单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 245 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2024-08-08 |
Temporal perturbation of histone deacetylase activity reveals a requirement for HDAC1-3 in mesendoderm cell differentiation
2022-05-17, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.110818
PMID:35584683
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研究论文 | 研究评估了锌含HDACs在细胞分化过程中的染色质可及性和转录组动态，并结合化学扰动，以识别HDACs在mesendoderm细胞命运指定中的作用 | 通过单细胞RNA测序分析，揭示了HDAC1和-3与mesendoderm基因程序在退出多能性时的独特关联 | NA | 研究HDACs在mesendoderm细胞分化中的作用 | 人类多能干细胞（hPSC）和鼠类胚胎发育过程中的细胞分化 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及人类多能干细胞和鼠类胚胎的细胞样本 |
| 102 | 2024-08-08 |
Liver Colonization by Colorectal Cancer Metastases Requires YAP-Controlled Plasticity at the Micrometastatic Stage
2022-05-16, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-21-0933
PMID:35570706
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研究论文 | 本文通过分析结直肠癌患者的肝脏标本和实时监测小鼠肝脏中的转移形成，揭示了微小转移灶缺乏癌症干细胞（CSC），而发展成明显转移灶的病变中出现了通过细胞可塑性产生的CSC | 首次揭示了在微小转移阶段，YAP调控的细胞可塑性对于结直肠癌肝转移的形成至关重要 | NA | 深入理解结直肠癌转移过程中的关键步骤，以改进转移的预防和治疗 | 结直肠癌的微小转移灶及其向明显转移灶的转变过程 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 患者肝脏标本和小鼠肝脏 |
| 103 | 2024-08-08 |
Myelodysplastic syndromes are multiclonal diseases derived from hematopoietic stem and progenitor cells
2022-May-16, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-022-00280-3
PMID:35578364
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了骨髓中CD34细胞和六个系细胞的基因突变，以确定骨髓增生异常综合征（MDS）的起源细胞 | 首次通过单细胞分析技术确定MDS的多克隆起源，并区分了克隆性造血（CH）突变和MDS特异性突变 | 研究样本仅包括健康供体和MDS患者，未涵盖其他相关疾病患者 | 确定骨髓增生异常综合征的起源细胞 | 骨髓增生异常综合征（MDS）的起源细胞 | 数字病理学 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因数据 | 健康供体和MDS患者的骨髓中的CD34细胞和六个系细胞 |
| 104 | 2024-08-08 |
Generation and clinical potential of functional T lymphocytes from gene-edited pluripotent stem cells
2022-May-14, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-022-00285-y
PMID:35568954
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研究论文 | 本文探讨了从基因编辑的多能干细胞生成功能性T淋巴细胞的方法及其在临床上的潜在应用 | 引入了三维人工胸腺类器官共培养系统和Runx1/Hoxa9增强的iT淋巴生成技术，以提高T细胞生成的效率 | 目前PSC-to-iT平台面临低效率的传统T细胞亚群指定、有限的功能潜力和大规模应用的限制 | 研究如何从多能干细胞生成精确工程化的治疗性诱导T细胞，并探索其在免疫防御和重建中的应用 | 基因编辑的多能干细胞及其衍生的功能性T细胞 | 细胞生物学 | NA | 基因编辑技术 | 三维人工胸腺类器官共培养系统 | 单细胞转录组数据 | NA |
| 105 | 2024-08-08 |
BSDE: barycenter single-cell differential expression for case-control studies
2022-05-13, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac171
PMID:35561165
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研究论文 | 本文提出了一种名为BSDE的非参数方法，用于在病例对照研究中识别差异表达基因（DEGs），通过使用最优运输来聚合分布并计算其距离，克服了标准混合效应建模方法的限制性参数假设 | BSDE方法通过最优运输技术，有效地聚合单细胞数据中的分布并计算其距离，从而在病例对照研究中准确识别差异表达基因 | NA | 开发一种新的方法来识别病例对照研究中的差异表达基因 | 单细胞测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 非参数方法 | 单细胞测序数据 | 1345和1568个细胞类型特异性差异表达基因分别从肺纤维化和多发性硬化数据集中识别 |
| 106 | 2024-08-08 |
BFF and cellhashR: analysis tools for accurate demultiplexing of cell hashing data
2022-05-13, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac213
PMID:35561167
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研究论文 | 本文介绍了Bimodal Flexible Fitting (BFF)去复用算法BFFcluster和BFFraw，以及一个名为cellhashR的R包，用于准确分类细胞哈希数据中的液滴。 | BFF算法基于条形码计数分布是双峰的唯一不可违背的假设，提供了一种新颖的去复用算法。cellhashR包集成了多种去复用算法，并提供了一键执行和比较的功能。 | NA | 提高细胞哈希方法中去复用算法的准确性，从而改善单细胞测序分析的质量。 | 单细胞测序中的细胞哈希数据去复用算法。 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | BFF算法 | 细胞哈希数据 | 使用两个特征明确的参考数据集进行验证。 |
| 107 | 2024-08-08 |
findPC: An R package to automatically select the number of principal components in single-cell analysis
2022-05-13, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac235
PMID:35561205
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研究论文 | 本文介绍了一个名为findPC的R包，用于自动选择单细胞分析中的主成分数量 | 开发了六种基于肘部方法的自动选择主成分数量的方法，并在实际单细胞RNA测序数据中评估了这些方法的性能 | 肘部方法需要人工视觉检查肘部图并手动选择肘部点 | 解决在单细胞分析中自动选择主成分数量的难题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 主成分分析 | NA | 数据 | 涉及多个人和鼠组织及细胞类型的单细胞RNA测序数据 |
| 108 | 2024-08-08 |
Non-negative Independent Factor Analysis disentangles discrete and continuous sources of variation in scRNA-seq data
2022-05-13, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac136
PMID:35561207
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研究论文 | 本文介绍了一种新的概率性单细胞因子分析模型——非负独立因子分析（NIFA），该模型在一个单一的建模框架中整合了不同的可解释性诱导假设 | NIFA模型能够同时建模单峰和多峰潜在因子，从而将离散的细胞类型身份和连续的通路活性分离到不同的组件中 | NA | 旨在提高单细胞RNA测序数据分析中的生物学可解释性 | 单细胞RNA测序数据中的离散和连续变异源 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负独立因子分析（NIFA） | 单细胞RNA测序数据 | 涉及多个数据集，具体样本数量未详细说明 |
| 109 | 2024-08-08 |
Nuclear oligo hashing improves differential analysis of single-cell RNA-seq
2022-05-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-30309-4
PMID:35562344
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研究论文 | 本文介绍了一种简单且成本效益高的方法，通过固定合成单链DNA寡核苷酸梯度到每个细胞的RNA-seq文库中，来改善单细胞RNA测序中的转录本计数归一化和减去技术变异性，从而提高差异表达分析的准确性。 | 提出了一种新的方法——核寡核苷酸哈希法，用于改善单细胞RNA测序中的差异表达分析，该方法通过固定合成单链DNA寡核苷酸梯度到每个细胞的RNA-seq文库中，有效地归一化转录本计数并减去技术变异性。 | NA | 改善单细胞RNA测序中的差异表达分析，探索化学扰动对基因调控的影响。 | 单细胞RNA测序数据，化学扰动对基因调控的影响。 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 未具体说明样本数量 |
| 110 | 2024-08-08 |
Single-cell landscape of immunocytes in patients with extrahepatic cholangiocarcinoma
2022-05-13, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-022-03424-5
PMID:35562760
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术深入分析了外周胆管癌患者肿瘤组织、瘤旁组织和外周血中的免疫细胞，揭示了肿瘤微环境中免疫细胞的组成和潜在的细胞间相互作用 | 首次详细描述了外周胆管癌中罕见的免疫细胞亚群，如“中间”耗竭的CD8+ T细胞和“非经典”浆细胞，并识别了潜在的免疫治疗靶点 | NA | 揭示外周胆管癌肿瘤微环境中免疫细胞的组成和潜在的细胞间相互作用，为外周胆管癌的免疫学研究和免疫治疗提供新视角 | 外周胆管癌患者的肿瘤组织、瘤旁组织和外周血中的免疫细胞 | 数字病理学 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 13526个细胞 |
| 111 | 2024-08-08 |
Identifying potential regulators of JAGGED1 expression in portal mesenchymal cells
2022-May-13, BMC research notes
IF:1.6Q2
DOI:10.1186/s13104-022-06058-4
PMID:35562782
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研究论文 | 本研究通过综合生物信息学方法，探索了JAGGED1在门脉间充质细胞中的上游调控转录因子 | 首次预测并验证了SLUG、SOX2和EGR1作为JAGGED1的上游转录因子，并强调了SLUG在调控JAGGED1表达中的重要性 | NA | 揭示JAGGED1表达的分子机制及其在肝脏发育中的作用 | 门脉间充质细胞中的JAGGED1表达调控因子 | NA | NA | 生物信息学方法 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 两个先前报道的人类胎儿肝脏单细胞RNA-seq数据集 |
| 112 | 2024-08-08 |
Defining the Skeletal Myogenic Lineage in Human Pluripotent Stem Cell-Derived Teratomas
2022-05-09, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells11091589
PMID:35563894
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研究论文 | 本文研究了从人类多能干细胞衍生的畸胎瘤中定义骨骼肌祖细胞系的过程 | 首次展示了畸胎瘤形成能够从人类多能干细胞中产生骨骼肌祖细胞，并发现了ERBB3和CD82作为有效的表面标记物用于分离骨骼肌祖细胞系 | NA | 探索从人类多能干细胞衍生的畸胎瘤中获取骨骼肌祖细胞的方法 | 人类多能干细胞衍生的畸胎瘤中的骨骼肌祖细胞 | 干细胞生物学 | 骨骼疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 多个不同的骨骼肌祖细胞亚群 |
| 113 | 2024-08-08 |
Revealing the Immune Heterogeneity between Systemic Lupus Erythematosus and Rheumatoid Arthritis Based on Multi-Omics Data Analysis
2022-May-05, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms23095166
PMID:35563556
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研究论文 | 本研究利用计算方法TRUST4从系统性红斑狼疮（SLE）和类风湿性关节炎（RA）患者的批量RNA-seq数据中构建TCR和BCR谱，并分析了两种疾病间免疫谱的克隆性和多样性 | 本研究首次利用计算方法从批量RNA-seq数据中构建TCR和BCR谱，并分析了免疫细胞亚群的比例变化及细胞间通信，为SLE和RA的诊断和治疗提供了新的见解 | 本研究未涵盖每种免疫细胞类型的差异表达基因及免疫细胞群之间的细胞间相互作用 | 揭示系统性红斑狼疮和类风湿性关节炎之间的免疫异质性 | 系统性红斑狼疮（SLE）和类风湿性关节炎（RA）患者的免疫细胞 | 数字病理学 | 自身免疫疾病 | NGS | TRUST4 | RNA-seq数据 | SLE和RA患者的外周血样本 |
| 114 | 2024-08-08 |
Emerging drug targets for triple-negative breast cancer: a guided tour of the preclinical landscape
2022-05, Expert opinion on therapeutic targets
IF:4.6Q1
DOI:10.1080/14728222.2022.2077188
PMID:35574694
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综述 | 本文综述了早期转化研究中发现的针对三阴性乳腺癌（TNBC）的新兴治疗靶点 | 探讨了基于药物性、治疗效能、特异性及在免疫治疗中的应用，重点关注癌细胞膜分子、过度活跃的细胞内信号通路和肿瘤微环境（TME） | 识别和验证TNBC相关靶点面临的主要挑战包括：1) 应用适当的遗传、分子和免疫学方法调节靶点，2) 建立准确代表人类免疫TME的适当小鼠模型，3) TNBC分子异质性，4) 临床前研究结果未能转化为临床实践 | 开发针对TNBC的新型有效靶向治疗 | 三阴性乳腺癌（TNBC）的治疗靶点 | NA | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，II类内含子逆转录酶测序，人源化小鼠模型 | NA | NA | NA |
| 115 | 2024-08-08 |
CD4+ T-cell epitope-based heterologous prime-boost vaccination potentiates anti-tumor immunity and PD-1/PD-L1 immunotherapy
2022-05, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2021-004022
PMID:35580929
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研究论文 | 本文开发了一种基于CD4+ T细胞表位的异源初次加强疫苗策略，旨在有效诱导肿瘤特异性TH1细胞，并评估其抗肿瘤疗效及其增强PD-1/PD-L1免疫疗法的能力。 | 首次研究了针对MHC-II限制性CD4+ T细胞表位的疫苗策略，以诱导肿瘤特异性TH1反应，并探讨其有效抑制肿瘤生长的能力。 | NA | 开发一种新的疫苗策略，通过诱导肿瘤特异性TH1细胞来增强抗肿瘤免疫，并评估其与PD-1/PD-L1免疫疗法的协同作用。 | 基于CD4+ T细胞表位的异源初次加强疫苗策略在黑色素瘤和结直肠腺癌模型中的抗肿瘤效果。 | 免疫学 | 黑色素瘤, 结直肠腺癌 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序 | NA | 细胞 | 使用小鼠模型进行实验 |
| 116 | 2024-08-08 |
Mitoribosomal defects aggravate liver cancer via aberrant glycolytic flux and T cell exhaustion
2022-05, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2021-004337
PMID:35580931
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研究论文 | 研究探讨了线粒体核糖体功能障碍通过异常的糖酵解通量和T细胞耗竭加剧肝癌的机制 | 首次揭示了肝细胞特异性线粒体核糖体功能障碍对肝癌进展的影响，并阐明了其通过促进糖酵解通量和乳酸合成导致T细胞耗竭的机制 | 研究主要基于小鼠模型和TCGA数据集，可能需要进一步的人体临床研究来验证这些发现 | 探究线粒体核糖体功能障碍在肝细胞癌中的作用及其对免疫代谢特征的影响 | 线粒体核糖体蛋白与肝细胞癌的关系 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | NA | 转录组数据 | 使用了来自HCC患者和小鼠模型的肝脏组织样本，以及TCGA数据集 |
| 117 | 2024-08-08 |
Lineage tracing reveals the phylodynamics, plasticity, and paths of tumor evolution
2022-05-26, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2022.04.015
PMID:35523183
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研究论文 | 本研究通过引入一个具有单细胞RNA测序读出的进化谱系追踪系统，在Kras;Trp53(KP)驱动的肺腺癌小鼠模型中，以空前的分辨率追踪了从单个转化细胞到转移性肿瘤的肿瘤进化过程。 | 研究首次在单细胞水平上追踪了肿瘤从初始稳定状态到转移性亚克隆的进化过程，揭示了肿瘤进化的层次性质和可塑性的变化。 | 研究主要集中在小鼠模型上，其结果在人类肿瘤中的适用性需要进一步验证。 | 揭示肿瘤进化的动态过程和可塑性，以及肿瘤发展的典型进化轨迹。 | Kras;Trp53(KP)驱动的肺腺癌小鼠模型中的肿瘤细胞。 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及从小鼠模型中获得的多个肿瘤样本 |
| 118 | 2024-08-08 |
scIMC: a platform for benchmarking comparison and visualization analysis of scRNA-seq data imputation methods
2022-05-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac317
PMID:35524568
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研究论文 | 本文介绍了scIMC平台，用于比较和可视化分析scRNA-seq数据插补方法 | 开发了首个集成所有先进插补方法的在线平台scIMC，用于基准比较和可视化分析 | NA | 全面评估和比较现有的scRNA-seq数据插补方法 | scRNA-seq数据插补方法的性能 | 单细胞测序 | NA | scRNA-seq | 深度学习模型 | scRNA-seq数据 | 六个模拟数据集和两个真实数据集 |
| 119 | 2024-08-08 |
Single-cell sequencing: a promising approach for uncovering the mechanisms of tumor metastasis
2022-05-12, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-022-01280-w
PMID:35549970
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在肿瘤转移机制研究和治疗策略开发中的应用 | 单细胞测序技术结合人工智能用于液体活检中循环肿瘤细胞的识别，为肿瘤转移治疗提供了新策略 | 讨论了单细胞测序技术的前景和局限性，为寻找治疗靶点和转移机制提供了理论基础 | 探索肿瘤转移机制和开发治疗策略 | 肿瘤转移相关的恶性生物特征、细胞图谱构建、治疗靶点识别 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞测序（SCS） | NA | 基因组学、转录组学和表观遗传学数据 | 单个细胞级别 |
| 120 | 2024-08-08 |
Variant calling from scRNA-seq data allows the assessment of cellular identity in patient-derived cell lines
2022-05-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-30230-w
PMID:35551450
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |