单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 226 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-08-25 |
Single-cell RNA sequencing reveals the multi-cellular ecosystem in different radiological components of pulmonary part-solid nodules
2022-02, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.723
PMID:35184398
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了肺部部分实性结节中不同放射学成分的多细胞生态系统 | 首次在单细胞分辨率下全面剖析了部分实性结节中磨玻璃和实性成分的多细胞生态系统，并揭示了恶性细胞和肿瘤微环境中关键信号通路的转录差异 | 研究样本量较小，仅包括12名未经治疗的患者，可能影响结果的普遍性 | 探讨早期肺腺癌中不同放射学表型的肿瘤微环境和转录特征 | 肺部部分实性结节的磨玻璃和实性成分 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | Seurat v3.1.5 | 单细胞数据 | 12名患者的部分实性结节和5名患者的正常肺组织 |
| 22 | 2024-08-25 |
Revealing the transcriptional heterogeneity of organ-specific metastasis in human gastric cancer using single-cell RNA Sequencing
2022-02, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.730
PMID:35184420
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了人胃癌器官特异性转移的转录异质性 | 发现了与侵袭特征、腹腔内转移倾向、上皮-间质转化诱导的肿瘤干细胞表型或休眠样特征相关的恶性上皮亚群，并揭示了免疫和基质细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的作用 | NA | 解析胃癌及其转移的肿瘤内和肿瘤间异质性，识别有效的治疗靶点 | 来自6名患者的10个新鲜人体组织样本，包括原发肿瘤、邻近非肿瘤样本及不同器官或组织的转移瘤 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 407个样本的胃癌队列 |
| 23 | 2024-08-25 |
Autism genes converge on asynchronous development of shared neuron classes
2022-02, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-04358-6
PMID:35110736
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研究论文 | 本文利用人脑皮质类器官模型，通过单细胞RNA测序和蛋白质组分析，研究了三个自闭症谱系障碍（ASD）风险基因SUV420H1、ARID1B和CHD8的半合子不足对神经元发育的影响。 | 首次揭示了这些基因突变导致的特定神经元类型发育不同步，并展示了这些异常如何受个体基因组背景的精细调节。 | 研究主要集中在类器官模型上，可能与真实人脑环境存在差异。 | 探究自闭症谱系障碍风险基因在人脑皮质中的细胞类型特异性发育异常。 | 三个自闭症谱系障碍风险基因SUV420H1、ARID1B和CHD8的半合子不足对神经元发育的影响。 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质组分析 | NA | 细胞、蛋白质 | 超过745,000个细胞和多个来自不同捐赠者的细胞系 |
| 24 | 2024-08-24 |
Organizing your space: The potential for integrating spatial transcriptomics and 3D imaging data in plants
2022-02-04, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiab508
PMID:34726737
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综述 | 本文综述了空间转录组学和三维成像技术在植物学中的集成应用 | 探讨了将空间转录组学与三维成像技术结合，以提供高分辨率、空间有序的植物组织转录图谱的可能性 | NA | 旨在探讨如何通过集成空间转录组学和三维成像技术，全面理解植物基因在组织和器官层面的调控 | 植物细胞间的信息交流及其对发育和外部压力响应的调控机制 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学, 三维成像技术 | NA | 基因表达数据, 细胞形态数据 | NA |
| 25 | 2024-08-23 |
Multiomic characterization of pancreatic cancer-associated macrophage polarization reveals deregulated metabolic programs driven by the GM-CSF-PI3K pathway
2022-02-14, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.73796
PMID:35156921
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研究论文 | 本文通过体外培养肿瘤教育巨噬细胞（TEMs）并进行多组学分析，揭示了胰腺癌相关巨噬细胞极化的独特遗传和代谢特征 | 本文首次揭示了胰腺癌相关巨噬细胞（TAMs）的独特遗传和代谢特征，并确定了新的代谢标记物，如ARG1、ACLY和TXNIP | 本文主要依赖于体外模型系统，未来研究需要进一步验证这些发现是否适用于体内环境 | 研究胰腺癌相关巨噬细胞的极化特征及其在疾病进展中的作用 | 胰腺癌相关巨噬细胞（TAMs）及其极化特征 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 多组学分析（转录组学、蛋白质组学、代谢组学） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未具体说明样本数量 |
| 26 | 2024-08-23 |
Benchmarking clustering algorithms on estimating the number of cell types from single-cell RNA-sequencing data
2022-02-08, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02622-0
PMID:35135612
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研究论文 | 本文系统地评估了多种流行的聚类算法在估计单细胞RNA测序数据中细胞类型数量的性能 | 首次系统地比较了多种聚类算法在不同设置下单细胞RNA测序数据中细胞类型数量估计的性能 | 研究主要基于Tabula Muris和Tabula Sapiens数据集，可能需要进一步验证在其他数据集上的适用性 | 评估和比较不同聚类算法在单细胞RNA测序数据中估计细胞类型数量的性能 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型数量估计 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 聚类算法 | 基因表达数据 | 使用Tabula Muris和Tabula Sapiens数据集，包含不同数量和比例的细胞类型 |
| 27 | 2024-08-23 |
Abnormal respiratory progenitors in fibrotic lung injury
2022-02-07, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-022-02737-y
PMID:35130980
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序和上皮细胞系标记技术在识别纤维化肺损伤后肺泡再生过程中异常上皮祖细胞群体方面的最新进展 | 识别了多种在肺泡II型细胞向I型细胞分化过程中出现的异常上皮祖细胞群体，包括基底样细胞、II型细胞过渡细胞和持续性上皮祖细胞 | NA | 深入理解这些新发现的、由损伤诱导的异常行为上皮祖细胞的特征和功能，以及调控其表型的信号通路，以期为纤维化肺疾病提供独特的治疗靶点 | 异常上皮祖细胞及其在肺泡再生中的作用 | 数字病理学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 28 | 2024-08-23 |
SARS-CoV-2 infects the human kidney and drives fibrosis in kidney organoids
2022-02-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.12.010
PMID:35032430
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研究论文 | 本文报道了SARS-CoV-2直接感染人类肾脏细胞，并在患者尸检样本中观察到与肾小管间质纤维化增加相关。通过感染人诱导多能干细胞衍生的肾脏类器官，研究了病毒对肾脏的直接影响，发现感染细胞出现损伤和去分化，激活了促纤维化信号通路，并增加了胶原蛋白1的表达。 | 首次揭示了SARS-CoV-2直接感染肾脏细胞并诱导细胞损伤和纤维化的机制，并发现SARS-CoV-2蛋白酶抑制剂能减轻肾脏细胞的感染。 | 研究主要集中在体外肾脏类器官模型，尚未在临床试验中验证这些发现。 | 探究SARS-CoV-2对人类肾脏的直接影响及其与肾脏纤维化的关系。 | 人诱导多能干细胞衍生的肾脏类器官和患者尸检样本。 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 29 | 2024-08-23 |
Single-cell transcriptomics identifies Gadd45b as a regulator of herpesvirus-reactivating neurons
2022-02-03, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.15252/embr.202153543
PMID:34842321
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单分子灵敏度荧光原位杂交（smFISH）技术，探讨了人类神经亲和性病毒——单纯疱疹病毒1型（HSV-1）再激活时宿主单细胞转录组的变化 | 首次识别出应激传感器Gadd45b作为调节HSV-1再激活事件的关键抗病毒宿主因子，并揭示了Gadd45b在亚群潜伏感染初级神经元中的独特亚细胞定位特征 | NA | 探究宿主细胞与潜伏感染细胞中病毒病原体之间的相互作用 | 单纯疱疹病毒1型（HSV-1）再激活时宿主单细胞转录组的变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单分子灵敏度荧光原位杂交（smFISH） | NA | 转录组 | 潜伏感染的初级神经元亚群 |
| 30 | 2024-08-05 |
TNFR2 pathways are fully active in cancer regulatory T cells
2022-Feb-24, Bioscience, biotechnology, and biochemistry
DOI:10.1093/bbb/zbab226
PMID:35015831
|
研究论文 | 本研究阐明了肿瘤坏死因子受体2 (TNFR2) 在癌症调节性T细胞中的信号传导机制 | 研究首次揭示了TNFR2在癌症Treg中的多个通路的全面激活 | 信号机制尚未完全阐明，可能影响结果的全面性 | 旨在明确TNFR2在人体调节性T细胞中的信号传导 | 研究对象为接受TNFR2激动剂抗体处理的人类调节性T细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 扩增子测序和单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 31 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq recognized the initiator of epithelial ovarian cancer recurrence
2022-Feb, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-021-02139-z
PMID:34992217
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别出上皮性卵巢癌复发的初始细胞 | 发现了CYR61“应激”亚群作为复发起始细胞，增进了对上皮性卵巢癌复发机制的理解 | 研究中样本可能存在的异质性未能完全消除 | 探究上皮性卵巢癌复发的起源及机制 | 来自原发、未治疗腹膜转移和复发肿瘤的13369个细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | 13369个细胞 |
| 32 | 2024-08-05 |
The spatial transcriptomic landscape of the healing mouse intestine following damage
2022-02-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-28497-0
PMID:35149721
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学定义了小鼠肠道在稳态和愈合过程中的转录组景观 | 揭示了结肠在稳态条件下的分子区域化特征，及其在粘膜愈合过程中的显著变化 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能不完全代表人类的相应机制 | 探讨小鼠肠道在愈合过程中转录组的空间组织 | 小鼠结肠的转录组及其在愈合过程中的变化 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠样本 |
| 33 | 2024-08-05 |
Urine Single-Cell RNA Sequencing in Focal Segmental Glomerulosclerosis Reveals Inflammatory Signatures
2022-Feb, Kidney international reports
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.ekir.2021.11.005
PMID:35155868
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序探讨了局灶性节段性肾小管硬化症患者尿液细胞中的炎症特征 | 首次利用尿液单细胞RNA测序识别出与局灶性节段性肾小管硬化症相关的单核细胞亚群和足细胞表达特征 | 研究仅基于12名FSGS患者的尿液样本，样本量可能不足以绘制全貌 | 探究局灶性节段性肾小管硬化症患者尿液细胞的疾病相关分子特征 | 分析来自12名局灶性节段性肾小管硬化症患者的尿液样本 | 数字病理 | 肾病综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 尿液细胞 | 收集了来自12名FSGS患者的17个尿液样本，捕获为23个尿液细胞样本 |
| 34 | 2024-08-05 |
PRDM16 Is a Compact Myocardium-Enriched Transcription Factor Required to Maintain Compact Myocardial Cardiomyocyte Identity in Left Ventricle
2022-02-22, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 研究表明PRDM16是维持左心室紧凑型心肌细胞身份所需的转录因子。 | 建立了心肌特异性Prdm16基因敲除小鼠模型，该模型能够完全再现患者的左心室非紧凑型心肌病表型，揭示了PRDM16的作用机制。 | 目前尚不清楚PRDM16缺失如何导致左心室非紧凑型心肌病的具体分子机制。 | 探讨PRDM16在左心室非紧凑型心肌病中的作用和机制。 | 使用心肌细胞特异性Prdm16基因敲除小鼠及相关技术进行分析。 | 数字病理学 | 心脏病 | RNA测序，染色质免疫沉淀深度测序，单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 基因组数据 | 生成并分析了心肌细胞特异性Prdm16基因敲除小鼠模型 |
| 35 | 2024-08-05 |
Gene regulatory network from cranial neural crest cells to osteoblast differentiation and calvarial bone development
2022-Feb-27, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-022-04208-2
PMID:35220463
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综述 | 本文总结了颅神经嵴细胞在骨形成中的基因调控网络及其对颅骨发育的贡献 | 揭示了鼠和人类中颅神经嵴衍生的成骨潜能的潜在基因调控网络的差异 | 虽然讨论了基因调控网络的影响，但是具体的实验数据和样本大小未详述 | 研究颅神经嵴细胞的分化及其在颅骨发育中的作用 | 颅神经嵴细胞及其衍生的成骨细胞和软骨细胞 | 数字病理学 | 临床出生缺陷和疾病 | 单细胞测序 | 基因鼠模型 | NA | NA |
| 36 | 2024-08-05 |
Senolysis induced by 25-hydroxycholesterol targets CRYAB in multiple cell types
2022-Feb-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.103848
PMID:35198901
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研究论文 | 这篇文章探讨了25-羟基胆固醇诱导的衰老细胞自杀，并确定了CRYAB作为潜在的靶标 | 首次识别出CRYAB作为一个重要的衰老诱导基因，并发现25-羟基胆固醇是一个有效的衰老细胞自杀药物 | 尚未在临床试验中验证25-羟基胆固醇的疗效和安全性 | 探索靶向衰老细胞的药物，寻找能够消除衰老细胞的新方法 | 以小鼠和人类细胞为研究对象，探讨25-羟基胆固醇的作用 | 数字病理学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 小鼠和人类细胞群体 |
| 37 | 2024-08-05 |
Development of human alveolar epithelial cell models to study distal lung biology and disease
2022-Feb-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.103780
PMID:35169685
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研究论文 | 本文开发了人类肺泡上皮细胞模型以研究远端肺生物学和疾病 | 本文创新性地使用去标识的肾移植人肺建立肺泡上皮细胞系，并展示了2D和3D培养对细胞特性的影响 | 研究中未具体提及样本的多样性和长期培育的潜在影响 | 研究肺泡上皮细胞模型以更好地模拟和研究远端肺的疾病 | 建立和分析人类肺泡上皮细胞系 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞培养 | 使用了去标识的人类肾移植肺样本 |
| 38 | 2024-08-05 |
Slow-Cycling Cells in Glioblastoma: A Specific Population in the Cellular Mosaic of Cancer Stem Cells
2022-Feb-23, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers14051126
PMID:35267434
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研究论文 | 本研究探讨了胶质母细胞瘤中慢周期细胞的特性和功能异质性 | 首次揭示了慢周期细胞与表型定义的癌症干细胞之间的显著异质性和独特性 | 研究中未深入探讨细胞间的交互作用及其对肿瘤微环境的影响 | 研究胶质母细胞瘤中癌症干细胞群体的异质性 | 重点比较胶质母细胞瘤中的慢周期细胞与通常富集癌症干细胞的细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 流式细胞术、RNA测序、单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 研究中解析了22个细胞组成的多个癌症干细胞组 |
| 39 | 2024-08-07 |
Clonal hematopoiesis, myeloid disorders and BAX-mutated myelopoiesis in patients receiving venetoclax for CLL
2022-02-24, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2021012775
PMID:34469514
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研究论文 | 研究长期使用BCL2抑制剂venetoclax治疗慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者中出现的骨髓异常和BAX突变情况 | 首次发现BAX突变在venetoclax治疗CLL患者中的骨髓细胞中独立出现，并与BCL2突变在同一患者中同时存在 | 研究样本量有限，且仅限于接受venetoclax治疗的CLL患者 | 探究长期使用venetoclax治疗CLL患者中骨髓细胞的临床和分子异常 | 接受venetoclax治疗的CLL患者及其骨髓细胞 | 血液学 | 慢性淋巴细胞白血病 | 单细胞测序 | NA | 基因突变数据 | 89名患者，其中41名患者的骨髓样本进行了详细分析 |
| 40 | 2024-08-07 |
Characterization of transcript enrichment and detection bias in single-nucleus RNA-seq for mapping of distinct human adipocyte lineages
2022-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.275509.121
PMID:35042723
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研究论文 | 本研究比较了从人类白色和棕色脂肪细胞系中分离的单核细胞和成熟脂肪细胞的转录组景观与全细胞转录组，展示了单核RNA测序（snRNA-seq）在识别脂肪生成各阶段广泛细胞类型的能力 | 提出了针对snRNA-seq技术检测偏差的归一化策略，并展示了scRNA-seq和snRNA-seq数据集的成功整合 | snRNA-seq存在固有的转录本富集和检测偏差，可能不足以映射脂肪组织中的重要转录特征 | 探讨snRNA-seq在脂肪组织细胞多样性表征中的应用 | 人类白色和棕色脂肪细胞系的单核细胞和成熟脂肪细胞的转录组 | 单细胞测序 | NA | 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 人类白色和棕色脂肪细胞系的单核细胞和成熟脂肪细胞 |