单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 247 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-05 |
Guidelines for bioinformatics of single-cell sequencing data analysis in Alzheimer's disease: review, recommendation, implementation and application
2022-03-02, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-022-00517-z
PMID:35236372
|
综述 | 本文系统综述了单细胞测序数据分析的生物信息学方法及其在阿尔茨海默病研究中的应用 | 提供了14个主要分析方向的推荐工作流程并在大型单核RNA测序数据集上实施验证 | 未明确说明所用数据集的样本量限制和模型验证的局限性 | 为阿尔茨海默病单细胞测序数据分析提供生物信息学指南 | 阿尔茨海默病患者和小鼠模型的单细胞测序数据 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据, 表观基因组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptome analysis reveals three sequential phases of gene expression during zebrafish sensory hair cell regeneration
2022-03-28, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2022.03.001
PMID:35316618
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示斑马鱼感觉毛细胞再生过程中基因表达的三个连续阶段 | 首次以高时空分辨率揭示斑马鱼感觉毛细胞再生的三个连续转录激活模块 | 研究仅限于斑马鱼模型，在哺乳动物中的适用性需要进一步验证 | 理解感觉毛细胞再生的分子机制和转录动态 | 斑马鱼感觉毛细胞 | 单细胞生物学 | 听力障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3 | 2025-10-06 |
Human Retinal Organoids Provide a Suitable Tool for Toxicological Investigations: A Comprehensive Validation Using Drugs and Compounds Affecting the Retina
2022-03-17, Stem cells translational medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1093/stcltm/szab010
PMID:35298655
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研究论文 | 本研究验证了人类多能干细胞衍生的视网膜类器官在药物毒性筛选中的适用性 | 首次提供视网膜类器官适用于毒理学研究的可靠实验证据，证明其药物反应与体内模型和人类相似 | 仅测试了六种已知视网膜毒性化合物，需要更多化合物验证 | 验证人类视网膜类器官作为毒性筛选平台的适用性 | 人类多能干细胞衍生的视网膜类器官 | 毒理学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两个人类多能干细胞系分化的视网膜类器官 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2025-10-06 |
Lysosomal exocytosis of HSP70 stimulates monocytic BMP6 expression in Sjögren's syndrome
2022-03-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI152780
PMID:35113815
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研究论文 | 本研究揭示了LAMP3/HSP70/BMP6轴在干燥综合征唾液腺功能障碍中的新机制 | 首次发现LAMP3通过溶酶体胞吐释放HSP70，进而刺激单核细胞表达BMP6的致病轴 | 机制研究主要基于体外实验，需要更多体内验证 | 探究干燥综合征中BMP6细胞因子产生的上游调控机制 | 干燥综合征患者唾液腺组织、人外周血单核细胞、小鼠模型 | 免疫学 | 干燥综合征 | RNA原位杂交,RNA测序,单细胞转录组学,逆转录PCR | NA | 基因表达数据,转录组数据 | 干燥综合征患者唾液腺组织、人PBMCs、小鼠模型 | NA | 单细胞转录组学,RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2025-10-06 |
A Phase II Study of Pembrolizumab in Combination with Capecitabine and Oxaliplatin with Molecular Profiling in Patients with Advanced Biliary Tract Carcinoma
2022-03-11, The oncologist
DOI:10.1093/oncolo/oyab073
PMID:35274717
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研究论文 | 评估帕博利珠单抗联合卡培他滨和奥沙利铂治疗晚期胆道癌的II期临床研究 | 首次在晚期胆道癌中探索免疫检查点抑制剂联合化疗的疗效，并整合分子谱分析研究免疫标志物表达和肿瘤进化 | 样本量较小（仅11例患者），单臂研究设计缺乏对照组 | 评估帕博利珠单抗联合CAPOX方案在晚期胆道癌患者的反应率和临床疗效 | 经组织学确诊的晚期胆道癌成年患者 | 临床肿瘤学 | 胆道癌 | 免疫组织化学、转录组测序、外显子组测序、单细胞RNA测序 | NA | 临床数据、分子谱数据 | 11例患者（其中3例未接受过系统治疗） | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序, 外显子组测序 | NA | NA |
| 6 | 2025-10-06 |
FlyPhoneDB: an integrated web-based resource for cell-cell communication prediction in Drosophila
2022-03-03, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyab235
PMID:35100387
|
研究论文 | 开发了用于果蝇细胞间通讯预测的集成网络资源FlyPhoneDB | 首次为果蝇创建了高可信度配体-受体对列表和细胞间通讯预测工具 | 目前仅适用于果蝇，尚未扩展到其他无脊椎动物 | 开发果蝇细胞间通讯预测的计算工具 | 果蝇单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 量化算法 | 转录组数据 | 果蝇成虫中肠、腹部和血液样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2025-10-06 |
Systematic reconstruction of cellular trajectories across mouse embryogenesis
2022-03, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-022-01018-x
PMID:35288709
|
研究论文 | 通过整合多个单细胞RNA测序数据集，系统重建了小鼠胚胎发生过程中的细胞轨迹 | 构建了跨越小鼠原肠胚形成和器官发生的全面细胞轨迹图谱，提出了哺乳动物胚胎发生的轨迹图 | 基于自动化程序构建的轨迹图可能不完全反映真实的发育过程 | 系统重建小鼠胚胎发生过程中的细胞发育轨迹 | 小鼠胚胎细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 有向无环图 | 单细胞转录组数据 | 约150,000个细胞核，覆盖E3.5到E13.5的19个连续阶段 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8 | 2025-10-07 |
Molecular hallmarks of heterochronic parabiosis at single-cell resolution
2022-03, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-04461-2
PMID:35236985
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析20个器官，揭示异种共生模型中年轻和老年血液对不同细胞类型的特异性影响 | 首次在单细胞分辨率下系统研究异种共生对多种器官细胞类型的影响，发现线粒体功能在复苏过程中的关键作用 | 研究主要关注基因表达变化，对具体分子机制和长期效果仍需进一步验证 | 探索血液因子对衰老过程的影响及潜在复苏机制 | 小鼠20个器官中的多种细胞类型 | 单细胞生物学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 异种共生模型 | 单细胞转录组数据 | 20个器官的多种细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2025-10-07 |
Recent advances in spatially resolved transcriptomics: challenges and opportunities
2022-Mar, BMB reports
IF:2.9Q3
PMID:35168703
|
综述 | 本文综述空间分辨转录组学技术的最新进展、挑战与机遇 | 系统比较成像技术与捕获技术的特点，强调整合计算方法在克服技术局限性中的关键作用 | NA | 探讨空间转录组学技术的发展现状及其在生物医学研究中的应用潜力 | 空间转录组学技术及其在组织分析中的应用 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间信息 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 成像技术（单分子分辨率）, 捕获技术（55-100 μm分辨率） |
| 10 | 2025-10-07 |
Rheumatoid arthritis, systemic lupus erythematosus and primary Sjögren's syndrome shared megakaryocyte expansion in peripheral blood
2022-03, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/annrheumdis-2021-220066
PMID:34462261
|
研究论文 | 本研究通过分析类风湿关节炎、系统性红斑狼疮和原发性干燥综合征患者的外周血转录组数据，发现这些自身免疫疾病共同存在巨核细胞扩增现象 | 首次在多种自身免疫疾病中发现共同的巨核细胞扩增特征，并鉴定出相关的转录因子调控网络 | 样本量相对有限（119例患者），且仅分析了外周血单个核细胞 | 识别自身免疫疾病中共同的转录特征和免疫细胞组成 | 类风湿关节炎、系统性红斑狼疮、原发性干燥综合征和多重自身免疫患者的外周血单个核细胞 | 生物信息学 | 自身免疫疾病 | RNA-seq, scRNA-seq, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据 | 119例初治患者（41例RA、38例pSS、28例SLE、12例多重自身免疫）和20例健康对照 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 11 | 2024-12-17 |
Dissection of artifactual and confounding glial signatures by single-cell sequencing of mouse and human brain
2022-03, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-022-01022-8
PMID:35260865
|
研究论文 | 本文探讨了单细胞测序实验中酶解组织对基因表达的影响，并提出了一种新的方法来减少这种影响 | 提出了一个严格验证的协议，保留了体内转录组特征和细胞类型多样性，并揭示了人类死后脑组织中单核RNA测序数据中的类似特征 | 仅在鼠脑和人脑组织中进行了验证，尚未在其他物种或组织类型中进行测试 | 解决单细胞测序中酶解组织引起的基因表达变化问题 | 鼠脑和人脑组织 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 鼠脑和人脑组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 12 | 2024-11-19 |
Triku: a feature selection method based on nearest neighbors for single-cell data
2022-03-12, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giac017
PMID:35277963
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Triku的特征选择方法，用于单细胞RNA测序数据分析 | Triku通过选择在k近邻图中接近的细胞群表达的基因，优先选择定义主要细胞群的基因，从而避免了现有方法对高表达基因的偏倚 | NA | 开发一种新的特征选择方法，以提高单细胞RNA测序数据分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的基因选择 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人工和生物基准数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 13 | 2024-11-08 |
M-CSFR/CSF1R signaling regulates myeloid fates in zebrafish via distinct action of its receptors and ligands
2022-03-08, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2021005459
PMID:34979548
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研究论文 | 研究了斑马鱼中M-CSFR/CSF1R信号通路在髓系细胞分化、增殖和存活中的作用 | 揭示了Csf1rb在斑马鱼粒细胞生成中的未知作用，并发现Il34信号通过Csf1rb对粒细胞的重要性 | NA | 探讨斑马鱼中Csf1rs及其配体在胚胎和成年髓系生成中的作用 | 斑马鱼的Csf1rs及其配体（Csf1a、Csf1b和Il34）在髓系生成中的作用 | NA | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 成年斑马鱼的全肾骨髓（WKM）造血细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 14 | 2024-09-30 |
Recent advances and application of whole genome amplification in molecular diagnosis and medicine
2022-Mar, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.116
PMID:35281794
|
综述 | 本文综述了全基因组扩增（WGA）技术在分子诊断和医学中的最新进展和应用 | 介绍了WGA技术在单细胞测序中的应用，并讨论了其在分子诊断和医学中的应用前景和挑战 | 未提及具体的技术局限性 | 综述WGA技术在分子诊断和医学中的应用 | 全基因组扩增技术及其在分子诊断和医学中的应用 | 分子生物学 | NA | 全基因组扩增（WGA） | NA | DNA | 少量DNA样本，特别是单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 15 | 2024-09-23 |
Inflammatory blockade prevents injury to the developing pulmonary gas exchange surface in preterm primates
2022-03-30, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abl8574
PMID:35353543
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研究论文 | 研究探讨了炎症阻断对早产灵长类动物发育中的肺气体交换表面的保护作用 | 首次使用单细胞RNA测序分析定义了多细胞肺泡信号微环境，并展示了炎症阻断对肺损伤的保护作用 | 研究仅限于灵长类动物模型，尚未在人类中验证 | 探讨炎症对早产儿肺发育的影响及炎症阻断的治疗潜力 | 早产灵长类动物的肺发育和炎症反应 | NA | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 早产灵长类动物模型 | NA | NA | NA | NA |
| 16 | 2024-09-06 |
Dormant Nfatc1 reporter-marked basal stem/progenitor cells contribute to mammary lobuloalveoli formation
2022-Mar-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.103982
PMID:35310332
|
研究论文 | 研究了休眠的Nfatc1报告基因标记的基底干细胞/祖细胞在乳腺小叶形成中的作用 | 首次揭示了Nfatc1报告基因标记的基底干细胞/祖细胞在乳腺小叶形成中的作用，并发现这些细胞在怀孕期间迅速分裂并参与小叶发育 | 研究主要集中在怀孕期间的乳腺发育，未涉及其他生理状态下的情况 | 探讨休眠的乳腺基底干细胞/祖细胞在怀孕期间乳腺小叶形成中的作用 | Nfatc1报告基因标记的基底干细胞/祖细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个怀孕期间的乳腺样本 | NA | NA | NA | NA |
| 17 | 2024-09-01 |
Spatial mapping of protein composition and tissue organization: a primer for multiplexed antibody-based imaging
2022-03, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-021-01316-y
PMID:34811556
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perspective | 本文探讨了多重抗体成像技术在组织蛋白质组成和结构组织空间映射中的应用 | 介绍了多重蛋白成像方法的最新进展，这些方法能够提供复杂组织的空间和功能详细图谱 | 目前的方法主要依赖于单细胞测序，缺乏理解细胞间通信和相关结构组织所需的空间背景 | 旨在为多重抗体成像技术提供必要的资源和关键考虑，以促进其广泛应用和数据标准化 | 组织和器官中的细胞类型及其在生理功能中的协同作用 | NA | NA | 多重蛋白成像 | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 18 | 2024-08-28 |
scTenifoldKnk: An efficient virtual knockout tool for gene function predictions via single-cell gene regulatory network perturbation
2022-Mar-11, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2022.100434
PMID:35510185
|
research paper | 本文介绍了一种名为scTenifoldKnk的高效虚拟基因敲除工具，用于通过单细胞RNA测序数据进行基因功能预测 | scTenifoldKnk工具通过构建基因调控网络并虚拟删除目标基因，利用流形对齐技术识别差异调控基因，从而推断目标基因功能 | NA | 开发一种高效的虚拟基因敲除工具，以系统性地研究基因功能 | 基因功能 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 基因调控网络 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 2024-08-28 |
Schizophrenia is defined by cell-specific neuropathology and multiple neurodevelopmental mechanisms in patient-derived cerebral organoids
2022-03, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-021-01316-6
PMID:34789849
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研究论文 | 本研究利用患者来源的诱导多能干细胞（iPSCs）生成三维大脑类器官，模拟精神分裂症（Scz）的神经病理学特征，并揭示了Scz类器官中神经发生和细胞类型多样性的改变 | 首次通过患者来源的大脑类器官模型揭示了精神分裂症的细胞特异性神经病理学和多重神经发育机制 | 研究仅限于体外类器官模型，未涉及临床患者的实际大脑组织 | 探索精神分裂症的早期神经发育和细胞特异性标志 | 精神分裂症患者来源的大脑类器官 | 数字病理学 | 精神疾病 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 20 | 2024-08-27 |
Spatial CRISPR genomics identifies regulators of the tumor microenvironment
2022-03-31, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2022.02.015
PMID:35290801
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研究论文 | 本文开发了一种名为Perturb-map的空间功能基因组学方法，用于在肺肿瘤小鼠模型中并行敲除多个基因，并评估这些敲除对肿瘤生长、组织病理学和免疫组成的影响。 | Perturb-map方法能够在保持空间结构的同时，以单细胞分辨率进行组织内的功能基因组学研究。 | NA | 探索CRISPR筛选技术在识别组织环境中细胞外基因功能方面的应用。 | 肺肿瘤小鼠模型中的基因敲除及其对肿瘤微环境的影响。 | 数字病理学 | 肺癌 | CRISPR | NA | 基因组数据 | 数十个基因在小鼠模型中被敲除 | NA | NA | NA | NA |