单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-08-05	MAIT cells accumulate in ovarian cancer-elicited ascites where they retain their capacity to respond to MR1 ligands and cytokine cues 2022-May, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-021-03118-9 PMID:34854949	研究论文	本研究探讨了卵巢癌引起的腹水中MAIT细胞的特征及其免疫功能	揭示了MAIT细胞在卵巢癌腹水中的功能，及其在肿瘤进展中的作用	样本量相对较小，且仅展示了功能标志而未进行深入机制研究	研究MAIT细胞在卵巢癌中的积累及其免疫反应能力	主要研究了卵巢癌患者及小鼠模型中的MAIT细胞	免疫学	卵巢癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	生物样本	23名卵巢癌患者的腹水样本
42	2024-08-07	MAIT and Vδ2 unconventional T cells are supported by a diverse intestinal microbiome and correlate with favorable patient outcome after allogeneic HCT 2022-05-25, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abj2829 PMID:35613281	研究论文	研究了异基因造血细胞移植后肠道微生物多样性与MAIT和Vδ2非传统T细胞数量增加及患者良好预后之间的关系	首次揭示了肠道微生物多样性与MAIT和Vδ2细胞数量增加及患者预后改善之间的免疫学联系	研究样本量有限，需要进一步的大规模研究验证	探讨异基因造血细胞移植后肠道微生物多样性对患者免疫细胞和预后的影响	异基因造血细胞移植后的患者及其肠道微生物和免疫细胞	免疫学	血液疾病	单细胞转录组学和流式细胞术	NA	细胞	174名接受异基因造血细胞移植的患者
43	2024-08-07	LRcell: detecting the source of differential expression at the sub-cell-type level from bulk RNA-seq data 2022-05-13, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac063 PMID:35272348	研究论文	本文介绍了一种名为LRcell的计算方法，用于从批量RNA-seq数据中识别导致差异表达的具体（亚）细胞类型	LRcell方法通过预嵌入的标记基因和模拟研究，有效识别了与精神疾病相关的已知细胞类型	LRcell主要依赖于批量RNA-seq数据，未涉及单细胞RNA测序技术	旨在解决批量RNA-seq分析中未解决的问题，即识别差异表达发生的具体（亚）细胞类型	批量RNA-seq数据中的（亚）细胞类型	生物信息学	精神疾病	RNA-seq	计算方法	RNA-seq数据	使用了三个不同的真实数据集
44	2024-08-07	Electrical responses from human retinal cone pathways associate with a common genetic polymorphism implicated in myopia 2022-05-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2119675119 PMID:35594404	研究论文	本文研究了人类视网膜锥体通路的电反应与近视相关的常见遗传多态性之间的关系	首次探讨了GJD2基因位点的遗传多态性与视网膜电图（ERG）参数之间的关联，特别是在光适应状态下锥体驱动的反应	研究样本仅限于186名成年双胞胎志愿者，可能限制了结果的普遍性	探讨近视相关的遗传多态性与视网膜电反应之间的关系	视网膜锥体通路的电反应与GJD2基因位点的遗传多态性	NA	近视	视网膜电图（ERG）	混合线性模型	电生理数据	186名成年双胞胎志愿者
45	2024-08-07	Single-cell immune profiling reveals a developmentally distinct CD4+ GM-CSF+ T-cell lineage that induces GI tract GVHD 2022-05-10, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2021006084 PMID:35015822	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序分析（scRNAseq）揭示了在移植物抗宿主病（GVHD）中出现的两种CD4+ GM-CSF+ T细胞群体，它们根据是否共表达干扰素-γ（IFN-γ）而区分	本研究首次识别出一种在GVHD中出现的独特的CD4+ GM-CSF+ IFN-γ- T细胞亚群，该亚群具有独特的转录组特征和T细胞受体库	NA	揭示在GVHD中CD4+ GM-CSF+ T细胞的异质性，并定义一种独特的T辅助细胞亚型	CD4+ GM-CSF+ T细胞在GVHD中的作用和特性	免疫学	移植物抗宿主病	单细胞RNA测序分析（scRNAseq）	NA	转录组数据	NA
46	2024-08-07	SpotClean adjusts for spot swapping in spatial transcriptomics data 2022-05-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-30587-y PMID:35624112	研究论文	本文提出了一种名为SpotClean的概率模型，用于调整空间转录组学数据中的点交换伪影，以提供更准确的基因特异性UMI计数估计	SpotClean模型能够显著改善标记基因分析和聚类效果，特别是在组织区域不易分离的情况下	NA	提高空间转录组学实验中下游分析的效力和精度	空间转录组学数据中的点交换伪影	分子医学	癌症	空间转录组学	概率模型	转录组数据	数千个点
47	2024-08-07	Workflow Optimization for Identification of Female Germline or Oogonial Stem Cells in Human Ovarian Cortex Using Single-Cell RNA Sequence Analysis 2022-05-27, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxac015 PMID:35263439	研究论文	本文通过优化单细胞RNA测序分析的工作流程参数，在成人人类卵巢皮质组织中识别出具有OSCs基因表达特征的稀有生殖系细胞，并探讨了PVCs与生殖细胞的区分问题	通过优化分析工作流程参数，成功在成人人类卵巢皮质组织中识别出具有OSCs特征的稀有生殖系细胞，并揭示了PVCs与生殖细胞在scRNA-seq中的不同基因表达模式	NA	优化单细胞RNA测序分析流程，以准确识别成人人类卵巢皮质组织中的女性生殖系或卵原干细胞	成人人类卵巢皮质组织中的女性生殖系或卵原干细胞	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序分析（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	成人人类卵巢皮质组织样本
48	2024-08-07	Cross-tissue immune cell analysis reveals tissue-specific features in humans 2022-05-13, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abl5197 PMID:35549406	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和VDJ测序技术，分析了来自12名成年捐赠者的16种组织的免疫细胞，揭示了组织特异性特征	开发了CellTypist工具，用于快速精确的细胞类型注释，并发现了先前未被重视的组织特异性特征和T细胞及B细胞的克隆结构	NA	揭示人体组织中免疫细胞的组织特异性特征	16种组织的免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序, VDJ测序	机器学习	细胞数据	约360,000个细胞
49	2024-08-07	Müller Glial Expression of REDD1 Is Required for Retinal Neurodegeneration and Visual Dysfunction in Diabetic Mice 2022-05-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db21-0853 PMID:35167652	研究论文	研究探讨了REDD1蛋白在糖尿病小鼠视网膜病变中的作用，特别是在Müller胶质细胞中的表达。	首次揭示了Müller胶质细胞中REDD1的表达对糖尿病引起的视网膜病变、神经退行性和视觉功能障碍的关键作用。	研究仅限于小鼠模型，需要进一步的人体研究来验证这些发现。	探究REDD1在糖尿病视网膜病变中的作用及其机制。	糖尿病小鼠的视网膜和人类Müller细胞在高糖条件下的反应。	NA	糖尿病	单细胞测序	NA	蛋白质表达数据	包括糖尿病控制小鼠和REDD1-mgKO小鼠的视网膜样本，以及暴露于高糖条件下的人类Müller细胞培养物。
50	2024-08-07	Trophoblast Cell Subtypes and Dysfunction in the Placenta of Individuals with Preeclampsia Revealed by Single‑Cell RNA Sequencing 2022-May-31, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.14348/molcells.2021.0211 PMID:35289305	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了先兆子痫患者胎盘中滋养层细胞亚型及其功能异常的转录组变化	首次在单细胞水平上比较了健康对照组和先兆子痫组胎盘中滋养层细胞的转录组差异，并分析了相关的转录因子调控网络	研究主要集中在转录组水平，未涉及蛋白质水平或其他层面的功能验证	探究先兆子痫患者胎盘中滋养层细胞亚型的特异性转录组变化及其功能	胎盘组织中的滋养层细胞和免疫细胞	数字病理学	妊娠疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	29,006个细胞，包括11种细胞类型
51	2024-08-07	Gene Expression Profiling of the Habenula in Rats Exposed to Chronic Restraint Stress 2022-May-31, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.14348/molcells.2022.2257 PMID:35534192	研究论文	本研究通过基因组范围的基因表达分析，研究了暴露于慢性束缚应激下的大鼠缰核的转录组变化	本研究首次识别了379个受慢性应激影响的差异表达基因（DEGs），并分析了这些基因在神经活性配体-受体相互作用、cAMP信号通路、昼夜节律同步和突触信号传导中的富集情况	NA	探讨慢性应激对大鼠缰核基因表达的影响及其在抑郁症发病机制中的作用	大鼠缰核的基因表达	神经科学	抑郁症	基因表达分析	NA	基因表达数据	14天慢性束缚应激暴露的大鼠缰核样本
52	2024-08-07	Adversarial domain translation networks for integrating large-scale atlas-level single-cell datasets 2022-May, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-022-00251-y PMID:38177826	研究论文	本文介绍了一种名为Portal的统一框架，利用对抗域翻译网络来学习大规模图谱级别单细胞RNA-seq数据集的协调表示	Portal框架在集成过程中能更好地保留生物变异，且在低内存消耗下快速集成数百万个细胞	NA	开发一种能够有效集成和协调大规模单细胞RNA-seq数据集的方法	大规模图谱级别的单细胞RNA-seq数据集	机器学习	NA	单细胞RNA测序	对抗域翻译网络	单细胞RNA-seq数据	数百万个细胞
53	2024-08-07	Single-cell Characterization of the Cellular Landscape of Acral Melanoma Identifies Novel Targets for Immunotherapy 2022-05-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-21-3145 PMID:35247927	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了肢端黑色素瘤的转录组景观，并识别了新的免疫治疗靶点	首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了肢端黑色素瘤的细胞类型和免疫景观，并发现了多个可用于治疗的免疫检查点	研究样本数量有限，仅包括九个临床样本（五个原发，四个转移）	旨在通过单细胞RNA测序技术揭示肢端黑色素瘤的细胞景观，并发现新的免疫治疗靶点	肢端黑色素瘤的细胞类型和免疫景观	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	九个临床样本（五个原发，四个转移）
54	2024-08-07	Pan-cancer analysis reveals RIPK2 predicts prognosis and promotes immune therapy resistance via triggering cytotoxic T lymphocytes dysfunction 2022-05-04, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-022-00475-8 PMID:35508972	研究论文	本研究探讨了RIPK2在33种癌症中的表达、基因改变情况及其对预后和免疫治疗反应的影响	首次阐明了RIPK2在多种癌症中的预后价值及其通过触发细胞毒性T淋巴细胞功能障碍促进免疫治疗抵抗的作用	NA	研究RIPK2在人类泛癌中的预后作用及对免疫治疗反应的影响	RIPK2在33种癌症中的表达、基因改变情况及其对预后和免疫治疗反应的影响	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	33种癌症的数据
55	2024-08-07	Calcium channel blockers potentiate gemcitabine chemotherapy in pancreatic cancer 2022-05-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2200143119 PMID:35476525	研究论文	本研究探索了钙通道阻滞剂增强吉西他滨化疗在胰腺癌中的效果	通过单细胞RNA测序和高通量蛋白质组分析，发现钙/钙调蛋白信号通路在吉西他滨耐药肿瘤细胞中的富集，并证实钙通道阻滞剂能抑制生存促进的ERK信号传导，增强吉西他滨的治疗反应	NA	寻找新的策略来预防、延迟或克服吉西他滨的耐药性	胰腺导管腺癌（PDAC）中的吉西他滨耐药性	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序，高通量蛋白质组分析	NA	RNA，蛋白质	NA
56	2024-08-07	SARS-CoV-2 antigen exposure history shapes phenotypes and specificity of memory CD8+ T cells 2022-05, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-022-01184-4 PMID:35383307	研究论文	本研究利用主要组织相容性复合体多聚体和单细胞RNA测序技术，分析了不同抗原暴露次数（包括疫苗接种、初次感染和突破性感染）对SARS-CoV-2反应性T细胞的影响。	研究发现，抗原暴露顺序影响Spike特异性和非Spike特异性T细胞的分布，且突破性感染能多样化T细胞记忆库。	NA	探讨重复暴露于SARS-CoV-2抗原对记忆T细胞的影响。	SARS-CoV-2反应性T细胞。	免疫学	冠状病毒病2019	主要组织相容性复合体多聚体，单细胞RNA测序	NA	T细胞受体序列	超过4,000个表位特异性T细胞抗原受体序列
57	2024-08-07	Development and validation of prognostic and diagnostic model for pancreatic ductal adenocarcinoma based on scRNA-seq and bulk-seq datasets 2022-05-19, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddab343 PMID:34957503	研究论文	本文开发并验证了一种基于单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量测序数据集的胰腺导管腺癌（PDAC）预后和诊断模型	本文通过比较肿瘤细胞和正常导管细胞的差异表达基因（DEGs），利用多变量Cox或逻辑回归分析构建了预后和诊断模型，并开发了一种易于使用的诺模图来预测PDAC的2年和3年总体生存率	NA	开发和验证胰腺导管腺癌的预后和诊断模型	胰腺导管腺癌（PDAC）及其预后和诊断	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Cox回归模型，逻辑回归模型	基因-细胞矩阵	从GSA数据库下载的scRNA-seq分析的原始基因-细胞矩阵数据
58	2024-08-08	Retraction notice to "Parallel bimodal single-cell sequencing of transcriptome and methylome provides molecular and translational insights on oocyte maturation and maternal aging" [Genomics, 114/3 (2022) 110379] 2022-05, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2022.110541 PMID:36528977	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
59	2024-08-08	Where Are They Now: Spatial and Molecular Diversity of Tissue-Resident Macrophages in the Kidney 2022-05, Seminars in nephrology IF:2.8Q2 DOI:10.1016/j.semnephrol.2022.10.002 PMID:36435683	研究论文	本文探讨了肾脏组织驻留巨噬细胞（KRMs）的空间和分子多样性及其在肾脏疾病中的作用	利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，识别了KRMs的不同亚群，这些亚群在分子、功能和空间上具有独特性，并能在肾脏损伤后动态变化	NA	旨在理解KRMs亚群的多样性，以开发治疗肾脏疾病和促进肾脏健康的新疗法	肾脏组织驻留巨噬细胞（KRMs）及其在肾脏疾病中的作用	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	分子数据	具体样本数量未在摘要中提及
60	2024-08-08	Human obstructive (postvasectomy) and nonobstructive azoospermia - Insights from scRNA-Seq and transcriptome analysis 2022-May, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2020.09.004 PMID:35782978	研究论文	通过单细胞RNA测序分析阻塞性和非阻塞性无精症患者的睾丸活检样本，探索其分子基础和转录调控机制	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了阻塞性和非阻塞性无精症患者的转录组变化，特别是在Sertoli细胞和生殖细胞的相互作用方面的发现	研究样本量较小，仅包括两名患者，可能影响结果的普遍性	揭示无精症的分子病因和转录调控机制	阻塞性和非阻塞性无精症患者的睾丸组织	数字病理学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	两名患者