单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 247 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2024-08-08 |
FlyPhoneDB: an integrated web-based resource for cell-cell communication prediction in Drosophila
2022-03-03, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyab235
PMID:35100387
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研究论文 | 本文介绍了FlyPhoneDB，一个用于预测果蝇细胞间通信的集成式网络资源 | FlyPhoneDB是首个针对果蝇的细胞间通信预测工具，通过计算交互分数来预测细胞间的配体-受体相互作用 | NA | 开发一个工具来预测果蝇中的细胞间通信 | 果蝇的细胞间通信 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 量化算法 | 转录组数据 | 成年果蝇的中肠、腹部和血液的单细胞RNA测序数据集 |
| 182 | 2024-08-08 |
microRNA-252 and FoxO repress inflammaging by a dual inhibitory mechanism on Dawdle-mediated TGF-β pathway in Drosophila
2022-03-03, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyab234
PMID:35100390
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研究论文 | 本文通过使用果蝇研究了microRNA-252和FoxO通过双重抑制机制抑制Dawdle介导的TGF-β通路，从而抑制炎症老化 | 揭示了microRNA-252和FoxO通过合作抑制Dawdle，从而促进健康长寿的新机制 | NA | 研究内在信号通路如何引发衰老过程中的先天免疫基因 | 果蝇的microRNA目标组和先天免疫基因 | NA | NA | 单细胞测序分析 | NA | 基因表达数据 | 年轻和年老的果蝇 |
| 183 | 2024-08-08 |
How Single-Cell Technologies Have Provided New Insights Into Atherosclerosis
2022-03, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.121.315849
PMID:35109673
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综述 | 本文综述了单细胞技术如何为动脉粥样硬化的细胞组成和功能状态提供新的见解 | 单细胞技术揭示了动脉粥样硬化斑块组织的新细胞异质性，并更好地理解了动脉粥样硬化背景下的不同免疫功能状态 | NA | 探讨单细胞技术在动脉粥样硬化研究中的应用和发现 | 动脉粥样硬化斑块的细胞组成及其在饮食扰动或遗传操作下的响应 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、细胞转录组和表位索引测序、转座酶可及染色质高通量测序、飞行时间流式细胞术 | NA | 转录组、蛋白质组 | NA |
| 184 | 2024-08-08 |
Mouse genomic and cellular annotations
2022-03, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-021-09936-7
PMID:35124726
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综述 | 本文综述了C57BL/6 J小鼠参考基因组的基因组和细胞注释的不同方面及其对小鼠遗传学研究的相关性 | 介绍了新的测序技术如3D基因组结构和单细胞测序在遗传研究中的应用 | NA | 总结小鼠参考基因组的基因组和细胞注释，并探讨其在小鼠遗传学研究中的相关性 | C57BL/6 J小鼠的基因组和细胞注释 | 基因组学 | NA | 3D基因组结构分析，单细胞测序 | NA | 基因组数据，转录组数据 | NA |
| 185 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics uncovers an instructive T-cell receptor role in adult γδ T-cell lineage commitment
2022-03-01, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2021110023
PMID:35128689
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研究论文 | 本研究利用缺乏LAT表达的小鼠模型，通过单细胞转录组学分析，探讨了γδ T细胞受体在成年γδ T细胞谱系承诺中的指导作用 | 发现即使在缺乏LAT的情况下，部分DN3 γδ细胞仍能进行活跃增殖并进展到DN4阶段，但未能激活与γδ T细胞谱系相关的转录程序，表明γδ TCR-LAT信号轴在未承诺的γδ T细胞谱系状态上构建，以完全指导成年γδ T细胞谱系特异性 | 研究仅限于缺乏LAT表达的小鼠模型，可能无法完全代表所有情况下的γδ T细胞发育 | 确定γδ T细胞受体在γδ T细胞谱系承诺中的作用 | 缺乏LAT表达的小鼠的DN3 γδ细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 0.3%的DN3细胞表达中等水平的γδ TCR，其中25%的LAT缺陷DN3 γδ细胞处于活跃增殖状态 |
| 186 | 2024-08-08 |
Clonally expanded B cells in multiple sclerosis bind EBV EBNA1 and GlialCAM
2022-03, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-04432-7
PMID:35073561
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研究论文 | 本文研究了多发性硬化症（MS）患者脑脊液中的B淋巴细胞与EB病毒EBNA1和GlialCAM的结合，揭示了EBNA1与GlialCAM之间的高亲和力分子模拟机制。 | 首次展示了EBNA1与GlialCAM之间的高亲和力分子模拟，并提供了结构和功能证据，支持其在多发性硬化症中的病理作用。 | NA | 探讨EB病毒与多发性硬化症之间的关联机制，并可能指导新疗法的开发。 | 多发性硬化症患者的B淋巴细胞、EB病毒EBNA1和GlialCAM。 | 免疫学 | 多发性硬化症 | 单细胞测序、蛋白质微阵列、晶体结构分析 | NA | 蛋白质 | NA |
| 187 | 2024-08-08 |
Oncogenesis induced by combined Phf6 and Idh2 mutations through increased oncometabolites and impaired DNA repair
2022-03, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-022-02193-1
PMID:35091680
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研究论文 | 本研究通过分析携带不同突变（Phf6、Idh2 R172K或两者结合）的小鼠的造血表型，探讨了IDH1/2和PHF6突变在急性白血病发病机制中的协同作用。 | 首次探讨了IDH1/2和PHF6突变在急性白血病中的协同作用，并发现这些突变通过增加2-羟基戊二酸的产生和损害DNA修复机制来促进白血病的发展。 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现。 | 探讨IDH1/2和PHF6突变在急性白血病发病机制中的协同作用。 | 携带Phf6、Idh2 R172K或两者结合突变的小鼠。 | 数字病理学 | 血液恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 携带不同突变的小鼠样本 |
| 188 | 2024-08-08 |
AlzCode: a platform for multiview analysis of genes related to Alzheimer's disease
2022-03-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac033
PMID:35040932
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研究论文 | 介绍了一个名为AlzCode的平台，用于多视角分析与阿尔茨海默病相关的基因 | AlzCode平台整合了多种类型的组学数据和方法，为分析候选基因提供了丰富的功能基因组数据和多种分析方法 | NA | 为了深入理解候选基因与阿尔茨海默病的相关性，并筛选出适合实验测试的基因 | 与阿尔茨海默病相关的基因 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 基因表达分析，单细胞RNA测序，蛋白质表达分析 | NA | 基因表达数据，生物网络数据，神经病理学和临床特征数据 | NA |
| 189 | 2024-08-08 |
Identify, quantify and characterize cellular communication from single-cell RNA sequencing data with scSeqComm
2022-03-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac036
PMID:35043939
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研究论文 | 本文介绍了scSeqComm方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别、量化和表征细胞间和细胞内信号传导 | scSeqComm方法能够同时考虑细胞间和细胞内信号传导，并提供功能性表征，增加了推断通信的可靠性 | NA | 开发一种新的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别和量化细胞通信 | 单细胞RNA测序数据中的细胞间和细胞内信号传导 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 190 | 2024-08-08 |
sc-REnF: An entropy guided robust feature selection for single-cell RNA-seq data
2022-03-10, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab517
PMID:35037023
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研究论文 | 介绍了一种基于熵的鲁棒特征选择方法sc-REnF，用于单细胞RNA测序数据的基因选择，以提高细胞聚类的准确性 | 利用Rényi和Tsallis熵在基因选择中的优势，通过调整参数$q$显著改善了聚类结果 | NA | 旨在提高单细胞RNA测序数据中细胞聚类的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的基因选择 | 机器学习 | NA | RNA-seq | NA | 基因数据 | 小样本，大特征的单细胞RNA测序数据 |
| 191 | 2024-08-08 |
hDirect-MAP: projection-free single-cell modeling of response to checkpoint immunotherapy
2022-03-10, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab575
PMID:35037026
|
研究论文 | 本文开发了hDirect-MAP算法，用于在多种癌症类型中预测免疫检查点阻断反应的单细胞建模 | hDirect-MAP算法能够在高维表达空间中将T细胞按共同表型分组，而不是通过降维特征或这些特征的扭曲视图 | NA | 开发一种新的算法来预测免疫检查点阻断治疗的反应 | T细胞及其在不同癌症类型中的功能 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 单细胞RNA测序，质谱流式细胞术 | NA | 单细胞数据 | 五个单细胞RNA测序或质谱流式细胞术数据集 |
| 192 | 2024-08-08 |
Network-based integrative analysis of single-cell transcriptomic and epigenomic data for cell types
2022-03-10, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab546
PMID:35043143
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研究论文 | 本文提出了一种基于网络的集成聚类算法（NIC），用于通过融合单细胞转录组（scRNA-seq）和表观基因组（scATAC-seq或DNA甲基化）数据来识别细胞类型 | NIC算法通过自动学习细胞间相似性图，将多组学数据的融合转化为多网络分析，并利用联合非负矩阵分解学习细胞的共享特征，提供了一种更好的细胞特征表征方法 | NA | 研究目的是开发一种有效的集成分析方法，用于处理单细胞多组学数据的异质性、噪声和稀疏性问题 | 单细胞转录组和表观基因组数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq, DNA甲基化 | 非负矩阵分解 | 转录组数据, 表观基因组数据 | 13个来自不同组织和生物的单细胞多组学数据集 |
| 193 | 2024-08-08 |
Accurate and fast cell marker gene identification with COSG
2022-03-10, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab579
PMID:35048116
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于余弦相似度的标记基因识别方法COSG，用于单细胞测序数据的细胞分类 | COSG方法在标记基因识别方面具有更高的准确性和可扩展性，适用于大规模数据集 | NA | 开发一种更准确和高效的标记基因识别方法 | 单细胞RNA测序数据、单细胞ATAC测序数据和空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 余弦相似度 | 测序数据 | 百万级细胞 |
| 194 | 2024-08-08 |
A universal approach for integrating super large-scale single-cell transcriptomes by exploring gene rankings
2022-03-10, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab573
PMID:35048121
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研究论文 | 本文介绍了一种名为iSEEEK的通用方法，用于通过探索高表达基因的表达排名来整合超大规模的单细胞表达数据 | iSEEEK方法能够有效地整合超大规模的单细胞表达数据，并在新数据集上应用其从大规模数据中学到的知识 | NA | 开发一种能够整合超大规模单细胞表达数据的通用方法，并验证其在不同数据集上的有效性 | 超大规模的单细胞表达数据 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 表达数据 | 1190万单细胞 |
| 195 | 2024-08-08 |
Comprehensive evaluation of noise reduction methods for single-cell RNA sequencing data
2022-03-10, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab565
PMID:35048125
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研究论文 | 本研究评估了28种单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据降噪方法在55种不同场景下的性能 | 提供了选择合适降噪程序的综合指南，并指出了该领域未解决的问题 | 特别强调了评估不可察觉的细胞类型混合批次校正的指标开发的迫切需求 | 评估不同场景下scRNA-seq数据降噪方法的性能 | 28种scRNA-seq数据降噪方法在55种场景下的性能 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 数据 | 使用模拟和真实数据集进行评估 |
| 196 | 2024-08-08 |
Single-cell immune profiling reveals functional diversity of T cells in tuberculous pleural effusion
2022-03-07, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20211777
PMID:35061012
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学和T细胞受体测序技术，分析了结核性胸腔积液患者胸腔积液和外周血中的单核细胞群，揭示了结核性胸腔积液中T细胞免疫的功能多样性 | 首次详细描述了结核性胸腔积液中局部T细胞免疫的景观，特别是CD8和CD4 T细胞亚群的特定效应功能 | 研究样本仅限于结核性胸腔积液患者，可能限制了结果的普遍性 | 揭示结核性胸腔积液中局部T细胞免疫的功能多样性 | 结核性胸腔积液患者的胸腔积液和外周血中的单核细胞群 | 数字病理学 | 结核病 | 单细胞转录组学和T细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 结核性胸腔积液患者的胸腔积液和外周血样本 |
| 197 | 2024-08-08 |
Targeting PI3Kγ/AKT Pathway Remodels LC3-Associated Phagocytosis Induced Immunosuppression After Radiofrequency Ablation
2022-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202102182
PMID:35037422
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研究论文 | 研究通过阻断PI3Kγ/AKT通路，探讨其对放射频率消融后残留肿瘤中LC3相关吞噬作用诱导的免疫抑制的影响 | 发现阻断PI3Kγ/AKT通路能增强PD-1阻断剂的抗肿瘤活性，抑制残留肿瘤的生长并提高生存率 | NA | 探讨LC3与巨噬细胞之间的机制，并寻找增强残留肿瘤免疫治疗的方法 | 放射频率消融后的残留肿瘤及其中的巨噬细胞 | NA | 肿瘤 | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | 在小鼠模型和患者中进行研究 |
| 198 | 2024-08-08 |
A single-cell RNA-seq analysis of Brachyury-expressing cell clusters suggests a morphogenesis-associated signal center of oral ectoderm in sea urchin embryos
2022-03, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2022.01.005
PMID:35038441
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了海胆胚胎中表达Brachyury的细胞集群，揭示了口腔外胚层在形态发生中的信号中心作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了海胆胚胎中Brachyury表达细胞在体计划形成中的重要作用 | 细胞和分子机制如何使Brachyury在这些过程中发挥作用仍有待未来研究阐明 | 探讨Brachyury表达细胞在海胆胚胎形态发生和腹侧组织者身份中的作用 | 海胆胚胎中的Brachyury表达细胞集群 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 早期紫红刺海胆胚胎的22个细胞集群 |
| 199 | 2024-08-08 |
dCITI-Seq: droplet combinational indexed transposon insertion sequencing
2022-Mar, Analytical and bioanalytical chemistry
IF:3.8Q1
DOI:10.1007/s00216-022-03902-1
PMID:35043260
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research paper | 本文介绍了一种名为dCITI-Seq的新型测序方法，通过直接插入含索引的适配器进行样本索引 | dCITI-Seq通过稳健的液滴配对和合并平台实现了两组已知条形码适配器的随机组合和大规模并行转座，扩大了索引容量并减少了索引串扰 | NA | 开发一种新型的高通量并行测序方法，以应对大规模条形码和测序文库构建的新挑战 | 新型测序技术dCITI-Seq的开发与应用 | 高通量测序 | NA | 转座子插入测序 | NA | 测序数据 | NA |
| 200 | 2024-08-08 |
A robust and scalable graph neural network for accurate single-cell classification
2022-03-10, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab570
PMID:35018408
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研究论文 | 本文开发了一种基于图神经网络（GNN）的稳健且可扩展的方法GraphCS，用于准确进行单细胞分类 | 通过预计算扩散信息，使用近似广义PageRank算法，实现了亚线性复杂度，提高了处理大规模数据的速度和可扩展性 | NA | 提高单细胞RNA测序数据分析中细胞类型识别的准确性和效率 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 图神经网络（GNN） | 数据 | 100万细胞 |