单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-10	Differential abundance testing on single-cell data using k-nearest neighbor graphs 2022-02, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-01033-z PMID:34594043	研究论文	本文介绍了一种名为Milo的统计框架，通过在k近邻图上分配细胞到部分重叠的邻域来进行单细胞数据的差异丰度测试	Milo能够识别被离散化成簇的细胞所掩盖的扰动，并保持批次效应下的错误发现率控制，优于其他差异丰度测试策略	NA	开发一种新的统计框架，用于在单细胞数据中进行差异丰度测试，以克服现有方法的局限性	单细胞RNA测序数据和模拟数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	单细胞数据	NA
2	2024-10-16	Spatially Resolved Transcriptomic Analysis of Acute Kidney Injury in a Female Murine Model 2022-02, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.2021081150 PMID:34853151	研究论文	研究优化并验证了一种雌性小鼠双侧缺血-再灌注损伤模型，并使用10× Genomics Visium空间基因表达解决方案生成空间基因表达图谱，应用Giotto和SPOTlight工具分析细胞间相互作用动态	首次在雌性小鼠模型中进行空间分辨的转录组分析，揭示了急性肾损伤后的细胞间相互作用动态和区域特异性基因表达模式	研究仅限于雌性小鼠模型，未涵盖其他性别和物种	研究急性肾损伤后的空间基因表达模式和细胞间相互作用动态	雌性小鼠急性肾损伤模型	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组测序	NA	基因表达数据	16,856个独特基因
3	2024-09-30	Cell specific peripheral immune responses predict survival in critical COVID-19 patients 2022-02-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-28505-3 PMID:35169146	研究论文	研究了外周免疫细胞激活与重症COVID-19患者生存率之间的关系	使用单细胞RNA测序和CITE-seq技术，揭示了与重症COVID-19患者生存相关的特定细胞类型转录特征，并利用机器学习预测死亡率	需要进一步验证和独立数据集的支持	探讨外周免疫细胞激活与重症COVID-19患者生存率的关系，并开发预测模型	重症COVID-19患者的免疫细胞和生存率	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序，CITE-seq	机器学习	转录组数据	多个重症COVID-19患者样本
4	2024-09-13	The eternal quest for self-improvement of somatic cells 2022-Feb-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2022.100094 PMID:36778659	研究论文	本文研究了体细胞突变驱动癌细胞转化的进化过程	结合类器官技术、前瞻性条形码标记和单细胞测序来研究体细胞克隆的进化	体细胞突变驱动癌细胞转化的序列事件理解不足	研究体细胞突变驱动癌细胞转化的进化过程	体细胞克隆的进化	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
5	2024-08-31	The biology of time: dynamic responses of cell types to developmental, circadian and environmental cues 2022-02, The Plant journal : for cell and molecular biology DOI:10.1111/tpj.15589 PMID:34797944	综述	本文综述了植物细胞类型对发育、昼夜和环境信号的动态响应，并探讨了单细胞测序和时间生物信息学算法在这些响应中的应用	利用单细胞测序和时间生物信息学算法揭示了植物细胞和组织中基于时间的响应动态	NA	探讨植物细胞类型对不同时间尺度信号的响应机制	植物细胞类型及其对发育、昼夜和环境信号的响应	NA	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
6	2024-08-30	Vemurafenib acts as a molecular on-off switch governing systemic inflammation in Langerhans cell histiocytosis 2022-02-08, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2021005442 PMID:34619771	研究论文	本文报道了一名Langerhans细胞组织细胞增生症（LCH）患者在接受vemurafenib和挽救性化疗联合治疗后，实现了持续的临床和分子缓解的全面分析	研究发现vemurafenib能快速、高效但可逆地抑制系统性炎症的临床表现，并且炎症细胞因子的血清水平与vemurafenib的使用完全一致	NA	探讨vemurafenib在LCH治疗中的作用及其对系统性炎症的影响	LCH患者及其细胞类型	NA	Langerhans细胞组织细胞增生症	单细胞转录组分析	NA	血液和骨髓细胞	一名LCH患者
7	2024-08-28	Network inference with Granger causality ensembles on single-cell transcriptomics 2022-02-08, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110333 PMID:35139376	研究论文	本文介绍了一种名为SINGE的算法，用于从有序的单细胞基因表达数据中推断基因调控网络	SINGE算法使用基于核的Granger因果回归来平滑不规则的伪时间点和缺失的表达值，并通过集成回归分析的预测来编译转录调控因子和目标基因之间的候选交互列表	在详细检查中，发现个别调控因子的性能较差和无信息的伪时间点	开发一种新的算法用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络	单细胞基因表达数据和基因调控网络	生物信息学	NA	Granger因果分析	回归分析	基因表达数据	两个小鼠胚胎干细胞分化数据集
8	2024-08-27	Computational exploration of cellular communication in skin from emerging single-cell and spatial transcriptomic data 2022-02-28, Biochemical Society transactions IF:3.8Q2 DOI:10.1042/BST20210863 PMID:35191953	综述	本文综述了利用单细胞转录组学和空间转录组学数据推断细胞间通信的计算工具，并强调了这些工具在探索皮肤发育、稳态、疾病和衰老中的细胞通信方面的生物学见解	利用空间转录组学数据结合细胞间通信分析，为理解组织结构和功能提供了新的方向	单细胞转录组学数据 inherently 丢失了细胞的空间信息	探索细胞间通信在组织发育和稳态中的作用	皮肤中的细胞间通信机制	生物信息学	NA	单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
9	2024-08-27	Single-cell eQTL analysis of activated T cell subsets reveals activation and cell type-dependent effects of disease-risk variants 2022-02-25, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abm2508 PMID:35213211	研究论文	本文通过激活来自89名健康供体的CD4 T细胞并进行单细胞RNA测序，研究了遗传变异在细胞类型特异性和激活依赖性效应中的作用。	首次在单细胞水平上探讨了遗传变异对激活T细胞亚群的影响，并发现了新的疾病风险变异基因关联。	研究样本仅限于健康供体，可能限制了对疾病相关遗传变异效应的全面理解。	探索遗传变异在生物学相关背景下对细胞的影响。	CD4 T细胞及其亚群。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	89名健康供体的CD4 T细胞，超过100万个细胞
10	2024-08-26	Tumor Heterogeneity and Molecular Characteristics of Glioblastoma Revealed by Single-Cell RNA-Seq Data Analysis 2022-02-25, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes13030428 PMID:35327982	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了胶质母细胞瘤的肿瘤异质性和分子特征	本研究通过单细胞转录组数据分析，揭示了胶质母细胞瘤的异质性，并识别了94个在肿瘤和周边细胞中差异表达的基因，构建了组织特异性的共表达网络和蛋白质-蛋白质相互作用网络	本研究仅分析了四个原发性IDH-WT胶质母细胞瘤患者的3389个细胞，样本量较小	理解胶质母细胞瘤的异质性和疾病预后机制	胶质母细胞瘤的肿瘤异质性和分子特征	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	3389个细胞，来自四个原发性IDH-WT胶质母细胞瘤患者
11	2024-08-26	Diversification of multipotential postmitotic mouse retinal ganglion cell precursors into discrete types 2022-02-22, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.73809 PMID:35191836	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术探讨了新生（后有丝分裂）小鼠视网膜神经节细胞（RGC）前体细胞如何分化成约45种不同类型	研究表明RGC转录组类型身份并非在有丝分裂退出时指定，而是通过后有丝分裂多潜能前体细胞的逐步、非同步限制获得	NA	研究神经元类内离散类型的分子分化	小鼠视网膜神经节细胞前体细胞的分化	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	约45种不同类型的小鼠视网膜神经节细胞前体细胞
12	2024-08-25	Single-cell gene fusion detection by scFusion 2022-02-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-28661-6 PMID:35228538	研究论文	本文介绍了一种基于单细胞RNA测序（scRNA-seq）的基因融合检测计算工具scFusion，并通过模拟和真实数据集评估了其性能	scFusion能够高效且敏感地检测基因融合，具有较低的假发现率，并能在单细胞水平上检测到其他方法无法发现的融合事件	NA	开发和评估一种新的计算工具，用于在单细胞水平上检测基因融合	基因融合在肿瘤发生和进展中的作用	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	五个真实单细胞RNA测序数据集
13	2024-08-25	Klf4 methylated by Prmt1 restrains the commitment of primitive endoderm 2022-02-28, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac054 PMID:35137179	研究论文	研究报告了Prmt1在原始内胚层（PrE）形成中的重要作用，以及Prmt1介导的Klf4甲基化在细胞命运决定中的机制	首次揭示了Prmt1通过甲基化Klf4来调控原始内胚层形成的分子机制	NA	探索哺乳动物胚胎发育早期原始内胚层形成的分子机制	Prmt1在原始内胚层形成中的作用及Klf4甲基化的影响	发育生物学	NA	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	RNA	小鼠胚胎干细胞（mESCs）
14	2024-08-25	Single-cell transcriptomics analysis reveals intratumoral heterogeneity and identifies a gene signature associated with prognosis of hepatocellular carcinoma 2022-02-25, Bioscience reports IF:3.8Q2 DOI:10.1042/BSR20212560 PMID:35169832	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了肝细胞癌患者的肿瘤组织，揭示了肿瘤内异质性并识别出与肝细胞癌预后相关的基因特征	首次在单细胞水平上揭示了肝细胞癌的肿瘤内异质性，并识别出与预后相关的基因特征	研究仅基于一名肝细胞癌患者的样本，可能需要更多样本以验证结果的普遍性	揭示肝细胞癌的肿瘤内异质性并识别与预后相关的基因特征	肝细胞癌患者的肿瘤组织	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	5753个细胞，来自一名肝细胞癌患者
15	2024-08-25	A Primer for Single-Cell Sequencing in Non-Model Organisms 2022-02-19, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes13020380 PMID:35205423	研究论文	本文介绍了在非模式生物中进行单细胞测序研究的一般工作流程和注意事项	探讨了在非模式生物中应用单细胞测序技术的可能性，这有助于深入理解基因型与表型之间的关系及生物变异的基础	研究仅限于多细胞动物	探索在非模式生物中应用单细胞测序技术，以解决传统模式生物无法触及的问题	非模式生物中的单细胞测序	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
16	2024-08-25	scInTime: A Computational Method Leveraging Single-Cell Trajectory and Gene Regulatory Networks to Identify Master Regulators of Cellular Differentiation 2022-02-18, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes13020371 PMID:35205415	研究论文	本文介绍了一种名为scInTime的无监督机器学习框架，该框架结合单细胞基因调控网络（scGRNs）和推断的细胞轨迹，用于识别细胞分化的主调控基因	scInTime框架通过整合不同伪时间点的基因调控网络信息，提供了更易解释的轨迹推断结果	NA	开发一种新的计算方法，通过结合单细胞轨迹和基因调控网络来识别细胞分化的主调控基因	单细胞RNA测序数据中的细胞分化主调控基因	机器学习	NA	单细胞RNA测序	无监督机器学习框架	单细胞RNA测序数据	多个单细胞RNA测序数据集
17	2024-08-25	T-cell dysfunction in the glioblastoma microenvironment is mediated by myeloid cells releasing interleukin-10 2022-02-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-28523-1 PMID:35177622	研究论文	本文通过应用一个集成空间解析和单细胞基因表达数据的计算多维模型，研究了胶质母细胞瘤微环境中T细胞功能障碍的原因	本文首次展示了通过集成单细胞和空间转录组学数据的多维模型来探究肿瘤免疫微环境	NA	研究胶质母细胞瘤微环境中T细胞功能障碍的机制	胶质母细胞瘤中的免疫细胞和肿瘤微环境	数字病理学	脑癌	单细胞和空间转录组学	多维模型	基因表达数据	45,615个免疫细胞来自12个肿瘤样本
18	2024-08-25	Ligand-mediated PAI-1 inhibition in a mouse model of peritoneal carcinomatosis 2022-02-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2022.100526 PMID:35243423	研究论文	本研究通过功能和转录组实验，识别出STAT3信号通路在腹膜癌病（PC）中的关键作用，并通过综合分析公共数据库和临床队列数据，验证了基于PAI-1水平的分子分层在PC治疗中的潜在应用	首次揭示了PAI-1在腹膜癌病中的分泌来源及其作为预后生物标志物的潜力，并提出了基于旁分泌依赖性的治疗新策略	研究主要基于小鼠模型和患者来源的异种移植模型，需要进一步的临床试验验证	探索腹膜癌病中的关键信号通路及其治疗潜力	腹膜癌病细胞、STAT3信号通路、PAI-1水平	数字病理学	腹膜癌	单细胞测序	NA	转录组数据	临床队列研究涉及7,359例患者，前瞻性研究涉及149例患者
19	2024-08-25	Novel Insights into the Stemness and Immune Privilege of Mesenchymal Stem Cells from Human Wharton Jelly by Single-Cell RNA Sequencing 2022-Feb-14, Medical science monitor : international medical journal of experimental and clinical research IF:2.2Q3 DOI:10.12659/MSM.934660 PMID:35153292	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了人脐带华通胶间充质干细胞（WJ-MSCs）的基因表达，以探讨其干细胞特性和免疫特性	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了WJ-MSCs的基因表达异质性，并发现只有部分细胞具有真正的干细胞特性，同时质疑了WJ-MSCs的免疫特权	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境下的验证	探究WJ-MSCs的干细胞特性和免疫特性	人脐带华通胶间充质干细胞（WJ-MSCs）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及的WJ-MSCs细胞数量未在摘要中明确提及
20	2024-08-25	IQCELL: A platform for predicting the effect of gene perturbations on developmental trajectories using single-cell RNA-seq data 2022-02, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1009907 PMID:35213533	研究论文	本文介绍了一个名为IQCELL的平台，该平台利用单细胞RNA测序数据直接推断、模拟和研究可执行的逻辑基因调控网络（GRN）	IQCELL平台能够从单细胞RNA测序数据中直接推断出可执行的逻辑基因调控网络，并模拟基本假设以控制干细胞命运	NA	开发一个平台，用于从单细胞RNA测序数据中推断、模拟和研究可执行的基因调控网络	早期小鼠T细胞和红细胞发育的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	逻辑基因调控网络（GRN）	单细胞RNA测序数据	早期小鼠T细胞和红细胞发育的数据