单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 226 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-09-23 |
lincRNA-Cox2 Functions to Regulate Inflammation in Alveolar Macrophages during Acute Lung Injury
2022-04-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2100743
PMID:35365562
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研究论文 | 研究了lincRNA-Cox2在急性肺损伤期间对肺泡巨噬细胞炎症反应的调控作用 | 首次揭示了lincRNA-Cox2在急性肺损伤期间对肺泡巨噬细胞炎症反应的调控机制 | NA | 探讨lincRNA-Cox2在急性肺损伤中的作用及其对炎症反应的调控机制 | lincRNA-Cox2在急性肺损伤期间对肺泡巨噬细胞的调控作用 | NA | 急性肺损伤 | bulk RNA测序、单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | RNA | NA |
| 22 | 2024-09-23 |
Cellular and transcriptional diversity over the course of human lactation
2022-04-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2121720119
PMID:35377806
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研究论文 | 研究分析了人类母乳中的细胞和转录多样性随哺乳时间的变化 | 首次使用单细胞RNA测序技术详细描述了人类母乳中细胞的转录组特征，并揭示了哺乳期间细胞类型频率的变化 | 研究样本量较小，仅涉及15名捐赠者，可能影响结果的普适性 | 探讨人类母乳中细胞的多样性和转录特征随哺乳时间的变化 | 人类母乳中的细胞及其转录组特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义加性模型 | 转录组数据 | 15名捐赠者的母乳样本，时间跨度为产后3至632天 |
| 23 | 2024-09-23 |
Matrix Inversion and Subset Selection (MISS): A pipeline for mapping of diverse cell types across the murine brain
2022-04-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2111786119
PMID:35363567
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Matrix Inversion and Subset Selection (MISS)的开源计算管道，用于推断小鼠大脑中多种神经细胞类型的定量验证分布 | MISS通过基因子集选择这一预处理步骤，显著提高了细胞类型图谱的准确性，并展示了其可推广性 | NA | 填补当前实验方法未能全面绘制小鼠大脑中神经和非神经细胞类型分布图谱的知识空白 | 小鼠大脑中的神经细胞类型分布 | 计算机视觉 | NA | 单细胞RNA测序 (RNAseq) 和原位杂交 | NA | 基因数据 | NA |
| 24 | 2024-09-23 |
Quantifying chromosomal instability from intratumoral karyotype diversity using agent-based modeling and Bayesian inference
2022-04-05, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.69799
PMID:35380536
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研究论文 | 本文开发了一种框架，通过考虑核型选择，使用模拟和模型选择来量化染色体不稳定性（CIN） | 本文提出了一种新的方法，通过模拟和贝叶斯推断来量化CIN，并考虑了核型选择的影响 | 本文的实验验证仅限于化疗药物紫杉醇，且样本量较小 | 开发一种量化人类肿瘤中CIN的方法，并将其发展为预测性生物标志物 | 染色体不稳定性（CIN）及其在癌症中的作用 | NA | NA | 单细胞测序 | 贝叶斯推断 | 核型数据 | 实验验证中使用了化疗药物紫杉醇处理的细胞，临床样本的具体数量未明确提及 |
| 25 | 2024-09-23 |
Metabolism drives macrophage heterogeneity in the tumor microenvironment
2022-04-05, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.110609
PMID:35385733
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研究论文 | 研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在肿瘤微环境中的代谢驱动异质性 | 首次揭示了TAMs在转录、发育、代谢和功能层面的高度异质性，并发现嘌呤代谢是促进肿瘤和终末分化TAMs的特征 | 研究主要基于小鼠模型和人类样本，可能需要更多临床数据验证 | 探讨肿瘤相关巨噬细胞在肿瘤微环境中的代谢与表型关系 | 肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其代谢模式 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠肝脏转移瘤和人类TAMs样本 |
| 26 | 2024-09-23 |
Cell type and gene expression deconvolution with BayesPrism enables Bayesian integrative analysis across bulk and single-cell RNA sequencing in oncology
2022-04, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-022-00356-3
PMID:35469013
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研究论文 | 开发了一种贝叶斯方法BayesPrism，用于从批量RNA测序数据中推断单细胞组成和基因表达，并在多种肿瘤类型中进行综合分析 | 引入了一种新的贝叶斯方法BayesPrism，能够准确推断大规模批量RNA测序数据中的细胞组成和表达 | NA | 解决从批量RNA测序数据中推断单细胞组成和基因表达的问题，并在肿瘤学中进行综合分析 | 主要胶质母细胞瘤、头颈鳞状细胞癌和皮肤黑色素瘤 | 数字病理学 | 肿瘤 | RNA测序 | 贝叶斯方法 | RNA测序数据 | 多种肿瘤类型的患者样本 |
| 27 | 2024-09-23 |
Antigen identification and high-throughput interaction mapping by reprogramming viral entry
2022-04, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-022-01436-z
PMID:35396484
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研究论文 | 本文介绍了一种通过重新编程病毒进入机制来识别抗原并进行高通量相互作用映射的技术 | 本文提出了一种新的方法，结合病毒假型化和分子工程技术，通过在慢病毒表面展示抗原并在病毒基因组中编码其身份，实现了抗原和受体的配对 | NA | 解码免疫识别，以理解广泛的疾病并开发有效的疫苗和免疫疗法 | 抗原和免疫受体的相互作用 | NA | NA | 病毒假型化、分子工程 | NA | 单细胞测序数据 | NA |
| 28 | 2024-09-23 |
Obesity alters pathology and treatment response in inflammatory disease
2022-04, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-04536-0
PMID:35355021
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研究论文 | 研究肥胖对特应性皮炎病理和治疗反应的影响 | 首次揭示肥胖通过改变T细胞分化和PPARγ活性，影响特应性皮炎的免疫反应和生物治疗效果 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨肥胖如何影响免疫疾病病理和治疗反应 | 肥胖和正常体重小鼠的特应性皮炎模型 | 免疫学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序和全基因组结合分析 | NA | 基因表达数据 | 两组小鼠模型，每组若干只 |
| 29 | 2024-09-23 |
B lymphocyte-derived acetylcholine limits steady-state and emergency hematopoiesis
2022-04, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-022-01165-7
PMID:35352063
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研究论文 | 本文探讨了B淋巴细胞衍生的乙酰胆碱如何调节骨髓中的造血功能 | 首次揭示了B淋巴细胞是乙酰胆碱的重要来源，并阐明了其在调节造血中的作用 | 仅限于小鼠和心血管疾病患者的研究，缺乏更广泛的人类样本 | 研究副交感神经信号如何调节造血功能 | B淋巴细胞衍生的乙酰胆碱及其在骨髓造血中的作用 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠和心血管疾病患者 |
| 30 | 2024-09-23 |
Analyzing Spatial Transcriptomics Data Using Giotto
2022-Apr, Current protocols
DOI:10.1002/cpz1.405
PMID:35384407
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研究论文 | 本文介绍了Giotto工具箱在空间转录组数据分析和可视化中的应用 | 开发了Giotto作为全面、通用且用户友好的工具箱，用于空间转录组数据分析 | NA | 帮助用户熟悉Giotto环境并有效应用于新数据集的分析 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术 | 隐藏马尔可夫随机场模型 | 转录组数据 | NA |
| 31 | 2024-09-16 |
Host cell maturation modulates parasite invasion and sexual differentiation in Plasmodium berghei
2022-04-29, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abm7348
PMID:35476438
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研究论文 | 本文研究了宿主细胞成熟对疟原虫入侵和性分化的影响 | 首次全面分析了宿主细胞成熟状态对疟原虫适应性的关键作用 | NA | 探讨宿主细胞成熟状态如何影响疟原虫的入侵和性分化 | 疟原虫在宿主红细胞中的复制和性分化过程 | NA | 疟疾 | 流式细胞术和单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 32 | 2024-09-08 |
Heparanase Blockade as a Novel Dual-Targeting Therapy for COVID-19
2022-04-13, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.00057-22
PMID:35319225
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研究论文 | 研究评估了肝素酶抑制剂Roneparstat在COVID-19病理和治疗中的作用 | 首次提出肝素酶抑制剂Roneparstat作为COVID-19的双靶点治疗药物，既能减少病毒感染又能抑制炎症反应 | 研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序分析，尚未进行临床试验验证 | 探索肝素酶抑制剂Roneparstat在COVID-19病理中的作用，并验证其作为双靶点治疗药物的潜力 | SARS-CoV-2、SARS-CoV-1、HTLV-1和HIV-1病毒，以及COVID-19患者的肺泡灌洗液细胞 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | COVID-19患者的肺泡灌洗液细胞 |
| 33 | 2024-09-02 |
Single-cell RNA-seq reveals cell type-specific molecular and genetic associations to lupus
2022-04-08, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.abf1970
PMID:35389781
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了系统性红斑狼疮（SLE）患者的外周血单个核细胞，揭示了细胞类型特异性的分子和遗传关联 | 首次使用大规模单细胞RNA测序技术（mux-seq）对SLE患者的免疫细胞进行全面分析，并结合基因型数据进行细胞类型特异性的cis-表达数量性状位点映射 | NA | 探索系统性红斑狼疮（SLE）中免疫细胞类型特异性的分子和遗传关联 | 系统性红斑狼疮（SLE）患者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序（mux-seq） | NA | 基因表达数据 | 162例SLE患者和99例对照组的外周血单个核细胞，共计超过120万个细胞 |
| 34 | 2024-08-30 |
Spatial transcriptomic analysis reveals inflammatory foci defined by senescent cells in the white matter, hippocampi and cortical grey matter in the aged mouse brain
2022-04, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-022-00521-7
PMID:35098444
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研究论文 | 本文通过空间转录组学方法分析了老年小鼠大脑中细胞衰老的空间分布及其与神经炎症的关系 | 首次使用空间转录组学技术，结合组织学信息，精确地定位了老年小鼠大脑中包含衰老细胞的微域，并分析了这些区域的基因表达特征 | 研究仅限于小鼠模型，且样本量较小，可能限制了结果的普遍性和可靠性 | 探讨衰老细胞在大脑中的空间分布及其与年龄相关认知衰退的关系 | 老年C57BL/6小鼠的大脑组织 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | mRNA表达数据 | 3个月和28个月大的C57BL/6小鼠各若干只 |
| 35 | 2024-08-28 |
Neuronal apoptosis drives remodeling states of microglia and shifts in survival pathway dependence
2022-04-28, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.76564
PMID:35481836
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研究论文 | 研究探讨了凋亡神经元如何影响小胶质细胞的状态，包括溶酶体和脂质代谢基因表达以及对集落刺激因子1受体（CSF1R）生存依赖性的影响。 | 通过单细胞RNA测序（scRNAseq）分析了小胶质细胞在与凋亡神经元相互作用时的多样性和基因表达变化，发现这些相互作用推动了小胶质细胞的多种重塑状态，并改变了其对生存途径CSF1R的依赖性。 | 研究主要集中在早期幼鼠视网膜的小胶质细胞上，可能不完全代表所有神经系统的情况。 | 探究凋亡神经元与小胶质细胞相互作用如何影响小胶质细胞的状态和生存途径依赖性。 | 早期幼鼠视网膜的小胶质细胞，包括野生型、缺乏神经元凋亡（Bax KO）和CSF1R抑制剂处理的小鼠。 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 基因表达数据 | 涉及野生型、Bax KO和PLX3397处理的小鼠视网膜小胶质细胞样本 |
| 36 | 2024-08-28 |
Single-Cell RNA Sequencing for Plant Research: Insights and Possible Benefits
2022-Apr-19, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms23094497
PMID:35562888
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在植物研究中的应用，强调了其在揭示细胞类型和状态方面的潜力 | scRNA-seq技术提高了生物系统分析的时空分辨率，能够全面表征常见和稀有细胞类型及细胞状态 | 文章未明确提及具体限制 | 探讨scRNA-seq在植物科学中的应用及其在环境应激适应中的作用 | 植物细胞类型和状态 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列 | NA |
| 37 | 2024-08-28 |
A mesenchymal to epithelial switch in Fgf10 expression specifies an evolutionary-conserved population of ionocytes in salivary glands
2022-04-12, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.110663
PMID:35417692
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和Fgf10:R26-tdTomato小鼠模型，揭示了FGF10细胞在唾液腺中的表达从间充质向上皮细胞的转变，并探讨了这一转变对唾液腺离子细胞功能的影响。 | 首次展示了FGF10细胞在唾液腺中的表达从间充质向上皮细胞的转变，并发现上皮FGF10细胞表达古代离子细胞标志物，表明这些细胞可能是唾液腺中的特化离子细胞。 | NA | 探讨FGF10在唾液腺发育中的作用及其在上皮细胞中的表达变化。 | 唾液腺中的FGF10细胞及其在发育过程中的表达变化。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 使用tamoxifen诱导的Fgf10:R26-tdTomato小鼠模型进行研究 |
| 38 | 2024-08-28 |
Cellular and molecular atlas of the placenta from a COVID-19 pregnant woman infected at midgestation highlights the defective impacts on foetal health
2022-Apr, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13204
PMID:35141964
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研究论文 | 本研究跟踪了一名在孕中期感染SARS-CoV-2的孕妇，通过对其胎盘和胎儿组织的组织学检查及单细胞RNA测序，揭示了COVID-19对胎盘和胎儿健康的缺陷影响。 | 首次详细描述了孕中期SARS-CoV-2感染对胎盘和胎儿健康的细胞和分子层面的影响。 | 研究样本仅为一例，可能不足以代表所有孕中期COVID-19感染的情况。 | 探讨孕中期SARS-CoV-2感染对母婴健康的影响。 | 孕中期感染SARS-CoV-2的孕妇及其胎盘和胎儿组织。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 组织 | 1例 |
| 39 | 2024-08-27 |
TNF is a potential therapeutic target to suppress prostatic inflammation and hyperplasia in autoimmune disease
2022-04-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-29719-1
PMID:35440548
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研究论文 | 本研究通过分析医疗记录数据、患者样本和体内模型，评估了炎症对前列腺组织的影响，并探讨了通过靶向炎症来限制前列腺炎症和增生的可能性 | 首次揭示了自身免疫疾病患者中良性前列腺增生（BPH）的高发性，并证明了肿瘤坏死因子（TNF）拮抗剂治疗可以显著降低BPH的发生 | 研究主要基于医疗记录数据和实验室模型，可能需要更多的临床试验来验证结果 | 探讨自身免疫疾病中前列腺炎症和增生的治疗靶点 | 自身免疫疾病患者的前列腺组织 | NA | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 医疗记录数据、组织样本 | 112,152份医疗记录，人类和小鼠组织样本 |
| 40 | 2024-08-27 |
High-resolution Slide-seqV2 spatial transcriptomics enables discovery of disease-specific cell neighborhoods and pathways
2022-Apr-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.104097
PMID:35372810
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研究论文 | 本文利用高分辨率的Slide-seqV2空间转录组技术，在健康和疾病状态下的小鼠和人肾脏组织中进行研究，揭示了疾病特异性的细胞邻域和通路 | 首次应用Slide-seqV2技术于疾病过程和治疗相关通路的阐明 | NA | 探索高分辨率空间转录组技术在疾病过程中的应用 | 小鼠和人的肾脏组织，包括健康和疾病状态 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | Slide-seqV2 | NA | 转录组数据 | 九个不同的人类肾脏组织样本和多个小鼠模型 |