单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-17	Dissection of artifactual and confounding glial signatures by single-cell sequencing of mouse and human brain 2022-03, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-022-01022-8 PMID:35260865	研究论文	本文探讨了单细胞测序实验中酶解组织对基因表达的影响，并提出了一种新的方法来减少这种影响	提出了一个严格验证的协议，保留了体内转录组特征和细胞类型多样性，并揭示了人类死后脑组织中单核RNA测序数据中的类似特征	仅在鼠脑和人脑组织中进行了验证，尚未在其他物种或组织类型中进行测试	解决单细胞测序中酶解组织引起的基因表达变化问题	鼠脑和人脑组织	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	鼠脑和人脑组织样本
2	2024-11-19	Triku: a feature selection method based on nearest neighbors for single-cell data 2022-03-12, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giac017 PMID:35277963	研究论文	本文介绍了一种名为Triku的特征选择方法，用于单细胞RNA测序数据分析	Triku通过选择在k近邻图中接近的细胞群表达的基因，优先选择定义主要细胞群的基因，从而避免了现有方法对高表达基因的偏倚	NA	开发一种新的特征选择方法，以提高单细胞RNA测序数据分析的准确性	单细胞RNA测序数据中的基因选择	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人工和生物基准数据集
3	2024-11-08	M-CSFR/CSF1R signaling regulates myeloid fates in zebrafish via distinct action of its receptors and ligands 2022-03-08, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2021005459 PMID:34979548	研究论文	研究了斑马鱼中M-CSFR/CSF1R信号通路在髓系细胞分化、增殖和存活中的作用	揭示了Csf1rb在斑马鱼粒细胞生成中的未知作用，并发现Il34信号通过Csf1rb对粒细胞的重要性	NA	探讨斑马鱼中Csf1rs及其配体在胚胎和成年髓系生成中的作用	斑马鱼的Csf1rs及其配体（Csf1a、Csf1b和Il34）在髓系生成中的作用	NA	癌症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	成年斑马鱼的全肾骨髓（WKM）造血细胞
4	2024-09-30	Recent advances and application of whole genome amplification in molecular diagnosis and medicine 2022-Mar, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.116 PMID:35281794	综述	本文综述了全基因组扩增（WGA）技术在分子诊断和医学中的最新进展和应用	介绍了WGA技术在单细胞测序中的应用，并讨论了其在分子诊断和医学中的应用前景和挑战	未提及具体的技术局限性	综述WGA技术在分子诊断和医学中的应用	全基因组扩增技术及其在分子诊断和医学中的应用	分子生物学	NA	全基因组扩增（WGA）	NA	DNA	少量DNA样本，特别是单细胞样本
5	2024-09-23	Inflammatory blockade prevents injury to the developing pulmonary gas exchange surface in preterm primates 2022-03-30, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abl8574 PMID:35353543	研究论文	研究探讨了炎症阻断对早产灵长类动物发育中的肺气体交换表面的保护作用	首次使用单细胞RNA测序分析定义了多细胞肺泡信号微环境，并展示了炎症阻断对肺损伤的保护作用	研究仅限于灵长类动物模型，尚未在人类中验证	探讨炎症对早产儿肺发育的影响及炎症阻断的治疗潜力	早产灵长类动物的肺发育和炎症反应	NA	肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	早产灵长类动物模型
6	2024-09-06	Dormant Nfatc1 reporter-marked basal stem/progenitor cells contribute to mammary lobuloalveoli formation 2022-Mar-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.103982 PMID:35310332	研究论文	研究了休眠的Nfatc1报告基因标记的基底干细胞/祖细胞在乳腺小叶形成中的作用	首次揭示了Nfatc1报告基因标记的基底干细胞/祖细胞在乳腺小叶形成中的作用，并发现这些细胞在怀孕期间迅速分裂并参与小叶发育	研究主要集中在怀孕期间的乳腺发育，未涉及其他生理状态下的情况	探讨休眠的乳腺基底干细胞/祖细胞在怀孕期间乳腺小叶形成中的作用	Nfatc1报告基因标记的基底干细胞/祖细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个怀孕期间的乳腺样本
7	2024-09-01	Spatial mapping of protein composition and tissue organization: a primer for multiplexed antibody-based imaging 2022-03, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-021-01316-y PMID:34811556	perspective	本文探讨了多重抗体成像技术在组织蛋白质组成和结构组织空间映射中的应用	介绍了多重蛋白成像方法的最新进展，这些方法能够提供复杂组织的空间和功能详细图谱	目前的方法主要依赖于单细胞测序，缺乏理解细胞间通信和相关结构组织所需的空间背景	旨在为多重抗体成像技术提供必要的资源和关键考虑，以促进其广泛应用和数据标准化	组织和器官中的细胞类型及其在生理功能中的协同作用	NA	NA	多重蛋白成像	NA	图像	NA
8	2024-08-28	scTenifoldKnk: An efficient virtual knockout tool for gene function predictions via single-cell gene regulatory network perturbation 2022-Mar-11, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2022.100434 PMID:35510185	research paper	本文介绍了一种名为scTenifoldKnk的高效虚拟基因敲除工具，用于通过单细胞RNA测序数据进行基因功能预测	scTenifoldKnk工具通过构建基因调控网络并虚拟删除目标基因，利用流形对齐技术识别差异调控基因，从而推断目标基因功能	NA	开发一种高效的虚拟基因敲除工具，以系统性地研究基因功能	基因功能	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	基因调控网络	基因表达数据	NA
9	2024-08-28	Schizophrenia is defined by cell-specific neuropathology and multiple neurodevelopmental mechanisms in patient-derived cerebral organoids 2022-03, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-021-01316-6 PMID:34789849	研究论文	本研究利用患者来源的诱导多能干细胞（iPSCs）生成三维大脑类器官，模拟精神分裂症（Scz）的神经病理学特征，并揭示了Scz类器官中神经发生和细胞类型多样性的改变	首次通过患者来源的大脑类器官模型揭示了精神分裂症的细胞特异性神经病理学和多重神经发育机制	研究仅限于体外类器官模型，未涉及临床患者的实际大脑组织	探索精神分裂症的早期神经发育和细胞特异性标志	精神分裂症患者来源的大脑类器官	数字病理学	精神疾病	单细胞测序	NA	细胞	未具体说明样本数量
10	2024-08-27	Spatial CRISPR genomics identifies regulators of the tumor microenvironment 2022-03-31, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2022.02.015 PMID:35290801	研究论文	本文开发了一种名为Perturb-map的空间功能基因组学方法，用于在肺肿瘤小鼠模型中并行敲除多个基因，并评估这些敲除对肿瘤生长、组织病理学和免疫组成的影响。	Perturb-map方法能够在保持空间结构的同时，以单细胞分辨率进行组织内的功能基因组学研究。	NA	探索CRISPR筛选技术在识别组织环境中细胞外基因功能方面的应用。	肺肿瘤小鼠模型中的基因敲除及其对肿瘤微环境的影响。	数字病理学	肺癌	CRISPR	NA	基因组数据	数十个基因在小鼠模型中被敲除
11	2024-08-27	Single-cell genomics revolutionizes plant development studies across scales 2022-03-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.200179 PMID:35285482	研究论文	本文探讨了单细胞基因组学在植物发育研究中的应用及其技术发展	介绍了单细胞和单核分离技术在植物物种中的广泛应用，以及这些技术如何促进了植物器官中单细胞基因组学的研究	NA	强调单细胞基因组学在揭示植物器官内不同细胞类型发育轨迹中的贡献，并展示单细胞水平上组织和器官比较分析的努力	植物的组织、器官和整个生物体的发育	基因组学	NA	单细胞转录组学	NA	基因组数据	NA
12	2024-08-27	Precision medicine in rheumatoid arthritis 2022-03, Best practice & research. Clinical rheumatology DOI:10.1016/j.berh.2022.101742 PMID:35248489	综述	本文综述了类风湿性关节炎（RA）的病理新见解，并讨论了将这些发现转化为临床实践中的可操作变化的关键步骤	应用单细胞转录组学和空间转录组学等细胞分析技术，揭示了RA关节组织中新的致病细胞类型和患者间细胞组成的显著异质性	NA	旨在强调RA病理学的新见解，并讨论将这些发现转化为临床实践中的可操作变化的关键步骤	类风湿性关节炎的病理机制及临床应用	NA	类风湿性关节炎	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	细胞数据	NA
13	2024-08-26	Prime-seq, efficient and powerful bulk RNA sequencing 2022-03-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02660-8 PMID:35361256	研究论文	本文优化并验证了一种早期条形码批量RNA测序方法——prime-seq，展示了其与标准批量RNA测序方法TruSeq性能相当，但成本效率高出四倍	prime-seq方法通过早期条形码技术，实现了成本效率的显著提升，且库成本降低了近50倍	NA	优化和验证一种成本效率高的早期条形码批量RNA测序方法	prime-seq方法的性能和成本效率	基因组学	NA	RNA测序	NA	RNA	NA
14	2024-08-26	Decoding the multicellular ecosystem of vena caval tumor thrombus in clear cell renal cell carcinoma by single-cell RNA sequencing 2022-03-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02651-9 PMID:35361264	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了8名透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者的19个手术组织样本，揭示了肿瘤血栓形成的多细胞生态系统及其机制。	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了肿瘤血栓中的细胞类型和它们之间的相互作用，特别是肿瘤血栓中CD8+ T细胞和巨噬细胞的特征。	研究样本量较小，仅包括8名患者，可能影响结果的普遍性。	深入了解肿瘤血栓形成的机制，为设计有效的辅助治疗提供依据。	透明细胞肾细胞癌患者的肿瘤血栓组织。	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序	NA	组织样本	19个手术组织样本来自8名患者
15	2024-08-26	Hand2 delineates mesothelium progenitors and is reactivated in mesothelioma 2022-03-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-29311-7 PMID:35354817	研究论文	本文通过斑马鱼模型追踪了间皮细胞在侧板中胚层（LPM）中的起源，并发现hand2基因在间皮前体细胞中的表达特征，同时探讨了hand2在人和小鼠间皮瘤中的重新激活现象。	首次揭示了hand2基因在间皮前体细胞中的表达特征，并证实了其在人和小鼠间皮瘤中的重新激活，为理解间皮病理提供了新的视角。	研究主要基于斑马鱼模型，对人类和小鼠的验证尚需进一步的临床数据支持。	探究间皮细胞的起源及其在间皮瘤中的作用机制。	间皮细胞的前体细胞及其在间皮瘤中的表达特征。	数字病理学	间皮瘤	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	斑马鱼胚胎和人类及小鼠的间皮瘤组织
16	2024-08-26	The landscape of receptor-mediated precision cancer combination therapy via a single-cell perspective 2022-03-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-29154-2 PMID:35338126	研究论文	本研究利用组合优化技术，通过单细胞转录组学数据分析，探索了癌症精准联合治疗的最佳组合策略	首次通过单细胞转录组学数据，利用组合优化技术，确定了针对癌症精准治疗的个性化组合策略	研究中使用的组合优化技术可能需要进一步验证其在临床应用中的有效性	旨在通过计算方法确定癌症精准治疗所需的靶点和数量	研究对象为1269个编码细胞表面受体的基因，这些基因可能是CAR-T、偶联抗体或涂层纳米粒子疗法的靶点	数字病理学	癌症	单细胞转录组学	组合优化	转录组数据	大规模单细胞转录组学数据集
17	2024-08-26	Dynamic single-cell RNA sequencing reveals BCG vaccination curtails SARS-CoV-2 induced disease severity and lung inflammation 2022-Mar-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2022.03.15.484018 PMID:35313583	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术探讨BCG疫苗对COVID-19的影响，发现BCG疫苗能减轻SARS-CoV-2引起的疾病严重性和肺部炎症	首次通过单细胞RNA测序揭示BCG疫苗如何通过调节免疫细胞和基因表达来减轻COVID-19的严重性	研究仅在叙利亚金仓鼠模型中进行，可能需要进一步的人体试验验证	探讨BCG疫苗对COVID-19的影响及其免疫机制	BCG疫苗对COVID-19的免疫保护作用及其对肺部炎症的影响	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	叙利亚金仓鼠模型
18	2024-08-26	The Power of Single-Cell RNA Sequencing in eQTL Discovery 2022-03-12, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes13030502 PMID:35328055	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在表达数量性状位点（eQTL）发现中的应用	单细胞RNA测序技术能够在单细胞水平上评估基因表达的时空变化，揭示了使用传统批量RNA测序方法可能忽略的不同细胞类型、发育阶段和刺激下的eQTL	文章指出单细胞eQTL研究在实验和分析方面仍需考虑未来的发展	探讨单细胞eQTL研究在大型群体遗传学中的应用，以更接近理解疾病的分子机制	单细胞RNA测序技术在eQTL发现中的方法学原理、优势、局限性及未来实验和分析考虑	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA序列数据	NA
19	2024-08-26	A Phase II Study of Pembrolizumab in Combination with Capecitabine and Oxaliplatin with Molecular Profiling in Patients with Advanced Biliary Tract Carcinoma 2022-03-11, The oncologist DOI:10.1093/oncolo/oyab073 PMID:35274717	研究论文	本研究评估了帕博利珠单抗与卡培他滨和奥沙利铂联合治疗晚期胆道癌的反应率和临床疗效	本研究强调了针对个体化胆道癌肿瘤精确表征的设计框架	NA	评估帕博利珠单抗与卡培他滨和奥沙利铂联合治疗晚期胆道癌的反应率和临床疗效	晚期胆道癌患者	NA	胆道癌	免疫组织化学（IHC）	NA	肿瘤活检样本	11名患者
20	2024-08-26	Deciphering tissue structure and function using spatial transcriptomics 2022-03-10, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-03175-5 PMID:35273328	综述	本文综述了空间转录组学（ST）数据分析中的关键问题和当前应用的方法，并探讨了未来的发展方向	NA	NA	探讨空间转录组学数据分析中的问题和未来发展	空间转录组学数据	空间转录组学	NA	空间转录组学（ST）	NA	转录组数据	NA