单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 226 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 81 | 2024-08-08 |
Longitudinal single-cell RNA-seq analysis reveals stress-promoted chemoresistance in metastatic ovarian cancer
2022-02-25, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abm1831
PMID:35196078
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研究论文 | 本文通过纵向单细胞RNA测序分析，揭示了转移性卵巢癌中化疗诱导的压力促进的化学抗性 | 开发了一种新的分析方法PRIMUS，用于去除患者特异性信号，并发现了化疗期间压力相关细胞状态的持续增加 | NA | 旨在表征高级别浆液性卵巢癌中的化疗抗性过程 | 化疗前后采集的组织样本及其单细胞转录组特征 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 化疗前后采集的多个组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 82 | 2024-08-08 |
Signature-scoring methods developed for bulk samples are not adequate for cancer single-cell RNA sequencing data
2022-02-25, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.71994
PMID:35212622
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研究论文 | 本文通过比较五种基因表达签名评分方法在单细胞RNA测序数据中的表现，发现基于批量样本的方法在单细胞数据分析中存在偏差 | 本文开发了一种新的方法JASMINE，并展示了单细胞数据分析中应谨慎使用基于批量样本的方法 | 本文仅以癌症为例，未涵盖所有类型的单细胞RNA测序数据 | 评估和比较不同基因表达签名评分方法在单细胞RNA测序数据中的适用性 | 五种基因表达签名评分方法在单细胞RNA测序数据中的表现 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 83 | 2024-08-08 |
Single-cell analysis of skin immune cells reveals an Angptl4-ifi20b axis that regulates monocyte differentiation during wound healing
2022-02-24, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-022-04638-7
PMID:35210411
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研究论文 | 本文通过流式细胞术和单细胞RNA测序研究了Angptl4在伤口愈合中对免疫细胞的影响，揭示了Angptl4-ifi20b轴调控单核细胞分化的机制 | 发现了Angptl4通过调节ifi202b表达来调控单核细胞向巨噬细胞的分化，进而影响伤口愈合过程中的炎症反应 | NA | 探究Angptl4在伤口愈合中对免疫细胞响应的具体作用 | 皮肤免疫细胞在伤口愈合过程中的变化 | 数字病理学 | NA | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | Angptl4和Angptl4小鼠的切除伤口样本 | NA | NA | NA | NA |
| 84 | 2024-08-08 |
Single-cell profiling of human subventricular zone progenitors identifies SFRP1 as a target to re-activate progenitors
2022-02-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-28626-9
PMID:35210419
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，从老年人的侧脑室下区分离出CD271前体细胞，揭示了这些前体细胞的身份为晚期少突胶质细胞前体细胞，并发现Wnt通路拮抗剂SFRP1可能是促进这些前体细胞静止状态的信号。 | 本研究首次识别出老年人的侧脑室下区前体细胞为晚期少突胶质细胞前体细胞，并发现SFRP1可能是维持这些前体细胞静止状态的关键因素。 | NA | 探索成人侧脑室下区前体细胞的静止状态机制及潜在的激活靶点。 | 老年人的侧脑室下区前体细胞。 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 85 | 2024-08-08 |
Hydrop enables droplet-based single-cell ATAC-seq and single-cell RNA-seq using dissolvable hydrogel beads
2022-02-23, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.73971
PMID:35195064
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研究论文 | 本文介绍了一种名为HyDrop的灵活且开源的液滴微流控平台，该平台能够进行基于液滴的单细胞ATAC-seq和单细胞RNA-seq，使用可溶解的水凝胶珠 | HyDrop平台通过使用可溶解的水凝胶珠，显著提高了基于液滴的单细胞测序技术的通量和灵敏度，并且成本较低 | NA | 开发一种新的微流控平台，以提高单细胞测序技术的规模、降低成本，并为更专业的多组学检测铺平道路 | 单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq技术 | 生物技术 | NA | 液滴微流控技术 | NA | 单细胞转录组数据 | 在小鼠大脑皮质样本中，使用HyDrop-ATAC生成了7996个高质量的单细胞染色质可及性数据，使用HyDrop-RNA生成了9508个单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 86 | 2024-08-08 |
Survival Genie, a web platform for survival analysis across pediatric and adult cancers
2022-02-23, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-06841-0
PMID:35197510
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研究论文 | 开发了一个名为Survival Genie的网络工具，用于在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和其他分子输入上进行生存分析 | Survival Genie是首个能够基于通路、基因集和基因比率进行分析，并评估细胞类型富集与癌症生存之间关联的生物信息学在线工具 | NA | 开发一个全面的工具，用于关联基因集、通路、细胞富集和单细胞特征与临床结果，以辅助开发下一代预后和治疗生物标志物 | 单细胞RNA测序数据和其他分子输入，包括基因集、基因比率、肿瘤浸润免疫细胞比例、基因表达谱分数和肿瘤突变负担 | 数字病理学 | 癌症 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 包含来自11个不同癌症项目的27种不同恶性肿瘤的53个数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 87 | 2024-08-08 |
BCL-2 expression promotes immunosuppression in chronic lymphocytic leukemia by enhancing regulatory T cell differentiation and cytotoxic T cell exhaustion
2022-02-22, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-022-01516-w
PMID:35193595
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研究论文 | 本文研究了BCL-2在慢性淋巴细胞白血病（CLL）肿瘤微环境中对T细胞的调控作用 | 首次探讨了BCL-2在CLL患者T细胞中的作用，特别是在调节性T细胞（Treg）和细胞毒性T淋巴细胞（CTL）的耗竭中的作用 | NA | 研究BCL-2在CLL患者T细胞中的表达及其对免疫抑制的影响 | CLL患者的T细胞 | NA | 慢性淋巴细胞白血病 | 流式细胞术，单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 266名CLL患者的T细胞样本，70名CLL患者的外周T细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 88 | 2024-08-08 |
Effects of hyperinsulinemia on pancreatic cancer development and the immune microenvironment revealed through single-cell transcriptomics
2022-Feb-21, Cancer & metabolism
IF:6.0Q1
DOI:10.1186/s40170-022-00282-z
PMID:35189981
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学研究了高胰岛素血症对胰腺癌发展和免疫微环境的影响 | 首次通过单细胞转录组学分析了高胰岛素血症对胰腺癌发展的分子和细胞机制 | 仅测试了啮齿动物特异性Ins1等位基因的基因剂量，未深入探讨其他可能的机制 | 研究高胰岛素血症对胰腺癌发展的影响及其分子和细胞机制 | 胰腺癌前病变PanIN和胰腺的免疫细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 包括雄性和雌性的Ptf1aCreER;KrasLSL-G12D;Ins1-/-小鼠，以及具有不同Ins2基因剂量的对照组和实验组小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 89 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptome and Network Analyses Unveil Key Transcription Factors Regulating Mesophyll Cell Development in Maize
2022-02-20, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes13020374
PMID:35205426
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和基因调控网络分析，揭示了调控玉米叶肉细胞发育的关键转录因子 | 首次通过单细胞RNA测序和基因调控网络分析，揭示了玉米叶肉细胞发育过程中不同阶段高表达的转录因子家族及其调控网络 | NA | 揭示调控玉米叶肉细胞发育的关键转录因子及其作用机制 | 玉米叶肉细胞的发育调控机制 | 基因调控 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), ChIP-seq, Hi-C | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 90 | 2024-08-08 |
A Two-Part Mixed Model for Differential Expression Analysis in Single-Cell High-Throughput Gene Expression Data
2022-02-18, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes13020377
PMID:35205420
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研究论文 | 本文提出了一种两部分混合模型，用于分析单细胞高通量基因表达数据的差异表达 | 本文提出的两部分混合模型能够充分考虑单细胞表达数据的特点，并提供调整协变量的灵活性 | NA | 研究单细胞高通量基因表达数据的差异表达分析 | 单细胞RNA测序和单细胞逆转录定量实时PCR技术生成的高通量基因表达数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞逆转录定量实时PCR（scRT-qPCR） | 两部分混合模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 91 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA-Seq Analysis of Olfactory Mucosal Cells of Alzheimer's Disease Patients
2022-02-15, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells11040676
PMID:35203328
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了阿尔茨海默病患者嗅黏膜细胞的基因表达差异 | 首次详细描述了阿尔茨海默病患者嗅黏膜细胞的细胞类型特异性基因表达模式，并揭示了240个与疾病相关的差异表达基因 | NA | 评估认知健康个体与阿尔茨海默病患者嗅黏膜的差异 | 阿尔茨海默病患者的嗅黏膜细胞 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 五个不同的细胞群体 | NA | NA | NA | NA |
| 92 | 2024-08-08 |
IMGG: Integrating Multiple Single-Cell Datasets through Connected Graphs and Generative Adversarial Networks
2022-Feb-14, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms23042082
PMID:35216199
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研究论文 | 本文提出了一种名为IMGG的新框架，通过连接图和生成对抗网络（GAN）整合多个单细胞数据集，以消除不同批次间的非生物学差异 | IMGG框架能够充分利用多个数据源的有用信息，相较于现有方法，在多种评估指标上表现出色 | NA | 消除单细胞RNA测序数据集在不同实验条件下生成的批次特定差异，以便进行下游任务分析 | 单细胞RNA测序数据集的批次校正 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 生成对抗网络（GAN） | 单细胞数据 | 多个批次的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 93 | 2024-08-08 |
Effect of imputation on gene network reconstruction from single-cell RNA-seq data
2022-Feb-11, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2021.100414
PMID:35199064
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研究论文 | 本文研究了插补方法对从单细胞RNA测序数据中重建基因调控网络的影响 | 本文评估了插补前后重建网络性能和结构的差异，并提出了在适度范围内推荐的算法组合 | 插补可能导致基因-基因相关性的膨胀，影响预测的网络结构，并可能降低网络重建的性能 | 研究插补方法对基因调控网络重建的影响 | 单细胞RNA测序数据中的基因调控网络重建 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 94 | 2024-08-08 |
[Cell heterogeneity of laryngeal carcinoma and evolution trajectory of epithelial cells]
2022-Feb-07, Zhonghua er bi yan hou tou jing wai ke za zhi = Chinese journal of otorhinolaryngology head and neck surgery
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析喉癌及转移淋巴结中的细胞亚群分类与功能，并探索上皮细胞向肿瘤细胞的演化轨迹 | 首次通过单细胞RNA测序揭示喉癌组织及转移淋巴结中细胞多样性及其功能，并识别出关键的过渡细胞亚群C0 | 研究样本仅限于男性患者，且样本量相对较小 | 分析喉癌及转移淋巴结中细胞亚群的分类与功能，探索上皮细胞向肿瘤细胞的演化轨迹 | 喉癌组织、转移淋巴结及正常组织中的细胞亚群 | 数字病理学 | 喉癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 5例喉癌组织，匹配的转移淋巴结及3例正常组织，共66,969个高质量细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 95 | 2024-08-08 |
Deciphering the endometrial niche of human thin endometrium at single-cell resolution
2022-02-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2115912119
PMID:35169075
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研究论文 | 本研究通过单细胞分辨率分析人类薄子宫内膜细胞的转录组，以揭示正常和薄子宫内膜在增殖期的细胞类型、相互作用及其生长机制 | 首次在单细胞水平上详细描述了薄子宫内膜中细胞类型及其相互作用，并揭示了导致子宫内膜生长不足的信号通路异常 | NA | 探讨薄子宫内膜的发病机制，并为治疗提供新的策略 | 人类薄子宫内膜细胞及其在增殖期的转录组 | NA | 不孕症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 96 | 2024-08-08 |
Application of ATAC-Seq for genome-wide analysis of the chromatin state at single myofiber resolution
2022-02-21, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.72792
PMID:35188098
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研究论文 | 本文首次应用单肌纤维ATAC-Seq技术，对单个肌纤维进行深度测序，以研究不同生理和疾病条件下染色质可及性的变化 | 首次实现单肌纤维ATAC-Seq，允许对单个肌纤维进行足够深度的测序，以便进行峰识别和不同生物条件下染色质可及性的比较分析 | 由于骨骼肌的异质性，单独研究肌纤维是一个挑战 | 探索不同条件下骨骼肌中染色质改变的发生机制 | 肌纤维的转录和表观遗传特性 | 数字病理学 | 肌肉萎缩疾病 | ATAC-Seq | NA | 基因组数据 | 涉及休息和再生肌纤维，以及杜氏肌营养不良（mdx）小鼠模型和野生型（WT）肌纤维的比较 | NA | NA | NA | NA |
| 97 | 2024-08-08 |
Revealing potential anti-fibrotic mechanism of Ganxianfang formula based on RNA sequence
2022-Feb-18, Chinese medicine
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s13020-022-00579-7
PMID:35180857
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研究论文 | 本研究探讨了甘仙方（GXF）配方对CCl4诱导的肝纤维化大鼠的分子机制 | 通过整合肝组织RNA测序（RNA-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，揭示了GXF通过调节多种信号通路抑制肝纤维化的机制 | NA | 探索GXF对CCl4诱导的肝纤维化大鼠的分子机制 | GXF配方对CCl4诱导的肝纤维化大鼠的影响 | 中医药 | 肝纤维化 | RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA序列 | 肝纤维化大鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 98 | 2024-08-08 |
Integrating single-cell sequencing data with GWAS summary statistics reveals CD16+monocytes and memory CD8+T cells involved in severe COVID-19
2022-02-17, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01021-1
PMID:35172892
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研究论文 | 本文通过整合单细胞测序数据与全基因组关联研究（GWAS）的汇总统计数据，揭示了CD16+单核细胞和记忆性CD8+T细胞在严重COVID-19中的作用 | 发现了34个与严重COVID-19显著相关的风险基因，并观察到随着COVID-19严重程度的增加，高表达基因的数量增加 | NA | 理解宿主遗传结构和病毒免疫，以开发有效的疫苗和治疗方法来控制COVID-19大流行 | 严重COVID-19患者的免疫细胞亚群及其遗传因素的影响 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组数据 | 969,689个样本的GWAS汇总统计数据和606,534个细胞的scRNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA |
| 99 | 2024-08-08 |
Transcriptional heterogeneity of ventricular zone cells in the ganglionic eminences of the mouse forebrain
2022-02-17, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.71864
PMID:35175194
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，研究了小鼠前脑神经节隆起（GEs）的室管膜区（VZ）和侧室管膜区（SVZ）中神经前体细胞的转录异质性 | 揭示了VZ细胞在空间和时间上的遗传多样性，这是之前未被报道的 | NA | 研究VZ细胞的转录异质性，以增进对前脑细胞命运初始决策的理解 | 小鼠前脑神经节隆起（GEs）的室管膜区（VZ）和侧室管膜区（SVZ）中的神经前体细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了转基因小鼠系来富集VZ细胞，具体样本数量未明确 | NA | NA | NA | NA |
| 100 | 2024-08-08 |
The jam session between muscle stem cells and the extracellular matrix in the tissue microenvironment
2022-Feb-17, NPJ Regenerative medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41536-022-00204-z
PMID:35177651
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综述 | 本文综述了肌肉干细胞（MuSC）与细胞外基质（ECM）在组织微环境中的相互作用及其对肌肉维护和修复的重要性 | 近期研究发现提高了我们对骨骼肌ECM组成的认识，有助于模拟干细胞微环境的结构并增强MuSC的再生能力 | 仍需进一步了解微环境中的外在信号对MuSC功能的调控以及创新技术，以开发新的肌肉修复疗法 | 探讨ECM蛋白及其突变或失调如何影响年轻和老年肌肉组织或导致疾病，并提高肌肉修复能力 | 肌肉干细胞（MuSC）及其微环境中的细胞外基质（ECM）蛋白 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |