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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-08-27 |
Single-cell genomics revolutionizes plant development studies across scales
2022-03-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.200179
PMID:35285482
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研究论文 | 本文探讨了单细胞基因组学在植物发育研究中的应用及其技术发展 | 介绍了单细胞和单核分离技术在植物物种中的广泛应用,以及这些技术如何促进了植物器官中单细胞基因组学的研究 | NA | 强调单细胞基因组学在揭示植物器官内不同细胞类型发育轨迹中的贡献,并展示单细胞水平上组织和器官比较分析的努力 | 植物的组织、器官和整个生物体的发育 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 22 | 2024-08-27 |
Precision medicine in rheumatoid arthritis
2022-03, Best practice & research. Clinical rheumatology
DOI:10.1016/j.berh.2022.101742
PMID:35248489
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综述 | 本文综述了类风湿性关节炎(RA)的病理新见解,并讨论了将这些发现转化为临床实践中的可操作变化的关键步骤 | 应用单细胞转录组学和空间转录组学等细胞分析技术,揭示了RA关节组织中新的致病细胞类型和患者间细胞组成的显著异质性 | NA | 旨在强调RA病理学的新见解,并讨论将这些发现转化为临床实践中的可操作变化的关键步骤 | 类风湿性关节炎的病理机制及临床应用 | NA | 类风湿性关节炎 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 23 | 2024-08-26 |
Prime-seq, efficient and powerful bulk RNA sequencing
2022-03-31, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02660-8
PMID:35361256
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研究论文 | 本文优化并验证了一种早期条形码批量RNA测序方法——prime-seq,展示了其与标准批量RNA测序方法TruSeq性能相当,但成本效率高出四倍 | prime-seq方法通过早期条形码技术,实现了成本效率的显著提升,且库成本降低了近50倍 | NA | 优化和验证一种成本效率高的早期条形码批量RNA测序方法 | prime-seq方法的性能和成本效率 | 基因组学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 24 | 2024-08-26 |
Decoding the multicellular ecosystem of vena caval tumor thrombus in clear cell renal cell carcinoma by single-cell RNA sequencing
2022-03-31, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02651-9
PMID:35361264
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了8名透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者的19个手术组织样本,揭示了肿瘤血栓形成的多细胞生态系统及其机制。 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了肿瘤血栓中的细胞类型和它们之间的相互作用,特别是肿瘤血栓中CD8+ T细胞和巨噬细胞的特征。 | 研究样本量较小,仅包括8名患者,可能影响结果的普遍性。 | 深入了解肿瘤血栓形成的机制,为设计有效的辅助治疗提供依据。 | 透明细胞肾细胞癌患者的肿瘤血栓组织。 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 19个手术组织样本来自8名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 25 | 2024-08-26 |
Hand2 delineates mesothelium progenitors and is reactivated in mesothelioma
2022-03-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-29311-7
PMID:35354817
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研究论文 | 本文通过斑马鱼模型追踪了间皮细胞在侧板中胚层(LPM)中的起源,并发现hand2基因在间皮前体细胞中的表达特征,同时探讨了hand2在人和小鼠间皮瘤中的重新激活现象。 | 首次揭示了hand2基因在间皮前体细胞中的表达特征,并证实了其在人和小鼠间皮瘤中的重新激活,为理解间皮病理提供了新的视角。 | 研究主要基于斑马鱼模型,对人类和小鼠的验证尚需进一步的临床数据支持。 | 探究间皮细胞的起源及其在间皮瘤中的作用机制。 | 间皮细胞的前体细胞及其在间皮瘤中的表达特征。 | 数字病理学 | 间皮瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 斑马鱼胚胎和人类及小鼠的间皮瘤组织 | NA | NA | NA | NA |
| 26 | 2024-08-26 |
The landscape of receptor-mediated precision cancer combination therapy via a single-cell perspective
2022-03-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-29154-2
PMID:35338126
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研究论文 | 本研究利用组合优化技术,通过单细胞转录组学数据分析,探索了癌症精准联合治疗的最佳组合策略 | 首次通过单细胞转录组学数据,利用组合优化技术,确定了针对癌症精准治疗的个性化组合策略 | 研究中使用的组合优化技术可能需要进一步验证其在临床应用中的有效性 | 旨在通过计算方法确定癌症精准治疗所需的靶点和数量 | 研究对象为1269个编码细胞表面受体的基因,这些基因可能是CAR-T、偶联抗体或涂层纳米粒子疗法的靶点 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞转录组学 | 组合优化 | 转录组数据 | 大规模单细胞转录组学数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 27 | 2024-08-26 |
Dynamic single-cell RNA sequencing reveals BCG vaccination curtails SARS-CoV-2 induced disease severity and lung inflammation
2022-Mar-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2022.03.15.484018
PMID:35313583
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研究论文 | 研究使用单细胞RNA测序技术探讨BCG疫苗对COVID-19的影响,发现BCG疫苗能减轻SARS-CoV-2引起的疾病严重性和肺部炎症 | 首次通过单细胞RNA测序揭示BCG疫苗如何通过调节免疫细胞和基因表达来减轻COVID-19的严重性 | 研究仅在叙利亚金仓鼠模型中进行,可能需要进一步的人体试验验证 | 探讨BCG疫苗对COVID-19的影响及其免疫机制 | BCG疫苗对COVID-19的免疫保护作用及其对肺部炎症的影响 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 叙利亚金仓鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 28 | 2024-08-26 |
The Power of Single-Cell RNA Sequencing in eQTL Discovery
2022-03-12, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes13030502
PMID:35328055
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在表达数量性状位点(eQTL)发现中的应用 | 单细胞RNA测序技术能够在单细胞水平上评估基因表达的时空变化,揭示了使用传统批量RNA测序方法可能忽略的不同细胞类型、发育阶段和刺激下的eQTL | 文章指出单细胞eQTL研究在实验和分析方面仍需考虑未来的发展 | 探讨单细胞eQTL研究在大型群体遗传学中的应用,以更接近理解疾病的分子机制 | 单细胞RNA测序技术在eQTL发现中的方法学原理、优势、局限性及未来实验和分析考虑 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | RNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 29 | 2024-08-26 |
Deciphering tissue structure and function using spatial transcriptomics
2022-03-10, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-022-03175-5
PMID:35273328
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综述 | 本文综述了空间转录组学(ST)数据分析中的关键问题和当前应用的方法,并探讨了未来的发展方向 | NA | NA | 探讨空间转录组学数据分析中的问题和未来发展 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学(ST) | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 30 | 2024-08-26 |
Single-cell RNA-seq reveals clonal diversity and prognostic genes of relapsed multiple myeloma
2022-03, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.757
PMID:35297204
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了复发性多发性骨髓瘤的克隆多样性和预后基因 | 首次通过单细胞RNA测序和可变多样性结合区域靶向测序技术,分析了多发性骨髓瘤细胞的克隆类型,并识别了与疾病进展和复发相关的潜在生物标志物 | 研究样本仅包括18名患者,可能不足以全面代表所有多发性骨髓瘤患者的情况 | 旨在通过单细胞技术解析多发性骨髓瘤的疾病异质性,并识别新的生物标志物以改善患者分层和治疗结果预测 | 新诊断的多发性骨髓瘤和难治性/复发性多发性骨髓瘤患者的骨髓样本 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和可变多样性结合区域靶向测序(scVDJ-seq) | CCA算法 | 基因表达数据 | 18名患者,其中12名新诊断的多发性骨髓瘤患者和6名难治性/复发性多发性骨髓瘤患者 | NA | NA | NA | NA |
| 31 | 2024-08-26 |
Molecular divergence of mammalian astrocyte progenitor cells at early gliogenesis
2022-03-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.199985
PMID:35253855
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析,揭示了哺乳动物大脑发育早期星形胶质细胞前体细胞(APCs)的分子分化 | 首次揭示了哺乳动物大脑发育早期APCs的分子分化,并发现了两个分子上不同的APC亚群,分别标记为Sparc和Sparcl1 | NA | 探究哺乳动物大脑发育过程中星形胶质细胞前体细胞的分子分化 | 胚胎小鼠前脑的前体细胞 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 32 | 2024-08-25 |
A single-cell transcriptomic landscape of innate and adaptive intratumoral immunity in triple negative breast cancer during chemo- and immunotherapies
2022-Mar-08, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-022-00893-x
PMID:35260564
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术评估了两种三阴性乳腺癌小鼠模型在未治疗及化疗或免疫治疗(单独或联合使用)后的肿瘤微环境中的免疫景观 | 首次提供了化疗和免疫治疗在三阴性乳腺癌中主要免疫细胞群体的清晰概览 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证结果 | 探讨化疗和免疫治疗在三阴性乳腺癌中的免疫反应 | 三阴性乳腺癌小鼠模型的肿瘤微环境中的免疫细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 两种三阴性乳腺癌小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 33 | 2024-08-25 |
Single-cell Iso-Sequencing enables rapid genome annotation for scRNAseq analysis
2022-03-03, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyac017
PMID:35143654
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研究论文 | 本文展示了单细胞等位序列测序(Iso-Sequencing)与单细胞RNA测序结合使用,能快速提升3'-UTR注释的效率 | 首次证明单细胞等位序列测序能显著提高3'-UTR注释的完整性,从而改善单细胞RNA测序数据的解读 | 研究仅基于刺鱼(Gasterosteus aculeatus)的数据,其普适性有待进一步验证 | 探索单细胞等位序列测序在提升单细胞RNA测序基因注释准确性方面的应用 | 刺鱼(Gasterosteus aculeatus)的单细胞RNA测序数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 使用刺鱼的胚胎单细胞等位序列测序数据和已发表的成体批量Iso-Seq数据 | NA | NA | NA | NA |
| 34 | 2024-08-25 |
Make war not love: The neural substrate underlying a state-dependent switch in female social behavior
2022-03-02, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2021.12.002
PMID:34982958
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序揭示了雌性小鼠腹侧内侧下丘脑(VMHvl)中两种不同的雌激素受体-1阳性神经元亚型,这些亚型分别控制着雌性小鼠的性接受性和攻击性行为 | 首次阐明了雌性小鼠在不同生殖状态下对同种刺激产生不同行为反应的神经机制 | NA | 探究雌性小鼠在不同生殖状态下社会行为的神经基础 | 雌性小鼠的神经元亚型及其在不同生殖状态下的行为控制 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 神经元活动数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 35 | 2024-08-23 |
Toward modeling metabolic state from single-cell transcriptomics
2022-03, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2021.101396
PMID:34785394
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研究论文 | 本文总结了单细胞代谢测量和建模方法的当前状态,并探讨了计算技术在预测单细胞代谢中的应用 | 提出利用先验代谢网络知识结合可测量组学层数据进行代谢状态预测,并探讨了潜在的模型扩展和计算方法 | 单细胞水平的代谢测量存在可扩展性和敏感性不足的问题,且目前无法与测量转录状态同时进行 | 探索单细胞代谢建模的新方法,以更好地理解细胞功能 | 单细胞代谢状态的测量和建模 | 生物信息学 | NA | 计算建模 | 路径级分析、基于约束的建模和动力学建模 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 36 | 2024-08-22 |
Integrated hepatic single-cell RNA sequencing and untargeted metabolomics reveals the immune and metabolic modulation of Qing-Fei-Pai-Du decoction in mice with coronavirus-induced pneumonia
2022-Mar, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2021.153922
PMID:35032732
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研究论文 | 本研究通过整合肝单细胞RNA测序和非靶向代谢组学,探讨了清肺排毒汤对冠状病毒诱导的小鼠肺炎的免疫和代谢调节机制。 | 首次将肝单细胞RNA测序和非靶向代谢组学整合应用于中药配方中,揭示了清肺排毒汤对免疫功能和肝脏损伤的改善作用。 | NA | 研究清肺排毒汤在治疗冠状病毒诱导的小鼠肺炎中的作用机制。 | 清肺排毒汤对冠状病毒诱导的小鼠肺炎的免疫和代谢调节机制。 | 数字病理学 | 冠状病毒感染 | 单细胞RNA测序, 非靶向代谢组学 | NA | RNA序列, 代谢数据 | BALB/c小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 37 | 2024-08-05 |
Reconstructing codependent cellular cross-talk in lung adenocarcinoma using REMI
2022-Mar-18, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abi4757
PMID:35302849
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研究论文 | 本研究提出REMI,一个图形算法,通过考虑配体-受体依赖性来重建肺腺癌中的细胞交互作用 | 提出了一种新型算法REMI,能够处理高维小样本数据集并考虑配体-受体交互之间的依赖性 | 当前方法依赖于小样本数据,可能在推广性和准确性上存在限制 | 研究细胞交互作用在肺腺癌中的重建,以识别与临床相关的交互 | 关注人类肺腺癌(LUAD)的配体-受体交互作用及其在肿瘤-基质-免疫亚群中的前景特征 | 计算机视觉 | 肺癌 | RNA测序 | 图算法 | 转录组数据 | 使用了来自流式分选的RNA测序数据集和单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 38 | 2024-08-05 |
A transcriptomics-guided drug target discovery strategy identifies receptor ligands for lung regeneration
2022-03-25, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abj9949
PMID:35319981
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研究论文 | 本研究提出了一种转录组指导的药物靶标发现策略,识别了用于肺部再生的受体配体 | 开发了一种新方法来识别针对慢性阻塞性肺病(COPD)的再生药物靶标,强调了EP和IP前列腺素受体配体的疗效 | 研究可能未充分考虑其他可能影响慢性病修复机制的因素 | 探索治疗慢性疾病中的组织修复缺陷的新药物靶点 | 烟草相关的慢性阻塞性肺病患者及其小鼠模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 结合慢性阻塞性肺病的临床样本和吸烟小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 39 | 2024-08-05 |
secDrug: a pipeline to discover novel drug combinations to kill drug-resistant multiple myeloma cells using a greedy set cover algorithm and single-cell multi-omics
2022-03-09, Blood cancer journal
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41408-022-00636-2
PMID:35264575
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研究论文 | 本文介绍了一种计算管道,用于发现对抗耐药性多发性骨髓瘤细胞的新药组合 | 提出了一种结合药理基因组数据的优化算法来预测新药组合,并开发了可普遍应用的R软件包 | 实验主要在体外进行,临床应用效果尚未验证 | 研究针对耐药性多发性骨髓瘤的新药组合的发现 | 主要研究耐药性多发性骨髓瘤细胞及其药物组合 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序,CyTOF单细胞蛋白组学,CRISPR基因编辑 | 贪婪集合覆盖算法 | 基因组数据,转录组数据,细胞系数据 | 使用了多个代表耐药性的人的多发性骨髓瘤细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 40 | 2024-08-05 |
Single-Cell Analysis Unveils the Role of the Tumor Immune Microenvironment and Notch Signaling in Dormant Minimal Residual Disease
2022-Mar-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-21-1230
PMID:34965936
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研究论文 | 该研究揭示了肿瘤免疫微环境和Notch信号通路在休眠微小残留疾病中的角色 | 首次利用新的免疫竞争转基因模型研究休眠微小残留疾病,并发现Jagged-1/Notch信号通路在肿瘤发生中的多重调控作用 | 尚未完全阐明肿瘤休眠的复杂生态系统及其影响因素 | 探讨休眠的分子通路和微环境的作用,提供新的策略延长癌症休眠 | 休眠微小残留疾病及其相关的肿瘤细胞和免疫细胞微环境 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 转基因模型 | RNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |