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当前共找到 4053 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2025-10-06 |
ZetaSuite: computational analysis of two-dimensional high-throughput data from multi-target screens and single-cell transcriptomics
2022-07-25, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02729-4
PMID:35879727
|
研究论文 | 开发用于分析二维高通量数据的Zeta统计量和ZetaSuite软件包 | 提出新的Zeta统计量，专门用于分析二维高通量数据，并开发配套软件工具 | NA | 解决功能基因组学中二维高通量数据分析的挑战 | 二维RNAi筛选数据、癌症依赖性筛选数据、单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 癌症 | RNAi筛选、单细胞转录组学 | 统计模型 | 高通量功能数据、单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 162 | 2025-10-06 |
Universal prediction of cell-cycle position using transfer learning
2022-01-31, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02581-y
PMID:35101061
|
研究论文 | 开发了一种名为tricycle的R/Bioconductor软件包，通过迁移学习实现细胞周期位置的通用预测 | 利用细胞周期生物学特性、周期性函数主成分分析的数学特性和迁移学习，克服了数据集依赖嵌入的学习限制 | NA | 从单细胞RNA-seq数据高分辨率推断细胞周期位置 | 细胞周期 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 迁移学习，主成分分析 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 163 | 2025-10-06 |
Omnibus and robust deconvolution scheme for bulk RNA sequencing data integrating multiple single-cell reference sets and prior biological knowledge
2022-09-30, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac563
PMID:35980155
|
研究论文 | 提出一种整合多个单细胞参考集和先验生物知识的稳健反卷积算法InteRD，用于从批量RNA测序数据推断细胞类型比例 | 开发了带惩罚回归和新评估标准的反卷积算法，能有效整合多个单细胞数据集并利用先验生物信息进行校准 | 算法性能仍依赖于外部数据源的质量和先验信息的准确性 | 开发更准确和稳健的细胞类型反卷积方法 | 批量RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, scRNA-seq | 惩罚回归模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 164 | 2025-10-06 |
Enhanced single-cell RNA-seq workflow reveals coronary artery disease cellular cross-talk and candidate drug targets
2022-01, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
|
研究论文 | 开发了一个增强的单细胞RNA测序分析工作流程，用于研究冠状动脉疾病的细胞相互作用和潜在药物靶点 | 整合了自动化细胞标记、伪时序排序、配体-受体评估和药物-基因相互作用分析的用户友好型工作流程，并开发了交互式网络应用PlaqView | 基于已发表的单细胞数据集进行二次分析，需要进一步实验验证 | 开发单细胞RNA测序分析工作流程以研究动脉粥样硬化斑块微环境和发现潜在治疗方法 | 人类冠状动脉单细胞数据集中的细胞类型，特别是平滑肌细胞来源的成纤维样细胞 | 单细胞分析 | 冠状动脉疾病 | 单细胞RNA测序 | 伪时序分析，配体-受体相互作用分析 | 单细胞RNA测序数据 | 基于Wirka等人先前发表的人类冠状动脉单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 165 | 2025-10-06 |
Ensembles of endothelial and mural cells promote angiogenesis in prenatal human brain
2022-09-29, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2022.09.004
PMID:36179668
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研究论文 | 本研究揭示了产前人类大脑中内皮细胞和周细胞协同促进血管生成的新机制 | 首次在人类产前大脑中发现内皮细胞和周细胞亚型组成的功能性集合体，并揭示其通过胶原蛋白、层粘连蛋白和中动蛋白等信号机制促进血管成熟 | 研究主要聚焦于妊娠中期的发育阶段，缺乏对其他发育时期的比较分析 | 探索产前人类大脑血管细胞成熟阶段的分子机制和细胞相互作用 | 产前人类大脑血管系统中的内皮细胞和周细胞 | 单细胞生物学 | NA | 荧光激活细胞分选, 单细胞转录组学, 组织学分析, 超微结构分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 组织图像数据 | 妊娠中期人类大脑样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 166 | 2025-10-06 |
CXCL12 defines lung endothelial heterogeneity and promotes distal vascular growth
2022-11-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.200909
PMID:36239312
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示肺内皮细胞异质性，发现CXCL12信号对远端血管发育的关键作用 | 首次利用Cxcl12转基因小鼠报告系统结合单细胞测序技术解析肺动脉内皮细胞的功能异质性 | 研究局限于小鼠胚胎发育模型，尚未在人类样本中验证 | 探索肺血管系统在胚胎发育过程中的形态发生和生长机制 | 小鼠肺内皮细胞，特别是Cxcl12-DsRed+动脉内皮细胞 | 单细胞生物学 | 儿科肺疾病 | 单细胞RNA测序，转基因报告系统，基因本体分析，组织学分析 | NA | 基因表达数据，组织图像 | 转基因小鼠肺内皮细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 167 | 2025-10-06 |
The role of specialized cell cycles during erythroid lineage development: insights from single-cell RNA sequencing
2022-Aug, International journal of hematology
IF:1.7Q3
DOI:10.1007/s12185-022-03406-9
PMID:35759181
|
综述 | 本文综述了红细胞谱系发育过程中特殊细胞周期的作用，重点关注CFU-e向红细胞终末分化的转变机制 | 揭示了CFU-e/ETD转变是一个快速的S期依赖性转录开关，并发现细胞周期速度和S期缩短在细胞命运决定中的新发育作用 | NA | 探讨红细胞谱系发育过程中细胞周期调控的机制 | 红细胞祖细胞(CFU-e)和红细胞终末分化(ETD)过程 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 168 | 2025-10-06 |
Comparison of oocyte vitrification using a semi-automated or a manual closed system in human siblings: survival and transcriptomic analyses
2022-Dec-05, Journal of ovarian research
IF:3.8Q1
DOI:10.1186/s13048-022-01064-3
PMID:36464714
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研究论文 | 比较半自动与手动封闭系统对人类姐妹卵母细胞玻璃化冷冻的效果，包括存活率和转录组分析 | 首次使用单细胞RNA-seq技术评估卵母细胞玻璃化冷冻的转录组后果，并比较新型半自动化系统与传统手动方法的差异 | 研究样本量有限，且不同研究间未观察到一致的转录组特征 | 评估半自动化卵母细胞玻璃化冷冻系统的效率及其对卵母细胞转录组的影响 | 人类姐妹卵母细胞 | 生殖医学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA-seq, 玻璃化冷冻技术 | NA | 基因表达数据, 形态测量数据 | 人类姐妹卵母细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 169 | 2025-10-06 |
Uncoupling immune trajectories of response and adverse events from anti-PD-1 immunotherapy in hepatocellular carcinoma
2022-09, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2022.03.039
PMID:35430299
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示了肝细胞癌患者接受抗PD-1免疫治疗的应答和不良反应的免疫轨迹机制 | 首次在肝细胞癌中识别出与抗PD-1治疗应答和不良反应相关的CXCR3+CD8+效应记忆T细胞和CD11c+抗原呈递细胞，并提出了抗PD-1与抗TNFR2联合治疗新策略 | 样本量相对有限（新加坡队列32例，韩国队列29例），需要在更大规模研究中验证 | 解析肝细胞癌患者接受抗PD-1免疫治疗的应答和免疫相关不良反应的免疫机制 | 肝细胞癌患者和小鼠肝细胞癌模型 | 免疫学 | 肝细胞癌 | 飞行时间质谱流式细胞术, 单细胞RNA测序, 流式细胞术验证, 批量RNA测序 | 小鼠肝细胞癌模型 | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据, 批量RNA测序数据 | 新加坡队列32例患者60份外周血样本，韩国队列29例患者，20份治疗前后肿瘤活检样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 170 | 2025-10-06 |
T cell characteristics associated with toxicity to immune checkpoint blockade in patients with melanoma
2022-02, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-021-01623-z
PMID:35027754
|
研究论文 | 本研究通过多组学技术分析黑色素瘤患者外周血样本，发现与免疫检查点抑制剂毒性相关的T细胞特征 | 首次发现循环中活化的CD4记忆T细胞丰度和TCR多样性这两个治疗前因素与严重免疫相关不良事件的发生相关 | 样本量相对有限（共3个队列，n=27、26和18），需要更大规模研究验证 | 探索与免疫检查点抑制剂毒性相关的T细胞特征 | 接受抗PD-1单药或抗PD-1联合抗CTLA-4治疗的黑色素瘤患者 | 免疫学 | 黑色素瘤 | 飞行时间质谱流式细胞术，单细胞RNA测序，单细胞V(D)J测序，bulk RNA测序，bulk TCR测序 | NA | 单细胞测序数据，质谱流式数据，RNA测序数据 | 93份治疗前和早期治疗血液样本，3个患者队列（n=27、26和18） | NA | 单细胞RNA测序，单细胞V(D)J测序，bulk RNA测序，bulk TCR测序，质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 171 | 2025-10-06 |
MUC1-C integrates type II interferon and chromatin remodeling pathways in immunosuppression of prostate cancer
2022, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2022.2029298
PMID:35127252
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研究论文 | 本研究揭示MUC1-C蛋白通过整合II型干扰素通路和染色质重塑机制促进前列腺癌免疫抑制 | 首次发现MUC1-C通过调控ARID1A/BAF和NuRD复合物协调II型干扰素通路与染色质重塑的机制关联 | 研究主要基于细胞模型和生物信息学分析，缺乏体内实验验证 | 阐明MUC1-C在前列腺癌免疫抑制中的分子机制 | 去势抵抗性前列腺癌细胞 | 肿瘤免疫学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 172 | 2025-10-06 |
Temporal transcriptomic analysis using TrendCatcher identifies early and persistent neutrophil activation in severe COVID-19
2022-04-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.157255
PMID:35175937
|
研究论文 | 开发了TrendCatcher R软件包用于识别和可视化时间序列转录组数据中的动态基因表达模式和生物过程 | 开发了新的开源工具TrendCatcher，能够识别动态差异表达基因的不同时间模式并可视化生物学通路的时间进程 | NA | 开发时间序列转录组数据分析工具并应用于COVID-19研究 | COVID-19患者外周血转录组数据 | 生物信息学 | COVID-19 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 平滑样条ANOVA模型, 断点搜索策略 | 转录组数据, 单细胞数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 173 | 2025-10-06 |
Network inference with Granger causality ensembles on single-cell transcriptomics
2022-02-08, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.110333
PMID:35139376
|
研究论文 | 提出一种基于Granger因果关系集成学习的单细胞转录组基因调控网络推断算法SINGE | 使用基于核的Granger因果关系回归处理不规则伪时间序列，并通过集成回归分析聚合预测结果 | 对个别调控因子表现不佳，且对无信息量的伪时间序列敏感 | 从有序单细胞基因表达数据推断基因调控网络 | 小鼠胚胎干细胞分化过程中的基因表达数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | Granger因果关系回归，集成学习 | 单细胞基因表达数据 | 两个小鼠胚胎干细胞分化数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 174 | 2025-10-06 |
Delivery of costimulatory blockade to lymph nodes promotes transplant acceptance in mice
2022-12-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI159672
PMID:36519543
|
研究论文 | 本研究探索了通过淋巴结靶向纳米递送抗CD40L抗体促进小鼠心脏移植耐受的机制 | 首次发现成纤维网状细胞在抗CD40L诱导移植耐受中的关键作用，并开发了MECA-79修饰的纳米颗粒实现淋巴结特异性递送 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在大型动物或人体中验证 | 研究淋巴结靶向递送共刺激阻断剂促进心脏移植耐受的机制 | 小鼠心脏移植模型 | 免疫学 | 器官移植排斥 | 单细胞RNA测序, 纳米颗粒递送技术 | NA | 基因表达数据, 移植存活数据 | 小鼠实验模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 175 | 2025-10-06 |
MuSiC2: cell-type deconvolution for multi-condition bulk RNA-seq data
2022-11-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac430
PMID:36208175
|
研究论文 | 提出MuSiC2方法用于多条件下批量RNA-seq数据的细胞类型反卷积分析 | 扩展MuSiC方法，通过迭代估计程序解决批量RNA-seq数据与单细胞参考数据临床条件不匹配时的细胞类型比例估计偏差问题 | 需要至少一个与单细胞参考数据不同的临床条件，且依赖参考数据的质量 | 开发适用于多临床条件下批量RNA-seq数据的细胞类型反卷积方法 | 人类胰岛和视网膜组织的批量RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, scRNA-seq | 迭代估计算法 | 基因表达数据 | 两个批量RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 176 | 2025-10-06 |
A multi-use deep learning method for CITE-seq and single-cell RNA-seq data integration with cell surface protein prediction and imputation
2022-Nov, Nature machine intelligence
IF:18.8Q1
DOI:10.1038/s42256-022-00545-w
PMID:36873621
|
研究论文 | 提出一种名为sciPENN的多功能深度学习方法，用于整合CITE-seq和单细胞RNA-seq数据，并实现细胞表面蛋白预测和填补 | 开发支持多种功能的一体化深度学习框架，包括数据整合、蛋白表达预测与填补、不确定性量化及细胞类型标签转移 | NA | 解决CITE-seq和单细胞RNA-seq数据整合中的计算挑战，提高数据利用效率 | 单细胞多组学数据 | 机器学习 | 免疫相关疾病，流感，COVID-19 | CITE-seq，单细胞RNA-seq | 深度学习 | 单细胞RNA和蛋白表达数据 | NA | NA | 单细胞多组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 177 | 2025-10-06 |
Insight into 2,3,7,8-tetrachlorodibenzo-p-dioxin-induced disruption of zebrafish spermatogenesis via single cell RNA-seq
2022-Jul, PNAS nexus
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/pnasnexus/pgac060
PMID:35799832
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究TCDD暴露对斑马鱼精子发生的破坏机制 | 首次在环境相关浓度TCDD暴露下，利用单细胞RNA-seq技术解析斑马鱼睾丸中各细胞类型对病理学的不同贡献 | 研究仅针对斑马鱼模型，结果向人类推广需谨慎 | 探究TCDD暴露导致男性不育的环境暴露解释 | 斑马鱼睾丸组织中的各类生殖细胞 | 单细胞生物学 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 发育期暴露TCDD的成年斑马鱼睾丸组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
| 178 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic profiling of lung endothelial cells identifies dynamic inflammatory and regenerative subpopulations
2022-06-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.158079
PMID:35511435
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序识别肺内皮细胞在炎症损伤过程中的动态炎症和再生亚群 | 首次在肺微血管内皮中发现具有明确功能分工的免疫反应亚群(immuneEC)和血管发育亚群(devEC)，并证实Sox17过表达可抑制内皮细胞炎症激活 | 研究主要基于LPS诱导的急性肺损伤模型，在其他类型肺损伤中的普适性需进一步验证 | 探究肺内皮细胞亚群在炎症损伤过程中的动态变化和功能分工 | 肺血管内皮细胞 | 单细胞组学 | 肺损伤 | 单细胞RNA测序 | Seurat聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 35,973个肺内皮细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 179 | 2025-10-06 |
PLCG2 is associated with the inflammatory response and is induced by amyloid plaques in Alzheimer's disease
2022-02-18, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01022-0
PMID:35180881
|
研究论文 | 本研究探讨了PLCG2在阿尔茨海默病炎症反应中的作用及其与淀粉样斑块的关联 | 首次在人类AD患者和5xFAD小鼠模型中系统验证PLCG2表达与淀粉样斑块密度的正相关性，并通过单细胞RNA测序揭示其与炎症反应信号通路的关联 | 研究主要基于相关性分析，PLCG2在AD中的具体作用机制仍需进一步实验验证 | 阐明PLCG2在阿尔茨海默病发病机制中的作用 | 晚发性阿尔茨海默病患者、5xFAD小鼠模型、野生型和Plcg2失活小鼠 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq, 免疫染色 | 差异表达分析, 共表达网络分析 | 基因表达数据, 组织图像数据 | 1249例人类脑组织样本，小鼠模型若干 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 180 | 2025-10-06 |
Deep learning tackles single-cell analysis-a survey of deep learning for scRNA-seq analysis
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab531
PMID:34929734
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综述 | 本文系统综述了深度学习在单细胞RNA测序数据分析中的应用 | 建立了变分自编码器、自编码器、生成对抗网络和监督深度学习模型的统一数学表示框架，并关联模型损失函数与数据处理步骤的具体目标 | 仅涵盖25种深度学习算法，未涉及所有现有方法 | 为单细胞RNA测序数据分析提供深度学习算法的系统综述和选择指南 | 单细胞RNA测序数据处理流程中的深度学习算法 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器, 自编码器, 生成对抗网络, 监督深度学习模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |