单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-08-08	Integration of multiple lineage measurements from the same cell reconstructs parallel tumor evolution 2022-Feb-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2022.100096 PMID:36778661	研究论文	本研究通过结合单细胞全基因组测序技术和病毒谱系追踪，模拟结直肠癌肿瘤进化过程，构建高分辨率的克隆进化树	首次使用单细胞全基因组测序结合病毒谱系追踪技术，在结直肠癌肿瘤模型中重建肿瘤进化过程	研究仅限于结直肠癌肿瘤模型，可能需要进一步验证在其他类型肿瘤中的适用性	研究肿瘤内部异质性（ITH）和肿瘤进化过程	结直肠癌肿瘤模型	数字病理学	结直肠癌	单细胞全基因组测序（WGS）	NA	基因组数据	1,641个单细胞
62	2024-08-08	Single-cell RNA-seq and chromatin accessibility profiling decipher the heterogeneity of mouse γδ T cells 2022-02-26, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2021.11.013 PMID:36546093	研究论文	本文通过结合转录组和染色质分析，构建了小鼠γδ T细胞在淋巴、脾脏和胸腺中的单细胞转录组和染色质可及性图谱	首次揭示了γδ T1和γδ T17细胞在这些组织中的异质性，并推断了其潜在的调控机制，同时发现了具有未成熟特性的新型Gzma γδ T细胞亚群	NA	解析小鼠γδ T细胞的异质性及其在不同组织中的功能	小鼠γδ T细胞在淋巴、脾脏和胸腺中的转录组和染色质可及性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序	NA	转录组和染色质可及性数据	小鼠γδ T细胞在淋巴、脾脏和胸腺中的样本
63	2024-08-08	Spatial and single-cell transcriptome analysis reveals changes in gene expression in response to drug perturbation in rat kidney 2022-Feb-27, DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes IF:3.9Q1 DOI:10.1093/dnares/dsac007 PMID:35325072	研究论文	本研究通过空间和单细胞转录组分析，揭示了药物干扰下大鼠肾脏基因表达的变化，并构建了包含空间信息的大鼠肾细胞图谱	本研究首次结合空间和单细胞转录组分析，详细揭示了药物处理后大鼠肾脏中不同细胞类型的基因表达变化及其空间异质性	NA	探索药物干扰下大鼠肾脏基因表达的变化及其细胞和空间层面的机制	大鼠肾脏细胞及其基因表达	数字病理学	NA	空间和单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	大鼠肾脏样本
64	2024-08-08	CBX3 is associated with metastasis and glutathione/glycosphingolipid metabolism in colon adenocarcinoma 2022-Feb, Journal of gastrointestinal oncology IF:2.0Q3 DOI:10.21037/jgo-22-97 PMID:35284119	研究论文	本研究探讨了CBX3在结肠腺癌转移中的作用及其与谷胱甘肽/糖神经鞘脂代谢的关系	揭示了CBX3在结肠腺癌转移中的高表达及其通过调节CCT6A、LSM5和GGCT等基因参与谷胱甘肽代谢的机制	研究仅基于单细胞RNA测序和TCGA数据库中的数据，可能需要更多临床样本验证	识别与结肠腺癌转移相关的关键基因失调，为发现潜在治疗靶点提供新策略	结肠腺癌的转移机制及CBX3的作用	数字病理学	结肠腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	17,469个肿瘤细胞来自23个样本，以及TCGA数据库中的326个结肠腺癌样本
65	2024-08-08	Metastatic Tumor Cell-Specific FABP7 Promotes NSCLC Metastasis via Inhibiting β-Catenin Degradation 2022-02-25, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11050805 PMID:35269427	研究论文	本研究通过分析单细胞RNA测序数据，发现脂肪酸结合蛋白7（FABP7）在转移性非小细胞肺癌（NSCLC）患者的肿瘤细胞中特异性上调，并可能作为不良预后的标志物。实验研究表明，FABP7促进了NSCLC细胞的转移能力，并通过抑制β-catenin的降解来激活Wnt信号通路。	本研究首次揭示了FABP7作为转移性肿瘤细胞特异性的促转移基因，并通过FABP7介导的细胞质β-catenin降解障碍，揭示了Wnt信号过度激活的新调控机制。	NA	探讨非小细胞肺癌转移的细胞特异性机制和关键分子。	非小细胞肺癌（NSCLC）细胞中的脂肪酸结合蛋白7（FABP7）及其对转移能力的影响。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	转移性非小细胞肺癌患者的肿瘤细胞
66	2024-08-08	Quantifying the Epithelial-to-Mesenchymal Transition (EMT) from Bench to Bedside 2022-Feb-23, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers14051138 PMID:35267444	综述	本文综述了上皮-间质转化（EMT）及其逆转过程在乳腺癌和其他实体瘤转移中的重要性，并讨论了将EMT生物学知识从实验室转移到临床的进展	文章介绍了多种检测和量化肿瘤中EMT状态的方法，包括免疫荧光染色、流式细胞术、单细胞测序和多重肿瘤映射	目前尚未常规进行EMT状态的定义，以确定患者预后或指导临床治疗决策	探讨如何将EMT生物学知识从实验室转移到临床，并开发用于检测和测量患者肿瘤中EMT状态的诊断工具	上皮-间质转化（EMT）及其在肿瘤进展中的作用	数字病理学	乳腺癌	免疫荧光染色、流式细胞术、单细胞测序	NA	图像	NA
67	2024-08-08	Single-cell transcriptomic profiling unravels the adenoma-initiation role of protein tyrosine kinases during colorectal tumorigenesis 2022-02-28, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-022-00881-8 PMID:35221332	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了54,788个来自匹配组织样本的细胞，揭示了蛋白酪氨酸激酶在结直肠肿瘤发生中的腺瘤起始作用。	首次在单细胞水平上定义了正常、良性及恶性阶段的上皮细胞分子特征，并验证了蛋白酪氨酸激酶BMX和HCK在腺瘤起始中的潜在作用。	NA	研究结直肠肿瘤发生过程中的腺瘤起始机制。	结直肠肿瘤发生过程中的细胞类型、转录特征及差异表达基因。	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	54,788个细胞样本，包括血液、正常组织、癌旁组织、息肉及结直肠癌组织
68	2024-08-08	[Quantifying the state of cell differentiation based on the gene networks entropy] 2022-Feb-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology DOI:10.13345/j.cjb.210140 PMID:35234401	研究论文	本文提出了一种名为基因交互网络熵（GINE）的方法，用于量化细胞分化状态，以研究细胞动力学	GINE方法通过构建基于基因关联的细胞特异性网络并定义GINE，将不稳定的基因表达数据转换为相对稳定的GINE，避免了额外复杂性和不确定性，并一定程度上规避了掉落事件的影响	NA	探索单细胞无序化水平的动态信息，从而研究生物系统过程的动力学	头颈鳞状细胞癌和慢性髓性白血病的单细胞RNA测序数据	生物信息学	癌症	RNA测序	基因交互网络熵（GINE）	基因表达数据	两个单细胞RNA测序数据集
69	2024-08-08	Organoids from human tooth showing epithelial stemness phenotype and differentiation potential 2022-Feb-26, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-022-04183-8 PMID:35217915	研究论文	本文首次从人类牙齿中开发出一种上皮类器官模型，展示了牙齿上皮干细胞特性及分化潜力	开发了首个从人类牙齿中提取的上皮类器官模型，揭示了与小鼠相似的新型干细胞特征，并展示了与牙髓干细胞的相互作用	NA	探索人类牙齿上皮干细胞的生物学特性和功能及其与牙髓的相互作用	人类牙齿上皮干细胞及其生物学特性	NA	NA	单细胞转录组学	类器官模型	细胞	从未萌出的智齿中分离的牙囊组织
70	2024-08-08	Longitudinal single-cell RNA-seq analysis reveals stress-promoted chemoresistance in metastatic ovarian cancer 2022-02-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abm1831 PMID:35196078	研究论文	本文通过纵向单细胞RNA测序分析，揭示了转移性卵巢癌中化疗诱导的压力促进的化学抗性	开发了一种新的分析方法PRIMUS，用于去除患者特异性信号，并发现了化疗期间压力相关细胞状态的持续增加	NA	旨在表征高级别浆液性卵巢癌中的化疗抗性过程	化疗前后采集的组织样本及其单细胞转录组特征	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	化疗前后采集的多个组织样本
71	2024-08-08	Signature-scoring methods developed for bulk samples are not adequate for cancer single-cell RNA sequencing data 2022-02-25, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.71994 PMID:35212622	研究论文	本文通过比较五种基因表达签名评分方法在单细胞RNA测序数据中的表现，发现基于批量样本的方法在单细胞数据分析中存在偏差	本文开发了一种新的方法JASMINE，并展示了单细胞数据分析中应谨慎使用基于批量样本的方法	本文仅以癌症为例，未涵盖所有类型的单细胞RNA测序数据	评估和比较不同基因表达签名评分方法在单细胞RNA测序数据中的适用性	五种基因表达签名评分方法在单细胞RNA测序数据中的表现	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
72	2024-08-08	Single-cell analysis of skin immune cells reveals an Angptl4-ifi20b axis that regulates monocyte differentiation during wound healing 2022-02-24, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-022-04638-7 PMID:35210411	研究论文	本文通过流式细胞术和单细胞RNA测序研究了Angptl4在伤口愈合中对免疫细胞的影响，揭示了Angptl4-ifi20b轴调控单核细胞分化的机制	发现了Angptl4通过调节ifi202b表达来调控单核细胞向巨噬细胞的分化，进而影响伤口愈合过程中的炎症反应	NA	探究Angptl4在伤口愈合中对免疫细胞响应的具体作用	皮肤免疫细胞在伤口愈合过程中的变化	数字病理学	NA	流式细胞术, 单细胞RNA测序	NA	细胞	Angptl4和Angptl4小鼠的切除伤口样本
73	2024-08-08	Single-cell profiling of human subventricular zone progenitors identifies SFRP1 as a target to re-activate progenitors 2022-02-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-28626-9 PMID:35210419	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，从老年人的侧脑室下区分离出CD271前体细胞，揭示了这些前体细胞的身份为晚期少突胶质细胞前体细胞，并发现Wnt通路拮抗剂SFRP1可能是促进这些前体细胞静止状态的信号。	本研究首次识别出老年人的侧脑室下区前体细胞为晚期少突胶质细胞前体细胞，并发现SFRP1可能是维持这些前体细胞静止状态的关键因素。	NA	探索成人侧脑室下区前体细胞的静止状态机制及潜在的激活靶点。	老年人的侧脑室下区前体细胞。	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
74	2024-08-08	Hydrop enables droplet-based single-cell ATAC-seq and single-cell RNA-seq using dissolvable hydrogel beads 2022-02-23, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.73971 PMID:35195064	研究论文	本文介绍了一种名为HyDrop的灵活且开源的液滴微流控平台，该平台能够进行基于液滴的单细胞ATAC-seq和单细胞RNA-seq，使用可溶解的水凝胶珠	HyDrop平台通过使用可溶解的水凝胶珠，显著提高了基于液滴的单细胞测序技术的通量和灵敏度，并且成本较低	NA	开发一种新的微流控平台，以提高单细胞测序技术的规模、降低成本，并为更专业的多组学检测铺平道路	单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq技术	生物技术	NA	液滴微流控技术	NA	单细胞转录组数据	在小鼠大脑皮质样本中，使用HyDrop-ATAC生成了7996个高质量的单细胞染色质可及性数据，使用HyDrop-RNA生成了9508个单细胞转录组数据
75	2024-08-08	Survival Genie, a web platform for survival analysis across pediatric and adult cancers 2022-02-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-06841-0 PMID:35197510	研究论文	开发了一个名为Survival Genie的网络工具，用于在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和其他分子输入上进行生存分析	Survival Genie是首个能够基于通路、基因集和基因比率进行分析，并评估细胞类型富集与癌症生存之间关联的生物信息学在线工具	NA	开发一个全面的工具，用于关联基因集、通路、细胞富集和单细胞特征与临床结果，以辅助开发下一代预后和治疗生物标志物	单细胞RNA测序数据和其他分子输入，包括基因集、基因比率、肿瘤浸润免疫细胞比例、基因表达谱分数和肿瘤突变负担	数字病理学	癌症	scRNA-seq	NA	基因表达数据	包含来自11个不同癌症项目的27种不同恶性肿瘤的53个数据集
76	2024-08-08	BCL-2 expression promotes immunosuppression in chronic lymphocytic leukemia by enhancing regulatory T cell differentiation and cytotoxic T cell exhaustion 2022-02-22, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-022-01516-w PMID:35193595	研究论文	本文研究了BCL-2在慢性淋巴细胞白血病（CLL）肿瘤微环境中对T细胞的调控作用	首次探讨了BCL-2在CLL患者T细胞中的作用，特别是在调节性T细胞（Treg）和细胞毒性T淋巴细胞（CTL）的耗竭中的作用	NA	研究BCL-2在CLL患者T细胞中的表达及其对免疫抑制的影响	CLL患者的T细胞	NA	慢性淋巴细胞白血病	流式细胞术，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	266名CLL患者的T细胞样本，70名CLL患者的外周T细胞
77	2024-08-08	Effects of hyperinsulinemia on pancreatic cancer development and the immune microenvironment revealed through single-cell transcriptomics 2022-Feb-21, Cancer & metabolism IF:6.0Q1 DOI:10.1186/s40170-022-00282-z PMID:35189981	研究论文	本文通过单细胞转录组学研究了高胰岛素血症对胰腺癌发展和免疫微环境的影响	首次通过单细胞转录组学分析了高胰岛素血症对胰腺癌发展的分子和细胞机制	仅测试了啮齿动物特异性Ins1等位基因的基因剂量，未深入探讨其他可能的机制	研究高胰岛素血症对胰腺癌发展的影响及其分子和细胞机制	胰腺癌前病变PanIN和胰腺的免疫细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	包括雄性和雌性的Ptf1aCreER;KrasLSL-G12D;Ins1-/-小鼠，以及具有不同Ins2基因剂量的对照组和实验组小鼠
78	2024-08-08	Single-Cell Transcriptome and Network Analyses Unveil Key Transcription Factors Regulating Mesophyll Cell Development in Maize 2022-02-20, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes13020374 PMID:35205426	研究论文	本研究通过单细胞转录组和基因调控网络分析，揭示了调控玉米叶肉细胞发育的关键转录因子	首次通过单细胞RNA测序和基因调控网络分析，揭示了玉米叶肉细胞发育过程中不同阶段高表达的转录因子家族及其调控网络	NA	揭示调控玉米叶肉细胞发育的关键转录因子及其作用机制	玉米叶肉细胞的发育调控机制	基因调控	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), ChIP-seq, Hi-C	NA	转录组数据	NA
79	2024-08-08	A Two-Part Mixed Model for Differential Expression Analysis in Single-Cell High-Throughput Gene Expression Data 2022-02-18, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes13020377 PMID:35205420	研究论文	本文提出了一种两部分混合模型，用于分析单细胞高通量基因表达数据的差异表达	本文提出的两部分混合模型能够充分考虑单细胞表达数据的特点，并提供调整协变量的灵活性	NA	研究单细胞高通量基因表达数据的差异表达分析	单细胞RNA测序和单细胞逆转录定量实时PCR技术生成的高通量基因表达数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞逆转录定量实时PCR（scRT-qPCR）	两部分混合模型	基因表达数据	NA
80	2024-08-08	Single-Cell RNA-Seq Analysis of Olfactory Mucosal Cells of Alzheimer's Disease Patients 2022-02-15, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11040676 PMID:35203328	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了阿尔茨海默病患者嗅黏膜细胞的基因表达差异	首次详细描述了阿尔茨海默病患者嗅黏膜细胞的细胞类型特异性基因表达模式，并揭示了240个与疾病相关的差异表达基因	NA	评估认知健康个体与阿尔茨海默病患者嗅黏膜的差异	阿尔茨海默病患者的嗅黏膜细胞	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	五个不同的细胞群体