单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-08-08	A single-cell atlas of the myometrium in human parturition 2022-03-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.153921 PMID:35260533	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，对人类分娩期间子宫肌层的细胞类型特异性转录组活动进行了全面研究	首次建立了人类子宫肌层的单细胞图谱，揭示了分娩过程中不同细胞类型的转录组活动变化	NA	探究人类分娩期间子宫肌层细胞的基础生物学过程	人类子宫肌层在自然分娩期间的细胞类型及其转录组活动	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	包括平滑肌细胞、单核细胞/巨噬细胞、基质细胞和内皮细胞等多种细胞类型
122	2024-08-08	MQuad enables clonal substructure discovery using single cell mitochondrial variants 2022-03-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-28845-0 PMID:35260582	research paper	本文介绍了一种名为MQuad的开源计算工具，用于在单细胞RNA或DNA测序数据中准确识别克隆相关的线粒体DNA变异，并提供完整的克隆性推断分析套件。	MQuad工具在识别线粒体变异方面具有高灵敏度和特异性，显著优于现有方法，并能广泛适用于不同的单细胞测序协议，补充单核苷酸和拷贝数变异以提取更精细的克隆分辨率。	NA	开发一种能够准确识别单细胞测序数据中线粒体DNA变异的计算工具，并进行克隆性推断。	单细胞RNA、DNA或ATAC测序数据中的线粒体DNA变异。	digital pathology	NA	single-cell RNA sequencing, single-cell DNA sequencing, ATAC sequencing	NA	sequencing data	多种模拟和实验单细胞测序数据
123	2024-08-08	Efficient prediction of a spatial transcriptomics profile better characterizes breast cancer tissue sections without costly experimentation 2022-03-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-07685-4 PMID:35260632	research paper	本文展示了一种深度学习模型DeepSpaCE，能够预测未测量区域和组织中的空间基因表达，从而增强生物学家对组织学解释的理解	开发了DeepSpaCE模型，能够使用未标记的组织学图像进行半监督学习，提高了连续组织切片中的插补准确性，适用于小样本量	NA	开发一种高效的方法来预测空间转录组学特征，以更好地表征乳腺癌组织切片，无需昂贵的实验	乳腺癌组织切片的空间转录组学特征	digital pathology	breast cancer	spatial transcriptomics	Deep learning model	image	连续的人类乳腺癌组织切片
124	2024-08-08	A high-resolution view of intra-tumoral B cell immunity 2022-03-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2022.02.009 PMID:35263565	研究论文	本文利用空间转录组学技术研究肿瘤内三级淋巴结构中的B细胞免疫	首次详细描述了B细胞在肿瘤内三级淋巴结构中的扩展、成熟为浆细胞、迁移路径及其产生的IgG抗体对癌细胞的作用	NA	探讨肿瘤内B细胞免疫的详细机制	肿瘤内三级淋巴结构中的B细胞	免疫学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
125	2024-08-08	TraSig: inferring cell-cell interactions from pseudotime ordering of scRNA-Seq data 2022-03-07, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02629-7 PMID:35255944	研究论文	本文介绍了一种名为TraSig的计算方法，用于利用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据的动态信息改进细胞间相互作用的推断	TraSig方法能够识别具有相似轨迹的重要配体-受体对，并用于评分相互作用的细胞集群，相较于先前的方法提供了更独特的预测	NA	改进scRNA-Seq研究中细胞间相互作用的推断	scRNA-Seq数据中的细胞间相互作用	生物信息学	NA	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	多个scRNA-Seq数据集
126	2024-08-08	Single-cell transcriptomics of popliteal lymphatic vessels and peripheral veins reveals altered lymphatic muscle and immune cell populations in the TNF-Tg arthritis model 2022-03-07, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-022-02730-z PMID:35255954	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了肿瘤坏死因子转基因（TNF-Tg）小鼠和类风湿关节炎（RA）患者的腘淋巴管（PLVs）中的淋巴肌肉细胞（LMCs）和免疫细胞的转录组变化	首次揭示了TNF-Tg模型中淋巴肌肉细胞和免疫细胞的转录组变化，并发现了与细胞死亡、吞噬细胞招募和关节炎症相关的功能基因组学变化	研究主要集中在TNF-Tg小鼠模型，未来需要进一步研究这些转录组变化对PLV功能和关节稳态的具体影响	探讨TNF-Tg模型中淋巴肌肉细胞和免疫细胞的转录组变化及其在炎症性侵蚀性关节炎发病机制中的潜在作用	TNF-Tg小鼠的腘淋巴管和外周静脉中的淋巴肌肉细胞和免疫细胞	数字病理学	类风湿关节炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	8879个细胞
127	2024-08-08	Heterogeneity induced GZMA-F2R communication inefficient impairs antitumor immunotherapy of PD-1 mAb through JAK2/STAT1 signal suppression in hepatocellular carcinoma 2022-03-07, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-022-04654-7 PMID:35256589	研究论文	本研究通过单细胞测序技术，在肝细胞癌（HCC）组织及其邻近组织中发现了31个细胞簇，并探讨了肿瘤细胞与细胞毒性细胞之间的相互作用及其对PD-1单克隆抗体免疫治疗效果的影响。	首次揭示了GZMA与F2R在肿瘤细胞与细胞毒性细胞间的相互作用，以及这种相互作用通过JAK2/STAT1信号通路的激活对肿瘤抑制和T细胞介导的肿瘤细胞杀伤的影响。	研究主要基于单细胞测序数据和体外实验，需要进一步的临床试验验证GZMA-F2R相互作用对PD-1单克隆抗体治疗效果的实际影响。	探讨肿瘤异质性对肝细胞癌免疫治疗和靶向药物抵抗的影响，特别是GZMA-F2R相互作用对PD-1单克隆抗体治疗效果的影响。	肝细胞癌（HCC）患者及其肿瘤组织。	数字病理学	肝癌	单细胞测序	NA	细胞	31个细胞簇
128	2024-08-08	Protoplast Dissociation and Transcriptome Analysis Provides Insights to Salt Stress Response in Cotton 2022-Mar-05, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23052845 PMID:35269989	研究论文	本研究开发了一种基于棉花根尖原生质体分离的单细胞RNA测序方法，并利用该方法研究了盐胁迫对棉花基因表达谱及其动态变化的影响	首次开发了基于棉花根尖原生质体分离的单细胞RNA测序方法，并揭示了盐胁迫下棉花根部的基因表达调控网络	NA	阐明棉花对盐胁迫的分子机制，培育耐盐新品种	棉花在盐胁迫下的基因表达和调控机制	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	3391和2826个差异表达基因在盐处理样本前后原生质体分离中被鉴定
129	2024-08-08	Single-Cell RNA Sequencing Uncovers Heterogeneous Circulating Tumor Cell Subsets in Breast Cancer 2022-Mar-04, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers14051314 PMID:35267622	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术揭示了乳腺癌中异质性的循环肿瘤细胞亚群	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了乳腺癌中的循环肿瘤细胞亚群	NA	探索乳腺癌患者中循环肿瘤细胞的异质性及其在转移过程中的作用	乳腺癌中的循环肿瘤细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
130	2024-08-08	Genomic and Epigenomic Landscape of Juvenile Myelomonocytic Leukemia 2022-Mar-04, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers14051335 PMID:35267643	研究论文	本文探讨了幼年型粒单核细胞白血病（JMML）的基因组和表观基因组特征	本文首次详细描述了JMML的基因组和表观基因组景观，并提出了基于DNA甲基化状态的国际JMML分层共识	对于JMML的起源、细胞身份以及肿瘤内和患者间的异质性了解仍然有限	深入理解驱动JMML疾病的分子机制	幼年型粒单核细胞白血病（JMML）	数字病理学	血液疾病	单细胞测序技术	NA	基因组和表观基因组数据	未具体说明样本数量
131	2024-08-08	Multi-Omics Analysis in β-Thalassemia Using an HBB Gene-Knockout Human Erythroid Progenitor Cell Model 2022-Mar-04, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23052807 PMID:35269949	研究论文	本研究通过HBB基因敲除的人类红系祖细胞模型，进行了β-地中海贫血的多组学分析	发现HBB-KO细胞中的上调并非由H3K4me3介导的遗传补偿反应引起，并揭示了氧化应激对细胞周期和增殖的影响	NA	深入理解β-地中海贫血的基因调控网络，并提供新的临床见解	β-地中海贫血的分子机制	数字病理学	地中海贫血	多组学分析	NA	基因组、转录组、蛋白质组和磷酸化模式数据	HUDEP2细胞系的HBB基因双敲除细胞
132	2024-08-08	Identification of the Regulators of Epidermis Development under Drought- and Salt-Stressed Conditions by Single-Cell RNA-Seq 2022-Mar-02, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23052759 PMID:35269904	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了干旱和盐胁迫条件下叶片表皮细胞中基因的表达模式	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了干旱和盐胁迫下表皮细胞发育的调控机制	对信号通路在植物响应环境胁迫中的具体机制理解仍有限	探究植物在干旱和盐胁迫下表皮细胞发育的分子机制	叶片表皮铺装细胞和保卫细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及叶片表皮铺装细胞和保卫细胞
133	2024-08-08	Evolutionary insights into primate skeletal gene regulation using a comparative cell culture model 2022-03, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1010073 PMID:35263340	研究论文	本文通过比较细胞培养模型研究了灵长类骨骼基因调控的进化	首次使用人类和黑猩猩的诱导多能干细胞分化为间充质干细胞和成骨细胞，进行单细胞RNA测序，以研究跨物种的基因表达差异	研究仅限于体外模型，未涉及实际的骨骼组织	探索灵长类骨骼特征进化的遗传和环境影响因素	人类和黑猩猩的诱导多能干细胞及其分化细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	超过100,000个细胞，来自六个人类和六个黑猩猩的诱导多能干细胞系
134	2024-08-08	Epithelial GPR35 protects from Citrobacter rodentium infection by preserving goblet cells and mucosal barrier integrity 2022-03, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1038/s41385-022-00494-y PMID:35264769	研究论文	本研究探讨了上皮细胞中的GPR35在维持杯状细胞功能和肠道黏膜屏障完整性中的作用，特别是在抵御Citrobacter rodentium感染中的重要性。	首次揭示了上皮细胞中的GPR35在维持杯状细胞功能和肠道黏膜屏障中的关键作用，并通过scRNA-seq分析阐明了其信号传导机制。	研究主要在老鼠模型中进行，其结果在人类中的适用性需要进一步验证。	探讨GPR35在肠道上皮细胞中的作用及其对杯状细胞功能和肠道健康的影响。	上皮细胞中的GPR35及其在杯状细胞功能和肠道微生物群共生中的作用。	NA	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	老鼠模型中的上皮细胞和巨噬细胞
135	2024-08-08	Generation and network analysis of an RNA-seq transcriptional atlas for the rat 2022-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqac017 PMID:35265836	研究论文	本文通过整合和下载7700个大鼠RNA-seq数据集，生成一个全面的大鼠转录组图谱，并进行基因共表达网络分析	该研究揭示了特定组织或细胞类型限制的转录本簇，并发现了与生物过程相关的转录本富集簇，其中一些是这些数据独有的	NA	生成一个全面的大鼠转录组图谱，并进行基因共表达网络分析	大鼠的转录组数据	生物信息学	NA	RNA-seq	基因共表达网络	转录组数据	7700个大鼠RNA-seq数据集，涵盖585种大鼠组织和细胞
136	2024-08-08	A copula based topology preserving graph convolution network for clustering of single-cell RNA-seq data 2022-03, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1009600 PMID:35271564	研究论文	本文介绍了一种基于copula的拓扑保持图卷积网络（sc-CGconv），用于单细胞RNA-seq数据的聚类	sc-CGconv能够在较小的样本量下识别同质聚类，能够模拟大量基因的表达共变性，通过copula相关性度量构建细胞-细胞图来保持细胞间的变异性，并在低维空间中提供拓扑保持的细胞嵌入	NA	开发一种新的方法用于单细胞RNA-seq数据的聚类	单细胞RNA-seq数据	机器学习	NA	图卷积网络	CNN	文本	较小样本量
137	2024-08-08	Alevin-fry unlocks rapid, accurate and memory-frugal quantification of single-cell RNA-seq data 2022-03, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01408-3 PMID:35277707	research paper	本文介绍了alevin-fry框架，用于快速、准确且节省内存地量化单细胞和单核RNA测序数据	alevin-fry框架比其他准确量化方法更快且更节省内存，同时改善了其他轻量级工具的内存可扩展性和假阳性表达问题	NA	开发新的计算方法以准确高效地量化单细胞和单核RNA测序数据	单细胞和单核RNA测序数据	RNA测序	NA	RNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
138	2024-08-08	Dissecting the cellular landscape and transcriptome network in viral myocarditis by single-cell RNA sequencing 2022-Mar-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.103865 PMID:35243228	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了健康和病毒性心肌炎小鼠心脏细胞的细胞景观和转录组网络	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了病毒性心肌炎中不同细胞类型（如髓系细胞、T细胞和成纤维细胞）的转录组特征及其在疾病发展中的作用	NA	解析病毒性心肌炎中细胞景观和转录组网络的复杂性	健康和病毒性心肌炎小鼠的心脏细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	健康和病毒性心肌炎小鼠的心脏细胞样本
139	2024-08-08	Tertiary lymphoid structure and decreased CD8+ T cell infiltration in minimally invasive adenocarcinoma 2022-Mar-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.103883 PMID:35243243	研究论文	本研究通过RNA测序分析了58对微小浸润性腺癌（MIA）肿瘤及其配对正常组织的肿瘤微环境（TME）特征	首次详细描述了早期肺腺癌的肿瘤微环境，特别是MIA肿瘤中三级淋巴结构（TLS）的形成及其对CD8+ T细胞浸润的影响	研究样本量有限，且仅限于早期肺腺癌患者	研究早期肺腺癌的肿瘤微环境特征及其对免疫反应的影响	微小浸润性腺癌（MIA）肿瘤及其配对正常组织	数字病理学	肺癌	RNA测序	NA	RNA	58对MIA肿瘤及其配对正常组织
140	2024-08-08	Horizontal mtDNA transfer between cells is common during mouse development 2022-Mar-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.103901 PMID:35243258	研究论文	本文展示了在非亲缘关系的细胞间发生横向线粒体DNA（mtDNA）转移的现象及其程度	首次证明了横向mtDNA转移在成年嵌合鼠的多种组织和器官中的普遍性，并提出这可能是一种补偿受损线粒体功能的机制	尚未确定mtDNA供体细胞和转移机制	探讨横向mtDNA转移的现象及其在基因治疗中的潜在应用	成年嵌合鼠的多种组织和器官中的细胞	遗传学	NA	单细胞测序	NA	DNA	包含不同mtDNA单倍型的成年嵌合鼠的多种组织和器官中的细胞