单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 245 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2024-08-08 |
Mesenchymal stem cell treatment restores liver macrophages homeostasis to alleviate mouse acute liver injury revealed by single-cell analysis
2022-05, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2022.106229
PMID:35470065
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研究论文 | 本文通过单细胞分析揭示间充质干细胞治疗恢复肝脏巨噬细胞稳态以缓解小鼠急性肝损伤 | 本文利用单细胞RNA测序技术精确区分巨噬细胞群体，并揭示间充质干细胞的免疫调节机制 | NA | 研究间充质干细胞治疗急性肝损伤的机制 | 小鼠急性肝损伤及间充质干细胞的治疗效果 | 数字病理学 | 肝损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | C57BL/6小鼠 |
| 162 | 2024-08-08 |
β-Hydroxybutyrate suppresses colorectal cancer
2022-05, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-04649-6
PMID:35477756
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研究论文 | 本研究通过在小鼠模型中进行饮食筛选，发现酮体β-羟基丁酸（BHB）通过表面受体Hcar2和转录调节因子Hopx抑制结直肠癌的生长 | 首次揭示了BHB通过特定信号通路抑制结直肠癌的机制，并提供了新的预防和治疗策略 | NA | 探索新的结直肠癌预防和治疗策略 | 结直肠癌及其相关代谢物β-羟基丁酸的作用机制 | NA | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 163 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing-Based Characterization of Resident Lung Mesenchymal Stromal Cells in Bronchopulmonary Dysplasia
2022-05-27, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxab023
PMID:35445270
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了正常和氧暴露新生小鼠肺部Ly6a+肺间充质基质细胞（L-MSCs）的表达谱，以探讨其在稳态和损伤后的特性 | 首次详细描述了肺部驻留间充质基质细胞在正常发育和支气管肺发育不良中的再生能力，并提出了Serpinf1作为L-MSCs的新型稳定标记物 | 研究仅限于小鼠模型，且未探讨人类中的相关性 | 旨在表征稳态和损伤后肺部间充质基质细胞的特性 | 肺部驻留间充质基质细胞在正常发育和支气管肺发育不良中的特性 | 数字病理学 | 支气管肺发育不良 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 15,000个Ly6a+ L-MSCs |
| 164 | 2024-08-08 |
GMHCC: high-throughput analysis of biomolecular data using graph-based multiple hierarchical consensus clustering
2022-05-26, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac290
PMID:35451457
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研究论文 | 本文开发了一种基于图的多层次共识聚类方法GMHCC，用于高吞吐量生物分子数据分析 | 提出了基于图的无监督特征排序模型和基于图的链接方法，以探索多类型生物分子数据的多层次信息 | 现有的计算方法常受限于高维度、数据异质性和噪声问题 | 开发新的聚类方法以解决生物分子数据分析中的挑战 | 多类型生物分子数据，包括35个癌症基因表达数据集和8个单细胞RNA-seq数据集 | 生物信息学 | 癌症 | 高吞吐量测序技术 | 基于图的多层次共识聚类（GMHCC） | 基因表达数据、单细胞RNA-seq数据 | 35个癌症基因表达数据集和8个单细胞RNA-seq数据集 |
| 165 | 2024-08-08 |
scSGL: kernelized signed graph learning for single-cell gene regulatory network inference
2022-05-26, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac288
PMID:35451460
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研究论文 | 本文提出了一种新的单细胞基因调控网络推断方法scSGL，该方法基于图信号处理的图学习方法，能够处理单细胞RNA测序数据中的零值和高比例的细胞周期异质性 | scSGL方法能够学习带有符号的图，这是基因调控网络的一个特征，能够同时考虑基因网络中的激活和抑制关系，并通过核方法处理非线性共表达和有效处理高频零值 | NA | 阐明从大型单细胞RNA测序数据集中基因调控网络的拓扑结构，同时有效捕捉其内在的细胞周期异质性和缺失值 | 单细胞基因调控网络 | 计算系统生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图学习方法 | 基因表达数据 | 使用模拟数据集、人类和小鼠胚胎数据集进行性能评估 |
| 166 | 2024-08-08 |
Fibroblastic SMOC2 Suppresses Mechanical Nociception by Inhibiting Coupled Activation of Primary Sensory Neurons
2022-05-18, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.2132-21.2022
PMID:35437277
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研究论文 | 本文研究了成纤维细胞分泌的钙结合蛋白SMOC2在抑制机械痛觉中的作用 | 揭示了成纤维细胞SMOC2通过抑制邻近DRG神经元的耦合激活来抑制机械痛觉的特定作用 | NA | 探讨成纤维细胞分子在痛觉调节中的作用 | 成纤维细胞SMOC2及其在DRG神经元中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 钙成像 | NA | NA | 雌雄小鼠 |
| 167 | 2024-08-08 |
Cilo-seq: highly sensitive cell-in-library-out single-cell transcriptome sequencing with digital microfluidics
2022-05-17, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d2lc00167e
PMID:35439800
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research paper | 本文介绍了一种基于数字微流控技术的高性能单细胞转录组测序平台Cilo-seq | Cilo-seq平台通过特定的界面设计、微小的反应体积、辅助磁场控制和精确的液滴控制，实现了单细胞的高效分离、核酸扩增、低损耗核酸纯化和高质量文库制备 | NA | 开发一种集成化的单细胞转录组测序平台，以提高检测灵敏度、准确性和成本效率 | 单细胞转录组测序 | digital microfluidics | NA | scRNA-seq | NA | transcriptome | 单个细胞 |
| 168 | 2024-08-08 |
scDeconv: an R package to deconvolve bulk DNA methylation data with scRNA-seq data and paired bulk RNA-DNA methylation data
2022-05-13, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac150
PMID:35453146
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研究论文 | 开发了一个名为scDeconv的R包，用于利用scRNA-seq数据和配对的bulk RNA-DNA甲基化数据来解决DNA甲基化数据的参考缺陷问题，并进行跨组学方式的细胞成分解析 | 提出了一种新的方法，通过利用scRNA-seq数据和配对的bulk RNA-DNA甲基化数据来解决DNA甲基化数据的细胞类型特异性参考缺乏问题，并进行细胞成分的解析 | 需要适当的配对数据集来应用该方法，且目前主要针对DNA甲基化数据，未来可能扩展到其他组学数据 | 开发一种新的方法来解决DNA甲基化数据的细胞类型特异性参考缺乏问题，并进行细胞成分的解析 | DNA甲基化数据、scRNA-seq数据和配对的bulk RNA-DNA甲基化数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq, DNA甲基化测序 | 集成模型 | DNA甲基化数据、RNA数据 | 涉及三个测试数据集 |
| 169 | 2024-08-08 |
Multilayered omics reveal sex- and depot-dependent adipose progenitor cell heterogeneity
2022-05-03, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2022.03.012
PMID:35447091
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研究论文 | 本文采用多层组学方法，分析了不同性别和部位的脂肪前体细胞异质性 | 首次全面定义了脂肪前体细胞异质性的分子基础，并结合蛋白质组学和转录组学数据，提供了深入的见解 | NA | 揭示脂肪前体细胞异质性的分子机制 | 成年白色脂肪组织中的间充质基质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、质谱法 | NA | 蛋白质、基因表达数据 | 从雄性和雌性小鼠的腹股沟和盆腔白色脂肪组织中采集的八种不同基质细胞群体 |
| 170 | 2024-08-08 |
Publisher Correction: Museum of spatial transcriptomics
2022-May, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-022-01494-3
PMID:35440782
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 171 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Technology Revealed the Pivotal Role of Fibroblast Heterogeneity in Angiotensin II-Induced Abdominal Aortic Aneurysms
2022-May, DNA and cell biology
IF:2.6Q2
DOI:10.1089/dna.2021.0923
PMID:35451888
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了纤维母细胞异质性在血管紧张素II诱导的腹主动脉瘤中的关键作用 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了纤维母细胞在腹主动脉瘤发展中的重要作用，包括免疫调节和细胞外基质代谢平衡 | NA | 旨在基于单细胞RNA测序技术，揭示血管紧张素II诱导的腹主动脉瘤在小鼠中的细胞异质性、分子改变和功能转变 | 小鼠的腹主动脉组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 超过27,000个细胞 |
| 172 | 2024-08-08 |
Virus-related collapsing glomerulopathy, a common mechanism of injury?
2022-05, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2022.02.009
PMID:35461615
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研究论文 | 本文利用空间转录组技术研究了与HIV感染或SARS-CoV-2相关的塌陷性肾小球病，发现尽管形态相似，但可能具有不同的分子特征 | 首次应用空间转录组技术研究塌陷性肾小球病，揭示了可能存在的不同分子特征 | 由于组织样本不足，传统的转录组研究面临挑战 | 探讨塌陷性肾小球病是否存在共同的损伤机制 | 与HIV感染或SARS-CoV-2相关的塌陷性肾小球病患者 | NA | NA | 空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未提及 |
| 173 | 2024-08-08 |
Spectral clustering of single cells using Siamese nerual network combined with improved affinity matrix
2022-05-13, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac113
PMID:35419595
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研究论文 | 本文提出了一种基于元学习的模型SiaClust，结合Siamese卷积神经网络和改进的谱聚类方法，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型检测 | SiaClust通过比较样本间的相似性来突出细胞类型间的差异，同时模糊细胞类型内的差异，更适合处理高维和不平衡的数据 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型检测的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | CNN | 数据 | 使用九种不同物种和组织的单细胞RNA测序数据进行评估 |
| 174 | 2024-08-08 |
TedSim: temporal dynamics simulation of single-cell RNA sequencing data and cell division history
2022-05-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac235
PMID:35412632
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研究论文 | 本文介绍了TedSim，一个模拟单细胞RNA测序数据和细胞分裂历史的时序动态模拟器 | TedSim能够同时生成每个单细胞的谱系条形码和基因表达数据，连接谱系追踪和轨迹推断两个问题 | 需要开发更好的整合基因表达和条形码数据的方法 | 研究细胞分化中的时序动态 | 单细胞RNA测序数据和细胞分裂历史 | 生物信息学 | NA | CRISPR/Cas9基因编辑 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 175 | 2024-08-08 |
Human pluripotent stem cell-derived kidney organoids for personalized congenital and idiopathic nephrotic syndrome modeling
2022-05-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.200198
PMID:35417019
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研究论文 | 本研究利用人多能干细胞衍生的肾脏类器官模型，模拟先天性和特发性肾病综合征的病理过程 | 通过混合培养协议获得的类器官足细胞在单细胞RNA测序、超分辨率成像和电子显微镜下显示出与成人足细胞相似的特征，优于二维培养的足细胞 | NA | 研究先天性和特发性肾病综合征的病理机制 | 人多能干细胞衍生的肾脏类器官 | 数字病理学 | 肾病综合征 | 单细胞RNA测序, 超分辨率成像, 电子显微镜 | NA | 类器官 | 从携带杂合NPHS2突变的患者细胞中培养的类器官 |
| 176 | 2024-08-08 |
Suppressed COP9 signalosome 5 promotes hemocyte proliferation through Cyclin E in the early G1 phase to defend against bacterial infection in crab
2022-05, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202101710RRRR
PMID:35429011
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研究论文 | 本研究报道了在中华绒螯蟹中，细菌感染诱导血细胞增殖，并通过抑制EsCsn5表达促进细胞周期早期G1阶段的Cyclin E表达，以增强免疫防御 | 首次揭示了EsCsn5在中华绒螯蟹血细胞增殖中的负调控作用，并通过调控Cyclin E的泛素化降解而非转录来影响细胞周期 | 研究主要集中在EsCsn5对血细胞增殖的影响，未涉及其他可能的免疫调控机制 | 探讨细菌感染下中华绒螯蟹血细胞增殖的分子机制 | 中华绒螯蟹的血细胞及EsCsn5和Cyclin E的表达调控 | NA | NA | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及不同组织的中华绒螯蟹样本 |
| 177 | 2024-08-08 |
Integrated analysis of single-cell RNA-seq dataset and bulk RNA-seq dataset constructs a prognostic model for predicting survival in human glioblastoma
2022-05, Brain and behavior
IF:2.6Q3
DOI:10.1002/brb3.2575
PMID:35429411
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研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序数据集和批量RNA测序数据集，构建了一个预测人类胶质母细胞瘤患者生存率的预后模型 | 该研究首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了一个更为精确的预后模型，能够更准确地反映肿瘤核心和周边区域的差异 | NA | 开发一个可靠的模型来预测新胶质母细胞瘤患者的生存概率 | 人类胶质母细胞瘤患者的生存率 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | LASSO Cox惩罚回归分析 | RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据集包含2128个差异表达基因，批量RNA测序数据集包含6461个差异表达基因 |
| 178 | 2024-08-08 |
scGraph: a graph neural network-based approach to automatically identify cell types
2022-05-26, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac199
PMID:35394015
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研究论文 | 本文提出了一种基于图神经网络的自动细胞类型识别算法scGraph，利用基因相互作用关系提高细胞类型识别的性能 | scGraph通过图神经网络整合相互作用基因的信息，自动学习生物数据中的基因相互作用关系，并在细胞类型识别任务中优于八种比较方法 | NA | 开发一种新的算法用于从单细胞RNA测序数据中自动识别细胞类型 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 图神经网络 | 基因表达数据 | 数千个细胞 |
| 179 | 2024-08-08 |
SPCS: a spatial and pattern combined smoothing method for spatial transcriptomic expression
2022-05-13, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac116
PMID:35380614
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研究论文 | 本文介绍了一种新的双因素平滑技术——空间和模式组合平滑（SPCS），该技术利用k-最近邻（kNN）技术结合转录组和空间关系信息，以提高空间转录组表达数据的可解释性 | SPCS方法创新性地结合了转录组空间和模式信息，相较于传统的单因素平滑方法，能更有效地利用空间转录组数据 | NA | 开发一种新的平滑技术以提高空间转录组表达数据的可解释性 | 胰腺导管腺癌（PDAC）、背外侧前额叶皮层（DLPFC）和模拟的高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）数据集 | 空间转录组学 | 胰腺癌、卵巢癌 | 空间转录组学 | k-最近邻（kNN） | 转录组数据 | 多个空间转录组数据集 |
| 180 | 2024-08-08 |
MTD: a unique pipeline for host and meta-transcriptome joint and integrative analyses of RNA-seq data
2022-05-13, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac111
PMID:35380623
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研究论文 | 本文开发了一种名为MTD的软件管道，用于全面协同分析和关联单个样本中的宿主和元转录组，使用批量和单细胞RNA-seq数据 | MTD是首个能够系统性分析宿主-微生物相互作用，同时量化宿主和元转录组的工具，适用于组织和单细胞水平 | NA | 开发一种方便的工具，用于系统性分析宿主-微生物相互作用，同时量化宿主和元转录组 | 宿主和元转录组的联合和综合分析 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | 单个样本 |