单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-08-08	Executioner caspases 3 and 7 are dispensable for intestinal epithelium turnover and homeostasis at steady state 2022-02-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2024508119 PMID:35105800	research paper	本研究通过生成缺乏执行性半胱天冬酶-3和半胱天冬酶-7的肠上皮细胞特异性敲除小鼠，探讨了细胞凋亡在肠上皮细胞更新和稳态维持中的作用。	研究发现，在稳态条件下，细胞凋亡本身对于肠上皮细胞在肠绒毛顶端的更新并非必需，这一发现挑战了传统认为细胞凋亡对肠上皮细胞更新至关重要的观点。	研究仅限于小鼠模型，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现。	探讨细胞凋亡在肠上皮细胞更新和稳态维持中的作用。	肠上皮细胞特异性敲除小鼠。	NA	NA	转录组和单细胞RNA测序分析。	NA	转录组和单细胞RNA数据。	未明确提及样本数量。
122	2024-08-08	Convergent clonal selection of donor- and recipient-derived CMV-specific T cells in hematopoietic stem cell transplant patients 2022-02-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2117031119 PMID:35105810	研究论文	研究在非骨髓抑制性造血干细胞移植患者中，供体和受体来源的CMV特异性T细胞的克隆选择和竞争	首次在人类感染背景下评估T细胞竞争对CMV再激活的响应，并使用单细胞转录组学追踪供体和受体来源的T细胞克隆	研究仅限于特定的造血干细胞移植患者群体，且仅关注CMV再激活的情况	探讨T细胞竞争在人类CMV感染中的作用及其对T细胞响应的影响	非骨髓抑制性造血干细胞移植患者中的CMV特异性T细胞	免疫学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	90天的供体和受体来源的T细胞克隆数据
123	2024-08-08	Epigenetic state determines inflammatory sensing in neuroblastoma 2022-02-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2102358119 PMID:35121657	研究论文	研究探讨了神经母细胞瘤中炎症信号通路的响应情况，并发现表观遗传状态对炎症感知有决定性影响	发现神经母细胞瘤细胞系中表观遗传状态与对双链RNA的响应能力相关，为免疫治疗策略提供了新视角	NA	研究神经母细胞瘤中炎症信号通路及其与表观遗传状态的关系	神经母细胞瘤细胞系及其对炎症刺激的响应	数字病理学	儿童疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	20种不同的神经母细胞瘤细胞系
124	2024-08-08	Single-cell analysis of mouse uterus at the invasion phase of embryo implantation 2022-Feb-05, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-022-00749-y PMID:35123575	研究论文	本研究利用小鼠作为动物模型，生成了一份单细胞转录组图谱，揭示了胚胎植入期小鼠子宫的23个不同细胞集群	首次在小鼠子宫胚胎植入期的入侵阶段生成单细胞转录组图谱，并揭示了多种细胞类型的差异表达变化	NA	探究胚胎植入的分子机制	小鼠子宫在胚胎植入期的细胞类型和分子机制	NA	NA	单细胞转录组	NA	转录组数据	小鼠子宫在妊娠第6天的胚胎植入部位
125	2024-08-08	CRISPR activation and interference screens decode stimulation responses in primary human T cells 2022-02-04, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abj4008 PMID:35113687	研究论文	本文通过全基因组CRISPR激活（CRISPRa）和干扰（CRISPRi）筛选，在人原代T细胞中识别控制白细胞介素-2（IL-2）和干扰素-γ（IFN-γ）产生的基因网络	首次在人原代T细胞中进行全基因组CRISPRa和CRISPRi筛选，揭示了调控细胞因子产生的关键基因网络	NA	系统发现依赖刺激的细胞因子调控因子，以了解其在自身免疫、免疫缺陷和癌症中的作用	人原代T细胞中的细胞因子调控基因	免疫学	自身免疫病	CRISPR激活（CRISPRa）和干扰（CRISPRi）	NA	基因组数据	全基因组
126	2024-08-08	Novel insights from a multiomics dissection of the Hayflick limit 2022-02-04, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.70283 PMID:35119359	研究论文	本文通过多种组学技术重新研究了WI-38人肺成纤维细胞的复制性衰老过程	发现衰老状态的转变早期显现并逐渐增加，与核仁和核纤层相关域的DNA可及性全局增加相对应；揭示了衰老的WI-38细胞在基因表达上与肌成纤维细胞的相似性	NA	深入理解细胞复制性衰老的过程和机制	WI-38人肺成纤维细胞的复制性衰老	生物学	NA	RNA测序, 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 代谢组学, ATAC测序	NA	基因表达数据, 蛋白质数据, 代谢数据, DNA可及性数据	NA
127	2024-08-08	TNF antagonist sensitizes synovial fibroblasts to ferroptotic cell death in collagen-induced arthritis mouse models 2022-02-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-27948-4 PMID:35115492	研究论文	本研究利用胶原诱导的关节炎（CIA）小鼠模型，探讨了铁死亡诱导剂伊米他酮（IKE）和TNF拮抗剂依那西普联合使用对滑膜成纤维细胞铁死亡及关节炎进展的影响。	首次展示了TNF拮抗剂与铁死亡诱导剂联合使用在胶原诱导的关节炎小鼠模型中诱导滑膜成纤维细胞铁死亡并减缓关节炎进展的效果。	研究仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证其疗效和安全性。	探索铁死亡在类风湿性关节炎治疗中的潜在应用。	滑膜成纤维细胞及胶原诱导的关节炎小鼠模型。	NA	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
128	2024-08-08	Single cell RNA sequencing reveals differentiation related genes with drawing implications in predicting prognosis and immunotherapy response in gliomas 2022-02-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-05686-x PMID:35115572	研究论文	研究通过单细胞RNA测序技术识别与胶质瘤细胞分化相关的基因，用于预测患者的预后和免疫治疗反应	首次通过单细胞转录组学分析识别出胶质瘤细胞的三种分化状态及其相关基因，并构建了基于这些基因的预后模型和诺模图模型	研究仅限于胶质瘤患者，且样本量未具体说明，可能影响模型的泛化能力	旨在识别与胶质瘤细胞分化相关的基因，以预测患者的预后和免疫治疗反应	胶质瘤细胞的分化状态及其相关基因	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	诺模图模型	RNA序列数据	NA
129	2024-08-08	Lung cancer scRNA-seq and lipidomics reveal aberrant lipid metabolism for early-stage diagnosis 2022-02-02, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abk2756 PMID:35108060	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和脂质组学分析，揭示了早期肺癌中脂质代谢的异常，并开发了一种基于液相色谱-质谱法的检测方法，用于早期肺癌的诊断。	本文首次结合单细胞RNA测序和脂质组学技术，识别出与早期肺癌诊断相关的关键脂质标志物，并开发了一种高灵敏度和特异性的检测方法。	NA	开发一种新的血液检测方法，用于早期肺癌的诊断和大规模高风险人群的筛查。	早期肺癌患者的脂质代谢异常及其在诊断中的应用。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、脂质组学、液相色谱-质谱法	支持向量机算法	RNA序列、脂质组数据、质谱数据	探索性队列311名参与者，独立验证队列1036名参与者，前瞻性临床队列109名参与者
130	2024-08-08	NF-κB perturbation reveals unique immunomodulatory functions in Prx1+ fibroblasts that promote development of atopic dermatitis 2022-02-02, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abj0324 PMID:35108061	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了Prx1+成纤维细胞在NF-κB通路扰动下对特应性皮炎发展的独特免疫调节作用	发现Prx1+成纤维细胞在NF-κB通路扰动下能诱导皮肤炎症，这一发现为特应性皮炎的病理机制提供了新的见解	研究主要基于小鼠模型和人类特应性皮炎皮肤样本，未来需在更广泛的人群中验证这些发现	探讨NF-κB通路在特应性皮炎发展中的作用及其潜在的免疫调节机制	Prx1+成纤维细胞在NF-κB通路扰动下的免疫调节功能	数字病理学	特应性皮炎	单细胞RNA测序	随机森林	RNA测序数据	包括小鼠模型和人类特应性皮炎皮肤样本
131	2024-08-08	Prdm6 controls heart development by regulating neural crest cell differentiation and migration 2022-02-02, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.156046 PMID:35108221	研究论文	本文通过转录组分析和遗传命运图谱方法，揭示了Prdm6作为表观遗传修饰因子在调控心脏神经嵴细胞（CNCCs）分化和迁移中的关键作用	首次识别Prdm6作为调控CNCCs命运的决定因子，并揭示其通过调节CNCCs特异性基因网络影响心脏发育	研究主要基于转基因小鼠模型，可能需要进一步在其他模型或人类样本中验证	探讨Prdm6在心脏神经嵴细胞分化和迁移中的分子机制及其在先天性心脏病治疗中的潜在应用	Prdm6基因在心脏神经嵴细胞分化和迁移中的作用及其调控的基因网络	NA	先天性心脏病	转录组分析, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	转基因小鼠样本
132	2024-08-08	Spatial maps of hepatocellular carcinoma transcriptomes highlight an unexplored landscape of heterogeneity and a novel gene signature for survival 2022-Feb-02, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-021-02430-9 PMID:35109839	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析了肝细胞癌肿瘤及其邻近非肿瘤组织的基因表达异质性，并构建了一个新的6基因标志物模型用于肝细胞癌的预后预测	本研究首次利用空间转录组学技术揭示了肝细胞癌的基因表达异质性，并构建了一个新的6基因标志物模型，为肝细胞癌的预后预测提供了新的工具	本研究主要依赖于空间转录组学技术，可能存在技术本身的局限性；此外，研究结果需要在更大规模和更多样化的患者群体中进行验证	揭示肝细胞癌的基因表达异质性，并开发新的预后预测工具	肝细胞癌肿瘤及其邻近非肿瘤组织的基因表达	数字病理学	肝细胞癌	空间转录组学	NA	基因表达数据	近10,820个组织区域
133	2024-08-08	Cyclic multiplex fluorescent immunohistochemistry and machine learning reveal distinct states of astrocytes and microglia in normal aging and Alzheimer's disease 2022-Feb-02, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-022-02383-4 PMID:35109872	研究论文	本文开发了一种循环多重荧光免疫组织化学方法，结合机器学习，对阿尔茨海默病（AD）患者死后人脑中的星形胶质细胞和微胶质细胞进行形态学定量表征，并分析它们与斑块和缠结的空间关系。	本文创新性地结合了循环多重荧光免疫组织化学和机器学习方法，揭示了星形胶质细胞和微胶质细胞的三种不同表型，并扩展了传统的“稳态与反应性”二分类。	NA	研究目的是深入理解胶质细胞反应的复杂性和异质性，并为转录组学研究提供信息。	研究对象是阿尔茨海默病患者死后人脑中的星形胶质细胞和微胶质细胞。	数字病理学	阿尔茨海默病	循环多重荧光免疫组织化学	卷积神经网络	图像	5172个ALDH1L1+星形胶质细胞和6226个IBA1+微胶质细胞
134	2024-08-08	Time-resolved single-cell sequencing identifies multiple waves of mRNA decay during the mitosis-to-G1 phase transition 2022-02-01, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.71356 PMID:35103592	研究论文	研究揭示了在人类细胞从有丝分裂到G1期过渡期间，通过广泛且时间控制的mRNA降解作为基因表达调控的额外机制	发现了在细胞周期中，mRNA降解作为基因表达调控的新机制，并识别了参与此过程的deadenylase CNOT1	NA	探讨细胞周期中基因表达调控的新机制	人类细胞中的mRNA降解及其在细胞周期中的作用	分子生物学	NA	单细胞测序	NA	mRNA	未具体说明样本数量
135	2024-08-08	Diagnostic Evidence GAuge of Single cells (DEGAS): a flexible deep transfer learning framework for prioritizing cells in relation to disease 2022-02-01, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01012-2 PMID:35105355	研究论文	提出了一种名为DEGAS的深度迁移学习框架，用于将疾病信息从患者转移到单个细胞	DEGAS框架能够将疾病信息（称为“印象”）转移到单个细胞，使细胞与疾病属性如诊断、预后和治疗反应相关联	NA	开发一种新的深度迁移学习框架，用于优先考虑与疾病相关的细胞	单细胞和患者大量组织转录组数据	机器学习	NA	深度迁移学习	深度学习框架	转录组数据	使用模拟数据和来自胶质母细胞瘤、阿尔茨海默病和多发性骨髓瘤的十个不同单细胞和患者大量组织转录组数据集
136	2024-08-08	PD-1 blockade therapy promotes infiltration of tumor-attacking exhausted T cell clonotypes 2022-02-01, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110331 PMID:35108529	研究论文	本文通过单细胞测序技术研究了PD-1阻断疗法对肿瘤微环境中肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）的影响，特别是对具有耗竭表型的T细胞克隆型的影响	首次展示了PD-1阻断疗法能够促进肿瘤微环境中非预存的肿瘤特异性T细胞克隆型的出现，这些克隆型主要来源于肿瘤引流淋巴结	NA	研究PD-1阻断疗法如何影响肿瘤微环境中的T细胞克隆型，特别是具有耗竭表型的T细胞	肿瘤微环境中的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）和肿瘤特异性T细胞克隆型	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	细胞	具体样本数量未在摘要中明确
137	2024-08-08	Diversity of satellite glia in sympathetic and sensory ganglia 2022-02-01, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110328 PMID:35108545	research paper	本研究利用单细胞RNA测序分析，识别了交感神经和感觉神经节中五种不同的卫星胶质细胞群体	首次揭示了交感神经和感觉神经节中卫星胶质细胞的分子多样性及其在免疫反应、早期基因反应和离子通道/细胞外基质相互作用中的富集情况	NA	探究交感神经和感觉神经节中卫星胶质细胞的分子多样性	交感神经和感觉神经节中的卫星胶质细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
138	2024-08-08	Single-cell transcriptomics reveals a low CD8+ T cell infiltrating state mediated by fibroblasts in recurrent renal cell carcinoma 2022-02, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2021-004206 PMID:35121646	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术揭示了复发性肾细胞癌中由成纤维细胞介导的低CD8+ T细胞浸润状态	首次在复发性肾细胞癌中应用单细胞转录组学技术，揭示了成纤维细胞通过Gal1抑制CD8+ T细胞的新机制	NA	探索复发性肾细胞癌与原发性肾细胞癌在肿瘤微环境和基因表达模式上的差异	复发性肾细胞癌和原发性肾细胞癌的肿瘤微环境及基因表达模式	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	32,073个细胞来自2个原发性肾细胞癌、2个复发性肾细胞癌和3个邻近正常肾样本，以及41对原发性肾细胞癌和复发性肾细胞癌样本作为验证队列
139	2024-08-08	Single-cell Transcriptomic Analysis Reveals the Cellular Heterogeneity of Mesenchymal Stem Cells 2022-02, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2022.01.005 PMID:35123072	研究论文	通过单细胞RNA测序分析骨髓和脐带华通胶来源的61,296个间充质干细胞，揭示了五个不同的亚群及其发育轨迹	首次揭示了间充质干细胞的五个不同亚群及其从干细胞样活跃增殖细胞到多能祖细胞的分化路径，并发现了具有自我更新和免疫调节潜力的亚群	NA	揭示间充质干细胞的细胞异质性及其功能	间充质干细胞的亚群及其功能	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	61,296个间充质干细胞
140	2024-08-08	Evidence for Multiple Subpopulations of Herpesvirus-Latently Infected Cells 2022-02-22, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.03473-21 PMID:35089062	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了卡波西肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）潜伏感染的初级渗出性淋巴瘤（PEL）细胞中的多个亚群	首次在单细胞水平上探讨了KSHV潜伏感染的PEL细胞的异质性，并揭示了新的干预靶点	NA	研究KSHV潜伏感染细胞的异质性及其与宿主细胞转录的关系	卡波西肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）潜伏感染的初级渗出性淋巴瘤（PEL）细胞	NA	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	单个细胞