单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2024-08-08	Visualizing Cluster-specific Genes from Single-cell Transcriptomics Data Using Association Plots 2022-06-15, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2022.167525 PMID:35271868	研究论文	本文介绍了一种新的方法——关联图（Association Plots），用于可视化单细胞转录组数据中的特定基因簇	提出了一种新的可视化方法——关联图，用于展示单细胞数据中特定基因簇的特征	NA	开发一种新的可视化工具，用于分析和展示单细胞转录组数据中的基因簇	单细胞转录组数据中的基因簇	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	数据	使用了两组示例数据集，包括外周血单个核细胞数据和人类胎儿基因表达细胞图谱数据
242	2024-08-08	Identification of a five-gene signature deriving from the vacuolar ATPase (V-ATPase) sub-classifies gliomas and decides prognoses and immune microenvironment alterations 2022-06, Cell cycle (Georgetown, Tex.) DOI:10.1080/15384101.2022.2049157 PMID:35266851	研究论文	本研究通过生物信息学分析，识别出与胶质瘤患者预后相关的五个V-ATP酶编码基因，并基于这些基因的表达对胶质瘤患者进行亚分类，探讨了这些基因表达的调控机制及其与免疫微环境变化的关系	本研究首次识别出五个V-ATP酶编码基因作为胶质瘤的预后标志物，并揭示了这些基因表达与免疫检查点表达的正相关性，以及对传统治疗的抵抗性	NA	识别与胶质瘤预后相关的基因标志物，并探讨其与免疫微环境的关系	胶质瘤患者及其预后	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	风险评分模型	基因表达数据	涉及六个独立数据集的验证
243	2024-08-08	IRAK4 Signaling Drives Resistance to Checkpoint Immunotherapy in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2022-06, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2022.02.035 PMID:35271824	研究论文	本文研究了IRAK4信号传导在胰腺导管腺癌（PDAC）中对检查点免疫疗法抗性的影响	首次直接研究了IRAK4对肿瘤免疫的影响，并发现IRAK4是PDAC中T细胞功能障碍的驱动因素，为新的免疫治疗靶点	NA	探讨IRAK4信号传导在PDAC中对检查点免疫疗法抗性的作用	胰腺导管腺癌（PDAC）中的IRAK4信号传导及其对T细胞免疫的影响	数字病理学	胰腺癌	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序	NA	组织微阵列（TMA）数据，基因组数据	使用条件性IRAK4缺失的KPC小鼠和IRAK4抑制剂处理的小鼠
244	2024-08-08	Transitional Anal Cells Mediate Colonic Re-epithelialization in Colitis 2022-06, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2022.02.031 PMID:35227778	研究论文	本文研究了在急性结肠炎中，肛门类似皮肤的细胞是否能介导结肠的重新上皮化	发现肛门过渡区细胞具有预加载的结肠分化程序，能在结肠炎后重建上皮结构	NA	探讨邻近器官的上皮细胞是否能在急性结肠炎中被激活以介导重新上皮化	肛门过渡区细胞在结肠炎中的作用	NA	炎症性肠病	3D成像、单细胞转录组学、生物物理建模	NA	细胞	转基因小鼠
245	2024-08-08	Physically interacting beta-delta pairs in the regenerating pancreas revealed by single-cell sequencing 2022-06, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2022.101467 PMID:35240340	research paper	本研究利用单细胞RNA测序技术，系统地绘制了胰腺内分泌细胞在胰腺切除术后的细胞相互作用图谱	首次揭示了胰腺再生过程中β细胞和δ细胞之间的物理相互作用及其对压力保护的影响	NA	探索胰腺再生过程中邻近细胞间的通信机制	胰腺内分泌细胞，特别是β细胞和δ细胞	digital pathology	NA	single-cell RNA-sequencing	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
246	2024-08-08	Comparative transcriptome analysis identifies important maternal molecules and associated biological pathways for pig and human mature oocytes 2022-Jun, Reproduction in domestic animals = Zuchthygiene DOI:10.1111/rda.14105 PMID:35244301	研究论文	通过比较转录组分析，研究了猪和人类成熟卵母细胞中常见的和特有的母源分子及其相关的生物学过程	首次揭示了猪和人类成熟卵母细胞在分子水平上的差异，并识别了这些差异分子所涉及的信号通路	研究主要集中在体外成熟的卵母细胞，对体内成熟卵母细胞的研究较少	旨在通过比较转录组分析，识别猪和人类成熟卵母细胞中的共同和特有的母源分子及其相关的生物学过程	猪和人类成熟卵母细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	猪体内成熟卵母细胞11,147个，体外成熟卵母细胞11,997个；人类体外成熟卵母细胞14,491个
247	2024-08-08	Ovarian cancer-specific dysregulated genes with prognostic significance: scRNA-Seq with bulk RNA-Seq data and experimental validation 2022-06, Annals of the New York Academy of Sciences IF:4.1Q1 DOI:10.1111/nyas.14748 PMID:35247207	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）结合批量RNA测序（bulk RNA-Seq）分析，鉴定了卵巢癌组织中的高度变异基因，并探讨了肿瘤细胞异质性和M2型肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在卵巢癌肿瘤微环境（TME）中的浸润情况	本研究首次结合scRNA-Seq和bulk RNA-Seq技术，鉴定了与M2型TAMs相关的四个基因（SLAMF7, GNAS, TBX2-AS1, 和 LYPD6），并验证了这些基因在卵巢癌预后中的作用	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术分析卵巢癌肿瘤细胞的异质性和M2型肿瘤相关巨噬细胞在肿瘤微环境中的浸润情况	卵巢癌组织中的肿瘤细胞异质性和M2型肿瘤相关巨噬细胞的浸润情况	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），批量RNA测序（bulk RNA-Seq）	NA	RNA序列	具体样本数量未在摘要中提及
248	2024-08-08	Defined tumor antigen-specific T cells potentiate personalized TCR-T cell therapy and prediction of immunotherapy response 2022-06, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-022-00627-9 PMID:35165422	研究论文	本文研究了通过单细胞mRNA测序和TCR测序技术，从肿瘤及其邻近组织中鉴定肿瘤特异性T细胞，并利用这些T细胞的TCR进行个性化TCR-T细胞治疗，以预测免疫治疗反应	首次发现CXCL13作为CD4和CD8肿瘤特异性T细胞的独特标记，并利用Tas TCRs进行个性化TCR-T细胞治疗	NA	开发个性化TCR-T细胞治疗策略，并预测免疫治疗反应	肿瘤特异性T细胞及其TCR	免疫学	肿瘤	单细胞mRNA测序（scRNA-seq），TCR测序（TCR-seq），流式细胞术（FACS）	TCR-T细胞	细胞	NA
249	2024-08-08	Optimising protein detection with fixable custom oligo-labelled antibodies for single-cell multi-omics approaches 2022-Jun, Biotechnology journal IF:3.2Q2 DOI:10.1002/biot.202100213 PMID:35174641	研究论文	本文介绍了一种可调节的寡核苷酸-抗体偶联方法，用于优化单细胞多组学方法中的蛋白质检测	提出了一种简单的可调节寡核苷酸-抗体偶联方法，提高了低表达目标蛋白的检测灵敏度	需要进一步优化大型抗体面板，并确保寡核苷酸标记抗体的功能协同性	优化寡核苷酸标记抗体，以提高单细胞RNA测序多组学实验中弱蛋白目标的检测	单细胞RNA测序多组学实验中的蛋白质检测	生物技术	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	寡核苷酸标记抗体的批次中，每个抗体的平均标记数从1到6不等
250	2024-08-08	Generation of a recessive dystrophic epidermolysis bullosa mouse model with patient-derived compound heterozygous mutations 2022-06, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1038/s41374-022-00735-5 PMID:35152273	研究论文	本文通过CRISPR-based基因编辑技术i-GONAD，成功建立了携带患者来源的复合杂合突变的隐性营养不良型大疱性表皮松解症（RDEB）小鼠模型	首次成功建立了携带患者特异性复合杂合突变的RDEB小鼠模型，为研究RDEB的发病机制和治疗提供了新的工具	NA	建立一个可靠的RDEB小鼠模型，以研究其发病机制并开发治疗方法	隐性营养不良型大疱性表皮松解症（RDEB）及其小鼠模型	NA	隐性营养不良型大疱性表皮松解症	CRISPR-based基因编辑技术	小鼠模型	单细胞RNA测序	包括c.5818delC和E2857X突变的小鼠
251	2024-08-08	Temporal modelling using single-cell transcriptomics 2022-06, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-021-00444-7 PMID:35102309	综述	本文综述了利用单细胞转录组学进行时间序列分析的方法，重点讨论了时间序列单细胞RNA测序（scRNA-seq）的分析和建模问题	单细胞转录组学方法革新了我们对多个生物过程和系统的研究能力，包括发育、分化、响应程序和疾病进展	时间序列单细胞RNA测序提出了新的分析和建模问题，如确定何时以及如何深入地分析细胞、连接不同时间点的细胞、学习连续轨迹以及整合批量和单细胞数据以重建动态网络模型	探讨时间序列单细胞RNA测序的分析和建模方法	单细胞转录组学数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
252	2024-08-08	Signatures of malignant cells and novel therapeutic targets revealed by single-cell sequencing in lung adenocarcinoma 2022-06, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.4547 PMID:35102706	研究论文	本研究利用单细胞转录组数据分析肺腺癌中的恶性细胞特异性基因，探索诊断和治疗标志物	发现了369个在单个恶性细胞中特异性表达的基因，其中70个编码分泌或膜结合蛋白的基因在肿瘤生物学中的细胞间通讯中发挥作用	需要进一步验证这些基因在更多类型的肿瘤中的作用	探索肺腺癌中单细胞转录组数据中的恶性细胞特异性基因，以发现新的诊断和治疗标志物	肺腺癌患者的单细胞转录组数据	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	LASSO回归模型	转录组数据	22,491个肿瘤细胞和181,666个正常细胞
253	2024-08-08	Integrating bulk and single-cell RNA sequencing reveals cellular heterogeneity and immune infiltration in hepatocellular carcinoma 2022-06, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.13190 PMID:35124891	研究论文	本文通过整合批量和单细胞RNA测序数据，揭示了肝细胞癌中的细胞异质性和免疫浸润	首次通过非负矩阵分解（NMF）聚类进行共识分子亚型分析，并结合单细胞数据识别转录因子BATF及其在免疫抑制中的作用	NA	解析肝细胞癌中的肿瘤间和肿瘤内异质性，并探讨其对免疫抑制微环境的影响	肝细胞癌（HCC）的肿瘤异质性和免疫抑制微环境	数字病理学	肝癌	RNA测序	非负矩阵分解（NMF）	RNA	来自癌症基因组图谱（TCGA）的肝细胞癌肿瘤样本被分为三个亚型（S1, S2, S3），以及单细胞数据集中的S3-like亚型（CS3）
254	2024-08-08	Haploinsufficiency of PSMD12 Causes Proteasome Dysfunction and Subclinical Autoinflammation 2022-06, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.42070 PMID:35080150	研究论文	本研究探讨了由PSMD12半合子不足引起的新型蛋白酶体相关自身炎症综合征（PRAAS）的致病机制	首次发现PSMD12半合子不足导致的炎症标志物及神经发育障碍，扩展了PRAAS的基因型和表型谱	NA	研究PSMD12半合子不足引起的新型PRAAS的致病机制	家族成员的皮肤疹、先天性葡萄膜炎和发育迟缓	NA	自身炎症性疾病	全外显子测序、单细胞RNA测序	NA	RNA	2个家族成员
255	2024-08-08	FSCAM: CAM-Based Feature Selection for Clustering scRNA-seq 2022-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-021-00495-8 PMID:35028910	研究论文	本文提出了一种基于凸分析混合方法的单细胞特征选择方法FSCAM，用于改进单细胞RNA测序数据的聚类准确性	FSCAM方法考虑了基因间的'多对多'关系，与传统的'一对一'方法相比，增加了相关性、冗余性和完整性的组合选择	NA	提高单细胞RNA测序数据聚类的准确性和稳定性	单细胞RNA测序数据中的基因特征选择	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	PAM聚类算法	转录组数据	使用真实数据集进行验证
256	2024-08-08	CellDepot: A Unified Repository for scRNA-seq Data and Visual Exploration 2022-06-15, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2021.167425 PMID:34971674	研究论文	CellDepot是一个集成网络应用，用于探索和比较来自多种研究的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集	CellDepot通过用户友好的界面和先进的可视化及分析功能，提供了一个高效的数据管理系统，支持多属性查询和快速数据筛选	NA	促进大规模单细胞数据共享，便于元分析和可视化	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	数据集	超过270个数据集，来自8个物种和多种组织
257	2024-08-08	Aging weakens Th17 cell pathogenicity and ameliorates experimental autoimmune uveitis in mice 2022-06, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1007/s13238-021-00882-3 PMID:34748200	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析了老年和年轻小鼠的颈部引流淋巴结（CDLNs）在实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）中的免疫细胞图谱，发现老年小鼠的EAU症状较轻，且Th17细胞的致病性减弱。	首次详细描述了衰老对淋巴结及其相关自身免疫疾病的影响，并揭示了衰老通过下调Th17细胞的IL-23R表达和GM-CSF分泌来减轻EAU症状的机制。	NA	探讨衰老对免疫系统及实验性自身免疫性葡萄膜炎的影响。	老年和年轻小鼠的颈部引流淋巴结（CDLNs）及其在实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）中的免疫细胞变化。	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	NA	细胞	老年和年轻小鼠的颈部引流淋巴结（CDLNs）样本
258	2024-08-08	Nuclear Factor I in neurons, glia and during the formation of Müller glia-derived progenitor cells in avian, porcine and primate retinas 2022-06, The Journal of comparative neurology IF:2.3Q1 DOI:10.1002/cne.25270 PMID:34729776	研究论文	研究探讨了核因子I（NFI）在不同发育阶段和损伤后的鸡视网膜中的表达模式，以及在猪和猴视网膜中的表达情况	首次详细描述了NFI在鸡、猪和猴视网膜中的表达模式，并提出NFI可能抑制鸡视网膜中Müller胶质细胞衍生前体细胞（MGPCs）的神经发生潜力	研究主要集中在NFI的表达模式上，未深入探讨NFI如何具体抑制MGPCs的神经发生潜力	研究NFI在不同物种视网膜中的表达模式及其对MGPCs神经发生潜力的影响	鸡、猪和猴的视网膜中的NFI表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫标记	NA	RNA	包括鸡、猪和猴的视网膜样本
259	2024-08-08	Profiling of lung SARS-CoV-2 and influenza virus infection dissects virus-specific host responses and gene signatures 2022-06, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.01881-2021 PMID:34675048	研究论文	本文利用NanoString GeoMX平台对固定石蜡包埋组织进行靶向转录组学分析，深入研究了COVID-19、大流行H1N1流感及未感染对照患者的肺部转录组图谱	本文展示了空间转录组学在识别组织内新基因特征方面的强大能力，为SARS-CoV-2的发病机制提供了新的见解	NA	更好地定义肺部对SARS-CoV-2感染的宿主反应，理解病毒发病机制，并验证临床研究中提出的潜在COVID-19生物标志物	COVID-19、大流行H1N1流感及未感染对照患者的肺部转录组	数字病理学	COVID-19	NanoString GeoMX平台	NA	转录组数据	COVID-19、大流行H1N1流感及未感染对照患者的肺部组织样本
260	2024-08-08	i2dash: Creation of Flexible, Interactive, and Web-based Dashboards for Visualization of Omics Data 2022-06, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2021.01.007 PMID:34280547	研究论文	本文介绍了一个名为i2dash的R包，用于程序化创建自定义的网络化、交互式仪表盘，以可视化组学数据	i2dash支持跨预定义图形布局的交互式和响应式可视化，并能与任何基于R的分析管道兼容，促进了数据可视化与数据分析任务的分离	NA	开发一种工具，用于简化组学数据处理管道与动态生成交互式仪表盘的结合	组学数据的可视化和交互式探索	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	组学数据	NA