单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 226 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-10-07 |
Correlation between circulating innate lymphoid cell precursors and thymic function
2022-Feb-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.103732
PMID:35118353
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了胸腺在先天淋巴细胞池稳态维持中的作用 | 首次发现循环中存在表达细胞内CD3但不表达表面CD3的ILC前体细胞，并证明其分化能力受组织环境和年龄影响 | 未明确胸腺来源ILC前体在整体ILC池中的具体贡献比例 | 探究胸腺对周围组织先天淋巴细胞池稳态的维持作用 | 先天淋巴细胞前体、胸腺功能、不同组织环境 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 野生型和无胸腺裸鼠血液及组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 22 | 2024-10-16 |
Spatially Resolved Transcriptomic Analysis of Acute Kidney Injury in a Female Murine Model
2022-02, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2021081150
PMID:34853151
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研究论文 | 研究优化并验证了一种雌性小鼠双侧缺血-再灌注损伤模型，并使用10× Genomics Visium空间基因表达解决方案生成空间基因表达图谱，应用Giotto和SPOTlight工具分析细胞间相互作用动态 | 首次在雌性小鼠模型中进行空间分辨的转录组分析，揭示了急性肾损伤后的细胞间相互作用动态和区域特异性基因表达模式 | 研究仅限于雌性小鼠模型，未涵盖其他性别和物种 | 研究急性肾损伤后的空间基因表达模式和细胞间相互作用动态 | 雌性小鼠急性肾损伤模型 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 空间转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 16,856个独特基因 | NA | NA | NA | NA |
| 23 | 2024-09-30 |
Cell specific peripheral immune responses predict survival in critical COVID-19 patients
2022-02-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-28505-3
PMID:35169146
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研究论文 | 研究了外周免疫细胞激活与重症COVID-19患者生存率之间的关系 | 使用单细胞RNA测序和CITE-seq技术，揭示了与重症COVID-19患者生存相关的特定细胞类型转录特征，并利用机器学习预测死亡率 | 需要进一步验证和独立数据集的支持 | 探讨外周免疫细胞激活与重症COVID-19患者生存率的关系，并开发预测模型 | 重症COVID-19患者的免疫细胞和生存率 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序，CITE-seq | 机器学习 | 转录组数据 | 多个重症COVID-19患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 24 | 2024-09-13 |
The eternal quest for self-improvement of somatic cells
2022-Feb-09, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2022.100094
PMID:36778659
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研究论文 | 本文研究了体细胞突变驱动癌细胞转化的进化过程 | 结合类器官技术、前瞻性条形码标记和单细胞测序来研究体细胞克隆的进化 | 体细胞突变驱动癌细胞转化的序列事件理解不足 | 研究体细胞突变驱动癌细胞转化的进化过程 | 体细胞克隆的进化 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 25 | 2024-08-31 |
The biology of time: dynamic responses of cell types to developmental, circadian and environmental cues
2022-02, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.15589
PMID:34797944
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综述 | 本文综述了植物细胞类型对发育、昼夜和环境信号的动态响应，并探讨了单细胞测序和时间生物信息学算法在这些响应中的应用 | 利用单细胞测序和时间生物信息学算法揭示了植物细胞和组织中基于时间的响应动态 | NA | 探讨植物细胞类型对不同时间尺度信号的响应机制 | 植物细胞类型及其对发育、昼夜和环境信号的响应 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 26 | 2024-08-30 |
Vemurafenib acts as a molecular on-off switch governing systemic inflammation in Langerhans cell histiocytosis
2022-02-08, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2021005442
PMID:34619771
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研究论文 | 本文报道了一名Langerhans细胞组织细胞增生症（LCH）患者在接受vemurafenib和挽救性化疗联合治疗后，实现了持续的临床和分子缓解的全面分析 | 研究发现vemurafenib能快速、高效但可逆地抑制系统性炎症的临床表现，并且炎症细胞因子的血清水平与vemurafenib的使用完全一致 | NA | 探讨vemurafenib在LCH治疗中的作用及其对系统性炎症的影响 | LCH患者及其细胞类型 | NA | Langerhans细胞组织细胞增生症 | 单细胞转录组分析 | NA | 血液和骨髓细胞 | 一名LCH患者 | NA | NA | NA | NA |
| 27 | 2024-08-27 |
Computational exploration of cellular communication in skin from emerging single-cell and spatial transcriptomic data
2022-02-28, Biochemical Society transactions
IF:3.8Q2
DOI:10.1042/BST20210863
PMID:35191953
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综述 | 本文综述了利用单细胞转录组学和空间转录组学数据推断细胞间通信的计算工具，并强调了这些工具在探索皮肤发育、稳态、疾病和衰老中的细胞通信方面的生物学见解 | 利用空间转录组学数据结合细胞间通信分析，为理解组织结构和功能提供了新的方向 | 单细胞转录组学数据 inherently 丢失了细胞的空间信息 | 探索细胞间通信在组织发育和稳态中的作用 | 皮肤中的细胞间通信机制 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 28 | 2024-08-27 |
Single-cell eQTL analysis of activated T cell subsets reveals activation and cell type-dependent effects of disease-risk variants
2022-02-25, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abm2508
PMID:35213211
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研究论文 | 本文通过激活来自89名健康供体的CD4 T细胞并进行单细胞RNA测序，研究了遗传变异在细胞类型特异性和激活依赖性效应中的作用。 | 首次在单细胞水平上探讨了遗传变异对激活T细胞亚群的影响，并发现了新的疾病风险变异基因关联。 | 研究样本仅限于健康供体，可能限制了对疾病相关遗传变异效应的全面理解。 | 探索遗传变异在生物学相关背景下对细胞的影响。 | CD4 T细胞及其亚群。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 89名健康供体的CD4 T细胞，超过100万个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 29 | 2024-08-26 |
Tumor Heterogeneity and Molecular Characteristics of Glioblastoma Revealed by Single-Cell RNA-Seq Data Analysis
2022-02-25, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes13030428
PMID:35327982
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了胶质母细胞瘤的肿瘤异质性和分子特征 | 本研究通过单细胞转录组数据分析，揭示了胶质母细胞瘤的异质性，并识别了94个在肿瘤和周边细胞中差异表达的基因，构建了组织特异性的共表达网络和蛋白质-蛋白质相互作用网络 | 本研究仅分析了四个原发性IDH-WT胶质母细胞瘤患者的3389个细胞，样本量较小 | 理解胶质母细胞瘤的异质性和疾病预后机制 | 胶质母细胞瘤的肿瘤异质性和分子特征 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 3389个细胞，来自四个原发性IDH-WT胶质母细胞瘤患者 | NA | NA | NA | NA |
| 30 | 2024-08-25 |
Single-cell gene fusion detection by scFusion
2022-02-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-28661-6
PMID:35228538
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于单细胞RNA测序（scRNA-seq）的基因融合检测计算工具scFusion，并通过模拟和真实数据集评估了其性能 | scFusion能够高效且敏感地检测基因融合，具有较低的假发现率，并能在单细胞水平上检测到其他方法无法发现的融合事件 | NA | 开发和评估一种新的计算工具，用于在单细胞水平上检测基因融合 | 基因融合在肿瘤发生和进展中的作用 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 五个真实单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 31 | 2024-08-25 |
Klf4 methylated by Prmt1 restrains the commitment of primitive endoderm
2022-02-28, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac054
PMID:35137179
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研究论文 | 研究报告了Prmt1在原始内胚层（PrE）形成中的重要作用，以及Prmt1介导的Klf4甲基化在细胞命运决定中的机制 | 首次揭示了Prmt1通过甲基化Klf4来调控原始内胚层形成的分子机制 | NA | 探索哺乳动物胚胎发育早期原始内胚层形成的分子机制 | Prmt1在原始内胚层形成中的作用及Klf4甲基化的影响 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | NA | RNA | 小鼠胚胎干细胞（mESCs） | NA | NA | NA | NA |
| 32 | 2024-08-25 |
Single-cell transcriptomics analysis reveals intratumoral heterogeneity and identifies a gene signature associated with prognosis of hepatocellular carcinoma
2022-02-25, Bioscience reports
IF:3.8Q2
DOI:10.1042/BSR20212560
PMID:35169832
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了肝细胞癌患者的肿瘤组织，揭示了肿瘤内异质性并识别出与肝细胞癌预后相关的基因特征 | 首次在单细胞水平上揭示了肝细胞癌的肿瘤内异质性，并识别出与预后相关的基因特征 | 研究仅基于一名肝细胞癌患者的样本，可能需要更多样本以验证结果的普遍性 | 揭示肝细胞癌的肿瘤内异质性并识别与预后相关的基因特征 | 肝细胞癌患者的肿瘤组织 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 5753个细胞，来自一名肝细胞癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 33 | 2024-08-25 |
A Primer for Single-Cell Sequencing in Non-Model Organisms
2022-02-19, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes13020380
PMID:35205423
|
研究论文 | 本文介绍了在非模式生物中进行单细胞测序研究的一般工作流程和注意事项 | 探讨了在非模式生物中应用单细胞测序技术的可能性，这有助于深入理解基因型与表型之间的关系及生物变异的基础 | 研究仅限于多细胞动物 | 探索在非模式生物中应用单细胞测序技术，以解决传统模式生物无法触及的问题 | 非模式生物中的单细胞测序 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 34 | 2024-08-25 |
scInTime: A Computational Method Leveraging Single-Cell Trajectory and Gene Regulatory Networks to Identify Master Regulators of Cellular Differentiation
2022-02-18, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes13020371
PMID:35205415
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scInTime的无监督机器学习框架，该框架结合单细胞基因调控网络（scGRNs）和推断的细胞轨迹，用于识别细胞分化的主调控基因 | scInTime框架通过整合不同伪时间点的基因调控网络信息，提供了更易解释的轨迹推断结果 | NA | 开发一种新的计算方法，通过结合单细胞轨迹和基因调控网络来识别细胞分化的主调控基因 | 单细胞RNA测序数据中的细胞分化主调控基因 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督机器学习框架 | 单细胞RNA测序数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 35 | 2024-08-25 |
T-cell dysfunction in the glioblastoma microenvironment is mediated by myeloid cells releasing interleukin-10
2022-02-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-28523-1
PMID:35177622
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研究论文 | 本文通过应用一个集成空间解析和单细胞基因表达数据的计算多维模型，研究了胶质母细胞瘤微环境中T细胞功能障碍的原因 | 本文首次展示了通过集成单细胞和空间转录组学数据的多维模型来探究肿瘤免疫微环境 | NA | 研究胶质母细胞瘤微环境中T细胞功能障碍的机制 | 胶质母细胞瘤中的免疫细胞和肿瘤微环境 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞和空间转录组学 | 多维模型 | 基因表达数据 | 45,615个免疫细胞来自12个肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 36 | 2024-08-25 |
Ligand-mediated PAI-1 inhibition in a mouse model of peritoneal carcinomatosis
2022-02-15, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2022.100526
PMID:35243423
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研究论文 | 本研究通过功能和转录组实验，识别出STAT3信号通路在腹膜癌病（PC）中的关键作用，并通过综合分析公共数据库和临床队列数据，验证了基于PAI-1水平的分子分层在PC治疗中的潜在应用 | 首次揭示了PAI-1在腹膜癌病中的分泌来源及其作为预后生物标志物的潜力，并提出了基于旁分泌依赖性的治疗新策略 | 研究主要基于小鼠模型和患者来源的异种移植模型，需要进一步的临床试验验证 | 探索腹膜癌病中的关键信号通路及其治疗潜力 | 腹膜癌病细胞、STAT3信号通路、PAI-1水平 | 数字病理学 | 腹膜癌 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 临床队列研究涉及7,359例患者，前瞻性研究涉及149例患者 | NA | NA | NA | NA |
| 37 | 2024-08-25 |
Novel Insights into the Stemness and Immune Privilege of Mesenchymal Stem Cells from Human Wharton Jelly by Single-Cell RNA Sequencing
2022-Feb-14, Medical science monitor : international medical journal of experimental and clinical research
IF:2.2Q3
DOI:10.12659/MSM.934660
PMID:35153292
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了人脐带华通胶间充质干细胞（WJ-MSCs）的基因表达，以探讨其干细胞特性和免疫特性 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了WJ-MSCs的基因表达异质性，并发现只有部分细胞具有真正的干细胞特性，同时质疑了WJ-MSCs的免疫特权 | 研究仅限于体外实验，未涉及体内环境下的验证 | 探究WJ-MSCs的干细胞特性和免疫特性 | 人脐带华通胶间充质干细胞（WJ-MSCs） | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及的WJ-MSCs细胞数量未在摘要中明确提及 | NA | NA | NA | NA |
| 38 | 2024-08-25 |
IQCELL: A platform for predicting the effect of gene perturbations on developmental trajectories using single-cell RNA-seq data
2022-02, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1009907
PMID:35213533
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研究论文 | 本文介绍了一个名为IQCELL的平台，该平台利用单细胞RNA测序数据直接推断、模拟和研究可执行的逻辑基因调控网络（GRN） | IQCELL平台能够从单细胞RNA测序数据中直接推断出可执行的逻辑基因调控网络，并模拟基本假设以控制干细胞命运 | NA | 开发一个平台，用于从单细胞RNA测序数据中推断、模拟和研究可执行的基因调控网络 | 早期小鼠T细胞和红细胞发育的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 逻辑基因调控网络（GRN） | 单细胞RNA测序数据 | 早期小鼠T细胞和红细胞发育的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 39 | 2024-08-25 |
Single-cell RNA sequencing reveals the multi-cellular ecosystem in different radiological components of pulmonary part-solid nodules
2022-02, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.723
PMID:35184398
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了肺部部分实性结节中不同放射学成分的多细胞生态系统 | 首次在单细胞分辨率下全面剖析了部分实性结节中磨玻璃和实性成分的多细胞生态系统，并揭示了恶性细胞和肿瘤微环境中关键信号通路的转录差异 | 研究样本量较小，仅包括12名未经治疗的患者，可能影响结果的普遍性 | 探讨早期肺腺癌中不同放射学表型的肿瘤微环境和转录特征 | 肺部部分实性结节的磨玻璃和实性成分 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | Seurat v3.1.5 | 单细胞数据 | 12名患者的部分实性结节和5名患者的正常肺组织 | NA | NA | NA | NA |
| 40 | 2024-08-25 |
Revealing the transcriptional heterogeneity of organ-specific metastasis in human gastric cancer using single-cell RNA Sequencing
2022-02, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.730
PMID:35184420
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了人胃癌器官特异性转移的转录异质性 | 发现了与侵袭特征、腹腔内转移倾向、上皮-间质转化诱导的肿瘤干细胞表型或休眠样特征相关的恶性上皮亚群，并揭示了免疫和基质细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的作用 | NA | 解析胃癌及其转移的肿瘤内和肿瘤间异质性，识别有效的治疗靶点 | 来自6名患者的10个新鲜人体组织样本，包括原发肿瘤、邻近非肿瘤样本及不同器官或组织的转移瘤 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 407个样本的胃癌队列 | NA | NA | NA | NA |