单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 245 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics in human skin research: available technologies, technical considerations and disease applications
2022-05, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.14547
PMID:35196402
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研究论文 | 本文讨论了单细胞RNA测序技术在人类皮肤研究中的可用技术、技术考虑因素及其在皮肤病学中的应用 | 单细胞RNA测序技术能够以前所未有的分辨率解析人类疾病病理生理学，通过评估细胞间的变异，有助于识别稀有细胞群体并阐明细胞异质性 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术在皮肤病学中的应用 | 人类皮肤生物学及皮肤病 | 数字病理学 | 皮肤病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 222 | 2024-08-08 |
Identification of new marker genes from plant single-cell RNA-seq data using interpretable machine learning methods
2022-05, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.18053
PMID:35211979
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研究论文 | 本研究开发了一种名为single-cell predictive marker (SPmarker)的机器学习流程，用于从拟南芥根部单细胞RNA测序数据中识别新型细胞类型标记基因 | 该方法采用可解释的机器学习模型来选择标记基因，与传统方法不同，能够识别出数百个之前未被发现的新标记基因，并在水稻单细胞集群中识别出更多的直系同源基因 | NA | 旨在从单细胞RNA测序数据中识别新型细胞类型标记基因 | 拟南芥根部的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 可解释的机器学习模型 | RNA测序数据 | 涉及多个非拟南芥物种的根毛细胞 |
| 223 | 2024-08-08 |
Assessing reproducibility of high-throughput experiments in the case of missing data
2022-05-10, Statistics in medicine
IF:1.8Q1
DOI:10.1002/sim.9334
PMID:35178743
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研究论文 | 本文开发了一种回归模型，用于评估高吞吐量实验中操作因素选择对可重复性的影响，特别是在大量测量数据缺失的情况下 | 本文通过引入潜在变量方法，扩展了用于评估操作因素对可重复性影响的对应曲线回归方法，以纳入缺失值，提高了检测可重复性差异的准确性 | NA | 评估高吞吐量实验中操作因素选择对可重复性的影响 | 高吞吐量生物实验中的可重复性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 回归模型 | 基因表达数据 | 使用HCT116细胞的单细胞RNA测序数据集 |
| 224 | 2024-08-08 |
BHLHE40 Regulates the T-Cell Effector Function Required for Tumor Microenvironment Remodeling and Immune Checkpoint Therapy Efficacy
2022-05-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-21-0129
PMID:35181783
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研究论文 | 本文研究了转录因子BHLHE40在免疫检查点疗法（ICT）中调控T细胞效应功能的作用，以及其在肿瘤微环境重塑和ICT疗效中的关键角色 | 首次报道了BHLHE40在ICT中对肿瘤抗原特异性CD8+和CD4+ T细胞的上调作用，并揭示了BHLHE40依赖的基因表达变化和免疫细胞重塑 | 研究主要在免疫编辑的肿瘤小鼠模型中进行，可能需要进一步在人类样本中验证 | 阐明BHLHE40在免疫检查点疗法中的作用机制及其作为预测或预后生物标志物的潜力 | BHLHE40在T细胞中的作用及其对ICT疗效的影响 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 免疫编辑的肿瘤小鼠模型 |
| 225 | 2024-08-08 |
Intra- and extra-cranial BCOR-ITD tumours are separate entities within the BCOR-rearranged family
2022-05, The journal of pathology. Clinical research
DOI:10.1002/cjp2.255
PMID:35174661
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研究论文 | 研究探讨了BCOR-ITD肿瘤家族中脑内和脑外肿瘤的同质性，通过临床、影像学、组织病理学和分子特征进行分析 | 首次通过全转录组测序和DNA甲基化分析，揭示了BCOR-ITD肿瘤家族中脑内和脑外肿瘤的分子差异 | 研究基于回顾性病例，样本量相对较小，可能影响结果的普遍性 | 旨在探究BCOR-ITD肿瘤家族中不同部位肿瘤的同质性和分子特征 | BCOR-ITD肿瘤家族中的脑内和脑外肿瘤 | 数字病理学 | NA | 全转录组测序，DNA甲基化分析 | NA | 表达数据，DNA甲基化数据 | 33例，包括10例CNS BCOR-ITD和23例BCOR-ITD肉瘤 |
| 226 | 2024-08-08 |
A Multicancer Malignant Pleural Effusion Diagnostic Test Using Hexokinase 2 and Single-Cell Sequencing
2022-05-18, Clinical chemistry
IF:7.1Q1
DOI:10.1093/clinchem/hvac003
PMID:35142335
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研究论文 | 本文报道了一种基于己糖激酶2（HK2）和单细胞测序的新型诊断方法（HK2-seq），用于多癌种恶性胸腔积液（MPE）的诊断 | HK2-seq方法利用HK2作为新的代谢功能相关标记物，通过检测多种癌症类型的胸腔积液中参与增加糖酵解的播散性肿瘤细胞，结合单细胞测序确认高糖酵解肿瘤细胞（hgTCs）的恶性程度，从而建立明确的MPE诊断 | NA | 开发一种新的诊断方法，用于提高多癌种恶性胸腔积液的诊断准确性 | 恶性胸腔积液及其相关肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 111名胸腔积液患者 |
| 227 | 2024-08-08 |
Comprehensive analysis of the prognostic and role in immune cell infiltration of MSR1 expression in lower-grade gliomas
2022-05, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.4603
PMID:35142109
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研究论文 | 本研究旨在验证巨噬细胞清道夫受体1（MSR1）在低级别胶质瘤（LGG）患者中的预后和免疫相关作用 | 首次全面分析了MSR1在低级别胶质瘤中的表达与预后及免疫细胞浸润的关系 | 研究数据来源于公共数据库，实验验证部分有限 | 验证MSR1在低级别胶质瘤患者中的预后价值和免疫相关作用 | 低级别胶质瘤（LGG）患者 | 数字病理学 | 脑瘤 | 基因集富集分析（GSEA） | NA | 基因表达数据 | 数据来源于公共数据库，具体样本量未详细说明 |
| 228 | 2024-08-08 |
MAX deficiency impairs human endometrial decidualization through down-regulating OSR2 in women with recurrent spontaneous abortion
2022-May, Cell and tissue research
IF:3.2Q3
DOI:10.1007/s00441-022-03579-z
PMID:35146559
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和免疫组化等技术，研究了MAX缺陷如何通过下调OSR2影响人类子宫内膜蜕膜化，进而导致习惯性流产 | 首次揭示了MAX通过直接调控OSR2的表达，影响子宫内膜蜕膜化和细胞增殖，从而导致习惯性流产的分子机制 | NA | 探讨习惯性流产中子宫内膜蜕膜化的分子机制 | 人类子宫内膜间质细胞和蜕膜组织 | NA | 习惯性流产 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化（IHC）、定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR）、RNA测序、染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）、切割目标并使用核酸酶释放测序（CUT&RUN-seq） | NA | RNA | 来自习惯性流产女性的蜕膜组织和子宫内膜间质细胞 |
| 229 | 2024-08-08 |
Innate lymphoid cell characterization in the rat and their correlation to gut commensal microbes
2022-05, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202149639
PMID:35099074
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研究论文 | 本文深入研究了大鼠的先天淋巴细胞（ILCs），并探讨了它们与肠道共生微生物的关系 | 首次详细描述了大鼠ILCs的特征，并发现了与ILCs频率相关的特定细菌类群 | NA | 研究大鼠ILCs的特征及其与肠道微生物的关联 | 大鼠的先天淋巴细胞及其与肠道共生微生物的关系 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 涉及脾脏和肝脏细胞的单细胞转录组数据 |
| 230 | 2024-08-08 |
Allopregnanolone suppresses glioblastoma survival through decreasing DPYSL3 and S100A11 expression
2022-05, The Journal of steroid biochemistry and molecular biology
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.jsbmb.2022.106067
PMID:35114375
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研究论文 | 研究探讨了Allopregnanolone（allo）通过降低DPYSL3和S100A11表达来抑制胶质母细胞瘤（GBM）生存的效果 | 发现allo增强替莫唑胺（TMZ）抑制的细胞迁移和TMZ诱导的细胞凋亡，并通过iTRAQ定量蛋白质组学分析证实allo显著降低DPYSL3、S100A11和S100A4的水平 | NA | 旨在确定allo是否对GBM具有治疗效果 | 胶质母细胞瘤（GBM）细胞 | 数字病理学 | 脑瘤 | iTRAQ定量蛋白质组学分析 | NA | 蛋白质组学数据 | NA |
| 231 | 2024-08-08 |
Systems-level analysis of transcriptome reorganization during liver regeneration
2022-05-11, Molecular omics
IF:3.0Q3
DOI:10.1039/d1mo00382h
PMID:35072185
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研究论文 | 本研究通过网络推断和数学建模方法分析了肝脏再生过程中大量RNA测序时间序列数据，揭示了代谢、RNA剪接和细胞周期在肝脏再生中的整体协调作用 | 本研究通过构建动态调控网络和数学模型，揭示了HNF4A作为关键转录激活因子在肝脏再生中的作用，以及其在调控肝脏再生启动和终止中的双稳态失活机制 | NA | 理解肝脏在损伤或切除后平衡肝脏功能和增殖需求的调控机制 | 肝脏再生过程中的转录组重组织 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | 数学模型 | RNA测序数据 | 两组三分之二部分肝切除（PHx）后的肝脏样本 |
| 232 | 2024-08-08 |
In Vitro Matured Human Pluripotent Stem Cell-Derived Cardiomyocytes Form Grafts With Enhanced Structure and Function in Injured Hearts
2022-05-03, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 研究通过在聚二甲基硅氧烷（PDMS）衬里的滚瓶中培养，实现了人多能干细胞衍生的心肌细胞（hPSC-CMs）的大规模成熟制造，并证明了这些细胞移植后在受损心脏中形成具有增强结构和功能的移植物 | 首次提供了证据表明，移植更成熟的心肌细胞在体内产生更好的结果 | 文章未明确提及现有研究的局限性 | 探索人多能干细胞衍生的心肌细胞在心脏再生中的应用潜力，并通过改进培养方法提高其成熟度和移植效果 | 人多能干细胞衍生的心肌细胞（hPSC-CMs）及其在心脏再生中的应用 | 细胞生物学 | 心血管疾病 | 免疫细胞化学、超微结构分析、荧光钙成像、批量和单细胞转录组学 | NA | 细胞 | 使用了一个转基因的人多能干细胞系，生成了超过1×10^8个成熟hPSC-CMs |
| 233 | 2024-08-08 |
Liver stromal cells restrict macrophage maturation and stromal IL-6 limits the differentiation of cirrhosis-linked macrophages
2022-05, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2021.12.036
PMID:35074474
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研究论文 | 本研究探讨了人肝星状细胞如何影响髓系细胞的特性，并利用星状-髓系共培养系统研究了这些相互作用在肝硬化背景下的应用。 | 发现肝星状细胞通过减少CD14+细胞亚群的频率和影响巨噬细胞的分化，限制了巨噬细胞的成熟，并揭示了IL-6在肝星状细胞限制CD9+巨噬细胞分化中的作用。 | NA | 研究人肝星状细胞如何影响髓系细胞的特性，并理解星状-髓系共培养系统在肝硬化研究中的应用。 | 人肝星状细胞和髓系细胞的相互作用。 | 数字病理学 | 肝硬化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 非肝硬化组织样本7例，肝硬化组织样本5例 |
| 234 | 2024-08-08 |
Pre-existing Castration-resistant Prostate Cancer-like Cells in Primary Prostate Cancer Promote Resistance to Hormonal Therapy
2022-05, European urology
IF:25.3Q1
DOI:10.1016/j.eururo.2021.12.039
PMID:35058087
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研究论文 | 研究揭示了在前列腺癌早期存在的去势抵抗性前列腺癌样细胞，这些细胞促进了激素治疗的抵抗 | 发现了在激素治疗前就存在于前列腺癌中的去势抵抗性前列腺癌样细胞，这些细胞与疾病进展和远处转移有关 | 研究仅限于从新鲜的人类前列腺癌病例中分离的细胞，可能无法完全代表所有前列腺癌病例 | 理解早期前列腺癌中的亚克隆如何发展成去势抵抗性前列腺癌的机制 | 从新鲜的人类前列腺癌病例中分离的腺癌细胞，包括原发性腺癌、局部复发的去势抵抗性前列腺癌和转移性去势抵抗性前列腺癌 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 23226个上皮细胞 |
| 235 | 2024-08-08 |
scJoint integrates atlas-scale single-cell RNA-seq and ATAC-seq data with transfer learning
2022-05, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-01161-6
PMID:35058621
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scJoint的迁移学习方法，用于整合大规模异构的单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）数据 | scJoint利用半监督框架中的注释scRNA-seq数据，并通过神经网络同时训练标记和未标记数据，实现了标签转移和联合可视化 | NA | 开发一种方法以克服不同数据模式的异质性，从而更全面地理解细胞表型 | 单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据 | 机器学习 | NA | 迁移学习 | 神经网络 | 单细胞RNA测序数据和单细胞ATAC测序数据 | 使用图谱数据以及通过ASAP-seq和CITE-seq生成的多模态数据集进行验证 |
| 236 | 2024-08-08 |
Combined effects of arsenic and 2,2-dichloroacetamide on different cell populations of zebrafish liver
2022-May-15, The Science of the total environment
DOI:10.1016/j.scitotenv.2022.152961
PMID:35031379
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研究论文 | 研究了砷和2,2-二氯乙酰胺对斑马鱼肝脏不同细胞群体的联合效应 | 首次揭示了砷和2,2-二氯乙酰胺在斑马鱼肝脏中的细胞特异性联合反应 | NA | 探讨砷和2,2-二氯乙酰胺对斑马鱼肝脏不同细胞群体的联合效应 | 斑马鱼肝脏中的不同细胞群体 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | 共获得13,563个细胞，包括肝细胞、肝管细胞、内皮细胞和巨噬细胞 |
| 237 | 2024-08-08 |
Cell2location maps fine-grained cell types in spatial transcriptomics
2022-05, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-01139-4
PMID:35027729
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研究论文 | 本文介绍了一种名为cell2location的贝叶斯模型，用于在空间转录组数据中解析细粒度的细胞类型并创建全面的细胞图谱 | cell2location模型能够处理技术变异源，并通过跨位置借用统计强度，实现单细胞和空间转录组学数据的高灵敏度和高分辨率整合，优于现有工具 | NA | 开发一种能够全面映射细胞类型在空间转录组数据中的新模型 | 细胞类型在不同组织中的空间分布 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 贝叶斯模型 | 转录组数据 | 在三种不同组织（小鼠大脑、人类淋巴结和人类肠道）中进行了评估 |
| 238 | 2024-08-08 |
Endothelial TRPV4-eNOS coupling as a vital therapy target for treatment of hypertension
2022-05, British journal of pharmacology
IF:6.8Q1
DOI:10.1111/bph.15755
PMID:34822720
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研究论文 | 研究探讨了内皮细胞中TRPV4与eNOS的相互作用及其在高血压治疗中的潜在作用 | 首次整合单细胞RNA测序、单细胞功能研究和药物筛选于大动脉中，并设计了小分子药物JNc-463以改善高血压中的TRPV4-eNOS相互作用 | NA | 探索TRPV4与eNOS在大动脉中的相互作用及其在高血压中的作用 | 内皮细胞中的TRPV4与eNOS相互作用 | NA | 高血压 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用TRPV4EC-/-小鼠模型和JNc-463小分子药物进行研究 |
| 239 | 2024-08-08 |
Urine Proteomics and Renal Single-Cell Transcriptomics Implicate Interleukin-16 in Lupus Nephritis
2022-05, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.42023
PMID:34783463
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研究论文 | 本研究通过分析狼疮性肾炎（LN）患者的纵向尿液蛋白质组学特征和肾脏单细胞转录组学，探讨了白细胞介素-16（IL-16）在LN中的作用。 | 本研究首次通过尿液蛋白质组学和肾脏单细胞转录组学分析，揭示了IL-16在LN发病机制中的作用，并将其确定为潜在的治疗靶点和生物标志物。 | 研究样本量较小，仅包括30名LN患者，可能影响结果的普遍性。 | 开发新的治疗策略，并通过分析尿液蛋白质组学特征探索新的生物标志物。 | 狼疮性肾炎患者及其尿液蛋白质组学和肾脏单细胞转录组学。 | 生物标志物 | 狼疮性肾炎 | 尿液蛋白质组学，单细胞转录组学 | NA | 蛋白质，RNA | 30名狼疮性肾炎患者 |
| 240 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing of Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells from the Elderly People
2022-May-30, International journal of stem cells
IF:2.5Q3
DOI:10.15283/ijsc21042
PMID:34711696
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术将6,514个老年人的骨髓间充质干细胞分为三个集群，并分析了各集群的基因表达谱和功能 | 首次使用单细胞RNA测序技术揭示了骨髓间充质干细胞的异质性及其不同的细胞亚群 | NA | 探究骨髓间充质干细胞的细胞亚群及其功能 | 老年人的骨髓间充质干细胞 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 6,514个骨髓间充质干细胞 |