单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1801	2024-08-08	scWizard: A web-based automated tool for classifying and annotating single cells and downstream analysis of single-cell RNA-seq data in cancers 2022, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2022.08.028 PMID:36147672	研究论文	开发了一个名为scWizard的网络自动化工具，用于分类和注释单细胞以及下游分析单细胞RNA测序数据在癌症中的应用	scWizard集成了基于深度神经网络学习的细胞注释方法和11种下游分析方法，提供了预训练集供用户灵活选择，并在注释肿瘤衍生淋巴细胞/自然杀伤细胞和骨髓细胞亚型方面具有更高的准确性	NA	开发一个集成多种分析方法的自动化工具，用于单细胞RNA测序数据的分类、注释和下游分析	单细胞RNA测序数据在肿瘤微环境中的应用	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	深度神经网络	单细胞数据	使用113,976个细胞跨越13种癌症类型作为内置参考数据集
1802	2024-08-08	Single-cell transcriptome profiling reveals several LncRNAs differentially expressed in idiopathic germ cell aplasia 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.952518 PMID:36147743	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，分析了特发性生殖细胞发育不全患者睾丸中的长链非编码RNA（LncRNA）表达差异	首次在单细胞水平上揭示了特发性生殖细胞发育不全患者中差异表达的LncRNA，并发现这些LncRNA与转录因子TAF9B及环境污染物双酚A的激活有关	NA	深入理解特发性生殖细胞发育不全的分子机制及其临床进程	特发性生殖细胞发育不全患者的睾丸组织	数字病理学	男性不育症	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	多个特发性生殖细胞发育不全患者的睾丸组织样本
1803	2024-08-08	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Different Immune Signatures in HPV- and HPV + Driven Human Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2022, Journal of immunology research IF:3.5Q2 DOI:10.1155/2022/2079389 PMID:36157879	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了HPV阳性和HPV阴性驱动的人类头颈鳞状细胞癌中不同的免疫特征	本研究首次通过单细胞转录组分析揭示了HPV阳性和HPV阴性头颈鳞状细胞癌微环境中的细胞组成和信号通路差异	研究样本量较小，且仅基于公开数据库的数据进行分析，可能影响结果的普遍性	评估病毒（特别是人乳头瘤病毒[HPV]）和致癌物驱动的头颈鳞状细胞癌（HNSCC）微环境	HPV阳性和HPV阴性头颈鳞状细胞癌患者的单细胞转录组数据	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	单细胞测序	NA	转录组数据	131224个细胞，来自18名HPV阴性HNSCC患者和8名HPV阳性HNSCC患者
1804	2024-08-08	Identification of macrophage correlated biomarkers to predict the prognosis in patients with intrahepatic cholangiocarcinoma 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.967982 PMID:36158683	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，识别与肝内胆管癌（ICC）预后相关的巨噬细胞相关生物标志物，并探讨其对免疫治疗反应的预测作用	首次在单细胞水平上研究ICC患者中的巨噬细胞，并发现MMP19和SIRPα可预测ICC的预后和免疫检查点阻断（ICB）反应	研究仅限于特定的生物标志物和特定的免疫治疗反应，未来研究需扩大样本量和探索更多潜在的生物标志物	探讨巨噬细胞在肝内胆管癌发展及治疗反应中的作用，并寻找相关的预后生物标志物	肝内胆管癌患者的巨噬细胞及相关生物标志物	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	NA	转录组数据	ICC和邻近组织的巨噬细胞被分为12个集群
1805	2024-08-08	Comparable bidirectional neutrophil immune dysregulation between Kawasaki disease and severe COVID-19 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.995886 PMID:36159873	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了川崎病和严重COVID-19之间的免疫失调差异	发现川崎病和严重COVID-19在单细胞RNA测序中显示出相似的免疫失调模式，特别是在中性粒细胞活化和MHC II类分子表达减少方面	NA	分析川崎病和严重COVID-19在单细胞RNA测序中的差异	川崎病患者和严重COVID-19患者的免疫失调机制	NA	川崎病, COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	22个单细胞RNA测序数据，共102,355个细胞核
1806	2024-08-08	Pan-cancer analysis of prognostic and immunological role of DTYMK in human tumors 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.989460 PMID:36159971	研究论文	本研究探讨了脱氧胸苷酸激酶（DTYMK）在人类癌症中的预后价值、功能状态及其与免疫浸润的相关性	首次全面分析了DTYMK在多种人类癌症中的表达及其与预后、恶性功能状态和免疫细胞浸润的关系	NA	研究DTYMK在人类癌症中的预后作用和免疫学角色	DTYMK在不同癌症类型中的表达及其与临床病理特征和免疫细胞浸润的关系	数字病理学	多种癌症	单细胞测序	NA	基因表达数据	使用了多个数据库中的数据，包括TCGA、GTEx、UALCAN、CPTAC等
1807	2024-08-08	Anomalous Epithelial Variations and Ectopic Inflammatory Response in Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2022-12, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2021-0555OC PMID:36108172	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者、吸烟但无COPD者和非吸烟者的肺细胞，以识别与COPD进展相关的细胞类型特异性机制和细胞间相互作用	发现了COPD患者中增加的独特AT2细胞亚群，并揭示了这些细胞在炎症反应中的特殊分化路径和细胞间相互作用网络	由于肺实质和间质结构的复杂性，COPD中持续炎症过程的具体机制仍未完全明了	旨在识别推动COPD进展的细胞类型特异性机制和细胞间相互作用	COPD患者、吸烟但无COPD者和非吸烟者的肺细胞	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	57,918个细胞
1808	2024-08-08	A transcriptional cross species map of pancreatic islet cells 2022-12, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2022.101595 PMID:36113773	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，对来自健康人、猪和鼠的胰腺胰岛内分泌细胞进行了转录组分析，构建了一个跨物种的转录图谱	首次系统地描绘了跨物种的胰腺胰岛内分泌细胞的转录异质性和进化保守性，并揭示了人类α-和β-细胞状态的连续转录景观	研究主要集中在健康胰岛细胞，未涉及病理状态下的细胞功能	旨在精确描述胰腺胰岛内分泌细胞的分子基础，特别是连接动物模型与人类胰岛细胞的关系	健康人、猪和鼠的胰腺胰岛内分泌细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过50,000个内分泌细胞
1809	2024-08-08	Cancer-associated fibroblasts subtypes and role in invasion and metastasis of gastric cancer 2022-Dec, Neoplasma IF:2.0Q3 DOI:10.4149/neo_2022_220513N511 PMID:36129833	综述	本文综述了癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性及其在胃癌（GC）侵袭和转移中的作用	探讨了单细胞RNA测序技术在分类CAFs中的应用前景，并提出了基于细胞标记和功能的CAFs分选方法	CAFs的异质性限制了靶向治疗的应用，需要寻找特定的标记物并将其划分为不同的亚群	探讨CAFs在胃癌发展中的作用及靶向治疗的可能性	癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其在胃癌侵袭和转移中的作用	NA	胃癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
1810	2024-08-08	Hyaluronic acids mediate the infiltration, migration, and M2 polarization of macrophages: evaluating metabolic molecular phenotypes in gliomas 2022-12, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.13315 PMID:36134697	研究论文	本研究系统评估了通过代谢相关通路分类的3068个胶质瘤样本和33个胶质母细胞瘤单细胞测序样本的免疫景观，并验证了代谢集群的分子特征。	首次揭示了透明质酸（HA）与胶质瘤免疫浸润之间的显著联系，并发现HA通过IL-1/CHI3L1和TGF-β/CHI3L1轴促进巨噬细胞招募和M2极化。	NA	探讨代谢模式与胶质瘤患者生存结果和免疫活性的关系。	胶质瘤样本和胶质母细胞瘤单细胞测序样本。	数字病理学	脑瘤	机器学习预测分析（pamr）、代谢组学、RNA测序	NA	微阵列数据、单细胞测序数据	3068个胶质瘤样本和33个胶质母细胞瘤单细胞测序样本，以及5842个泛癌样本
1811	2024-08-08	Integrated analysis of multimodal single-cell data with structural similarity 2022-11-28, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac781 PMID:36130281	研究论文	本文提出了一种名为SAILERX的深度学习框架，用于高效、稳健和灵活地分析多模态单细胞数据	SAILERX框架采用变分自编码器和不变表示学习来校正测序过程中的技术噪声，并通过多模态数据对齐机制整合来自不同模态的信息，避免了硬对齐导致的噪声过拟合问题	NA	旨在解决多模态单细胞数据分析中的计算挑战，有效利用单细胞多组学信息来描绘细胞状态并识别有意义的信号	多模态单细胞数据	机器学习	NA	单细胞测序技术	变分自编码器（VAE）	单细胞数据	NA
1812	2024-08-08	Comparison of scRNA-seq data analysis method combinations 2022-11-17, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elac027 PMID:36124658	研究论文	本文比较了不同组合的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析方法，并评估了这些组合在提高分析效率和准确性方面的效果	提出了12种技术组合，每种组合包含一整套scRNA-seq数据分析流程，并通过实验验证了这些组合的有效性	NA	评估不同scRNA-seq数据分析方法组合的效果	scRNA-seq数据分析方法的组合	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	使用公开的scRNA-seq数据集Goolam，可在ArrayExpress数据库中获取，编号为E-MTAB-3321
1813	2024-08-08	sgcocaller and comapr: personalised haplotype assembly and comparative crossover map analysis using single-gamete sequencing data 2022-11-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac764 PMID:36107768	研究论文	本文介绍了用于从单配子DNA测序数据生成个性化单体型和调用交叉点的软件工具sgcocaller，以及用于从单配子构建、可视化和比较个性化交叉景观的comapr	提出了sgcocaller和comapr工具，能够在高覆盖率数据集上生成无瑕的单体型结果，并且在低覆盖率单配子测序数据上表现优于现有方法	NA	开发高效的软件工具，用于从单配子DNA测序数据生成个性化单体型和调用交叉点，并构建、可视化和比较个性化交叉景观	单配子DNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	DNA序列	大量单配子样本
1814	2024-08-08	Cell type markers indicate distinct contributions of decidual stromal cells and natural killer cells in preeclampsia 2022-11-01, Reproduction (Cambridge, England) DOI:10.1530/REP-22-0079 PMID:36111648	研究论文	本研究通过整合分析先兆子痫转录组和单细胞转录组数据，预测了基质细胞和子宫自然杀伤细胞在早期和晚期先兆子痫中的特定贡献	本研究结合了先兆子痫的转录组结果和单细胞测序数据，预测了基质细胞和子宫自然杀伤细胞在先兆子痫中的特定贡献，其中部分结果是出乎意料的	NA	研究先兆子痫中不同细胞类型的具体贡献	先兆子痫中的基质细胞和子宫自然杀伤细胞	数字病理学	妊娠相关疾病	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
1815	2024-08-08	Survival prediction optimization of acute myeloid leukaemia based on T-cell function-related genes and plasma proteins 2022-11, British journal of haematology IF:5.1Q1 DOI:10.1111/bjh.18453 PMID:36113865	研究论文	本研究基于T细胞功能相关基因和血浆蛋白，优化了急性髓系白血病（AML）患者的生存预测模型	本研究首次将T细胞功能相关基因特征纳入AML生存预测模型，并通过随机生存森林变量狩猎算法开发了八基因T细胞功能相关特征	NA	优化急性髓系白血病患者的生存预测模型	急性髓系白血病患者	数字病理学	白血病	RNA矩阵	随机生存森林	RNA序列	1611名AML患者的数据
1816	2024-08-08	Cancer-associated fibroblasts-derived FMO2 as a biomarker of macrophage infiltration and prognosis in epithelial ovarian cancer 2022-11, Gynecologic oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.ygyno.2022.09.003 PMID:36114029	研究论文	研究探讨了癌症相关成纤维细胞衍生的FMO2作为上皮性卵巢癌中巨噬细胞浸润和预后标志物的角色	首次研究FMO2作为癌症相关成纤维细胞衍生的新型预后生物标志物在上皮性卵巢癌中的作用	研究主要基于现有数据库和独立队列的数据，可能需要更多临床样本验证	研究FMO2在上皮性卵巢癌中的作用及其与免疫成分的关联	上皮性卵巢癌样本中的成纤维细胞和巨噬细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	独立队列包含113个样本
1817	2024-08-08	Deficiency of Irx5 protects mice from obesity and associated metabolic abnormalities 2022-11, International journal of obesity (2005) DOI:10.1038/s41366-022-01221-0 PMID:36115924	研究论文	本研究探讨了Irx5基因在调节肥胖及相关代谢异常中的作用	首次揭示了Irx5在能量稳态中的功能，并通过单细胞RNA测序分析了其在下丘脑中的作用	研究仅限于小鼠模型，未来需在人类中验证Irx5的作用	解析Irx5在肥胖和代谢异常调节中的作用	Irx5基因敲除小鼠及其在高脂饮食挑战下的代谢表型	遗传学	肥胖	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	Irx5KO小鼠模型
1818	2024-08-08	Transcriptomic changes in autophagy-related genes are inversely correlated with inflammation and are associated with multiple sclerosis lesion pathology 2022-Nov, Brain, behavior, & immunity - health DOI:10.1016/j.bbih.2022.100510 PMID:36120103	研究论文	本文研究了自噬相关基因在多发性硬化症（MS）病变病理中的表达变化及其与炎症的关系	首次展示了自噬相关基因在MS急性期和混合活动/非活动性病变中的表达减少，并提出了mTORC1通路可能通过持续激活抑制自噬的假设	NA	探讨自噬在多发性硬化症不同阶段病理中的作用及其调控机制	自噬相关基因在多发性硬化症病变中的表达变化及其与炎症的关系	数字病理学	多发性硬化症	空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）模型及人类MS脑组织样本
1819	2024-08-08	Progressively Decreased HCN1 Channels Results in Cone Morphological Defects in Diabetic Retinopathy 2022-10-26, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.2550-21.2022 PMID:36123121	研究论文	本研究报告了在糖尿病视网膜病变中，HCN1通道的逐渐减少导致视锥细胞形态缺陷，并使用斑马鱼模型进行了系统性的单细胞转录组分析。	首次揭示了HCN1通道在糖尿病视网膜病变中的作用，并提出了视锥细胞在不同葡萄糖水平下的两种新型细胞状态。	NA	探讨糖尿病视网膜病变中视锥细胞形态缺陷的分子机制。	糖尿病视网膜病变中的视锥细胞及其HCN1通道表达。	NA	糖尿病视网膜病变	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	斑马鱼模型
1820	2024-08-08	Unraveling unique features of plasma cell clones in POEMS syndrome with single-cell analysis 2022-10-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.151482 PMID:36129760	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了POEMS综合征患者的骨髓浆细胞，识别出具有特定Igλ轻链序列的POEMS克隆，并探讨了其特征和病理机制	首次成功通过单细胞RNA测序技术分离和鉴定了POEMS综合征中的浆细胞克隆，揭示了其独特的分子特征	研究样本量较小，可能需要进一步扩大样本以验证结果的普遍性	揭示POEMS综合征中浆细胞克隆的独特特征及其病理机制	POEMS综合征患者的骨髓浆细胞	数字病理学	浆细胞疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自POEMS综合征患者的骨髓浆细胞样本