单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-12	A dynamic single cell-based framework for digital twins to prioritize disease genes and drug targets 2022-05-06, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01048-4 PMID:35513850	研究论文	本文提出了一种基于动态单细胞的框架，用于数字孪生模型中优先筛选疾病基因和药物靶点	本文的创新点在于开发了一种可扩展的框架，用于模拟数字孪生模型中的动态变化，并在细胞组和全基因组范围内优先筛选上游调控基因（URs），以用于生物标志物和药物发现	本文的局限性在于多向网络的缺乏线性层次结构和时间依赖性变化，增加了URs优先筛选的复杂性	本文的研究目的是开发一种可扩展的框架，用于模拟数字孪生模型中的动态变化，以优先筛选上游调控基因（URs），用于生物标志物和药物发现	本文的研究对象是季节性过敏性鼻炎（SAR）患者的体外过敏原刺激的外周血单核细胞（PBMC）	数字病理学	过敏性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多细胞网络模型（MNMs）	时间序列单细胞RNA测序数据	季节性过敏性鼻炎（SAR）患者的体外过敏原刺激的外周血单核细胞（PBMC）
2	2024-12-11	Multiscale PHATE identifies multimodal signatures of COVID-19 2022-05, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-01186-x PMID:35228707	研究论文	本文介绍了一种名为Multiscale PHATE的方法，通过扫描数据的所有粒度级别来学习直接预测疾病结果的抽象生物特征	提出了Multiscale PHATE方法，结合扩散凝聚过程，能够在不同分辨率下分析数据拓扑结构，从而提取生物学见解	NA	开发一种能够处理复杂和高维数据的计算工具，以提取生物学见解	COVID-19患者的细胞数据，包括5400万细胞来自168名住院患者	生物信息学	COVID-19	Multiscale PHATE, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 单细胞转座酶可及染色质测序 (scATAC-seq)	NA	细胞数据	5400万细胞来自168名住院患者
3	2024-11-13	Myoblast deactivation within engineered human skeletal muscle creates a transcriptionally heterogeneous population of quiescent satellite-like cells 2022-05, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2022.121508 PMID:35421801	研究论文	研究优化了在体外培养的人工骨骼肌组织中使人类肌原细胞失活的方法，形成了一种转录异质性的静止卫星细胞群	首次在体外人工骨骼肌环境中成功模拟了静止卫星细胞的形成，并利用单细胞RNA测序技术揭示了其转录组变化	研究主要集中在体外实验，尚未在体内验证其效果	探索在体外人工骨骼肌环境中形成静止卫星细胞的方法，为研究人类肌肉再生和疾病相关的卫星细胞功能障碍提供平台	人类肌原细胞和人工骨骼肌组织	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及多个肌原细胞样本和人工骨骼肌组织样本
4	2024-10-16	Multimodal profiling of lung granulomas in macaques reveals cellular correlates of tuberculosis control 2022-05-10, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2022.04.004 PMID:35483355	研究论文	本文通过多模态分析方法研究了猕猴肺肉芽肿中的结核杆菌控制机制	本文首次结合正电子发射断层扫描和计算机断层扫描成像、单细胞RNA测序以及细菌清除测量，揭示了肺肉芽肿中细菌控制的细胞相关性	NA	研究肺肉芽肿中结核杆菌控制的细胞机制	猕猴肺肉芽肿中的免疫细胞和细菌	数字病理学	结核病	单细胞RNA测序	NA	图像和基因数据	NA
5	2024-09-28	Deconvolution of the hematopoietic stem cell microenvironment reveals a high degree of specialization and conservation 2022-May-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.104225 PMID:35494238	研究论文	本文开发了一种定制的生物信息学管道，整合了公共和专有的单细胞RNA测序数据，以揭示造血干细胞微环境的复杂性和特异性	首次鉴定了14种中间细胞状态和11个分化阶段，提供了迄今为止最全面的鼠类造血干细胞调节微环境描述，并推测了人类和鼠类之间微环境调节的保守特征	NA	理解正常和恶性人类造血的调控机制	造血干细胞的调节微环境	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
6	2024-09-26	EDClust: an EM-MM hybrid method for cell clustering in multiple-subject single-cell RNA sequencing 2022-05-13, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac168 PMID:35561178	研究论文	本文提出了一种新的统计方法EDClust，用于多主体单细胞RNA测序数据的细胞聚类	EDClust通过混合Dirichlet-多项分布模型处理细胞类型异质性、主体异质性和聚类不确定性，并采用EM-MM混合算法进行数据似然最大化	NA	解决多主体单细胞RNA测序数据中的细胞聚类问题	多主体单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	混合模型	RNA测序数据	涉及四个真实单细胞RNA测序数据集，包含多种组织类型和物种
7	2024-09-23	Variant-specific vaccination induces systems immune responses and potent in vivo protection against SARS-CoV-2 2022-05-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2022.100634 PMID:35561673	研究论文	研究了针对SARS-CoV-2不同变种的LNP-mRNA疫苗在动物模型中的免疫反应和体内保护效果	首次系统研究了针对SARS-CoV-2野生型和变种（B.1.351和B.1.617）的LNP-mRNA疫苗的免疫反应和体内保护效果	研究仅限于动物模型，尚未在人体中进行验证	评估针对SARS-CoV-2不同变种的LNP-mRNA疫苗的免疫反应和体内保护效果	SARS-CoV-2的野生型和变种（B.1.351和B.1.617）	疫苗学	COVID-19	LNP-mRNA疫苗	NA	单细胞转录组数据	动物模型
8	2024-09-23	Regulation of developmental hierarchy in Drosophila neural stem cell tumors by COMPASS and Polycomb complexes 2022-05-13, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abi4529 PMID:35544555	研究论文	研究了COMPASS和Polycomb复合物在果蝇神经干细胞肿瘤中对发育层次的调控作用	揭示了COMPASS和Polycomb复合物在肿瘤发育层次中的协同作用，以及它们对癌症干细胞（CSC）可塑性和异质性的影响	NA	探讨COMPASS和Polycomb复合物在肿瘤细胞层次结构、组成和生长中的作用	果蝇神经干细胞肿瘤中的COMPASS和Polycomb复合物	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
9	2024-09-23	MYC drives aggressive prostate cancer by disrupting transcriptional pause release at androgen receptor targets 2022-05-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-30257-z PMID:35562350	研究论文	研究探讨了MYC在前列腺癌中的作用及其对雄激素受体转录程序的影响	首次揭示了MYC过表达通过干扰转录暂停释放来对抗雄激素受体转录程序，从而促进前列腺癌的发展	NA	探讨MYC在前列腺癌中的作用及其对雄激素受体转录程序的影响	前列腺癌细胞及临床样本	数字病理学	前列腺癌	单细胞转录组学和ChIP-seq	NA	转录组数据	临床样本和前列腺癌细胞
10	2024-09-23	Acquisition of NOTCH dependence is a hallmark of human intestinal stem cell maturation 2022-05-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2022.03.007 PMID:35395175	研究论文	研究了NOTCH信号在人类肠道干细胞成熟过程中的作用	首次通过单细胞转录组学观察到OLFM4基因在人类发育过程中表达的变化，并验证了NOTCH信号依赖性随发育增加的假设	仅限于体外实验，未涉及体内验证	探讨NOTCH信号在人类肠道干细胞成熟过程中的作用	人类肠道干细胞及其在不同发育阶段的依赖性	NA	NA	单细胞转录组学、RNA测序	NA	转录组数据	不同发育阶段的肠道组织样本
11	2024-09-23	Single-cell analysis of human testis aging and correlation with elevated body mass index 2022-05-09, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.04.004 PMID:35504286	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了年轻和老年男性睾丸细胞的基因表达变化，并探讨了这些变化与身体质量指数的关系	首次在单细胞水平上系统分析了人类睾丸衰老的分子和基因组变化，并发现这些变化与身体质量指数相关	研究样本仅包括年轻和老年男性，未涵盖其他年龄段；研究结果可能受样本量限制	探讨人类睾丸衰老的分子机制及其与身体质量指数的关系	年轻和老年男性的睾丸细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	44,000个细胞，来自年轻和老年男性
12	2024-09-23	An activation to memory differentiation trajectory of tumor-infiltrating lymphocytes informs metastatic melanoma outcomes 2022-05-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2022.04.005 PMID:35537413	研究论文	本文应用先进的基因组学技术研究了肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）在黑色素瘤转移中的作用	首次通过单细胞测序分析了TILs的激活到记忆分化轨迹，揭示了记忆/驻留记忆TILs在抗PD-1治疗中的重要作用	研究仅限于黑色素瘤，且样本量相对较小，可能影响结果的普适性	探讨肿瘤浸润淋巴细胞在黑色素瘤转移中的作用及其对治疗反应的影响	肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）及其在黑色素瘤中的分化轨迹	基因组学	黑色素瘤	单细胞测序	NA	基因组数据	9000个人类肿瘤样本和多个单细胞测序数据集
13	2024-09-23	Stem-cell-derived trophoblast organoids model human placental development and susceptibility to emerging pathogens 2022-05-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2022.04.004 PMID:35523141	研究论文	本文报道了从人类多能干细胞（hPSCs）中分离的滋养层干细胞可以高效自组织成3D的干细胞衍生滋养层类器官（SC-TOs），模拟人类胎盘发育及其对新兴病原体的易感性	首次展示了从hPSCs中分离的滋养层干细胞可以形成具有绒毛结构的3D类器官，并揭示了其对SARS-CoV-2和Zika病毒的易感性	需要进一步研究以验证SC-TOs在模拟胎盘发育和病原体易感性方面的准确性和全面性	开发一种可访问的3D模型系统，用于研究人类胎盘发育及其对新兴病原体的易感性	从hPSCs中分离的滋养层干细胞及其形成的3D类器官	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	多个滋养层干细胞及其形成的类器官
14	2024-09-23	Monocytes transition to macrophages within the inflamed vasculature via monocyte CCR2 and endothelial TNFR2 2022-05-02, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20210562 PMID:35404389	研究论文	研究揭示了单核细胞在炎症血管中转变为巨噬细胞的分子信号机制	首次阐明了CCR2和TNFR2在单核细胞向巨噬细胞转变过程中的关键作用，并提出了CCR2介导的自分泌正反馈循环可能加剧肾炎症	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序，缺乏体内实验验证	探讨单核细胞在炎症环境下转变为巨噬细胞的分子机制及其在疾病中的作用	单核细胞、巨噬细胞、炎症血管、肾小球肾炎患者	NA	肾小球肾炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	体外实验中使用了单核细胞与TNF-TNFR2激活的内皮细胞共培养，单细胞RNA测序分析了共培养细胞
15	2024-09-23	Trans-Seq maps a selective mammalian retinotectal synapse instructed by Nephronectin 2022-05, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-022-01068-8 PMID:35524141	研究论文	本研究开发了一种名为Trans-Seq的综合方法，用于绘制从小鼠视网膜神经节细胞（RGC）到上丘（SC）的电路连接图	首次使用Trans-Seq方法结合荧光顺行跨突触示踪剂和单细胞RNA测序，绘制了RGC到SC的电路连接图，并验证了αRGC与Nephronectin阳性广域神经元（NPWFs）之间的连接	NA	理解哺乳动物视觉系统的电路连接	小鼠视网膜神经节细胞（RGC）和上丘（SC）神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
16	2024-09-20	Single-cell transcriptome reveals insights into the development and function of the zebrafish ovary 2022-05-19, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.76014 PMID:35588359	研究论文	本文利用单细胞转录组测序技术研究了斑马鱼卵巢的发育和功能	首次通过单细胞RNA测序揭示了斑马鱼卵巢中不同细胞亚群的转录组特征，并发现了新的细胞亚群	基因敲除实验仅限于少数基因，未来需要进一步扩展以全面理解卵巢发育和功能的调控机制	揭示斑马鱼卵巢发育和功能的分子机制	斑马鱼卵巢中的生殖细胞和体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	10,658个生殖细胞和14,431个体细胞
17	2024-09-11	The Tabula Sapiens: A multiple-organ, single-cell transcriptomic atlas of humans 2022-05-13, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abl4896 PMID:35549404	研究论文	本文创建了一个包含24种不同组织和器官的近50万个细胞的人类参考图谱，通过单细胞转录组测序对细胞类型进行分子表征	本文首次创建了一个多器官、单细胞转录组的人类图谱，涵盖了24种不同组织和器官的近50万个细胞，并详细分析了细胞类型及其在组织间的分布和基因表达的组织特异性变化	NA	通过单细胞转录组测序技术，深入研究人类器官的细胞类型及其分子特征	人类24种不同组织和器官的近50万个细胞	单细胞测序	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	近50万个细胞，来自24种不同组织和器官
18	2024-09-02	Alignment and integration of spatial transcriptomics data 2022-05, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01459-6 PMID:35577957	研究论文	本文介绍了一种名为PASTE的方法，用于对齐和整合来自多个相邻组织切片的空间转录组数据	PASTE方法通过使用最优传输公式，结合转录相似性和斑点间的物理距离，计算切片间的成对对齐，并进一步组合成对齐以构建组织的三维对齐	NA	开发一种方法来对齐和整合多个相邻组织切片的空间转录组数据	空间转录组数据的对齐和整合	生物信息学	NA	空间转录组学	最优传输模型	转录组数据	数千个来自组织切片的斑点
19	2024-09-01	Single-cell RNA sequencing in silent corticotroph tumors confirms impaired POMC processing and provides new insights into their invasive behavior 2022-May-12, European journal of endocrinology IF:5.3Q1 DOI:10.1530/EJE-21-1183 PMID:35521707	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了静默性和活性皮质垂体瘤的细胞组成和转录组，揭示了POMC加工缺陷及其侵袭行为的分子机制	首次通过单细胞RNA测序技术深入研究了静默性皮质垂体瘤中POMC加工缺陷和侵袭行为的分子机制	NA	探究静默性皮质垂体瘤中POMC加工缺陷和侵袭行为的分子机制	静默性和活性皮质垂体瘤的细胞组成和转录组	数字病理学	垂体瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组	具体样本数量未在摘要中提及
20	2024-08-31	Universal Surface Biotinylation: a simple, versatile and cost-effective sample multiplexing method for single-cell RNA-seq analysis 2022-May-27, DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes IF:3.9Q1 DOI:10.1093/dnares/dsac017 PMID:35652718	研究论文	本文介绍了一种名为Universal Surface Biotinylation (USB)的新型通用标记技术，用于单细胞RNA测序分析中的样本多重化	USB技术不依赖于特定的细胞表面蛋白，通过引入生物素到任何细胞表面蛋白的氨基团中，实现了对多种细胞类型的良好标记	NA	开发一种新的样本多重化技术，以降低实验成本并提高实验准确性	多种细胞类型的单细胞RNA测序分析	生物技术	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	数千至数万个细胞