单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-31	Oo-site: A dashboard to visualize gene expression during Drosophila oogenesis suggests meiotic entry is regulated post-transcriptionally 2022-05-15, Biology open IF:1.8Q3 DOI:10.1242/bio.059286 PMID:35579517	研究论文	开发了一个名为Oo-site的工具，用于可视化果蝇卵巢中不同阶段生殖细胞分化的批量RNA测序、单细胞RNA测序和翻译效率数据	Oo-site工具使得非生物信息学专家也能访问和理解这些数据，并发现了一些有丝分裂基因的翻译调控	NA	探索干细胞分化控制的机制，并开发工具以更好地可视化和理解相关数据	果蝇卵巢中的生殖细胞和体细胞干细胞及其分化后代	生物信息学	NA	RNA测序, 单细胞RNA测序, 翻译效率测序	NA	基因表达数据	NA
22	2024-08-30	Mapping the cardiac vascular niche in heart failure 2022-05-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-30682-0 PMID:35641541	研究论文	本文通过结合遗传命运追踪与共聚焦成像以及单细胞RNA测序技术，研究了心脏血管和周围血管微环境在稳态和心力衰竭期间的细胞类型特异性转录组变化。	本文揭示了纤维母细胞、内皮细胞、周细胞和血管平滑肌细胞亚型在心力衰竭期间的特异性转录组变化，并识别了调控纤维母细胞活化的转录因子TEAD1。	NA	研究心脏血管和周围血管微环境在心力衰竭期间的细胞异质性和对损伤的反应。	心脏血管和周围血管微环境的细胞类型特异性转录组变化。	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
23	2024-08-30	Identifying tumor cells at the single-cell level using machine learning 2022-05-30, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02683-1 PMID:35637521	研究论文	本文提出了一种名为ikarus的机器学习管道，用于在单细胞水平上区分肿瘤细胞和正常细胞	ikarus能够在多个实验环境中实现高灵敏度和特异性	NA	旨在解决单细胞或空间测序实验中肿瘤细胞的识别问题	肿瘤细胞和正常细胞的区分	机器学习	NA	单细胞测序	机器学习管道	单细胞数据集	多个单细胞数据集
24	2024-08-30	Modern venomics-Current insights, novel methods, and future perspectives in biological and applied animal venom research 2022-05-18, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giac048 PMID:35640874	综述	本文综述了现代毒液学领域的最新进展和新策略，探讨了技术革新和多组学方法如何显著提升对有毒动物毒液的研究	文章介绍了CRISPR和敲降技术在研究基因组及其修饰中的应用，以及质谱成像与空间转录组学、原位杂交技术和现代计算机断层扫描技术在毒液系统空间分布和功能研究中的应用	NA	探讨毒液成分的进化、功能及其在不同发育阶段的生物学意义，以及毒液在农业化学、制药、治疗和诊断等领域的应用	有毒动物的毒液及其成分	生物学	NA	CRISPR, 质谱成像, 空间转录组学, 原位杂交技术, 计算机断层扫描	NA	基因组, 转录组, 蛋白质	NA
25	2024-08-30	Distinct phenotypic states and spatial distribution of CD8+ T cell clonotypes in human brain metastases 2022-05-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2022.100620 PMID:35584630	研究论文	本文分析了人脑转移瘤中CD8+ T细胞克隆型的不同表型状态和空间分布	通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了增殖和耗竭的CD8 T细胞之间存在显著的克隆重叠，但与其他肿瘤浸润CD8 T细胞和循环中的CD8 T细胞克隆重叠最小	NA	研究脑转移瘤中CD8 T细胞的表型状态和空间分布，以探索针对脑转移瘤的免疫治疗新靶点	人脑转移瘤中的CD8+ T细胞	数字病理学	脑转移瘤	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	RNA	NA
26	2024-08-30	Single-cell transcriptomics reveals age-resistant maintenance of cell identities, stem cell compartments and differentiation trajectories in long-lived naked mole-rats skin 2022-05-04, Aging DOI:10.18632/aging.204054 PMID:35507806	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了裸鼹鼠皮肤在长寿过程中细胞身份、干细胞区室和分化轨迹的年龄抵抗性维持	研究发现裸鼹鼠皮肤在衰老过程中保持了细胞类型和皮肤区室的稳定性，干细胞数量恒定，且表皮基因表达未随年龄变化	NA	探讨裸鼹鼠皮肤在长寿过程中的细胞和遗传特征	裸鼹鼠的皮肤细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	年轻和老年裸鼹鼠
27	2024-08-30	Microfluidic cell sorter sample preparation for genomic assays 2022-May, Biomicrofluidics IF:2.6Q2 DOI:10.1063/5.0092358 PMID:35698630	研究论文	本文探讨了微流控细胞分选技术在基因组测序样本准备中的应用	介绍了NanoCellect Biomedical开发的WOLF Cell Sorter和WOLF G2微流控细胞分选器，这些设备使用温和的分选技术，兼容多种RNA测序平台	传统的液滴式分选器存在操作复杂、可访问性差以及可能对细胞造成压力的问题	研究如何通过微流控分选技术提高单细胞转录组学的样本质量	单细胞RNA测序样本的准备和细胞分选技术	NA	NA	微流控技术，RNA测序	NA	细胞	未具体说明
28	2024-08-29	Intrahepatic inflammatory IgA+PD-L1high monocytes in hepatocellular carcinoma development and immunotherapy 2022-05, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2021-003618 PMID:35577505	研究论文	本研究探讨了炎症诱导的肝内炎症性IgA+单核细胞在肝细胞癌（HCC）发展中的作用	发现血清IgA水平与慢性肝病和HCC中的肝内及肿瘤内炎症性IgA+PD-L1高表达单核细胞浸润相关，为潜在的治疗靶点提供了依据	NA	阐明炎症诱导的肝内炎症性IgA+单核细胞在肝细胞癌发展中的作用	肝细胞癌患者及其肝内炎症性IgA+单核细胞	数字病理学	肝癌	免疫组织化学、多色流式细胞术、单细胞RNA测序、RNA测序	NA	组织样本、血液样本	包括61例脂肪性肝炎患者和271例HCC患者
29	2024-08-29	Single-Cell RNA-seq Reveals a Developmental Hierarchy Super-Imposed Over Subclonal Evolution in the Cellular Ecosystem of Prostate Cancer 2022-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202105530 PMID:35322584	研究论文	研究者通过单细胞RNA测序技术分析了14名未经治疗的前列腺癌患者的细胞，构建了一个详细的前列腺癌细胞图谱，并揭示了肿瘤亚克隆进化与转录异质性之间的关系	首次将发育层次结构映射到肿瘤亚克隆进化上，并识别了四种转录亚型，这些亚型在干细胞样和分化状态中呈层次结构	研究仅限于14名未经治疗的前列腺癌患者，可能需要进一步扩大样本量以验证结果的普遍性	探讨前列腺癌中亚克隆进化与转录异质性之间的关系及其对患者预后的影响	前列腺癌患者的肿瘤细胞及其亚克隆和转录异质性	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	14名未经治疗的前列腺癌患者
30	2024-08-28	Modeling zero inflation is not necessary for spatial transcriptomics 2022-05-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02684-0 PMID:35585605	研究论文	本文对20个来自11种不同技术的空间转录组数据集进行了综合分析，以表征表达计数数据的分布特性并理解零值的统计本质	研究表明，在空间转录组学中，大量的零值并非由于零膨胀，支持使用不含零膨胀成分的计数模型	NA	探究空间转录组学数据中零值的来源及其统计特性	20个空间转录组数据集	空间转录组学	NA	空间转录组学技术	泊松模型和负二项模型	基因表达数据	20个数据集，来自11种不同技术
31	2024-08-28	Human liver single nucleus and single cell RNA sequencing identify a hepatocellular carcinoma-associated cell-type affecting survival 2022-05-17, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01055-5 PMID:35581624	研究论文	本文通过整合肝脏单核（snRNA-seq）、单细胞（scRNA-seq）和批量RNA测序（RNA-seq）数据，识别出与肝细胞癌（HCC）相关的细胞类型，该细胞类型影响患者的生存率	本文首次通过整合多组学数据，发现了一种与HCC相关的增殖细胞类型（Prol），并揭示了其与TP53和RB1体细胞突变的关联	NA	旨在识别影响肝细胞癌患者生存率的特定细胞类型	肝细胞癌（HCC）及其相关细胞类型	数字病理学	肝癌	单核RNA测序（snRNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA序列数据	健康肝脏队列（9个非HCC样本）、HCC队列（1个非HCC，14个HCC肿瘤，14个邻近非肿瘤样本）、另一个HCC队列（3个HCC肿瘤，3个邻近非肿瘤样本）、TCGA多中心队列（361个HCC肿瘤，49个邻近非肿瘤组织）、LCI队列（221个HCC，209个邻近非肿瘤肝脏微阵列样本）
32	2024-08-28	Single-cell profiling of human dura and meningioma reveals cellular meningeal landscape and insights into meningioma immune response 2022-05-10, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01051-9 PMID:35534852	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术首次对非肿瘤相关的人类硬脑膜和原发性脑膜瘤样本进行了表征	揭示了人类硬脑膜中复杂的免疫微环境，并展示了与脑膜瘤不同的转录特征，同时描述了非免疫细胞（如内皮细胞和成纤维细胞）的功能多样性和异质性	研究主要基于单细胞RNA测序技术，可能无法全面反映所有细胞类型的功能和相互作用	探究人类硬脑膜和脑膜瘤的免疫和非免疫细胞景观，并提供新的见解	非肿瘤相关的人类硬脑膜和原发性脑膜瘤样本	数字病理学	脑膜瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	7个非肿瘤相关的人类硬脑膜样本和6个原发性脑膜瘤肿瘤样本（4个匹配和2个非匹配）
33	2024-08-28	Benchmarking of a Bayesian single cell RNAseq differential gene expression test for dose-response study designs 2022-05-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac019 PMID:35061903	研究论文	本文提出了一种多重校正的贝叶斯测试方法，用于剂量反应设计的单细胞RNA测序差异基因表达分析，并与其他八种方法进行了比较	本文提出的贝叶斯测试方法在广泛的准确性指标上优于所有其他测试方法，特别是在控制假阳性错误率方面	NA	评估和比较不同差异基因表达分析方法在剂量反应单细胞RNA测序实验中的性能	单细胞RNA测序数据在药物和毒理学反应中的应用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯测试方法	RNA测序数据	NA
34	2024-08-28	scMAGIC: accurately annotating single cells using two rounds of reference-based classification 2022-05-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab1275 PMID:34986249	研究论文	本文介绍了一种名为scMAGIC的新方法，该方法通过两轮基于参考的分类来准确注释单细胞	scMAGIC引入了第二轮基于参考的分类，使用第一轮中自信验证的查询细胞作为新参考，从而消除参考数据和查询数据之间的批次效应	NA	开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据的注释准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	基于参考的分类	RNA测序数据	涉及86个基准测试
35	2024-08-28	Mapping the epithelial-immune cell interactome upon infection in the gut and the upper airways 2022-05-02, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-022-00224-x PMID:35501398	研究论文	本文提出了一种综合计算生物学框架，用于模拟感染如何改变上皮细胞的细胞内信号传导，并通过修改上皮细胞与局部免疫细胞群的相互作用来影响全身免疫反应	本文创新性地整合了细胞内和细胞间网络与单细胞RNA测序数据，以揭示感染期间驱动炎症的特定上皮-免疫相互作用	NA	研究病毒感染如何改变上皮-免疫细胞相互作用，从而调控炎症反应	肠道和上呼吸道上皮感染	计算生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	涉及SARS-CoV-2感染的人回肠和结肠类器官以及感染的呼吸道纤毛上皮细胞
36	2024-08-28	Characterization of cell-cell communication in autistic brains with single-cell transcriptomes 2022-05-02, Journal of neurodevelopmental disorders IF:4.1Q2 DOI:10.1186/s11689-022-09441-1 PMID:35501678	研究论文	本研究利用单细胞转录组技术分析自闭症患者大脑中的细胞间通讯	采用先进的计算和模式识别方法分析单细胞RNA测序数据，推断和比较自闭症大脑与对照组之间的细胞类型间信号通讯	研究结果显示的变化幅度中等，且并非所有细胞间信号通路中的基因都显示出差异表达	揭示自闭症大脑中潜在的细胞间信号通路中断情况	自闭症患者大脑中的细胞间通讯	神经科学	自闭症谱系障碍	单细胞转录组学	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
37	2024-08-27	Spatial transcriptomics and the kidney 2022-05-01, Current opinion in nephrology and hypertension IF:2.2Q2 DOI:10.1097/MNH.0000000000000781 PMID:35125393	综述	本文综述了空间转录组技术在肾脏组织研究中的应用及其在肾脏疾病中的最新进展	空间转录组技术能够定位整个转录组mRNA表达，将mRNA与组织学相关联，测量肾脏中随时间变化的表达变化，甚至定位亚细胞水平的转录本	需要进一步努力将整个转录组和亚细胞表达特征整合到个体化评估人类肾脏疾病中	探讨空间转录组技术在肾脏疾病研究中的应用及其潜力	肾脏组织及其细胞类型和结构	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组技术	NA	转录组数据	NA
38	2024-08-05	Drug-Induced Hypersensitivity Syndrome (DIHS)/Drug Reaction With Eosinophilia and Systemic Symptoms (DRESS): Clinical Features and Pathogenesis 2022-05, The journal of allergy and clinical immunology. In practice DOI:10.1016/j.jaip.2022.02.004 PMID:35176506	研究论文	本研究讨论了药物诱导超敏反应综合征（DIHS）/药物反应伴嗜酸性粒细胞增多和全身症状（DRESS）的临床特征和发病机制	研究揭示了DIHS/DRESS与特定HLA等位基因的强关联，为预防和早期诊断提供了新思路	未涉及更广泛的药物反应机制和长期随访影响	探讨DIHS/DRESS的临床特征及其发病机制	讨论DIHS/DRESS与药物及HLA等位基因的关系	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
39	2024-08-05	Endothelial Phospholipase Cγ2 Improves Outcomes of Diabetic Ischemic Limb Rescue Following VEGF Therapy 2022-05-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db21-0830 PMID:35192691	研究论文	本文研究了内皮磷脂酶Cγ2在糖尿病缺血肢体救助中的作用，并探讨了其与VEGF疗法的关系	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了糖尿病皮肤中PLCγ2的下调及其对VEGF疗法的影响	华尔街文献中未提及样本的长期效果及临床适用性	旨在改善VEGF疗法对于糖尿病缺血肢体的疗效	研究对象为糖尿病小鼠模型的内皮细胞	数字病理学	糖尿病缺血	单细胞RNA测序	NA	细胞	共分析36,487个细胞样本
40	2024-08-05	Single-cell deletion analyses show control of pro-T cell developmental speed and pathways by Tcf7, Spi1, Gata3, Bcl11a, Erg, and Bcl11b 2022-05-20, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abm1920 PMID:35594339	研究论文	该文章研究了个别转录因子在早期T细胞发育中的控制作用。	揭示了在T细胞承诺前期，不同转录因子之间的动态平衡和意外指导性作用。	该研究主要集中在单细胞分析，可能无法全面反映在整体细胞群体中的复杂交互。	探讨转录因子如何在早期T细胞发育过程中控制发育速度和选择路径。	研究对象为早期T细胞前体及其转录因子的功能。	数字病理	NA	单细胞RNA测序，CRISPR基因破坏	NA	基因表达数据	使用多个单细胞样本进行分析