单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 226 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2024-08-08 |
Capillary Endothelial Insulin Transport: The Rate-limiting Step for Insulin-stimulated Glucose Uptake
2022-02-01, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/endocr/bqab252
PMID:34908124
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研究论文 | 本文探讨了胰岛素从微循环到肌肉间质的运输过程，特别是毛细血管内皮对胰岛素运输的限制作用 | 本文提出了胰岛素通过内皮细胞囊泡运输可能是主要的运输途径，并指出了胰岛素受体在肌肉毛细血管中不表达的发现 | 本文指出了在理解跨内皮胰岛素运输过程中的争议和实验方法的挑战 | 研究胰岛素在肌肉中的运输机制及其对胰岛素抵抗的影响 | 研究对象包括毛细血管内皮细胞和肌肉组织 | NA | 胰岛素抵抗 | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 182 | 2024-08-08 |
Isoform-level quantification for single-cell RNA sequencing
2022-02-07, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab807
PMID:34864849
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research paper | 本文开发了一种用于高通量单细胞RNA测序的isoform水平定量方法Scasa | Scasa方法利用转录簇和isoform同源物的概念，能够在isoform水平上进行定量，揭示了基于基因水平方法未能发现的CD14单核细胞亚群 | NA | 开发一种新的方法来实现单细胞RNA测序中的isoform水平定量 | 单细胞RNA测序数据中的isoform水平表达 | digital pathology | NA | single-cell RNA sequencing | NA | text | NA |
| 183 | 2024-08-08 |
CellVGAE: an unsupervised scRNA-seq analysis workflow with graph attention networks
2022-02-07, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab804
PMID:34864884
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研究论文 | 本文介绍了一种使用图神经网络的无监督单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析工作流程，通过开发具有图注意力层的变分图自编码器架构，直接在细胞间的连接上操作，专注于降维和聚类 | 引入图注意力网络进行无监督的scRNA-seq数据分析，能够有效提取数据特征并提供可视化和解释模型不同方面的手段 | NA | 开发一种新的无监督学习方法，用于单细胞RNA测序数据的分析 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 变分图自编码器（VGAE） | scRNA-seq数据 | 涉及9个困难且标注良好的数据集，其中一个数据集包含130万个细胞 |
| 184 | 2024-08-08 |
Detecting spatially co-expressed gene clusters with functional coherence by graph-regularized convolutional neural network
2022-02-07, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab812
PMID:34864909
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研究论文 | 本文提出了一种通过蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图正则化的卷积神经网络（CNN）来聚类空间解析基因表达的方法 | 该方法通过卷积利用空间定位，并通过图-拉普拉斯正则化利用基因功能关系，提高了空间模式的一致性，并为基因簇在空间上下文中的生物学解释提供了支持 | NA | 揭示基因在潜在形态学背景下的活动，并通过其功能角色进行分析 | 空间解析基因表达 | 机器学习 | NA | 卷积神经网络（CNN） | CNN | 基因表达数据 | 22个来自10× Genomics和spatialLIBD的公开可用的Visium空间转录组学数据集 |
| 185 | 2024-08-08 |
HDMC: a novel deep learning-based framework for removing batch effects in single-cell RNA-seq data
2022-02-07, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab821
PMID:34864918
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研究论文 | 本文提出了一种基于深度学习的新框架HDMC，用于去除单细胞RNA测序数据中的批次效应 | HDMC框架采用分层分布匹配和对比学习策略，能够更准确地减少不同批次间的分布差异并恢复细胞类型聚类 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中批次效应的问题 | 单细胞RNA测序数据中的批次效应 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 深度自编码器 | 基因表达数据 | NA |
| 186 | 2024-08-08 |
SCRIP: an accurate simulator for single-cell RNA sequencing data
2022-02-07, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab824
PMID:34874992
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研究论文 | 本研究开发了一种名为SCRIP的单细胞RNA测序数据模拟器，该模拟器能够准确模拟单细胞RNA测序数据的关键特性 | SCRIP模拟器能够更准确地模拟单细胞RNA测序数据的关键特征，包括均值-方差依赖性，并且在恢复细胞间距离方面表现优于其他方法 | NA | 优化测序协议并开发可靠的分析方法，以适应各种应用场景 | 单细胞RNA测序数据的模拟方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 187 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq profiling of individual Biomphalaria glabrata immune cells with a focus on immunologically relevant transcripts
2022-02, Immunogenetics
IF:2.9Q3
DOI:10.1007/s00251-021-01236-3
PMID:34854945
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了Biomphalaria glabrata的两种免疫细胞——透明细胞和颗粒细胞的转录组，重点关注与免疫相关的转录本 | 这是首次对Biomphalaria glabrata免疫细胞的单细胞转录组进行分析，为理解其免疫反应提供了重要背景 | 研究仅比较了未受免疫刺激的两种免疫细胞，未探讨它们在面对不同免疫威胁时的具体反应差异 | 深入比较Biomphalaria glabrata免疫细胞的功能能力，并探讨其在面对人类寄生虫Schistosoma mansoni时的免疫反应 | Biomphalaria glabrata的免疫细胞——透明细胞和颗粒细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 来自对Schistosoma mansoni敏感的M-line B. glabrata和对Schistosoma mansoni有抵抗力的BS-90 B. glabrata的单个颗粒细胞和透明细胞 |
| 188 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptomics Reveal Disrupted Kidney Filter Cell-Cell Interactions after Early and Selective Podocyte Injury
2022-02, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2021.11.004
PMID:34861215
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了早期选择性足细胞损伤后肾脏过滤屏障细胞间相互作用的破坏情况 | 首次揭示了足细胞损伤后肾脏过滤屏障中细胞间相互作用的最早转录效应，并识别了新的治疗靶点 | NA | 探究慢性肾脏疾病中足细胞损伤与细胞间相互作用破坏之间的早期联系 | 肾脏组织中的足细胞、内皮细胞和系膜细胞 | 数字病理学 | 慢性肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | iCTCF小鼠肾脏组织样本 |
| 189 | 2024-08-08 |
Heterogeneity effects of nanoplastics and lead on zebrafish intestinal cells identified by single-cell sequencing
2022-Feb, Chemosphere
IF:8.1Q1
|
研究论文 | 本研究首次通过单细胞RNA测序分析了20μg/L和200μg/L的100nm聚苯乙烯纳米塑料（PS-NPs）、50μg/L铅（Pb）及其联合暴露对斑马鱼肠道细胞的异质性效应。 | 本研究首次使用单细胞RNA测序技术分析了纳米塑料和铅对斑马鱼肠道细胞的异质性效应，揭示了不同细胞群对污染物的不同反应。 | 研究仅限于特定浓度的纳米塑料和铅，且仅针对斑马鱼肠道细胞，可能需要进一步研究不同浓度和其他生物体中的效应。 | 探讨纳米塑料和铅对斑马鱼肠道细胞的异质性毒性效应。 | 斑马鱼肠道细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 38,640个斑马鱼肠道细胞 |
| 190 | 2024-08-08 |
Cycloleucine negatively regulates porcine oocyte maturation and embryo development by modulating N6-methyladenosine and histone modifications
2022-Feb, Theriogenology
IF:2.4Q1
|
研究论文 | 研究通过抑制RNA的N6-甲基腺苷（mA）修饰，探讨了环亮氨酸（CL）对猪卵母细胞成熟和早期胚胎发育的影响 | 首次揭示了RNA mA抑制剂环亮氨酸在猪卵母细胞成熟和早期胚胎发育中的作用及其分子机制 | NA | 探究RNA mA修饰在猪卵母细胞成熟和早期胚胎发育中的作用 | 猪卵母细胞和早期胚胎 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 191 | 2024-08-08 |
Evaluating microglial phenotypes using single-cell technologies
2022-02, Trends in neurosciences
IF:14.6Q1
DOI:10.1016/j.tins.2021.11.001
PMID:34872773
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综述 | 本文总结了利用单细胞技术评估微胶质细胞表型的可用方法 | 介绍了单细胞测序方法和新的多组学方法，以扩展对微胶质细胞功能的理解 | NA | 探讨单细胞技术在微胶质细胞生物学中的应用 | 微胶质细胞的表型和功能 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组 | 数千个细胞 |
| 192 | 2024-08-08 |
Identification of heterogeneity and prognostic key genes associated with uveal melanoma using single-cell RNA-sequencing technology
2022-02-01, Melanoma research
IF:1.5Q4
DOI:10.1097/CMR.0000000000000783
PMID:34879031
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了葡萄膜黑色素瘤中的细胞异质性和与预后相关的关键基因 | 发现了与转移性葡萄膜黑色素瘤相关的新细胞簇，并识别了影响细胞间通讯的关键信号通路基因 | NA | 揭示葡萄膜黑色素瘤的生物学特性，为判断转移或复发的风险提供理论依据 | 葡萄膜黑色素瘤的细胞异质性和预后相关基因 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞测序数据 | 数据来自GSE139829和GSE138433 |
| 193 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing and Assay for Transposase-Accessible Chromatin Using Sequencing Reveals Cellular and Molecular Dynamics of Aortic Aging in Mice
2022-02, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.121.316883
PMID:34879708
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和转座酶可及染色质测序技术，分析了不同年龄C57/BL6J小鼠主动脉的转录组和转座酶可及染色质谱，揭示了主动脉衰老的细胞和分子动力学机制。 | 本研究首次整合了异质性转录组和染色质可及性数据，识别了细胞特异性的转录因子调控网络和开放染色质状态，并构建了衰老轨迹模型。 | NA | 探究年龄相关血管衰老在主动脉细胞亚群中的细胞和分子机制。 | C57/BL6J小鼠主动脉的转录组和转座酶可及染色质谱。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，转座酶可及染色质测序 | NA | 转录组数据，染色质可及性数据 | 4周、26周和86周的C57/BL6J小鼠 |
| 194 | 2024-08-08 |
Clinical characterization and immunosuppressive regulation of CD161 (KLRB1) in glioma through 916 samples
2022-Feb, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.15236
PMID:34881489
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研究论文 | 本研究探讨了CD161在胶质瘤中的临床特征及其免疫抑制调控作用 | 首次在大规模临床样本中证实CD161在胶质瘤生物学中的关键作用，并发现其作为胶质瘤免疫治疗新靶点的潜力 | NA | 旨在揭示CD161在胶质瘤中的分子机制及其对免疫监视逃避的影响 | CD161在胶质瘤中的表达及其对T细胞毒性的抑制作用 | 数字病理学 | 脑瘤 | RNA测序, 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 916个胶质瘤样本，包括313个来自中国胶质瘤基因组图谱数据库的样本和603个来自癌症基因组图谱数据库的样本 |
| 195 | 2024-08-08 |
Shoot and root single cell sequencing reveals tissue- and daytime-specific transcriptome profiles
2022-02-04, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiab537
PMID:34850215
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了拟南芥根和地上组织的转录组，揭示了组织特异性和昼夜特异性的转录组特征 | 首次提供了拟南芥根和地上组织细胞类型的从头参考图谱，并探讨了非注释和双顺反子转录本的存在 | NA | 研究拟南芥根和地上组织在特定时间点的基因表达空间控制 | 拟南芥的根和地上组织 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | 近70,000个拟南芥细胞 |
| 196 | 2024-08-08 |
An autoimmune stem-like CD8 T cell population drives type 1 diabetes
2022-02, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-04248-x
PMID:34847567
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研究论文 | 本文研究了非肥胖糖尿病小鼠中β细胞特异性CD8 T细胞在1型糖尿病发展过程中的命运，并识别出胰腺引流淋巴结中的干细胞样自身免疫前体细胞群 | 本文首次识别出干细胞样自身免疫前体细胞群，并揭示了其自我更新及分化为自身免疫介质的机制 | 本文主要在非肥胖糖尿病小鼠模型中进行研究，其结果在人类中的适用性有待进一步验证 | 研究自身免疫T细胞群的产生、维持及其分子调控机制 | β细胞特异性CD8 T细胞及干细胞样自身免疫前体细胞群 | NA | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 非肥胖糖尿病小鼠 |
| 197 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Analysis of Human Dental Pulp Stem Cell and Human Periodontal Ligament Stem Cell
2022-Feb, Journal of endodontics
IF:3.5Q1
DOI:10.1016/j.joen.2021.11.005
PMID:34801591
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了人牙髓干细胞和人牙周韧带干细胞的特征及异质性 | 本研究首次在单细胞水平上探讨了人牙髓干细胞和人牙周韧带干细胞的转录组特征及其差异 | 研究样本仅来自两个无龋齿的前磨牙，样本量较小 | 探讨人牙髓干细胞和人牙周韧带干细胞在单细胞水平的转录组特征及其差异 | 人牙髓干细胞和人牙周韧带干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 2个无龋齿的前磨牙 |
| 198 | 2024-08-08 |
Bringing precision oncology to cellular resolution with single-cell genomics
2022-02, Clinical & experimental metastasis
IF:4.2Q2
DOI:10.1007/s10585-021-10129-4
PMID:34807338
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综述 | 本文概述了单细胞癌症测序领域的发展，并提供了一个路线图，将这些技术从研究工具转变为向临床肿瘤学家提供高分辨率、治疗导向细节的诊断仪器。 | 单细胞测序技术的发展为理解癌症的病因、发病机制和治疗反应性提供了新的见解，并开始为肿瘤内临床相关的亚群提供生物标志物和药物靶点。 | 目前这些技术主要集中在基础肿瘤生物学研究，尚未广泛应用于临床诊断。 | 将单细胞测序技术从研究工具发展为临床诊断仪器，提供高分辨率的治疗导向细节。 | 单细胞测序技术在癌症研究中的应用及其向临床诊断的转化。 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 199 | 2024-08-08 |
circRNAome profiling reveals circFgfr2 regulates myogenesis and muscle regeneration via a feedback loop
2022-02, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle
DOI:10.1002/jcsm.12859
PMID:34811940
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研究论文 | 本研究通过环状RNA组分析揭示了circFgfr2通过反馈环路调控肌生成和肌肉再生的机制。 | 首次揭示了circFgfr2在肌生成和肌肉再生中的作用及其通过miR-133/Map3k20/JNK/Klf4反馈环路的调控机制。 | NA | 探究环状RNA在肌生成和骨骼肌发育中的动态表达、功能和机制。 | 环状RNA circFgfr2及其在肌生成和肌肉再生中的作用。 | RNA研究 | NA | RNA测序（RNA-seq）、微阵列、RT-qPCR、western blotting、双荧光素酶活性测定、RNA免疫沉淀、RNA荧光原位杂交、染色质免疫沉淀 | NA | RNA | 52,918个高可信度环状RNA，其中2916个在人、小鼠和猪中保守 |
| 200 | 2024-08-08 |
HMGB1/Foxp1 regulates hypoxia-induced inflammatory response in macrophages
2022-Feb, Cell biology international
IF:3.3Q3
DOI:10.1002/cbin.11728
PMID:34816539
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研究论文 | 本研究探讨了高迁移率族蛋白B1（HMGB1）及其靶基因叉头框蛋白P1（Foxp1）在心肌梗死（MI）模型中巨噬细胞的炎症反应中的作用 | 首次研究了Foxp1在心肌梗死中巨噬细胞的作用，并验证了HMGB1通过下调Foxp1加剧巨噬细胞的炎症反应 | NA | 研究HMGB1和Foxp1在心肌梗死中巨噬细胞炎症反应中的作用 | 心肌梗死模型中巨噬细胞的HMGB1和Foxp1基因 | NA | 心血管疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 使用了来自GEO数据库的GSE136088数据集 |