单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 226 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomic and chromatin accessibility analyses of dairy cattle peripheral blood mononuclear cells and their responses to lipopolysaccharide
2022-Apr-30, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-022-08562-0
PMID:35501711
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研究论文 | 本研究首次报道了奶牛外周血单个核细胞（PBMCs）的单细胞转录组和染色质可及性分析及其对脂多糖（LPS）刺激的响应 | 首次进行了奶牛PBMCs的单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq），并分析了LPS刺激后的细胞响应 | NA | 研究奶牛PBMCs对LPS刺激的单细胞转录组和染色质可及性响应 | 奶牛外周血单个核细胞（PBMCs）及其对LPS的响应 | 数字病理学 | 乳腺炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq） | NA | 转录组数据，染色质可及性数据 | 涉及多种细胞类型，包括CD4 T细胞、CD8 T细胞、B细胞、单核细胞、自然杀伤细胞、固有淋巴细胞和树突状细胞 |
| 82 | 2024-08-08 |
Dissecting Human Gonadal Cell Lineage Specification and Sex Determination Using A Single-cell RNA-seq Approach
2022-04, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2022.04.002
PMID:35513251
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了人类胚胎和胎儿中的胎儿生殖细胞（FGCs）和性腺体细胞，揭示了性腺发育中的细胞亚型和信号通路作用 | 发现了新的细胞亚型，如POU5F1SPARC FGCs和KRT19体细胞，并揭示了BMP信号通路在睾丸发育中的特定作用 | NA | 研究性腺细胞谱系特化和性别决定机制 | 人类胚胎和胎儿中的胎儿生殖细胞和性腺体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列 | 涉及多个胚胎和胎儿样本 |
| 83 | 2024-08-08 |
Mechanical tension mobilizes Lgr6+ epidermal stem cells to drive skin growth
2022-04-29, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abl8698
PMID:35476447
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研究论文 | 本文通过在小鼠中使用受控的组织扩张系统，揭示了皮肤生长的细胞和分子机制 | 首次详细描述了机械张力如何通过激活Lgr6+表皮干细胞来驱动皮肤生长，并揭示了Hippo通路在此过程中的作用 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现 | 探索成年哺乳动物皮肤尺寸变化的机制，并开发增强皮肤生长的治疗方法 | 皮肤生长的细胞和分子机制 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 三维组织重建 | 小鼠模型 |
| 84 | 2024-08-08 |
Reference-free cell type deconvolution of multi-cellular pixel-resolution spatially resolved transcriptomics data
2022-04-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-30033-z
PMID:35487922
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研究论文 | 本文开发了一种无需参考的细胞类型反卷积方法STdeconvolve，用于解析多细胞像素分辨率的空间转录组数据 | STdeconvolve能够在没有外部单细胞转录组参考的情况下，有效恢复细胞类型的转录组特征及其在像素中的比例 | NA | 解决多细胞像素分辨率空间转录组数据中细胞类型特异性空间模式和基因表达变异识别的难题 | 多细胞像素分辨率的空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | NA | 转录组数据 | 多种空间转录组技术（如Spatial Transcriptomics, 10X Visium, DBiT-seq, Slide-seq）的数据 |
| 85 | 2024-08-08 |
Systematic evaluation of colorectal cancer organoid system by single-cell RNA-Seq analysis
2022-04-28, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02673-3
PMID:35484598
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，系统评估了来自结直肠癌患者的患者源性类器官在不同培养基中的基因表达模式 | 首次详细比较了不同培养基中结直肠类器官的基因表达模式，并发现条件培养基在长期培养肿瘤上皮细胞方面优于化学定义培养基 | NA | 评估结直肠癌患者源性类器官的培养条件和生物学特性 | 结直肠癌患者的类器官及其对应的肿瘤和正常组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自7名患者的类器官及其对应的肿瘤和正常组织 |
| 86 | 2024-08-08 |
Nonlesional lupus skin contributes to inflammatory education of myeloid cells and primes for cutaneous inflammation
2022-04-27, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abn2263
PMID:35476593
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研究论文 | 本研究通过综合单细胞RNA测序和空间RNA测序分析了狼疮患者正常皮肤、病变皮肤和循环免疫细胞，揭示了非病变皮肤在狼疮皮肤红斑狼疮（CLE）发病机制中的作用 | 首次全面探讨了非病变角质形成细胞在疾病易感性中的作用，并展示了狼疮患者正常皮肤中I型干扰素富集的预病变环境 | NA | 探究皮肤红斑狼疮（CLE）的免疫发病机制 | 狼疮患者的正常皮肤、病变皮肤和循环免疫细胞 | NA | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序，空间RNA测序 | NA | RNA | 来自狼疮患者的正常皮肤、病变皮肤和循环免疫细胞样本 |
| 87 | 2024-08-08 |
A high-resolution route map reveals distinct stages of chondrocyte dedifferentiation for cartilage regeneration
2022-Apr-27, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-022-00209-w
PMID:35477573
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研究论文 | 本研究通过时间序列图谱展示了软骨细胞去分化的分子细节和相关临床生物标志物，并开发了一个双相去分化模型。 | 本研究首次揭示了软骨细胞去分化的早期和晚期阶段，并使用化学抑制剂BTB06584展示了这两个阶段的不同恢复潜力。 | NA | 研究软骨细胞去分化的分子机制，以改善基于细胞的软骨再生临床结果。 | 软骨细胞的去分化过程及其在软骨再生中的应用。 | 数字病理学 | 关节软骨损伤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、活细胞代谢检测、转座酶可及染色质高通量测序（ATAC-seq） | 双相去分化模型 | 基因表达数据、细胞代谢数据、染色质可及性数据 | NA |
| 88 | 2024-08-08 |
Modeling Effects of Immunosuppressive Drugs on Human Hearts Using Induced Pluripotent Stem Cell-Derived Cardiac Organoids and Single-Cell RNA Sequencing
2022-04-26, Circulation
IF:35.5Q1
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 89 | 2024-08-08 |
Detection of Biomarkers for Epithelial-Mesenchymal Transition with Single-Cell Trajectory Inference
2022-04-15, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/j.fbl2704127
PMID:35468686
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研究论文 | 本文提出了一种基于单细胞轨迹推断的方法来检测上皮-间质转化（EMT）过程中的生物标志物 | 本文提出了一种新的方法，通过差异表达分析来检测EMT进展和逆转谱系的生物标志物，并成功发现了两种未被现有方法检测到的潜在生物标志物PLPP4和LTB | NA | 研究目的是开发一种新的方法来检测与EMT相关的生物标志物 | 研究对象是EMT过程中的生物标志物 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 90 | 2024-08-08 |
Reduced IRF4 expression promotes lytic phenotype in Type 2 EBV-infected B cells
2022-04, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1010453
PMID:35472072
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研究论文 | 本文比较了T1和T2 EBV感染的淋巴母细胞样细胞系（LCLs）中的细胞和病毒基因表达，发现T2 LCLs具有更多的裂解感染细胞和差异表达的细胞基因。 | 研究发现T2 EBV感染的B细胞中IRF4表达减少，这有助于裂解和潜伏表型，并通过单细胞RNA测序验证了这一发现。 | NA | 探讨T1和T2 EBV感染的B细胞中细胞和病毒基因表达的差异。 | T1和T2 EBV感染的淋巴母细胞样细胞系（LCLs）。 | NA | NA | RNA测序 | NA | RNA | 约600个差异表达的细胞基因 |
| 91 | 2024-08-08 |
Forward single-cell sequencing into clinical application: Understanding of cancer microenvironment at single-cell solution
2022-04, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.782
PMID:35474615
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research paper | 本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在理解癌症微环境分子机制中的应用及其在临床和转化医学中的潜力 | 强调将scRNA-seq技术转化为临床应用的目标，并探讨其在疾病分子机制探索和治疗反应预测中的价值 | 目前仍存在大量挑战需要克服，包括scRNA-seq在临床实践中的常规应用问题 | 推动单细胞测序技术进入临床应用，并探讨其在临床决策中的作用 | 癌症微环境及其在疾病分子机制、治疗反应预测和患者预后中的作用 | digital pathology | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 92 | 2024-08-08 |
ZNF117 regulates glioblastoma stem cell differentiation towards oligodendroglial lineage
2022-04-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-29884-3
PMID:35459228
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研究论文 | 研究探讨了ZNF117基因在调控胶质母细胞瘤干细胞向少突胶质细胞系分化的作用 | 首次发现ZNF117是调控胶质母细胞瘤干细胞向少突胶质细胞系分化的关键基因，并展示了CRISPR/Cas9基因编辑纳米颗粒在靶向治疗中的应用潜力 | NA | 旨在发现和验证调控胶质母细胞瘤干细胞分化的基因，以改善胶质母细胞瘤的治疗 | 胶质母细胞瘤干细胞及其分化 | NA | 脑瘤 | RNAi筛选，单细胞RNA测序 | NA | 图像，RNA序列 | NA |
| 93 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics identifies Mcl-1 as a target for senolytic therapy in cancer
2022-04-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-29824-1
PMID:35449130
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，发现衰老肿瘤细胞依赖抗凋亡基因Mcl-1生存，并探讨了针对Mcl-1的衰老疗法在癌症治疗中的潜力 | 首次揭示衰老肿瘤细胞通过上调Mcl-1基因来逃避凋亡，并验证了Mcl-1抑制剂S63845在消除衰老肿瘤细胞和转移中的有效性 | NA | 探讨衰老肿瘤细胞的生存机制及其在癌症治疗中的应用 | 衰老肿瘤细胞及其在癌症治疗中的作用 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 94 | 2024-08-08 |
One Cell At a Time (OCAT): a unified framework to integrate and analyze single-cell RNA-seq data
2022-04-20, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02659-1
PMID:35443717
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研究论文 | 提出了一种名为OCAT的机器学习方法，用于高效整合多个大规模单细胞RNA测序数据集 | OCAT方法通过稀疏编码单细胞基因表达，无需选择高变异基因或显式批次效应校正，即可整合来自多个来源的数据 | NA | 开发一种新的方法来高效整合和分析大规模单细胞RNA测序数据集 | 单细胞RNA测序数据集的整合与分析 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | OCAT | 基因表达数据 | 多个大规模数据集 |
| 95 | 2024-08-08 |
Technique integration of single-cell RNA sequencing with spatially resolved transcriptomics in the tumor microenvironment
2022-Apr-19, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-022-02580-4
PMID:35440049
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序与空间转录组学在肿瘤微环境中的整合应用 | 整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，以充分利用两者的优势，深入探索复杂的组织结构和相互作用 | NA | 探讨单细胞RNA测序与空间转录组学整合方法在肿瘤微环境中的应用，特别是在细胞成分及其在癌症发生和发展中的作用 | 肿瘤微环境中的细胞成分及其在癌症发生和发展中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 96 | 2024-08-08 |
Metacell-2: a divide-and-conquer metacell algorithm for scalable scRNA-seq analysis
2022-04-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02667-1
PMID:35440087
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研究论文 | 介绍了一种名为Metacell-2的递归分治算法，用于高效地将任何大小的单细胞RNA测序数据集分解成称为metacells的小而紧密的细胞群 | Metacell-2算法提高了异常细胞检测和稀有细胞类型识别的能力 | NA | 开发一种可扩展的单细胞RNA测序分析方法 | 单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 分治算法 | 基因表达数据 | 涉及人类骨髓细胞图谱和鼠胚胎数据 |
| 97 | 2024-08-08 |
Endothelial progenitor cells stimulate neonatal lung angiogenesis through FOXF1-mediated activation of BMP9/ACVRL1 signaling
2022-04-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-29746-y
PMID:35440116
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研究论文 | 本文研究了内皮祖细胞通过FOXF1介导的BMP9/ACVRL1信号通路促进新生肺血管生成的分子机制 | 首次揭示了内皮祖细胞通过FOXF1介导的BMP9/ACVRL1信号通路促进新生肺血管生成和肺泡化的机制 | NA | 探究内皮祖细胞在新生肺血管生成中的作用及其分子机制 | 内皮祖细胞、FOXF1、BMP9、ACVRL1 | 数字病理学 | 肺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | Foxf1突变小鼠和ACDMPV患者的肺组织 |
| 98 | 2024-08-08 |
A single-cell atlas of diffuse large B cell lymphoma
2022-04-19, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.110713
PMID:35443163
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了17例弥漫大B细胞淋巴瘤和3个对照样本的94,324个细胞的转录组，揭示了恶性细胞中的73个基因表达程序和复杂的细胞间相互作用 | 首次在单细胞水平上揭示了弥漫大B细胞淋巴瘤的高度异质性和复杂的肿瘤微环境，特别是发现了B细胞淋巴瘤中恶性细胞与T细胞间的CD70-CD27共刺激相互作用 | NA | 深入理解B细胞淋巴瘤的发病机制，并为设计靶向免疫治疗策略提供新思路 | 弥漫大B细胞淋巴瘤及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | B细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 94,324个细胞来自17例弥漫大B细胞淋巴瘤和3个对照样本 |
| 99 | 2024-08-08 |
Correction to: Using single-cell sequencing technology to detect circulating tumor cells in solid tumors
2022-Apr-18, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-022-01564-2
PMID:35436930
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 100 | 2024-08-08 |
Identification of Transcription Factors Regulating SARS-CoV-2 Tropism Factor Expression by Inferring Cell-Type-Specific Transcriptional Regulatory Networks in Human Lungs
2022-04-17, Viruses
DOI:10.3390/v14040837
PMID:35458567
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研究论文 | 本研究通过计算方法识别调控SARS-CoV-2趋向性因子的转录因子，并构建了人类肺部细胞类型的特定转录调控网络 | 首次通过单细胞RNA测序数据构建了健康捐赠者和COVID-19患者的SARS-CoV-2趋向性因子的转录调控网络，并分析了转录因子在健康和感染网络中的差异调控作用 | NA | 研究SARS-CoV-2在人类肺部细胞中的趋向性因子表达的转录调控机制 | SARS-CoV-2趋向性因子的转录调控网络 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 健康捐赠者和COVID-19患者的肺部细胞 |