单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-17	Granzyme K+ CD8 T cells form a core population in inflamed human tissue 2022-06-15, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abo0686 PMID:35704599	研究论文	研究发现在炎症组织中，表达颗粒酶K（GzmK）的CD8 T细胞构成了一个核心群体，并在类风湿性关节炎（RA）等疾病中发挥重要作用	首次发现CD8 T细胞在类风湿性关节炎等疾病中具有显著的炎症驱动作用，并且这些细胞在多种组织和疾病中广泛存在	研究主要集中在类风湿性关节炎和少数其他疾病，未来需要进一步验证这些发现在更广泛疾病中的适用性	探讨CD8 T细胞在炎症组织中的作用及其在不同疾病中的分布	类风湿性关节炎、肠道、肾脏和COVID-19患者的CD8 T细胞	免疫学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	单细胞RNA数据、流式细胞数据	涉及类风湿性关节炎、肠道、肾脏和COVID-19患者的多种组织样本
2	2024-12-08	Internal oligo(dT) priming introduces systematic bias in bulk and single-cell RNA sequencing count data 2022-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqac035 PMID:35651651	研究论文	本文研究了内部oligo(dT)引物在bulk和单细胞RNA测序计数数据中引入的系统性偏差	开发了一种计算算法，用于识别和移除由内部oligo(dT)引物引起的测序读段对齐，从而改进基因表达测量	仅限于研究内部oligo(dT)引物对基因表达量化的影响，未涵盖其他可能的偏差来源	探讨内部oligo(dT)引物对bulk和单细胞RNA测序数据中基因表达量化的影响	多个公共数据集中的bulk和单细胞RNA测序平台数据	基因组学	NA	RNA测序	计算算法	RNA测序数据	多个公共数据集
3	2024-10-21	Developmental dynamics of two bipotent thymic epithelial progenitor types 2022-06, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-04752-8 PMID:35614226	研究论文	研究了胸腺上皮祖细胞的发育动态，识别出两种主要的祖细胞群体	结合单细胞RNA测序和CRISPR-Cas9细胞条形码系统，首次揭示了胸腺上皮祖细胞的发育动态和身份	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨胸腺上皮祖细胞的发育动态及其在胸腺微环境中的作用	胸腺上皮祖细胞及其在胸腺微环境中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), CRISPR-Cas9	NA	RNA	年轻和老年成年小鼠
4	2024-10-04	Epigenetic and Transcriptomic Programming of HSC Quiescence Signaling in Large for Gestational Age Neonates 2022-Jun-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23137323 PMID:35806330	研究论文	本文研究了过度胎儿生长对人类造血干细胞（HSC）静止信号的表观遗传和转录调控的影响	首次通过综合分析单细胞表观基因组学和单细胞转录组学，揭示了DNA甲基化变化与HSC功能改变之间的功能联系	NA	探讨过度胎儿生长对HSC静止信号的表观遗传和转录调控的影响	人类造血干细胞（HSC）及其在过度胎儿生长中的表观遗传和转录调控	表观遗传学	NA	单细胞表观基因组学、单细胞转录组学	NA	单细胞数据	来自过度胎儿生长新生儿的造血干细胞（HSC）
5	2024-09-23	MECP2-related pathways are dysregulated in a cortical organoid model of myotonic dystrophy 2022-06-29, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abn2375 PMID:35767654	研究论文	本文研究了MECP2相关通路在肌强直性营养不良皮质类器官模型中的失调	首次展示了CUG焦点在DM1患者来源的iPSCs衍生的3D皮质类器官成熟早期引起的CELF2蛋白超磷酸化，并揭示了MECP2通路的失调	NA	探究CTG微卫星重复扩展在肌强直性营养不良1型中导致中枢神经系统发育缺陷的分子机制	DM1患者来源的iPSCs衍生的3D皮质类器官	数字病理学	肌强直性营养不良	单细胞RNA测序、增强的交联和免疫沉淀分析	NA	RNA	NA
6	2024-09-23	Single-cell transcriptome and accessible chromatin dynamics during endocrine pancreas development 2022-06-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2201267119 PMID:35733248	研究论文	本文通过单细胞转录组学和染色质可及性分析，研究了小鼠胰腺内分泌细胞的分化过程	本文揭示了调控β-、α-和δ-细胞谱系的转录因子网络，并通过基因组足迹分析确定了调控胰腺细胞发育的转录因子-DNA相互作用	NA	解析调控细胞类型特化的基因调控网络，加速发现稀有细胞谱系关系及其机制	小鼠胰腺内分泌细胞的分化过程	发育生物学	糖尿病	单细胞转录组学、染色质可及性分析、基因组足迹分析	NA	转录组数据、染色质可及性数据	小鼠胰腺内分泌细胞
7	2024-09-23	Targeted Suppression of miRNA-33 Using pHLIP Improves Atherosclerosis Regression 2022-06-24, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.121.320296 PMID:35534923	研究论文	研究使用pHLIP递送系统靶向抑制miRNA-33，以改善动脉粥样硬化的消退	首次使用pHLIP递送系统靶向抑制miRNA-33，避免了传统方法的副作用，并有效改善了动脉粥样硬化的消退	研究仅在特定细胞和组织中验证了效果，尚未在大规模临床试验中验证	开发一种新的靶向递送系统，用于治疗与动脉粥样硬化相关的心血管疾病	miRNA-33在动脉粥样硬化斑块中的作用及pHLIP递送系统的有效性	心血管疾病	动脉粥样硬化	pH低插入肽（pHLIP）	NA	单细胞RNA转录组	动脉粥样硬化斑块中的巨噬细胞
8	2024-09-23	Transcriptional and functional motifs defining renal function revealed by single-nucleus RNA sequencing 2022-06-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2203179119 PMID:35696569	研究论文	本研究通过单核RNA测序技术揭示了果蝇肾脏系统的转录和功能基序	首次通过单核RNA测序技术对果蝇肾脏系统进行全面分析，识别出多种细胞类型及其特异性转录因子，并提供了跨物种的细胞类型匹配	研究仅限于果蝇肾脏系统，未涉及其他物种或疾病模型	揭示果蝇肾脏系统的细胞多样性、谱系和功能	果蝇肾脏系统的Malpighian管和肾细胞	数字病理学	NA	单核RNA测序	NA	RNA	包含11个不同细胞群的成年果蝇肾脏系统样本
9	2024-09-23	Memory-like NK cells armed with a neoepitope-specific CAR exhibit potent activity against NPM1 mutated acute myeloid leukemia 2022-06-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2122379119 PMID:35696582	研究论文	研究展示了通过使用新表位特异性CAR武装的CIML NK细胞对NPM1突变型急性髓系白血病具有强大的抗肿瘤活性	首次展示了使用新表位特异性CAR武装的CIML NK细胞能够显著增强对NPM1突变型AML的抗肿瘤反应，同时避免脱靶毒性	研究结果基于体外和异种移植模型，需要在临床试验中进一步验证	探索使用新表位特异性CAR武装的CIML NK细胞对NPM1突变型急性髓系白血病的治疗潜力	NPM1突变型急性髓系白血病细胞和患者来源的白血病细胞	免疫学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序和质谱流式细胞术	NA	细胞	体外实验涉及AML细胞系和患者来源的白血病细胞，体内实验涉及异种移植模型
10	2024-09-23	Chemotherapy Coupled to Macrophage Inhibition Induces T-cell and B-cell Infiltration and Durable Regression in Triple-Negative Breast Cancer 2022-06-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-21-3714 PMID:35442423	研究论文	研究化疗结合巨噬细胞抑制在三阴性乳腺癌中的免疫刺激作用	开发了一种治疗方案，结合低剂量环磷酰胺和CSF1R抑制剂，有效治疗高度侵袭性的三阴性乳腺癌小鼠模型	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探讨化疗结合巨噬细胞抑制在三阴性乳腺癌中的免疫治疗效果	三阴性乳腺癌小鼠模型及其肿瘤微环境中的免疫细胞	NA	乳腺癌	单细胞RNA测序、高维成像技术	NA	RNA、图像	多个三阴性乳腺癌小鼠模型
11	2024-09-23	Single-cell RNA sequencing reveals immunological rewiring at the maternal-fetal interface following asymptomatic/mild SARS-CoV-2 infection 2022-06-14, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110938 PMID:35662411	研究论文	研究了无症状/轻度SARS-CoV-2感染对妊娠期母胎界面免疫重塑的影响	首次揭示了无症状/轻度SARS-CoV-2感染对妊娠期母胎界面免疫反应的影响，包括抗原呈递和I型干扰素信号通路的减弱、组织驻留的蜕膜巨噬细胞的丢失以及细胞因子/趋化因子信号的增强	研究仅限于血液和足月蜕膜样本，未涵盖其他妊娠阶段或组织类型	探讨无症状/轻度SARS-CoV-2感染对妊娠期母胎界面免疫反应的影响	妊娠期无症状/轻度SARS-CoV-2感染的孕妇及其血液和足月蜕膜样本	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	血液和足月蜕膜样本
12	2024-09-23	Association of pyroptosis and severeness of COVID-19 as revealed by integrated single-cell transcriptome data analysis 2022-Jun, Immunoinformatics (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.immuno.2022.100013 PMID:35434695	研究论文	本文通过整合单细胞转录组数据分析，探讨了细胞焦亡与COVID-19严重程度之间的关联	首次揭示了细胞焦亡在SARS-CoV-2诱导的细胞因子风暴中的关键作用，并开发了一种评估单细胞焦亡状态的评分方法	研究仅基于四个研究的单细胞转录组数据，样本量有限，可能影响结果的普适性	探讨细胞焦亡与COVID-19严重程度之间的关系，并开发新的评估方法	COVID-19患者的免疫细胞，包括巨噬细胞、中性粒细胞、T细胞和B细胞	NA	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	37,607个免疫细胞，来自四个研究的COVID-19患者
13	2024-09-23	Myeloid LXR (Liver X Receptor) Deficiency Induces Inflammatory Gene Expression in Foamy Macrophages and Accelerates Atherosclerosis 2022-06, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.122.317583 PMID:35477277	研究论文	研究探讨了髓系LXR（肝X受体）缺乏对泡沫巨噬细胞炎症基因表达和动脉粥样硬化的影响	首次揭示了髓系LXR在促进Trem2基因表达程序和抑制动脉粥样硬化斑块中泡沫细胞炎症中的关键作用	NA	探讨LXR在动脉粥样硬化斑块中泡沫细胞的抗炎作用	髓系LXR缺乏对泡沫巨噬细胞和动脉粥样硬化的影响	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	高胆固醇血症小鼠的斑块细胞
14	2024-09-23	Expansion, persistence, and efficacy of donor memory-like NK cells infused for posttransplant relapse 2022-06-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI154334 PMID:35349491	研究论文	研究了供体记忆样NK细胞在移植后复发中的扩展、持久性和疗效	采用细胞因子诱导的记忆样NK细胞（CIML NK细胞）进行治疗，显示出快速扩展和长期持久性	研究样本量较小，需要进一步研究其独特的体内生物学特性和与T细胞及肿瘤目标的相互作用	评估CIML NK细胞在移植后复发中的治疗潜力	移植后复发的骨髓恶性肿瘤患者	NA	血液肿瘤	质谱流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	细胞	6名患者
15	2024-09-23	Molecular Characterization of Membranous Nephropathy 2022-06, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.2021060784 PMID:35477557	研究论文	研究利用机器学习框架预测基于基因表达的膜性肾病诊断，并识别膜性肾病特异性基因模块	首次通过机器学习方法识别膜性肾病的特异性基因表达特征，并发现这些基因在肾小球功能网络中的功能富集	研究仅基于NEPTUNE和ERCB两个队列的数据，样本量有限，可能影响结果的普适性	揭示膜性肾病的分子特征，为疾病分类和靶向治疗提供依据	膜性肾病与其他肾小球疾病的基因表达差异	机器学习	肾病	单细胞测序	机器学习框架	基因表达数据	NEPTUNE和ERCB两个队列的参与者，以及参考肾切除组织的单细胞测序数据
16	2024-09-17	Self-supervised learning of cell type specificity from immunohistochemical images 2022-06-24, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac263 PMID:35758799	研究论文	本文开发了一种从无标签的免疫组化图像中预测蛋白质标记物细胞类型特异性的方法	利用自监督学习目标训练卷积神经网络生成图像嵌入，并通过非线性降维观察模型根据细胞类型和解剖区域对图像进行聚类，无需人工标注图像	NA	改进蛋白质标记物的细胞类型特异性识别	免疫组化图像中的细胞类型特异性	计算机视觉	NA	免疫组化	卷积神经网络	图像	数千个抗体在人体组织中的数据
17	2024-09-17	Salivary gland organoid culture maintains distinct glandular properties of murine and human major salivary glands 2022-06-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-30934-z PMID:35672412	研究论文	本文介绍了在小鼠和人唾液腺类器官培养中维持特定腺体特性的方法	首次建立了长期的小鼠和人类唾液腺类器官培养，并展示了这些类器官在神经递质刺激下保持腺体功能的能力	未提及具体限制	开发一种实验平台，用于探索组织再生和抗癌治疗时代的精准医学	小鼠和人类唾液腺类器官	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因和蛋白质表达数据	小鼠和人类唾液腺细胞
18	2024-09-11	Electrical stimulation of the splenic nerve bundle ameliorates dextran sulfate sodium-induced colitis in mice 2022-Jun-17, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-022-02504-z PMID:35715845	研究论文	研究电刺激脾神经束对小鼠DSS诱导的结肠炎的治疗效果	首次探讨了电刺激脾神经束在炎症性肠病中的治疗价值	研究仅限于小鼠模型，尚未在临床患者中验证	探讨电刺激脾神经束在炎症性肠病中的治疗效果	小鼠DSS诱导的结肠炎	NA	炎症性肠病	RNA测序	NA	RNA	小鼠和人类脾细胞样本
19	2024-09-11	A Dual-Filtration System for Single-Cell Sequencing of Circulating Tumor Cells and Clusters in HCC 2022-06, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1002/hep4.1900 PMID:35068084	研究论文	本文评估了一种双过滤系统在肝细胞癌患者中分离和测序循环肿瘤细胞和细胞团的可行性	开发了一种简单的双过滤系统用于分离和测序肝细胞癌患者的循环肿瘤细胞和细胞团，并发现这些细胞和细胞团的基因表达与患者的预后相关	样本量较小，仅涉及8名患者	评估双过滤系统在肝细胞癌患者中分离和测序循环肿瘤细胞和细胞团的可行性，并探讨其与患者预后的关系	肝细胞癌患者的循环肿瘤细胞和细胞团	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	8名肝细胞癌患者，其中6名患者的循环肿瘤细胞或细胞团可识别，共测序38个循环肿瘤细胞和33个细胞团
20	2024-08-07	Integrated single-cell sequencing and histopathological analyses reveal diverse injury and repair responses in a participant with acute kidney injury: a clinical-molecular-pathologic correlation 2022-06, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2022.03.011 PMID:35339536	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA