单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 246 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-09-26 |
EDClust: an EM-MM hybrid method for cell clustering in multiple-subject single-cell RNA sequencing
2022-05-13, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac168
PMID:35561178
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研究论文 | 本文提出了一种新的统计方法EDClust，用于多主体单细胞RNA测序数据的细胞聚类 | EDClust通过混合Dirichlet-多项分布模型处理细胞类型异质性、主体异质性和聚类不确定性，并采用EM-MM混合算法进行数据似然最大化 | NA | 解决多主体单细胞RNA测序数据中的细胞聚类问题 | 多主体单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 混合模型 | RNA测序数据 | 涉及四个真实单细胞RNA测序数据集，包含多种组织类型和物种 | NA | NA | NA | NA |
| 22 | 2024-09-23 |
Regulation of developmental hierarchy in Drosophila neural stem cell tumors by COMPASS and Polycomb complexes
2022-05-13, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abi4529
PMID:35544555
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研究论文 | 研究了COMPASS和Polycomb复合物在果蝇神经干细胞肿瘤中对发育层次的调控作用 | 揭示了COMPASS和Polycomb复合物在肿瘤发育层次中的协同作用，以及它们对癌症干细胞（CSC）可塑性和异质性的影响 | NA | 探讨COMPASS和Polycomb复合物在肿瘤细胞层次结构、组成和生长中的作用 | 果蝇神经干细胞肿瘤中的COMPASS和Polycomb复合物 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 23 | 2024-09-23 |
MYC drives aggressive prostate cancer by disrupting transcriptional pause release at androgen receptor targets
2022-05-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-30257-z
PMID:35562350
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研究论文 | 研究探讨了MYC在前列腺癌中的作用及其对雄激素受体转录程序的影响 | 首次揭示了MYC过表达通过干扰转录暂停释放来对抗雄激素受体转录程序，从而促进前列腺癌的发展 | NA | 探讨MYC在前列腺癌中的作用及其对雄激素受体转录程序的影响 | 前列腺癌细胞及临床样本 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞转录组学和ChIP-seq | NA | 转录组数据 | 临床样本和前列腺癌细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 24 | 2024-09-23 |
Acquisition of NOTCH dependence is a hallmark of human intestinal stem cell maturation
2022-05-10, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2022.03.007
PMID:35395175
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研究论文 | 研究了NOTCH信号在人类肠道干细胞成熟过程中的作用 | 首次通过单细胞转录组学观察到OLFM4基因在人类发育过程中表达的变化，并验证了NOTCH信号依赖性随发育增加的假设 | 仅限于体外实验，未涉及体内验证 | 探讨NOTCH信号在人类肠道干细胞成熟过程中的作用 | 人类肠道干细胞及其在不同发育阶段的依赖性 | NA | NA | 单细胞转录组学、RNA测序 | NA | 转录组数据 | 不同发育阶段的肠道组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 25 | 2024-09-23 |
Single-cell analysis of human testis aging and correlation with elevated body mass index
2022-05-09, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2022.04.004
PMID:35504286
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术分析了年轻和老年男性睾丸细胞的基因表达变化，并探讨了这些变化与身体质量指数的关系 | 首次在单细胞水平上系统分析了人类睾丸衰老的分子和基因组变化，并发现这些变化与身体质量指数相关 | 研究样本仅包括年轻和老年男性，未涵盖其他年龄段；研究结果可能受样本量限制 | 探讨人类睾丸衰老的分子机制及其与身体质量指数的关系 | 年轻和老年男性的睾丸细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 44,000个细胞，来自年轻和老年男性 | NA | NA | NA | NA |
| 26 | 2024-09-23 |
An activation to memory differentiation trajectory of tumor-infiltrating lymphocytes informs metastatic melanoma outcomes
2022-05-09, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2022.04.005
PMID:35537413
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研究论文 | 本文应用先进的基因组学技术研究了肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）在黑色素瘤转移中的作用 | 首次通过单细胞测序分析了TILs的激活到记忆分化轨迹，揭示了记忆/驻留记忆TILs在抗PD-1治疗中的重要作用 | 研究仅限于黑色素瘤，且样本量相对较小，可能影响结果的普适性 | 探讨肿瘤浸润淋巴细胞在黑色素瘤转移中的作用及其对治疗反应的影响 | 肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）及其在黑色素瘤中的分化轨迹 | 基因组学 | 黑色素瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 9000个人类肿瘤样本和多个单细胞测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 27 | 2024-09-23 |
Stem-cell-derived trophoblast organoids model human placental development and susceptibility to emerging pathogens
2022-05-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2022.04.004
PMID:35523141
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研究论文 | 本文报道了从人类多能干细胞（hPSCs）中分离的滋养层干细胞可以高效自组织成3D的干细胞衍生滋养层类器官（SC-TOs），模拟人类胎盘发育及其对新兴病原体的易感性 | 首次展示了从hPSCs中分离的滋养层干细胞可以形成具有绒毛结构的3D类器官，并揭示了其对SARS-CoV-2和Zika病毒的易感性 | 需要进一步研究以验证SC-TOs在模拟胎盘发育和病原体易感性方面的准确性和全面性 | 开发一种可访问的3D模型系统，用于研究人类胎盘发育及其对新兴病原体的易感性 | 从hPSCs中分离的滋养层干细胞及其形成的3D类器官 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 多个滋养层干细胞及其形成的类器官 | NA | NA | NA | NA |
| 28 | 2024-09-23 |
Monocytes transition to macrophages within the inflamed vasculature via monocyte CCR2 and endothelial TNFR2
2022-05-02, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20210562
PMID:35404389
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研究论文 | 研究揭示了单核细胞在炎症血管中转变为巨噬细胞的分子信号机制 | 首次阐明了CCR2和TNFR2在单核细胞向巨噬细胞转变过程中的关键作用，并提出了CCR2介导的自分泌正反馈循环可能加剧肾炎症 | 研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序，缺乏体内实验验证 | 探讨单核细胞在炎症环境下转变为巨噬细胞的分子机制及其在疾病中的作用 | 单核细胞、巨噬细胞、炎症血管、肾小球肾炎患者 | NA | 肾小球肾炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 体外实验中使用了单核细胞与TNF-TNFR2激活的内皮细胞共培养，单细胞RNA测序分析了共培养细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 29 | 2024-09-23 |
Trans-Seq maps a selective mammalian retinotectal synapse instructed by Nephronectin
2022-05, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-022-01068-8
PMID:35524141
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研究论文 | 本研究开发了一种名为Trans-Seq的综合方法，用于绘制从小鼠视网膜神经节细胞（RGC）到上丘（SC）的电路连接图 | 首次使用Trans-Seq方法结合荧光顺行跨突触示踪剂和单细胞RNA测序，绘制了RGC到SC的电路连接图，并验证了αRGC与Nephronectin阳性广域神经元（NPWFs）之间的连接 | NA | 理解哺乳动物视觉系统的电路连接 | 小鼠视网膜神经节细胞（RGC）和上丘（SC）神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 30 | 2024-09-20 |
Single-cell transcriptome reveals insights into the development and function of the zebrafish ovary
2022-05-19, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.76014
PMID:35588359
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组测序技术研究了斑马鱼卵巢的发育和功能 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了斑马鱼卵巢中不同细胞亚群的转录组特征，并发现了新的细胞亚群 | 基因敲除实验仅限于少数基因，未来需要进一步扩展以全面理解卵巢发育和功能的调控机制 | 揭示斑马鱼卵巢发育和功能的分子机制 | 斑马鱼卵巢中的生殖细胞和体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 10,658个生殖细胞和14,431个体细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 31 | 2024-09-02 |
Alignment and integration of spatial transcriptomics data
2022-05, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-022-01459-6
PMID:35577957
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PASTE的方法，用于对齐和整合来自多个相邻组织切片的空间转录组数据 | PASTE方法通过使用最优传输公式，结合转录相似性和斑点间的物理距离，计算切片间的成对对齐，并进一步组合成对齐以构建组织的三维对齐 | NA | 开发一种方法来对齐和整合多个相邻组织切片的空间转录组数据 | 空间转录组数据的对齐和整合 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 最优传输模型 | 转录组数据 | 数千个来自组织切片的斑点 | NA | NA | NA | NA |
| 32 | 2024-09-01 |
Single-cell RNA sequencing in silent corticotroph tumors confirms impaired POMC processing and provides new insights into their invasive behavior
2022-May-12, European journal of endocrinology
IF:5.3Q1
DOI:10.1530/EJE-21-1183
PMID:35521707
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了静默性和活性皮质垂体瘤的细胞组成和转录组，揭示了POMC加工缺陷及其侵袭行为的分子机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术深入研究了静默性皮质垂体瘤中POMC加工缺陷和侵袭行为的分子机制 | NA | 探究静默性皮质垂体瘤中POMC加工缺陷和侵袭行为的分子机制 | 静默性和活性皮质垂体瘤的细胞组成和转录组 | 数字病理学 | 垂体瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 33 | 2024-08-31 |
Universal Surface Biotinylation: a simple, versatile and cost-effective sample multiplexing method for single-cell RNA-seq analysis
2022-May-27, DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes
IF:3.9Q1
DOI:10.1093/dnares/dsac017
PMID:35652718
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Universal Surface Biotinylation (USB)的新型通用标记技术，用于单细胞RNA测序分析中的样本多重化 | USB技术不依赖于特定的细胞表面蛋白，通过引入生物素到任何细胞表面蛋白的氨基团中，实现了对多种细胞类型的良好标记 | NA | 开发一种新的样本多重化技术，以降低实验成本并提高实验准确性 | 多种细胞类型的单细胞RNA测序分析 | 生物技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 数千至数万个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 34 | 2024-08-31 |
Oo-site: A dashboard to visualize gene expression during Drosophila oogenesis suggests meiotic entry is regulated post-transcriptionally
2022-05-15, Biology open
IF:1.8Q3
DOI:10.1242/bio.059286
PMID:35579517
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研究论文 | 开发了一个名为Oo-site的工具，用于可视化果蝇卵巢中不同阶段生殖细胞分化的批量RNA测序、单细胞RNA测序和翻译效率数据 | Oo-site工具使得非生物信息学专家也能访问和理解这些数据，并发现了一些有丝分裂基因的翻译调控 | NA | 探索干细胞分化控制的机制，并开发工具以更好地可视化和理解相关数据 | 果蝇卵巢中的生殖细胞和体细胞干细胞及其分化后代 | 生物信息学 | NA | RNA测序, 单细胞RNA测序, 翻译效率测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 35 | 2024-08-30 |
Mapping the cardiac vascular niche in heart failure
2022-05-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-30682-0
PMID:35641541
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研究论文 | 本文通过结合遗传命运追踪与共聚焦成像以及单细胞RNA测序技术，研究了心脏血管和周围血管微环境在稳态和心力衰竭期间的细胞类型特异性转录组变化。 | 本文揭示了纤维母细胞、内皮细胞、周细胞和血管平滑肌细胞亚型在心力衰竭期间的特异性转录组变化，并识别了调控纤维母细胞活化的转录因子TEAD1。 | NA | 研究心脏血管和周围血管微环境在心力衰竭期间的细胞异质性和对损伤的反应。 | 心脏血管和周围血管微环境的细胞类型特异性转录组变化。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 36 | 2024-08-30 |
Identifying tumor cells at the single-cell level using machine learning
2022-05-30, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02683-1
PMID:35637521
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研究论文 | 本文提出了一种名为ikarus的机器学习管道，用于在单细胞水平上区分肿瘤细胞和正常细胞 | ikarus能够在多个实验环境中实现高灵敏度和特异性 | NA | 旨在解决单细胞或空间测序实验中肿瘤细胞的识别问题 | 肿瘤细胞和正常细胞的区分 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 机器学习管道 | 单细胞数据集 | 多个单细胞数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 37 | 2024-08-30 |
Modern venomics-Current insights, novel methods, and future perspectives in biological and applied animal venom research
2022-05-18, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giac048
PMID:35640874
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综述 | 本文综述了现代毒液学领域的最新进展和新策略，探讨了技术革新和多组学方法如何显著提升对有毒动物毒液的研究 | 文章介绍了CRISPR和敲降技术在研究基因组及其修饰中的应用，以及质谱成像与空间转录组学、原位杂交技术和现代计算机断层扫描技术在毒液系统空间分布和功能研究中的应用 | NA | 探讨毒液成分的进化、功能及其在不同发育阶段的生物学意义，以及毒液在农业化学、制药、治疗和诊断等领域的应用 | 有毒动物的毒液及其成分 | 生物学 | NA | CRISPR, 质谱成像, 空间转录组学, 原位杂交技术, 计算机断层扫描 | NA | 基因组, 转录组, 蛋白质 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 38 | 2024-08-30 |
Distinct phenotypic states and spatial distribution of CD8+ T cell clonotypes in human brain metastases
2022-05-17, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2022.100620
PMID:35584630
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研究论文 | 本文分析了人脑转移瘤中CD8+ T细胞克隆型的不同表型状态和空间分布 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了增殖和耗竭的CD8 T细胞之间存在显著的克隆重叠，但与其他肿瘤浸润CD8 T细胞和循环中的CD8 T细胞克隆重叠最小 | NA | 研究脑转移瘤中CD8 T细胞的表型状态和空间分布，以探索针对脑转移瘤的免疫治疗新靶点 | 人脑转移瘤中的CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 脑转移瘤 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 39 | 2024-08-30 |
Single-cell transcriptomics reveals age-resistant maintenance of cell identities, stem cell compartments and differentiation trajectories in long-lived naked mole-rats skin
2022-05-04, Aging
DOI:10.18632/aging.204054
PMID:35507806
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了裸鼹鼠皮肤在长寿过程中细胞身份、干细胞区室和分化轨迹的年龄抵抗性维持 | 研究发现裸鼹鼠皮肤在衰老过程中保持了细胞类型和皮肤区室的稳定性，干细胞数量恒定，且表皮基因表达未随年龄变化 | NA | 探讨裸鼹鼠皮肤在长寿过程中的细胞和遗传特征 | 裸鼹鼠的皮肤细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 年轻和老年裸鼹鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 40 | 2024-08-30 |
Microfluidic cell sorter sample preparation for genomic assays
2022-May, Biomicrofluidics
IF:2.6Q2
DOI:10.1063/5.0092358
PMID:35698630
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研究论文 | 本文探讨了微流控细胞分选技术在基因组测序样本准备中的应用 | 介绍了NanoCellect Biomedical开发的WOLF Cell Sorter和WOLF G2微流控细胞分选器，这些设备使用温和的分选技术，兼容多种RNA测序平台 | 传统的液滴式分选器存在操作复杂、可访问性差以及可能对细胞造成压力的问题 | 研究如何通过微流控分选技术提高单细胞转录组学的样本质量 | 单细胞RNA测序样本的准备和细胞分选技术 | NA | NA | 微流控技术，RNA测序 | NA | 细胞 | 未具体说明 | NA | NA | NA | NA |