单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 226 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-09 |
A Comprehensive Immune Cell Atlas of Cystic Kidney Disease Reveals the Involvement of Adaptive Immune Cells in Injury-Mediated Cyst Progression in Mice
2022-04, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2021030278
PMID:35110364
|
研究论文 | 通过构建小鼠囊性肾病单细胞图谱，揭示适应性免疫细胞在损伤介导的囊肿进展中的关键作用 | 首次系统绘制囊性肾病免疫细胞图谱，发现适应性免疫细胞在损伤加速型囊肿进展中的特异性作用机制 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证；样本数量相对有限 | 探究免疫细胞在囊性肾病进展中的作用机制 | 成年诱导性条件性Ift88基因敲除小鼠（纤毛突变小鼠） | 单细胞生物学 | 囊性肾病 | 单细胞RNA测序 | NicheNet | 单细胞转录组数据 | 79,355个细胞，来自对照组和纤毛突变小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2025-10-05 |
Nonlesional lupus skin contributes to inflammatory education of myeloid cells and primes for cutaneous inflammation
2022-04-27, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abn2263
PMID:35476593
|
研究论文 | 通过单细胞和空间转录组分析揭示狼疮非皮损皮肤在炎症启动中的作用 | 首次全面表征狼疮皮损和非皮损皮肤的分子特征，发现非皮损皮肤是富含I型干扰素的预炎症环境 | 样本量有限，需要进一步功能验证 | 探究皮肤性红斑狼疮的免疫发病机制 | 狼疮患者的正常外观皮肤、皮损皮肤和循环免疫细胞 | 数字病理学 | 红斑狼疮 | 单细胞RNA测序, 空间RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 狼疮患者的皮肤和血液样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3 | 2025-10-06 |
Generation of human islet cell type-specific identity genesets
2022-04-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-29588-8
PMID:35440614
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学元分析构建人类胰岛细胞类型特异性基因集 | 开发了比现有基因集更能准确定义胰岛细胞身份的新型基因集，并展示了其在追踪细胞身份变化和揭示遗传机制方面的有效性 | NA | 开发可靠工具评估胰岛细胞身份，为基于细胞的糖尿病治疗提供支持 | 人类α细胞、β细胞、γ细胞和δ细胞 | 单细胞转录组学 | 糖尿病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2025-10-06 |
Identifying phenotype-associated subpopulations by integrating bulk and single-cell sequencing data
2022-04, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-01091-3
PMID:34764492
|
研究论文 | 开发了一种整合单细胞和批量测序数据识别表型相关细胞亚群的方法Scissor | 首次提出通过整合表型相关的批量表达数据和单细胞数据来识别与特定表型相关的细胞亚群 | NA | 开发识别与表型相关的细胞亚群的计算方法 | 单细胞RNA测序数据和批量表达数据 | 生物信息学 | 肺癌,黑色素瘤,面肩肱型肌营养不良症,阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | 回归模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2025-10-06 |
Temporal transcriptomic analysis using TrendCatcher identifies early and persistent neutrophil activation in severe COVID-19
2022-04-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.157255
PMID:35175937
|
研究论文 | 开发了TrendCatcher R软件包用于识别和可视化时间序列转录组数据中的动态基因表达模式和生物过程 | 开发了新的开源工具TrendCatcher，能够识别动态差异表达基因的不同时间模式并可视化生物学通路的时间进程 | NA | 开发时间序列转录组数据分析工具并应用于COVID-19研究 | COVID-19患者外周血转录组数据 | 生物信息学 | COVID-19 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 平滑样条ANOVA模型, 断点搜索策略 | 转录组数据, 单细胞数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2025-10-06 |
NeuCA web server: a neural network-based cell annotation tool with web-app and GUI
2022-04-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac108
PMID:35176143
|
研究论文 | 开发了一个基于神经网络的单细胞RNA测序细胞注释工具，提供网页应用和图形用户界面 | 首个采用神经网络架构的网页应用工具，提供超过20个常用组织类型的预训练分类器 | NA | 开发自动细胞类型注释工具，促进单细胞RNA测序数据分析 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic landscapes of a rare human laryngeal chondrosarcoma
2022-Apr, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-021-03883-1
PMID:34931260
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示罕见人类喉软骨肉瘤的细胞组成和肿瘤微环境特征 | 首次系统研究喉软骨肉瘤的单细胞转录组景观，发现SLAMF9基因在肿瘤非免疫细胞中的特异性表达 | 仅分析单一样本，样本量有限 | 解析喉软骨肉瘤的细胞类型组成和分子机制 | 74岁男性原发性喉软骨肉瘤患者 | 数字病理学 | 喉软骨肉瘤 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据，图像数据 | 1例患者，5455个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8 | 2025-10-06 |
Locus-specific expression of transposable elements in single cells with CELLO-seq
2022-04, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-01093-1
PMID:34782740
|
研究论文 | 开发了结合长读长单细胞RNA测序与计算分析的CELLO-seq方法，用于在单细胞水平测量转座子元件在特定位点的表达 | 首次实现了在单细胞分辨率下对转座子元件进行位点特异性表达分析，解决了短读长测序技术无法准确定位高重复序列的难题 | 对于小鼠中极少数非常年轻的转座子元件仍无法高置信度地映射回参考基因组 | 开发能够准确测量转座子元件位点特异性表达的单细胞测序技术 | 二细胞期小鼠卵裂球和人类诱导多能干细胞 | 单细胞测序技术 | NA | 长读长单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 二细胞期小鼠卵裂球和人类诱导多能干细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | CELLO-seq（单细胞长读长RNA测序） |
| 9 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing of human midbrain reveals glial activation and a Parkinson-specific neuronal state
2022-04-29, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awab446
PMID:34919646
|
研究论文 | 通过单细胞测序揭示帕金森病患者中脑的胶质细胞激活和疾病特异性神经元状态 | 生成了首个特发性帕金森病中脑单核RNA测序数据集，发现了疾病特异性神经元簇和全胶质细胞激活机制 | 样本量相对较小（6名患者和5名对照），仅使用死后组织 | 表征中脑所有细胞类型对帕金森病病理的贡献并评估细胞类型特异性风险 | 人类中脑组织 | 单细胞测序 | 帕金森病 | 单核RNA测序, 免疫标记, 激光显微切割 | NA | 单细胞转录组数据, 空间组织数据 | 6名特发性帕金森病患者和5名年龄/性别匹配对照的>41,000个单核转录组 | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 10 | 2025-10-06 |
Host cell maturation modulates parasite invasion and sexual differentiation in Plasmodium berghei
2022-04-29, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abm7348
PMID:35476438
|
研究论文 | 本研究通过流式细胞术和单细胞RNA测序揭示了宿主细胞成熟状态如何调控疟原虫入侵和性分化 | 首次鉴定CD71作为网织红细胞入侵的宿主受体，并发现寄生虫代谢适应宿主细胞环境，揭示了营养依赖性向性在配子体形成中的作用 | 研究使用啮齿动物疟原虫模型，结果在人类疟疾中的适用性需要进一步验证 | 探究疟原虫在造血生态位中富集的机制和宿主-寄生虫相互作用 | 啮齿动物疟原虫(Plasmodium berghei)和宿主红细胞 | 寄生虫学 | 疟疾 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11 | 2025-10-06 |
pRB-Depleted Pluripotent Stem Cell Retinal Organoids Recapitulate Cell State Transitions of Retinoblastoma Development and Suggest an Important Role for pRB in Retinal Cell Differentiation
2022-04-29, Stem cells translational medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1093/stcltm/szac008
PMID:35325233
|
研究论文 | 本研究通过建立pRB缺失的人类多能干细胞视网膜类器官模型，模拟了视网膜母细胞瘤发展过程中的细胞状态转变 | 首次发现Rb视锥细胞表达视网膜神经节细胞和水平细胞标志物，并建立了两种pRB缺失的视网膜类器官疾病模型 | 研究仅限于体外类器官模型，需要进一步体内验证 | 研究pRB在视网膜细胞分化和视网膜母细胞瘤发展中的作用 | pRB缺失的人类胚胎干细胞和患者特异性诱导多能干细胞分化的视网膜类器官 | 发育生物学 | 视网膜母细胞瘤 | 单细胞RNA测序，视网膜类器官分化 | 类器官模型 | 单细胞转录组数据，形态学数据 | 两种pRB缺失的干细胞系（RB1-null hESCs和RB1双等位基因突变iPSC） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-seq reveals cell type-specific molecular and genetic associations to lupus
2022-04-08, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.abf1970
PMID:35389781
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示狼疮患者外周血免疫细胞的分子特征和遗传关联 | 首次使用多重单细胞RNA测序技术系统分析狼疮患者外周血单核细胞，发现细胞类型特异性表达特征和遗传变异关联 | 样本量相对有限（162例患者和99例对照），仅分析外周血单核细胞 | 系统性红斑狼疮的细胞类型特异性分子机制研究 | 外周血单核细胞 | 单细胞组学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 超过120万个外周血单核细胞（162例患者，99例健康对照） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 多重单细胞RNA测序 |
| 13 | 2025-10-06 |
Single-cell eQTL mapping identifies cell type-specific genetic control of autoimmune disease
2022-04-08, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.abf3041
PMID:35389779
|
研究论文 | 通过单细胞eQTL图谱揭示自身免疫疾病的细胞类型特异性遗传调控机制 | 首次在单细胞水平系统绘制免疫细胞eQTL图谱，揭示等位基因效应在B细胞状态转换中的动态变化 | 仅分析健康人群外周血单个核细胞，未包含患者样本或组织特异性数据 | 解析自身免疫疾病遗传风险的细胞类型特异性机制 | 982名健康人类受试者的外周血单个核细胞 | 单细胞基因组学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | 孟德尔随机化 | 单细胞转录组数据 | 1,267,758个细胞来自982名受试者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2025-10-06 |
A zebrafish reporter line reveals immune and neuronal expression of endogenous retrovirus
2022-04-01, Disease models & mechanisms
IF:4.0Q1
DOI:10.1242/dmm.048921
PMID:35142349
|
研究论文 | 本研究创建了首个斑马鱼内源性逆转录病毒报告基因系，揭示了ERV在免疫细胞和神经元中的表达模式 | 创建了首个跨物种的体内ERV报告基因系，结合活体成像、流式细胞术和单细胞RNA测序技术系统分析ERV表达 | 研究仅针对斑马鱼模型，结果向哺乳动物外推需谨慎 | 研究内源性逆转录病毒在健康和疾病中的功能 | 斑马鱼内源性逆转录病毒zferv | 发育生物学 | 自身炎症性疾病,神经系统疾病 | 活体成像,流式细胞术,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2025-10-06 |
IL-22 Plays a Dual Role in the Amniotic Cavity: Tissue Injury and Host Defense against Microbes in Preterm Labor
2022-04-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2100439
PMID:35304419
|
研究论文 | 本研究揭示了IL-22在羊膜腔中具有组织损伤和宿主防御微生物的双重作用 | 首次阐明IL-22在母胎界面免疫中的双重功能，发现其既能独立引起胎儿损伤导致新生儿死亡，又能参与宿主防御机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外人类系统，需要进一步验证在人类妊娠中的直接作用 | 探究IL-22在妊娠晚期母胎免疫中的作用机制 | 人类母胎界面组织、小鼠妊娠模型、羊膜液样本 | 免疫学 | 早产 | 单细胞RNA测序, 体外人类系统, 动物模型 | 小鼠妊娠模型 | 基因表达数据, 临床样本数据 | 人类早产妇女样本和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16 | 2025-10-06 |
Differential assembly diversifies GABAA receptor structures and signalling
2022-04, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-04517-3
PMID:35355020
|
研究论文 | 通过冷冻电镜揭示GABAA受体通过差异组装形成不同结构和信号转导特性的机制 | 首次发现GABAA受体存在四种不同的亚基组成和排列方式，并证明某些构型可作为同时响应GABA和组胺的共检测器 | 研究主要关注特定亚基组合，尚未完全揭示所有可能的受体组装形式 | 探索GABAA受体亚基组装规律及其对信号转导的影响 | 由α4、β3、δ和γ2亚基组成的GABAA受体 | 结构生物学 | 神经系统疾病 | 冷冻电镜、单细胞RNA测序、组装模拟 | NA | 结构数据、基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2025-10-06 |
Using topic modeling to detect cellular crosstalk in scRNA-seq
2022-04, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1009975
PMID:35395014
|
研究论文 | 提出基于主题建模的新方法检测单细胞RNA测序中的细胞间相互作用 | 首次将潜在狄利克雷分配(LDA)模型应用于单细胞RNA测序数据，无需依赖配体-受体先验知识即可检测细胞相互作用 | 方法在非专门设计捕获相互作用细胞的标准液滴协议数据集中的适用性有待进一步验证 | 开发不依赖先验知识的细胞间相互作用检测方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群体 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 主题建模 | LDA | 基因表达数据 | 多个合成数据集和两个物理相互作用细胞数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 液滴式单细胞测序协议 |
| 18 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveals a distinct developmental state of KMT2A-rearranged infant B-cell acute lymphoblastic leukemia
2022-04, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-022-01720-7
PMID:35288693
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示KMT2A重排婴儿B细胞急性淋巴细胞白血病的独特发育状态 | 首次发现KMT2A重排婴儿B-ALL主要由早期淋巴细胞前体状态主导，并揭示其具有可靶向的混合髓系-淋巴系特征 | 研究样本量有限，主要聚焦于婴儿B-ALL特定亚型 | 探究KMT2A重排婴儿B细胞急性淋巴细胞白血病的发育状态和细胞起源 | 婴儿B细胞急性淋巴细胞白血病细胞，特别是KMT2A重排列亚型 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, mRNA荟萃分析 | NA | 转录组数据, 流式细胞数据 | 未明确具体样本数量，包含婴儿B-ALL患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 19 | 2025-10-06 |
Defining the early stages of intestinal colonisation by whipworms
2022-04-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-29334-0
PMID:35365634
|
研究论文 | 本研究通过小鼠鞭虫感染模型和盲肠类器官系统揭示了鞭虫早期肠道定植机制 | 首次建立鞭虫感染的体外类器官模型，揭示了幼虫通过降解黏液层并形成多细胞内隧道建立感染的机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类感染机制可能有所不同 | 阐明鞭虫早期肠道定植的细胞和分子机制 | 鞭虫幼虫、小鼠肠道组织、盲肠类器官 | 寄生虫学 | 寄生虫感染 | 单细胞RNA测序, 类器官培养 | NA | 基因表达数据, 显微图像 | 小鼠感染模型和体外类器官系统 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 20 | 2025-10-06 |
The molecular and phenotypic makeup of fetal human skin T lymphocytes
2022-04-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.199781
PMID:34604909
|
研究论文 | 本研究开发了从胎儿人类皮肤中分离和扩增T细胞的新工作流程，并系统表征了其分子表型特征 | 建立了首个从胎儿皮肤中高效分离和扩增T细胞的工作流程，并首次全面表征了胎儿皮肤T细胞的分子表型 | 胎儿皮肤样本中T细胞数量稀少可能限制分析的深度，培养过程可能对细胞表型产生未知影响 | 研究胎儿人类皮肤中T细胞的分子和表型特征及其在早期免疫中的作用 | 胎儿人类皮肤组织中的T淋巴细胞 | 免疫学 | NA | 多参数流式细胞术、原位免疫荧光、单细胞转录组测序、TCR受体谱分析 | NA | 流式细胞数据、荧光图像、单细胞转录组数据、TCR序列数据 | 胎儿皮肤活检组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |