单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-08-27	Dirichlet process mixture models for single-cell RNA-seq clustering 2022-04-15, Biology open IF:1.8Q3 DOI:10.1242/bio.059001 PMID:35237784	研究论文	本文比较了贝叶斯隐狄利克雷分配（LDA）方法与其非参数对应方法——分层狄利克雷过程（HDP）在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据聚类中的应用	首次详细比较了LDA和HDP在scRNA-seq数据聚类中的性能	LDA和HDP的性能依赖于数据集，且HDP有时会过度细分聚类	提高单细胞RNA测序数据分析中定义有意义聚类分辨率的过程	比较LDA和HDP在scRNA-seq数据聚类中的性能	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	隐狄利克雷分配（LDA），分层狄利克雷过程（HDP）	基因表达数据	四个scRNA-seq数据集（免疫细胞、肾脏、胰腺和绒毛膜/胎盘）
42	2024-08-27	Explainable multiview framework for dissecting spatial relationships from highly multiplexed data 2022-04-14, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02663-5 PMID:35422018	研究论文	本文介绍了MISTy框架，一个灵活、可扩展且可解释的机器学习框架，用于从高度多重化的空间组学数据中提取关系	MISTy框架通过构建多个关注不同空间或功能上下文的视图来解析不同效应	NA	开发一种可扩展的方法，利用空间信息从高度多重化的空间技术中提取关系	高度多重化的空间组学数据	机器学习	乳腺癌	NA	机器学习框架	空间组学数据	数十到数千个测量标记
43	2024-08-27	Identification of germline monoallelic mutations in IKZF2 in patients with immune dysregulation 2022-04-12, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2021006367 PMID:34920454	研究论文	本文报道了在免疫失调患者中发现的IKZF2基因的种系单等位基因突变，并探讨了这些突变对人类造血和免疫功能的影响	首次鉴定出IKZF2基因的种系突变，并揭示了这些突变导致T滤泡辅助细胞和NK细胞数量减少以及免疫功能障碍的机制	NA	研究IKZF2基因种系突变对人类造血和免疫功能的影响	患有系统性红斑狼疮、免疫性血小板减少症或EBV相关噬血细胞性淋巴组织细胞增生症的患者	免疫学	免疫系统疾病	单细胞RNA测序，蛋白质组分析	NA	RNA，蛋白质	6名患者
44	2024-08-27	Single-cell transcriptomic analysis of the immune cell landscape in the aged mouse brain after ischemic stroke 2022-Apr-07, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-022-02447-5 PMID:35392936	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了老年小鼠脑部缺血性中风后的免疫细胞景观	首次在单细胞分辨率下描绘了老年中风脑部的免疫细胞群体，并发现至少6种微胶质细胞亚型，包括一种潜在的中风特异性亚型	NA	旨在确定中风如何影响老年脑部的免疫细胞群体	老年小鼠脑部缺血性中风后的免疫细胞	数字病理学	中风	单细胞RNA测序	NA	分子数据	NA
45	2024-08-27	Characterization of the treatment-naive immune microenvironment in melanoma with BRAF mutation 2022-04, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2021-004095 PMID:35383113	研究论文	本研究探讨了BRAF突变型黑色素瘤在未经治疗情况下的免疫微环境特征，并分析了其与免疫检查点阻断疗法反应差异的关系。	首次详细描述了BRAF突变型黑色素瘤在未经治疗情况下的免疫微环境特征，并探讨了其与免疫疗法反应差异的潜在机制。	研究主要基于单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，可能需要更多实验验证和临床数据支持。	探讨BRAF突变型黑色素瘤的免疫微环境特征及其与免疫疗法反应差异的关系。	BRAF突变型和野生型黑色素瘤患者的免疫微环境。	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序、批量RNA测序、流式细胞术、免疫组化	NA	RNA	涉及BRAF突变型和野生型黑色素瘤患者的多个样本
46	2024-08-27	Clinical and translational values of spatial transcriptomics 2022-04-01, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-022-00960-w PMID:35365599	研究论文	本文综述了空间转录组学（ST）的发展及其与单细胞RNA测序（scRNA-seq）结合在理解分子发病机制和发现疾病特异性生物标志物中的临床和转化价值	结合空间转录组学和单细胞RNA测序，揭示了人类组织病理表型与分子改变之间的联系，定义了细胞间分子通信和时空分子医学知识	讨论了基于测序和基于成像技术的优缺点，并强调了空间转录组学面临的机会和挑战	评估空间转录组学在理解分子发病机制和发现疾病特异性生物标志物中的临床和转化价值	空间转录组学技术及其在神经学、胚胎发育、肿瘤学和炎症等领域的应用	分子医学	NA	空间转录组学（ST），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
47	2024-08-27	Single Cell RNA Sequencing Identifies a Unique Inflammatory Macrophage Subset as a Druggable Target for Alleviating Acute Kidney Injury 2022-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202103675 PMID:35112806	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，在缺血再灌注损伤诱导的急性肾损伤（IRI-AKI）小鼠模型中，识别出一种独特的炎症性巨噬细胞亚群S100a9 Ly6c IMs，并探讨了其作为药物靶点缓解AKI的潜力。	首次在IRI-AKI模型中识别出S100a9 Ly6c IMs这一早期响应AKI的独特巨噬细胞亚群，并验证了针对S100A8/A9信号通路的小分子抑制剂在保护肾脏功能和减少炎症反应方面的效果。	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类AKI中进行临床试验验证。	探索急性肾损伤的治疗新策略，特别是通过靶向特定巨噬细胞亚群来调节炎症反应。	急性肾损伤（AKI）中的巨噬细胞异质性及其在炎症和组织修复中的作用。	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠IRI模型中的单核吞噬细胞系统
48	2024-08-27	Ontogeny and Vulnerabilities of Drug-Tolerant Persisters in HER2+ Breast Cancer 2022-04-01, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-20-1265 PMID:34911733	研究论文	研究探讨了HER2阳性乳腺癌中药物耐受持久细胞（DTP）的发育及其脆弱性	首次详细描述了HER2酪氨酸激酶抑制剂暴露后DTP的特征，并揭示了其通过雌激素受体依赖性诱导SGK3来重塑PI3K/AKT/mTORC1通路以实现AKT非依赖性mTORC1激活的机制	NA	研究HER2阳性乳腺癌中药物耐受持久细胞的特性和耐药机制	HER2阳性乳腺癌细胞及其对酪氨酸激酶抑制剂的耐药性	数字病理学	乳腺癌	慢病毒条码/单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
49	2024-08-26	Identification and validation of a seven-gene prognostic marker in colon cancer based on single-cell transcriptome analysis 2022-04, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.12041 PMID:35352485	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，在结肠癌中识别并验证了一个包含七个基因的预后标志物。	通过单细胞RNA测序技术，本研究首次识别并验证了一个包含七个基因的预后标志物，为结肠癌的预后预测提供了新的潜在标志物。	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术识别并验证结肠癌的预后标志物。	结肠癌患者的单细胞RNA测序数据、体细胞变异数据和临床报告。	数字病理学	结肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Cox回归分析和最小绝对收缩与选择算子方法	转录组数据	结肠癌患者的数据，包括治疗前后的样本
50	2024-08-09	Concurrent delivery of immune checkpoint blockade modulates T cell dynamics to enhance neoantigen vaccine-generated antitumor immunity 2022-04, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-022-00352-7 PMID:35393580	研究论文	本文研究了新抗原疫苗与免疫检查点阻断联合治疗对肿瘤特异性T细胞反应的影响	通过单细胞测序揭示了联合治疗诱导的特定CD8 T细胞群体的特征，这些细胞具有活跃的趋化因子信号、较低的共抑制受体表达和较高的细胞毒性	NA	探讨新抗原疫苗与免疫检查点阻断联合治疗对肿瘤控制的有效性及其机制	新抗原疫苗生成的T细胞与免疫检查点阻断的协同作用	免疫学	肿瘤	单细胞测序	NA	细胞数据	超过100,000个T细胞
51	2024-08-05	A zebrafish reporter line reveals immune and neuronal expression of endogenous retrovirus 2022-04-01, Disease models & mechanisms IF:4.0Q1 DOI:10.1242/dmm.048921 PMID:35142349	研究论文	这项研究揭示了斑马鱼内源性逆转录病毒在免疫和神经系统中的表达	首个在任何物种中建立的体内逆转录病毒报告线，提供了新工具来研究ERV的功能	对哺乳动物基因组中众多复制的研究尚存在工具不足的问题	研究内源性逆转录病毒（ERV）在健康和疾病中的作用	斑马鱼内源性逆转录病毒zferv的八个拷贝	数字病理	自体炎症疾病与神经疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序、活体成像	NA	NA	NA
52	2024-08-05	Critical changes in hypothalamic gene networks in response to pancreatic cancer as found by single-cell RNA sequencing 2022-04, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2022.101441 PMID:35031523	研究论文	本研究探讨了胰腺癌对下丘脑基因网络的影响，特别是在癌症恶病质中的作用	首次利用单细胞RNA测序分析了下丘脑在胰腺癌引起的恶病质响应中的细胞类型特异性变化	研究仅在小鼠模型中进行，临床转化仍需更多研究	揭示胰腺癌导致的恶病质对下丘脑的分子影响	小鼠模型的下丘脑及其对胰腺癌的响应	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型的具体样本数量未在摘要中提供
53	2024-08-05	Single-cell sequencing of human midbrain reveals glial activation and a Parkinson-specific neuronal state 2022-04-29, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awab446 PMID:34919646	研究论文	该研究揭示了人类中脑的胶质细胞激活和特定于帕金森病的神经元状态	首次通过单核RNA测序揭示了特定于帕金森病的神经元细胞集群及其在运动障碍中的作用	研究仍需更多探讨以确认免疫信号和免疫调节治疗在帕金森病中的作用	表征所有中脑细胞类型在帕金森病病理中的贡献	来自六例特发性帕金森病患者及五例年龄/性别匹配对照的中脑单核样本	数字病理学	帕金森病	单核RNA测序	NA	基因表达数据	41,000多单核转录组，来自六例特发性帕金森病患者和五例匹配对照
54	2024-08-05	Hypoxic, glycolytic metabolism is a vulnerability of B-acute lymphoblastic leukemia-initiating cells 2022-04-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110752 PMID:35476984	研究论文	这篇文章探讨了高风险B-急性淋巴细胞白血病（B-ALL）中白血病起始细胞（LICs）的特性及其代谢弱点	发现抑制缺氧和糖酵解对MLL-r B-ALL LICs有害，提供了治疗靶向的新思路	对高风险B-ALL中LICs的特性理解仍不完全	研究高风险B-急性淋巴细胞白血病中的白血病起始细胞及其代谢特性	MLL重排的B-ALL中的白血病起始细胞	数字病理学	骨髓瘤	单细胞转录组学	NA	NA	NA
55	2024-08-05	Single-cell transcriptional profiling of murine conjunctival immune cells reveals distinct populations expressing homeostatic and regulatory genes 2022-04, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1038/s41385-022-00507-w PMID:35361907	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠结膜免疫细胞的不同群体	识别了新的中性粒细胞和MHCII巨噬细胞群体，发现结膜中有不同的免疫细胞群体及其基因的表达特征	NA	研究小鼠结膜区域的免疫细胞群体及其基因表达特征	结膜免疫细胞群体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	NA
56	2024-08-05	Impaired primordial follicle assembly in offspring ovaries from zearalenone-exposed mothers involves reduced mitochondrial activity and altered epigenetics in oocytes 2022-Apr-26, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-022-04288-0 PMID:35469021	研究论文	本研究探讨了ZEA暴露对新生小鼠卵巢中原始卵泡形成的影响以及其在卵母细胞中的表观遗传学改变	揭示了ZEA引起的线粒体活性降低和卵母细胞中表观遗传学改变是导致原始卵泡组装受损的机制	未涉及长期ZEA暴露对后代长期生育能力的影响	研究ZEA对小鼠卵巢原始卵泡形成和卵母细胞基因表达的影响	母鼠及其新生小鼠的卵巢及卵母细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	新生小鼠卵巢样本数量未具体说明
57	2024-08-05	Endothelial plasticity drives aberrant vascularization and impedes cardiac repair after myocardial infarction 2022-Apr, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-022-00047-3 PMID:35571674	研究论文	本文探讨了心肌梗死后内皮细胞的可塑性如何驱动异常血管化并妨碍心脏修复	提出针对获得性内皮细胞变化的靶向治疗，以正常化血管并促进心脏修复	目前仅在小鼠模型中进行了验证，临床适用性尚需进一步研究	研究心肌梗死后血管异常的机制及相关治疗策略	主要关注与心肌梗死相关的内皮细胞	数字病理学	心脏病	单细胞转录组分析	NA	NA	小鼠模型
58	2024-08-07	Human distal lung maps and lineage hierarchies reveal a bipotent progenitor 2022-04, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-04541-3 PMID:35355018	研究论文	本研究通过空间转录组学和单细胞分析技术，揭示了人类远端气道的细胞类型和分子特征，包括首次描述的LGR5成纤维细胞和TRB特异性AT0细胞及TRB分泌细胞	首次全面描绘了人类远端气道的细胞图谱，并发现了一种双潜能的AT0细胞状态，这种细胞在肺再生和疾病中起关键作用	研究主要基于非人类灵长类模型和人类器官培养，可能与实际人体肺部情况存在差异	旨在理解人类远端气道的细胞组成和分子身份，以及这些信息在健康和疾病中的应用	人类远端气道，包括终末和呼吸性细支气管（TRBs）的细胞类型和分子特征	数字病理学	呼吸系统疾病	空间转录组学，单细胞分析	NA	细胞数据	包括非人类灵长类模型、人类器官培养和组织样本
59	2024-08-07	The molecular and phenotypic makeup of fetal human skin T lymphocytes 2022-04-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.199781 PMID:34604909	研究论文	本文描述了一种从胎儿人皮肤中分离和扩增大量T细胞的新工作流程	首次使用单细胞转录组学和TCR谱分析技术，详细描述了胎儿皮肤T淋巴细胞的分子和表型特征	NA	深入理解胎儿皮肤免疫机制及其在未来治疗干预中的潜在应用	胎儿人皮肤的T淋巴细胞	免疫学	NA	单细胞转录组学，TCR谱分析	NA	细胞	大量胎儿皮肤活检样本
60	2024-08-07	Heterogeneity and clonality of kidney-infiltrating T cells in murine lupus nephritis 2022-04-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.156048 PMID:35271505	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和TCR测序分析了小鼠狼疮性肾炎中肾脏浸润T细胞的异质性和克隆性	发现CD8+和CD4+肾脏浸润T细胞在狼疮性肾炎中的不同分化状态，揭示了肾脏微环境对T细胞的抑制作用	NA	探讨狼疮性肾炎中肾脏浸润T细胞的功能状态及其与疾病进展的关系	小鼠狼疮性肾炎模型中的肾脏浸润T细胞	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序, TCR测序	NA	RNA序列	NA