单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 226 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2024-08-08 |
Heterogeneous pdgfrb+ cells regulate coronary vessel development and revascularization during heart regeneration
2022-02-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.199752
PMID:35088848
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研究论文 | 研究揭示了pdgfrb+细胞在斑马鱼心脏再生过程中对冠状血管发育和再血管化的调控作用 | 首次发现pdgfrb+细胞在心脏再生中的动态表达及其对冠状血管发育和再血管化的重要性 | 研究主要集中在斑马鱼模型，可能需要进一步在其他物种中验证pdgfrb+细胞的功能 | 探讨pdgfrb+细胞在心脏再生中的作用及其对冠状血管发育的影响 | 斑马鱼心脏中的pdgfrb+细胞及其在心脏再生中的功能 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 斑马鱼心脏中的pdgfrb+细胞和壁细胞 |
| 142 | 2024-08-08 |
Single-Cell Genomics-Based Molecular Algorithm for Early Cancer Detection
2022-02-08, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.1c04968
PMID:35077134
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研究论文 | 本文报道了一种基于单细胞基因组拷贝数变异特征的分子算法scCancerDx，用于确认体液中可疑细胞的恶性程度，从而实现早期癌症的确诊 | 提出了一种名为scCancerDx的分子算法，用于基于单细胞拷贝数变异特征确认细胞恶性程度，并验证了HK2作为识别不同体液中播散性肿瘤细胞的有效代谢功能相关标记 | 液体活检无法建立明确的癌症诊断，且单细胞测序的技术噪声和癌症细胞间的基因组变异增加了技术挑战 | 开发一种新的分子算法，用于早期癌症检测和确诊 | 体液中的可疑细胞和不同类型的癌症细胞 | 基因组学 | 膀胱癌 | 单细胞基因组学 | 分子算法 | 基因组数据 | 使用正常细胞和癌细胞系进行训练，并在临床样本中分离的单个肿瘤细胞上进行验证 |
| 143 | 2024-08-08 |
Reconstruction of dynamic regulatory networks reveals signaling-induced topology changes associated with germ layer specification
2022-02-08, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2021.12.018
PMID:35090587
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Epoch的工具，利用单细胞转录组学数据准确推断动态基因调控网络，并应用于小鼠胚胎干细胞的分化研究 | Epoch工具能够精确推断动态基因调控网络，揭示信号通路调控下的拓扑结构变化 | NA | 阐明转录因子与目标基因之间的调控关系，理解细胞如何控制其身份和行为 | 小鼠胚胎干细胞的分化过程及其与信号通路的相互作用 | 基因调控网络 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 144 | 2024-08-08 |
Multi-omic analysis reveals divergent molecular events in scarring and regenerative wound healing
2022-02-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.12.011
PMID:35077667
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研究论文 | 本文通过多组学分析揭示了皮肤伤口愈合过程中瘢痕形成和再生修复的不同分子事件 | 首次综合转录组、蛋白质组和组织水平的数据，揭示了伤口愈合的纤维化和再生分子轨迹，并确定了Trps1作为伤口再生的关键调控基因 | NA | 开发促进再生疗法，深入理解从损伤到纤维化或再生的分子进展 | 皮肤伤口细胞在瘢痕形成和再生修复中的分子事件 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、timsTOF蛋白质组学、细胞外基质超微结构分析 | NA | 转录组、蛋白质组、组织 | 具体样本数量未在摘要中明确 |
| 145 | 2024-08-08 |
LINEAGE: Label-free identification of endogenous informative single-cell mitochondrial RNA mutation for lineage analysis
2022-02-01, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2119767119
PMID:35086932
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研究论文 | 本文介绍了一种名为LINEAGE的计算算法，用于从无标签的单细胞线粒体RNA测序数据中识别内源性信息突变，以进行谱系分析 | LINEAGE算法通过特征子空间分离和低交叉熵子空间识别的标记选择策略，实现了无标签单细胞RNA测序数据的谱系推断 | NA | 开发一种用户友好的计算算法，用于从无标签的单细胞RNA测序数据中识别内源性谱系标记 | 单细胞线粒体RNA突变 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 146 | 2024-08-08 |
Human Nasal Epithelial Cells Sustain Persistent SARS-CoV-2 Infection In Vitro, despite Eliciting a Prolonged Antiviral Response
2022-02-22, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.03436-21
PMID:35038898
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研究论文 | 本研究使用人鼻上皮细胞模型探讨了SARS-CoV-2感染的长期动态，发现尽管细胞表现出长期的抗病毒反应，但仍能维持持续的病毒感染。 | 研究揭示了SARS-CoV-2在鼻上皮细胞中的持续感染机制，以及细胞内抗病毒反应的特征。 | 研究主要集中在体外模型，可能与体内实际情况存在差异。 | 探讨SARS-CoV-2在COVID-19患者中的长期感染动态及其机制。 | 人鼻上皮细胞（NEC）及其对SARS-CoV-2的长期感染反应。 | NA | COVID-19 | 单细胞转录组测序（sc-seq） | NA | 转录组数据 | 研究涉及不同时间点的鼻上皮细胞样本，包括3天和28天感染后。 |
| 147 | 2024-08-08 |
Multi-layered regulation of neuroectoderm differentiation by retinoic acid in a primitive streak-like context
2022-02-08, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2021.12.014
PMID:35063128
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研究论文 | 本文通过结合小鼠胚胎干细胞（mESCs）的体外重建过程和报告基因mESC系的敲除收集，研究了视黄酸（RA）在原条样背景下对神经外胚层分化的多层调控作用 | 发现了在缺乏RA合成酶Aldh1a2的情况下，一种先前未被识别的残留RA信号指定神经命运的现象，并揭示了RA降解酶Cyp26a1在保护原条样细胞免受神经诱导中的作用 | NA | 研究视黄酸在早期神经分化中的调控作用 | 小鼠胚胎干细胞（mESCs）和神经外胚层的分化 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 148 | 2024-08-08 |
CRISPR activation enables high-fidelity reprogramming into human pluripotent stem cells
2022-02-08, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2021.12.017
PMID:35063129
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研究论文 | 本文描述了一种使用优化CRISPR激活（CRISPRa）将人类体细胞高效重编程为诱导多能干细胞（iPSCs）的方法 | 通过CRISPRa激活内源性多能性因子，减少了重编程过程中的异质性，提高了重编程的效率和质量 | NA | 探索使用CRISPRa进行高质量人类细胞多能性重编程的方法 | 人类体细胞和诱导多能干细胞 | NA | NA | CRISPR激活（CRISPRa） | NA | 单细胞转录组 | 未具体说明样本数量 |
| 149 | 2024-08-08 |
Identification of a glioma functional network from gene fitness data using machine learning
2022-02, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.17182
PMID:35044082
|
研究论文 | 本研究利用机器学习算法，结合高通量CRISPR-Cas9筛选数据，构建了胶质瘤功能网络，并预测了可能的Wnt/β-catenin信号通路靶向基因 | 本研究首次系统地整合了高通量CRISPR-Cas9筛选数据与机器学习算法，构建了胶质瘤功能网络，并预测了新的潜在靶向基因 | NA | 旨在通过机器学习方法，从基因适应性数据中识别胶质瘤的功能网络，以发现新的生物标志物 | 胶质母细胞瘤（GBM）及其相关生物标志物 | 机器学习 | 脑肿瘤 | CRISPR-Cas9 | 机器学习算法 | 基因适应性数据 | NA |
| 150 | 2024-08-08 |
A muscle cell-macrophage axis involving matrix metalloproteinase 14 facilitates extracellular matrix remodeling with mechanical loading
2022-02, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202100182RR
PMID:35044708
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研究论文 | 研究揭示了肌肉细胞与巨噬细胞通过基质金属蛋白酶14（MMP14）轴促进机械负荷下的细胞外基质（ECM）重塑的机制 | 首次发现肌肉细胞通过白血病抑制因子（LIF）影响巨噬细胞行为，促进ECM重塑 | NA | 探讨机械负荷下肌肉组织适应性变化的分子机制 | 肌肉细胞、巨噬细胞及ECM重塑 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 包括老年人的大型队列及小鼠模型 |
| 151 | 2024-08-08 |
LOW VULNERABILITY OF THE POSTERIOR EYE SEGMENT TO SARS-COV-2 INFECTION: Chorioretinal SARS-CoV-2 Vulnerability
2022-02-01, Retina (Philadelphia, Pa.)
DOI:10.1097/IAE.0000000000003320
PMID:35050927
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研究论文 | 研究探讨了SARS-CoV-2病毒是否能直接感染后眼部组织，特别是视网膜和脉络膜细胞，并通过单细胞RNA测序数据分析了相关宿主因子基因的表达水平。 | 首次通过单细胞RNA测序数据分析了SARS-CoV-2进入宿主细胞的关键基因ACE2和TMPRSS2在后眼部组织的表达情况，揭示了后眼部组织对SARS-CoV-2感染的低易感性。 | 研究仅基于单细胞RNA测序数据，未进行直接的病毒感染实验，因此关于后眼部组织对SARS-CoV-2的实际感染能力仍需进一步验证。 | 探究SARS-CoV-2病毒是否能直接感染后眼部组织，并评估其对COVID-19患者眼部病变的可能影响。 | 视网膜和脉络膜细胞中的SARS-CoV-2宿主因子基因表达水平。 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 152 | 2024-08-08 |
IQGAP1-mediated mechanical signaling promotes the foreign body response to biomedical implants
2022-02, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202101354
PMID:35051300
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研究论文 | 本研究旨在进一步阐明介导生物医学植入物病理异物反应（FBR）的分子机制 | 识别了IQGAP1作为人类和小鼠FBR的关键分子介质，并发现IQGAP1缺陷小鼠的FBR显著降低 | NA | 探索减少病理FBR的分子靶点和机制 | 生物医学植入物的异物反应 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 组织样本 | 人类FBR样本和小鼠FBR模型 |
| 153 | 2024-08-08 |
Inhibition of ceramide accumulation in AdipoR1-/- mice increases photoreceptor survival and improves vision
2022-02-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.156301
PMID:35015730
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研究论文 | 研究显示，AdipoR1基因缺失的小鼠中，通过抑制神经酰胺积累可以增加视网膜光感受器的存活并改善视力 | 发现ADIPOR1编码的神经酰胺酶在视网膜中的重要作用，并通过药物治疗抑制神经酰胺生成，为ADIPOR1相关视网膜病变提供了一种治疗策略 | NA | 探讨AdipoR1基因缺失对视网膜光感受器的影响及可能的治疗方法 | AdipoR1基因缺失的小鼠及视网膜光感受器 | NA | 视网膜色素变性 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 154 | 2024-08-08 |
Inducing human retinal pigment epithelium-like cells from somatic tissue
2022-02-08, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2021.12.008
PMID:35030321
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研究论文 | 本文开发了一种快速重编程系统，从人纤维母细胞中稳定诱导出类似视网膜色素上皮细胞（iRPE），并进行了全面的单细胞RNA测序分析。 | 本文创新性地开发了一种快速重编程系统，通过条件性过表达广谱可塑性和谱系特异性转录因子，从人纤维母细胞中诱导出iRPE细胞。 | NA | 旨在开发一种成本效益高的方法，用于诱导人类视网膜色素上皮细胞，以用于再生医学和细胞疗法。 | 人类视网膜色素上皮细胞（RPE）和类似细胞（iRPE）。 | 再生医学 | 老年性黄斑变性（AMD） | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 155 | 2024-08-08 |
CD127 imprints functional heterogeneity to diversify monocyte responses in inflammatory diseases
2022-02-07, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20211191
PMID:35015026
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析，研究了COVID-19和类风湿性关节炎患者中的炎症单核细胞的功能多样性，发现CD127标记的单核细胞具有低炎症表型。 | 首次揭示了CD127在炎症单核细胞中的功能异质性，及其对IL-7信号传导的影响。 | NA | 研究炎症单核细胞的功能多样性及其在炎症性疾病中的作用。 | COVID-19和类风湿性关节炎患者的炎症单核细胞。 | NA | 炎症性疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 来自COVID-19和类风湿性关节炎患者的炎症单核细胞样本 |
| 156 | 2024-08-08 |
The transcription factor HIF-1α mediates plasticity of NKp46+ innate lymphoid cells in the gut
2022-02-07, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20210909
PMID:35024767
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研究论文 | 本文研究了转录因子HIF-1α在肠道中调节NKp46+先天淋巴细胞（ILCs）可塑性的作用 | 首次揭示了HIF-1α通过直接上调T-bet促进ILC1表型，从而影响ILC3向ILC1的转化 | 对HIFs在ILC表型和肠道稳态中的影响理解尚不充分 | 探讨HIF-1α在肠道先天淋巴细胞表型和肠道稳态中的作用 | 肠道中的NKp46+先天淋巴细胞（ILCs） | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型中的NKp46+ ILCs |
| 157 | 2024-08-08 |
NKG7 Is Required for Optimal Antitumor T-cell Immunity
2022-02, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-20-0649
PMID:35013002
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研究论文 | 本研究探讨了NKG7在肿瘤抗原特异性CD8 T细胞介导的抗肿瘤免疫中的作用 | 首次深入研究了NKG7在肿瘤免疫中的具体作用，特别是在新抗原介导的肿瘤排斥和免疫检查点阻断(ICB)免疫治疗中的作用 | 研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序数据，可能需要进一步的人体临床研究来验证结果 | 研究NKG7在抗肿瘤T细胞免疫中的作用及其对ICB治疗效果的影响 | NKG7在肿瘤免疫中的作用，特别是对CD8 T细胞和自然杀伤(NK)细胞的影响 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA | 包括转移性黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤样本以及NKG7缺陷小鼠和报告小鼠的肿瘤模型 |
| 158 | 2024-08-08 |
T cell characteristics associated with toxicity to immune checkpoint blockade in patients with melanoma
2022-02, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-021-01623-z
PMID:35027754
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研究论文 | 研究探讨了黑色素瘤患者在接受免疫检查点抑制剂治疗前后，循环中的T细胞特征与免疫相关不良事件（irAEs）之间的关系 | 首次发现激活的CD4记忆T细胞丰度和TCR多样性这两个预处理因素与严重irAE的发展相关，无论器官系统是否受累 | 研究样本量相对较小，且仅限于黑色素瘤患者 | 探究免疫检查点抑制剂治疗中，T细胞特征与免疫相关不良事件之间的关系 | 黑色素瘤患者的循环T细胞 | NA | 黑色素瘤 | 质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、单细胞V(D)J测序、批量RNA测序和批量T细胞受体（TCR）测序 | NA | 血液样本 | 93份治疗前和早期治疗血液样本，涉及27、26和18名患者的三组队列 |
| 159 | 2024-08-08 |
CellRank for directed single-cell fate mapping
2022-02, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-021-01346-6
PMID:35027767
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research paper | 本文介绍了一种名为CellRank的方法，用于在方向未知的多样化场景中进行单细胞命运映射，包括再生、重编程和疾病。 | CellRank结合了轨迹推断的鲁棒性和来自RNA速度的方向信息，考虑了细胞命运决定的渐进性和随机性，以及速度向量的不确定性。 | NA | 开发一种新的计算方法，用于在方向未知的生物过程中进行单细胞命运映射。 | 单细胞RNA测序实验中的细胞状态动态。 | digital pathology | NA | single-cell RNA sequencing | NA | RNA velocity | NA |
| 160 | 2024-08-08 |
Galectin-3 promotes the adipogenic differentiation of PDGFRα+ cells and ectopic fat formation in regenerating muscle
2022-02-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.199443
PMID:35029658
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研究论文 | 本文研究了Galectin-3在PDGFRα+细胞中的脂肪生成分化作用及其在肌肉再生中异位脂肪形成的影响 | 通过单细胞RNA测序和质谱分析，揭示了Galectin-3在肥胖相关IMAT形成中的作用及其分子机制 | NA | 探讨肥胖相关IMAT形成的分子机制及其在肌肉再生中的作用 | PDGFRα+细胞在肥胖和肌肉再生中的脂肪生成分化过程 | NA | 肥胖 | 单细胞RNA测序，质谱分析 | NA | RNA序列，蛋白质组数据 | 肥胖小鼠模型 |