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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1801 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing of CSF reveals neuroprotective RAC1+ NK cells in Parkinson's disease
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.992505
PMID:36211372
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了帕金森病患者的脑脊液,揭示了神经保护性的RAC1+ NK细胞在帕金森病中的作用 | 首次在帕金森病患者中发现RAC1在NK细胞中显著上调,并探讨了RAC1 NK细胞在神经保护中的作用 | 研究主要基于小鼠模型和公开的单细胞RNA测序数据,需要进一步的人体临床研究验证 | 探究NK细胞在帕金森病中的分子机制及其神经保护作用 | 帕金森病患者的脑脊液中的NK细胞 | 数字病理学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用了公开的单细胞RNA测序数据(GSE141578),涉及帕金森病患者的脑脊液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1802 | 2024-08-08 |
Identification of immune cell infiltration and diagnostic biomarkers in unstable atherosclerotic plaques by integrated bioinformatics analysis and machine learning
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.956078
PMID:36211422
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研究论文 | 本研究通过综合生物信息学分析和机器学习方法,识别了不稳定动脉粥样硬化斑块中的免疫细胞浸润和诊断生物标志物。 | 本研究首次详细分析了不稳定斑块中免疫细胞的浸润情况,并发现了与斑块稳定性相关的关键基因和潜在治疗药物。 | 研究主要依赖于公共数据库的数据,需要进一步的临床样本验证。 | 旨在探讨免疫细胞在不稳定斑块形成中的作用,并探索相关的诊断生物标志物。 | 动脉粥样硬化斑块中的免疫细胞和相关基因。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA测序 | LASSO回归 | 基因表达数据 | 22种免疫细胞类型,来自公共GEO数据库的RNA测序和微阵列数据。 | NA | NA | NA | NA |
| 1803 | 2024-08-08 |
The emerging roles of interstitial macrophages in pulmonary fibrosis: A perspective from scRNA-seq analyses
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.923235
PMID:36211428
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综述 | 本文综述了间质巨噬细胞在肺纤维化中的新兴作用,并通过单细胞RNA测序分析提供了新的视角 | 利用单细胞RNA测序技术结合生物信息学方法,重新认识间质巨噬细胞在肺纤维化中的作用 | NA | 探讨间质巨噬细胞在肺纤维化中的作用及其分类和功能 | 间质巨噬细胞及其在肺纤维化中的作用 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1804 | 2024-08-08 |
Impaired expression of serine/arginine protein kinase 2 (SRPK2) affects melanoma progression
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.979735
PMID:36212152
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研究论文 | 本文研究了丝氨酸/精氨酸蛋白激酶2(SRPK2)在黑色素瘤进展中的作用 | 发现SRPK2在黑色素瘤细胞中的表达与不良预后相关,并通过CRISPR-Cas9基因编辑技术验证了SRPK2在抑制黑色素瘤细胞增殖和侵袭能力中的特定作用 | NA | 探讨SRPK1和SRPK2在黑色素瘤进展中的不同功能角色 | 黑色素瘤细胞中的SRPK2表达 | NA | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9基因编辑 | NA | RNA | 多个黑色素瘤患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1805 | 2024-08-08 |
A necroptosis-related prognostic model for predicting prognosis, immune landscape, and drug sensitivity in hepatocellular carcinoma based on single-cell sequencing analysis and weighted co-expression network
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.984297
PMID:36212155
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研究论文 | 本研究基于单细胞测序分析和加权共表达网络,构建了一个与坏死性凋亡相关的预后模型,用于预测肝细胞癌的预后、免疫景观和药物敏感性 | 首次构建了基于坏死性凋亡相关基因的预后模型,并探讨了高和低坏死性凋亡组与肝细胞癌中免疫细胞浸润的关系 | NA | 研究坏死性凋亡相关基因在肝细胞癌中的临床预后特征及其与免疫微环境的关系 | 肝细胞癌患者及其坏死性凋亡相关基因 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞测序 | 加权共表达网络 | 单细胞数据 | 使用了来自GEO数据库的GSE125449和GSE151530数据集,以及TCGA和ICGC队列中的肝细胞癌患者数据 | NA | NA | NA | NA |
| 1806 | 2024-08-08 |
Fibronectin-1 is a dominant mechanism for rheumatoid arthritis via the mediation of synovial fibroblasts activity
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.1010114
PMID:36225320
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研究论文 | 本研究使用scRNA-seq技术评估与类风湿性关节炎(RA)相关的分子机制,并识别出纤维连接蛋白-1(FN-1)作为关键基因,可能成为RA治疗的新靶点 | 首次通过scRNA-seq技术识别出FN-1在RA发展中的关键作用,并提出其作为潜在的治疗靶点 | 研究仅基于GEO数据库中的scRNA-seq数据,可能需要进一步的实验验证 | 评估类风湿性关节炎的分子机制并识别关键基因 | 类风湿性关节炎患者的滑膜成纤维细胞 | NA | 类风湿性关节炎 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 来自类风湿性关节炎患者的滑膜成纤维细胞的scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1807 | 2024-08-08 |
Comprehensive pan-cancer analysis identifies cellular senescence as a new therapeutic target for cancer: multi-omics analysis and single-cell sequencing validation
2022, American journal of cancer research
IF:3.6Q2
PMID:36225642
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研究论文 | 本文通过多组学分析和单细胞测序验证,全面分析了细胞衰老相关基因在33种肿瘤类型中的表达、拷贝数变异、单核苷酸变异、甲基化和药物敏感性变化,并探讨了细胞衰老评分与预后、肿瘤免疫微环境及肿瘤免疫相关基因表达的关系。 | 首次全面分析了细胞衰老在多种癌症类型中的作用,并验证了其在肿瘤免疫微环境中的重要性,为癌症治疗提供了新的靶点。 | NA | 探讨细胞衰老与肿瘤免疫之间的关系,并验证其作为癌症治疗新靶点的潜力。 | 细胞衰老相关基因在多种肿瘤类型中的表达、拷贝数变异、单核苷酸变异、甲基化和药物敏感性。 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 33种肿瘤类型的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1808 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing combined with whole exome sequencing reveals the landscape of the immune pathogenic response to chronic mucocutaneous candidiasis with STAT1 GOF mutation
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.988766
PMID:36225936
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序结合全外显子测序,揭示了STAT1 GOF突变导致的慢性黏膜皮肤念珠菌病免疫发病机制的景观 | 首次结合单细胞RNA测序和全外显子测序技术,深入分析了STAT1 GOF突变患者的免疫细胞变化和相关基因表达 | 研究样本量较小,且部分病例缺乏详细数据 | 探究慢性黏膜皮肤念珠菌病的免疫发病机制 | 慢性黏膜皮肤念珠菌病患者及STAT1 GOF突变 | 数字病理学 | 慢性黏膜皮肤念珠菌病 | 单细胞RNA测序,全外显子测序 | NA | 基因表达数据 | 共分析了4例慢性黏膜皮肤念珠菌病患者,其中3例数据缺失 | NA | NA | NA | NA |
| 1809 | 2024-08-08 |
Integration of single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing to reveal an immunogenic cell death-related 5-gene panel as a prognostic model for osteosarcoma
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.994034
PMID:36225939
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,揭示了与免疫原性细胞死亡相关的5基因面板,作为骨肉瘤的预后模型 | 开发了一个基于免疫原性细胞死亡的5基因风险面板,用于评估骨肉瘤患者的预后风险 | NA | 确定免疫原性细胞死亡在骨肉瘤中的作用,并构建基于免疫原性细胞死亡的预后面板 | 骨肉瘤的恶性细胞和正常细胞,以及免疫原性细胞死亡相关基因 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | LASSO-Cox回归分析 | RNA测序数据 | 212名骨肉瘤患者 | NA | NA | NA | NA |
| 1810 | 2024-08-08 |
Identification of tumor antigens and immune subtypes in breast cancer for mRNA vaccine development
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.973712
PMID:36226063
|
研究论文 | 研究旨在识别与乳腺癌相关的肿瘤抗原,以开发针对乳腺癌的mRNA疫苗,并确定适合mRNA疫苗接种的人群 | 识别了三种与乳腺癌相关的肿瘤抗原,并确定了三种免疫亚型,为乳腺癌mRNA疫苗的开发提供了新的方向 | NA | 开发针对乳腺癌的mRNA疫苗并确定适合接种的人群 | 乳腺癌相关的肿瘤抗原和免疫亚型 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据和临床数据 | 数据来自TCGA和METABRIC数据库,具体样本数量未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 1811 | 2024-08-08 |
Integrated Single-Cell and RNA Sequencing Analysis Identifies Key Immune Cell and Dendritic Cells Associated Genes Participated in Myocarditis
2022, Journal of immunology research
IF:3.5Q2
DOI:10.1155/2022/8655343
PMID:36226312
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和RNA测序分析,识别了与心肌炎相关的关键免疫细胞和树突状细胞相关基因 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术,详细分析了心肌炎中免疫细胞的浸润及其相关基因的表达模式 | NA | 探究心肌炎中免疫细胞的基因和单细胞特征,以了解免疫细胞在心肌炎中的作用 | 心肌炎中的免疫细胞和树突状细胞相关基因 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 20972个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1812 | 2024-08-08 |
Protocol for fast scRNA-seq raw data processing using scKB and non-arbitrary quality control with COPILOT
2022-12-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101729
PMID:36181683
|
研究论文 | 描述了一种使用scKB和COPILOT对单细胞RNA测序(scRNA-seq)原始数据进行快速且非任意质量控制的方法 | scKB作为kallisto和bustools的封装脚本,加速了对齐和转录本计数矩阵生成,运行速度显著快于流行的工具Cell Ranger。COPILOT通过比较低质量和高质量细胞的分布,提供了非任意的背景噪声去除 | NA | 简化scRNA-seq数据处理流程,为新用户提供便捷的入门方法 | 单细胞RNA测序的原始数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1813 | 2024-08-08 |
The CC ligand chemokine family members CCL17/CCL22 predict the survival and response to immune checkpoint blockade therapy of patients with head and neck squamous cell carcinoma
2022-12, Current problems in cancer
IF:2.5Q3
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研究论文 | 研究探讨了CCL17和CCL22在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中的预测价值及其对免疫检查点阻断疗法反应的影响 | 首次阐明了CCL17和CCL22在HNSCC中的预测价值及其对免疫检查点阻断疗法反应的影响 | 研究结果的统计显著性仅处于边缘水平(P值分别为0.057和0.055) | 探究CCL17和CCL22在HNSCC中的预测价值及其对免疫检查点阻断疗法反应的影响 | 头颈部鳞状细胞癌患者 | NA | 头颈部鳞状细胞癌 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及多种癌症类型的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1814 | 2024-08-08 |
Expression of periodontitis susceptibility genes in human gingiva using single-cell RNA sequencing
2022-Dec, Journal of periodontal research
IF:3.4Q1
DOI:10.1111/jre.13057
PMID:36170299
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了人类牙龈中与牙周炎易感性相关的基因表达情况 | 结合人类遗传学和单细胞基因组学,通过将变异映射到预测其作用细胞和潜在功能,以更好地理解牙周炎 | 遗传因素与牙周炎发病机制的相关性仅被有限地识别,并且常常验证不足 | 确定牙周炎易感基因的可能细胞类型特异性 | 分析26个通过全基因组关联研究(GWAS)确定的与疾病相关的基因在牙龈黏膜中的表达 | 人类基因组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 共分析了来自4个不同供体的12,411个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1815 | 2024-08-08 |
Dynamic Ins2 Gene Activity Defines β-Cell Maturity States
2022-12-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db21-1065
PMID:36170671
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研究论文 | 研究使用活细胞成像、FACS和单细胞RNA测序技术,探讨了β细胞中Ins2基因活性的动态变化及其与β细胞成熟状态的关系 | 首次揭示了β细胞中Ins2基因活性存在动态变化,并发现这种变化与β细胞的成熟状态相关 | 研究仅限于Ins2GFP敲入小鼠模型,可能需要进一步在其他模型或人类样本中验证 | 探究β细胞中Ins2基因活性的动态变化及其与β细胞成熟状态的关系 | β细胞中的Ins2基因活性及其与细胞成熟状态的关系 | NA | NA | 活细胞成像、FACS、单细胞RNA测序 | NA | 图像、RNA序列 | 使用Ins2GFP敲入小鼠的β细胞样本,约25%的β细胞表现出较高的Ins2基因活性 | NA | NA | NA | NA |
| 1816 | 2024-08-08 |
Carbon ion irradiation plus CTLA4 blockade elicits therapeutic immune responses in a murine tumor model
2022-12-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2022.215928
PMID:36183858
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研究论文 | 研究碳离子放射治疗结合CTLA4阻断在鼠肿瘤模型中诱导治疗性免疫反应的效果 | 首次详细探索了碳离子放射治疗结合CTLA4阻断后肿瘤内免疫细胞组成的改变,并发现这种组合能有效诱导非照射肿瘤的完全排斥 | 研究主要集中在鼠模型上,未来研究需要验证这些发现是否适用于人类 | 探讨碳离子放射治疗结合免疫检查点抑制剂在肿瘤治疗中的免疫学效应 | 鼠Her2+ EO771肿瘤细胞及免疫功能正常的鼠 | 数字病理学 | 肿瘤 | 碳离子放射治疗 | NA | 单细胞RNA测序数据和流式细胞术分析数据 | 免疫功能正常的鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 1817 | 2024-08-08 |
dynDeepDRIM: a dynamic deep learning model to infer direct regulatory interactions using time-course single-cell gene expression data
2022-11-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac424
PMID:36168811
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研究论文 | 本文提出了一种名为dynDeepDRIM的深度学习模型,用于利用时间序列单细胞基因表达数据推断直接的基因调控相互作用 | dynDeepDRIM模型通过将基因对的联合表达视为图像,并利用目标转录因子-基因对及其潜在邻居的图像来重建基因调控网络,有效去除了传递性的转录因子-基因相互作用 | NA | 重建细胞类型特异性的基因调控网络 | 时间序列单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 深度学习模型 | 时间序列数据 | 四个真实的时间序列单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1818 | 2024-08-08 |
scSemiGAN: a single-cell semi-supervised annotation and dimensionality reduction framework based on generative adversarial network
2022-11-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac652
PMID:36193998
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研究论文 | 本文提出了一种基于生成对抗网络的单细胞半监督细胞类型注释和降维框架scSemiGAN | scSemiGAN能够同时进行深度潜在表示学习和细胞类型标签预测,统一了细胞类型注释与降维 | NA | 克服现有方法在单细胞RNA测序数据分析中无法统一细胞类型注释与降维的局限 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 生成对抗网络 | 生成对抗网络 | 单细胞RNA测序数据 | 多种模拟和真实单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1819 | 2024-08-08 |
Interferon α facilitates anti-HBV cellular immune response in a B cell-dependent manner
2022-Nov, Antiviral research
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.antiviral.2022.105420
PMID:36165866
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研究论文 | 本研究探讨了B细胞在干扰素α(IFN-α)介导的抗乙型肝炎病毒(HBV)细胞免疫中的作用 | 揭示了B细胞在IFN-α介导的抗HBV细胞免疫中的关键作用,特别是在抗原呈递和共刺激功能方面 | 研究主要基于B细胞缺陷小鼠模型和单细胞RNA测序,可能需要进一步的人体临床试验验证 | 阐明B细胞在IFN-α介导的抗HBV细胞免疫中的作用机制 | B细胞在IFN-α治疗慢性乙型肝炎(CHB)患者中的作用 | NA | 乙型肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 血液样本 | B细胞缺陷小鼠模型及IFN-α治疗的CHB患者 | NA | NA | NA | NA |
| 1820 | 2024-08-08 |
Spatial Transcriptomics-Based Identification of Molecular Markers for Nanomedicine Distribution in Tumor Tissue
2022-11, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202201091
PMID:36180396
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研究论文 | 本文开发了一种分子标记识别平台,通过整合纳米药物分布的显微荧光图像和空间转录组信息,探索与纳米药物肿瘤摄取相关的因子候选 | 本文提出了一种新的方法,通过结合显微荧光图像和空间转录组信息,识别与纳米药物肿瘤摄取相关的分子标记 | NA | 探索与纳米药物肿瘤摄取相关的因子候选 | 纳米药物在肿瘤组织中的分布 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |