单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 226 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2024-08-08 |
A single-cell atlas of non-haematopoietic cells in human lymph nodes and lymphoma reveals a landscape of stromal remodelling
2022-04, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-022-00866-3
PMID:35332263
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研究论文 | 本文构建了人类淋巴结和淋巴瘤中非造血细胞的单细胞转录组图谱，揭示了基质重塑的景观 | 本文首次揭示了淋巴瘤中非造血细胞的30个不同亚群，包括一些先前未被识别的亚群，并发现了亚群特异性的基因表达变化和与恶性细胞的相互作用 | NA | 深入理解淋巴瘤中的基质重塑，并发现潜在的临床生物标志物 | 非造血细胞在人类淋巴结和淋巴瘤中的活动 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 超过100,000个非造血细胞，来自27个人类样本 |
| 162 | 2024-08-08 |
A Bayesian method to cluster single-cell RNA sequencing data using copy number alterations
2022-04-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac143
PMID:35298589
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CONGAS的贝叶斯概率方法，用于通过独立测序的批量DNA和单细胞RNA测量来分阶段处理单细胞RNA测序数据，并识别具有亚克隆CNAs的单细胞集群及其RNA表达差异 | CONGAS方法利用批量DNA测序数据构建统计先验，无需正常参考，并借助GPU后端和变分推断实现快速扩展 | NA | 开发一种新方法来定义从测序分析中得出的癌症亚克隆的精确组成，并探索复杂的CNAs与其对癌症表型的影响之间的映射 | 单细胞RNA测序数据中的亚克隆CNAs和RNA表达差异 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯概率模型 | DNA和RNA数据 | 使用模拟数据和真实数据进行测试，包括来自10×和Smart-Seq测序的肿瘤数据 |
| 163 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics reveals distinct effector profiles of infiltrating T cells in lupus skin and kidney
2022-04-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.156341
PMID:35290245
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学分析，揭示了狼疮皮肤和肾脏中浸润T细胞的不同效应器特征。 | 首次在单细胞水平上详细分析了狼疮皮肤中T和NK细胞的转录组，并进行了跨组织的比较。 | NA | 研究狼疮皮肤和肾脏中浸润T细胞的表型和功能。 | 狼疮皮肤和肾脏中的T和NK细胞。 | 数字病理学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 来自狼疮皮肤病变和非病变皮肤活检的T和NK细胞 |
| 164 | 2024-08-08 |
The transcription factor Fli1 restricts the formation of memory precursor NK cells during viral infection
2022-04, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-022-01150-0
PMID:35288713
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术，探讨了转录因子Fli1在病毒感染期间限制记忆前体NK细胞形成中的作用 | 首次揭示了Fli1通过调控早期效应NK细胞的适应性，限制记忆前体NK细胞的形成 | NA | 探究NK细胞形成记忆细胞的分子机制 | 自然杀伤（NK）细胞及其在病毒感染后的记忆形成 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠细胞巨化病毒感染的小鼠样本 |
| 165 | 2024-08-08 |
Cytochrome P450 26A1 regulates the clusters and killing activity of NK cells during the peri-implantation period
2022-04, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.17269
PMID:35297206
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研究论文 | 本研究探讨了细胞色素P450 26A1（CYP26A1）在胚胎着床期对自然杀伤（NK）细胞亚群及其杀伤活性的影响 | 通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）发现了子宫内四种NK细胞亚群，并揭示了CYP26A1敲降对这些亚群表达和杀伤活性的影响 | NA | 研究CYP26A1对NK细胞亚群及其杀伤活性的影响 | CYP26A1和NK细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 166 | 2024-08-08 |
Hepatic stellate cells in physiology and pathology
2022-04, The Journal of physiology
DOI:10.1113/JP281061
PMID:35307840
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综述 | 本文综述了肝星状细胞（HSCs）在正常肝脏生理和病理过程中的多种关键功能 | 近期单细胞RNA测序研究证实了HSC激活涉及多种表型改变，并识别出独特的HSC群体 | NA | 强调HSCs的多种功能，并简述有助于深入研究HSCs在肝脏生理和病理中作用的最新遗传工具 | 肝星状细胞（HSCs） | NA | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 167 | 2024-08-08 |
Single cell sequencing coupled with bioinformatics reveals PHYH as a potential biomarker in kidney ischemia reperfusion injury
2022-04-30, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2022.02.095
PMID:35276556
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术结合生物信息学方法，揭示了PHYH作为肾缺血再灌注损伤的潜在生物标志物 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出近端小管细胞在肾缺血再灌注损伤中的重要作用，并验证了PHYH的高表达 | NA | 旨在识别肾缺血再灌注损伤中的重要细胞类型和潜在生物标志物 | 肾缺血再灌注损伤中的细胞类型和生物标志物 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用了来自GEO数据库的GSE139506数据集，并构建了小鼠缺血再灌注损伤模型进行验证 |
| 168 | 2024-08-08 |
Supervised capacity preserving mapping: a clustering guided visualization method for scRNA-seq data
2022-04-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac131
PMID:35253834
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研究论文 | 提出了一种名为supCPM的监督可视化方法，用于单细胞RNA测序数据，该方法能够分离不同簇、保留全局结构并跟踪簇的方差 | supCPM方法在保留全局几何结构和数据方差方面优于其他六种可视化方法 | NA | 开发一种新的计算方法，用于分析单细胞RNA测序数据，特别是在聚类和可视化方面 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 数据 | NA |
| 169 | 2024-08-08 |
scGate: marker-based purification of cell types from heterogeneous single-cell RNA-seq datasets
2022-04-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac141
PMID:35258562
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scGate的算法，用于从异质性单细胞RNA测序数据集中基于标记自动化纯化特定细胞群体 | scGate无需训练数据或参考基因表达谱，通过层次结构组织的标记来纯化细胞群体，类似于流式细胞术中的门控策略，并优于现有的单细胞分类器 | NA | 开发一种新的算法，用于从异质性单细胞数据集中纯化特定细胞类型 | 单细胞RNA测序数据集中的特定细胞群体 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | 单细胞数据 | NA |
| 170 | 2024-08-08 |
spatialGE: quantification and visualization of the tumor microenvironment heterogeneity using spatial transcriptomics
2022-04-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac145
PMID:35258565
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研究论文 | 本文介绍了spatialGE软件，用于通过基因表达表面、空间异质性统计、点级细胞分解和空间感知聚类等方法，量化和可视化肿瘤微环境的异质性 | 开发了spatialGE软件，提供了一种新的方法来探索肿瘤空间异质性与临床数据之间的关联 | NA | 提高对肿瘤微环境的理解，并改善癌症的预后和治疗 | 肿瘤微环境的空间异质性 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 171 | 2024-08-08 |
NewWave: a scalable R/Bioconductor package for the dimensionality reduction and batch effect removal of single-cell RNA-seq data
2022-04-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac149
PMID:35266509
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研究论文 | 本文介绍了NewWave，一个用于单细胞RNA测序数据降维和批次效应去除的可扩展R/Bioconductor包 | NewWave采用小批量优化方法，能够处理内存外数据，使用户能够分析包含数百万细胞的数据集 | NA | 开发一个可扩展的工具，用于单细胞RNA测序数据的降维和批次效应去除 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 序列数据 | 数百万细胞 |
| 172 | 2024-08-08 |
STRIDE: accurately decomposing and integrating spatial transcriptomics using single-cell RNA sequencing
2022-04-22, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac150
PMID:35253896
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研究论文 | 本文介绍了一种名为STRIDE的计算方法，通过利用单细胞转录组学训练的主题轮廓来分解空间混合物中的细胞类型，从而准确估计细胞类型比例并提高空间定位基因和域的识别。 | STRIDE方法通过主题建模技术，能够准确分解和整合空间转录组数据，提高了对稀有细胞类型空间定位的识别能力。 | NA | 开发一种新的计算方法，以克服现有空间转录组技术在单细胞水平上探索细胞定位和相互作用的局限性。 | 空间转录组数据中的细胞类型分解和整合。 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 主题建模 | 转录组数据 | NA |
| 173 | 2024-08-08 |
Keratin filaments mediate the expansion of extra-embryonic membranes in the post-gastrulation mouse embryo
2022-04-04, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2021108747
PMID:35266581
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研究论文 | 本文通过两光子活体成像技术研究了角质纤维在胚胎后期外胚膜扩张中的作用 | 首次揭示了角质纤维在胚胎外结构扩张中的新作用，并提出了中胚层适应环境的机制 | NA | 探讨角质纤维在胚胎外膜扩张中的作用及其机制 | 小鼠胚胎的中胚层及其外胚膜 | NA | NA | 两光子活体成像技术，单细胞RNA测序 | NA | 图像，RNA序列 | 多个小鼠胚胎 |
| 174 | 2024-08-08 |
Transcriptome analysis revealed a two-step transformation of vascular smooth muscle cells to macrophage-like cells
2022-04, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
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研究论文 | 本文通过转录组分析揭示了血管平滑肌细胞向巨噬细胞样细胞的两步转化过程 | 研究首次详细描述了血管平滑肌细胞在特定信号通路抑制下向巨噬细胞样细胞转化的分子机制 | 研究主要基于体外实验和病理样本分析，可能需要进一步的体内实验验证 | 探讨血管平滑肌细胞在相同环境压力下执行不同功能的机制及其向巨噬细胞样细胞转化的细胞重编程过程 | 血管平滑肌细胞及其向巨噬细胞样细胞的转化 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 175 | 2024-08-08 |
Phitest for analyzing the homogeneity of single-cell populations
2022-04-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac130
PMID:35238346
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研究论文 | 本文提出了一种名为Phitest的生物信息学工具，用于分析单细胞群体的同质性 | Phitest能够区分同质和异质的细胞群体，为单细胞聚类分析提供了一种客观和自动化的优化方法 | NA | 旨在改进单细胞RNA测序数据的聚类分析质量评估 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群体同质性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 176 | 2024-08-08 |
The composition, function, and regulation of adipose stem and progenitor cells
2022-04, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2022.02.014
PMID:35240306
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综述 | 本文综述了脂肪干细胞和前体细胞（ASPCs）的组成、功能及其调控机制 | 利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析揭示了ASPCs在鼠和人类脂肪组织中的不同亚型，提供了对ASPCs细胞复杂性的新见解 | ASPCs的分子异质性和功能多样性仍了解不足 | 总结ASPCs群体的当前知识，包括其标记物、功能和调控机制 | 脂肪干细胞和前体细胞（ASPCs）及其在脂肪组织中的作用 | NA | 代谢性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 涉及鼠和人类脂肪组织 |
| 177 | 2024-08-08 |
Ulcerative colitis is characterized by a plasmablast-skewed humoral response associated with disease activity
2022-04, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-022-01680-y
PMID:35190725
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、单细胞IgH基因测序和蛋白质水平验证，全面定义了溃疡性结肠炎（UC）相关肠道炎症期间B细胞的组成、转录和克隆型景观 | 发现了黏膜B细胞区室的主要扰动，包括幼稚B细胞和IgG浆细胞的扩张，以及从UC肠道炎症中分离出的自身反应性浆细胞克隆 | NA | 全面定义溃疡性结肠炎相关肠道炎症期间B细胞的景观 | 溃疡性结肠炎患者的B细胞 | NA | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 主要队列145例，验证队列1为664例，验证队列2为143例 |
| 178 | 2024-08-08 |
PathogenTrack and Yeskit: tools for identifying intracellular pathogens from single-cell RNA-sequencing datasets as illustrated by application to COVID-19
2022-Apr, Frontiers of medicine
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s11684-021-0915-9
PMID:35192147
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研究论文 | 本文介绍了PathogenTrack和Yeskit两种工具，用于从单细胞RNA测序数据中识别细胞内病原体，并以COVID-19为例进行了应用展示 | PathogenTrack是首个能够在单细胞水平上识别细菌的工具，并且与现有的先进工具如Viral-Track相比具有竞争力 | NA | 开发和验证用于从单细胞RNA测序数据中识别细胞内病原体的计算工具 | COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液样本中的SARS-CoV-2病毒和副溶血性嗜血杆菌 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 多个真实和模拟的单细胞RNA测序数据集 |
| 179 | 2024-08-08 |
Clinically relevant orthotopic xenograft models of patient-derived glioblastoma in zebrafish
2022-04-01, Disease models & mechanisms
IF:4.0Q1
DOI:10.1242/dmm.049109
PMID:35199829
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研究论文 | 研究建立了斑马鱼来源的胶质母细胞瘤异种移植模型，用于预测个体胶质母细胞瘤细胞的颅内浸润倾向和药物反应 | 开发了一种新的斑马鱼异种移植模型（zPDOX），能够在20天内预测胶质母细胞瘤患者的长期结果，并评估颅内浸润倾向和个体药物敏感性 | NA | 旨在克服现有小鼠模型在技术上的限制，如从小组织样本中生成足够样本数量的困难和结果的长潜伏期 | 胶质母细胞瘤细胞的颅内浸润倾向和药物反应 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 异种移植模型 | 单细胞RNA序列数据 | 多样本来源的斑马鱼胶质母细胞瘤异种移植模型 |
| 180 | 2024-08-08 |
Identification of novel regulators required for early development of vein pattern in the cotyledons by single-cell RNA-sequencing
2022-04, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.15719
PMID:35218590
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了3天龄子叶中的14117个单细胞，以揭示子叶子叶脉早期发育的调控机制 | 发现了多个新的标记基因和子叶子叶脉的发育特征，并揭示了CYCLING DOF FACTOR 5 (CDF5)和REPRESSOR OF GA (RGA)在子叶子叶脉早期发育和功能中的潜在作用 | 子叶子叶脉早期发育的机制仍不完全清楚 | 全面表征3天龄子叶子叶脉的早期分化和发育 | 子叶子叶脉的细胞类型和新型标记基因 | 植物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 14117个单细胞 |