单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-26	Single-cell RNA-seq reveals clonal diversity and prognostic genes of relapsed multiple myeloma 2022-03, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.757 PMID:35297204	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了复发性多发性骨髓瘤的克隆多样性和预后基因	首次通过单细胞RNA测序和可变多样性结合区域靶向测序技术，分析了多发性骨髓瘤细胞的克隆类型，并识别了与疾病进展和复发相关的潜在生物标志物	研究样本仅包括18名患者，可能不足以全面代表所有多发性骨髓瘤患者的情况	旨在通过单细胞技术解析多发性骨髓瘤的疾病异质性，并识别新的生物标志物以改善患者分层和治疗结果预测	新诊断的多发性骨髓瘤和难治性/复发性多发性骨髓瘤患者的骨髓样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和可变多样性结合区域靶向测序（scVDJ-seq）	CCA算法	基因表达数据	18名患者，其中12名新诊断的多发性骨髓瘤患者和6名难治性/复发性多发性骨髓瘤患者
22	2024-08-26	Molecular divergence of mammalian astrocyte progenitor cells at early gliogenesis 2022-03-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.199985 PMID:35253855	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了哺乳动物大脑发育早期星形胶质细胞前体细胞（APCs）的分子分化	首次揭示了哺乳动物大脑发育早期APCs的分子分化，并发现了两个分子上不同的APC亚群，分别标记为Sparc和Sparcl1	NA	探究哺乳动物大脑发育过程中星形胶质细胞前体细胞的分子分化	胚胎小鼠前脑的前体细胞	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
23	2024-08-25	A single-cell transcriptomic landscape of innate and adaptive intratumoral immunity in triple negative breast cancer during chemo- and immunotherapies 2022-Mar-08, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-022-00893-x PMID:35260564	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术评估了两种三阴性乳腺癌小鼠模型在未治疗及化疗或免疫治疗（单独或联合使用）后的肿瘤微环境中的免疫景观	首次提供了化疗和免疫治疗在三阴性乳腺癌中主要免疫细胞群体的清晰概览	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证结果	探讨化疗和免疫治疗在三阴性乳腺癌中的免疫反应	三阴性乳腺癌小鼠模型的肿瘤微环境中的免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	两种三阴性乳腺癌小鼠模型
24	2024-08-25	Single-cell Iso-Sequencing enables rapid genome annotation for scRNAseq analysis 2022-03-03, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1093/genetics/iyac017 PMID:35143654	研究论文	本文展示了单细胞等位序列测序（Iso-Sequencing）与单细胞RNA测序结合使用，能快速提升3'-UTR注释的效率	首次证明单细胞等位序列测序能显著提高3'-UTR注释的完整性，从而改善单细胞RNA测序数据的解读	研究仅基于刺鱼（Gasterosteus aculeatus）的数据，其普适性有待进一步验证	探索单细胞等位序列测序在提升单细胞RNA测序基因注释准确性方面的应用	刺鱼（Gasterosteus aculeatus）的单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	使用刺鱼的胚胎单细胞等位序列测序数据和已发表的成体批量Iso-Seq数据
25	2024-08-25	Make war not love: The neural substrate underlying a state-dependent switch in female social behavior 2022-03-02, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2021.12.002 PMID:34982958	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了雌性小鼠腹侧内侧下丘脑（VMHvl）中两种不同的雌激素受体-1阳性神经元亚型，这些亚型分别控制着雌性小鼠的性接受性和攻击性行为	首次阐明了雌性小鼠在不同生殖状态下对同种刺激产生不同行为反应的神经机制	NA	探究雌性小鼠在不同生殖状态下社会行为的神经基础	雌性小鼠的神经元亚型及其在不同生殖状态下的行为控制	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	神经元活动数据	NA
26	2024-08-23	Toward modeling metabolic state from single-cell transcriptomics 2022-03, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2021.101396 PMID:34785394	研究论文	本文总结了单细胞代谢测量和建模方法的当前状态，并探讨了计算技术在预测单细胞代谢中的应用	提出利用先验代谢网络知识结合可测量组学层数据进行代谢状态预测，并探讨了潜在的模型扩展和计算方法	单细胞水平的代谢测量存在可扩展性和敏感性不足的问题，且目前无法与测量转录状态同时进行	探索单细胞代谢建模的新方法，以更好地理解细胞功能	单细胞代谢状态的测量和建模	生物信息学	NA	计算建模	路径级分析、基于约束的建模和动力学建模	转录组数据	NA
27	2024-08-22	Integrated hepatic single-cell RNA sequencing and untargeted metabolomics reveals the immune and metabolic modulation of Qing-Fei-Pai-Du decoction in mice with coronavirus-induced pneumonia 2022-Mar, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2021.153922 PMID:35032732	研究论文	本研究通过整合肝单细胞RNA测序和非靶向代谢组学，探讨了清肺排毒汤对冠状病毒诱导的小鼠肺炎的免疫和代谢调节机制。	首次将肝单细胞RNA测序和非靶向代谢组学整合应用于中药配方中，揭示了清肺排毒汤对免疫功能和肝脏损伤的改善作用。	NA	研究清肺排毒汤在治疗冠状病毒诱导的小鼠肺炎中的作用机制。	清肺排毒汤对冠状病毒诱导的小鼠肺炎的免疫和代谢调节机制。	数字病理学	冠状病毒感染	单细胞RNA测序, 非靶向代谢组学	NA	RNA序列, 代谢数据	BALB/c小鼠模型
28	2024-08-05	Reconstructing codependent cellular cross-talk in lung adenocarcinoma using REMI 2022-Mar-18, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abi4757 PMID:35302849	研究论文	本研究提出REMI，一个图形算法，通过考虑配体-受体依赖性来重建肺腺癌中的细胞交互作用	提出了一种新型算法REMI，能够处理高维小样本数据集并考虑配体-受体交互之间的依赖性	当前方法依赖于小样本数据，可能在推广性和准确性上存在限制	研究细胞交互作用在肺腺癌中的重建，以识别与临床相关的交互	关注人类肺腺癌（LUAD）的配体-受体交互作用及其在肿瘤-基质-免疫亚群中的前景特征	计算机视觉	肺癌	RNA测序	图算法	转录组数据	使用了来自流式分选的RNA测序数据集和单细胞转录组数据
29	2024-08-05	A transcriptomics-guided drug target discovery strategy identifies receptor ligands for lung regeneration 2022-03-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abj9949 PMID:35319981	研究论文	本研究提出了一种转录组指导的药物靶标发现策略，识别了用于肺部再生的受体配体	开发了一种新方法来识别针对慢性阻塞性肺病(COPD)的再生药物靶标，强调了EP和IP前列腺素受体配体的疗效	研究可能未充分考虑其他可能影响慢性病修复机制的因素	探索治疗慢性疾病中的组织修复缺陷的新药物靶点	烟草相关的慢性阻塞性肺病患者及其小鼠模型	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	NA	结合慢性阻塞性肺病的临床样本和吸烟小鼠模型
30	2024-08-05	secDrug: a pipeline to discover novel drug combinations to kill drug-resistant multiple myeloma cells using a greedy set cover algorithm and single-cell multi-omics 2022-03-09, Blood cancer journal IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41408-022-00636-2 PMID:35264575	研究论文	本文介绍了一种计算管道，用于发现对抗耐药性多发性骨髓瘤细胞的新药组合	提出了一种结合药理基因组数据的优化算法来预测新药组合，并开发了可普遍应用的R软件包	实验主要在体外进行，临床应用效果尚未验证	研究针对耐药性多发性骨髓瘤的新药组合的发现	主要研究耐药性多发性骨髓瘤细胞及其药物组合	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序，CyTOF单细胞蛋白组学，CRISPR基因编辑	贪婪集合覆盖算法	基因组数据，转录组数据，细胞系数据	使用了多个代表耐药性的人的多发性骨髓瘤细胞系
31	2024-08-05	Single-Cell Analysis Unveils the Role of the Tumor Immune Microenvironment and Notch Signaling in Dormant Minimal Residual Disease 2022-Mar-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-21-1230 PMID:34965936	研究论文	该研究揭示了肿瘤免疫微环境和Notch信号通路在休眠微小残留疾病中的角色	首次利用新的免疫竞争转基因模型研究休眠微小残留疾病，并发现Jagged-1/Notch信号通路在肿瘤发生中的多重调控作用	尚未完全阐明肿瘤休眠的复杂生态系统及其影响因素	探讨休眠的分子通路和微环境的作用，提供新的策略延长癌症休眠	休眠微小残留疾病及其相关的肿瘤细胞和免疫细胞微环境	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	转基因模型	RNA序列数据	NA
32	2024-08-05	Isolation and Profiling of Human Primary Mesenteric Arterial Endothelial Cells at the Transcriptome Level 2022-03-14, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/63307 PMID:35343966	研究论文	本文展示了一种从供体肠系膜动脉分离人类原代内皮细胞的方法，以捕捉其原生状态	开发了隔离和初步分析内皮细胞转录组的新技术	研究依赖于供体的可用性，且可能受到细胞分离过程中外部变量的影响	揭示内皮细胞在发展、健康和疾病中的角色	人类原代内皮细胞，特定于肠系膜动脉	数字病理学	NA	RNA测序	NA	RNA数据	NA
33	2024-08-05	Precision analysis of mutant U2AF1 activity reveals deployment of stress granules in myeloid malignancies 2022-03-17, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2022.02.025 PMID:35303483	研究论文	该文章研究了U2AF1突变在骨髓恶性肿瘤中的作用及其对应激颗粒的影响。	文章揭示了U2AF1突变带来的新3'剪接位点接触，以及这些突变如何通过影响应激颗粒成分促进癌症发展。	研究主要集中在特定突变，可能无法全面反映所有U2AF1突变的影响。	研究U2AF1突变对剪接和癌症的影响，特别是在骨髓恶性肿瘤中的作用。	研究对象包括U2AF1突变的细胞系和患者来源的骨髓增生异常综合症/急性髓性白血病细胞。	数字病理学	骨髓恶性肿瘤	交联免疫沉淀	NA	RNA-seq	涉及U2AF1突变细胞系和患者来源的细胞
34	2024-08-05	Omega-3/Omega-6 Long-Chain Fatty Acid Imbalance in Phase I Retinopathy of Prematurity 2022-Mar-23, Nutrients IF:4.8Q1 DOI:10.3390/nu14071333 PMID:35405946	研究论文	本研究探讨了ω-3和ω-6长链多不饱和脂肪酸在早产儿童第I期视网膜病变中的作用	研究首次揭示了ω-3和ω-6长链脂肪酸在保护视网膜神经血管功能中的重要性	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全代表人类的生理反应	探讨ω-3和ω-6长链脂肪酸对早产儿童第I期视网膜病变的影响	研究对象为糖尿病相关的早产小鼠模型	数字病理学	早产视网膜病变	单细胞转录组学	小鼠模型	生物学数据	NA
35	2024-08-05	Culture shock: microglial heterogeneity, activation, and disrupted single-cell microglial networks in vitro 2022-03-28, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-022-00531-1 PMID:35346293	研究论文	本研究探讨了微胶质细胞在离体培养条件下的异质性和激活情况	揭示了培养的微胶质细胞在转录上表现出显著的异质性，并且在激活的表型与其正常状态之间转变的关键驱动因素	离体培养的微胶质细胞不能完全代表体内的微胶质细胞特性	研究离体培养的微胶质细胞是否能够再现体内微胶质细胞的特征	基于单细胞RNA测序比较从大脑新鲜分离的微胶质细胞与初级微胶质细胞培养物	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序 (scRNAseq)	CAUSAL PREDICTIVE NETWORK MODELS	基因表达数据	比较了新鲜分离的微胶质细胞与初级微胶质细胞培养物的样本
36	2024-08-05	Lysosomal exocytosis of HSP70 stimulates monocytic BMP6 expression in Sjögren's syndrome 2022-03-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI152780 PMID:35113815	研究论文	本研究揭示了HSP70的溶酶体外排对干燥综合症中的BMP6表达的刺激作用	首次确认HSP70作为TLR4的内源性配体，揭示了LAMP3/HSP70/BMP6在干燥综合症中的作用机制	研究主要依赖于细胞实验和小鼠模型，缺乏大规模临床验证	探讨干燥综合症中BMP6的产生机制及其调控因子	主要研究SS患者的唾液腺以及与之相关的细胞机制	数字病理学	干燥综合症	RNA测序, 反转录PCR	NA	RNA	使用SS患者的唾液腺样本及小鼠实验
37	2024-08-05	Single-cell transcriptomics reveals expression profiles of Trypanosoma brucei sexual stages 2022-03, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1010346 PMID:35255094	研究论文	本研究揭示了植物瘤虫Trypanosoma brucei性阶段的表达谱。	使用单细胞RNA测序技术分析了感染了茧蝇的三种不同组织中的植物瘤虫，通过电子基因表达来识别组织特异性细胞类型	需要进一步实验以确定未知功能的蛋白质是否在配子形成和/或融合中起到作用	本研究旨在探索植物瘤虫的性生殖分子特征及其进化	研究对象为388个来自感染茧蝇的不同组织的单个植物瘤虫	生物信息学	非洲锥虫病	单细胞RNA测序	NA	RNA表达数据	388个植物瘤虫样本
38	2024-08-05	RNA-seq analysis of the human surfactant air-liquid interface culture reveals alveolar type II cell-like transcriptome 2022-Mar-10, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2021.11.006 PMID:34977273	研究论文	该文章描述了一种基于H441细胞的空气-液体界面培养模型的转录组特征	提出了一种新的细胞培养平台SALI模型，能在长时间内维持多种生理特性，并与人类肺泡II型细胞相似	未提及研究模型的长期可持续性和实际应用中的局限性	旨在为研究和修正肺表面活性蛋白B缺乏症提供可靠的细胞培养模型	主要研究H441细胞在空气-液体界面培养下的转录组特征	数字病理学	间质性肺病	RNA-seq	SALI培养模型	转录组数据	未提供具体样本数量
39	2024-08-07	Chronic superphysiologic AMH promotes premature luteinization of antral follicles in human ovarian xenografts 2022-03-11, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abi7315 PMID:35263130	research paper	研究探讨了超生理水平的抗穆勒氏管激素（AMH）对人类卵巢异种移植中卵泡黄素化的影响	首次通过共移植人卵巢皮质与表达AMH的血管内皮细胞，并进行单细胞RNA测序，揭示了超生理水平AMH对卵泡发育的影响	研究样本量较小，且仅限于免疫缺陷小鼠模型	探究AMH对卵泡发育的影响及其可能导致的排卵功能障碍	人卵巢皮质中的卵泡	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	共观察了38个卵泡（19个对照组和19个AMH组）
40	2024-08-07	Recent advances in spatially resolved transcriptomics: challenges and opportunities 2022-Mar, BMB reports IF:2.9Q3 PMID:35168703	综述	本文综述了空间分辨转录组学技术的最新进展，探讨了其在生物医学研究中的应用和潜力	介绍了能够保留空间信息的创新转录组平台，以及结合其他数据模式的集成计算方法	现有的空间分辨转录组技术仍无法完全揭示组织中的空间转录组全景，需要平衡实验通量和空间分辨率	探讨空间分辨转录组技术在生物医学研究中的应用和潜力	空间分辨转录组技术及其在生物学领域的应用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA