单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2024-08-08	Replicative history marks transcriptional and functional disparity in the CD8+ T cell memory pool 2022-05, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-022-01171-9 PMID:35393592	研究论文	本文通过开发一种名为DivisionRecorder的遗传追踪方法，研究了CD8+ T细胞记忆库中复制历史与转录和功能差异之间的关系。	首次证明了低度分裂的T细胞表现出与干细胞相关的基因表达丰富，处于相对静止状态，并且在激活后引发增殖回忆反应的能力更强。	NA	探讨复制历史与CD8记忆T细胞亚群形成之间的关系。	CD8+ T细胞记忆库中的复制历史与转录和功能差异。	免疫学	NA	遗传追踪方法，单细胞转录组学	NA	基因表达数据	不同CD8 T细胞群体
182	2024-08-08	Human iPS cell-derived cartilaginous tissue spatially and functionally replaces nucleus pulposus 2022-05, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2022.121491 PMID:35395453	研究论文	本文展示了人诱导多能干细胞衍生的软骨组织（hiPS-Cart）能够空间上和功能上替代失去的髓核（NP），从而恢复椎间盘的功能	首次证明hiPS-Cart能够有效替代失去的NP，并防止椎间盘退化	植入后的hiPS-Cart细胞仅发展为软骨样NP细胞，未发展为脊索样NP细胞	研究hiPS-Cart在替代失去的NP和防止椎间盘退化中的作用	人诱导多能干细胞衍生的软骨组织（hiPS-Cart）及其在椎间盘中的应用	再生医学	脊柱疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	在裸鼠中进行了植入实验，具体样本数量未详细说明
183	2024-08-08	Single-cell profiling of transcriptome and histone modifications with EpiDamID 2022-05-19, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2022.03.009 PMID:35366395	研究论文	本文介绍了一种名为EpiDamID的新技术，用于在单细胞水平上同时检测组蛋白翻译后修饰和转录	EpiDamID技术通过利用单链可变片段抗体、工程化的染色质阅读域和内源性染色质结合蛋白，实现了对多种染色质类型的靶向，使得DamID技术能够进行全基因组水平的组蛋白翻译后修饰识别	NA	开发一种能够在单细胞水平上同时测量染色质标记和转录的新技术	单细胞水平的组蛋白翻译后修饰和转录	基因组学	NA	EpiDamID	NA	基因组数据	包括小鼠胚胎体和早期斑马鱼胚胎的多个样本
184	2024-08-08	A high-throughput single cell-based antibody discovery approach against the full-length SARS-CoV-2 spike protein suggests a lack of neutralizing antibodies targeting the highly conserved S2 domain 2022-05-13, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac070 PMID:35362510	研究论文	本研究通过基于单细胞测序技术的高通量抗体发现方法，针对全长SARS-CoV-2刺突蛋白进行抗体筛选，发现针对高度保守的S2域的中和抗体缺乏	本研究首次采用基于单细胞测序的高通量抗体发现方法，针对SARS-CoV-2和SARS-CoV的S2区域进行交叉中和抗体的筛选	研究仅在RenMab小鼠模型中进行，未涉及人类样本，可能影响结果的直接应用性	旨在发现针对SARS-CoV-2和SARS-CoV的S2区域的中和抗体	全长SARS-CoV-2刺突蛋白及其S2区域	生物技术	COVID-19	单细胞测序技术	NA	序列数据	215个具有结合亲和力的抗体
185	2024-08-08	Sincast: a computational framework to predict cell identities in single-cell transcriptomes using bulk atlases as references 2022-05-13, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac088 PMID:35362513	研究论文	Sincast是一个计算框架，用于通过将单细胞转录组数据投影到已建立的批量参考图谱上来预测细胞身份	Sincast通过避免批次效应校正并沿连续体预测细胞身份，强调了参考图谱中未发现的新细胞状态	NA	开发一个有效的工具，用于单细胞RNA测序数据分析中的细胞身份预测	单细胞转录组数据和批量参考图谱	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	计算框架	转录组数据	NA
186	2024-08-08	Ly49E separates liver ILC1s into embryo-derived and postnatal subsets with different functions 2022-05-02, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20211805 PMID:35348580	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析，揭示了肝脏ILC1s可以根据Ly49E表达分为两个具有独特转录和表型特征的亚群	首次阐明了肝脏ILC1s的Ly49E+和Ly49E-亚群具有不同的起源和功能，分别为胚胎来源和出生后发展，且偏向于新生儿先天性或成人免疫记忆反应	NA	探究肝脏ILC1s的细胞异质性及其功能	肝脏ILC1s的Ly49E+和Ly49E-亚群	免疫学	NA	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	细胞	NA
187	2024-08-08	Methods for predicting single-cell miRNA in breast cancer 2022-05, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2022.110353 PMID:35364269	研究论文	本文介绍了用于预测乳腺癌中单细胞miRNA表达水平的计算方法	开发了一种基于富集的方法来估计miRNA表达，考虑了miRNA-mRNA调控信息和miRNA-mRNA相关信号，并使用机器学习模型进一步推断miRNA表达	方法的准确性和鲁棒性需要通过模拟单细胞数据进行验证	旨在开发和验证用于预测单细胞miRNA表达水平的方法	乳腺癌中的单细胞miRNA表达	机器学习	乳腺癌	RNA测序	机器学习模型	数据	涉及三阴性乳腺癌患者的单细胞RNA-seq数据
188	2024-08-08	Role of FSCN1 in the tumor microenvironment of lung squamous cell carcinoma 2022-05, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2022.152206 PMID:35367835	研究论文	本研究探讨了FSCN1在肺鳞状细胞癌（LUSC）肿瘤微环境中的作用	首次揭示了FSCN1作为LUSC中的关键免疫基因，并探讨了其与免疫浸润和炎症因子的关联	NA	研究FSCN1在LUSC肿瘤微环境中的作用及其潜在的治疗靶点	FSCN1在LUSC肿瘤微环境中的表达及其对肿瘤细胞增殖、抗凋亡、迁移和侵袭的影响	数字病理学	肺癌	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、定量逆转录PCR（qRT-PCR）、免疫组织化学、基因表达谱交互分析（GEPIA）、肿瘤免疫评估资源（TIMER）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
189	2024-08-08	TWO-SIGMA-G: a new competitive gene set testing framework for scRNA-seq data accounting for inter-gene and cell-cell correlation 2022-05-13, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac084 PMID:35325048	研究论文	本文提出了一个新的竞争性基因集测试框架TWO-SIGMA-G，用于处理scRNA-seq数据中的基因间和细胞间相关性	TWO-SIGMA-G采用基于先前发布的TWO-SIGMA的混合效应回归模型，能够灵活处理复杂实验设计，考虑生物重复间的相关性，并适应scRNA-seq数据的分布，以提高统计推断的准确性。此外，TWO-SIGMA-G还采用了一种新颖的方法来调整基因集级别的基因间相关性（IGC），以控制集级别的假阳性率	NA	开发一种新的竞争性基因集测试框架，以提高scRNA-seq数据分析的准确性和效率	scRNA-seq数据中的基因集测试	生物信息学	NA	scRNA-seq	混合效应回归模型	基因表达数据	涉及两个数据集，分别用于分析HIV相关干扰素通路在小鼠异种移植模型和人类阿尔茨海默病进展相关通路
190	2024-08-08	Key benefits of dexamethasone and antibody treatment in COVID-19 hamster models revealed by single-cell transcriptomics 2022-05-04, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2022.03.014 PMID:35339689	研究论文	研究使用单细胞转录组学分析了地塞米松和抗SARS-CoV-2抗体在COVID-19仓鼠模型中的治疗效果	揭示了地塞米松和抗SARS-CoV-2抗体联合治疗在减少肺部病毒负担和抑制炎症反应中的协同效应	研究仅限于仓鼠模型，可能需要进一步的人体试验验证	更好地理解地塞米松和抗SARS-CoV-2抗体对COVID-19感染和宿主反应的影响	COVID-19仓鼠模型中的肺部免疫反应	数字病理学	COVID-19	单细胞转录组学	NA	转录组数据	使用了两个COVID-19仓鼠模型
191	2024-08-08	Genetic mosaicism in the human brain: from lineage tracing to neuropsychiatric disorders 2022-05, Nature reviews. Neuroscience DOI:10.1038/s41583-022-00572-x PMID:35322263	综述	本文综述了遗传嵌合现象在人脑中的研究进展，及其对神经发育和神经精神疾病的潜在影响	利用下一代和单细胞测序技术研究正常组织中的遗传嵌合现象，揭示了前所未有的克隆结构和生理学见解	NA	探讨遗传嵌合现象在人脑发育和疾病中的作用	人脑中的遗传嵌合现象及其对神经发育和神经精神疾病的影响	NA	自闭症谱系障碍	下一代测序技术，单细胞测序技术	NA	基因组数据	NA
192	2024-08-08	Kidney Decellularized Extracellular Matrix Enhanced the Vascularization and Maturation of Human Kidney Organoids 2022-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202103526 PMID:35322595	研究论文	本研究使用肾脏去细胞化细胞外基质（dECM）水凝胶培养由人多能干细胞（hPSCs）衍生的肾脏类器官，这些类器官具有广泛的血管网络和自身的内皮细胞	本研究首次报道了使用肾脏dECM水凝胶培养的肾脏类器官具有更成熟的肾小球发育模式，并且与人类肾脏的相似度更高	NA	研究旨在提高肾脏类器官的血管化和成熟度，以应用于疾病模型和再生医学	人多能干细胞衍生的肾脏类器官	再生医学	肾脏疾病	CRISPR/Cas9	NA	单细胞转录组	使用α-半乳糖苷酶A（GLA）敲除的hPSCs生成的肾脏类器官
193	2024-08-08	Correlation Imputation for Single-Cell RNA-seq 2022-05, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2021.0403 PMID:35325552	研究论文	本文研究了单细胞RNA测序数据中的相关性填补方法	提出了针对单细胞RNA测序数据的相关性填补技术	NA	旨在提高单细胞RNA测序数据的完整性和分析准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
194	2024-08-08	Rapid identification of tumor-reactive T-cell receptors by RNA preamplification-based single-cell sequencing 2022-05, Journal of immunological methods IF:1.6Q4 DOI:10.1016/j.jim.2022.113260 PMID:35331733	研究论文	本研究通过在单细胞TCR测序中加入基于RNA的预扩增步骤，提出了一种快速且成本效益高的肿瘤反应性T细胞受体识别方法	本研究引入了一种基于RNA的预扩增步骤，减少了多重PCR扩增的轮次，并且cDNA产物来源于整个基因组的mRNA，而非仅基于多重引物的DNA预扩增的TCR mRNA	NA	开发一种快速且成本效益高的测序策略，用于实体肿瘤的TCR-T疗法	肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）中的肿瘤反应性T细胞受体（TCRs）	数字病理学	恶性肿瘤	单细胞测序	NA	RNA	NA
195	2024-08-08	ARCANE-ROG: Algorithm for reconstruction of cancer evolution from single-cell data using robust graph learning 2022-05, Journal of biomedical informatics IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbi.2022.104055 PMID:35337943	研究论文	本文提出了一种基于鲁棒图学习的单细胞数据癌症进化重建算法ARCANE-ROG	ARCANE-ROG方法通过联合去噪和数据插补框架以及最小生成树算法，提高了从单细胞数据中推断克隆进化的性能	NA	旨在从单细胞数据中推断肿瘤细胞的克隆进化，以改善癌症患者的治疗反应和生存率	单细胞数据中的肿瘤细胞克隆进化	机器学习	癌症	单细胞测序技术	图学习	单细胞数据	使用了模拟数据集和五个真实数据集进行验证
196	2024-08-08	ScRNA-seq identified the metabolic reprogramming of human colonic immune cells in different locations and disease states 2022-05-14, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2022.03.034 PMID:35303685	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了人类结肠不同区域和疾病状态下免疫细胞的代谢重编程机制	揭示了结肠不同区域和疾病状态下免疫细胞的代谢重编程模式，并提供了通过免疫代谢调节治疗溃疡性结肠炎的新见解	NA	研究人类结肠不同区域和疾病状态下免疫细胞的免疫代谢机制	人类结肠的免疫细胞，特别是巨噬细胞、CD8 T细胞和IgA浆细胞	数字病理学	溃疡性结肠炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
197	2024-08-08	Learning deep features and topological structure of cells for clustering of scRNA-sequencing data 2022-05-13, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac068 PMID:35302164	研究论文	提出了一种新的深度学习子空间聚类算法（scGDC），用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型聚类，该算法同时学习细胞的深度特征和拓扑结构	scGDC通过引入自表示层扩展自编码器以提取细胞的深度特征，并学习细胞的亲和图，提供了一种更全面的方法来表征细胞类型的结构。此外，scGDC利用生成对抗学习将不同类型的细胞投影到不同的子空间，以更好地区分稀有细胞类型	NA	解决单细胞RNA测序数据中的噪声、高维度和极端稀疏性问题，提高算法的性能和可解释性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	机器学习	NA	scRNA-seq	自编码器，生成对抗网络	基因转录组数据	15个单细胞RNA测序数据集，细胞数量从56到63,103不等
198	2024-08-08	The XRN1-regulated RNA helicase activity of YTHDC2 ensures mouse fertility independently of m6A recognition 2022-05-05, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2022.02.034 PMID:35305312	研究论文	本文研究了YTHDC2蛋白在鼠类生殖中的作用，发现其RNA解旋酶活性而非m6A识别功能对维持鼠类生育能力至关重要。	首次揭示了YTHDC2的RNA解旋酶活性在哺乳动物生育中的关键作用，并发现其与XRN1酶的相互作用增强了这一活性。	NA	探讨YTHDC2蛋白在哺乳动物生殖中的分子功能及其对生育能力的影响。	YTHDC2蛋白及其在鼠类生殖中的作用。	分子生物学	NA	单细胞转录组学	NA	RNA	涉及鼠类和斑马鱼的生殖细胞。
199	2024-08-08	Human cerebral organoids reveal progenitor pathology in EML1-linked cortical malformation 2022-05-04, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.15252/embr.202154027 PMID:35289477	研究论文	本研究利用源自患者和基因编辑诱导多能干细胞的大脑类器官，探讨了由echinoderm microtubule-associated protein-like 1 (EML1)基因突变引起的复杂皮质发育畸形相关的病理生理变化。	首次使用大脑类器官模型来研究EML1突变引起的皮质发育畸形，揭示了异常神经祖细胞的起源及其分子机制。	NA	深入理解EML1突变引起的皮质发育畸形的分子基础。	EML1突变对大脑皮质发育的影响及其病理生理机制。	数字病理学	皮质发育畸形	单细胞RNA测序	大脑类器官	细胞	源自患者和基因编辑诱导多能干细胞的大脑类器官
200	2024-08-08	Osteocytes in bone aging: Advances, challenges, and future perspectives 2022-05, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2022.101608 PMID:35283289	综述	本文综述了骨细胞在骨老化中的作用，包括其形态变化、分子机制以及在年龄相关骨丢失和骨质量下降中的作用	利用先进的RNA测序技术分析骨细胞转录组，识别了与骨老化相关的基因和信号通路，并探讨了单细胞RNA测序技术在骨细胞研究中的应用前景	骨细胞的详细分子机制仍不清楚	总结骨老化和骨细胞的特征，探讨骨细胞在年龄相关骨丢失中的机制，并提供研究骨细胞转录组面临的挑战及可能的解决方案	骨细胞及其在骨老化中的作用	NA	骨质疏松症	RNA测序	NA	转录组数据	NA