单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 246 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-08-29 |
Intrahepatic inflammatory IgA+PD-L1high monocytes in hepatocellular carcinoma development and immunotherapy
2022-05, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2021-003618
PMID:35577505
|
研究论文 | 本研究探讨了炎症诱导的肝内炎症性IgA+单核细胞在肝细胞癌（HCC）发展中的作用 | 发现血清IgA水平与慢性肝病和HCC中的肝内及肿瘤内炎症性IgA+PD-L1高表达单核细胞浸润相关，为潜在的治疗靶点提供了依据 | NA | 阐明炎症诱导的肝内炎症性IgA+单核细胞在肝细胞癌发展中的作用 | 肝细胞癌患者及其肝内炎症性IgA+单核细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 免疫组织化学、多色流式细胞术、单细胞RNA测序、RNA测序 | NA | 组织样本、血液样本 | 包括61例脂肪性肝炎患者和271例HCC患者 | NA | NA | NA | NA |
| 42 | 2024-08-29 |
Single-Cell RNA-seq Reveals a Developmental Hierarchy Super-Imposed Over Subclonal Evolution in the Cellular Ecosystem of Prostate Cancer
2022-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202105530
PMID:35322584
|
研究论文 | 研究者通过单细胞RNA测序技术分析了14名未经治疗的前列腺癌患者的细胞，构建了一个详细的前列腺癌细胞图谱，并揭示了肿瘤亚克隆进化与转录异质性之间的关系 | 首次将发育层次结构映射到肿瘤亚克隆进化上，并识别了四种转录亚型，这些亚型在干细胞样和分化状态中呈层次结构 | 研究仅限于14名未经治疗的前列腺癌患者，可能需要进一步扩大样本量以验证结果的普遍性 | 探讨前列腺癌中亚克隆进化与转录异质性之间的关系及其对患者预后的影响 | 前列腺癌患者的肿瘤细胞及其亚克隆和转录异质性 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 14名未经治疗的前列腺癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 43 | 2024-08-28 |
Modeling zero inflation is not necessary for spatial transcriptomics
2022-05-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02684-0
PMID:35585605
|
研究论文 | 本文对20个来自11种不同技术的空间转录组数据集进行了综合分析，以表征表达计数数据的分布特性并理解零值的统计本质 | 研究表明，在空间转录组学中，大量的零值并非由于零膨胀，支持使用不含零膨胀成分的计数模型 | NA | 探究空间转录组学数据中零值的来源及其统计特性 | 20个空间转录组数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 泊松模型和负二项模型 | 基因表达数据 | 20个数据集，来自11种不同技术 | NA | NA | NA | NA |
| 44 | 2024-08-28 |
Human liver single nucleus and single cell RNA sequencing identify a hepatocellular carcinoma-associated cell-type affecting survival
2022-05-17, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01055-5
PMID:35581624
|
研究论文 | 本文通过整合肝脏单核（snRNA-seq）、单细胞（scRNA-seq）和批量RNA测序（RNA-seq）数据，识别出与肝细胞癌（HCC）相关的细胞类型，该细胞类型影响患者的生存率 | 本文首次通过整合多组学数据，发现了一种与HCC相关的增殖细胞类型（Prol），并揭示了其与TP53和RB1体细胞突变的关联 | NA | 旨在识别影响肝细胞癌患者生存率的特定细胞类型 | 肝细胞癌（HCC）及其相关细胞类型 | 数字病理学 | 肝癌 | 单核RNA测序（snRNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA序列数据 | 健康肝脏队列（9个非HCC样本）、HCC队列（1个非HCC，14个HCC肿瘤，14个邻近非肿瘤样本）、另一个HCC队列（3个HCC肿瘤，3个邻近非肿瘤样本）、TCGA多中心队列（361个HCC肿瘤，49个邻近非肿瘤组织）、LCI队列（221个HCC，209个邻近非肿瘤肝脏微阵列样本） | NA | NA | NA | NA |
| 45 | 2024-08-28 |
Single-cell profiling of human dura and meningioma reveals cellular meningeal landscape and insights into meningioma immune response
2022-05-10, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01051-9
PMID:35534852
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术首次对非肿瘤相关的人类硬脑膜和原发性脑膜瘤样本进行了表征 | 揭示了人类硬脑膜中复杂的免疫微环境，并展示了与脑膜瘤不同的转录特征，同时描述了非免疫细胞（如内皮细胞和成纤维细胞）的功能多样性和异质性 | 研究主要基于单细胞RNA测序技术，可能无法全面反映所有细胞类型的功能和相互作用 | 探究人类硬脑膜和脑膜瘤的免疫和非免疫细胞景观，并提供新的见解 | 非肿瘤相关的人类硬脑膜和原发性脑膜瘤样本 | 数字病理学 | 脑膜瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 7个非肿瘤相关的人类硬脑膜样本和6个原发性脑膜瘤肿瘤样本（4个匹配和2个非匹配） | NA | NA | NA | NA |
| 46 | 2024-08-28 |
Benchmarking of a Bayesian single cell RNAseq differential gene expression test for dose-response study designs
2022-05-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac019
PMID:35061903
|
研究论文 | 本文提出了一种多重校正的贝叶斯测试方法，用于剂量反应设计的单细胞RNA测序差异基因表达分析，并与其他八种方法进行了比较 | 本文提出的贝叶斯测试方法在广泛的准确性指标上优于所有其他测试方法，特别是在控制假阳性错误率方面 | NA | 评估和比较不同差异基因表达分析方法在剂量反应单细胞RNA测序实验中的性能 | 单细胞RNA测序数据在药物和毒理学反应中的应用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯测试方法 | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 47 | 2024-08-28 |
scMAGIC: accurately annotating single cells using two rounds of reference-based classification
2022-05-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab1275
PMID:34986249
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scMAGIC的新方法，该方法通过两轮基于参考的分类来准确注释单细胞 | scMAGIC引入了第二轮基于参考的分类，使用第一轮中自信验证的查询细胞作为新参考，从而消除参考数据和查询数据之间的批次效应 | NA | 开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据的注释准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 基于参考的分类 | RNA测序数据 | 涉及86个基准测试 | NA | NA | NA | NA |
| 48 | 2024-08-28 |
Characterization of cell-cell communication in autistic brains with single-cell transcriptomes
2022-05-02, Journal of neurodevelopmental disorders
IF:4.1Q2
DOI:10.1186/s11689-022-09441-1
PMID:35501678
|
研究论文 | 本研究利用单细胞转录组技术分析自闭症患者大脑中的细胞间通讯 | 采用先进的计算和模式识别方法分析单细胞RNA测序数据，推断和比较自闭症大脑与对照组之间的细胞类型间信号通讯 | 研究结果显示的变化幅度中等，且并非所有细胞间信号通路中的基因都显示出差异表达 | 揭示自闭症大脑中潜在的细胞间信号通路中断情况 | 自闭症患者大脑中的细胞间通讯 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 49 | 2024-08-27 |
Spatial transcriptomics and the kidney
2022-05-01, Current opinion in nephrology and hypertension
IF:2.2Q2
DOI:10.1097/MNH.0000000000000781
PMID:35125393
|
综述 | 本文综述了空间转录组技术在肾脏组织研究中的应用及其在肾脏疾病中的最新进展 | 空间转录组技术能够定位整个转录组mRNA表达，将mRNA与组织学相关联，测量肾脏中随时间变化的表达变化，甚至定位亚细胞水平的转录本 | 需要进一步努力将整个转录组和亚细胞表达特征整合到个体化评估人类肾脏疾病中 | 探讨空间转录组技术在肾脏疾病研究中的应用及其潜力 | 肾脏组织及其细胞类型和结构 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 50 | 2024-08-05 |
Drug-Induced Hypersensitivity Syndrome (DIHS)/Drug Reaction With Eosinophilia and Systemic Symptoms (DRESS): Clinical Features and Pathogenesis
2022-05, The journal of allergy and clinical immunology. In practice
DOI:10.1016/j.jaip.2022.02.004
PMID:35176506
|
研究论文 | 本研究讨论了药物诱导超敏反应综合征（DIHS）/药物反应伴嗜酸性粒细胞增多和全身症状（DRESS）的临床特征和发病机制 | 研究揭示了DIHS/DRESS与特定HLA等位基因的强关联，为预防和早期诊断提供了新思路 | 未涉及更广泛的药物反应机制和长期随访影响 | 探讨DIHS/DRESS的临床特征及其发病机制 | 讨论DIHS/DRESS与药物及HLA等位基因的关系 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 51 | 2024-08-05 |
Endothelial Phospholipase Cγ2 Improves Outcomes of Diabetic Ischemic Limb Rescue Following VEGF Therapy
2022-05-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db21-0830
PMID:35192691
|
研究论文 | 本文研究了内皮磷脂酶Cγ2在糖尿病缺血肢体救助中的作用，并探讨了其与VEGF疗法的关系 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了糖尿病皮肤中PLCγ2的下调及其对VEGF疗法的影响 | 华尔街文献中未提及样本的长期效果及临床适用性 | 旨在改善VEGF疗法对于糖尿病缺血肢体的疗效 | 研究对象为糖尿病小鼠模型的内皮细胞 | 数字病理学 | 糖尿病缺血 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 共分析36,487个细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 52 | 2024-08-05 |
Single-cell deletion analyses show control of pro-T cell developmental speed and pathways by Tcf7, Spi1, Gata3, Bcl11a, Erg, and Bcl11b
2022-05-20, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abm1920
PMID:35594339
|
研究论文 | 该文章研究了个别转录因子在早期T细胞发育中的控制作用。 | 揭示了在T细胞承诺前期，不同转录因子之间的动态平衡和意外指导性作用。 | 该研究主要集中在单细胞分析，可能无法全面反映在整体细胞群体中的复杂交互。 | 探讨转录因子如何在早期T细胞发育过程中控制发育速度和选择路径。 | 研究对象为早期T细胞前体及其转录因子的功能。 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序，CRISPR基因破坏 | NA | 基因表达数据 | 使用多个单细胞样本进行分析 | NA | NA | NA | NA |
| 53 | 2024-08-05 |
MAIT cells accumulate in ovarian cancer-elicited ascites where they retain their capacity to respond to MR1 ligands and cytokine cues
2022-May, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-021-03118-9
PMID:34854949
|
研究论文 | 本研究探讨了卵巢癌引起的腹水中MAIT细胞的特征及其免疫功能 | 揭示了MAIT细胞在卵巢癌腹水中的功能，及其在肿瘤进展中的作用 | 样本量相对较小，且仅展示了功能标志而未进行深入机制研究 | 研究MAIT细胞在卵巢癌中的积累及其免疫反应能力 | 主要研究了卵巢癌患者及小鼠模型中的MAIT细胞 | 免疫学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 生物样本 | 23名卵巢癌患者的腹水样本 | NA | NA | NA | NA |
| 54 | 2024-08-07 |
MAIT and Vδ2 unconventional T cells are supported by a diverse intestinal microbiome and correlate with favorable patient outcome after allogeneic HCT
2022-05-25, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abj2829
PMID:35613281
|
研究论文 | 研究了异基因造血细胞移植后肠道微生物多样性与MAIT和Vδ2非传统T细胞数量增加及患者良好预后之间的关系 | 首次揭示了肠道微生物多样性与MAIT和Vδ2细胞数量增加及患者预后改善之间的免疫学联系 | 研究样本量有限，需要进一步的大规模研究验证 | 探讨异基因造血细胞移植后肠道微生物多样性对患者免疫细胞和预后的影响 | 异基因造血细胞移植后的患者及其肠道微生物和免疫细胞 | 免疫学 | 血液疾病 | 单细胞转录组学和流式细胞术 | NA | 细胞 | 174名接受异基因造血细胞移植的患者 | NA | NA | NA | NA |
| 55 | 2024-08-07 |
LRcell: detecting the source of differential expression at the sub-cell-type level from bulk RNA-seq data
2022-05-13, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac063
PMID:35272348
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为LRcell的计算方法，用于从批量RNA-seq数据中识别导致差异表达的具体（亚）细胞类型 | LRcell方法通过预嵌入的标记基因和模拟研究，有效识别了与精神疾病相关的已知细胞类型 | LRcell主要依赖于批量RNA-seq数据，未涉及单细胞RNA测序技术 | 旨在解决批量RNA-seq分析中未解决的问题，即识别差异表达发生的具体（亚）细胞类型 | 批量RNA-seq数据中的（亚）细胞类型 | 生物信息学 | 精神疾病 | RNA-seq | 计算方法 | RNA-seq数据 | 使用了三个不同的真实数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 56 | 2024-08-07 |
Single-cell immune profiling reveals a developmentally distinct CD4+ GM-CSF+ T-cell lineage that induces GI tract GVHD
2022-05-10, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2021006084
PMID:35015822
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序分析（scRNAseq）揭示了在移植物抗宿主病（GVHD）中出现的两种CD4+ GM-CSF+ T细胞群体，它们根据是否共表达干扰素-γ（IFN-γ）而区分 | 本研究首次识别出一种在GVHD中出现的独特的CD4+ GM-CSF+ IFN-γ- T细胞亚群，该亚群具有独特的转录组特征和T细胞受体库 | NA | 揭示在GVHD中CD4+ GM-CSF+ T细胞的异质性，并定义一种独特的T辅助细胞亚型 | CD4+ GM-CSF+ T细胞在GVHD中的作用和特性 | 免疫学 | 移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序分析（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 57 | 2024-08-07 |
SpotClean adjusts for spot swapping in spatial transcriptomics data
2022-05-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-30587-y
PMID:35624112
|
研究论文 | 本文提出了一种名为SpotClean的概率模型，用于调整空间转录组学数据中的点交换伪影，以提供更准确的基因特异性UMI计数估计 | SpotClean模型能够显著改善标记基因分析和聚类效果，特别是在组织区域不易分离的情况下 | NA | 提高空间转录组学实验中下游分析的效力和精度 | 空间转录组学数据中的点交换伪影 | 分子医学 | 癌症 | 空间转录组学 | 概率模型 | 转录组数据 | 数千个点 | NA | NA | NA | NA |
| 58 | 2024-08-07 |
Müller Glial Expression of REDD1 Is Required for Retinal Neurodegeneration and Visual Dysfunction in Diabetic Mice
2022-05-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db21-0853
PMID:35167652
|
研究论文 | 研究探讨了REDD1蛋白在糖尿病小鼠视网膜病变中的作用，特别是在Müller胶质细胞中的表达。 | 首次揭示了Müller胶质细胞中REDD1的表达对糖尿病引起的视网膜病变、神经退行性和视觉功能障碍的关键作用。 | 研究仅限于小鼠模型，需要进一步的人体研究来验证这些发现。 | 探究REDD1在糖尿病视网膜病变中的作用及其机制。 | 糖尿病小鼠的视网膜和人类Müller细胞在高糖条件下的反应。 | NA | 糖尿病 | 单细胞测序 | NA | 蛋白质表达数据 | 包括糖尿病控制小鼠和REDD1-mgKO小鼠的视网膜样本，以及暴露于高糖条件下的人类Müller细胞培养物。 | NA | NA | NA | NA |
| 59 | 2024-08-07 |
Trophoblast Cell Subtypes and Dysfunction in the Placenta of Individuals with Preeclampsia Revealed by Single‑Cell RNA Sequencing
2022-May-31, Molecules and cells
IF:3.7Q2
DOI:10.14348/molcells.2021.0211
PMID:35289305
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了先兆子痫患者胎盘中滋养层细胞亚型及其功能异常的转录组变化 | 首次在单细胞水平上比较了健康对照组和先兆子痫组胎盘中滋养层细胞的转录组差异，并分析了相关的转录因子调控网络 | 研究主要集中在转录组水平，未涉及蛋白质水平或其他层面的功能验证 | 探究先兆子痫患者胎盘中滋养层细胞亚型的特异性转录组变化及其功能 | 胎盘组织中的滋养层细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 妊娠疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 29,006个细胞，包括11种细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 60 | 2024-08-07 |
Gene Expression Profiling of the Habenula in Rats Exposed to Chronic Restraint Stress
2022-May-31, Molecules and cells
IF:3.7Q2
DOI:10.14348/molcells.2022.2257
PMID:35534192
|
研究论文 | 本研究通过基因组范围的基因表达分析，研究了暴露于慢性束缚应激下的大鼠缰核的转录组变化 | 本研究首次识别了379个受慢性应激影响的差异表达基因（DEGs），并分析了这些基因在神经活性配体-受体相互作用、cAMP信号通路、昼夜节律同步和突触信号传导中的富集情况 | NA | 探讨慢性应激对大鼠缰核基因表达的影响及其在抑郁症发病机制中的作用 | 大鼠缰核的基因表达 | 神经科学 | 抑郁症 | 基因表达分析 | NA | 基因表达数据 | 14天慢性束缚应激暴露的大鼠缰核样本 | NA | NA | NA | NA |