单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4050 篇文献，本页显示第 1681 - 1700 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1681 | 2024-08-08 |
Comprehensive pan-cancer analysis identifies cellular senescence as a new therapeutic target for cancer: multi-omics analysis and single-cell sequencing validation
2022, American journal of cancer research
IF:3.6Q2
PMID:36225642
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研究论文 | 本文通过多组学分析和单细胞测序验证，全面分析了细胞衰老相关基因在33种肿瘤类型中的表达、拷贝数变异、单核苷酸变异、甲基化和药物敏感性变化，并探讨了细胞衰老评分与预后、肿瘤免疫微环境及肿瘤免疫相关基因表达的关系。 | 首次全面分析了细胞衰老在多种癌症类型中的作用，并验证了其在肿瘤免疫微环境中的重要性，为癌症治疗提供了新的靶点。 | NA | 探讨细胞衰老与肿瘤免疫之间的关系，并验证其作为癌症治疗新靶点的潜力。 | 细胞衰老相关基因在多种肿瘤类型中的表达、拷贝数变异、单核苷酸变异、甲基化和药物敏感性。 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 33种肿瘤类型的样本 |
| 1682 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing combined with whole exome sequencing reveals the landscape of the immune pathogenic response to chronic mucocutaneous candidiasis with STAT1 GOF mutation
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.988766
PMID:36225936
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序结合全外显子测序，揭示了STAT1 GOF突变导致的慢性黏膜皮肤念珠菌病免疫发病机制的景观 | 首次结合单细胞RNA测序和全外显子测序技术，深入分析了STAT1 GOF突变患者的免疫细胞变化和相关基因表达 | 研究样本量较小，且部分病例缺乏详细数据 | 探究慢性黏膜皮肤念珠菌病的免疫发病机制 | 慢性黏膜皮肤念珠菌病患者及STAT1 GOF突变 | 数字病理学 | 慢性黏膜皮肤念珠菌病 | 单细胞RNA测序，全外显子测序 | NA | 基因表达数据 | 共分析了4例慢性黏膜皮肤念珠菌病患者，其中3例数据缺失 |
| 1683 | 2024-08-08 |
Integration of single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing to reveal an immunogenic cell death-related 5-gene panel as a prognostic model for osteosarcoma
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.994034
PMID:36225939
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了与免疫原性细胞死亡相关的5基因面板，作为骨肉瘤的预后模型 | 开发了一个基于免疫原性细胞死亡的5基因风险面板，用于评估骨肉瘤患者的预后风险 | NA | 确定免疫原性细胞死亡在骨肉瘤中的作用，并构建基于免疫原性细胞死亡的预后面板 | 骨肉瘤的恶性细胞和正常细胞，以及免疫原性细胞死亡相关基因 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | LASSO-Cox回归分析 | RNA测序数据 | 212名骨肉瘤患者 |
| 1684 | 2024-08-08 |
Identification of tumor antigens and immune subtypes in breast cancer for mRNA vaccine development
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.973712
PMID:36226063
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研究论文 | 研究旨在识别与乳腺癌相关的肿瘤抗原，以开发针对乳腺癌的mRNA疫苗，并确定适合mRNA疫苗接种的人群 | 识别了三种与乳腺癌相关的肿瘤抗原，并确定了三种免疫亚型，为乳腺癌mRNA疫苗的开发提供了新的方向 | NA | 开发针对乳腺癌的mRNA疫苗并确定适合接种的人群 | 乳腺癌相关的肿瘤抗原和免疫亚型 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据和临床数据 | 数据来自TCGA和METABRIC数据库，具体样本数量未提及 |
| 1685 | 2024-08-08 |
Integrated Single-Cell and RNA Sequencing Analysis Identifies Key Immune Cell and Dendritic Cells Associated Genes Participated in Myocarditis
2022, Journal of immunology research
IF:3.5Q2
DOI:10.1155/2022/8655343
PMID:36226312
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和RNA测序分析，识别了与心肌炎相关的关键免疫细胞和树突状细胞相关基因 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术，详细分析了心肌炎中免疫细胞的浸润及其相关基因的表达模式 | NA | 探究心肌炎中免疫细胞的基因和单细胞特征，以了解免疫细胞在心肌炎中的作用 | 心肌炎中的免疫细胞和树突状细胞相关基因 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 20972个细胞 |
| 1686 | 2024-08-08 |
Protocol for fast scRNA-seq raw data processing using scKB and non-arbitrary quality control with COPILOT
2022-12-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101729
PMID:36181683
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研究论文 | 描述了一种使用scKB和COPILOT对单细胞RNA测序（scRNA-seq）原始数据进行快速且非任意质量控制的方法 | scKB作为kallisto和bustools的封装脚本，加速了对齐和转录本计数矩阵生成，运行速度显著快于流行的工具Cell Ranger。COPILOT通过比较低质量和高质量细胞的分布，提供了非任意的背景噪声去除 | NA | 简化scRNA-seq数据处理流程，为新用户提供便捷的入门方法 | 单细胞RNA测序的原始数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 数据 | NA |
| 1687 | 2024-08-08 |
The CC ligand chemokine family members CCL17/CCL22 predict the survival and response to immune checkpoint blockade therapy of patients with head and neck squamous cell carcinoma
2022-12, Current problems in cancer
IF:2.5Q3
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研究论文 | 研究探讨了CCL17和CCL22在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的预测价值及其对免疫检查点阻断疗法反应的影响 | 首次阐明了CCL17和CCL22在HNSCC中的预测价值及其对免疫检查点阻断疗法反应的影响 | 研究结果的统计显著性仅处于边缘水平（P值分别为0.057和0.055） | 探究CCL17和CCL22在HNSCC中的预测价值及其对免疫检查点阻断疗法反应的影响 | 头颈部鳞状细胞癌患者 | NA | 头颈部鳞状细胞癌 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及多种癌症类型的样本 |
| 1688 | 2024-08-08 |
Expression of periodontitis susceptibility genes in human gingiva using single-cell RNA sequencing
2022-Dec, Journal of periodontal research
IF:3.4Q1
DOI:10.1111/jre.13057
PMID:36170299
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了人类牙龈中与牙周炎易感性相关的基因表达情况 | 结合人类遗传学和单细胞基因组学，通过将变异映射到预测其作用细胞和潜在功能，以更好地理解牙周炎 | 遗传因素与牙周炎发病机制的相关性仅被有限地识别，并且常常验证不足 | 确定牙周炎易感基因的可能细胞类型特异性 | 分析26个通过全基因组关联研究(GWAS)确定的与疾病相关的基因在牙龈黏膜中的表达 | 人类基因组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 共分析了来自4个不同供体的12,411个细胞 |
| 1689 | 2024-08-08 |
Dynamic Ins2 Gene Activity Defines β-Cell Maturity States
2022-12-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db21-1065
PMID:36170671
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研究论文 | 研究使用活细胞成像、FACS和单细胞RNA测序技术，探讨了β细胞中Ins2基因活性的动态变化及其与β细胞成熟状态的关系 | 首次揭示了β细胞中Ins2基因活性存在动态变化，并发现这种变化与β细胞的成熟状态相关 | 研究仅限于Ins2GFP敲入小鼠模型，可能需要进一步在其他模型或人类样本中验证 | 探究β细胞中Ins2基因活性的动态变化及其与β细胞成熟状态的关系 | β细胞中的Ins2基因活性及其与细胞成熟状态的关系 | NA | NA | 活细胞成像、FACS、单细胞RNA测序 | NA | 图像、RNA序列 | 使用Ins2GFP敲入小鼠的β细胞样本，约25%的β细胞表现出较高的Ins2基因活性 |
| 1690 | 2024-08-08 |
Carbon ion irradiation plus CTLA4 blockade elicits therapeutic immune responses in a murine tumor model
2022-12-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2022.215928
PMID:36183858
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研究论文 | 研究碳离子放射治疗结合CTLA4阻断在鼠肿瘤模型中诱导治疗性免疫反应的效果 | 首次详细探索了碳离子放射治疗结合CTLA4阻断后肿瘤内免疫细胞组成的改变，并发现这种组合能有效诱导非照射肿瘤的完全排斥 | 研究主要集中在鼠模型上，未来研究需要验证这些发现是否适用于人类 | 探讨碳离子放射治疗结合免疫检查点抑制剂在肿瘤治疗中的免疫学效应 | 鼠Her2+ EO771肿瘤细胞及免疫功能正常的鼠 | 数字病理学 | 肿瘤 | 碳离子放射治疗 | NA | 单细胞RNA测序数据和流式细胞术分析数据 | 免疫功能正常的鼠 |
| 1691 | 2024-08-08 |
dynDeepDRIM: a dynamic deep learning model to infer direct regulatory interactions using time-course single-cell gene expression data
2022-11-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac424
PMID:36168811
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研究论文 | 本文提出了一种名为dynDeepDRIM的深度学习模型，用于利用时间序列单细胞基因表达数据推断直接的基因调控相互作用 | dynDeepDRIM模型通过将基因对的联合表达视为图像，并利用目标转录因子-基因对及其潜在邻居的图像来重建基因调控网络，有效去除了传递性的转录因子-基因相互作用 | NA | 重建细胞类型特异性的基因调控网络 | 时间序列单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 深度学习模型 | 时间序列数据 | 四个真实的时间序列单细胞RNA测序数据集 |
| 1692 | 2024-08-08 |
scSemiGAN: a single-cell semi-supervised annotation and dimensionality reduction framework based on generative adversarial network
2022-11-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac652
PMID:36193998
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研究论文 | 本文提出了一种基于生成对抗网络的单细胞半监督细胞类型注释和降维框架scSemiGAN | scSemiGAN能够同时进行深度潜在表示学习和细胞类型标签预测，统一了细胞类型注释与降维 | NA | 克服现有方法在单细胞RNA测序数据分析中无法统一细胞类型注释与降维的局限 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 生成对抗网络 | 生成对抗网络 | 单细胞RNA测序数据 | 多种模拟和真实单细胞RNA测序数据集 |
| 1693 | 2024-08-08 |
Interferon α facilitates anti-HBV cellular immune response in a B cell-dependent manner
2022-Nov, Antiviral research
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.antiviral.2022.105420
PMID:36165866
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研究论文 | 本研究探讨了B细胞在干扰素α（IFN-α）介导的抗乙型肝炎病毒（HBV）细胞免疫中的作用 | 揭示了B细胞在IFN-α介导的抗HBV细胞免疫中的关键作用，特别是在抗原呈递和共刺激功能方面 | 研究主要基于B细胞缺陷小鼠模型和单细胞RNA测序，可能需要进一步的人体临床试验验证 | 阐明B细胞在IFN-α介导的抗HBV细胞免疫中的作用机制 | B细胞在IFN-α治疗慢性乙型肝炎（CHB）患者中的作用 | NA | 乙型肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 血液样本 | B细胞缺陷小鼠模型及IFN-α治疗的CHB患者 |
| 1694 | 2024-08-08 |
Spatial Transcriptomics-Based Identification of Molecular Markers for Nanomedicine Distribution in Tumor Tissue
2022-11, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202201091
PMID:36180396
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研究论文 | 本文开发了一种分子标记识别平台，通过整合纳米药物分布的显微荧光图像和空间转录组信息，探索与纳米药物肿瘤摄取相关的因子候选 | 本文提出了一种新的方法，通过结合显微荧光图像和空间转录组信息，识别与纳米药物肿瘤摄取相关的分子标记 | NA | 探索与纳米药物肿瘤摄取相关的因子候选 | 纳米药物在肿瘤组织中的分布 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | NA | 图像 | NA |
| 1695 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq reveals early heterogeneity during aging in yeast
2022-11, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.13712
PMID:36181361
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，对酵母衰老过程中的转录组变化进行了系统性和定量性的研究 | 发现了酵母衰老过程中细胞间转录变异性的增加，并揭示了与衰老相关的关键生物过程和细胞组分 | NA | 研究酵母衰老过程中的早期异质性 | 酵母细胞在不同年龄段的转录组变化 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个酵母细胞 |
| 1696 | 2024-08-08 |
Muscle injury induces a transient senescence-like state that is required for myofiber growth during muscle regeneration
2022-11, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202200289RR
PMID:36190443
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研究论文 | 本文通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，研究了肌肉损伤后细胞衰老样状态在肌肉再生中的作用 | 首次证明肌肉损伤后多种细胞类型（如巨噬细胞和纤维脂肪原细胞）会短暂表现出衰老特征，这些特征对于肌肉纤维的生长和再生至关重要 | NA | 探讨肌肉损伤后细胞衰老样状态在肌肉再生中的作用 | 肌肉再生过程中的细胞衰老样状态 | NA | 肌肉疾病 | 空间转录组学，单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | D2-mdx小鼠模型中的肌肉组织 |
| 1697 | 2024-08-08 |
Competitive cleavage of SARS-CoV-2 spike protein and epithelial sodium channel by plasmin as a potential mechanism for COVID-19 infection
2022-11-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00152.2022
PMID:36193902
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研究论文 | 研究探讨了SARS-CoV-2刺突蛋白和上皮钠通道通过纤溶酶竞争性切割的机制，以及这对COVID-19感染的影响 | 首次揭示了SARS-CoV-2刺突蛋白和上皮钠通道通过纤溶酶的竞争性切割机制，可能影响病毒的传播和水肿的消退 | NA | 探讨SARS-CoV-2刺突蛋白和上皮钠通道通过纤溶酶的竞争性切割机制及其对COVID-19感染的影响 | SARS-CoV-2刺突蛋白、上皮钠通道、纤溶酶 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 包括健康组、中度/重度COVID-19患者及SARS-CoV-2感染的气道/肺泡上皮细胞 |
| 1698 | 2024-08-08 |
Characterization of the evolution trajectory and immune profiling of new histologic patterns in lung adenocarcinoma
2022-11, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3455
PMID:36194517
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研究论文 | 本研究重新分析了TCGA-LUAD大型数据集，全面描绘了肺腺癌中不同组织学模式的基因组和转录组特征，并探讨了其分子进化机制和免疫微环境特征 | 首次识别出一种新的癌症相关成纤维细胞亚型，该亚型同时表达成纤维细胞激活蛋白-α和干扰素基因刺激因子，并揭示了FAP作为CAFs中STING的重要下游效应因子 | NA | 探讨肺腺癌中不同组织学模式的分子特征及其在原发肿瘤和淋巴结转移中的分子进化机制 | 肺腺癌中的组织学模式及其分子特征 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因组和转录组数据 | 大型TCGA-LUAD数据集 |
| 1699 | 2024-08-08 |
Comprehensive multi-omics single-cell data integration reveals greater heterogeneity in the human immune system
2022-Oct-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105123
PMID:36185375
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研究论文 | 本文开发了一种名为SuPERR的新分析流程，用于提高多组学单细胞数据集中细胞类型识别的分辨率和准确性 | SuPERR流程能够更精确地去除细胞双联体，并通过整合细胞表面蛋白和免疫球蛋白转录本计数信息，防止细胞类型错误分类 | NA | 旨在深入理解人类免疫系统的多样性和异质性 | 人类免疫系统的细胞类型及其在不同组织和疾病背景下的多样性 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学、蛋白质组学和细胞受体组库 | NA | 多组学数据 | NA |
| 1700 | 2024-08-08 |
Multi-Omics Analysis Reveals the Unexpected Immune Regulatory Effects of Arsenene Nanosheets in Tumor Microenvironment
2022-Oct-12, ACS applied materials & interfaces
IF:8.3Q1
DOI:10.1021/acsami.2c10743
PMID:36166745
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研究论文 | 本研究探讨了砷烯纳米片在肿瘤微环境中的免疫调节作用及其机制 | 首次发现砷烯纳米片能够通过激活T细胞受体信号通路和抑制肿瘤细胞的DNA复制及TCA循环途径，重塑肿瘤微环境，增强抗肿瘤免疫反应 | NA | 揭示砷烯纳米片在肿瘤微环境中的免疫调节机制 | 砷烯纳米片及其在肿瘤微环境中的作用 | 纳米医学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序，蛋白质组学分析 | NA | 细胞 | 具体样本数量未提及 |