单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1881	2024-08-08	Targeting autophagy in aortic aneurysm and dissection 2022-Sep, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2022.113547 PMID:36076620	综述	本文综述了自噬及其蛋白在主动脉瘤和夹层（AAD）中的作用，并探讨了针对自噬作为AAD新治疗策略的潜力	提出了针对自噬作为主动脉瘤和夹层的新治疗策略	自噬在AAD中的具体作用仍存在争议	探讨自噬在主动脉瘤和夹层中的作用及作为治疗策略的可能性	主动脉瘤和夹层	心血管疾病	主动脉疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
1882	2024-08-08	Delving into the Heterogeneity of Different Breast Cancer Subtypes and the Prognostic Models Utilizing scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq 2022-Sep-01, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23179936 PMID:36077333	研究论文	本研究深入探讨了不同乳腺癌亚型的异质性，并利用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和批量RNA测序（Bulk RNA-Seq）构建了预测模型	首次全面分析了不同乳腺癌亚型癌细胞的异质性，并建立了针对不同亚型的特异性预后模型	NA	旨在通过分析乳腺癌亚型的异质性，为乳腺癌的诊断、预后和靶向治疗提供临床意义	乳腺癌的不同亚型及其癌细胞的异质性	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），批量RNA测序（Bulk RNA-Seq）	LASSO回归，Cox分析	RNA序列	涉及三种乳腺癌亚型（三阴性乳腺癌、HER2+乳腺癌和腔内乳腺癌）的多个样本
1883	2024-08-08	Transcription Factor MAFB as a Prognostic Biomarker for the Lung Adenocarcinoma 2022-Sep-01, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23179945 PMID:36077342	研究论文	本文通过分析单细胞测序数据和临床记录，研究了转录因子MAFB在肺腺癌中的表达及其作为预后生物标志物的潜力	首次揭示了MAFB在肿瘤相关巨噬细胞中的特异性表达，并探讨了其在肺腺癌中的预后价值，尤其是在吸烟患者中	研究样本量相对较小，且仅限于日本的一个医院，可能影响结果的普遍性	探讨转录因子MAFB作为肺腺癌预后生物标志物的可能性	肺腺癌患者及其肿瘤组织	数字病理学	肺腺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	120名肺腺癌患者
1884	2024-08-08	CINS: Cell Interaction Network inference from Single cell expression data 2022-09, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1010468 PMID:36095011	研究论文	本文介绍了CINS管道，用于从单细胞表达数据中推断细胞间相互作用网络	CINS结合贝叶斯网络分析和基于回归的建模，能够识别不同条件下的细胞类型相互作用及其相关蛋白质，相较于先前的细胞相互作用预测方法有所改进	NA	确定不同条件下差异的细胞间相互作用	细胞类型相互作用及其相关蛋白质	单细胞测序	NA	scRNA-Seq	贝叶斯网络分析，回归模型	表达数据	疾病案例对照和衰老小鼠数据集
1885	2024-08-08	A Single-Cell Survey of Cellular Heterogeneity in Human Great Saphenous Veins 2022-08-31, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11172711 PMID:36078120	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，详细描述了人类大隐静脉中的细胞异质性及其表达调控机制	揭示了大隐静脉内皮细胞和瓣膜内皮细胞之间的功能适应性差异，以及淋巴管发育的潜在来源	NA	探索大隐静脉细胞成分及其表达调控，以减少静脉移植失败	人类大隐静脉样本	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三个人类大隐静脉样本
1886	2024-08-08	Sex Differences in Coronary Artery Disease and Diabetes Revealed by scRNA-Seq and CITE-Seq of Human CD4+ T Cells 2022-Aug-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23179875 PMID:36077273	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和抗体测序（CITE-Seq）分析了人CD4+ T细胞在冠状动脉疾病（CAD）和糖尿病（DM）中的性别差异	首次结合scRNA-Seq和CITE-Seq技术，详细分析了CD4+ T细胞在CAD和DM中的性别差异及基因表达变化	研究样本仅限于接受心脏导管手术的61名男性和女性，可能限制了结果的普遍性	探讨CAD与性别和DM之间的关系	人CD4+ T细胞	数字病理学	心血管疾病	scRNA-Seq, CITE-Seq	NA	单细胞转录组	61名男性和女性的外周血单个核细胞（PBMCs）
1887	2024-08-08	Dosage Compensation of the X Chromosome during Sheep Testis Development Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2022-Aug-24, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani12172169 PMID:36077890	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了绵羊睾丸发育三个关键阶段的剂量补偿机制	首次揭示了绵羊睾丸发育过程中X染色体的剂量补偿机制，并发现了MSL1和MSL2在早期生殖细胞中的表达及其在调控哺乳动物X染色体失活和激活中的作用	研究仅限于绵羊睾丸发育的三个特定阶段，未涵盖所有发育阶段	探讨绵羊雄性生殖细胞中X染色体的调控机制	绵羊睾丸发育过程中的X染色体剂量补偿	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	三个绵羊睾丸发育阶段的数据
1888	2024-08-08	The role of tumor-infiltrating B cells in the tumor microenvironment of hepatocellular carcinoma and its prognostic value: a bioinformatics analysis 2022-Aug, Journal of gastrointestinal oncology IF:2.0Q3 DOI:10.21037/jgo-22-717 PMID:36092319	研究论文	本研究通过生物信息学分析探讨了肿瘤浸润B细胞在肝细胞癌肿瘤微环境中的作用及其预后价值	本研究首次详细探讨了肿瘤浸润B细胞在肝细胞癌微环境中的作用，并验证了其与预后的关联	研究主要基于生物信息学分析，未来需要更多的实验验证	探讨肿瘤浸润B细胞在肝细胞癌中的作用及其预后价值	肝细胞癌肿瘤样本中的B细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	使用了来自Gene Expression Omnibus数据库和TCGA-LIHC数据库的多个样本
1889	2024-08-08	Identifying Transient Cells During Reprogramming via Persistent Homology 2022-07, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference DOI:10.1109/EMBC48229.2022.9871358 PMID:36085927	研究论文	本研究开发了一种基于持久同调的方法，用于识别在不同细胞表型之间起桥梁作用的过渡状态细胞	利用持久同调技术，能够识别位于不同细胞亚群边界上的过渡状态细胞	仅分析了代表重编程早期阶段的数据	开发一种方法来识别在不同细胞表型之间起桥梁作用的过渡状态细胞	人类成纤维细胞向诱导多能干细胞的重编程过程中的过渡状态细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	持久同调	时间序列数据	未具体说明样本数量
1890	2024-08-08	Gene Expression Markers of Prognostic Importance for Prostate Cancer Risk in Patients with Benign Prostate Hyperplasia 2022-07, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference DOI:10.1109/EMBC48229.2022.9871422 PMID:36086411	研究论文	本研究通过重新分析两个公开的单细胞RNA测序数据集，揭示了前列腺癌和良性前列腺增生细胞类型之间的基因表达差异	发现了791个在前列腺癌上皮细胞中上调的基因，并确定了六个在前列腺癌细胞中显著上调的标记基因	NA	旨在阐明前列腺癌的发展过程中细胞类型的转变，并识别出具有预后重要性的基因标记	前列腺癌和良性前列腺增生细胞类型	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	15,505个上皮细胞样本，涉及18,638个基因
1891	2024-08-08	FLT3LG and IFITM3P6 consolidate T cell activity in the bone marrow microenvironment and are prognostic factors in acute myelocytic leukemia 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.980911 PMID:36081495	研究论文	本研究旨在通过分析基因表达数据，识别与急性髓细胞性白血病（AML）中T细胞功能抑制相关的关键基因，为免疫治疗提供证据	确定了FLT3LG和IFITM3P6作为与患者总体生存和微环境免疫活性正相关的关键基因，并揭示了FLT3-FLT3LG和IFITM3P6-miR-6748-3p-CBX7信号轴在CD4+和CD8+ T细胞激活中的作用	NA	寻找与T细胞耗竭和抑制相关的关键基因，为AML的免疫治疗提供证据	急性髓细胞性白血病（AML）中的CD4+和CD8+ T细胞	NA	白血病	基因转录组表达分析	NA	基因表达数据	使用TCGA和TARGET数据库的基因转录组表达数据
1892	2024-08-08	The transcription factor Zfp503 promotes the D1 MSN identity and represses the D2 MSN identity 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.948331 PMID:36081908	研究论文	本文研究了转录因子Zfp503在促进D1型中棘神经元身份和抑制D2型中棘神经元身份中的作用	发现了D1型中棘神经元在缺乏特定条件下会转变为D2型中棘神经元，并揭示了转录因子Zfp503通过影响侧脑室旁核祖细胞的分化来调控这一过程	NA	探究中棘神经元两种类型的命运决定机制	中棘神经元及其转录因子调控	神经科学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
1893	2024-08-08	Knowledge structure and emerging trends in the application of deep learning in genetics research: A bibliometric analysis [2000-2021] 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.951939 PMID:36081985	综述	本文通过文献计量分析，总结了2000年至2021年间深度学习在遗传学研究中的应用知识结构和新兴趋势	利用CiteSpace和VOSviewer工具，识别了国家、机构、期刊、共引文献、关键词、主题演变、路径、当前特征和新兴话题	NA	总结标准化知识和潜在创新方法，鼓励更多研究	深度学习在遗传学研究中的应用	机器学习	NA	深度学习	NA	文献	分析了69,806篇参考文献和1,754篇相关论文
1894	2024-08-08	Identification of Four Biomarkers of Human Skin Aging by Comprehensive Single Cell Transcriptome, Transcriptome, and Proteomics 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.881051 PMID:36081986	研究论文	本文通过综合单细胞转录组、转录组和蛋白质组学方法，鉴定了四种与人类皮肤衰老相关的生物标志物。	首次结合蛋白质组学和转录组学数据，鉴定了四种与衰老相关的关键分子，并探讨了它们与衰老相关通路的关联。	NA	寻找能够预防衰老的生物标志物，特别是针对皮肤衰老。	年轻和衰老的成纤维细胞，以及衰老组织/细胞中的关键衰老相关分子。	数字病理学	皮肤老化	Q-Exactive-MS, qPCR, 单细胞转录组	NA	转录组, 蛋白质组	包括GSE63577, GSE64553, GSE18876, GSE85358等多个数据集
1895	2024-08-08	Construction of a prognostic model related to copper dependence in breast cancer by single-cell sequencing analysis 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.949852 PMID:36082002	研究论文	本研究通过单细胞测序分析构建了一个与乳腺癌铜依赖相关的预后模型	首次通过单细胞分析获得铜依赖相关基因，并构建了预后模型	需要进一步的研究来验证模型的长期效力和在不同人群中的适用性	探索铜依赖相关基因在女性乳腺癌中的临床意义	女性乳腺癌患者及其铜依赖相关基因	数字病理	乳腺癌	单细胞测序	COX和Lasso回归模型	基因表达数据	训练集和测试集各一半，外部验证集包括GSE20685和GSE20711数据集
1896	2024-08-08	Enriching and Characterizing T Cell Repertoires from 3' Barcoded Single-Cell Whole Transcriptome Amplification Products 2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2712-9_7 PMID:36087201	研究论文	本文介绍了一种从已使用3'条形码单细胞全转录组扩增产物中富集和表征T细胞受体（TCR）转录本的方法	该方法能够在不改变原有3'条形码单细胞RNA测序流程的情况下，实现单细胞分辨率的TCR序列捕获	NA	旨在简化并扩展单细胞TCR测序数据获取的方法，同时保持单细胞分辨率	T细胞受体（TCR）转录本	NA	癌症	3'条形码单细胞RNA测序	NA	转录本	NA
1897	2024-08-08	A Bioinformatic Framework for Dissecting the Dynamics of T Cells from Single-Cell Transcriptome 2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2712-9_14 PMID:36087208	研究论文	本文介绍了一种名为STARTRAC的生物信息学框架，该框架整合单细胞转录组和TCR序列作为谱系特异性标记，用于定量评估T细胞的动态特性	提出了一种新的生物信息学框架STARTRAC，该框架能够整合单细胞转录组和TCR序列，以定量评估T细胞的动态特性，包括克隆扩增、组织迁移和发展转变	目前的方法在揭示具有相同克隆型的T细胞表型差异方面存在局限性	定量追踪人类免疫学中T细胞的动态	T细胞的动态特性，包括克隆扩增、组织迁移和发展转变	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
1898	2024-08-08	ATAXIC: An Algorithm to Quantify Transcriptomic Perturbation Heterogeneity in Single Cancer Cells 2022, Journal of oncology DOI:10.1155/2022/4106736 PMID:36090907	研究论文	本文提出了一种名为ATAXIC的算法，用于量化单个癌细胞中转录组扰动的异质性	ATAXIC算法通过计算单个细胞中绝对z分数基因表达值的标准偏差，量化了转录组扰动的异质性水平	NA	研究单个癌细胞中转录组扰动的异质性，并探讨其在肿瘤生物学中的应用	单个癌细胞中的转录组扰动异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	分析了八种癌症类型的单细胞RNA测序数据集
1899	2024-08-08	Transcriptome profiles of latently- and reactivated HIV-1 infected primary CD4+ T cells: A pooled data-analysis 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.915805 PMID:36090997	研究论文	本研究通过综合分析5个HIV-1潜伏期和2个再激活期的原代CD4+ T细胞模型的转录组数据，探讨了HIV-1潜伏期和再激活期感染细胞的基因表达差异	首次综合分析了多个HIV-1潜伏期和再激活期的原代CD4+ T细胞模型的转录组数据，识别了在潜伏期和再激活期感染细胞中差异表达的基因	研究仅限于转录组数据分析，未涉及其他类型的生物标志物或治疗方法	通过比较HIV-1潜伏期和再激活期感染细胞的转录组特征，寻找差异表达的基因，以更好地理解和表征HIV-1的潜伏和再激活	HIV-1潜伏期和再激活期感染的原代CD4+ T细胞	数字病理学	HIV-1感染	转录组分析	NA	转录组数据	5个HIV-1潜伏期原代CD4+ T细胞模型和2个再激活期研究
1900	2024-08-08	An immunotherapy response prediction model derived from proliferative CD4+ T cells and antigen-presenting monocytes in ccRCC 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.972227 PMID:36091022	研究论文	本研究通过重新分析两个接受免疫检查点阻断（ICB）治疗的透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集，探索了具有良好预测性能的免疫细胞亚型和特征	本研究识别了具有良好预测能力的增殖性CD4 T细胞和调节性T细胞亚型以及抗原呈递单核细胞亚型，并开发了一个预测模型，该模型在CheckMate队列中达到了93%的AUC	NA	探索透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中对免疫检查点阻断（ICB）治疗反应具有良好预测性能的免疫细胞亚型和特征	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者的免疫细胞亚型和特征	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列	172个样本