单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 247 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2024-08-08 |
Primary Cell Cultures to Study the Regeneration Potential of Murine Müller Glia after MicroRNA Treatment
2022-03-28, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/63651
PMID:35404354
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研究论文 | 本文研究了通过微RNA处理后小鼠Müller胶质细胞的再生潜力，使用初级细胞培养模型进行实验。 | 发现微RNA能够将Müller胶质细胞重新编程为视网膜祖细胞，并进一步分化为神经样细胞。 | NA | 研究小鼠Müller胶质细胞在微RNA处理后的再生潜力。 | 小鼠Müller胶质细胞及其再生潜力。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 实验中确认80%-90%的细胞为Müller胶质细胞。 |
| 62 | 2024-08-08 |
Novel Blood Vascular Endothelial Subtype-Specific Markers in Human Skin Unearthed by Single-Cell Transcriptomic Profiling
2022-03-25, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells11071111
PMID:35406678
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术分析健康成人皮肤中血液血管内皮细胞的分子异质性，并识别出六种不同的亚群 | 发现了与不同血管段相关的新的亚型特异性标志物，这些标志物在血管重塑和炎症反应中具有潜在作用 | NA | 揭示人类皮肤中血液血管内皮细胞的分子异质性和功能多样性 | 健康成人皮肤中的血液血管内皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 健康成人皮肤样本 |
| 63 | 2024-08-08 |
Low-input Nucleus Isolation and Multiplexing with Barcoded Antibodies of Mouse Sympathetic Ganglia for Single-nucleus RNA Sequencing
2022-03-23, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/63397
PMID:35404341
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研究论文 | 本文介绍了一种利用条形码抗体对小鼠交感神经节进行低输入核分离和多重化的方法，用于单核RNA测序，以研究心脏交感神经元的生物学结构。 | 本文采用基于液滴的单核RNA测序技术，能够在长期样本保存的同时保持足够的RNA质量，并通过使用 hashtag oligos (HTOs) 进行核条形码化，实现测序后的解复用和样本追溯。 | 该方法主要针对交感神经节，可能不适用于所有类型的神经元。 | 研究心脏交感神经元在健康和疾病状态下的分子生物学结构。 | 小鼠交感神经节的双侧颈上神经节和星状神经节。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序 (snRNA-seq) | NA | RNA | 成年小鼠的交感神经节样本 |
| 64 | 2024-08-08 |
An Efficient and Universal Protoplast Isolation Protocol Suitable for Transient Gene Expression Analysis and Single-Cell RNA Sequencing
2022-Mar-22, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms23073419
PMID:35408780
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研究论文 | 本文介绍了一种简单高效的植物原生质体制备协议，适用于瞬时基因表达分析和单细胞RNA测序 | 该协议通过两种连续的酶消化过程，成功从多种植物器官中分离出高质量的原生质体，适用于多种表达分析，包括单细胞RNA测序 | NA | 提供一种在植物科学中克服多种植物物种原生质体分离障碍的稳健方法 | 植物原生质体的制备和应用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞悬液 | 多种植物器官（花瓣、果实、块根和雌蕊）的代表性物种 |
| 65 | 2024-08-08 |
Subpopulations of cancer-associated fibroblasts link the prognosis and metabolic features of pancreatic ductal adenocarcinoma
2022-Mar, Annals of translational medicine
DOI:10.21037/atm-22-407
PMID:35402584
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研究论文 | 研究探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）亚群在胰腺导管腺癌（PDAC）中的分子特征及其对临床结果的影响 | 引入了基于单细胞测序数据的算法“scFrac”，用于模拟CAF亚型在TCGA-PDAC队列中的富集及其预后影响，并通过多重免疫组织化学染色在外部验证组中确认 | NA | 揭示CAF亚群在PDAC中的分子特征及其代谢谱，并探索其在肿瘤生物学中的失调机制 | 胰腺导管腺癌（PDAC）中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）亚群 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序 | 算法 | 基因表达数据 | 66名胰腺导管腺癌患者 |
| 66 | 2024-08-08 |
Experimental development of the epigenomic library construction method to elucidate the epigenetic diversity and causal relationship between epigenome and transcriptome at a single-cell level
2022-Mar, Genomics & informatics
DOI:10.5808/gi.21078
PMID:35399001
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综述 | 本文综述了单细胞表观基因组文库构建方法的最新进展，重点关注DNA甲基化、染色质可及性和组蛋白翻译后修饰等多组学工具及其未来需求 | 探讨了单细胞表观基因组在阐明细胞分化和疾病发生机制中的重要性，这是对单细胞转录组研究的进一步深化 | 目前仍难以仅通过转录组理解决定细胞命运的全面基因调控原理 | 旨在阐明单细胞表观基因组与转录组之间的因果关系及其在细胞身份决定中的作用 | 单细胞表观基因组及其在细胞分化和疾病发生中的作用 | 表观遗传学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 表观基因组数据 | NA |
| 67 | 2024-08-08 |
Comprehensive generation, visualization, and reporting of quality control metrics for single-cell RNA sequencing data
2022-03-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-29212-9
PMID:35354805
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研究论文 | 本文介绍了SCTK-QC管道，用于单细胞RNA测序数据的质量控制指标的生成、可视化和报告 | SCTK-QC管道整合了多个单细胞平台的预处理工具，并提供了空滴检测、标准QC指标生成、双峰预测和环境RNA估计等功能 | NA | 简化并标准化单细胞RNA测序数据的质量控制过程 | 单细胞RNA测序数据的质量控制 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 68 | 2024-08-08 |
Human forebrain organoids reveal connections between valproic acid exposure and autism risk
2022-03-29, Translational psychiatry
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41398-022-01898-x
PMID:35351869
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研究论文 | 本研究使用人前脑类器官（hFOs）探讨了丙戊酸（VPA）暴露与自闭症谱系障碍（ASD）风险之间的关联 | 首次使用三维细胞培养的人前脑类器官来研究VPA对ASD风险的影响，揭示了VPA暴露对神经发育相关基因表达的影响 | 研究仅限于体外模型，未来需要进一步的体内研究来验证这些发现 | 探讨VPA暴露如何增加ASD风险，并揭示其潜在的分子机制 | 人前脑类器官（hFOs）中的基因表达和突触传递 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序，微电极阵列 | NA | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 |
| 69 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomic analysis suggests two molecularly subtypes of intrahepatic cholangiocarcinoma
2022-03-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-29164-0
PMID:35347134
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了14对肝内胆管癌（iCCA）肿瘤和非肿瘤肝组织的144,878个细胞，发现了两种分子亚型的iCCA，并探讨了其肿瘤微环境的差异 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了肝内胆管癌的两种分子亚型及其肿瘤微环境的差异 | 研究样本量相对较小，可能需要进一步扩大样本以验证结果的普遍性 | 深入理解肝内胆管癌的分类和肿瘤微环境 | 肝内胆管癌（iCCA）的肿瘤细胞和非肿瘤肝组织细胞 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 14对肝内胆管癌肿瘤和非肿瘤肝组织的144,878个细胞 |
| 70 | 2024-08-08 |
Global transcriptomic characterization of T cells in individuals with chronic HIV-1 infection
2022-Mar-28, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-021-00367-x
PMID:35351857
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了慢性HIV-1感染者的外周T细胞转录组特征 | 揭示了慢性HIV-1感染者中T细胞的显著变化，包括幼稚T细胞的丧失、持续炎症和干扰素-α反应的增加，以及CD4和CD8效应细胞群的扩张 | NA | 深入理解HIV-1感染的发病机制并开发新的免疫靶向治疗策略 | 慢性HIV-1感染者的外周T细胞 | 数字病理学 | HIV-1感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 14名慢性HIV-1感染者（包括9名未治疗和8名接受抗逆转录病毒治疗的患者）和4名健康捐赠者 |
| 71 | 2024-08-08 |
Putting genes on the map: Spatial transcriptomics of the maize shoot apical meristem
2022-03-28, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiab601
PMID:35355051
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 72 | 2024-08-08 |
BarWare: efficient software tools for barcoded single-cell genomics
2022-Mar-27, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-022-04620-2
PMID:35346022
|
研究论文 | 本文介绍了BarWare工具集，用于高效处理和解析大规模单细胞基因组学研究中的条形码数据 | 开发了BarCounter和BarMixer工具，分别用于计算条形码计数和解析混合单细胞数据，提高了样本解析的效率 | NA | 开发高效的软件工具以满足大规模单细胞基因组学研究中样本解析的计算需求 | 单细胞基因组学数据 | 基因组学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因组数据 | 多个含有条形码的10x Genomics scRNA-seq数据孔 |
| 73 | 2024-08-08 |
A Robust Discovery Platform for the Identification of Novel Mediators of Melanoma Metastasis
2022-03-08, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/63186
PMID:35343960
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研究论文 | 本文建立了一个系统的工作流程，使用稳健、可重复的体内模型和标准化方法来识别黑色素瘤转移中的新介质 | 本文采用了一种优化的流程，包括标准化协议，用于移植、监测、组织收获、处理和分析，适用于患者来源的短期培养和已建立的人类及小鼠细胞系 | NA | 识别黑色素瘤转移中的新介质 | 黑色素瘤细胞及其在体内的转移过程 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | 使用小鼠模型进行实验 |
| 74 | 2024-08-08 |
Epigenetic alterations at distal enhancers are linked to proliferation in human breast cancer
2022-Mar, NAR cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/narcan/zcac008
PMID:35350772
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研究论文 | 本文通过整合DNA甲基化和基因表达数据进行全基因组表达-甲基化数量性状位点（emQTL）分析，以识别受表观遗传控制的疾病驱动通路 | 本文首次报道了在侵袭性乳腺癌肿瘤中，增强子甲基化在驱动增殖的转录因子结合位点的全基因组丢失，并伴随增殖相关基因的高表达 | NA | 研究乳腺癌中表观遗传改变与细胞增殖之间的关系 | 乳腺癌中的DNA甲基化、基因表达及细胞增殖 | 数字病理学 | 乳腺癌 | DNA甲基化测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 75 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing technologies and applications: A brief overview
2022-03, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.694
PMID:35352511
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综述 | 本文简要概述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术及其在生物学和医学领域的应用 | scRNA-seq技术能够揭示单个细胞内RNA转录本的异质性和复杂性，以及高度组织化的组织/器官/生物体中不同细胞类型和功能的组成 | 尽管scRNA-seq技术在各个领域展示了巨大的潜力，但仍存在一些挑战需要克服，如技术实施中的关键步骤和数据处理的复杂性 | 旨在提供scRNA-seq技术的简要概述，并解释其在理解健康和疾病中的关键应用 | 单细胞RNA测序技术及其在生物学和医学领域的应用 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列数据 | NA |
| 76 | 2024-08-08 |
A vasculature niche orchestrates stromal cell phenotype through PDGF signaling: Importance in human fibrotic disease
2022-03-29, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2120336119
PMID:35320046
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序、时间飞行流式细胞术、组织成像和功能实验，揭示了Dupuytren病（一种常见的局部纤维化疾病）中的复杂血管微环境，并阐明了内皮细胞如何指导功能性不同的基质细胞分化，从而调控纤维化微环境。 | 本研究首次揭示了Dupuytren病中的血管微环境及其在纤维化过程中的作用，为靶向血管信号控制人类纤维化进程提供了理论基础。 | NA | 探讨血管微环境在人类纤维化疾病中的作用及其调控机制。 | Dupuytren病中的血管微环境及其对基质细胞分化的影响。 | 数字病理学 | 纤维化疾病 | 单细胞RNA测序、时间飞行流式细胞术 | NA | 组织图像 | NA |
| 77 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome analysis reveals three sequential phases of gene expression during zebrafish sensory hair cell regeneration
2022-03-28, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2022.03.001
PMID:35316618
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，详细分析了斑马鱼感觉毛细胞再生的基因表达动态过程 | 首次在斑马鱼中以高时空分辨率揭示了感觉毛细胞再生的三个连续激活阶段 | NA | 探究斑马鱼感觉毛细胞再生的基因表达动态过程 | 斑马鱼感觉毛细胞的再生过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 78 | 2024-08-08 |
Statistical and machine learning methods for spatially resolved transcriptomics data analysis
2022-03-25, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02653-7
PMID:35337374
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综述 | 本文综述了空间转录组学中统计和机器学习方法的最新进展，总结了有用的资源，并强调了面临的挑战和机遇 | 随着空间转录组技术的发展和测序协议的演变，需要重新评估和调整现有分析方法的假设以适应数据复杂性的增加 | NA | 促进和辅助未来空间转录组学模型的发展 | 空间转录组学数据的分析方法 | 机器学习 | NA | 空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 79 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing of adult rat testes after Leydig cell elimination and restoration
2022-03-25, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-022-01225-5
PMID:35338159
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了成年大鼠睾丸在莱迪细胞消除和恢复后的基因表达变化 | 首次使用单细胞RNA测序技术来研究大鼠睾丸在莱迪细胞消除和恢复过程中的基因表达变化 | NA | 探究莱迪细胞产生的睾酮在精子发生过程中的作用机制 | 成年大鼠睾丸中的莱迪细胞和发育中的生殖细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 10,983个成年大鼠睾丸细胞 |
| 80 | 2024-08-08 |
Single cell transcriptional diversity and intercellular crosstalk of human liver cancer
2022-03-24, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-022-04689-w
PMID:35322024
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析评估了15名肝癌患者的转录多样性，并探讨了肿瘤微环境介导的肝癌转录多样性的机制 | 首次揭示了肿瘤相关成纤维细胞通过COL1A1-ITGA2与高度异质性肿瘤细胞相互作用，并提出COL1A1介导的YAP信号激活可能是肿瘤相关成纤维细胞与肿瘤细胞之间增加转录多样性的机制 | NA | 探讨肝癌中肿瘤微环境介导的转录多样性机制 | 肝癌患者的肿瘤细胞和肿瘤相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 15名肝癌患者 |