单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 226 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing data analysis based on non-uniform ε-neighborhood network
2022-04-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac114
PMID:35188181
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研究论文 | 本文提出了一种基于非均匀ε-邻域网络的单细胞RNA测序数据分析框架 | 该框架通过非均匀ε-邻域网络一致地实现了数据可视化、细胞聚类和轨迹推断，相较于现有方法在聚类和细胞伪时间排序方面表现更优 | NA | 研究单细胞RNA测序数据分析中的数据可视化、细胞聚类和轨迹推断 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非均匀ε-邻域网络 | 基因表达数据 | 合成数据集和真实数据集 |
| 182 | 2024-08-08 |
scGAC: a graph attentional architecture for clustering single-cell RNA-seq data
2022-04-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac099
PMID:35176138
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研究论文 | 本文提出了一种新的无监督聚类方法scGAC，用于单细胞RNA测序数据，通过构建细胞图并利用图注意力自动编码器学习细胞的聚类友好表示，最终通过自优化方法获得细胞聚类 | scGAC方法通过图注意力自动编码器捕捉细胞间的潜在关系，并采用网络去噪技术优化细胞图，从而提高了聚类性能 | NA | 开发一种新的单细胞RNA测序数据聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图注意力自动编码器 | RNA测序数据 | 16个真实单细胞RNA测序数据集 |
| 183 | 2024-08-08 |
NeuCA web server: a neural network-based cell annotation tool with web-app and GUI
2022-04-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac108
PMID:35176143
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research paper | 本文介绍了一个基于神经网络的单细胞RNA测序数据细胞类型注释工具——NeuCA网络服务器，该工具通过网页应用和图形用户界面自动分配细胞标签。 | NeuCA网络服务器是首个实现神经网络架构的网页应用工具，提供了超过20个预训练的分类器，适用于常用的组织类型。 | NA | 开发一个自动化的工具，用于准确注释单细胞RNA测序数据中的细胞类型。 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | RNA测序数据 | NA |
| 184 | 2024-08-08 |
ACTIVA: realistic single-cell RNA-seq generation with automatic cell-type identification using introspective variational autoencoders
2022-04-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac095
PMID:35179571
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ACTIVA的新框架，用于生成真实的单细胞RNA测序（scRNAseq）合成数据，并自动识别细胞类型 | ACTIVA使用了一种结合细胞类型信息的单流对抗变分自编码器，能够在单一框架内扩展现有数据集并按需生成特定亚群，相较于传统的scGAN和cscGAN模型，ACTIVA生成的细胞更真实且基因间的成对相关性更好 | NA | 旨在解决单细胞RNA测序中由于数据量不足导致的下游分析不准确或不可重复的问题 | 单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器 | 基因表达数据 | 多个公共scRNAseq数据集 |
| 185 | 2024-08-08 |
Temporal transcriptomic analysis using TrendCatcher identifies early and persistent neutrophil activation in severe COVID-19
2022-04-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.157255
PMID:35175937
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研究论文 | 本研究开发了一个名为TrendCatcher的开源R包，用于识别和可视化纵向转录组数据中的动态转录基因特征和生物过程 | TrendCatcher应用平滑样条ANOVA模型和断点搜索策略，优化了时间序列转录组数据的分析方法 | NA | 研究疾病进展过程中基因表达变化的时间特征，以揭示适应性和非适应性反应的生物学机制 | COVID-19患者的外周血转录组数据，包括批量和单细胞RNA-Seq时间序列数据 | 生物信息学 | COVID-19 | RNA-Seq | 平滑样条ANOVA模型 | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 186 | 2024-08-08 |
Zebrafish information network, the knowledgebase for Danio rerio research
2022-04-04, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyac016
PMID:35166825
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研究论文 | 本文介绍了斑马鱼信息网络（Zebrafish Information Network, zfin.org），这是一个为斑马鱼（Danio rerio）研究提供遗传和基因组数据的核心数据库。 | 斑马鱼信息网络最近与其他六个模型生物知识库合作成立了基因组资源联盟，旨在开发可持续的基因组信息资源，以利用模型生物理解人类生物学和疾病的遗传和基因组基础。 | NA | 提供斑马鱼研究的遗传和基因组数据，并促进这些数据的可发现性、可访问性、互操作性和可重用性。 | 斑马鱼的基因、等位基因、人类疾病模型、基因表达、表型和基因功能等数据。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 187 | 2024-08-08 |
Key genes in the liver fibrosis process are mined based on single-cell transcriptomics
2022-04-02, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2022.01.094
PMID:35168183
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研究论文 | 本研究通过分析60,000多个人的单细胞转录组，在9个肝硬化组织样本和11个正常肝组织样本中，识别了调节肌成纤维细胞转化的关键调控因子和核心驱动基因 | 首次在单细胞水平上分析肝星状细胞向肌成纤维细胞转化的核心驱动基因，为肝纤维化的靶向基因诊断和治疗提供了有价值的信息 | NA | 识别肝纤维化过程中肝星状细胞向肌成纤维细胞转化的关键基因 | 肝纤维化过程中的关键基因和调控因子 | 数字病理学 | 肝纤维化 | 单细胞转录组分析 | 单核共识加权基因共表达网络分析（scWGCNA） | 转录组 | 60,000多个单细胞，包括9个肝硬化组织样本和11个正常肝组织样本 |
| 188 | 2024-08-08 |
Retinal organoids derived from rhesus macaque iPSCs undergo accelerated differentiation compared to human stem cells
2022-Apr, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13198
PMID:35165951
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研究论文 | 比较猕猴诱导多能干细胞（rhiPSC）与人类胚胎干细胞（hESC）来源的视网膜类器官的发育时间和效率 | 猕猴iPSCs来源的视网膜类器官比人类干细胞来源的类器官分化速度更快 | 猕猴iPSCs的培养相对困难 | 研究非人灵长类动物（NHP）与人类干细胞来源的视网膜类器官的发育差异 | 猕猴iPSCs与人类hESCs来源的视网膜类器官 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 多个猕猴iPSCs和人类hESCs系 |
| 189 | 2024-08-08 |
A road map for happiness: The psychological factors related cell types in various parts of human body from single cell RNA-seq data analysis
2022-Apr, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.105286
PMID:35183972
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研究论文 | 本研究通过分析公开的单细胞RNA测序数据，探讨了心理因素“幸福”在人体不同部位细胞类型中的基因表达情况 | 研究发现幸福相关基因的表达不仅限于神经调节细胞或组织驻留免疫细胞，而是广泛存在于非神经系统直接调节的组织和器官特有细胞中 | 研究主要基于现有公开数据，未涉及实验验证，且为初步探索，需进一步详细机制研究 | 探讨心理因素在细胞层面的生理效应机制 | 心理因素‘幸福’在人体不同细胞类型中的基因表达 | NA | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 |
| 190 | 2024-08-08 |
The expression pattern of VISTA in the PBMCs of relapsing-remitting multiple sclerosis patients: A single-cell RNA sequencing-based study
2022-Apr, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2022.112725
PMID:35183994
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了复发缓解型多发性硬化症（RRMS）患者外周血单个核细胞（PBMCs）中VISTA的表达模式及其受不同药物影响的表达情况 | 首次详细研究了RRMS患者PBMCs中VISTA的表达模式，并探讨了不同药物对其表达的影响 | 需要进一步研究阐明VISTA在上述免疫细胞中的作用 | 研究RRMS患者PBMCs中VISTA的表达模式及其受药物影响的情况 | 复发缓解型多发性硬化症患者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 191 | 2024-08-08 |
An MRI radiomics approach to predict survival and tumour-infiltrating macrophages in gliomas
2022-04-29, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awab340
PMID:35136934
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研究论文 | 本研究构建了一个基于术前T2加权MRI的放射组学模型，用于预测胶质瘤患者的生存和肿瘤浸润巨噬细胞 | 开发了一个基于14个放射组学特征的预测模型，显示出高度稳健的预测能力，并关联了免疫反应，特别是肿瘤巨噬细胞浸润 | NA | 构建一个稳定且可验证的术前T2加权MRI放射组学模型，用于预测胶质瘤患者的生存 | 652名胶质瘤患者的术前T2加权MRI图像、RNA-seq和临床数据 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 放射组学 | 机器学习 | 图像 | 652名胶质瘤患者 |
| 192 | 2024-08-08 |
Neuron-derived neuropeptide Y fine-tunes the splenic immune responses
2022-04-20, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2022.01.010
PMID:35139365
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研究论文 | 本文研究了神经系统和免疫系统之间的相互作用，特别是神经元衍生的神经肽Y（NPY）对脾脏免疫反应的精细调节作用 | 首次揭示了NPY在神经系统和免疫系统交叉对话中的古老语言作用，并探讨了其在调节感染期间的炎症风暴和自身免疫疾病中的潜在应用 | NA | 探讨神经肽Y在神经系统和免疫系统交叉对话中的作用及其在疾病治疗中的潜在应用 | 神经肽Y（NPY）及其在脾脏免疫反应中的作用 | NA | 自身免疫疾病 | 单细胞测序分析 | NA | NA | 涉及大鼠、果蝇模型以及人类自身免疫疾病患者和鼠模型实验 |
| 193 | 2024-08-08 |
Optimal transport improves cell-cell similarity inference in single-cell omics data
2022-04-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac084
PMID:35157031
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研究论文 | 本文提出使用最优传输（OT）作为单细胞组学数据中细胞间相似性度量的方法 | 引入最优传输作为细胞间相似性度量，并通过熵正则化加速计算，以处理单细胞数据的高维度 | NA | 改进单细胞组学数据中细胞间相似性的推断和细胞聚类 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）和单细胞DNA甲基化数据 | 生物信息学 | NA | 最优传输（OT） | NA | 单细胞组学数据 | 13个独立数据集，包括模拟数据、scRNA-seq、scATAC-seq和单细胞DNA甲基化数据 |
| 194 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptional analysis of human endothelial colony-forming cells from patients with low VWF levels
2022-04-07, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2021010683
PMID:35143643
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了来自低VWF水平患者的内皮集落形成细胞，以识别VWF水平的新调节因子 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别内皮集落形成细胞中VWF水平的新调节因子，并通过siRNA实验进一步验证 | NA | 旨在识别内皮集落形成细胞中VWF水平的新调节因子 | 来自低VWF水平患者和健康对照的内皮集落形成细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 来自低VWF水平患者和健康对照的内皮集落形成细胞，以及人脐静脉内皮细胞作为对照 |
| 195 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals induction of distinct trained-immunity programs in human monocytes
2022-04-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI147719
PMID:35133977
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了人类单核细胞在训练免疫诱导下的不同转录程序 | 首次探索了先天免疫细胞中训练免疫诱导的潜在异质性 | NA | 研究训练免疫在单核细胞中的转录程序及其在免疫介导疾病中的影响 | 人类单核细胞及其在不同诱导剂下的训练免疫反应 | NA | 溃疡性结肠炎、脓毒症、COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及多个患者样本 |
| 196 | 2024-08-08 |
Fusion prior gene network for high reliable single-cell gene regulatory network inference
2022-Apr, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.105279
PMID:35134605
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研究论文 | 本文提出了一种名为FGRNAE的框架，用于提高单细胞基因调控网络推断的可靠性 | 利用随机游走重启算法和随机森林算法，结合共功能网络数据，提高了单细胞基因调控网络推断的准确性 | NA | 提高单细胞基因调控网络推断的准确性 | 单细胞基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机森林算法 | 基因网络数据 | NA |
| 197 | 2024-08-08 |
The atlas of ACE2 expression in fetal and adult human hearts reveals the potential mechanism of heart-injured patients infected with SARS-CoV-2
2022-04-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00169.2021
PMID:35138176
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研究论文 | 本研究深入分析了胎儿和成人心脏中单细胞表达谱，以探索SARS-CoV-2对心脏造成伤害的潜在机制 | 通过单细胞转录组分析，揭示了心脏发育不同阶段中ACE2表达水平的变化，并确认了其在SARS-CoV-2感染风险中的作用 | NA | 探索SARS-CoV-2通过ACE2感染心脏的潜在机制 | 胎儿和成人心脏中的ACE2表达 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | 蛋白质-蛋白质相互作用网络 | 单细胞转录组数据 | 涉及胎儿和成人心脏样本 |
| 198 | 2024-08-08 |
Uterine fluid microRNAs are dysregulated in women with recurrent implantation failure
2022-04-01, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/deac019
PMID:35147192
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研究论文 | 本研究探讨了反复植入失败（RIF）女性子宫液中microRNAs（miRNAs）的组成与健康生育女性之间的差异，并发现RIF女性的子宫液miRNAs组成与健康女性不同，这些失调的miRNAs与子宫内膜容受性和胚胎植入受损有关。 | 首次全面分析了具有生育能力健康女性和被诊断为RIF女性的接受期子宫液中总miRNAs的分布，为RIF的分子机制提供了新的见解，并可能对未来的生物标志物和临床治疗研究产生影响。 | 这是一项描述性研究，参与研究的人数有限。此外，识别出的差异丰富的miRNAs应在更大的研究队列中进行验证，并且RIF中预测的miRNA靶基因和富集途径需要在体外进一步确认和探索。 | 研究反复植入失败女性子宫液中miRNAs的组成与健康生育女性之间的差异。 | 反复植入失败女性和健康生育女性的子宫液中的miRNAs。 | NA | 生殖健康问题 | small RNA sequencing, quantitative real-time PCR (RT-PCR) | NA | miRNA | 健康生育女性17人，反复植入失败女性34人 |
| 199 | 2024-08-08 |
Identifying and antagonizing the interactions between layilin and glycosylated collagens
2022-04-21, Cell chemical biology
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.chembiol.2022.01.003
PMID:35104453
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研究论文 | 本文研究了layilin与糖基化胶原蛋白之间的相互作用，并探索了通过抗体阻断这些相互作用的方法 | 利用钙离子依赖性揭示了layilin与多种糖基化胶原蛋白的相互作用，并通过差异噬菌体展示策略设计了能阻断这些相互作用的跨物种反应性抗体 | NA | 探索layilin在疾病中的作用及其与胶原蛋白相互作用的调节机制 | layilin与糖基化胶原蛋白的相互作用 | NA | NA | RNA测序 | NA | NA | NA |
| 200 | 2024-08-08 |
A rice single cell transcriptomic atlas defines the developmental trajectories of rice floret and inflorescence meristems
2022-04, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.18008
PMID:35118670
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研究论文 | 本文利用高通量单细胞RNA测序技术，分析了37,571个水稻花序细胞，构建了一个覆盖花序到小花转变的基因表达资源，并重建了小花和腋生分生组织（AMs）的分化轨迹。 | 本文首次提供了水稻花序早期发育的高分辨率单细胞转录组图谱，并鉴定了高度异质性年轻花序中的离散细胞类型和调控因子。 | NA | 研究水稻花序发育的分子机制，特别是花序到小花的转变过程。 | 水稻花序细胞及其在早期生殖发育中的分化轨迹。 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 37,571个水稻花序细胞 |