单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-11-19	scMAPA: Identification of cell-type-specific alternative polyadenylation in complex tissues 2022-04-30, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giac033 PMID:35488860	研究论文	开发了一种名为scMAPA的计算方法，用于在复杂组织中识别细胞类型特异性的选择性多聚腺苷酸化（APA）基因	scMAPA结合了计算变化点算法和统计模型，避免了现有方法对读取覆盖形状的假设，并能调整不期望的变异来源，提高了灵敏度、鲁棒性和稳定性	NA	开发一种新的计算方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别细胞类型特异性的选择性多聚腺苷酸化基因	选择性多聚腺苷酸化（APA）基因在复杂组织中的细胞类型特异性功能	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	计算变化点算法和统计模型	RNA测序数据	包括人类外周血单核细胞和来自多个区域的小鼠脑组织中的多种细胞类型
2	2024-11-14	Kidney single-cell transcriptome profile reveals distinct response of proximal tubule cells to SGLT2i and ARB treatment in diabetic mice 2022-04-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2021.10.013 PMID:34678510	研究论文	研究了糖尿病小鼠肾脏单细胞转录组在不同药物治疗下的反应	揭示了ARBs和SGLT2i对近端小管细胞的不同影响，并发现了一个新的近端小管亚群	NA	探讨ARBs和SGLT2i在糖尿病肾病中的保护作用机制	糖尿病小鼠的肾脏细胞	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	db/db小鼠和db/m小鼠
3	2024-10-30	Derivation of extra-embryonic and intra-embryonic macrophage lineages from human pluripotent stem cells 2022-04-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.200016 PMID:35178561	研究论文	本文研究了从人类多能干细胞中衍生出的胚外和胚内巨噬细胞谱系	开发了一种系统，能够生成类似于组织驻留或单核细胞来源的巨噬细胞的纯培养物，并揭示了这些巨噬细胞在形态学、转录和功能上的差异	NA	研究组织驻留巨噬细胞的发育和功能，并探索其在组织工程和再生医学中的应用潜力	人类多能干细胞衍生的胚外和胚内巨噬细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
4	2024-10-12	Differential responses to immune checkpoint inhibitor dictated by pre-existing differential immune profiles in squamous cell carcinomas caused by same initial oncogenic drivers 2022-Apr-02, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-022-02337-x PMID:35366939	研究论文	研究探讨了头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）对免疫检查点抑制剂（ICI）的不同反应，发现肿瘤内在的免疫微环境差异是决定ICI敏感性的关键因素	揭示了肿瘤内在的免疫微环境差异如何影响ICI的敏感性，并提出了通过评估肿瘤内在信号和免疫微环境来预测ICI反应的新方法	研究主要基于小鼠模型，结果的临床转化和适用性需要进一步验证	探讨头颈部鳞状细胞癌对免疫检查点抑制剂的不同反应机制	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）及其对免疫检查点抑制剂的反应	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	两个KPPA肿瘤细胞系（TAb2和TCh3）移植到C57BL/6小鼠中进行研究
5	2024-09-30	Deciphering spatial domains from spatially resolved transcriptomics with an adaptive graph attention auto-encoder 2022-04-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-29439-6 PMID:35365632	研究论文	本文开发了一种名为STAGATE的图注意力自编码器框架，用于从空间转录组学数据中准确识别空间域	STAGATE通过集成空间信息和基因表达谱，采用注意力机制自适应学习相邻点的相似性，并可选地集成预聚类的基因表达，以更好地表征空间域边界的相似性	NA	开发一种新的方法来准确识别空间转录组学数据中的空间域	空间转录组学数据中的空间域	生物信息学	NA	空间转录组学	图注意力自编码器	基因表达数据	多种空间转录组学数据集，由不同平台生成，具有不同的空间分辨率
6	2024-09-28	Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing data reveals a pan-cancer stemness signature predicting immunotherapy response 2022-04-29, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01050-w PMID:35488273	研究论文	本文通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了一个泛癌症干细胞特征，该特征能够预测免疫治疗反应	开发了一种新的干细胞特征（Stem.Sig），并在多个癌症数据集中验证了其预测免疫治疗反应的能力，相较于其他特征表现出更好的预测性能	NA	揭示癌症干细胞与免疫治疗抵抗之间的关系，并开发一种新的特征用于预测免疫治疗反应	癌症干细胞特征与免疫治疗反应之间的关系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	机器学习模型	RNA测序数据	包括34个单细胞RNA测序数据集、TCGA泛癌症队列和10个免疫治疗转录组队列
7	2024-09-23	An estrogen-sensitive fibroblast population drives abdominal muscle fibrosis in an inguinal hernia mouse model 2022-04-19, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.152011 PMID:35439171	研究论文	研究揭示了雌激素敏感的成纤维细胞群在腹肌纤维化中的作用，特别是在腹股沟疝的小鼠模型中	发现了两个潜在的新型与疝相关的成纤维细胞群，这些细胞可能成为非手术治疗腹股沟疝的新靶点	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨雌激素驱动的肌肉纤维化的细胞基础	腹股沟疝的小鼠模型中的腹肌组织	NA	腹股沟疝	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	Aromhum和野生型同窝小鼠的腹肌组织
8	2024-09-23	Oncogenic Vav1-Myo1f induces therapeutically targetable macrophage-rich tumor microenvironment in peripheral T cell lymphoma 2022-04-19, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110695 PMID:35443168	研究论文	研究了Vav1-Myo1f融合基因在周围T细胞淋巴瘤中的致癌作用及其对肿瘤微环境的影响	首次揭示了Vav1-Myo1f融合基因在周围T细胞淋巴瘤中的致癌机制，并发现肿瘤相关巨噬细胞是潜在的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证	探讨Vav1-Myo1f融合基因在周围T细胞淋巴瘤中的作用及其对肿瘤微环境的影响	周围T细胞淋巴瘤中的Vav1-Myo1f融合基因及其诱导的肿瘤微环境	数字病理学	淋巴瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	小鼠Vav1-Myo1f淋巴瘤模型
9	2024-09-23	Combined noncanonical NF-κB agonism and targeted BET bromodomain inhibition reverse HIV latency ex vivo 2022-04-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI157281 PMID:35426377	研究论文	研究了通过非经典NF-κB激动剂和靶向BET溴结构域抑制剂联合使用逆转HIV潜伏期的方法	首次展示了IAP拮抗剂与BET抑制剂联合使用在体外逆转HIV潜伏期的协同效应	IAPi+BETi治疗未能显著提高病毒输出频率	探索逆转HIV潜伏期的组合策略	HIV潜伏期逆转及BET蛋白在其中的作用	NA	HIV感染	CRISPR-CAS9, 单细胞RNA测序	NA	RNA	来自抗逆转录病毒治疗抑制的供体的CD4+ T细胞
10	2024-09-23	Classification of human chronic inflammatory skin disease based on single-cell immune profiling 2022-04-15, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abl9165 PMID:35427179	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术对31名患者的皮肤样本进行免疫细胞转录组分析，以分类慢性炎症性皮肤病	首次通过单细胞RNA测序揭示了人类皮疹中T细胞和Trm成分的活跃增殖扩张以及T细胞的普遍耗竭，并开发了一个名为RashX的网络界面，供科学家和临床医生使用	样本量相对较小，且未涵盖所有类型的慢性炎症性皮肤病	通过单细胞免疫分析技术，对慢性炎症性皮肤病进行分子水平上的分类	31名患者的皮肤样本中的CD45免疫细胞	数字病理学	皮肤病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	31名患者（包括7名特应性皮炎、8名寻常型银屑病、2名扁平苔藓、1名大疱性类天疱疮、6名临床/组织病理学不确定的皮疹患者和7名健康对照）
11	2024-09-23	lincRNA-Cox2 Functions to Regulate Inflammation in Alveolar Macrophages during Acute Lung Injury 2022-04-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2100743 PMID:35365562	研究论文	研究了lincRNA-Cox2在急性肺损伤期间对肺泡巨噬细胞炎症反应的调控作用	首次揭示了lincRNA-Cox2在急性肺损伤期间对肺泡巨噬细胞炎症反应的调控机制	NA	探讨lincRNA-Cox2在急性肺损伤中的作用及其对炎症反应的调控机制	lincRNA-Cox2在急性肺损伤期间对肺泡巨噬细胞的调控作用	NA	急性肺损伤	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	RNA	NA
12	2024-09-23	Cellular and transcriptional diversity over the course of human lactation 2022-04-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2121720119 PMID:35377806	研究论文	研究分析了人类母乳中的细胞和转录多样性随哺乳时间的变化	首次使用单细胞RNA测序技术详细描述了人类母乳中细胞的转录组特征，并揭示了哺乳期间细胞类型频率的变化	研究样本量较小，仅涉及15名捐赠者，可能影响结果的普适性	探讨人类母乳中细胞的多样性和转录特征随哺乳时间的变化	人类母乳中的细胞及其转录组特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	广义加性模型	转录组数据	15名捐赠者的母乳样本，时间跨度为产后3至632天
13	2024-09-23	Matrix Inversion and Subset Selection (MISS): A pipeline for mapping of diverse cell types across the murine brain 2022-04-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2111786119 PMID:35363567	研究论文	本文介绍了一种名为Matrix Inversion and Subset Selection (MISS)的开源计算管道，用于推断小鼠大脑中多种神经细胞类型的定量验证分布	MISS通过基因子集选择这一预处理步骤，显著提高了细胞类型图谱的准确性，并展示了其可推广性	NA	填补当前实验方法未能全面绘制小鼠大脑中神经和非神经细胞类型分布图谱的知识空白	小鼠大脑中的神经细胞类型分布	计算机视觉	NA	单细胞RNA测序 (RNAseq) 和原位杂交	NA	基因数据	NA
14	2024-09-23	Quantifying chromosomal instability from intratumoral karyotype diversity using agent-based modeling and Bayesian inference 2022-04-05, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.69799 PMID:35380536	研究论文	本文开发了一种框架，通过考虑核型选择，使用模拟和模型选择来量化染色体不稳定性（CIN）	本文提出了一种新的方法，通过模拟和贝叶斯推断来量化CIN，并考虑了核型选择的影响	本文的实验验证仅限于化疗药物紫杉醇，且样本量较小	开发一种量化人类肿瘤中CIN的方法，并将其发展为预测性生物标志物	染色体不稳定性（CIN）及其在癌症中的作用	NA	NA	单细胞测序	贝叶斯推断	核型数据	实验验证中使用了化疗药物紫杉醇处理的细胞，临床样本的具体数量未明确提及
15	2024-09-23	Metabolism drives macrophage heterogeneity in the tumor microenvironment 2022-04-05, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110609 PMID:35385733	研究论文	研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在肿瘤微环境中的代谢驱动异质性	首次揭示了TAMs在转录、发育、代谢和功能层面的高度异质性，并发现嘌呤代谢是促进肿瘤和终末分化TAMs的特征	研究主要基于小鼠模型和人类样本，可能需要更多临床数据验证	探讨肿瘤相关巨噬细胞在肿瘤微环境中的代谢与表型关系	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其代谢模式	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	小鼠肝脏转移瘤和人类TAMs样本
16	2024-09-23	Cell type and gene expression deconvolution with BayesPrism enables Bayesian integrative analysis across bulk and single-cell RNA sequencing in oncology 2022-04, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-022-00356-3 PMID:35469013	研究论文	开发了一种贝叶斯方法BayesPrism，用于从批量RNA测序数据中推断单细胞组成和基因表达，并在多种肿瘤类型中进行综合分析	引入了一种新的贝叶斯方法BayesPrism，能够准确推断大规模批量RNA测序数据中的细胞组成和表达	NA	解决从批量RNA测序数据中推断单细胞组成和基因表达的问题，并在肿瘤学中进行综合分析	主要胶质母细胞瘤、头颈鳞状细胞癌和皮肤黑色素瘤	数字病理学	肿瘤	RNA测序	贝叶斯方法	RNA测序数据	多种肿瘤类型的患者样本
17	2024-09-23	Antigen identification and high-throughput interaction mapping by reprogramming viral entry 2022-04, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01436-z PMID:35396484	研究论文	本文介绍了一种通过重新编程病毒进入机制来识别抗原并进行高通量相互作用映射的技术	本文提出了一种新的方法，结合病毒假型化和分子工程技术，通过在慢病毒表面展示抗原并在病毒基因组中编码其身份，实现了抗原和受体的配对	NA	解码免疫识别，以理解广泛的疾病并开发有效的疫苗和免疫疗法	抗原和免疫受体的相互作用	NA	NA	病毒假型化、分子工程	NA	单细胞测序数据	NA
18	2024-09-23	Obesity alters pathology and treatment response in inflammatory disease 2022-04, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-04536-0 PMID:35355021	研究论文	研究肥胖对特应性皮炎病理和治疗反应的影响	首次揭示肥胖通过改变T细胞分化和PPARγ活性，影响特应性皮炎的免疫反应和生物治疗效果	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨肥胖如何影响免疫疾病病理和治疗反应	肥胖和正常体重小鼠的特应性皮炎模型	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA测序和全基因组结合分析	NA	基因表达数据	两组小鼠模型，每组若干只
19	2024-09-23	B lymphocyte-derived acetylcholine limits steady-state and emergency hematopoiesis 2022-04, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-022-01165-7 PMID:35352063	研究论文	本文探讨了B淋巴细胞衍生的乙酰胆碱如何调节骨髓中的造血功能	首次揭示了B淋巴细胞是乙酰胆碱的重要来源，并阐明了其在调节造血中的作用	仅限于小鼠和心血管疾病患者的研究，缺乏更广泛的人类样本	研究副交感神经信号如何调节造血功能	B淋巴细胞衍生的乙酰胆碱及其在骨髓造血中的作用	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和心血管疾病患者
20	2024-09-23	Analyzing Spatial Transcriptomics Data Using Giotto 2022-Apr, Current protocols DOI:10.1002/cpz1.405 PMID:35384407	研究论文	本文介绍了Giotto工具箱在空间转录组数据分析和可视化中的应用	开发了Giotto作为全面、通用且用户友好的工具箱，用于空间转录组数据分析	NA	帮助用户熟悉Giotto环境并有效应用于新数据集的分析	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	隐藏马尔可夫随机场模型	转录组数据	NA