA	全面概述微胶质细胞在不同病理状态下的表型和炎症反应	微胶质细胞在健康、衰老和神经退行性疾病中的表型和炎症反应	NA	神经退行性疾病	NA	NA	NA	NA
28	2024-09-01	Bookend: precise transcript reconstruction with end-guided assembly 2022-06-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02700-3 PMID:35768836	研究论文	开发了Bookend软件包，用于结合不同RNA-seq技术数据的转录本组装，特别关注RNA的5'和3'端识别与利用	Bookend通过利用端标记读取数据，显著提高了单细胞中转录本组装的精确度，并展示了跨短读、长读和端捕获RNA-seq数据集的混合组装能力	NA	旨在提高转录本组装的精确度，并探索不同RNA-seq技术数据的整合应用	RNA-seq数据中的转录本组装，特别是RNA的5'和3'端识别	基因组学	NA	RNA-seq	NA	序列数据	涉及拟南芥和单个小鼠胚胎干细胞的RNA-seq数据集
29	2024-09-01	TAS-Seq is a robust and sensitive amplification method for bead-based scRNA-seq 2022-06-27, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-03536-0 PMID:35760847	研究论文	本文介绍了一种基于终止子、末端转移酶和纳米孔/珠基平台的单细胞RNA测序方法TAS-Seq，该方法在鼠和人类肺样本中显示出比10X Chromium v2和Smart-seq2更高的基因检测灵敏度和更稳健的细胞间相互作用及生长因子/白细胞介素表达检测	TAS-Seq方法对末端转移酶反应的变化具有高度耐受性，提高了单细胞RNA测序数据的准确性和细胞组成的分析	NA	开发一种新的单细胞RNA测序方法，以提高细胞组成的准确性和细胞间相互作用的检测	鼠和人类肺样本的单细胞RNA测序	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	鼠和人类肺样本
30	2024-09-01	The immune cell atlas of human neuroblastoma 2022-06-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2022.100657 PMID:35688160	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫组织化学技术，分析了19个人类神经母细胞瘤样本的免疫细胞组成，并与正常胎儿肾上腺数据进行比较	本研究揭示了神经母细胞瘤中27种免疫细胞亚型，并发现与成人癌症和先前研究不同，神经母细胞瘤中炎症性单核细胞状态增加，而T细胞的细胞毒性和耗竭评分以及Treg活性没有差异	NA	旨在理解人类神经母细胞瘤的完整免疫细胞组成，为开发免疫治疗提供依据	人类神经母细胞瘤的免疫细胞组成	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	19个人类神经母细胞瘤样本
31	2024-09-01	Human umbilical cord mesenchymal stem cell-derived treatment of severe pulmonary arterial hypertension 2022-Jun, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-022-00083-z PMID:39195868	研究论文	本文报道了人脐带间充质干细胞（HUCMSC）衍生的治疗方法在肺动脉高压（PAH）中的应用	首次使用HUCMSC的条件培养基（CM）进行连续血管内输注治疗PAH，并展示了其显著的临床和血流动力学改善效果	需要进一步的前瞻性临床研究来确认和探索HUCMSC衍生治疗对PAH的益处	探索HUCMSC衍生治疗在PAH中的应用及其潜在机制	HUCMSC的条件培养基（CM）及其在PAH治疗中的效果	NA	肺动脉高压	单细胞RNA测序	NA	蛋白质组学数据	涉及三个人脐带间充质干细胞（HUCMSC）和两个人脐带静脉内皮细胞（HUVEC）的控制样本
32	2024-08-31	An introduction to spatial transcriptomics for biomedical research 2022-06-27, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01075-1 PMID:35761361	review	本文介绍了空间转录组学的方法，包括记录杂交mRNA分子位置、细胞位置成像以及使用空间阵列mRNA探针等，并讨论了组织保存对平台选择的影响以及生物信息学方法在分析空间转录组数据中的应用	介绍了多种商业可用的空间转录组学平台，并讨论了它们在发现筛选和假设检验中的适用性	NA	旨在为希望在其生物医学研究中使用空间转录组学的研究人员提供入门级指导	空间转录组学方法及其在生物医学研究中的应用	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	基因转录数据	NA
33	2024-08-31	scDART: integrating unmatched scRNA-seq and scATAC-seq data and learning cross-modality relationship simultaneously 2022-06-27, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02706-x PMID:35761403	研究论文	提出了一种名为scDART的深度学习框架，用于整合不匹配的scRNA-seq和scATAC-seq数据，并同时学习跨模态关系	scDART框架能够保留连续细胞群体中的细胞轨迹，并可应用于整合数据上的轨迹推断	NA	整合不同批次的scRNA-seq和scATAC-seq数据，并学习跨模态关系	scRNA-seq和scATAC-seq数据	机器学习	NA	深度学习	深度学习框架	scRNA-seq和scATAC-seq数据	NA
34	2024-08-31	Pseudomonas aeruginosa: pathogenesis, virulence factors, antibiotic resistance, interaction with host, technology advances and emerging therapeutics 2022-06-25, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-022-01056-1 PMID:35752612	综述	本文综述了铜绿假单胞菌的致病性、毒力因子、抗生素抗性、与宿主的相互作用以及技术进步和新兴疗法	介绍了生物信息学、代谢组学、单细胞RNA测序、纳米颗粒、药物筛选和噬菌体疗法等技术在铜绿假单胞菌研究中的应用	仍需探索铜绿假单胞菌与宿主免疫反应之间的相互作用，包括已知或未注释的细菌毒力因子的耐药机制以及哺乳动物细胞信号传导途径	全面回顾铜绿假单胞菌的生物物理特性、行为、毒力因子、侵入调节因子以及宿主防御模式，指出未来研究的新方向，并为设计新型或替代疗法提供依据	铜绿假单胞菌的致病性、毒力因子、抗生素抗性、与宿主的相互作用以及新兴疗法	NA	囊性纤维化、烧伤伤口、免疫缺陷、慢性阻塞性肺疾病、癌症、严重感染（如COVID-19）	生物信息学、代谢组学、单细胞RNA测序、纳米颗粒、药物筛选、噬菌体疗法	NA	NA	NA
35	2024-08-31	Efficacy and limitations of senolysis in atherosclerosis 2022-06-22, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvab208 PMID:34142149	research paper	研究了血管平滑肌细胞中衰老标志物的特异性以及遗传或药物性衰老溶解对动脉粥样硬化的影响	探讨了遗传和药物性衰老溶解对动脉粥样硬化的不同影响，并指出传统衰老标志物如p16在识别和去除动脉粥样硬化中的衰老细胞方面存在显著局限	遗传和药物性衰老溶解可能促进炎症和非特异性效应，且传统衰老标志物在识别和去除衰老细胞方面存在局限	研究衰老溶解在动脉粥样硬化中的疗效和局限性	血管平滑肌细胞和动脉粥样硬化	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及人类和老鼠的血管平滑肌细胞及动脉粥样硬化样本
36	2024-08-31	Forest Fire Clustering for single-cell sequencing combines iterative label propagation with parallelized Monte Carlo simulations 2022-06-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-31107-8 PMID:35725981	research paper	本文介绍了一种名为森林火灾聚类的高效且可解释的单细胞测序数据细胞类型发现方法	森林火灾聚类方法计算每个细胞的非参数后验概率，评估标签置信度并计算“标签熵”，突出沿发育轨迹的转变，并能在在线学习环境中进行稳健的归纳推理	NA	开发一种新的单细胞测序数据聚类方法，用于细胞类型发现	单细胞测序数据	生物信息学	NA	单细胞测序	森林火灾聚类	单细胞数据	数百万个细胞
37	2024-08-31	Magnitude and breadth of antibody cross-reactivity induced by recombinant influenza hemagglutinin trimer vaccine is enhanced by combination adjuvants 2022-06-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-12727-y PMID:35654904	研究论文	本研究系统评估了不同 Toll 样受体（TLR）激动剂与角鲨烯水乳剂组合对重组三聚体血凝素（HA）疫苗在小鼠中免疫原性的影响，并使用蛋白质微阵列方法评估了抗体交叉反应性。	研究发现，IVAX-1 组合佐剂能更快且更大幅度地诱导广泛的 IgG 反应，并优先刺激 CD4 T 细胞产生 Th1>Th2 型（IgG2c>IgG1）抗体和细胞因子反应。	研究主要在实验室小鼠模型中进行，其结果在人类中的适用性需要进一步验证。	探讨不同佐剂组合对流感疫苗免疫原性和抗体交叉反应性的影响。	重组三聚体血凝素（HA）疫苗及其佐剂在小鼠中的免疫反应。	疫苗学	NA	蛋白质微阵列	NA	基因表达数据	小鼠模型
38	2024-08-31	scAmpi-A versatile pipeline for single-cell RNA-seq analysis from basics to clinics 2022-06, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1010097 PMID:35658001	研究论文	本文介绍了一种名为scAmpi的单细胞RNA测序分析工作流程，该流程从原始读取处理到样本组成分析，再到临床相关基因和通路改变的提取和展示，以及个性化候选药物治疗的计算机识别	scAmpi工作流程旨在为临床环境中的scRNA-seq数据分析提供标准化和可重复的流程	NA	设计一个适用于临床环境的单细胞RNA测序数据分析工作流程	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	NA
39	2024-08-31	Multimodal Single-Cell Analyses Outline the Immune Microenvironment and Therapeutic Effectors of Interstitial Cystitis/Bladder Pain Syndrome 2022-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202106063 PMID:35470584	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和图像质谱细胞仪技术，系统地描述了间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征患者的膀胱微环境，并揭示了其治疗效应器	首次通过多模态单细胞分析技术，详细阐述了间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征患者的膀胱微环境特征，并识别了关键的炎症介质	NA	揭示间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征的病理发生机制及其治疗效应器	间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征患者的膀胱微环境	数字病理学	泌尿系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和图像质谱细胞仪（IMC）	NA	生物样本	来自间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征患者的膀胱活检样本，共识别出42个不同的细胞集群
40	2024-08-30	Gut mucosa dissociation protocols influence cell type proportions and single-cell gene expression levels 2022-06-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-13812-y PMID:35701452	研究论文	本文研究了不同肠道黏膜解离协议对细胞类型比例和单细胞基因表达水平的影响	开发了一种一步解离协议，并展示了其在冷冻保存的肠道黏膜活检中的应用	多步骤协议对跨多个组织的细胞类型影响不同，分析稀有细胞类型需要更大的细胞数量	克服单细胞RNA测序中的物流挑战和批次效应	肠道黏膜活检的细胞类型和基因表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	涉及不同解离协议的多种样本