单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-08-07	Human Retinal Organoids Provide a Suitable Tool for Toxicological Investigations: A Comprehensive Validation Using Drugs and Compounds Affecting the Retina 2022-03-17, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szab010 PMID:35298655	研究论文	本研究使用源自人类多能干细胞（hPSCs）的视网膜类器官进行药物和化合物毒性筛选，验证其作为毒理学研究工具的适用性	首次提供了视网膜类器官在毒理学研究中适用性的强有力实验证据	NA	验证视网膜类器官作为毒理学研究工具的适用性	视网膜类器官对多种药物和化合物的反应	NA	NA	单细胞RNA测序（Single-cell RNA-Seq）	NA	细胞	两个hPSC细胞系分化成的视网膜类器官
42	2024-08-07	Spatially resolved transcriptomics of high-grade serous ovarian carcinoma 2022-Mar-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.103923 PMID:35252817	研究论文	本研究首次全面采用空间转录组学方法分析高级别浆液性卵巢癌，通过分析治疗前肿瘤组织样本，揭示了化疗反应者之间的肿瘤组成差异	首次采用空间转录组学方法全面分析高级别浆液性卵巢癌，揭示了细胞集群组织和定位对化疗反应的影响	研究样本量较小，仅包括少数经过详细注释的高级别浆液性卵巢癌患者	深入分析高级别浆液性卵巢癌肿瘤组织，探讨细胞集群的空间交互作用对化疗反应的影响	高级别浆液性卵巢癌患者，特别是化疗反应不同的患者	数字病理学	卵巢癌	空间转录组学	NA	组织样本	小样本量，具体数量未明确
43	2024-08-07	CEBPβ regulation of endogenous IGF-1 in adult sensory neurons can be mobilized to overcome diabetes-induced deficits in bioenergetics and axonal outgrowth 2022-Mar-17, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-022-04201-9 PMID:35298717	研究论文	本研究探讨了CEBPβ调控内源性IGF-1在成年感觉神经元中的作用，以及如何通过上调IGF-1来克服糖尿病引起的生物能量和轴突生长的缺陷	首次详细描述了CEBPβ在糖尿病模型中对内源性IGF-1表达的调控作用，并证明了CEBPβ过表达可以促进神经突生长和线粒体呼吸	研究主要基于体外细胞培养系统和动物模型，尚未在人体中进行验证	研究内源性IGF-1在感觉神经元中的表达及其在糖尿病神经病变中的作用	感觉神经元、卫星胶质细胞（SGCs）和背根神经节（DRG）	神经科学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、原位杂交	NA	RNA	包括STZ诱导的1型糖尿病大鼠、Zucker糖尿病肥胖（ZDF）大鼠、高脂/高糖饮食的小鼠和db/db 2型糖尿病小鼠
44	2024-08-07	In vivo development and single-cell transcriptome profiling of human brain organoids 2022-Mar, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13201 PMID:35141969	研究论文	本文通过将小型未成熟的人脑类器官注射到成年SCID小鼠的纹状体中，创新性地在体内开发了人脑类器官，并对其进行了单细胞转录组分析	本文创新性地在体内开发了人脑类器官，并发现这些类器官具有更多的支持细胞，如周细胞样细胞和脉络丛细胞，以及较低的细胞应激和凋亡水平	文中提到，由于移植手术引起的损伤等技术问题仍然限制了人脑类器官的应用	提供一种新方法来生成人脑类器官，以应用于疾病模型和治疗	人脑类器官及其在神经系统疾病中的应用	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	6131个GFP标记的人类细胞
45	2024-08-07	NGF-p75 signaling coordinates skeletal cell migration during bone repair 2022-03-18, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abl5716 PMID:35302859	研究论文	本文研究了神经生长因子（NGF）通过p75信号通路在颅骨损伤后调节骨再生中的作用	首次揭示了NGF通过p75信号通路在骨修复过程中协调骨骼细胞迁移的机制	研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证结果	探讨骨损伤后神经信号与骨再生之间的关系	神经生长因子（NGF）及其p75受体在骨修复中的作用	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠模型
46	2024-08-07	Clonal lineage tracing reveals shared origin of conventional and plasmacytoid dendritic cells 2022-03-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2022.01.016 PMID:35180378	研究论文	本研究使用诱导性谱系追踪结合克隆DNA条形码和单细胞转录组及表型分析（CITE-seq），在未经处理的成年小鼠中研究树突状细胞（DCs）的发育过程	揭示了常规DCs（cDCs）和浆细胞样DCs（pDCs）的共同起源，并提出了DC发育的新模式	NA	阐明树突状细胞的发育起源	树突状细胞（包括常规DCs和浆细胞样DCs）的发育过程	NA	NA	CITE-seq	NA	单细胞转录组	成年小鼠
47	2024-08-07	Cell type-specific mechanism of Setd1a heterozygosity in schizophrenia pathogenesis 2022-03-04, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abm1077 PMID:35245111	研究论文	本研究通过生成Setd1a半合子不足的小鼠模型，探讨了这一与精神分裂症相关的表观遗传因子如何在高度相关的脑区影响基因表达	首次通过单细胞RNA测序揭示了Setd1a半合子不足在不同细胞类型中的高度可变的转录适应性，并发现这些变化与神经元形态发生和突触功能相关的基因失调有关	NA	理解Setd1a半合子不足在精神分裂症发病机制中的细胞特异性机制	Setd1a半合子不足的小鼠模型及其在精神分裂症相关脑区的基因表达变化	神经科学	精神分裂症	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
48	2024-08-07	Widespread choroid plexus contamination in sampling and profiling of brain tissue 2022-03, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-021-01416-3 PMID:34983929	研究论文	本研究探讨了脑组织样本中脉络丛污染的问题，并提出了相应的解决方案	首次系统性地识别和分析了脑组织样本中的脉络丛污染，并提出了预防措施	无法完全确定某些差异表达的基因或蛋白质是否仅由脉络丛污染引起	揭示脑组织样本中脉络丛污染的问题及其对数据分析的影响	脑组织样本中的脉络丛污染	数字病理学	NA	RNA测序, 基因表达谱分析, RT-qPCR, 蛋白质印迹	NA	转录组数据	多个研究中的脑组织样本
49	2024-08-07	Systems-based approaches to study immunometabolism 2022-03, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-021-00783-9 PMID:35121805	综述	本文综述了利用系统生物学方法研究免疫细胞代谢的现状和挑战	介绍了数学建模方法用于系统性分析免疫细胞代谢变化	讨论了代谢建模技术的应用和不足	定义免疫代谢的系统性质，总结细胞和系统层面的研究方法	免疫细胞的代谢	系统生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	数学模型	细胞数据	NA
50	2024-08-07	RAGE Inhibitors as Alternatives to Dexamethasone for Managing Cerebral Edema Following Brain Tumor Surgery 2022-03, Neurotherapeutics : the journal of the American Society for Experimental NeuroTherapeutics IF:5.6Q1 DOI:10.1007/s13311-022-01207-w PMID:35226341	研究论文	研究了RAGE抑制剂在减少脑肿瘤手术后脑水肿中的作用，并比较了其与地塞米松的效果	发现RAGE抑制剂在减少神经炎症和血脑屏障破坏方面与地塞米松同样有效，且不会影响抗PD-1免疫疗法的效果	研究主要在动物模型和有限的临床样本中进行，需要进一步的人体临床试验验证	探索脑肿瘤手术后脑水肿管理的新方法	RAGE受体及其配体在神经外科损伤后的炎症反应中的作用	NA	脑肿瘤	Nanostring, 流式细胞术, qPCR, 免疫印迹, 单细胞RNA测序, ELISA	NA	组织, 体液	小鼠模型和人类肿瘤组织及体液样本
51	2024-08-07	Engineering a niche supporting hematopoietic stem cell development using integrated single-cell transcriptomics 2022-03-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-28781-z PMID:35332125	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了从胚胎动脉血管中的造血内皮细胞向造血干细胞过渡的转录组特征，并识别了支持造血干细胞成熟和自我更新的信号分子。	本文通过伪时间排序揭示了造血内皮细胞向造血干细胞过渡过程中的基因表达动态，并识别了特定表达于发育中的造血干细胞的表面受体及其相应的配体。	NA	研究造血干细胞发育所需的信号交互作用，并推进造血干细胞在治疗应用中的工程化目标。	造血干细胞（HSCs）及其发育过程中的信号分子。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	胚胎动脉血管区域（AGM）来源的细胞
52	2024-08-08	Single-cell transcriptomics reveals cell-type-specific diversification in human heart failure 2022-Mar, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-022-00028-6 PMID:35959412	研究论文	本研究通过单细胞和单核RNA测序数据的整合分析，揭示了健康和心衰患者心脏的细胞组成及其转录特征	首次定义了健康和心衰患者心脏的细胞组成，并识别了与年龄和心衰相关的细胞特异性转录特征	NA	研究心衰患者心脏的细胞和转录组景观	健康和心衰患者的心脏细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	27名健康捐赠者和18名扩张型心肌病患者
53	2024-08-08	Recent advances in single-cell sequencing technologies 2022-Mar, Precision clinical medicine IF:5.1Q1 DOI:10.1093/pcmedi/pbac002 PMID:35821681	综述	本文综述了单细胞组学测序技术在四个领域的最新进展	介绍了单细胞表观基因组测序、单细胞基因组测序用于谱系追踪、空间分辨的单细胞转录组学以及基于第三代测序平台的单细胞组学测序等新技术	NA	探讨单细胞组学测序技术在不同生物医学系统中的潜在应用和未来方向	单细胞组学测序技术及其在人类干细胞领域的应用	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	单个细胞
54	2024-08-08	Deciphering the Molecular Mechanism of Flares in Patients with Systemic Lupus Erythematosus through Single-Cell Transcriptome Analysis of the Peripheral Blood 2022-Mar, Mediterranean journal of rheumatology DOI:10.31138/mjr.33.1.94 PMID:35611101	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析技术，探索系统性红斑狼疮患者外周血中细胞和分子机制，以解释疾病从静止期到活动期的进展	采用单细胞测序技术，详细描绘了系统性红斑狼疮从静止期到活动期进展中免疫细胞亚群的分子和调控程序	NA	解码系统性红斑狼疮患者病情加重的细胞和分子基础	系统性红斑狼疮患者的外周血细胞	数字病理学	系统性红斑狼疮	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	数千个细胞
55	2024-08-08	Inhibition of gasdermin D-dependent pyroptosis attenuates the progression of silica-induced pulmonary inflammation and fibrosis 2022-Mar, Acta pharmaceutica Sinica. B DOI:10.1016/j.apsb.2021.10.006 PMID:35530143	研究论文	研究探讨了气孔蛋白D依赖的细胞焦亡在硅肺病发展中的作用	首次提供了实验证据，连接硅肺病与气孔蛋白D驱动的细胞焦亡	NA	研究气孔蛋白D介导的细胞焦亡在硅肺病中的作用	人类和小鼠的肺组织	NA	职业病	单细胞RNA测序	NA	RNA	健康和硅肺病的人类和小鼠肺组织样本
56	2024-08-08	Laser Microdissection for Species-Agnostic Single-Tissue Applications 2022-03-31, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/63666 PMID:35435919	研究论文	本文优化了激光显微切割技术（LMD），用于在不破坏细胞或不需要物种特异性工具包的情况下，隔离单个线虫尾部尖端，以研究雄性尾部尖端形态发生过程中的基因表达	LMD技术允许在不需要细胞破坏或物种特异性工具包的情况下隔离动物的一部分，因此适用于任何物种	限制包括切割出感兴趣的组织的能力和样本大小	研究不同物种中特定组织发育的转录组是保守还是不同的	线虫尾部尖端的基因表达	NA	NA	激光显微切割（LMD）	NA	单细胞RNA测序	每种条件下至少需要70个尾部尖端以达到80%的统计功效
57	2024-08-08	Cellular Distribution of Brain Aquaporins and Their Contribution to Cerebrospinal Fluid Homeostasis and Hydrocephalus 2022-03-31, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom12040530 PMID:35454119	研究论文	本文分析了小鼠大脑中四种最丰富的水通道蛋白（AQP1、AQP4、AQP9和AQP11）的表达，并探讨了它们对脑积水的影响	研究首次结合单细胞RNA测序数据与qPCR、western blot和免疫组织化学方法，详细描述了水通道蛋白在中枢神经系统中的分布	研究主要基于小鼠模型，可能需要进一步在人类中验证相关发现	探讨水通道蛋白在脑脊液稳态和脑积水中的作用	小鼠大脑中的水通道蛋白表达及其对脑积水的影响	神经科学	脑积水	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠大脑样本
58	2024-08-08	Endothelial Dysfunction in the Pathogenesis of Abdominal Aortic Aneurysm 2022-03-28, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom12040509 PMID:35454098	综述	本文综述了腹主动脉瘤（AAA）发病机制中内皮细胞功能障碍的作用	利用单细胞RNA测序揭示了动脉瘤组织中内皮细胞的异质性亚群	NA	提高对腹主动脉瘤发病机制的理解，并可能开发针对内皮细胞的治疗方法	腹主动脉瘤中的内皮细胞功能障碍及其分子和细胞机制	NA	血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
59	2024-08-08	Single Cell Self-Paced Clustering with Transcriptome Sequencing Data 2022-Mar-31, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23073900 PMID:35409258	研究论文	本文介绍了一种基于F-范数非负矩阵分解的单细胞自步聚类（scSPaC）方法和基于l21-范数非负矩阵分解的稀疏单细胞自步聚类（sscSPaC）方法，用于单细胞RNA测序数据分析	提出了scSPaC和sscSPaC方法，通过逐步从简单到复杂添加单细胞，有效减少了噪声数据和异常值的影响	NA	解决现有单细胞聚类方法对噪声数据和异常值敏感的问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	非负矩阵分解（NMF）	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
60	2024-08-08	Primary Cell Cultures to Study the Regeneration Potential of Murine Müller Glia after MicroRNA Treatment 2022-03-28, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/63651 PMID:35404354	研究论文	本文研究了通过微RNA处理后小鼠Müller胶质细胞的再生潜力，使用初级细胞培养模型进行实验。	发现微RNA能够将Müller胶质细胞重新编程为视网膜祖细胞，并进一步分化为神经样细胞。	NA	研究小鼠Müller胶质细胞在微RNA处理后的再生潜力。	小鼠Müller胶质细胞及其再生潜力。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	实验中确认80%-90%的细胞为Müller胶质细胞。