单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2024-08-08	Altered patterning of trisomy 21 interneuron progenitors 2022-06-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2022.05.001 PMID:35623352	研究论文	本文通过立体学分析和单细胞RNA测序研究了唐氏综合征（DS）患者大脑皮质中表达calretinin的中间神经元的减少，并探讨了WNT信号通路在其中的作用。	利用唐氏综合征患者的诱导多能干细胞（iPSCs）和同基因对照，发现Ts21前体细胞产生较少的COUP-TFII+前体细胞，且增殖减少，并通过单细胞RNA测序确认了前体细胞亚群的改变。	NA	探究唐氏综合征患者大脑皮质中间神经元发育缺陷的原因。	唐氏综合征患者的大脑皮质中间神经元。	NA	唐氏综合征	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用唐氏综合征患者的诱导多能干细胞（iPSCs）和同基因对照进行研究。
182	2024-08-08	Critical roles of FGF, RA, and WNT signalling in the development of the human otic placode and subsequent lineages in a dish 2022-Jun, Regenerative therapy IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.reth.2022.04.008 PMID:35620640	研究论文	本研究开发了一种新的分化系统，利用三维（3D）悬浮培养和信号因子，通过逐步分化人类多能干细胞（hPSCs）来生成耳细胞谱系	本研究首次在3D环境中展示了FGF2、RA和WNT信号在hPSCs体外分化耳细胞谱系中的关键作用	NA	研究旨在有效诱导耳原基的形成，为耳发育和感觉神经性听力损失建模提供一个强大的平台	人类多能干细胞（hPSCs）及其分化产生的耳细胞谱系	干细胞	感觉神经性听力损失	免疫细胞化学、定量PCR（qPCR）、群体平均和单细胞RNA测序（RNA-seq）分析	NA	细胞	NA
183	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals evolution of immune landscape during glioblastoma progression 2022-06, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-022-01215-0 PMID:35624211	研究论文	本研究利用单细胞转录组学和流式细胞术，揭示了表皮生长因子受体驱动的遗传性小鼠胶质母细胞瘤模型中肿瘤进展过程中的免疫细胞组成的大规模纵向变化	首次全面展示了胶质母细胞瘤进展过程中免疫细胞景观的演变，并揭示了治疗干预对免疫细胞组成的影响	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证结果	探究胶质母细胞瘤进展过程中的免疫微环境变化	胶质母细胞瘤的免疫细胞组成及其在肿瘤进展中的变化	数字病理学	脑癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	使用的是遗传性小鼠胶质母细胞瘤模型，具体样本数量未在摘要中提及
184	2024-08-08	Characterizing the landscape of cervical squamous cell carcinoma immune microenvironment by integrating the single-cell transcriptomics and RNA-Seq 2022-06, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.608 PMID:35634956	研究论文	本文通过整合单细胞转录组学和RNA测序数据，研究了宫颈鳞状细胞癌（CSCC）的免疫微环境特征	首次通过整合单细胞测序数据，揭示了CSCC中免疫相关基因和免疫检查点基因在肿瘤免疫微环境中的作用	NA	研究宫颈鳞状细胞癌的免疫微环境特征及其在免疫治疗中的潜在作用	宫颈鳞状细胞癌的免疫相关基因和免疫检查点基因	数字病理学	宫颈癌	单细胞转录组学, RNA-Seq	NA	基因表达数据	使用了来自多个数据库的RNA表达数据，并整合了两组单细胞测序数据
185	2024-08-08	Single-cell transcriptomics of adult macaque hippocampus reveals neural precursor cell populations 2022-06, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-022-01073-x PMID:35637371	研究论文	本研究利用优化的单细胞RNA测序技术，分析了成年猕猴海马区的207,785个细胞，识别出34种细胞群，包括所有主要的海马细胞类型，并揭示了关键的神经营养前体细胞群的存在	首次在成年猕猴海马区识别出多种神经营养前体细胞群，并发现HMGB2作为新的中间前体细胞标记物	NA	探讨成年灵长类动物海马区的神经发生过程	成年猕猴海马区的细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	207,785个细胞
186	2024-08-08	α Cell dysfunction in islets from nondiabetic, glutamic acid decarboxylase autoantibody-positive individuals 2022-06-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI156243 PMID:35642629	研究论文	本研究探讨了非糖尿病、谷氨酸脱羧酶自身抗体阳性个体的胰岛α细胞功能障碍	首次揭示了在胰岛自身免疫早期阶段，尽管β细胞数量正常，但α细胞功能已出现障碍	NA	研究非糖尿病谷氨酸脱羧酶自身抗体阳性个体胰岛α细胞的功能障碍及其在1型糖尿病进展中的作用	非糖尿病谷氨酸脱羧酶自身抗体阳性个体和1型糖尿病患者的胰岛	NA	1型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
187	2024-08-08	Enhanced transcriptional heterogeneity mediated by NF-κB super-enhancers 2022-06, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1010235 PMID:35648786	研究论文	研究了NF-κB介导的超级增强子（SE）在抗IgM刺激的B细胞中的活性特征	发现NF-κB超级增强子通过液-液相分离过程调控基因表达，增强细胞间的转录反应异质性	NA	阐明NF-κB超级增强子在基因调控中的生物学功能	NF-κB介导的超级增强子在B细胞中的活性	分子生物学	NA	荧光成像、单细胞转录组分析、染色质可及性分析	NA	图像、转录组数据	抗IgM刺激的B细胞
188	2024-08-08	webSCST: an interactive web application for single-cell RNA-sequencing data and spatial transcriptomic data integration 2022-06-27, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac350 PMID:35604082	research paper	本文介绍了一种名为webSCST的基于网络的单细胞RNA测序数据与空间转录组数据整合工具	webSCST整合了按物种和器官分类的良好组织的空间转录组测序数据集，并提供了一个用户友好的界面，支持流行的整合方法，允许用户提交原始单细胞数据以获取每个细胞类型的预测空间位置	NA	开发一种工具，用于整合单细胞RNA测序数据与空间数据，以促进生物学研究	单细胞RNA测序数据与空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	数据集	按物种和器官分类的多个数据集
189	2024-08-08	Bisphenol F Impaired Zebrafish Cognitive Ability through Inducing Neural Cell Heterogeneous Responses 2022-06-21, Environmental science & technology IF:10.8Q1 DOI:10.1021/acs.est.2c01531 PMID:35616434	研究论文	研究探讨了双酚F（BPF）对斑马鱼认知能力的影响及其神经细胞异质性反应的机制	首次通过单细胞RNA测序揭示了BPF暴露后斑马鱼大脑神经细胞组成的改变，并验证了微胶质细胞在其中的主导作用	NA	探究BPF如何影响神经系统和认知能力	斑马鱼的认知能力和神经细胞反应	神经科学	神经肌肉疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	斑马鱼从胚胎阶段持续暴露于环境相关浓度的BPF（0.5和5.0 μg/L）
190	2024-08-08	FGFR3 is expressed by human primordial germ cells and is repressed after meiotic initiation to form primordial oocytes 2022-06-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2022.04.015 PMID:35594860	研究论文	本文研究了人类原始生殖细胞（PGCs）中成纤维细胞生长因子受体3（FGFR3）的表达及其在PGCs向原始卵母细胞分化过程中的抑制作用	首次展示了FGFR3在人类PGCs中的表达及其在分化过程中的抑制作用，并利用荧光激活细胞分选（FACS）和单细胞RNA测序技术，证明了FGFR3阳性细胞富集了人类PGCs	NA	探讨FGFR3在人类生殖细胞发育中的作用及其作为识别成熟PGCs的潜在策略	人类原始生殖细胞（PGCs）及其向原始卵母细胞的分化过程	NA	NA	荧光激活细胞分选（FACS），单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
191	2024-08-08	Esrrb is a cell-cycle-dependent associated factor balancing pluripotency and XEN differentiation 2022-06-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2022.04.016 PMID:35594859	研究论文	本研究通过结合细胞周期报告系统和单细胞RNA测序技术，探讨了胚胎干细胞在不同细胞周期状态下的转录组特征及其分化机制	首次揭示了Esrrb作为细胞周期依赖性因子在平衡多能性和XEN分化中的作用	NA	研究细胞周期和分化决策之间的联系	胚胎干细胞在不同细胞周期状态下的转录组特征及其分化机制	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	野生型和ESRRB敲除的胚胎干细胞
192	2024-08-08	Tumor-induced erythroid precursor-differentiated myeloid cells mediate immunosuppression and curtail anti-PD-1/PD-L1 treatment efficacy 2022-06-13, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2022.04.018 PMID:35594863	研究论文	本文通过追踪癌症患者和携带肿瘤小鼠的谱系，展示了红细胞前体细胞失去其发育潜力并转向髓系谱系，这些红细胞分化的髓细胞（EDMCs）具有抑制T细胞介导的抗肿瘤反应的能力，从而影响免疫检查点抑制剂的治疗效果。	首次揭示了肿瘤利用贫血触发的红细胞生成进行髓系转分化和免疫抑制的正反馈机制。	NA	研究免疫检查点抑制剂治疗癌症的潜在机制和药物抵抗性。	红细胞前体细胞的转分化及其对免疫治疗效果的影响。	数字病理学	癌症	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	涉及癌症患者和携带肿瘤的小鼠
193	2024-08-08	Quantitative single-cell transcriptome-based ranking of engineered AAVs in human retinal explants 2022-Jun-09, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2022.04.014 PMID:35615708	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术评估了18种野生型和工程化AAV衣壳在人视网膜组织中的表现	首次在人视网膜组织中使用单细胞RNA测序技术评估AAV衣壳的感染效率和趋向性	研究仅限于人视网膜组织，未涉及其他组织类型	验证候选AAV载体的有效性，加速视网膜基因疗法的临床转化	18种野生型和工程化AAV衣壳在人视网膜组织中的表现	基因疗法	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	人视网膜组织样本
194	2024-08-08	A human breast atlas integrating single-cell proteomics and transcriptomics 2022-06-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.05.003 PMID:35617956	research paper	本文通过整合单细胞RNA测序、质谱流式细胞术和循环免疫荧光技术，构建了一个高分辨率的人类乳腺图谱，涵盖多种细胞状态	首次整合单细胞蛋白质组学和转录组学数据，定义了乳腺中的细胞亚型，并探讨了这些亚型与癌症风险因素的关联	NA	旨在揭示乳腺在生理和病理生理条件下对疾病易感性的变化，并详细注释这些临床变量对细胞状态的具体影响	人类乳腺中的细胞亚型及其与癌症风险因素的关联	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA-seq, mass cytometry, cyclic immunofluorescence	NA	single-cell RNA-seq data, mass cytometry data, cyclic immunofluorescence data	NA
195	2024-08-08	Cell function and identity revealed by comparative scRNA-seq analysis in human nasal, bronchial and epididymis epithelia 2022 Jun-Aug, European journal of cell biology IF:4.5Q2 DOI:10.1016/j.ejcb.2022.151231 PMID:35597096	研究论文	本文通过比较单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析，揭示了人类鼻腔、支气管和附睾上皮细胞的功能和身份	利用scRNA-seq技术，首次详细比较了不同解剖位置但具有相似功能的细胞的转录组特征	研究主要集中在特定的细胞类型和组织，可能无法全面代表所有相关细胞的功能和身份	探讨不同解剖位置但具有相似功能的细胞之间的进化关系	人类鼻腔、支气管和附睾上皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	包括来自健康捐赠者和囊性纤维化（CF）患者的鼻腔、支气管和附睾上皮细胞样本
196	2024-08-08	Mining cell-cell signaling in single-cell transcriptomics atlases 2022-06, Current opinion in cell biology IF:6.0Q1 DOI:10.1016/j.ceb.2022.102101 PMID:35609365	综述	本文综述了从单细胞转录组数据集中挖掘细胞间信号事件的当前策略，并强调了通过进一步研究单细胞图谱中预测的细胞间信号事件来获得生物过程新见解的实例	NA	NA	探讨单细胞转录组图谱中细胞间信号事件的挖掘策略及其在生物过程中的应用	单细胞转录组数据中的细胞间信号事件	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	NA
197	2024-08-08	Targeting SLC7A11 improves efferocytosis by dendritic cells and wound healing in diabetes 2022-06, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-04754-6 PMID:35614212	研究论文	本文揭示了膜转运蛋白SLC7A11在糖尿病伤口愈合中的作用，通过抑制SLC7A11功能加速伤口愈合	发现SLC7A11作为分子刹车抑制了树突状细胞的吞噬作用，抑制SLC7A11功能可加速伤口愈合	NA	研究SLC7A11在糖尿病伤口愈合中的作用及其机制	SLC7A11在树突状细胞中的表达及其对吞噬作用和伤口愈合的影响	NA	糖尿病	RNA干扰、单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
198	2024-08-08	Immune disease risk variants regulate gene expression dynamics during CD4+ T cell activation 2022-06, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-022-01066-3 PMID:35618845	研究论文	本研究利用单细胞转录组学方法，分析了CD4+ T细胞激活过程中的基因表达变化及其与遗传变异的关系	首次在单细胞水平上分析了遗传变异对CD4+ T细胞激活过程中基因表达动态调控的影响	研究仅限于健康个体，未涉及疾病状态下的分析	探究遗传变异如何影响CD4+ T细胞激活过程中的基因表达，进而解释免疫疾病的风险	CD4+ T细胞在激活过程中的基因表达变化	免疫学	免疫介导疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	119名健康个体的655,349个CD4 T细胞
199	2024-08-08	Fate mapping of neural stem cell niches reveals distinct origins of human cortical astrocytes 2022-06-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abm5224 PMID:35587512	研究论文	本研究通过在人类初级组织中进行命运图谱绘制，揭示了源自不同神经干细胞龛的人类皮质星形胶质细胞具有不同的发育命运	首次展示了源自不同神经干细胞龛的星形胶质细胞在解剖学上的不同分布层，并利用单细胞测序技术识别了成年后这些星形胶质细胞亚型的分子差异	NA	探究源自不同神经干细胞龛的人类皮质星形胶质细胞的发育命运	人类皮质星形胶质细胞及其源自的神经干细胞龛	NA	NA	单细胞测序	NA	细胞	NA
200	2024-08-08	Analyzing single cell transcriptome data from severe COVID-19 patients 2022-06-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2022.101379 PMID:35582459	研究论文	本文描述了利用单细胞转录组数据识别COVID-19严重程度特异性细胞类型及其调控标记基因的协议	构建了COVID-19合并疾病相关基因列表，并通过基因富集分析进一步表征了识别的细胞类型	NA	识别COVID-19严重程度特异性细胞类型及其调控标记基因	COVID-19严重患者的单细胞转录组数据	数字病理学	COVID-19	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA