单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1861	2024-08-08	MSR1 characterized by chromatin accessibility mediates M2 macrophage polarization to promote gastric cancer progression 2022-Nov, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2022.109217 PMID:36095948	研究论文	本文通过分析TCIA数据库和综合ATAC-seq、RNA-seq及单细胞RNA测序数据，研究了M2巨噬细胞在胃癌进展中的作用及机制	首次揭示了MSR1基因通过染色质可及性介导M2巨噬细胞极化，从而促进胃癌进展的机制	NA	探究M2巨噬细胞在胃癌进展中的作用及其潜在的肿瘤促进机制	胃癌样本中的M2巨噬细胞及其相关基因	数字病理学	胃癌	ATAC-seq, RNA-seq, 单细胞RNA测序	CIBERSORTx算法	基因表达数据	17,334个具有染色质可及性的基因，2,714个同时具有染色质可及性和差异表达的基因，171个与生存相关的差异表达基因
1862	2024-08-08	Developmental regulation of epithelial cell cuboidal-to-squamous transition in Drosophila follicle cells 2022-11, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2022.09.001 PMID:36100084	研究论文	本研究探讨了果蝇卵泡细胞中上皮细胞从立方形到扁平形的转变过程及其调控机制	揭示了蜕皮激素和JAK/STAT信号通路在调控上皮细胞形态变化中的重要作用，并首次报道了蜕皮激素信号在上皮细胞重塑中的抑制作用	NA	研究上皮细胞形态转变的调控机制	果蝇卵泡细胞中的上皮细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
1863	2024-08-08	A machine learning-based method for automatically identifying novel cells in annotating single-cell RNA-seq data 2022-10-31, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac617 PMID:36083008	研究论文	本文开发了一种基于自动编码器和迭代特征选择的方法，用于自动识别单细胞RNA测序数据中的新型细胞	该方法通过迭代选择显示双峰模式的特征并使用所选特征重新聚类细胞，能够准确识别训练数据中不存在的新型细胞	NA	开发一种新的方法来自动识别单细胞RNA测序数据中的新型细胞	单细胞RNA测序数据中的新型细胞	机器学习	NA	单细胞RNA测序	自动编码器	数据	五个真实的单细胞RNA测序数据集
1864	2024-08-08	Single-cell transcriptomics reveals skewed cellular communication and phenotypic shift in pulmonary artery remodeling 2022-10-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.153471 PMID:36099047	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了肺动脉重塑过程中细胞组成的改变及其对细胞间通信网络的影响	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了肺动脉重塑过程中的细胞和分子变化，特别是平滑肌细胞的异质性和表型转变	NA	探究肺动脉重塑过程中不同细胞群体的贡献及其分子机制	肺动脉重塑过程中的细胞组成和细胞间通信网络	数字病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	来自肺动脉高压和捐赠肺的肺动脉样本
1865	2024-08-08	Mouse embryo model derived exclusively from embryonic stem cells undergoes neurulation and heart development 2022-10-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2022.08.013 PMID:36084657	研究论文	本文开发了一种基于胚胎干细胞的体外模型，该模型通过转录因子介导的诱导，重构了多能胚胎干细胞谱系和两个胚外谱系，模拟了从胚胎发育第5.5天到第8.5天的发育事件。	该模型成功模拟了胚胎发育的关键阶段，包括原肠形成、前后轴形成、脑部和跳动心脏结构的形成，以及胚外组织的发育，如卵黄囊和绒毛膜。	模型与自然胚胎发育程序在某些时间和位置存在差异。	克服现有体外模型无法完全模拟胚胎与胚外组织间相互作用的局限，开发一种新的胚胎干细胞体外模型。	胚胎干细胞及其在体外模型中的发育过程。	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
1866	2024-08-08	Probabilistic boolean networks predict transcription factor targets to induce transdifferentiation 2022-Sep-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.104951 PMID:36093045	研究论文	本文开发了一种计算方法，用于找到实现转录因子介导的转分化的最佳干预措施	本文采用概率布尔网络（PBNs）从单细胞RNA测序数据中构建模型，以模拟造血转录因子的相互作用，并使用“采样网络”方法构建大型网络	NA	寻找实现转录因子介导的转分化的最佳干预措施	转录因子和细胞状态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	概率布尔网络（PBNs）	RNA测序数据	两种不同细胞状态的数据
1867	2024-08-08	Transcription and splicing regulation by NLRC5 shape the interferon response in human pancreatic β cells 2022-09-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abn5732 PMID:36103539	研究论文	本文研究了NLRC5在人胰腺β细胞中通过转录和剪接调控影响干扰素反应的作用	首次揭示了NLRC5在人胰腺β细胞中通过调节HLA I类表达和抗原呈递相关基因的表达，以及干扰素α对剪接的影响，从而在1型糖尿病中触发和放大自身免疫反应	NA	探讨NLRC5在人胰腺β细胞中对干扰素α反应的调控作用及其在1型糖尿病中的病理生理意义	人诱导多能干细胞衍生的胰岛样细胞、人胰岛素产生细胞EndoC-βH1和人胰岛细胞	NA	1型糖尿病	RNA测序	NA	RNA	批量和单细胞RNA测序数据
1868	2024-08-08	Cell lineage specification and signalling pathway use during development of the lateral plate mesoderm and forelimb mesenchyme 2022-09-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.200702 PMID:36093878	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，定义了鸡胚胎中侧板中胚层（LPM）的细胞命运决定及其在发育过程中的信号通路	本研究揭示了TWIST1在早期肢芽上皮-间充质转化中的潜在驱动作用，并定义了BMP信号在早期肢发育中的新角色	NA	探讨侧板中胚层（LPM）早期分化和发育的分子机制	鸡胚胎中的侧板中胚层（LPM）及其在肢芽发育中的作用	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	鸡胚胎中的多种细胞类型
1869	2024-08-08	Single-cell profiling reveals molecular basis of malignant phenotypes and tumor microenvironments in small bowel adenocarcinomas 2022-Sep-14, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-022-00434-x PMID:36104333	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了12例小肠腺癌（SBA）患者的肿瘤样本，揭示了恶性细胞的分子特征及其与肿瘤微环境的相互作用，并预测了针对SBA的潜在药物候选物	首次揭示了小肠腺癌中四种主要恶性细胞亚型的分子特征及其进展关系，并发现了EMT特征的癌细胞亚群与高度耗竭的CD8 T细胞之间的配体-受体相互作用	NA	揭示小肠腺癌的分子特征及其与肿瘤微环境的相互作用，并寻找潜在的治疗靶点和药物候选物	小肠腺癌患者的肿瘤样本及其分子特征	数字病理学	小肠腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	12例小肠腺癌患者
1870	2024-08-08	A LILRB1 variant with a decreased ability to phosphorylate SHP-1 leads to autoimmune diseases 2022-09-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-19334-x PMID:36104364	研究论文	本研究通过全基因组连锁研究和全外显子测序，发现并验证了一个LILRB1基因的错义变异（c.479G>A，p.G160E），该变异导致SHP-1磷酸化能力下降，与家族性自身免疫疾病相关。	首次将LILRB1基因与自身免疫疾病联系起来，并揭示了其通过影响SHP-1磷酸化在免疫调节中的作用。	研究仅基于一个家族的样本，需要更多样本验证该变异的普遍性和致病性。	识别导致家族性自身免疫疾病的遗传变异。	LILRB1基因变异及其在自身免疫疾病中的作用。	免疫学	自身免疫疾病	全基因组连锁研究，全外显子测序，流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	基因组数据，RNA数据	一个三代家族中的9名受影响成员
1871	2024-08-08	Adipocyte mesenchymal transition contributes to mammary tumor progression 2022-09-13, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111362 PMID:36103820	研究论文	本文研究了肥胖与癌症进展之间的关系，特别是脂肪细胞在肿瘤侵袭性乳腺脂肪中的间充质转变及其对肿瘤微环境的影响	首次报道了肿瘤侵袭性乳腺脂肪中的脂肪细胞在肿瘤进展期间去分化为成纤维细胞样前体细胞，并揭示了这些去分化脂肪细胞的多能性及其在免疫反应、炎症和细胞外基质重塑中的作用	NA	探讨肥胖与癌症进展之间的机制联系，特别是脂肪细胞的间充质转变对肿瘤微环境的影响	肿瘤侵袭性乳腺脂肪中的脂肪细胞及其在肿瘤进展中的变化	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	细胞	NA
1872	2024-08-08	Biology of lung macrophages in health and disease 2022-09-13, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2022.08.010 PMID:36103853	综述	本文综述了组织驻留型和招募型肺泡及间质巨噬细胞在肺部稳态和疾病中的作用，并介绍了单细胞RNA测序和空间转录组学技术如何区分这些亚群，揭示巨噬细胞生物学的复杂性。	介绍了使用单细胞RNA测序和空间转录组学技术区分组织驻留型和招募型巨噬细胞的新方法。	NA	探讨肺部巨噬细胞在健康和疾病状态下的功能及其区分方法。	肺部巨噬细胞及其在不同组织状态下的功能。	NA	肺部疾病	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	RNA	NA
1873	2024-08-08	sciCAN: single-cell chromatin accessibility and gene expression data integration via cycle-consistent adversarial network 2022-09-12, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-022-00245-6 PMID:36089620	研究论文	本文介绍了一种名为sciCAN的对抗方法，用于在无监督方式下整合单细胞染色质可及性和基因表达数据	sciCAN方法在跨模态数据整合中表现出一致的性能，并且在模态间相互转换的平衡性上优于其他五种现有方法	NA	解决单细胞技术中跨模态数据整合的计算挑战	单细胞染色质可及性和基因表达数据	机器学习	NA	scATAC-seq, scRNA-seq	GAN	单细胞数据	5个scATAC-seq/scRNA-seq数据集和10X Multiome数据
1874	2024-08-08	Semibulk RNA-seq analysis as a convenient method for measuring gene expression statuses in a local cellular environment 2022-09-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-19391-2 PMID:36097044	research paper	本文介绍了一种名为“semibulk RNA-seq”（sbRNA-seq）的新方法，该方法通过微流控设备将条形码珠和细胞聚集体（半批量）封装在单个液滴中，用于测量局部细胞环境中的基因表达状态	sbRNA-seq方法在保持空间组织的同时，提供了一种成本低廉、高通量的应用，能够将空间信息与转录组信息关联起来	NA	开发一种新的方法来关联空间信息和基因表达信息，特别是在单细胞RNA测序分析中	小鼠肾脏样本和人类乳腺癌样本	digital pathology	breast cancer	RNA-seq	NA	text	小鼠肾脏样本和人类乳腺癌样本
1875	2024-08-08	Spatial transcriptomics 2022-09-12, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2022.08.021 PMID:36099884	review	本文讨论了空间转录组学技术在解析肿瘤微环境中的组织和细胞类型相互作用方面的应用	空间转录组学技术使科学家能够解析肿瘤微环境中的细胞类型组织和相互作用	当前技术挑战是本文讨论的一个方面	探讨空间转录组学技术在揭示肿瘤微环境、异质性、肿瘤演化和指导肿瘤治疗中的应用	肿瘤微环境中的细胞类型组织和相互作用	NA	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
1876	2024-08-08	Single-cell transcriptomics reveals common epithelial response patterns in human acute kidney injury 2022-09-09, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01108-9 PMID:36085050	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了人类急性肾损伤中上皮细胞的常见反应模式	首次揭示了急性肾损伤中四种不同的、层次互联的受损细胞状态，并关联了氧化应激、缺氧、干扰素反应和上皮-间充质转化等转录组模式	样本量较小，且主要集中在严重急性肾损伤患者	探究急性肾损伤的细胞机制和肾脏细胞对损伤的反应	严重急性肾损伤患者的肾脏组织	数字病理学	急性肾损伤	单核转录组学	NA	基因表达数据	8名严重急性肾损伤患者
1877	2024-08-08	Myogenesis defects in a patient-derived iPSC model of hereditary GNE myopathy 2022-Sep-09, NPJ Regenerative medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41536-022-00238-3 PMID:36085325	研究论文	本研究使用患者来源的诱导多能干细胞（iPSC）模型探讨遗传性GNE肌病的机制	首次使用iPSC模型重现GNE肌病的关键特征，并揭示了肌生成过程中的缺陷	NA	探讨GNE肌病的潜在机制	患者来源的iPSC及其衍生的肌肉前体细胞	数字病理学	遗传性肌肉疾病	单细胞RNA测序	iPSC模型	细胞	控制组和患者特异性iPSC
1878	2024-08-08	Integrative and comparative single-cell analysis reveals transcriptomic difference between human tumefactive demyelinating lesion and glioma 2022-09-09, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-03900-0 PMID:36085357	研究论文	本研究通过综合和比较单细胞RNA测序分析，揭示了人类肿瘤样脱髓鞘病变与胶质瘤之间的转录组差异	首次在单细胞水平上比较了肿瘤样脱髓鞘病变与胶质瘤的差异，并揭示了特定细胞亚群及其在疾病中的作用	NA	旨在比较肿瘤样脱髓鞘病变与胶质瘤在单细胞层面的转录组差异	肿瘤样脱髓鞘病变和胶质瘤的细胞	数字病理学	神经系统疾病	单细胞RNA测序 (ScRNA-seq)	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
1879	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals dysregulation of spinal cord cell types in a severe spinal muscular atrophy mouse model 2022-09, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1010392 PMID:36074806	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了严重脊髓性肌肉萎缩症（SMA）小鼠模型中脊髓细胞类型的失调情况	首次揭示了SMA小鼠脊髓的单细胞图谱，并提供了对SMA发病机制的新见解	NA	探究SMA脊髓中在单细胞水平上的转录组改变	SMA小鼠模型的脊髓细胞类型及其基因表达变化	数字病理学	脊髓性肌肉萎缩症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
1880	2024-08-08	INSISTC: Incorporating network structure information for single-cell type classification 2022-09, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2022.110480 PMID:36075505	研究论文	本文开发了一种名为INSISTC的计算方法，用于整合基因调控网络结构信息进行单细胞类型分类	INSISTC方法能够在进行单细胞类型分类的同时，识别特定细胞类型的基因调控机制	NA	旨在通过整合基因调控网络结构信息，提高单细胞类型分类的准确性	单细胞类型分类及特定细胞类型的基因调控机制	机器学习	NA	Single-Cell RNA-Seq	NA	基因调控网络结构信息	NA