单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 247 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2024-08-08 |
A comprehensive comparison of supervised and unsupervised methods for cell type identification in single-cell RNA-seq
2022-03-10, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab567
PMID:35021202
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研究论文 | 本研究对比了监督学习和无监督学习方法在单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的表现 | 研究不仅解释了不同实验设置下细胞类型识别方法的行为，还提供了根据科学目标和数据特性选择方法的一般指导 | 监督方法的优越性可能会被研究中调查的一些不良数据特性所削弱，导致参考数据集不具信息性和偏倚 | 评估监督和无监督方法在单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的表现 | 8种监督方法和10种无监督方法在14个公共单细胞RNA测序数据集上的表现 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 14个不同组织、测序协议和物种的公共单细胞RNA测序数据集 |
| 202 | 2024-08-08 |
Host T Cell Dedifferentiation Effects Drive HIV-1 Latency Stability
2022-03-09, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01974-21
PMID:35019721
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研究论文 | 本文研究了HIV-1潜伏感染的T细胞中的转录组异质性，并揭示了这些细胞表现出一种去分化表型，类似于造血干细胞，这种表型对HIV-1潜伏稳定性有影响。 | 本文首次揭示了HIV-1潜伏感染的T细胞去分化表型，并提供了数据挖掘和软件集成方法来识别药物靶点，以重新分化病毒宿主细胞，从而破坏HIV-1潜伏感染。 | 本文的局限性在于对控制机制的理解仍然有限，需要进一步研究以完全理解这些机制。 | 研究HIV-1潜伏感染的生物分子机制，以开发治愈性治疗干预措施。 | HIV-1潜伏感染的T细胞及其去分化表型。 | 数字病理学 | HIV/AIDS | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 来自患者的HIV-1潜伏感染的T细胞 |
| 203 | 2024-08-08 |
A chemoresistance lncRNA signature for recurrence risk stratification of colon cancer patients with chemotherapy
2022-Mar-08, Molecular therapy. Nucleic acids
DOI:10.1016/j.omtn.2021.12.015
PMID:35036055
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研究论文 | 本研究通过分析公共数据库中的长非编码RNA表达谱，识别出55种化疗特异性的长非编码RNA，并构建了一个名为CRLSig的化疗抵抗lncRNA特征，用于区分结肠癌化疗患者的无复发生存率。 | 首次构建了一个化疗抵抗lncRNA特征（CRLSig），能够有效区分结肠癌化疗患者的复发风险。 | NA | 开发一种新的分子标志物，用于评估结肠癌患者化疗后的复发风险。 | 结肠癌患者的化疗效果及复发风险。 | 数字病理学 | 结肠癌 | 单细胞测序 | NA | RNA表达谱 | 多个队列的结肠癌患者，具体数量未详述 |
| 204 | 2024-08-08 |
Origin, molecular specification, and stemness of astrocytes
2022-03, Developmental neurobiology
IF:2.7Q3
DOI:10.1002/dneu.22863
PMID:35006642
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综述 | 本文综述了星形胶质细胞的起源、分子特化及其干细胞特性 | 利用单细胞测序技术深入理解星形胶质细胞谱系的模式和分子特化 | 星形胶质细胞的发育分期和命运特化及分化的分子机制仍未完全明确 | 探讨星形胶质细胞的早期发育、异质性及其在不同条件下的功能适应性 | 星形胶质细胞及其在神经系统中的作用 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 205 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Embryonic Endothelial Heterogeneity at Spatiotemporal Level and Multifunctions of MicroRNA-126 in Mice
2022-03, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.121.317093
PMID:35021856
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了胚胎期小鼠内皮细胞在时空水平上的异质性以及微小RNA-126（miR-126）的多功能性 | 首次详细探讨了胚胎期内皮细胞的转录异质性，并揭示了miR-126在维持内皮细胞异质性中的关键作用 | NA | 评估发育期内皮细胞在时空水平上的转录异质性，并揭示miR-126敲除对胚胎期内皮细胞聚类的影响 | 小鼠胚胎期的内皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | C57BL/6J小鼠胚胎14.5天，以及Tie2-cre介导的内皮细胞特异性miR-126敲除胚胎 |
| 206 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Temporal Diversity and Dynamics of Cardiac Immunity after Myocardial Infarction
2022-03, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202100752
PMID:35023642
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了心肌梗死后不同时间点心脏Cd45免疫细胞的多样性和动态变化 | 首次揭示了心肌梗死后心脏免疫细胞的时序多样性和动态变化，并识别了主要的免疫细胞群及其亚型 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中验证 | 探讨心肌梗死后心脏免疫反应的时序调控机制 | 心肌梗死后心脏Cd45免疫细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠左前降冠状动脉结扎模型中的免疫细胞样本 |
| 207 | 2024-08-08 |
Acquisition, processing, and single-cell analysis of normal human breast tissues from a biobank
2022-03-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.101047
PMID:34977686
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研究论文 | 本文报告了从志愿者捐赠者中获取和处理正常人类乳腺组织的流程，并描述了一个实验和分析管道，用于生成基于单细胞RNA测序的单细胞图谱 | 该研究首次利用单细胞RNA测序技术生成正常人类乳腺组织的单细胞图谱，有助于推导乳腺上皮细胞亚群特异性的基因表达特征 | NA | 旨在生成正常人类乳腺组织的单细胞图谱，并推导乳腺上皮细胞亚群特异性的基因表达特征 | 正常人类乳腺组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自志愿者捐赠者的正常人类乳腺组织样本 |
| 208 | 2024-08-08 |
scPretrain: multi-task self-supervised learning for cell-type classification
2022-03-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac007
PMID:34999749
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研究论文 | 本文提出了一种名为scPretrain的多任务自监督学习方法，用于细胞类型分类，该方法结合了标注和未标注的细胞数据进行训练 | scPretrain利用多任务学习框架，在预训练阶段使用未标注细胞的伪标签训练特征提取编码器，然后在微调阶段使用有限的标注细胞进行微调，有效利用了大量未标注数据 | NA | 旨在通过多任务自监督学习方法改进单细胞RNA测序数据的细胞类型分类 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型分类 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 多任务学习框架 | 基因表达数据 | 60个来自不同技术、物种和器官的多样化数据集 |
| 209 | 2024-08-08 |
scNAME: neighborhood contrastive clustering with ancillary mask estimation for scRNA-seq data
2022-03-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac011
PMID:34999761
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研究论文 | 本文提出了一种名为scNAME的新型scRNA-seq聚类算法，该算法结合了基因相关性挖掘的掩码估计任务和细胞内在结构利用的邻域对比学习框架 | 首次在单细胞领域引入基因关系探索策略和全局细胞相似性存储库，通过掩码估计任务和邻域对比学习提高聚类的准确性和鲁棒性 | NA | 提高scRNA-seq数据聚类分析的准确性和鲁棒性，特别是罕见细胞类型的识别 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 对比学习框架 | 基因表达数据 | 通过对比学习引入的增强数据增加了每个聚类中的样本数量 |
| 210 | 2024-08-08 |
Vitamin C Deficiency Causes Cell Type-Specific Epigenetic Reprogramming and Acute Tubular Necrosis in a Mouse Model
2022-03, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2021070881
PMID:34983833
|
研究论文 | 本文研究了维生素C缺乏对小鼠模型中细胞特异性表观遗传重编程和急性肾小管坏死的影响 | 首次揭示了维生素C缺乏通过表观遗传修饰导致急性肾小管坏死的作用机制 | NA | 探讨维生素C在肾脏稳态和发病机制中的表观遗传调控作用 | 维生素C缺乏小鼠模型的肾脏细胞 | NA | 肾脏疾病 | 全基因组亚硫酸氢盐测序、甲基化RNA免疫沉淀测序、单细胞RNA测序 | NA | DNA/RNA | 维生素C缺乏小鼠模型（Gulo敲除）的肾脏细胞 |
| 211 | 2024-08-08 |
Endogenous hydrogen sulfide promotes human preimplantation embryonic development by regulating metabolism-related gene expression
2022-03-01, Nitric oxide : biology and chemistry
DOI:10.1016/j.niox.2021.12.008
PMID:34995767
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研究论文 | 研究探讨了内源性硫化氢（HS）对人类早期胚胎发育的促进作用及其通过调节代谢相关基因表达的机制 | 首次揭示了HS在胚胎发育中的作用，并通过单细胞RNA测序和基因本体（GO）富集分析等方法，详细分析了HS处理后差异表达基因及其生物学功能 | 研究主要集中在体外实验，未来需要进一步的体内实验验证HS对胚胎发育的影响 | 探究内源性硫化氢对人类早期胚胎发育的影响及其分子机制 | 人类早期胚胎，特别是裂解期和囊胚期的胚胎 | 生物学 | NA | 单细胞RNA测序，实时RT-PCR | NA | RNA | 捐赠的人类裂解期和囊胚期胚胎样本 |
| 212 | 2024-08-08 |
Regulation of axial elongation by Cdx
2022-03, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2021.12.011
PMID:34958748
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研究论文 | 本文研究了Cdx家族转录因子在轴向延长中的作用，特别是Cdx2在维持神经中胚层前体细胞（NMP）微环境和指定NMP后代中的作用 | 通过RNA测序和基因本体分析，识别了349个Cdx依赖基因，并揭示了多个与轴向延长相关的潜在直接Cdx目标基因 | NA | 深入理解Cdx家族在轴向延长中的作用 | 神经中胚层前体细胞（NMP）及其在胚胎发育中的作用 | NA | NA | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 349个Cdx依赖基因 |
| 213 | 2024-08-08 |
Examining the Development of Chronic Thromboembolic Pulmonary Hypertension at the Single-Cell Level
2022-03, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979)
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了慢性血栓栓塞性肺动脉高压（CTEPH）患者的肺动脉内膜切除组织中的单个细胞类型及其相互作用。 | 首次在单细胞水平上揭示了CTEPH的发展轨迹及其细胞间的紧密通信关系。 | 研究样本仅来自5名患者，可能影响结果的普遍性。 | 探讨慢性血栓栓塞性肺动脉高压的分子机制。 | CTEPH患者的肺动脉内膜切除组织中的单个细胞类型。 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 5名CTEPH患者 |
| 214 | 2024-08-08 |
Differential Survival and Therapy Benefit of Patients with Breast Cancer Are Characterized by Distinct Epithelial and Immune Cell Microenvironments
2022-Mar-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-21-1442
PMID:34965952
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研究论文 | 本文研究了乳腺癌患者中不同微环境细胞对生存和治疗效果的影响 | 首次在乳腺癌患者中识别出非免疫细胞类型（如成纤维细胞、肌上皮细胞等）对生存和治疗效果的相关性 | NA | 探讨微环境细胞在乳腺癌患者生存和治疗效果中的作用 | 乳腺癌患者的微环境细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序 | NA | mRNA序列数据 | 超过3,500个乳腺癌患者的原发性肿瘤样本 |
| 215 | 2024-08-08 |
Per- and polyfluoroalkyl substances target and alter human prostate stem-progenitor cells
2022-03, Biochemical pharmacology
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.bcp.2021.114902
PMID:34968493
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研究论文 | 研究探讨了全氟和多氟烷基物质（PFAS）对人类前列腺干细胞-祖细胞（SPCs）的影响及其潜在机制 | 首次发现人类前列腺SPCs是PFAS的直接作用目标，并揭示了PFAS暴露导致的转录组和代谢组重编程，这可能增加前列腺癌的风险 | NA | 探究PFAS长期暴露与前列腺癌风险增加之间的潜在机制 | 人类前列腺干细胞-祖细胞（SPCs） | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 使用了10 nM的PFOA或PFOS处理的人类前列腺干细胞-祖细胞（SPCs） |
| 216 | 2024-08-08 |
Single cell transcriptomics in human osteoarthritis synovium and in silico deconvoluted bulk RNA sequencing
2022-03, Osteoarthritis and cartilage
IF:7.2Q1
DOI:10.1016/j.joca.2021.12.007
PMID:34971754
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研究论文 | 本研究旨在揭示骨关节炎（OA）滑膜组织中不同细胞类型的异质性，并通过新颖的方法确定是否可以通过基因反卷积技术将批量RNA测序数据转化为模拟的单细胞RNA测序数据 | 本研究首次通过基因反卷积技术将批量RNA测序数据转化为模拟的单细胞RNA测序数据，并创建了针对关节炎的特异性签名矩阵，提高了预测性能 | NA | 揭示骨关节炎滑膜组织中细胞类型的异质性，并探索批量RNA测序数据反卷积的可行性 | 骨关节炎患者的滑膜组织 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | 机器学习工具CIBERSORTx | RNA测序数据 | 102,077个滑膜细胞，来自17名接受全膝关节置换术的患者 |
| 217 | 2024-08-08 |
Fatal COVID-19 and Non-COVID-19 Acute Respiratory Distress Syndrome Is Associated with Incomplete Alveolar Type 1 Epithelial Cell Differentiation from the Transitional State without Fibrosis
2022-03, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2021.11.014
PMID:34973949
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研究论文 | 本文研究了急性呼吸窘迫综合征（ARDS）中肺泡上皮细胞（AEC）的再生过程，特别是从过渡状态到肺泡上皮细胞1型（AEC1）的分化，以及这一过程与肺纤维化的关系。 | 首次揭示了在人类ARDS中，过渡细胞可以分化为AEC1而不伴随纤维化的现象，并探讨了这一过程与肺纤维化的潜在关联。 | 研究主要基于免疫染色和单细胞RNA测序，未涉及更深入的分子机制研究。 | 探讨ARDS中肺泡上皮细胞的再生机制及其与肺纤维化的关系。 | ARDS患者的肺组织，特别是肺泡上皮细胞的分化和过渡状态。 | 数字病理学 | 急性呼吸窘迫综合征 | 免疫染色，单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 218 | 2024-08-08 |
Allosteric inhibition of SHP2 uncovers aberrant TLR7 trafficking in aggravating psoriasis
2022-03-07, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.15252/emmm.202114455
PMID:34936223
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研究论文 | 研究揭示了SHP2在银屑病中的作用及其通过调节TLR7转运影响炎症的机制 | 首次发现SHP2通过调节TLR7的转运在银屑病中起关键作用，并验证了SHP2抑制剂SHP099的治疗潜力 | NA | 探究SHP2在银屑病中的作用及其分子机制 | SHP2在银屑病患者和模拟银屑病小鼠模型中的表达及作用 | 数字病理学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括银屑病患者和模拟银屑病的小鼠模型 |
| 219 | 2024-08-08 |
MACA: marker-based automatic cell-type annotation for single-cell expression data
2022-03-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab840
PMID:34935911
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MACA的新工具，用于自动注释单细胞转录组数据中的细胞类型 | MACA通过测试四种细胞类型评分方法和两个公共细胞标记数据库，在六个单细胞研究中表现出色，提高了注释的准确性和速度 | NA | 开发一种新的工具，用于提高单细胞转录组数据中细胞类型注释的准确性和效率 | 单细胞转录组数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 约29万个细胞 |
| 220 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome analysis defines mesenchymal stromal cells in the mouse incisor dental pulp
2022-03, Gene expression patterns : GEP
IF:1.0Q4
DOI:10.1016/j.gep.2021.119228
PMID:34915194
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了小鼠切牙牙髓中的间充质基质细胞的转录组特征 | 首次揭示了牙髓中不同细胞簇的转录组特征和细胞异质性 | NA | 深入理解牙髓中的细胞类型及其转录组特征 | 小鼠切牙牙髓中的间充质基质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 5至6天龄的小鼠切牙牙髓细胞 |