单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-08-08	IMGG: Integrating Multiple Single-Cell Datasets through Connected Graphs and Generative Adversarial Networks 2022-Feb-14, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23042082 PMID:35216199	研究论文	本文提出了一种名为IMGG的新框架，通过连接图和生成对抗网络（GAN）整合多个单细胞数据集，以消除不同批次间的非生物学差异	IMGG框架能够充分利用多个数据源的有用信息，相较于现有方法，在多种评估指标上表现出色	NA	消除单细胞RNA测序数据集在不同实验条件下生成的批次特定差异，以便进行下游任务分析	单细胞RNA测序数据集的批次校正	机器学习	NA	单细胞RNA测序	生成对抗网络（GAN）	单细胞数据	多个批次的数据集
82	2024-08-08	Effect of imputation on gene network reconstruction from single-cell RNA-seq data 2022-Feb-11, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2021.100414 PMID:35199064	研究论文	本文研究了插补方法对从单细胞RNA测序数据中重建基因调控网络的影响	本文评估了插补前后重建网络性能和结构的差异，并提出了在适度范围内推荐的算法组合	插补可能导致基因-基因相关性的膨胀，影响预测的网络结构，并可能降低网络重建的性能	研究插补方法对基因调控网络重建的影响	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络重建	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
83	2024-08-08	Discordant Genome Assemblies Drastically Alter the Interpretation of Single-Cell RNA Sequencing Data Which Can Be Mitigated by a Novel Integration Method 2022-02-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11040608 PMID:35203259	研究论文	本研究探讨了不同基因组组装版本对单细胞RNA测序数据解释的影响，并提出了一种新的数据整合方法来缓解这一问题	提出了一种新的数据整合方法，允许研究者同时使用所有可用的基因组组装版本，从而提高细胞类型识别的准确性和数据提取量	研究仅限于特定的单细胞RNA测序数据集，可能需要进一步验证在其他数据集上的适用性	探讨基因组组装对单细胞RNA测序数据解释的影响，并提出解决方案	单细胞RNA测序数据及其在不同基因组组装版本下的解释	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因组数据	特定单细胞样本
84	2024-08-08	[Cell heterogeneity of laryngeal carcinoma and evolution trajectory of epithelial cells] 2022-Feb-07, Zhonghua er bi yan hou tou jing wai ke za zhi = Chinese journal of otorhinolaryngology head and neck surgery DOI:10.3760/cma.j.cn115330-20211217-00805 PMID:35196760	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析喉癌及转移淋巴结中的细胞亚群分类与功能，并探索上皮细胞向肿瘤细胞的演化轨迹	首次通过单细胞RNA测序揭示喉癌组织及转移淋巴结中细胞多样性及其功能，并识别出关键的过渡细胞亚群C0	研究样本仅限于男性患者，且样本量相对较小	分析喉癌及转移淋巴结中细胞亚群的分类与功能，探索上皮细胞向肿瘤细胞的演化轨迹	喉癌组织、转移淋巴结及正常组织中的细胞亚群	数字病理学	喉癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	5例喉癌组织，匹配的转移淋巴结及3例正常组织，共66,969个高质量细胞
85	2024-08-08	Deciphering the endometrial niche of human thin endometrium at single-cell resolution 2022-02-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2115912119 PMID:35169075	研究论文	本研究通过单细胞分辨率分析人类薄子宫内膜细胞的转录组，以揭示正常和薄子宫内膜在增殖期的细胞类型、相互作用及其生长机制	首次在单细胞水平上详细描述了薄子宫内膜中细胞类型及其相互作用，并揭示了导致子宫内膜生长不足的信号通路异常	NA	探讨薄子宫内膜的发病机制，并为治疗提供新的策略	人类薄子宫内膜细胞及其在增殖期的转录组	NA	不孕症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
86	2024-08-08	Application of ATAC-Seq for genome-wide analysis of the chromatin state at single myofiber resolution 2022-02-21, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.72792 PMID:35188098	研究论文	本文首次应用单肌纤维ATAC-Seq技术，对单个肌纤维进行深度测序，以研究不同生理和疾病条件下染色质可及性的变化	首次实现单肌纤维ATAC-Seq，允许对单个肌纤维进行足够深度的测序，以便进行峰识别和不同生物条件下染色质可及性的比较分析	由于骨骼肌的异质性，单独研究肌纤维是一个挑战	探索不同条件下骨骼肌中染色质改变的发生机制	肌纤维的转录和表观遗传特性	数字病理学	肌肉萎缩疾病	ATAC-Seq	NA	基因组数据	涉及休息和再生肌纤维，以及杜氏肌营养不良（mdx）小鼠模型和野生型（WT）肌纤维的比较
87	2024-08-08	Single-cell resolution of MET- and EMT-like programs in osteoblasts during zebrafish fin regeneration 2022-Feb-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.103784 PMID:35169687	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨斑马鱼尾鳍再生过程中成骨细胞的转录程序	首次在单细胞分辨率下揭示了斑马鱼尾鳍再生过程中成骨细胞中与上皮-间质转化（EMT）及其逆转（MET）相关的成分	NA	阐明斑马鱼尾鳍再生过程中成骨细胞的转录程序	斑马鱼尾鳍再生过程中的成骨细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
88	2024-08-08	Revealing potential anti-fibrotic mechanism of Ganxianfang formula based on RNA sequence 2022-Feb-18, Chinese medicine IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s13020-022-00579-7 PMID:35180857	研究论文	本研究探讨了甘仙方（GXF）配方对CCl4诱导的肝纤维化大鼠的分子机制	通过整合肝组织RNA测序（RNA-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，揭示了GXF通过调节多种信号通路抑制肝纤维化的机制	NA	探索GXF对CCl4诱导的肝纤维化大鼠的分子机制	GXF配方对CCl4诱导的肝纤维化大鼠的影响	中医药	肝纤维化	RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA序列	肝纤维化大鼠模型
89	2024-08-08	PLCG2 is associated with the inflammatory response and is induced by amyloid plaques in Alzheimer's disease 2022-02-18, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01022-0 PMID:35180881	研究论文	本研究探讨了磷脂酶Cγ2（PLCG2）在阿尔茨海默病（AD）中的表达及其与炎症反应和淀粉样斑块的关系	首次详细分析了PLCG2在AD中的表达与淀粉样斑块密度及微胶质细胞标记物表达水平的关系，并通过单细胞RNA测序数据分析了PLCG2在微胶质细胞中的共表达网络	研究主要基于RNA测序数据和动物模型，需要进一步的人体临床试验验证	探讨PLCG2在AD病理生理中的作用及其作为AD治疗潜在靶点的可能性	PLCG2在AD患者大脑中的表达及其与淀粉样斑块和微胶质细胞的关系	神经科学	阿尔茨海默病	RNA测序	NA	RNA测序数据	1249个样本来自AD患者大脑，以及5xFAD小鼠模型
90	2024-08-08	Integrating single-cell sequencing data with GWAS summary statistics reveals CD16+monocytes and memory CD8+T cells involved in severe COVID-19 2022-02-17, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01021-1 PMID:35172892	研究论文	本文通过整合单细胞测序数据与全基因组关联研究（GWAS）的汇总统计数据，揭示了CD16+单核细胞和记忆性CD8+T细胞在严重COVID-19中的作用	发现了34个与严重COVID-19显著相关的风险基因，并观察到随着COVID-19严重程度的增加，高表达基因的数量增加	NA	理解宿主遗传结构和病毒免疫，以开发有效的疫苗和治疗方法来控制COVID-19大流行	严重COVID-19患者的免疫细胞亚群及其遗传因素的影响	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据	969,689个样本的GWAS汇总统计数据和606,534个细胞的scRNA-seq数据
91	2024-08-08	Transcriptional heterogeneity of ventricular zone cells in the ganglionic eminences of the mouse forebrain 2022-02-17, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.71864 PMID:35175194	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了小鼠前脑神经节隆起（GEs）的室管膜区（VZ）和侧室管膜区（SVZ）中神经前体细胞的转录异质性	揭示了VZ细胞在空间和时间上的遗传多样性，这是之前未被报道的	NA	研究VZ细胞的转录异质性，以增进对前脑细胞命运初始决策的理解	小鼠前脑神经节隆起（GEs）的室管膜区（VZ）和侧室管膜区（SVZ）中的神经前体细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了转基因小鼠系来富集VZ细胞，具体样本数量未明确
92	2024-08-08	The jam session between muscle stem cells and the extracellular matrix in the tissue microenvironment 2022-Feb-17, NPJ Regenerative medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41536-022-00204-z PMID:35177651	综述	本文综述了肌肉干细胞（MuSC）与细胞外基质（ECM）在组织微环境中的相互作用及其对肌肉维护和修复的重要性	近期研究发现提高了我们对骨骼肌ECM组成的认识，有助于模拟干细胞微环境的结构并增强MuSC的再生能力	仍需进一步了解微环境中的外在信号对MuSC功能的调控以及创新技术，以开发新的肌肉修复疗法	探讨ECM蛋白及其突变或失调如何影响年轻和老年肌肉组织或导致疾病，并提高肌肉修复能力	肌肉干细胞（MuSC）及其微环境中的细胞外基质（ECM）蛋白	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
93	2024-08-08	A novel method for single-cell data imputation using subspace regression 2022-02-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-06500-4 PMID:35177662	研究论文	本文开发了一种名为scISR的新型插补方法，用于恢复scRNA-seq数据中的缺失值（dropout）	scISR方法通过假设检验技术识别受dropout事件影响最大的零值条目，并使用子空间回归模型估计这些dropout值	NA	克服单细胞RNA测序数据中由于mRNA材料低捕获导致的表达值缺失问题	scRNA-seq数据中的dropout值	生物化学	NA	scRNA-seq	子空间回归模型	scRNA-seq数据	25个公开可用的scRNA-seq数据集
94	2024-08-08	Spatial transcriptomics of dorsal root ganglia identifies molecular signatures of human nociceptors 2022-02-16, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abj8186 PMID:35171654	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析了人背根神经节中的伤害感受器分子特征	首次在人类伤害感受器中应用空间转录组学技术，识别了多种感觉神经元亚型及其转录组特征，并发现了性别差异	研究样本仅来自八名器官捐赠者，可能影响结果的普遍性	旨在识别人类伤害感受器的转录组特征，比较物种差异，并寻找潜在的药物靶点	人类背根神经节中的伤害感受器	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	八名器官捐赠者的背根神经节单个神经元
95	2024-08-08	Erythropoietin directly remodels the clonal composition of murine hematopoietic multipotent progenitor cells 2022-02-15, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.66922 PMID:35166672	研究论文	研究探讨了促红细胞生成素（EPO）对小鼠造血多能祖细胞克隆组成的直接影响	首次通过细胞条形码技术追踪了EPO处理后的小鼠造血干细胞和祖细胞在不同造血细胞系中的分化情况，并发现EPO能直接作用于多能祖细胞，改变其克隆组成	NA	探究EPO对造血干细胞和祖细胞的直接影响及其对细胞命运的调控机制	小鼠造血干细胞和祖细胞	NA	NA	细胞条形码技术，单细胞RNA测序	NA	细胞	数百个单个小鼠造血干细胞和祖细胞
96	2024-08-08	Suspension culture promotes serosal mesothelial development in human intestinal organoids 2022-02-15, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110379 PMID:35172130	研究论文	本文介绍了一种悬浮培养方法，用于促进人肠道类器官（HIOs）中浆膜间皮层的体外分化	悬浮培养方法简便且维护成本低，能促进HIOs中组织化的浆膜间皮层的分化，类似于初级人肠道浆膜间皮	NA	研究人肠道类器官中浆膜间皮层的发育	人肠道类器官（HIOs）中的浆膜间皮层	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
97	2024-08-08	miR-137 and miR-122, two outer subventricular zone non-coding RNAs, regulate basal progenitor expansion and neuronal differentiation 2022-02-15, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110381 PMID:35172154	研究论文	本文通过体内功能遗传学、单细胞RNA测序、活体成像和电生理学方法，研究了小鼠大脑中外侧室下带（oSVZ）表达的两种microRNAs（miR-137和miR-122）在皮质扩张中的作用。	首次揭示了miR-137和miR-122在调节皮质扩张中的细胞特异性作用，miR-137促进基底前体细胞自我复制和表层神经元命运，而miR-122减缓神经元分化速度。	NA	探讨外侧室下带（oSVZ）在皮质扩张中的作用及其分子机制。	小鼠大脑中的外侧室下带（oSVZ）表达的microRNAs（miR-137和miR-122）。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、活体成像、电生理学	NA	RNA	小鼠
98	2024-08-08	Modeling iPSC-derived human neurofibroma-like tumors in mice uncovers the heterogeneity of Schwann cells within plexiform neurofibromas 2022-02-15, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110385 PMID:35172160	研究论文	本文开发了一种基于诱导多能干细胞（iPSC）的神经嵴-施万细胞体外分化系统，并构建了用于分析不同2D和3D神经纤维瘤模型的谱系表达路线图	通过生成由iPSC衍生的NF1(-/-) SCs和NF1(+/-) pNF衍生的成纤维细胞组成的异型球体（神经纤维瘤球），成功在鼠体内生成了类似人类神经纤维瘤的肿瘤	NA	研究神经纤维瘤的异质性及其在鼠体内的模型构建	神经纤维瘤及其在鼠体内的模型	数字病理学	神经纤维瘤	iPSC分化技术	异型球体模型	单细胞RNA测序数据	NA
99	2024-08-08	Novel epigenetic network biomarkers for early detection of esophageal cancer 2022-02-14, Clinical epigenetics IF:4.8Q1 DOI:10.1186/s13148-022-01243-5 PMID:35164838	研究论文	本文通过应用系统表观基因组学和细胞类型反卷积算法，分析了食管腺癌（EAC）患者和匹配的正常邻近组织的RNA-Seq和DNA甲基化数据，以识别不受细胞类型异质性影响的稳健生物标志物。	本文发现了12个在EAC中表观遗传失调的基因模块，并在4个独立的EAC队列中验证了所有这些模块。此外，通过单细胞RNA-Seq数据，展示了其中一个围绕CTNND2的原钙粘蛋白模块在EAC前驱病变Barrett's Esophagus中的失活状态。	NA	旨在早期检测食管癌并提高生存率	食管腺癌（EAC）及其前驱病变Barrett's Esophagus	数字病理学	食管癌	RNA-Seq, DNA甲基化测序	NA	RNA序列, DNA甲基化数据	包括EAC患者和匹配的正常邻近组织的样本，以及4个独立的EAC队列
100	2024-08-08	Single-Cell Analysis Uncovers Osteoblast Factor Growth Differentiation Factor 10 as Mediator of Vascular Smooth Muscle Cell Phenotypic Modulation Associated with Plaque Rupture in Human Carotid Artery Disease 2022-Feb-04, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23031796 PMID:35163719	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，揭示了生长分化因子10（GDF10）在血管平滑肌细胞（VSMCs）表型转换中的作用，特别是在与颈动脉疾病相关的斑块破裂中的作用。	首次揭示了GDF10在VSMCs表型转换中的作用，特别是在颈动脉疾病中的作用。	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步的人体研究来验证这些发现。	探讨GDF10在VSMCs表型转换中的作用及其对颈动脉疾病的影响。	血管平滑肌细胞（VSMCs）和生长分化因子10（GDF10）。	数字病理学	颈动脉疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自Apolipoprotein E-deficient（Apoe）小鼠的CD45细胞，分别来自正常胆固醇饮食（NCD）和高胆固醇饮食（HCD）的动脉粥样硬化主动脉。