单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4052 篇文献，本页显示第 1961 - 1980 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1961 | 2024-08-08 |
Identification and verification of YBX3 and its regulatory gene HEIH as an oncogenic system: A multidimensional analysis in colon cancer
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.957865
PMID:36059530
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研究论文 | 本研究探讨了YBX3基因及其调控的lncRNA HEIH在结肠癌中的致病作用及其对肿瘤进展的影响 | 首次揭示了YBX3及其调控基因HEIH在多种癌症中的致病作用，特别是在结肠癌中的免疫逃逸机制 | 研究主要集中在结肠癌，可能需要进一步研究其在其他癌症类型中的作用 | 研究YBX3及其调控基因HEIH在癌症中的致病作用及其对肿瘤进展的影响 | YBX3基因及其调控的lncRNA HEIH在结肠癌中的作用 | 数字病理学 | 结肠癌 | RNA pull-down, 质谱(MS), 组织微阵列(TMA), qPCR, 蛋白质印迹(western blotting) | NA | RNA | 93名患者, 12名不同临床病理阶段的患者 |
| 1962 | 2024-08-08 |
Profiling mouse cochlear cell maturation using 10× Genomics single-cell transcriptomics
2022, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2022.962106
PMID:36060279
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研究论文 | 本研究利用10x Genomics单细胞转录组测序技术，分析了幼年和成熟小鼠耳蜗细胞在发育过程中的转录组动态变化 | 首次在单细胞水平上揭示了内毛细胞和外毛细胞在不同发育阶段的成熟高峰期，并鉴定了在耳蜗毛细胞和螺旋神经节神经元成熟过程中表达的长非编码RNA基因 | NA | 研究小鼠耳蜗细胞在发育过程中的转录组动态变化 | 幼年和成熟小鼠的耳蜗细胞 | 数字病理学 | NA | 10x Genomics单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 幼年和成熟小鼠的耳蜗细胞 |
| 1963 | 2024-08-08 |
A Cell Differentiation Trajectory-Related Signature for Predicting the Prognosis of Lung Adenocarcinoma
2022, Genetics research
IF:1.4Q4
DOI:10.1155/2022/3483498
PMID:36072012
|
研究论文 | 本文筛选与细胞分化轨迹相关的基因，并构建了一个用于预测肺腺癌（LUAD）预后的细胞分化轨迹相关特征 | 构建了一个基于细胞分化轨迹相关基因的预后特征，并开发了一个具有高预测性能和准确性的诺模图 | NA | 筛选细胞分化轨迹相关基因并构建预后特征，以预测肺腺癌的预后 | 肺腺癌（LUAD）的预后预测 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用了来自GEO和TCGA数据库的LUAD单细胞mRNA表达谱和TCGA-LUAD转录组数据 |
| 1964 | 2024-08-08 |
Novel insight on marker genes and pathogenic peripheral neutrophil subtypes in acute pancreatitis
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.964622
PMID:36072587
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和机器学习方法，分析了急性胰腺炎患者外周血细胞的表达数据，并验证了两个功能基因模块及特定基因作为严重胰腺炎的预测因子。同时，通过结合批量测序和单细胞测序数据，识别了COVID-19诱导的急性胰腺炎中关键的中性粒细胞亚型。 | 首次全面分析了急性胰腺炎患者外周血的基因表达模式，并识别了与COVID-19相关的关键中性粒细胞亚型。 | NA | 旨在深入了解急性胰腺炎的分子机制，并探索COVID-19诱导的急性胰腺炎的预测因子。 | 急性胰腺炎患者的外周血细胞及COVID-19患者的测序数据。 | 数字病理学 | 急性胰腺炎 | 机器学习方法、批量测序、单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 本地患者的具体样本数量未明确提及 |
| 1965 | 2024-08-08 |
The development and function of CD11c+ atypical B cells - insights from single cell analysis
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.979060
PMID:36072594
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综述 | 本文综述了利用单细胞RNA测序技术研究CD11c+非典型B细胞（ABCs）的发育和功能 | 单细胞RNA测序技术使得在不同免疫环境下准确识别ABCs成为可能，并揭示了ABCs是一种高度保守的记忆B细胞谱系 | ABCs的正常功能仍不明确 | 探讨ABCs的发育和功能 | CD11c+非典型B细胞（ABCs） | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 1966 | 2024-08-08 |
Clustering CITE-seq data with a canonical correlation-based deep learning method
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.977968
PMID:36072672
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研究论文 | 本文提出了一种基于典型相关分析的深度学习方法scCTClust，用于聚类CITE-seq数据，该方法通过两个特定组学的神经网络提取组学数据中的聚类信息，并采用深度典型相关方法找到两个组学的最大相关表示，最后利用一种新颖的分散聚类方法对两个组学的潜在表示的线性组合进行聚类 | 本文创新性地提出了一种适用于多组学数据特别是CITE-seq数据的聚类方法scCTClust，该方法能够克服CITE-seq数据噪声大、维度高和稀疏性强的特点，并通过深度典型相关方法找到两个组学的最大相关表示 | NA | 克服CITE-seq数据噪声大、维度高和稀疏性强的问题，找到适合聚类的组合表示 | CITE-seq数据 | 机器学习 | NA | CITE-seq | 神经网络 | 多组学数据 | NA |
| 1967 | 2024-08-08 |
Lung epithelial and myeloid innate immunity in influenza-associated or COVID-19-associated pulmonary aspergillosis: an observational study
2022-12, The Lancet. Respiratory medicine
DOI:10.1016/S2213-2600(22)00259-4
PMID:36029799
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研究论文 | 本研究探讨了流感相关性肺曲霉病（IAPA）和COVID-19相关性肺曲霉病（CAPA）患者中肺上皮和髓系先天免疫的作用。 | 首次详细分析了IAPA和CAPA患者中肺上皮和髓系先天免疫的基因表达和蛋白质水平，揭示了抗真菌免疫的三重缺陷。 | 研究样本量有限，且仅限于特定时间段内入住ICU的患者，可能影响结果的普遍性。 | 探索IAPA和CAPA患者中肺上皮和髓系先天免疫的作用及其病理生理机制。 | IAPA和CAPA患者的肺上皮和髓系先天免疫。 | 数字病理学 | 肺部疾病 | nCounter基因表达分析、蛋白质分析、RNAScope、GeoMx空间转录组学 | NA | 生物样本 | 166名符合条件的患者，其中40名患有IAPA，52名患有流感但无曲霉病，33名患有CAPA，41名患有COVID-19但无曲霉病。 |
| 1968 | 2024-08-08 |
The CELLO trial: Protocol of a planned phase 4 study to assess the efficacy of Ocrelizumab in patients with radiologically isolated syndrome
2022-Dec, Multiple sclerosis and related disorders
IF:2.9Q2
DOI:10.1016/j.msard.2022.104143
PMID:36031693
|
研究论文 | 本文描述了CELLO临床试验的方案，该试验旨在评估ocrelizumab在放射学孤立综合征（RIS）患者中的疗效。 | 本研究首次在RIS患者中评估ocrelizumab的疗效，并探索与自身免疫相关的生物标志物及免疫恢复情况。 | NA | 研究旨在评估ocrelizumab在RIS患者中的疗效，并识别与自身免疫和免疫恢复相关的生物标志物。 | 放射学孤立综合征（RIS）患者。 | NA | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 生物标志物 | 100名参与者 |
| 1969 | 2024-08-08 |
Cryobanking of Human Distal Lung Epithelial Cells for Preservation of Their Phenotypic and Functional Characteristics
2022-12, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2021-0507MA
PMID:36036918
|
研究论文 | 本文详细介绍了一种用于保存人远端肺上皮细胞表型和功能特性的低温保存方法 | 该方法能够有效保存远端气体交换区域的功能性上皮细胞类型，这在以往的技术中是缺乏的 | NA | 研究目的是开发一种能够长期保存人远端肺组织细胞功能和分子表型的方法 | 研究对象包括人远端肺上皮细胞及其表型和功能特性 | 数字病理学 | 肺疾病 | 流式细胞术，上皮类器官形成效率分析，单细胞转录组分析 | NA | 细胞 | 包括来自人肺组织的细胞 |
| 1970 | 2024-08-08 |
Single-cell phenotypic profiling to identify a set of immune cell protein biomarkers for relapsed and refractory diffuse large B cell lymphoma: A single-center study
2022-12, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1002/JLB.6MA0822-720RR
PMID:36040107
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和质谱流式细胞术，从复发和难治性弥漫大B细胞淋巴瘤患者的18份诊断性外周血单个核细胞样本中，鉴定和验证了mRNA和蛋白质水平的免疫细胞标志物。 | 开发了一套新的复发和难治性弥漫大B细胞淋巴瘤的诊断标志物，通过单细胞分辨率的检测方法，提供了精确的标志物，有助于克服肿瘤间和肿瘤内的异质性。 | NA | 鉴定复发和难治性弥漫大B细胞淋巴瘤的免疫细胞标志物，并验证其在诊断中的应用。 | 复发和难治性弥漫大B细胞淋巴瘤患者的免疫细胞标志物。 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），质谱流式细胞术（CyTOF） | NA | 单细胞数据 | 18份复发和难治性弥漫大B细胞淋巴瘤患者的外周血单个核细胞样本，以及5份健康志愿者的外周血单个核细胞样本。 |
| 1971 | 2024-08-08 |
UNIFAN: A Tool for Unsupervised Single-Cell Clustering and Annotation
2022-11, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2022.0251
PMID:36036832
|
研究论文 | UNIFAN 是一种用于单细胞 RNA 测序数据（scRNA-seq）的无监督细胞类型注释工具 | UNIFAN 利用通路和生物过程信息进行细胞聚类和注释 | NA | 开发和介绍 UNIFAN 工具的安装和使用步骤 | 单细胞 RNA 测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) | NA | 表达数据 | NA |
| 1972 | 2024-08-08 |
FastMix: a versatile data integration pipeline for cell type-specific biomarker inference
2022-10-14, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac585
PMID:36018232
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研究论文 | 本文介绍了一种名为FastMix的新型分析管道，用于计算免疫学，整合流式细胞术、bulk转录组学和临床协变量，以识别细胞类型特异性基因表达特征和生物标志物基因 | FastMix通过线性混合效应模型（LMER）解决了基因表达和流式细胞术整合分析中的'大p，小n'问题，并引入了基于矩的估计器，减少了参数估计中的偏差并提高了效率 | NA | 开发一种数据整合管道，用于分析流式细胞术和转录组学数据，结合实验变量进行生物标志物推断 | 流式细胞术和转录组学数据 | 计算免疫学 | NA | 流式细胞术，bulk转录组学 | 线性混合效应模型（LMER） | 基因表达数据，流式细胞术数据 | 涉及两个疫苗研究的实际数据 |
| 1973 | 2024-08-08 |
Sex-dependent differential transcript expression in the placenta of growth restricted infants
2022-10, Placenta
IF:3.0Q2
DOI:10.1016/j.placenta.2022.08.004
PMID:36031700
|
研究论文 | 研究探讨了在宫内生长受限婴儿的胎盘中，性别特异性基因表达的变化 | 首次识别了与宫内生长受限婴儿相关的403个候选转录本，其中103个显示性别特异性表达 | 研究仅基于12个胎盘样本，样本量较小 | 旨在评估宫内生长受限婴儿胎盘中性别特异性基因表达的变化 | 人类胎盘组织样本 | 基因表达 | 宫内生长受限 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 12个胎盘样本 |
| 1974 | 2024-08-08 |
Tracking Regulatory T Cell Development in the Thymus Using Single-Cell RNA Sequencing/TCR Sequencing
2022-10-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2200089
PMID:36038290
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和TCR测序技术，追踪小鼠胸腺中调节性T细胞（T）的发育过程 | 本研究首次详细描述了调节性T细胞在胸腺中的发育路径，并通过scRNA-Seq和TCR-Seq技术揭示了多个发育阶段和TCR库的多样性 | NA | 研究调节性T细胞在胸腺中的发育过程及其分子机制 | 小鼠胸腺中的CD4CD8双阳性胸腺细胞、CD4单阳性胸腺细胞、CD25FOXP3CD73 T前体细胞等 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、TCR测序 | NA | RNA序列 | 多种胸腺细胞亚群 |
| 1975 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome and translatome dual-omics reveals potential mechanisms of human oocyte maturation
2022-08-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-32791-2
PMID:36042231
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研究论文 | 本文开发了一种单细胞转录组和翻译组双组学方法，通过T&T-seq技术分析了小鼠和人类卵母细胞成熟过程中的转录组和翻译组特征 | 首次结合转录组和翻译组双组学方法，更准确地揭示了卵母细胞成熟过程中的基因表达调控机制 | NA | 探究人类卵母细胞成熟过程中的基因表达调控机制 | 小鼠和人类卵母细胞 | 基因组学 | NA | T&T-seq | NA | 转录组和翻译组数据 | 单细胞卵母细胞样本 |
| 1976 | 2024-08-08 |
Transcriptome Analysis of Peripheral Blood Mononuclear Cells Response in Patients with Severe COVID-19 Reveals Crucial Genes Regulating Protein Ubiquitination
2022-Aug-29, Medical science monitor : international medical journal of experimental and clinical research
IF:2.2Q3
DOI:10.12659/MSM.937532
PMID:36031751
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研究论文 | 本研究通过RNA测序分析严重COVID-19患者和健康对照者的外周血单个核细胞，揭示了调控蛋白质泛素化的关键基因 | 发现蛋白质泛素化在严重COVID-19患者中的重要作用，并识别出关键基因簇和转录因子 | 样本量较小，仅包括4名患者和4名健康对照 | 深入理解严重COVID-19的生物学特征 | 严重COVID-19患者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 4名严重COVID-19患者和4名健康对照 |
| 1977 | 2024-08-08 |
Accurate inference of genome-wide spatial expression with iSpatial
2022-Aug-26, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abq0990
PMID:36026447
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research paper | 本文开发了一种名为iSpatial的新算法，通过整合空间转录组学和单细胞RNA测序数据集，推导出整个转录组的空间模式 | iSpatial算法在预测基因表达和空间分布方面比现有方法具有更高的准确性，并减少了原始数据集中的假阳性和假阴性信号 | NA | 提供一种计算方法，以单细胞分辨率揭示整个转录组的空间组织 | 空间转录组学和单细胞RNA测序数据集 | digital pathology | NA | RNA-seq | algorithm | spatial transcriptomic data | 多个来自不同组织和技术的空间转录组数据集 |
| 1978 | 2024-08-08 |
Shared regulation and functional relevance of local gene co-expression revealed by single cell analysis
2022-08-26, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-022-03831-w
PMID:36028576
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研究论文 | 本文利用单细胞数据集研究了人类细胞中基因共表达的现象，并探讨了其在单细胞层面的调控机制和功能相关性 | 首次利用单细胞数据集研究基因共表达现象，揭示了共表达基因对在单细胞层面的调控元素共享情况 | NA | 探究单细胞层面基因共表达的调控机制及其功能相关性 | 人类诱导多能干细胞（iPSCs）和淋巴母细胞系（LCLs）中的基因共表达现象 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | NA | 基因表达数据 | 超过85个个体 |
| 1979 | 2024-08-08 |
Paracrine Factors of Stressed Peripheral Blood Mononuclear Cells Activate Proangiogenic and Anti-Proteolytic Processes in Whole Blood Cells and Protect the Endothelial Barrier
2022-Jul-30, Pharmaceutics
IF:4.9Q1
DOI:10.3390/pharmaceutics14081600
PMID:36015226
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研究论文 | 研究了应激外周血单个核细胞（PBMCsec）的旁分泌因子对全血细胞和内皮屏障的保护作用 | 首次展示了PBMCsec在体外对白细胞和内皮细胞的转录组变化，并发现其具有显著的组织再生和促血管生成能力 | 研究主要集中在体外实验，需要进一步的临床试验来验证其治疗效果 | 探讨PBMCsec在治疗受损器官中的潜在应用 | 外周血单个核细胞的旁分泌因子及其对白细胞和内皮细胞的影响 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 来自健康个体的全血样本 |
| 1980 | 2024-08-08 |
SAREV: A review on statistical analytics of single-cell RNA sequencing data
2022 Jul-Aug, Wiley interdisciplinary reviews. Computational statistics
DOI:10.1002/wics.1558
PMID:36034329
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序数据统计分析方法的发展 | 介绍了针对单细胞RNA测序数据的高分辨率特性而开发的新的统计分析方法 | 由于篇幅限制，本综述未能涵盖所有相关方法 | 旨在为从事单细胞RNA测序统计和计算研究以及相关方法和工具的科学研究的研究人员提供参考 | 单细胞RNA测序数据的统计分析方法 | 基因组学 | NA | NGS | NA | RNA测序数据 | NA |